2. ULUSLARARASI SAĞLIK
BİLİMLERİ VE BİYOTEKNOLOJİ KONGRESİ
2ND INTERNATIONAL CONGRESS OF MEDICAL SCIENCES AND
BIOTECHNOLOGY
KONGRE KİTABI CONGRESS BOOK
Editör:
Doç. Dr. Alper KARAGÖZ
Değerli Hocalarım, Ulusal - Uluslararası Katılımcılar ve Öğrenciler
Büyük bir özveri ile oluşturduğumuz, gerek bilimsel, gerek sosyal açıdan kongre başkanı, genel sekreter ve düzenleme kurulumuzdaki arkadaşlarımızın iletişimi ve motivasyonuyla, Uşak Üniversitesinde üç yüz kişilik katılımcının değerli katılımları ile bizleri onurlandırdığı 2. Uluslararası Sağlık Bilimleri ve Biyoteknoloji kongresine katılımınız bizlere onur vermiştir.
Kongremiz farklı ülke ve illerden gelen, ayrıca Uşak üniversitemizin farklı fakültelerinden değerli konuşmacı hocalarımızın tecrübelerini paylaştığı birçok alanı bir araya getiren multidisipliner uluslararası bir kongredir.
Ayrıca kongremizin bu boyutta ve uluslararası standartlarda Uşak Üniversitesi ve Uşak ilimizin ülkemize bilimsel ve sosyal yönden tanıtımının sağlanması konusunda farkındalık yaratmasının gururu ve onurunu yaşıyoruz.
Kongremizin yapılması için büyük destek olan başta Uşak Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Ekrem Savaş ve yönetimine, hazırlıklar aşamasında kongremizin farklı il ve ülkelerde yapılması için ortaklık sağladığım, Beykent Üniversitesi ve İzmir Kavram Meslek Yüksekokulu yönetimine, kongre kitabının basılmasında bizden desteğini esirgemeyen İzmir Kavram MYO, değerli konuşmaları ve sözlü olsun, poster olsun birbirinden değerli çalışmaları ile bize destek veren hocalarımıza ve tabi ki bizleri geleceğe taşıyacak öğrencilerimize ayrıca her türlü konuda benden desteğini esirgemeyen eşim Öznur KARAGÖZ’e, kızlarım İnci ve Işıl’a teşekkür eder, saygılarımı sunarım.
Kongre Başkanı Doç. Dr. Alper KARAGÖZ
Kongrenin Onursal Başkanları
Prof. Dr. Ekrem SAVAŞ (Uşak Üniversitesi Rektörü) Prof. Dr. Murat FERMAN (Beykent Üniversitesi Rektörü)
Prof. Dr. Derman KÜÇÜKALTAN ( İzmir Kavram Meslek Yüksekokulu Müdürü)
Kongre Başkanı Doç. Dr. Alper Karagöz
Bilimsel Komite Abdulrezzak MEMON
Ahmet Cenk ANDAÇ Ahmet KAHRAMAN Ahmet Sami GÜVEN
Ali Nafiz EKİZ Alper KARAGÖZ
Anwar KHAN Areti TSALOGLİDOU Atilla Taner KALAYCIOĞLU
Atike İNCE YARDIMCI Aykut YILMAZ Aynur KARADAĞ GÜREL
Ayşe ÖZDEMİR Ayşegül ÇOPUR ÇİÇEK Ayşegül YILDIRIM KAPTANOĞLU
Bahadır FEYZİOĞLU
Bekir ÇELEBİ Burak Ömür ÇAKIR Bülent KATİPOĞLU
Çağdaş AKTAN Çetin Ayhan EVLİYAOĞLU
Deren ÇEKER Emeritus ALEXANDER
Emre İŞÇİ Esra KARACA ÇİFTÇİ Faheem Shehzad BALACH
Fisun ŞENUZUN AYKAR Funda KARABAĞ ÇOBAN
Galazios GEORGİOS Gülşen HAZIROLAN Haluk Hayri ÖZTEKİN Hassan Salman MİRZA
Hüseyin Haydar KUTLU Irmak BARAN İlker İnanç BALKAN
İsmail SEÇER Katerina KOVAČEVİḰ Khalid Mahmood KHAWAR Konstantinos KOUKOURİKOS
Lambrini KOURKOUTA Levent ALTINTAŞ Liaquad Ali BHUTTO
Ljubin SUKRİEV Lyubama DESPOTAVA
M. Fatih ÇELEN M. Reşat CEYLAN
Mehmet AKMAN Mehmet DEMİRCİ
Metin DOĞAN Muhammad ASIM
Nadir KOÇAK Necati FINDIKLI Nevin ÇANKAYA
Nilgün ÜNAL Özgür TARHAN Paraskeyi DALAGKOZİ
Pelin BARAN Rıdvan ÜNAL Seid Mahdi JAFARI
Selçuk GÜREL Senem ŞENTÜRK GÜÇEL
Serap TİTİZ
Serçin Özlem ÇALIŞKAN Serdar GÜNGÖR Stela GEORGİEVA
Süheyl POZANTI Sümeyra SAVAŞ Şule YILDIRIM Timoti OLALEYE
Tuba DAL Tuğba YİĞİT
Umut YİĞİT Zeynep ALTINTAŞ
Organizasyon Komitesi
Alper KARAGÖZ Aslı DURMUŞ Atike İNCE YARDIMCI
Aykut AKSU
Ayşegül YILDIRIM KAPTANOĞLU Barış ATALAY
Barış SARDOĞAN Berker KOCATÜRK
Gülşah ÇELİK Gülşen ŞİMŞEK
İzzet İSLAM Kerime GÜLEÇ
Murat SÜSLÜ Sümeyra SAVAŞ
Davetli Konuşmacılar
Prof. Dr. Seid Mahdi JAFARI (University of Gorgan, IRAN)
Prof.Dr.Liaquat Ali BHUTTO (Ministry of Agriculture Research Center, Pakistan) Dr. Zeynep ALTINTAŞ (Technical University of Berlin, Germany)
Dr. Irma MAHMULJIN (Institute for Biomedical Diagnostics and Research NALAZ) Dr. Elma MREHİC (Managing and Scientific Director at Biotechnology and Genetics)
Prof. Dr. Abdulrezzak MEMON (Uşak Üniversitesi) Prof. Dr. Fatih ÇELEN (Uşak Üniversitesi)
Prof. Dr. Senem ŞENTÜRK GÜÇEL (Uşak Üniversitesi) Doç. Dr. Nadir KOÇAK (Selçuk Üniversitesi) Doç. Dr. Özlem MİMAN (Dokuz Eylül Üniversitesi) Doç. Dr. Metin DOĞAN (Necmettin Erbakan Üniversitesi)
Doç. Dr. Gülşen HAZIROLAN (Hacettepe Üniversitesi) Prof. Dr. Tuba DAL (Ankara Yıldırım Beyazıt Üniversitesi)
Doç. Dr. Metin DOĞAN (Necmettin Erbakan Üniversitesi) Doç. Dr. Irmak BARAN (Karadeniz Teknik Üniversitesi)
Doç. Dr. Levent ALTINTAŞ (Ankara Üniversitesi) Doç. Dr. Alper KARAGÖZ (Uşak Üniversitesi) Doç. Dr. Şule YILDIRIM (Medical Park Hastanesi)
Doç. Dr. Ayşegül ÇOPUR ÇİÇEK (Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi) Doç. Dr. Funda KARABAĞ ÇOBAN (Uşak Üniversitesi)
Dr. Sümeyra SAVAŞ (TÜBİTAK- Bilgem) Dr. Öğr. Üyesi Özgür TARHAN (Uşak Üniversitesi)
Dr. Öğr. Üyesi İrem ULUIŞIK YILMAZ (İskenderun Teknik Üniversitesi) Dr. Öğr. Üyesi Muhammad Azhar NADEEM (Sivas Bilim ve Teknoloji Üniversitesi)
Dr. Öğr. Üyesi Banu Çiçek YÜCESAN (Çankırı Karatekin Üniversitesi) Dr. Öğr. Üyesi Serdar GÜNGÖR (Uşak Üniversitesi)
Dr. Öğr. Üyesi Umut YİĞİT (Uşak Üniversitesi) Dr. Öğr. Üyesi İdris KAYNAK (Uşak Üniversitesi)
Dr. Öğr. Üyesi Tuğba YİĞİT (Uşak Üniversitesi) Dr. Öğr. Üyesi Selçuk GÜREL (Bahçeşehir Üniversitesi) Dr. Öğr. Üyesi Sinan GÜRCÜOĞLU (Uşak Üniversitesi) Dr. Öğr. Üyesi Aynur KARADAĞ GÜREL (Uşak Üniversitesi)
Dr. Öğr. Üyesi Serçin Özlem ÇALIŞKAN (Uşak Üniversitesi) Dr. Öğr. Üyesi Ayşe ÖZDEMİR (Uşak Üniversitesi) Dr. Timoti OLALEYE (Uşak Özel Öztan Hastanesi) Dr. Atike İNCE YARDIMCI (Uşak Üniversitesi) Dr. Halil ER (Antalya Eğitim ve Araştırma Hastanesi)
II. Uluslararası Sağlık Bilimleri Ve Biyoteknoloji Kongresi Bildiriler Kitabı
ISBN
978-625-44354-2-3
İZMİR KAVRAM MYO
II. ULUSLARARASI SAĞLIK BİLİMLERİ VE BİYOTEKNOLOJİ KONGRESİ 1-3 EKİM 2020
BİLİMSEL PROGRAM
1. GÜN: 01 Ekim 2020 – Perşembe Sayfa No
10:
00 – 10:
30 OD A-1
AÇILIŞ KONUŞMALAR Prof. Dr. Ekrem SAVAŞ
(Rektör, Kongre Onursal Başkanı, Uşak Üniversitesi) Prof. Dr. Murat FERMAN
(Rektör, Kongre Onursal Başkanı, Beykent Üniversitesi) Prof. Dr. Derman KÜÇÜKALTAN
(Müdür, Kavram Meslek Yüksekokulu, İzmir)
10.
30 - 10.
50 OD A-1
Prof. Dr. Abdulrezzak MEMON
Uşak Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü
Genomic and structural analysis of SARS-COV-2 and its detection using CRISPR diagnostics
OTURUM BAŞKANI: Dr. Öğretim Üyesi İdris KAYNAK
31
OD A-2
Dr. Öğr. Üyesi Sinan GÜRCÜOĞLU
Uşak Üniversitesi Adalet Meslek Yüksekokulu, Hukuk Bölümü Adalet Pr.
Türkiye’de Salgın Hastalıkların Önlenmesine Yönelik Uygulanan Sağlık Politikalarının Kamu Politikası Bağlamında Değerlendirilmesi OTURUM BAŞKANI: Prof. Dr. Tuba DAL
145
10.
50 – 11.
05 OD A-1
Tutku ARSLANTAŞ
Çeşitli Kültürlerden İzole Edilen ESBL(+) Klebsiella pneumoniae Suşlarının Pfge Moleküler Tiplendirilmesi
177
OD A-2
Şule OLGUN
Sağlıkta Biyoteknoloji ve Biyomateryal Kullanımı
264
11.
05 – 11.
20 OD A-1
Özgür YILMAZ
PT-BT ile Kanser Görüntülemesine Yönelik hFOLR1 Hedefli Peptitlerin Tasarımı ve Sentezi
325
OD A-2
Hidayet TUTUN
Investigation of antibacterial activities of commercial and homemade grape vinegars on some food pathogens
321
11.
20- 11.
30 Ara
11.
30 - 11.
50 OD A-1
Dr. Öğr. Üyesi Ayşe ÖZDEMİR
Uşak Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Biyokimya Anabilim Dalı Biyokimya Laboratuvarı Özelinde Covid-19
OTURUM BAŞKANI: Dr. Öğr. Üyesi Banu Çiçek YÜCESAN
44
OD A-2
Doç Dr. Levent ALTINTAŞ
Ankara Üniversitesi, Veterinerlik Fakültesi, Farmakoloji ve Toksikoloji Anabilim Dalı
Tek Tıp, Tek Sağlık, Tek Dünya
OTURUM BAŞKANI: Dr. Öğr. Üyesi Sinan GÜRCÜOĞLU
98
11.
50 - 12.
05 OD A-1
Berrak DUMLUPINAR
Rosmarinik Asit ve Rutin’in Antienflamatuar Aktivitesi
315 OD
A-2
Süheyl POZANTI
Beyin Cerrahisi Ameliyat Hizmetlerinin Yürütülmesinde Ekip Bireylerinin, Sağlık Kurumunun Diğer Bölümleri ile İletişimi
328
12.
05 - 12.
20 OD A-1
Alparslan MERT
Çiğneme Sayısının Beden Kitle İndeksiyle İlişkisi
303 OD
A-2
Aykut YILMAZ
Bitkilerde DNA Barkodlama, Barkodlamada Kullanılan Bölgelerin Önemi ve Seçiminde Dikkat Edilmesi Gereken Durumlar
210
12.
20 - 13.
30
ÖĞLE ARASI
13.
30 – 13.
50 OD A-1
Dr. Öğr. Üyesi Umut YİĞİT
Uşak Üniversitesi, Diş Hekimliği Fakültesi, Periodontoloji Anabilim Dalı Diş Hekimliğinde Antibiyotik Kullanımı
OTURUM BAŞKANI: Prof. Dr. Senem ŞENTÜRK GÜÇEL
181
OD A-2
Dr.Irma MAHMULJIN
Dr.sc.biol. Institute for Biomedical Diagnostics and Research NALAZ Epidemiomolgy of Human Papillomavirus in male population in Bosnia and Herzegovina
OTURUM BAŞKANI: Dr. Atike İNCE YARDIMCI
83
13.
50 – 14.
05 OD A-1
Seyfi SARDOĞAN
Fonksiyonel Süt Ürünleri Teknolojisi ve Güncel Gelişmeler
327 OD
A-2
Başak KORKMAZER
Üniversite öğrencilerinin kilo kontrol kökenli bazı riskli sağlık davranışları
313
14.
05 – 14.
20 OD A-1 - OD A-2
Eda DAĞSUYU
Purification of thioredoxin reductase from Spirulina platensis
292
14.
20- 14.
30
ARA
14.
30 - 14.
50 OD A-1
Prof. Dr. Said Mahdi JAFARİ
IRAN, University of Gorgan,Dep. Food Materials & Process Design Eng., GUASNR, IRAN
Nano and Food; recent advances and research topics OTURUM BAŞKANI: Dr. Öğr. Üyesi Özgür TARHAN
122
OD A-2
Doç. Dr. Metin DOĞAN
Necmettin Erbakan Üniversitesi, Meram Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji A.B.D
Koronavirüs ailesine genel bakış-Covid-19 OTURUM BAŞKANI: Doç Dr. Şule YILDIRIM
108
14.
50 - 15.
OD A-1
Aslıhan ALPARSLAN DUMAN
Endometrium küretajı kime ne zaman?: 409 olgunun retrospektif analizi
199
OD 300
Purification of glutamate dehydrogenase from liver of rainbow trout (Oncorhynchus Mykiss)
15.
05 - 15.
20 OD A-1
Nurullah YÜCEL
Alzheimer Hastalığı Risk Faktörlerinden Hipertansiyon’un İntrakranial Morfometrik Ölçümlere Etkisinin Analizi
250
OD A-2
H. Hüseyin KOZAK
Deliryum, Demans ve COVID-19: Yeni ve Farklı Bir Semptom Sorgulama Önerisi
229
15.
20- 15.
30
ARA
15.
30 – 15.
50 OD A-1
Dr. Öğr. Üyesi Tuğba YİĞİT
Uşak Üniversitesi, Diş Hekimliği Fakültesi, Pedodonti Anabilim Dalı Daimi Dişleride Avülsiyon Olgularına Yaklaşım
OTURUM BAŞKANI: İrem ULUIŞIK YILMAZ
166
OD A-2
Doç. Dr. Şule YILDIRIM
Medical Park Hastanesi, Çocuk hastalıkları Injury Control in Childhood
OTURUM BAŞKANI: Prof. Dr. Abdulrezzak MEMON
156
15.
50 – 16.
05 OD A-1
Ercan AKSİT
The investigation of the importance of C-reactive protein to albumin ratio in patients with chronic kidney disease
293
OD A-2
Canan KOCAMAN YILDIRIM
The efficacy of vagal nerve stimulation in childhood drug-resistant epilepsy
291
16.
05 – 16.
20 OD A-1
Onur ALPTÜRK
Biyomedikal Uygulamalarda Kullanıma Yönelik Optik Tabanlı Mikroakışkan Çiplerin Yapısal Özelliklerinin İncelenmesi
324
OD A-2
Hazal KOÇ
Prevention of catheter related infections via the urinary catheter modified with silver impregnated nanoparticles
296
16- 20- 16.
40 OD A-1
Sibel GÜLSEROĞLU
Helicobacter Pylori İnfeksiyonunda Biyofilm Oluşumunun Rolü ve Antibiyotik Direnci
381
Elif ÇAĞLAYAN
Comparison of Interferon-Related Gene Expression Profiles in the Cells Infected with Human and Avian Type Influenza A Viruses
378
Onur ERTİK
Metformin protects against diabetes–induced pancreas injury and dunning prostate cancer model
380
Onur ERTİK
Protective effects of Myrtus Communis leaf extract against small intestine damage of postmenopausal diabetic rats
379
OD A-2
Eda DAĞSUYU
Effects of Myrtus communis leaf ethanol extract on gastric damage of postmenopausal diabetic rats
376
Eda DAĞSUYU
Urease and trypsin inhibition activities of some sulphur compounds
377
Hasan Hüseyin KOZAK
Sporadik Creutzfeldt-Jakob Hastalığı Vakalarının Klinik, Laboratuvar Ve Fonksiyonel Sonlanımlar Açısından Değerlendirilmesi(Poster)
358
Hasan ARICI
Hastane Çalışanlarında İş Doyumu
343
2. GÜN: 02 Ekim 2020 – Cuma
10.
30 – 10.
50 OD A-1
Dr. Zeynep ALTINTAŞ
Head of Biosensors and Receptor Development Group, Berlin, Germany Epitope identification and receptor design for biosensor based cancer detection
OTURUM BAŞKANI: Dr. Sümeyra SAVAŞ
183
OD A-2
Dr. Öğr. Üyesi Özgür TARHAN
Uşak Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Gıda Mühendisliği Potential Health Concerns of Food Nanoparticles
OTURUM BAŞKANI: Doç. Dr. Funda KARABAĞ ÇOBAN
177
10.
50 – 11.
05 OD A-1
Erol ŞENTÜRK
Sistemik Steroidin Kesin Kontrendike Olduğu Bell Paralizili Hastalarda İntratimpanik Steroidin Etkinliğinin Araştırılması
317
OD A-2
Ayşegül KAPTANOĞLU
A survey to measure changes in the behavior and daily health habits of university students studying in the field of healthcare during the Covid 19 outbreak.
290
11.
05 – 11.
20 OD A-1
Esra ÖZGÖÇMEN
Rehabilitation of Anterior Tooth Fractures in Children with Reattachment Technique: A Case Series
295
OD A-2
Ayşen ÖZMEN
Değişen İklim ve Sağlık Etkileri
311
11.
20- 11.
30
ARA
11.
30 – 11.
50 OD A-1
Dr. Sümeyra SAVAŞ TÜBİTAK- Bilgem
Patojenlerin Tespitinde Label-free DNA sensör Uygulamaları OTURUM BAŞKANI: Dr. Zeynep ALTINTAŞ
155
OD A-2
Dr. Öğr. Üyesi Banu Çiçek YÜCESAN
Sağlık Bilimleri Fakültesi, Sağlık Yönetimi Bölümü
Laboratuvar Tavşanlarında Encephalitozoonosis ve Türkiye’de Yapılan Çalışmalar
OTURUM BAŞKANI: Dr. Öğr. Üyesi Ayşe ÖZDEMİR
52
11.
50- 12.
05 OD A-1
Atıf YOLGÖSTEREN
COVID-19 pandemisi öncesinde ve pandemi sırasında açık kalp cerrahisi geçiren hastalarda postoperatif enfeksiyon oranlarının karşılaştırılması
304
OD A-2
Gülçin Gökçenur KARATAŞ
Kanıta Dayalı Tıp 323
12.
05- 12.
20 OD A-1
Işık KABAN
Kronik Hemodializ Altındaki Son Dönem Renal Yetmezlikli Kadın Hastalarda Menstrüel Disfonksiyon ve Hormonal Profil
235
OD A-2
Seda BEYAZ
The Effect of Royal Jelly on Bax / Bcl-2 Protein Signaling Pathways Against Fluoride-Induced Brain Damage in Rats
301
12.
20- ÖĞLE ARASI
13.
30- 13.
50 OD A-1
Dr. Öğr. Üyesi İrem ULUIŞIK YILMAZ
İskenderun Teknik Üniversitesi, Biyomedikal Mühendisliği Biyolojik Sistemlerde Bor
OTURUM BAŞKANI: Prof. Dr. Metin DOĞAN
78
OD A-2
Prof. Dr. Fatih ÇELEN
Uşak Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Zootekni Bölümü, Hayvan Yetiştirme Anabilim Dalı
Covid-19 Pandemisinin Tarım Sektörü Üzerine Etkileri OTURUM BAŞKANI: Ass. Prof. Muhammed Azhar NADEEM
58
13.
50- 14.
05 OD A-1
Hayrettin TEMEL
COVID-19 olgu serisi: Akut Tonsillit ve Otitis Media olgularına dikkat
319
OD A-2
Yüksel AKIN
Linda Kazlarının İlk Verim Dönemi Kuluçka Sonuçlarının Belirlenmesi
272
14.
05- 14.
20 OD A-1
Süheyl POZANTI
Beyin Cerrahisi Kliniği Hizmetlerinin Yürütülmesinde Ekip Bireylerinin, Kendi Aralarında ve Diğer Bölümler ile İletişimi
329
OD A-2
Yüksel AKIN
Ege Bölgesinde Halk Elinde Yetiştiriciliği Yapılan Farklı
Genotiplerdeki Kazların ( Çin ve Mamut) Kuluçka Sonuçlarının Belirlenmesi
280
14.
20- 14.
30
ARA
14.
30- 14.
50 OD A-1
Dr. Öğr. Üyesi Serçin Özlem ÇALIŞKAN
Uşak Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Biyofizik Anabilim Dalı Sonodinamik Tedavi ve Uygulamaları
OTURUM BAŞKANI: Doç. Dr. Gülşen HAZIROLAN
134
OD A-2
Dr. Öğr. Üyesi Muhammed Azhar NADEEM
Sivas Bilim ve Teknoloji Üniversitesi, Tarım Bilimleri ve Teknoloji Fakültesi, Bitki Koruma Bölümü
Recent advancements in plant marker-assisted breeding OTURUM BAŞKANI: Prof. Dr. Fatih ÇELEN
18
14.
50- 15.
05 OD A-1
Ümit ALANBAYI
Hastane Kaynaklı Enterokok Enfeksiyonlarında Vankomisin Direnci
205 OD
A-2
Mehmet AKMAN
Zayıflama Amaçlı Kullanılan Bitkisel Besin Desteklerinin Tüketim Sıklığı ve Etkinliği
242
15.
05- 15.
20 OD A-1
Ahmet Lütfü SERTDEMİR Kounis Sendromu
340 OD
A-2
Serap ÇETİNKAYA
Purification of some of the predominant bacterial pigment molecules by SDS-PAGE
302
15.
20- 15.
30
ARA 15.
30- 15.
50 OD A-1
Doç. Dr. Gülşen HAZIROLAN
Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Enterobacterales’de direnç sorunu
OTURUM BAŞKANI: Doç. Dr. Levent ALTINTAŞ
66
OD A-2
Doç. Dr. Irmak BARAN
Karadeniz Teknik Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji A.B.D SARS-CoV-2 Aşı Çalışmaları
OTURUM BAŞKANI: Dr. Atike İnce YARDIMCI
84
15.
50- 16.
05 OD A-1
Mustafa Gökhan ERTOSUN
Effects of p38, Chk2 and PKA-mediated phosphorylation of E2F1 protein on breast cancer in vivo development
298
OD A-2
Hasan ARICI
Karaman Eğitim Ve Araştırma Hastanesi Klinik Biyokimya
Laboratuvarında Preanalitik Hata Analizi Ve Numune Red Nedenleri 219
16.
05- 16.
20 OD A-1
Selçuk GÜREL
Pediatrik Septik Şokta Rol Oynayan Genlerin Biyoinformatik Analizi ve in Vitro Septik Şok Hücre Modelinde Gösterilmesi
257
OD A-2
Sema Nur YAMAN ÇELİK
Göğüs cerrahisi sonrası yaşanan ağrıyı değerlendirmeye yönelik 2010- 2020 yılları arasında yapılan çalışmaların incelenmesi
326
16.
20- 16.
40 OD A-1
Abdullah İÇLİ
COVID-19 and Shadow Complication: Recurrent Mitral Valve Vegetation
331
Muhammet Şükrü AĞRALI
İshal Yakınmasıyla Çocuk Kliniğine Başvuran Hastalarda Bakteriyel Gastroenterit Etkenlerin Araştırılması
365
OD A-2
Nurullah YÜCEL
Alzheimer Hastalığı Erken Tanısında MR Görüntüleme Üzerinden İntracranial Anatomik Oluşumların Morfometrik Analizinde Son Yıllardaki Gelişmeler
389
Nurullah YÜCEL
Migren Hastalarının MR Görüntülerinde Merkezi Sinir Sistemi Anatomik Yapılarındaki Değişimler
383
3. GÜN: 03 Ekim 2020 – Cumartesi
10.
30- 10.
50 OD A-1
Doç. Dr. Ayşegül ÇOPUR ÇİÇEK
Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı
Covid-19 Yetkilendirilmiş Tanı Laboratuvarlarında Hizmet Sunumu OTURUM BAŞKANI: Doç. Dr. Funda KARABAĞ ÇOBAN
47
OD A-2
Dr. Öğr. Üyesi Serdar GÜNGÖR
Uşak Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Covid-19 Pandemisinde Kan Merkezi Yönetimi ve Kliniklere Destek Olarak Yapılanlar
OTURUM BAŞKANI: Dr. Öğr. Üyesi İdris KAYNAK
141
10.
50- 11.
05 OD A-1
Soycan MIZRAK
Total Test Sürecindeki Yadsınamaz Problem: Hatalı Kan Alımı
305 OD
A-2
Mehmet Cem SABANER
Computer Vision Syndrome and Eye Health Relationship in Today
297
11.
05- 11.
25 OD A-1
Doç. Dr. Özlem MİMAN
Dokuz Eylül Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Parazitoloji Anabilim Dalı Parazitler nöral yapı ve fonksiyonları nasıl etkiliyor?
OTURUM BAŞKANI: Senem ŞENTÜRK GÜÇEL
121
70
OD A-2
Uşak Üniversitesi, Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu, Makine ve Metal Teknolojileri Bölümü
A Novel Design and Manufacturing Approach of Integration PCR Machine Pc Modelling
OTURUM BAŞKANI: Dr. Öğr. Üyesi Ayşe ÖZDEMİR 11.
25- 11.
35
ARA
11.
35- 11.
55 OD A-1
Prof. Dr. Tuba DAL
Ankara Yıldırım Beyazıt Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Mikrobiyota
OTURUM BAŞKANI: Dr. Öğr. Üyesi Umut YİĞİT
163
OD A-2
Uzm. Dr. Halil ER
Antalya Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji-Tıbbi Mikoloji
Candida Enfeksiyonlarının Laboratuvar Tanısı ve Duyarlılık Testleri OTURUM BAŞKANI: Dr. Öğr. Üyesi Serdar GÜNGÖR
68
11.
55- 12.
15 OD A-1
Prof. Dr. Liquat Ali BHUTTO
Agriculture Research Centre, Pakistan
Establishment of efficient protocol for micropropagation of local date palm (Phoenix dactylifera L.) cultivars.
OTURUM BAŞKANI: Prof. Dr.Abdül Rezzak MEMON
107
OD A-2
Prof. Dr. Senem ŞENTÜRK GÜÇEL
Uşak Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Radyoloji Anabilim Dalı Tanısal ve Moleküler Görüntülemede Güncel Gelişmeler OTURUM BAŞKANI: Dr. Öğr. Üyesi Tuğba YİĞİT
129
12.
15- 12.
25 OD A-1
Uzm. Dr. Timoti OLALEYE
Uşak Özel Öztan Hastanesi, Radyoloji Kliniği
Covid-19 Viral Pnömoni Ve Bilgisayarlı Tomografi (Bt ) Bulguları OTURUM BAŞKANI: Dr. Öğr. Üyesi Selçuk GÜREL
185
OD A-2
Dr. Elma Mrehic
Managing and Scientific Director at Biotechnology and Genetics Non-Invasive Prenatal Testing using Cell Free DNA in Maternal Plasma: Implementation and Challenges
OTURUM BAŞKANI: Prof. Dr. Abdulrezzak MEMON
57
12.
25- 13.
35
ÖĞLE ARASI
13.
35- 13.
55 OD A-1
Doç. Dr. Funda KARABAĞ ÇOBAN
Uşak Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü
Kanser ve Fitoterapi
OTURUM BAŞKANI: Dr. Atike İNCE YARDIMCI
62
OD A-2
Dr. Öğr. Üyesi Selçuk GÜREL
Bahçeşehir Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilin Dalı
Yenidoğan Bronkopulmoner Displazi Tedavisinde Hücresel Stratejiler OTURUM BAŞKANI: Dr. Öğr. Üyesi Aynur KARADAĞ GÜREL
123
13.
55- 14.
20 OD A-1
Ass. Prof.Ahmet Badri NABED Irak
Four FDA approved Anthelmintic agents may plausibly provide a promising treatment for covid19 patients
17
OTURUM BAŞKANI: Dr. Atike İnce YARDIMCI
OD A-2
Dr. Öğr. Üyesi Aynur KARADAĞ GÜREL
Uşak Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı
Covıd-19’un Neden Olduğu Solunum Yolu Enfeksiyonlarında Mezenkimal Kök Hücrelerin İmmünomodülatör Etkisi
OTURUM BAŞKANI: Dr. Öğr. Üyesi Selçuk GÜREL
36
14.
20- 14.
30
ARA
14.
30- 14.
50 OD A-1
Doç Dr. Nadir KOÇAK
Selçuk Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Dahili Tıp Bilimleri Bölümü, Tıbbi Genetik Anabilim Dalı
mRNA Aşıları ve Kullanım Alanları
OTURUM BAŞKANI: Doç. Dr. Alper KARAGÖZ
114
OD A-2
Dr. Atike İNCE YARDIMCI
Uşak Üniversitesi, Teknoloji Transfer Ofisi
Elektrolif Çekim Yöntemi ile Üretilen Filtre Malzemelerinin Virüslere Karşı Kullanımı
OTURUM BAŞKANI: Dr. Öğr. Üyesi Selçuk GÜREL
32
14.
50- 15.
20 OD A-1
Aynur KARADAĞ GÜREL
Covid-19 Hastalarında Ait BALF ve PBMC Örneklerinin Transkriptom Profillerinin Karşılaştırılması
289
Begüm CEYLAN
Sağlığın dijitalleşmesi, yapay zekâ ve büyük veri tartışmaları
314 Aslı DURMUŞ
Metisilin Dirençli Staphylococcus aureus(MRSA) Suşlarının PFGE yöntemi ile Tiplendirilmesi
288
OD A-2
Doç. Dr. Alper KARAGÖZ
Uşak Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü
Covid-19 Tanısında Kullanılan Güncel Moleküler Testler
28
15.
20
KAPANIŞ KONUŞMASI
Kongre Başkanı Doç. Dr. Alper KARAGÖZ
2nd International Congress of Medical Sciences and Biotechnology, Uşak, 2020
DAVETLİ KONUŞMACILAR
1-3 Ekim 2020
Uşak Üniversitesi
Four FDA approved Anthelmintic agents may plausibly provide a promising treatment for covid19 patients
Ahmed Badri Abed and Abdul Razaque Memon
Department of Molecular Biology and Genetics, Faculty of Science and Letters, Uşak University, Uşak, Turkey
Since up to date, the whole world is still waiting for any approved therapy can win the battle against the novel COVID-19 pandemic; significant efforts and much researches are being carried out to tackle this health menace successfully. Several attempts and global trials have been significantly generated by agencies and authorities to find a safe and effective treatment.
Currently, some anthelmintic drugs used for the treatment of parasitic therapy are re-evaluated for their effectiveness for coronavirus infection. In this communication, we focused on these four FDA approved anthelmintic agents for using against Covid-19.
Recent Advancements in Plant Marker-Assisted Breeding
Muhammad Azhar Nadeem1*, Faheem Shehzad Baloch1, Tolga Karaköy1
1 Faculty of Agricultural Sciences and Technologies, Sivas University of Science and Technology, Sivas 58140, Turkey
Corresponding Author: *azharjoiya22@gmail.com
Abstract
Plant breeders can help farmers to increase food production by breeding improved varieties having better adaptation to farming systems and changing environment. A plant breeder face the challenge of how to more effectively and efficiently perform selection and accelerate the breeding progress to satisfy the requirements of changing markets for crop cultivars. Innovations in plant breeding are very important to combat the challenges of global changes such as food scarcity and climate change.
Agriculture production system is under big pressure to fulfill the nutritional requirements of rapidly growing population under adversely changing climatic conditions. Plant breeding has potential to address the food scarcity and to develop the new varieties having resistance to changing environment. The classical breeding approaches played significant role in the crop improvement in the last century. However, conventional breeding showed various limitations like being time consuming, laborious, require large land, cost ineffective, population size, and are less precise and reliable. To address these limitations, marker-assisted breeding (MAB) was introduced which involves the investigation and application of DNA markers for the breeding aspects. The advancement in molecular markers, genotyping, genome sequencing and gene discovery approaches like QTL mapping, association mapping/genome-wide association studies (GWAS) provide an array of options to study and understand crop genomes more appropriately. Genome editing (using CRISPR-Cas9) aroused revolutionary technique and rapidly took over the field of plant science and plant breeding. It is suggested that integration of both MAB and classical breeding approaches will be an optimistic strategy for future crop improvement.
Keywords: Molecular markers, QTL mapping, Genome-Wide Association studies (GWAS), Genomic Selection, Marker-Assisted selection
Introduction
The world is confronted with food insecurity due to climate change and nearly 800 million people from developing countries go to bed hungry (Khush et al. 2012). World population is increasing rapidly and estimated to reach 10 billion by 2050. Therefore, it is necessary to increase the world food production by 60%–110% to meet the expected food demand in 2050 (Tilman et al. 2011;
Godfray et al. 2010). In addition, the climate change forecasts are showing dryer, hotter, and uncertain future scenarios. Under such circumstances, the world agriculture is faced with two equally important challenging objectives: adapting and mitigating climate change adversities (Collins et al. 2013). Plant breeding has played a key role in the development of agriculture and the betterment of human life (Hallauer, 2011). Domestication of wild relatives of modern crop species occurs thousands of years ago. Domestication and continual selection of crop wild relatives have not only provided humans with essential and diverse food and fiber products, but have also resulted in the establishment of the material which is serving as a source of novel variations for modern breeding activities (Smýkal et al. 2018). Before twentieth century, mostly crossing techniques were used for the development of new cultivars. Plant breeding got the status of science after the establishment of Mendel principles of inheritance. During the starting period of plant breeding, successful development of improved varieties was considerably based on the breeder’s experience and subjective judgment, as well as luck. Even at the present time, current plant breeding programs are aided by well-developed genetic principles and modern techniques, still the breeder’s experience and unique insight are consider key factors for successful development of cultivars (Jiang, 2015).
Plant breeding is a combination of art and science (Acquaah 2007). Challenges to plant breeder includes selection of parents, identification of desirable variations, prediction about the expression or performance of breeding materials in succeeding generations and variable environments and, speed up the breeding progress in cultivar development to satisfy the requirements of changing and increasing markets for crop cultivars (Jiang, 2015).
Classical plant breeding methods have made significant contribution to crop improvement, but they have been found, slow, time consuming, laborious and, incompetent in targeting complex traits like yield, quality, biotic and abiotic stresses (Dhingani et al. 2015). A trait is governed by one or more genes and environments has direct effect on its phenotype. The advancements in molecular markers technology has created a powerful and practicable way to the scientific community to identify genetic basis controlling trait of interest (Nadeem et al. 2020; Nadeem et al. 2018).
Molecular markers have been successfully used for the marker-assisted breeding of many crops (Chao et al. 2006; Mammadov et al. 2010; Narshimulu et al. 2011; Zhang et al. 2015). Marker- assisted breeding refers to such a breeding procedure in which DNA marker detection and selection are integrated into a traditional breeding program (Jiang, 2013).
Identification of genetic basis for marker-assisted breeding
Information about the significant association between markers and the traits of interest is considered most crucial factor for the identification of genetic basis. Only those markers that are tightly linked with trait of interest can be used in successful breeding of crops. More tight linkage of marker with trait can increase its success and efficiency in breeding activities (Jiang, 2013). Various methods has been proposed by the scientific community for the investigation of genetic basis having association with trait of interest (Nadeem et al. 2018; Jiang, 2013). Among
marker based genome-wide association study (GWAS) and genomic selection are most widely used approaches. Among these approaches, genome-wide association studies (GWAS) and quantitative trait loci (QTL) mapping are very popular approaches for the investigation of genetic basis for traits of interest (Nadeem et al. 2020; Nadeem et al. 2018).
Success stories of QTL mapping in plants
QTL mapping or bi-parental mapping is mainly used for the investigation of QTLs associated with traits of interest (Nadeem et al. 2020; Nadeem et al. 2018). As a result, QTL mapping signifies the basis of development of molecular markers for MAS. However, accuracy of QTL mapping is affected by various aspects like population sizes and types, and low recombination (Nadeem et al. 2018; Das et al. 2013). Investigation of QTLs was a breakthrough in plant sciences to characterize the quantitative traits. QTL mapping has been successfully utilized to uncover the genomic regions related to quantitative traits (Borba et al., 2010). Here we are reporting few important and very recent studies about QTL mapping in plants.
Very recently, Gebrewahid et al. (2020) aimed to investigate the QTLs associated with stripe or yellow rust and leaf rust and identified 11 QTLs for YR resistance and five for LR resistance using inclusive composite interval mapping. Ren et al. (2020) aimed to investigate the QTLs controlling drought tolerance in soybean and identified a total of 23 QTL related to this trait.
Seo et al. (2020) aimed to discover QTLs for pod shattering and investigated novel candidate QTL/genes for this trait. Ruixian et al. (2020) aimed to explore the QTLs controlling plant height and fruit branch number and identified a total of 53 QTLs for these traits.
Genome-Wide Association Studies and its success stories
QTL mapping or bi-parental mapping has several drawbacks, like low recombination, being time-consuming, and the population specificity of the identified QTLs (Nadeem et al. 2018).
To overcome these draw backs, genome-wide association (GWAS) studies was introduced for the identification of genetic basis having association with trait of interest (Nadeem et al. 2020;
Nadeem et al. 2018). This approach involves the screening of genetic variations across the whole genomes of a large number individuals or populations to uncover the genotype–
phenotype association. GWAS has great impact on the complex disease genetics and resulted in the investigation of marker-trait association for very complex diseases in human (Tam et al.
2019). This approach has been found more accurate and trustable compared to QTL mapping for the marker-trait association and success stories are available about the successful application of GWAS investigated markers in marker-assisted breeding (Vagndorf et al. 2018; Xiao et al., 2017). Acceptance, popularity and application of this approach for the marker-trait investigation can be realized that nearly a total of 3,730 publications are documented about GWAS till 11 January 2019, while a total of 37,730 SNVs and 52,415 unique SNV–trait associations have been documented (Tam et al. 2019; MacArthur et al. 2017). GWAS is performed to investigate the markers associated with trait of interest and explore the genetic architecture of the trait. Now huge number of such MTAs have been identified through GWAS are now available for all major crops. The wider usage of high-throughput whole genome sequencing (WGS) has improved the power and resolution of GWAS (Gupta et al. 2018).
GWAS has been applied successfully nearly all crops to unlock the genetic basis controlling trait on interest (Mohammadi et al. 2020; Rice et al. 2020; Kohli et al. 2020; Li et al. 2020).
Advancement in genome-wide association studies
Investigation of a good numbers of false negative and false positive remained a big problem in GWAS. Advancement in bioinformatics played a key role in the precise identification and functional characterization of candidate genes after identification of MTAs through GWAS.
Recent advancements in GWAS are described below.
Single-locus, single trait (SLST) mixed models
Earlier association studies were involved in the investigation of single-locus and a single trait at a time. However, first major development in GWAS comes when Yu et al. (2006) proposed mixed model which take into account both fixed and random effects. This model becomes very popular among scientific community and still undergoing in improvements in order to deal false positives.
Multi-locus and multi-trait mixed models (MLMM and MTMM)
The SLST method reflected various limitations like: problem in multiple testing, failed to investigate the pleiotropic effects and background genotype effect (Buzdugan et al. 2016). To overcome, new approaches were developed having ability analyze multiple loci and multiple traits individually or together in an analysis. Among these methods are
1. Multi-locus models 2. Multi-trait models
3. Multi-locus, multi-trait models
Joint-linkage association mapping (JLAM)
Earlier studies has comprehensively explored the advantages and limitations of linkage mapping and association mapping when performed independently. To get the advantages of both approaches, Wu and Zeng (2001) proposed a new methodology naming joint linkage- association mapping (JLAM) by combining both linkage mapping and association mapping.
This methodology involve the identification of QTLs and at the same time allow the validations of QTLs and the linked markers that can be later used for marker assisted selection of crops.
Genomic selection
Genomic selection is a promising approach of marker-based selection proposed by Meuwissen (2007). Genomic selection involves in the simultaneous selection of thousands of markers which are evenly distributed on entire genome in such a way that all genes are expected to be in linkage disequilibrium with at least some of the markers (Bhat et al. 2016).
During GS analysis, markers distributed across whole genome are applied to predict complex traits with accuracy sufficient to allow selection on that prediction alone. Genomic estimated breeding value (GEBV) are used in the selection of desirable individuals (Nakaya and Isobe, 2012). Recent research studies confirmed that GS has the potential to reshape crop breeding, and many authors have concluded that the estimated genetic gain per year applying GS is several times that of conventional breeding (Bassi et al. 2016).
Genome editing
The genome editing which is also known as “CRISPR–Cas” systems have only been discovered within the past decade and attained significant attention of scientific community (van der Oost, et al. 2014). The CRISPR/Cas system act as immune system in bacteria and archaea against invading viral and plasmid DNAs (Sorek et al. 2013; Sampson et al. 2013). A total of three types of CRISPR system have been reported, however type II system from Streptococcus pyogenes that is best characterized and that has been adapted for gene targeting purposes. Previously, TALENs and ZFNs have been successfully applied for genome editing. However, CRISPR/Cas resulted superior to earlier approaches in term of design, specificity, multiplexing, cost, and flexibility over other methods. Arabidopsis and Nicotiana benthamina were first plants in which successful genome editing was performed using in 2013 (Li et al. 2013; Nekrasov et al. 2013). Genome editing has been performed successfully in various plants like apple (Nishitan et al. 2016), Arabidopsis (Feng et al. 2013), banana (Kaur et al. 2018), rice (Zheng et al. 2016), and maize (Svitashev et al. 2015).
Conclusions
Advancements in molecular markers and sequencing technologies changed the fate of plant breeding. QTL mapping and GWAS are largely used for the identification of markers associated with trait of interest. Genome editing revolutionized the field of genome manipulation and this approach has been applied in a number of plants. Integration of both molecular breeding with conventional breeding will be very impactful for the improvement of crops.
References
Acquaah G. Principles of plant genetics and breeding. John Wiley & Sons; 2009.
Bassi FM, Bentley AR, Charmet G, Ortiz R, Crossa J. Breeding schemes for the implementation of genomic selection in wheat (Triticum spp.). Plant Science. 2016 Jan
1;242:23-36.
Bhat JA, Ali S, Salgotra RK, Mir ZA, Dutta S, Jadon V, Tyagi A, Mushtaq M, Jain N, Singh PK, Singh GP. Genomic selection in the era of next generation sequencing for complex traits in plant breeding. Frontiers in genetics. 2016 Dec 27;7:221.
Borba TC, Brondani RP, Breseghello F, Coelho AS, Mendonça JA, Rangel PH, Brondani C.
Association mapping for yield and grain quality traits in rice (Oryza sativa L.). Genetics and Molecular Biology. 2010;33(3):515-24.
Buzdugan L, Kalisch M, Navarro A, Schunk D, Fehr E, Bühlmann P. Assessing statistical significance in multivariable genome wide association analysis. Bioinformatics. 2016 Jul 1;32(13):1990-2000.
Chao S, Anderson J, Glover K, Smith K. Use of high throughput marker technologies for marker-assisted breeding in wheat and barley. InPlant and Animal Genome VX Conference Abstracts 2006 Jan 5 (No. W43, p. 17).
Collins, M., Knutti, R., Arblaster, J., Dufresne, J.L., Fichefet, T., Friedlingstein, P., Gao, X., Gutowski, W.J., Johns, T., Krinner, G. and Shongwe, M., 2013. Long-term climate change:
projections, commitments and irreversibility. In Climate Change 2013-The Physical Science Basis: Contribution of Working Group I to the Fifth Assessment Report of the Intergovernmental Panel on Climate Change (pp. 1029-1136). Cambridge University Press.
Das G, Patra JK, Baek KH. Insight into MAS: a molecular tool for development of stress resistant and quality of rice through gene stacking. Frontiers in plant science. 2017 Jun 13;8:985.
Dhingani RM, Umrania VV, Tomar RS, Parakhia MV, Golakiya B. Introduction to QTL mapping in plants. Ann Plant Sci. 2015;4(04):1072-9.
Feng Z, Zhang B, Ding W, Liu X, Yang DL, Wei P, Cao F, Zhu S, Zhang F, Mao Y, Zhu JK.
Efficient genome editing in plants using a CRISPR/Cas system. Cell research. 2013 Oct;23(10):1229-32.
Gebrewahid TW, Zhang P, Zhou Y, Yan X, Xia X, He Z, Liu D, Li Z. QTL mapping of adult plant resistance to stripe rust and leaf rust in a Fuyu 3/Zhengzhou 5389 wheat population.
The Crop Journal. 2020 Jan 7.
Godfray HC, Beddington JR, Crute IR, Haddad L, Lawrence D, Muir JF, Pretty J, Robinson S, Thomas SM, Toulmin C. Food security: the challenge of feeding 9 billion people.
science. 2010 Feb 12;327(5967):812-8.
Hallauer AR. Evolution of plant breeding. Crop breeding and applied biotechnology. 2011 Sep;11(3):197-206.
Jiang GL. (2015) Molecular Marker-Assisted Breeding: A Plant Breeder’s Review. In: Al- Khayri J., Jain S., Johnson D. (eds) Advances in Plant Breeding Strategies: Breeding, Biotechnology and Molecular Tools. Springer, Cham.
Jiang GL. Molecular markers and marker-assisted breeding in plants. Plant breeding from laboratories to fields. 2013 May 22:45-83.
Kaur N, Alok A, Kaur N, Pandey P, Awasthi P, Tiwari S. CRISPR/Cas9-mediated efficient editing in phytoene desaturase (PDS) demonstrates precise manipulation in banana cv.
Rasthali genome. Functional & integrative genomics. 2018 Jan 1;18(1):89-99.
Khush GS, Lee S, Cho JI, Jeon JS. Biofortification of crops for reducing malnutrition. Plant Biotechnology Reports. 2012 Jul 1;6(3):195-202.
Kohli PS, Verma PK, Verma R, Parida SK, Thakur JK, Giri J. Genome-wide association study for phosphate deficiency responsive root hair elongation in chickpea. Functional &
Integrative Genomics. 2020 Sep 5:1-2.
Li J, Jiang Y, Yao F, Long L, Wang Y, Wu Y, Li H, Wang J, Jiang Q, Kang H, Li W. Genome- Wide Association Study Reveals the Genetic Architecture of Stripe Rust Resistance at the Adult Plant Stage in Chinese Endemic Wheat. Frontiers in Plant Science. 2020 Jun 5;11:625.
Li JF, Norville JE, Aach J, McCormack M, Zhang D, Bush J, Church GM, Sheen J. Multiplex and homologous recombination–mediated genome editing in Arabidopsis and Nicotiana benthamiana using guide RNA and Cas9. Nature biotechnology. 2013 Aug;31(8):688- 91.
Mammadov JA, Chen W, Ren R, Pai R, Marchione W, Yalçin F, Witsenboer H, Greene TW, Thompson SA, Kumpatla SP. Development of highly polymorphic SNP markers from the complexity reduced portion of maize [Zea mays L.] genome for use in marker- assisted breeding. Theoretical and applied genetics. 2010 Aug 1;121(3):577-88.
Meuwissen T. Genomic selection: marker assisted selection on a genome wide scale. Journal of animal Breeding and genetics. 2007 Dec;124(6):321-2.
Mohammadi M, Xavier A, Beckett T, Beyer S, Chen L, Chikssa H, Cross V, Moreira FF, French E, Gaire R, Griebel S. Identification, Deployment, and Transferability of Quantitative Trait Loci from Genome-Wide Association Studies in Plants. Current Plant Biology. 2020 Mar 27:100145.
Nadeem MA, Gündoğdu M, Ercişli S, Karaköy T, Saracoğlu O, Habyarimana E, Lin X, Hatipoğlu R, Nawaz MA, Sameeullah M, Ahmad F. Uncovering phenotypic diversity and DArTseq marker loci associated with antioxidant activity in common bean. Genes. 2020 Jan;11(1):36.
Nadeem MA, Nawaz MA, Shahid MQ, Doğan Y, Comertpay G, Yıldız M, Hatipoğlu R, Ahmad
F, Alsaleh A, Labhane N, Özkan H. DNA molecular markers in plant breeding: current status and recent advancements in genomic selection and genome editing. Biotechnology
& Biotechnological Equipment. 2018 Mar 4;32(2):261-85.
Nakaya A, Isobe SN. Will genomic selection be a practical method for plant breeding?. Annals of botany. 2012 Nov 1;110(6):1303-16.
Narshimulu G, Jamaloddin M, Vemireddy LR, Anuradha G, Siddiq E. Potentiality of evenly distributed hypervariable microsatellite markers in marker‐assisted breeding of rice.
Plant Breeding. 2011 Jun;130(3):314-20.
Nekrasov V, Staskawicz B, Weigel D, Jones JD, Kamoun S. Targeted mutagenesis in the model plant Nicotiana benthamiana using Cas9 RNA-guided endonuclease. Nature biotechnology. 2013 Aug;31(8):691-3.
Nishitani C, Hirai N, Komori S, Wada M, Okada K, Osakabe K, Yamamoto T, Osakabe Y.
Efficient genome editing in apple using a CRISPR/Cas9 system. Scientific reports. 2016 Aug 17;6(1):1-8.
Ren H, Han J, Wang X, Zhang B, Yu L, Gao H, Hong H, Sun R, Tian Y, Qi X, Liu Z. QTL mapping of drought tolerance traits in soybean with SLAF sequencing. The Crop Journal.
2020 Jun 5.
Rice BR, Fernandes SB, Lipka AE. Multi-Trait Genome-wide Association Studies Reveal Loci Associated with Maize Inflorescence and Leaf Architecture. Plant and Cell Physiology.
2020 Mar 18.
Ruixian LI, Xianghui XI, Juwu GO, Junwen LI, ZHANG Z, Aiying LI, Quanwei LU, SHANG H, Yuzhen SH, Qun GE, IQBAL MS. QTL mapping for plant height and fruit branch number based on RIL population of upland cotton. Journal of Cotton Research. 2020 Dec;3(1):1-9.
Sampson TR, Saroj SD, Llewellyn AC, Tzeng YL, Weiss DS. A CRISPR/Cas system mediates bacterial innate immune evasion and virulence. Nature. 2013 May;497(7448):254-7.
Seo JH, Kang BK, Dhungana SK, Oh JH, Choi MS, Park JH, Shin SO, Kim HS, Baek IY, Sung JS, Jung CS. QTL Mapping and Candidate Gene Analysis for Pod Shattering Tolerance in Soybean (Glycine max). Plants. 2020 Sep;9(9):1163.
Smýkal P, Nelson MN, Berger JD, Von Wettberg EJ. The impact of genetic changes during crop domestication. Agronomy. 2018 Jul;8(7):119
Sorek R, Lawrence CM, Wiedenheft B. CRISPR-mediated adaptive immune systems in bacteria and archaea. Annual review of biochemistry. 2013 Jun 2;82:237-66.
Svitashev S, Young JK, Schwartz C, Gao H, Falco SC, Cigan AM. Targeted mutagenesis, precise gene editing, and site-specific gene insertion in maize using Cas9 and guide RNA. Plant physiology. 2015 Oct 1;169(2):931-45.
Tam V, Patel N, Turcotte M, Bossé Y, Paré G, Meyre D. Benefits and limitations of genome- wide association studies. Nature Reviews Genetics. 2019 Aug;20(8):467-84.
Tilman D, Balzer C, Hill J, Befort BL. Global food demand and the sustainable intensification of agriculture. Proceedings of the national academy of sciences. 2011 Dec 13;108(50):20260-4.
Vagndorf N, Kristensen PS, Andersen JR, Jahoor A, Orabi J. Marker-Assisted Breeding in Wheat.
Next Generation Plant Breeding. 2018 Sep 26:1.
Van Der Oost J, Westra ER, Jackson RN, Wiedenheft B. Unravelling the structural and mechanistic basis of CRISPR–Cas systems. Nature Reviews Microbiology. 2014 Jul;12(7):479-92.
Wu R, Zeng ZB. Joint linkage and linkage disequilibrium mapping in natural populations.
Genetics. 2001 Feb 1;157(2):899-909.
Xiao Y, Liu H, Wu L, Warburton M, Yan J. Genome-wide association studies in maize: praise and stargaze. Molecular plant. 2017 Mar 6;10(3):359-74.
Yu J, Pressoir G, Briggs WH, Bi IV, Yamasaki M, Doebley JF, McMullen MD, Gaut BS, Nielsen DM, Holland JB, Kresovich S. A unified mixed-model method for association mapping that accounts for multiple levels of relatedness. Nature genetics. 2006 Feb;38(2):203-8.
Zhang YH, Liu MF, He JB, Wang YF, Xing GN, Li Y, Yang SP, Zhao TJ, Gai JY. Marker- assisted breeding for transgressive seed protein content in soybean [Glycine max (L.) Merr.]. Theoretical and Applied Genetics. 2015 Jun 1;128(6):1061-72.
Zheng X, Yang S, Zhang D, Zhong Z, Tang X, Deng K, Zhou J, Qi Y, Zhang Y. Effective screen of CRISPR/Cas9-induced mutants in rice by single-strand conformation polymorphism. Plant cell reports. 2016 Jul 1;35(7):1545-54.
Covid-19 Tanısında Kullanılan Güncel Moleküler Testler Alper KARAGÖZ
Uşak Üniversitesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik A.B.D.
Koronaviruslar hafif nezleden Orta Doğu Solunum Yolu Sendromu (MERS) ve Şiddetli Akut Solunum Yolu Sendromu (SARS) gibi daha ağır hastalıklara neden olan büyük bir virus ailesidir. Daha önce insanlarda tanımlanmayan ilk kez 2019 Aralık ayında Çin’in Wuhan kentinde ortaya çıkana coronavirus hızlı bir yayılım göstererek tüm dünyada pandemiye neden olmuştur. WHO (World Health Organization) tarafaından pandemi etkeni olan bu virusa COVID-19 ismi verilmiştir (1). Covid-19 için henüz geliştirilmiş bir aşı ve tedavi bulunamamıştır. Bu yüzden bu virüsün yayılımının azalması, enfekte kişilerin belirlenmesi ve izole edilmesini sağlamak için güvenilir laboratuvar tanılarına ihtiyaç vardır. Tanı, klinik laboratuvar ve radyolojik bulgulara göre konulmaktadır. Covid-19 semptomlarının ve radyolojik bulguların özgül olmamasından dolayı virüs tanısı ve virüsün özgül bir gen dizilimini çoğaltan nükleik asit temelli polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile doğrulanmasını gerektirir.
WHO 19 Mart 2020’de şüpheli vakaların tedavisi için bir rehber hazırlamıştır (1,2). Tarama testlerinde iki temel prensip vardır. Bunlardan birisinde virüsün kendisi, diğerinde ise konak canlının virüse verdiği cevap belirlenmeye çalışılır. Antijen ve antikor tespitine dayalı olan serolojik testlerde çapraz reaksiyon oluşmasından kaynaklı yanlış pozitif sonuçlar verebileceği gözlenmiştir (5). Bu sebeple gerçek zamanlı ters transkriptaz (real time reverse transcriptase) polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) temelli yöntem, tüm dünyada Covid-19 tanısı için en etkili labortauvar tanı testi olmayı devam ettirmektedir (3).
Moleküler Tanı Yöntemleri:
Covid-19 tespiti için genomik analizlere dayalı sekans analizleri ve PCR tenikleri kullanılarak moleküler yöntemler uygulanır. Sekans analizleri tekniği ile çok sayıda Covid-19 virüsünün genom dizisi çıkarılmaktadır. Bu sonuçlara dayanarak epidemiyolojik çalışmalar, hatalı RT- PCR sonuçlarının doğrulanması ya da mutasyon çalışmaları yapılabilmektedir. Fakat bu testin pratik olmadığı için tercih edilen bir test değildir. Şu an için zaman açısından en geçerli test RT-PCR olarak belirlenmiştir (4).
Hastalığın ilk olarak tanısı belirlendikten yaklaşık bir hafta sonra Alman bilim adamlarının bir hastaya ait boğaz ve burun sürüntü örnekleri kullanılarak PCR tabanlı bir çalışma yapılmıştır ve bu şekilde ilk Covid-19 tanı protokolü WHO tarafından bilim dünyasına sunulmuştur (2).
Bu protokole göre SARS-CoV-2 ile aynı aileden olan SARS virüsünün benzer genomik özelliklere sahip olduğu belirlenmiştir. Çalışmanın asıl hedefi ise SARS-CoV-2’ye ait olan E geni ile RNA’ya bağlı RNA polimeraz enzim genini görmektir. Daha sonra ABD Hastalık Kontrol ve Önleme Merkezi (CDC) tarafından yayınlanan başka bir protokolde ise virüsün kapsid yapısında yer alan N genindeki üç ayrı genomik dizi ile RNA’bağlı RNA polimeraz geni tespit ederek kendi testini geliştirdi (2). Bu iki testin prensipleri aynıdır fakat genetik hedefleri farklıdır. Vakaların doğrulanması gerektiğinde nükleik asit dizilemesi ile doğrulanan, gerçek zamanlı ters transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonu (rRT-PCR) gibi virüse ait nükleik asit dizilerinin saptanmasına dayanır. Moleküler testler için N, E ve S genlerini hedefleyen yeni prokoller yayınlamış olsa da aslında virüsün yaygın olarak görüldüğü tek bir tanımlayıcı hedefli rRT-PCR ile yapılan tarama testi gibi daha basit bir algoritmanın yeterli olduğu gözlenmiştir (11). Ülkemizde bu yaklaşıma göre Sağlık Bakanlığı tarafından belirlenen referans laboratuvarlarında RdRp gen fragmanını hedefleyen gerçek zamanlı PCR (qPCR) (RT-qPCR) çalışılmasını öngörmüştür. Bu testin sağladığı en önemli avantaj ise tek bir günde binlerce örneğin analizinin sağlanması ve %95’lik bir test hassasiyetinin olmasıdır (7,8). Dezavantajları ise; diğer virüs ve bakterilerle birlikte enfeksiyondan kaynaklanan nükleik asitlerle primerlerin
