Antimikrobiyal duyarlılık testi

 S.pneumoniae antimikrobiyal duyarlılık testi için bkz. UMS-AMD-MT-03.

5.6. Saklama, Referans merkeze gönderme

 Menenjit veya invaziv enfeksiyon vakalarından izole edilen suĢlar; ileri tanımlama, serotiplendirme moleküler epidemiyolojik analiz ve

antimikrobiyal duyarlılık çalıĢmaları için Ulusal Referans Laboratuvara gönderilir (25).

 Örneklerin veya izolatların gönderilmesinde paketleme ve taşıma biyolojik materyal taĢıma kurallarına uygun olmalıdır (26) (ayrıca bkz.

UMS GEN-OY-01 Enfeksiyöz Maddelerin TaĢınması Rehberi).

 Laboratuvarlar kendi araĢtırma, eğitim ve kalite kontrol amaçları için de izolatlarını saklayabilmelidirler. Dolayısı ile kısa ve uzun dönem saklama yöntemlerine ihtiyaç duyulur.

Kısa süreli saklama

 S. pneumoniae izolatlarının kısa süreli korunması için vida kapaklı tüpte yatık ÇA‟nın yatık kısmına ekim yapılır, %5 CO₂‟li ortamda, 35°C'de bir gece inkübe edilir. Ardından 1 haftaya kadar, kapağı sıkıca kapalı olarak (nem kaybı önlenerek) buzdolabında tutulabilir.

Sayfa 20 / 24 Ulusal Mikrobiyoloji Standartları 01.01.2015 / Sürüm: 1.1 / B-MT-05 / Mikrobiyolojik Tanımlama / Bakteriyoloji

 Ġzolatlar, silika jel içeren paket veya tüp içinde +4°C‟de 2 hafta, oda sıcaklığında daha kısa süre saklanabilirler.

 Dorset yatık taĢıma besiyerinde ise; yatık kısma ekim yapılıp, bir gece 35°C'de, %5 CO2‟li ortamda inkübe edilir; oda sıcaklığında 3 hafta süre ile canlılıklarını korurlar.

 Bu ortamlar bilhassa izolatların Referans laboratuvara gönderilmesi süresince korunması sağlamak bakımından kullanıĢlıdırlar.

Uzun süreli koruma

 Uzun süreli saklama için S. pneumoniae izolatlarının steril „skim-milk‟

ya da gliserol içeren besiyeri içinde yoğun süspansiyonu da yapılabilir (yöntem uygulaması için bkz. UMS, B-TP-01).

 Yoğun S. pneumoniae süspansiyonu -80°C dondurucuda veya daha düĢük sıcaklıkta (likit nitrojen tankında, -120°C) yıllarca saklanabilir.

Bir -20°C derin dondurucu da kullanılabilir; ancak canlılık kaybı hızlıdır ve birkaç hafta ya da aylık saklamalar için elveriĢli olabilir (25).

 Bazı laboratuvarlar izolatlarını liyofilize ederek saklayabilmektedirler.

Liyofilizasyon için ise „skim-milk‟, serum temelli bir besiyeri veya polivinil-pirolidon kullanılır.

 Pozitif bulunan klinik örnekler de -80°C„de saklanmalıdır (25).

6 Tanıda diğer yöntemler

 Nükleik asit temelli testlerin, kültüre göre avantajları; kısa sürede sonuçlanmaları, antibiyotik kullanımından etkilenmemeleri ve az miktardaki mikroorganizmaları saptayabilmeleridir.

 Steril vücut sıvılarında pnömokok nükleik asitlerinin pozitif bulunması invaziv pnömokok hastalık (ĠPH) için “kesin tanı” bulgusudur.

 Ancak nükleik asit çoğaltma yöntemlerinin ĠPH tanısındaki performansı oldukça değiĢkendir.

 Pnömonili hastalarda, kanda pnömokok saptamak için yapılan PCR‟ın duyarlılığının %29 ila %100 arasında değiĢtiği ve çocuklarda daha yüksek olduğu bildirilmiĢtir (9,27).

 Pnömokok menenjiti tanısında BOS‟da PCR duyarlılığı %92-100 olarak belirlenmiĢtir. Diğer steril vücut sıvıları için de PCR duyarlılığı

yüksektir.

 PCR ile balgamda pnömokok saptanma oranı %68-100 olarak bildirilmiĢtir. Bu örneklerde pnömokok saptandığında nazofarinks taĢıyıcılığı veya alt solunum yolu etkeni olduğu ayrımı yapılamaz! Bu nedenle balgam örneklerinden pnömokok PCR önerilmez.

 PCR pnömokokların serotiplemesi için altın standart olan immünolojik yöntemlere alternatif olabilir.

Ulusal Mikrobiyoloji Standartları Sayfa 21 / 24 Bakteriyoloji / Mikrobiyolojik Tanımlama / B-MT-05 / Sürüm: 1.1 / 01.01.2015

7 Raporlama ve bildirim

 Kan kültürü - S. pneumoniae üremesi durumunda kesin etken olarak kabul edilir ve penisilin duyarlılığı MĠK ile çalıĢılır ve raporlanır (bkz.

UMS AMD-MT-03).

 BOS kültürü - BOS da pnömokok ürediğinde penisilin ve seftriakson duyarlılıkları MĠK yöntemi ile çalıĢılır ve kültür sonucu ile birlikte raporlanır.

 Steril vücut sıvıları - S. pneumoniae ürediğinde rapor edilir.

NOT: BOS, kan ve diğer steril vücut sıvılarında üreme olmadığı

takdirde üremek için beklenen inkübasyon süresi de belirtilerek, “7 gün inkübasyon sonunda üreme olmamıĢtır” Ģeklinde raporlanır.

 Antijen testinin raporlanması - Örneklerde antijen testi pozitif ise

“Streptococcus pneumoniae antijeni saptanmıĢtır” Ģeklinde raporlanır.

 Balgam kültürleri - kaliteli balgam örneğinde S. pneumoniae

ürediğinde, yoğunluk ve penisilin duyarlılığı ile birlikte örneğin; “Yoğun, penisiline hassas, Streptococcus pneumoniae üremesi gözlendi”

Ģeklinde rapor edilir.

 Ġnvaziv pnömokokkal hastalıklarda BOS, kan veya normalde steril diğer vücut sıvılarının kültüründe etken bakterinin izolasyonu, S.pneumoniae nükleik asitlerinin veya özgül antijenik yapıların saptanması “kesin tanı” koydurucudur (3,4).

 Ġnvaziv pnömokokkal hastalıkların bildirimi zorunludur (3,4).

 Mevcut bildirim sistemine göre Halk Sağlığı Müdürlüğüne bildirim yapılması gerekmektedir. Bildirim klinisyenin sorumluluğudur. Bununla birlikte (hastalığın laboratuvardan bildirimi zorunlu olmasa da) pozitif sonuç elde edilir edilmez laboratuvarın ilgili birime haber vermesi (örneğin telefon ile) önerilir.

8 Olası sorunlar/kısıtlılıklar

 S.pneumoniae dıĢ ortam koĢullarına dayanıklı bir bakteri değildir. Oda ısısında ürettikleri otolizinler nedeniyle tanımlama ve duyarlılık

iĢlemleri kısa sürede yapılmalı ve iĢlemi tamamlanan izolatlar stok besiyerlerine alınarak uygun koĢullarda saklanmalıdır.

9 Referans Laboratuvar

Adres

Türkiye Halk Sağlığı Kurumu,

Mikrobiyoloji Referans Laboratuvarları Daire BaĢkanlığı

Ulusal Solunum Yolu Patojenleri Referans Laboratuvarı Sağlık Mahallesi, Adnan Saygun Caddesi, No: 55

06100 – Sıhhiye/ANKARA

Sayfa 22 / 24 Ulusal Mikrobiyoloji Standartları 01.01.2015 / Sürüm: 1.1 / B-MT-05 / Mikrobiyolojik Tanımlama / Bakteriyoloji

www.thsk.gov.tr; e-posta: usyprl@saglik.gov.tr Tel: 0312 565 5508

Görev çerçevesi

Kontrol programı kapsamında klinik örneklerden bakteriyel menenjit etkenlerinin (N. meningitidis, S. pneumoniae ve H. influenzae) tanı,

doğrulama, serotiplendirme ve moleküler epidemiyolojik tiplendirmelerinin yapılması, antibiyotik duyarlılıklarının araĢtırılması; bölgesel

laboratuvarlara dıĢ kalite örneklerinin hazırlanması ve uygulanması.

İlgili diğer UMS belgeleri

Bu prosedür belgesi (Streptococcus pneumoniae Ġnvaziv Enfeksiyonlarının Mikrobiyolojik Tanısı) aĢağıda verilen UMS belgeleriyle de ilgilidir ve ilave bilgi için bu belgelere de bakılması önerilir:

UMS, B-TP-01 SuĢ saklama prosedürü UMS, B-TP-03 Gram boyama

UMS, B-TP-10 Katalaz testi

UMS, B-TP-14 Loeffler‟in metilen mavisi UMS, B-TP-18 Optokin duyarlılığı

UMS, B-TP-20 Safrada erime testi

UMS, B-TP-23 X, V ve XV faktör gereksinimi (satellit fenomeni için)

UMS, B-MT-03 Neisseria meningitidis enfeksiyonlarının mikrobiyolojik tanısı (T-I besiyerinin hazırlanması prosedürü için)

UMS, B-MT-04 Haemophilus influenza invaziv enfeksiyonlarının mikrobiyolojik tanısı (Ek-1 Serogruplandırma testi prosedürü için)

UMS, AMD-MT-03 Streptococcus pneumoniae için AMD testleri UMS, AMD-TP-04 MIK saptama yöntemleri

UMS, GEN-ÖY-01 Enfeksiyöz maddelerin taĢınması rehberi

Kaynaklar

1 Perilla MJ, Ajello G, Bopp C et al. Manual for the laboratory identification and antimicrobial susceptibility testing of bacterial pathogens of public health importance in the developing world.

Haemophilus influenzae, Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae, Neisseria gonorrhoeae, Salmonella serotype Typhi, Shigella, and Vibrio cholera. Centers for Disease Control and Prevention (CDC) and World Health Organization (WHO), 2003.

2 Popovic T, Ajello G, Facklam R. Laboratory manual for the diagnosis of meningitis caused by Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae and Haemophilus influenzae.

WHO/CDS/CSR/EDC/99.7; 1999

3 BulaĢıcı Hastalıklar Sürveyans ve Kontrol Esasları Yönetmeliğinde DeğiĢiklik Yapılmasına Dair Yönetmelik. Resmi Gazete; 02.04.2011 – 27893.

http://www.resmigazete.gov.tr/eskiler/2011/04/20110402-3.htm (son eriĢim tarihi:

06.01.2014).

Ulusal Mikrobiyoloji Standartları Sayfa 23 / 24 Bakteriyoloji / Mikrobiyolojik Tanımlama / B-MT-05 / Sürüm: 1.1 / 01.01.2015

4 BulaĢıcı Hastalıkların Ġhbarı ve Bildirim Sistemi, Standart Tanı, Sürveyans ve Laboratuvar Rehberi, Sağlık Bakanlığı, Ankara. 2004.

http://www.shsm.gov.tr/public/documents/legislation/bhkp/asi/bhibs/BulHastBilSistStanSurveL abReh.pdf(son eriĢim tarihi: 18.12.2013)

5 CDC. Laboratory methods for the diagnosis of meningitis caused by Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae, and Haemophilus influenzae. 2^nd edition. CDC and WHO, 2011.

http://www.cdc.gov/meningitis/lab-manual/ (son eriĢim tarihi 25.12.2013).

6 CDC. Pneumococcal Diseases. Epidemiology and Prevention of Vaccine-Preventable Diseases.

The Pink Book: Course Textbook - 12th Edition Second Printing, 2012.

http://www.cdc.gov/vaccines/pubs/pinkbook/downloads/pneumo.pdf (son eriĢim tarihi 06.01.2014).

7 Pilishvili T, Noggle B, Moore MR. Pneumococcal disease. VPD Surveillance Manual, 5th Edition, 2012. http://www.cdc.gov/vaccines/pubs/surv-manual/chpt11-pneumo.pdf (son eriĢim tarihi 06.01.2014).

8 Spellerberg B, Brandt C. Streptococcus. In: Versalovic J, Carrol KC, Funke G, Jorgensen JH, Landry ML, Warnock DW (eds). Manual of Clinical Microbiology. 10th Ed. ASM Press, Washington D.C. 2011, p. 331-349.

9 Werno AM, Murdoch DR. Laboratory diagnosis of invasive pneumococcal disease. CID 2008;46:926-932.

10 Pneumococcal vaccines. WHO position paper. Weekly Epidemiological Record 2012;85:385–400.

http://www.who.int/wer/2012/wer8714.pdf (son eriĢim tarihi 06.01.2014).

11 CDC Streptococcus Laboratory Protocols.

http://www.cdc.gov/ncidod/biotech/strep/protocols.htm (son eriĢim tarihi 06.01.2014) 12 CDC. Chapter 5. Collection and transport of clinical specimens. In: Laboratory Methods for the

Diagnosis of Meningitis. Second ed., CDC ve WHO, 2011. http://www.cdc.gov/meningitis/lab-manual/chpt05-collect-transport-specimens.html (son eriĢim tarihi 03.03.2014).

13 Klinik Örnekten Sonuç Raporuna Uygulama Rehberleri: Steril Vücut Sıvıları Örnekleri. KLĠMUD, Ankara, 2013.

14 BaĢustaoğlu A. Kan kültürü Uygulama Kılavuzu. Ankara 2013.

15 Ajello GW, Feeley JC, Hayes PS et al. Trans-isolate medium: a new medium for primary culturing and transport of Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae, and Haemophilus influenzae. J Clin Microbiol 1984; 20(1): 55-8

16 Enfeksiyöz madde ile enfeksiyöz tanı ve klinik örneği taĢıma yönetmeliği. Sağlık Bakanlığı, Ankara. Resmî Gazete 25.09.2010 – 27710.

17 Garcia LS. Calibration of microscope with an ocular micrometer. In: Garcia LS, Isenberg HD (eds). Clinical microbiology procedures handbook. 2nd ed. update, ASM Press, Washington, DC.

2007, p. 9.3.2.1-4

18 CDC. Chapter 6. Primary culture and presumptive identification of Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae, and Haemophilus influenzae. In: Laboratory Methods for the Diagnosis of Meningitis. Second ed., CDC and WHO, 2011. http://www.cdc.gov/meningitis/lab-manual/chpt06-culture-id.html (son eriĢim tarihi 06.01.2014)

19 York MK. Cerebrospinal fluid cultures. In: Garcia LS (ed. in chief). Clinical Microbiology Procedures Handbook. 2nd ed. update, ASM Press, Washington, DC. 2007; p. 3.7.1 - 3.7.7 20 Koneman EW, Allen SD, Janda WM, Schreckenberger PC, Winn WC, Jr. (eds). Introduction to

microbiology Part I: guidelines to practice and management: Microscopic examination. In: Color Atlas and Textbook of Diagnostic Microbiology. 4th ed. J.B. Lippincott Company, Philadelphia.

1992, p. 15-26.

21 Tunkel AR, Scheld WM. Acute meningitis. Chapter 80 In: Mandell GL, Bennett JE, Dolin R (eds).

Principles and Practice of Infectious Diseases. 6th ed. Churchill Livingstone, 2005.

22 CDC. Chapter 8: Identification and characterization of Streptococcus pneumoniae. In:

Laboratory Methods for the Diagnosis of Meningitis. Second ed., CDC and WHO 2011.

Sayfa 24 / 24 Ulusal Mikrobiyoloji Standartları 01.01.2015 / Sürüm: 1.1 / B-MT-05 / Mikrobiyolojik Tanımlama / Bakteriyoloji

http://www.cdc.gov/meningitis/lab-manual/chpt08-id-characterization-streppneumo.html (son eriĢim tarihi 06.01.2014)

23 Streptococcus, Enterococcus, and similar organisms. Chapter 15. In: Tille PM (ed). Bailey &

Scott’s Diagnostic Microbiology. 13^th ed., Elsevier Mosby, St.Louis Missouri. 2014, p.247-264 24 Identification of Streptococcus species, Enterococcus species and morphologically similar

organisms. UK Standards for Microbiology Investigations. Health Protection Agency, Bacteriology – Identification | ID 4 | 2013.

http://www.hpa.org.uk/webc/HPAwebFile/HPAweb_C/1313155001427 (son eriĢim tarihi 06.01.2014)

25 CDC. Chapter 14: Storage and shipping of Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae, and Haemophilus influenzae. Second ed., CDC and WHO. 2011.

http://www.cdc.gov/meningitis/lab-manual/chpt14-storage-shipping.html (son eriĢim tarihi 06.01.14)

26 Enfeksiyöz madde ile enfeksiyöz tanı ve klinik örneği taĢıma yönetmeliği. Sağlık Bakanlığı, Ankara. Resmî Gazete 25.09.2010 – 27710.

27 Tomer A, Nariman M, Leibovici L, Mical P. PCR Using blood for diagnosis of invasive

pneumococcal disease: Systematic Review and Meta-Analysis J Clin Microbiol 2010; 48(2):489.

ULUSAL MĠKROBĠYOLOJĠ

STANDARTLARI (UMS)

Belgede Ulusal Mikrobiyoloji Standartları (sayfa 163-169)