Diğer baklagil bitkilerinde yürütülen tanılama ve filogenetik

Kuninaga vd. (1997), 45 adet R. solani izolatı ve bunların anastomosis grupları arasındaki genetik varyasyonu ortaya koymak için ITS ve 5.8s rDNA bölgelerinin sekans analizini yaptıkları çalışmada, 5.8s rDNA bölgesinin anastomosis grupları ayrımada başarısız olduğunu, ITS bölgesi sekans analizinin ise izolatlar arasında yüksek oranda varyasyon gösterdiğini bildirmişlerdir. Araştırıcılar ITS bölgesi sekans homolojisinin aynı alt gruptaki izolatlar için %96’nın üzerinde, bir anastomosis grup içindeki farklı alt gruplardaki izolatlar için %66-100 arasında, farklı anastomosis gruplardaki izolatlar için ise %55-96 arasında olduğu bildirilmiştir. Sonuç olarak ITS rDNA bölgesi sekans analizinin R. solani izolatları ve anastomosis gruplarının ayırımında kullanılabileceği rapor edilmiştir.

Fenille vd. (2003), Brezilya’da soya fasulyesinde hipokotil çürüklüğüne neden olan 5 adet R. solani izolatını ITS4 ve ITS5 primerlerini kullanarak 5.8s rDNA-ITS gen bölgesi sekans analizine tabi tutmuşlar, oluşturulan filogenetik ağaçta izolatların AG-4-HGI referans izolatı ile aynı grupta yer aldığını bildirmişlerdir.

Ohkura vd. (2009), fasulye ve bezelyeden izole ettikleri R. solani AG-4 izolatlarının

%100 bootstrap değeri ile referans AG-4-HGI ve AG-4-HGII izolatları ile birlikte, R.

solani AG-5 izolatlarının ise yine %100 bootstrap değeri ile referans AG-5 izolatları ile birlikte dallandığını belirtmişlerdir.

Nerey vd. (2010), Küba’da fasulye tarlalarından izole ettikleri 34 adet R. solani AG-4 izolatının ITS gen bölgesi sekans analizini ITS4 ve ITS5 primerlerini kullanarak yapmışlar ve GenBank’ta %99 benzerlik oranıyla AG-4-HGI olarak tanılamışlardır.

Zhang vd. (2011), Çin’de maş fasulyesinden izole ettikleri 6 adet M. phaseolina izolatının ITS gen bölgesi sekans analizini ITS1 ve ITS4 primerleri ile yapmışlar ve

34

izolatların GenBank’ta yer alan 60 adet M. phaseolina izolatıyla %97-99 arasında benzerlik oranında eşleştiğini belirtmişlerdir.

Mathew vd. (2012), ABD’nin Kuzey Dakota eyaletinde bezelyeden izole ettikleri R.

solani izolatlarının rDNA-ITS gen bölgesi sekans analizini ITS4 ve ITS5 primerlerini kullanarak yapmışlar, 17 izolatı AG-4-HGII, 2 izolatı AG-5 olarak tanılamışlardır.

Oluşturulan filogenetik ağaçta, AG-4 izolatlarının %99.9 bootstrap değeri ile referans AG-4 izolatları ile, AG-5 izolatlarının ise %99.3 bootstrap değeri ile referans AG-5 izolatları ile birlikte dallandığını belirtmişlerdir.

Rashad vd. (2012), Mısır’da fasulye, bakla, dolmalık biber, domates ve hıyar bitkilerinden izole ettikleri 9 adet R. solani izolatını 18S-rRNA gen bölgesi sekans analizine tabi tutmuşlar, izolatların %99 oranında R. solani olarak tanılandığını ancak bu yöntemin anastomosis grup belirlemede başarısız olduğunu ve bunun için rRNA-ITS gen bölgesi sekans analizinin kullanılması gerektiğini bildirmişlerdir.

Cummings ve Bergstrom (2013), ABD’nin New York şehrinde soya fasulyesi bitkisinden izole ettikleri M. phaseolina izolatını ITS1 ve ITS4 primerleri kullanarak ITS gen bölgesi sekans analizine tabi tutmuşlar ve GenBank’ta yer alan referans M.

phaseolina izolatlarıyla %99 oranında benzer bulunduğunu belirlemişlerdir.

Kılıçoğlu ve Özkoç (2013), Türkiye’nin Karadeniz kıyı şeridi illerinde (Kırklareli, Zonguldak, Sinop, Giresun, Artvin) fasulye ekim alanlarından izole ettikleri 114 adet R.

solani izolatı arasından klasik yöntemlerle R. solani AG-4 olarak tanılanan izolatların altgruplarının genetik varyasyonunu araştırmışlardır. Araştırıcılar, AG-4 izolatlarının ITS1-5.8S-ITS2 gen bölgesini ITS1 ve ITS4 primerlerini kullanarak sekans analizine tabi tutmuşlar ve yaklaşık olarak 700bp büyüklüğünde bant elde etmişlerdir. Ayrıca oluşturulan filogenetik ağaçta, izolatların referans AG-4-HGI ve AG-4-HGII izolatları ile birlikte dallandığını belirtmişlerdir.

Gautam vd. (2014), kurak iklim baklagil bitkilerinden elde ettikleri 13 adet M.

phaseolina izolatının ITS gen bölgesi sekans analizini ITS1 ve ITS4 primerlerini kullanarak yapmışlar ve yaklaşık olarak 500 bp büyüklüğünde bant elde etmişlerdir.

Araştırıcılar ayrıca sekans analizi sonucunda, bu izolatların 7 tanesinin R. bataticola

35

(sklerot aşaması), 6 tanesinin ise M. phaseolina (piknitli dönemi) olduğunu ve bu tekniğin bu funguslar üzerinde genetik varyasyonun araştırılması için uygun metot olduğunu bildirmişlerdir.

Helmy vd. (2015), Mısır’da kök çürüklüğü belirtileri görülen bakla bitkisinden izole ettikleri 131 adet Rhizoctonia spp. izolatının klasik olarak yapılan tanısı sonucunda 46 tanesinin multinükleat R. solani, kalan 85 tanesinin binükleat Rhizoctonia olduğunu, en virülent olarak belirlenen bir izolatın ITS1 ve ITS4 primerleri ile 5.8S rDNA-ITS gen bölgesi sekans analizi sonucunda ise %97 benzerlik oranıyla AG-4-HGI olarak tanılandığını belirtmişlerdir.

Sharma-Poudyal vd. (2015), ABD’nin Oregon ve Washington eyaletlerinde bezelyeden izole ettikleri 179 adet Rhizoctonia ve Rhizoctonia benzeri izolatın rDNA-ITS gen bölgesi sekans analizini ökaryotik üniversal primerler olan UP18S42 ve UN-LO28S576B ile yapmışlar ve izolatların %76’sını R. solani (2-1, 3, 4, AG-5, AG-8, AG-9, AG-10), %20’sini Ceratobasidium sp. (AG-K, AG-A, AG-I, AG-I benzeri) ve kalan %4’ünü ise Waitae circinata olarak tanılamışlardır.

Sun vd. (2015), Çin’de Adzuki fasulyesi (Vigna angularis) bitkisinde gövde çürüklüğüne neden olan 4 adet R. solani izolatının rDNA-ITS gen bölgesi sekans analizini ITS1 ve ITS4 primerlerini kullanarak yapmışlar ve izolatların GenBank’taki referans AG-4-HGI izolatlarıyla %95-99 oranında benzerlik gösterdiğini belirtmişlerdir.

Yine Çin’de Sun vd. (2016) tarafından yürütülen başka bir çalışmada aynı bitkiden izole edilen 4 adet Macrophomina phaseolina izolatı ITS4 ve ITS5 primerleri kullanılarak ITS1-5.8S-ITS2 sekans analizine tabi tutulmuş ve farklı konukçulardan izole edilen 60’dan fazla M. phaseolina izolatı ile %99 oranında benzerlik görüldüğü bildirilmiştir.

Tewoldemedhin vd. (2015), Güney Afrika’da kızıl çalı (Aspalathus linearis) bitkisinden elde ettikleri 75 adet Rhizoctonia izolatının rDNA-ITS gen bölgesi sekans analizini ITS4 ve ITS5 primerleri kullanarak yapmışlar, 67 tanesinini multinükleat R. solani (AG-2-2, AG-4-HGI, AG-11 ve R. zeae), 8 tanesini binükleat Rhizoctonia (AG-Bo ve AG-K) olarak tanılamışlardır.

36

Upadhyay vd. (2015), Hindistan’ın farklı bölgelerindeki maş fasulyesi ekim alanlarından izole ettikleri 40 adet R. solani (AG-1, AG-2-2, AG-2-2LP, AG-2-3, AG-3, AG-4 ve AG-5) izolatını ITS1 ve ITS4 primerlerini kullanarak ITS bölgesi sekans analizine tabi tutmuşlar ve izolatların 571-722 bp arasında baz büyüklüğene sahip olduğunu belirtmişlerdir. Araştırıcılar oluşturulan filogenetik ağaçta izolatların 2 ana gruba ayrıldığını, 1. ana grubun 2 alt gruba, 2. ana grubun ise 5 alt gruba ayrıldığını ve çalışmada sadece R. solani AG-5 izolatlarının birlikte gruplandırıldığını belirtmişlerdir.

Ajayi-Oyetunde ve Bradley (2017), ABD’nin 13 farklı eyaletinde hipokotil ve kök çürüklüğü belirtileri gözlenen soya fasulyesi bitkisinden izole ettikleri 114 adet Rhizoctonia benzeri fungusun 57 tanesini ITS4 ve ITS5 primerlerini kullanarak ITS gen bölgesi sekans analizine tabi tutmuşlar ve izolatları R. solani (AG-2-1, AG-2-2IIIB, AG-3PT, AG-4-HGI, AG-4-HGIII, AG-7, AG-11) R. zeae ve Ceratobasidium sp.

olarak tanılamışlardır. Araştırıcılar, oluşturulan filogenetik ağaçta, HGI ve AG-4-HGIII izolatlarının %100 bootstrap değeri ile referans HGI ve AG-4-HGIII izolatlarıyla aynı dalda yer aldıklarını belirtmişlerdir.

Moye vd. (2017), gazelboynuzu (Lotus corniculatus L.) bitkisinden izole edien M.

phaseolina izolatının ITS1 ve ITS4 primerleri kullanılarak yapılan ITS gen bölgesi sekans analizi sonucunda yaklaşık 500 bp büyüklüğünde PCR ürünü elde edildiği ve GenBank’ta yer alan 3 adet M. phaseolina izolatıyla %100 oranında benzerlik gösterdiğini bildirmişlerdir.

Duarte vd. (2018), Brezilya’da mercimek ekim alanlarında kök çürüklüğü ve çökerten belirtileri gözlenen bitkilerden izole ettikleri R. solani izolatlarından temsilen seçtikleri bir izolatın rDNA-ITS gen bölgesini, ITS4 ve ITS5 prirmerleri ile sekans analize tabi tutmuşlar ve izolatın GenBank’ta %99 benzerlik oranıyla AG-4-HGI olarak tanılandığını belirtmişlerdir.

Pandey vd. (2019), Hindistan’da maş fasulyesi, urad fasulyesi ve soya fasulyesi bitkilerinin köklerinden izole ettikleri 3 adet M. phaseolina izolatının 18S rRNA-ITS gen bölgesi sekans analizine göre referans M. phaseolina izolatları ile %99 oranında benzerlik gösterdiğini bildirmişlerdir.

37

Sun vd. (2019), Çin’de bakla bitkisinden izole ettikleri 3 adet Macrophomina phaseolina izolatının ITS4 ve ITS5 primerleri ile çoğaltılarak yapılan ITS gen bölgesi sekans analizi sonucunda, PCR ürünlerinin yaklaşık 600 bp büyüklüğünde olduğunu ve GenBank’ta %99-100 oranında M. phaseolina izolatları ile benzerlik gösterdiğini belirtmişlerdir.

Ullah vd. (2019), Pakistan’da mercimek ekim alanlarında ani solma belirtileri gözlenen bitkilerin köklerinden elde ettikleri Macrophomina phaseolina izolatını ITS gen bölgesi sekans analizine tabi tutmuşlar ve GenBank’ta yer alan M. phaseolina izolatlarıyla %99-100 oranında benzer olduğunu bulmuşlardır.

Woodhall vd. (2019), ABD’nin Idaho eyaletinde kar bezelyesi bitkisinden izole ettikleri R. solani izolatının ITS gen bölgesi sekans analizi sonucunda GenBank’ta yer alan diğer R. solani AG-4-HGII izolatları ile %100 oranında benzerlik gösterdiğini belirtmişlerdir.

2.6 Rhizoctonia Türlerinin Patojenisiteleri İle İlgili Çalışmalar