/ Plant Virus Biotechnology / Plant Virus Biotechnology GENEL TANIM / GENERAL DESCRIPTION

(1)

2021 - 2022 / 9105015362019 - Plant Virus Biotechnology / Plant Virus Biotechnology

GENEL TANIM / GENERAL DESCRIPTION

Ders Adı / Course Name Plant Virus Biotechnology / Plant Virus Biotechnology Ders Kodu / Course Code 9105015362019

Ders Türü / Course Type

Ders Seviyesi / Course Level Second Cycle / Second Cycle

Ders Akts Kredi / ECTS 6.00

Haftalık Ders Saati (Kuramsal) / Course Hours For Week (Theoretical)

3.00

Haftalık Uygulama Saati / Course

Hours For Week (Objected) 0.00 Haftalık Laboratuar Saati / Course

Hours For Week (Laboratory) 0.00 Dersin Verildiği Yıl / Year 1

Öğretim Sistemi / Teaching System Face to Face / Face to Face Eğitim Dili / Education Language Turkish / Turkish

Ön Koşulu Olan Ders(ler) /

Precondition Courses Yok None

Amacı / Purpose Moleküler düzeyde temel bilgileri, bitki patojenlerinin moleküler özelliklerini, Konukçu- patojen ilişkisininin moleküler yönlerini, bitki Patojenlerinin tanılanmasında kullanılan moleküler yöntemlerin temel prensiplerini, nasıl ve ne zaman kullanılacağını öğretmek, DNA-RNA izolasyonu, elektroforetik analizler, farklı PCR teknikleri, PCR testlerinde etkili olan faktörler ile Primer dizaynı, sekans analizleri, dendogram oluşturma gibi konular hakkında bilgi vermektir. Moleküler bir çalışmada nasıl bir yol izlenmesi gerektiğini göstermektir.

The aim of this course is to teach the basics of molecular biology, molecular characteristics of plant pathogens, host-pathogen relationships, molecular aspects of plant pathogens, molecular methods in plant pathology and their principles, how and when to use, DNA-RNA isolation, electrophoretic analysis of different PCR techniques, PCR tests, Primer design, sequence analysis, to provide information on topics such as creating dendograms .

İçeriği / Content Moleküler biyoloji ile ilgili temel bilgiler, Nükleik asitler, DNA ve RNA’nın moleküler yapısı, Hastalık etmenlerinin genel ve moleküler özellikleri, Konukçu-Patojen ilişkisinin moleküler düzeyde incelenmesi, Bitki Hastalık etmenlerinin tanısında kullanılan moleküler yöntemler ve kıyaslamaları, PCR yöntemleri, PCR tipleri, PCR uygulamalarında karşılaşılan sorunlar, PCR testlerinde etkili olan faktörler, PCR modifikasyonları, Bu bilgilerin Bitki patojenlerine karşı kullanım olanakları, primer dizaynı ve primer dizaynında karşılaşılabilecek muhtemel problemler, sekans analizleri, Gen bankaları ve çeşitli primer programlarının kullanılması dersin içeriğini oluşturmaktadır.

Basics of Molecular biology, nucleic acids, DNA and RNA molecular structure, pathogens and molecular properties, the host-pathogen relationship at the molecular level , Plant Diseases factors used in diagnosis of molecular methods and

comparisons, PCR, PCR types, PCR application problems, factors, PCR modifications, plant pathogens usage possibilities, primer designand Probable problems, sequence analysis, gene banks and various primer design programs.

Önerilen Diğer Hususlar / Recommended Other Considerations

Yok None

Staj Durumu / Internship Status Yok None

(2)

Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar / Books / Materials / Recommended Reading

•Genetik Kavramlar – William S. Klug, Michael R. Cummings

•Principles of Diagnostic Techniques in Plant Pathology- R.T.V. Fox

•Gene Cloning and DNA Analysis – T. A. Brown, 2009

•Principles of Diagnostic Techniques in Plant Pathology R.T.V. Fox , 1993

•Bitki Biyoteknolojisi Sebahattin Özcan-Ekrem Gürel-Mehmet Babaoğlu, 2001

•Moleküler Biyoloji, Semih ERKAN, 1992

•The Nucleic Acid Protocols, Ralph Rapley , 2000

•Moleküler Biyoloji, Ahmet Yıldırım-Fevzi Bardakçı Mehtmet Karataş-Bahattin Tanyolaç ,2010

•Handbook of Molecular Technologies in Crop Disease Management, P.Vidhyasekaran , 2006

•Biyoteknolojide hızlı yöntemler ve Çalışma Prensipleri – Prof. Dr. İsmail KARABOZ-2002

•Plant Pathology , George N. Agrios, 2004,

•Testing Methods For Seed-Transmitted Viruses : Principles and Protocols, S.E.Albrechtsen 2005

•Gen Bankaları

•DNA KÜTÜPHANELERİ

•Bilgisayar programları

Concepts of Genetics - William S. Klug, Michael R. Cummings

• Principles of Diagnostic Techniques in Plant Pathology-RTV Fox

• Gene Cloning and DNA Analysis - TA Brown, 2009

• Principles of Diagnostic Techniques in Plant Pathology RTV Fox, 1993

• Plant Biotechnology-Sebahattin Ekrem Gurel-Mehmet Ozcan Babaoğlu, 2001

• Molecular Biology, Semih Erkan, 1992

• The Nucleic Acid Protocols, Ralph Rapley, 2000

• Molecular Biology, Fevzi Ahmet Yildirim-Bardakçi Mehtmet Karatas-Bahattin Tanyolac, 2010

• Handbook of Molecular Technologies in Crop Disease Management, which p.vidhyasekar, 2006

• Rapid methods in biotechnology and Operating Principles - Prof. Dr. Ismail Karaboz- 2002

• Plant Pathology, George N. Agrios, 2004,

• Testing Methods for Seed-Transmitted Viruses: Principles and Protocols, sealbrechts 2005

• Gene Banks

• DNA LIBRARIES

• Computer programs Öğretim Üyesi (Üyeleri) / Faculty

Member (Members) Doç. Dr. İsmail Can PAYLAN

ÖĞRENME ÇIKTILARI / LEARNING OUTCOMES

1 Nükleik asitler, DNA ve RNA’nın moleküler yapısı, Bitki patojenlerinin moleküler özellikleri, konukçu patojen ilişkilerinin moleküler düzeyde incelenmesi gibi temel konuların öğrenilmesi

Learn nucleic acids, DNA and RNA molecular structure, the molecular properties of plant pathogenesis, host pathogen interactions at the molecular level of the learning of the basic issues such as reviewing,

2 Fitopatoloji alanında kullanılan moleküler yöntemlerin öğrenilmesi Learn Molecular Methods in Phytopathology

3 Moleküler çalışmalar ile ilgili literatürün okunabilmesi ve anlaşılabilmesi Learn Molecular studies related to the ability to read and understand literature

4 Bitki patojenlerine karşı moleküler düzeyde problem çözme ve sentez yapma yeteneğinin kazanılması Learn Plants against pathogens at the molecular level the acquisition of problem solving and the ability to synthesize

5 Primer dizayn etmenin öğrenilmesi Learn Primer design

6 Farklı PCR tiplerinin, modifikasyonlarının ve uygulamalarının öğrenilmesi Learn Different types of PCR, modifications and applications

7 Gen bankalarının, moleküler analizlerde bilinmesi gereken çeşitli bilgisayar programlarının

kullanımının öğrenilmesi (primer dizayn programları, PCR döngü programları vs.) Learn gene banks, to know the molecular analysis of the use of various computer programs (primer design program, PCR cycling program, etc..)

HAFTALIK DERS İÇERİĞİ / DETAILED COURSE OUTLINE

(3)

Hafta / Week

1

Teorik Dersler / Theoretical Öğretim Yöntem ve

Teknikleri/Teaching Methods Techniques

Ön Hazırlık / Preliminary

Uygulama Lab

Temel Bilgiler, Nükleik Asitler, Proteinler, DNA ve RNA’nın Moleküler

Yapısı Konuyla ilgili uygulama ve

laboratuvar çalışması Basic Information , Nucleic Acids, Proteins, DNA and RNA Molecular

Structure Related applications and

laboratory work

2

Bitki patojeni etmenlerin genel ve moleküler özellikleri Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması

General and molecular characteristics of plant pathogenic factors Related applications and laboratory work

3

Konukçu-Patojen ilişkisinin moleküler düzeyde incelenmesi,

Temel Moleküler Analizler Konuyla ilgili uygulama ve

laboratuvar çalışması

Host- pathogen relationships to be examined at the molecular level Related applications and laboratory work

4

Bitki Hastalık etmenlerinin tanısında kullanılan yöntemler, bu yöntemlerin seçilmesinde dikkat edilmesi gereken kriterler ve kıyaslamaları

Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması The methods used in the diagnosis of plant pathogens , this method

should be considered in the selection criteria and benchmarks Related applications and laboratory work

5

Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR), Prensipleri, Tipleri Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması

Polymerase Chain Reaction (PCR) , Principles, Types Related applications and laboratory work

(4)

6

Reverse-Transcription PCR, Real-Time PCR Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması

Reverse- Transcription PCR, Real - Time PCR Related applications and laboratory work

7

Nested PCR, Co-Operational PCR, Multiplex PCR Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması

Nested PCR , Co -operational PCR, multiplex PCR Related applications and laboratory work

8

RFLP, RAPD, AFLP, DNA probları Konuyla ilgili uygulama ve

RFLP, RAPD, AFLP and DNA probes Related applications and

laboratory work

9

Arasınav

Midterm Exam

10

NASBA (Nucleic Acid Sequence Based Amp.), MCH-PCR (Magnetic

capture Hybridisation PCR), MikroArray teknolojisi, in situ PCR Konuyla ilgili uygulama ve laboratuvar çalışması NASBA (Nucleic Acid Sequence Based Amp. ) , MCH -PCR

( Magnetic capture Hybridisation PCR) , microarray technology , in situ PCR

Related applications and laboratory work

(5)

12

DNA- RNA ekstraksiyon yöntemleri Konuyla ilgili uygulama ve

DNA-RNA extraction methods Related applications and

laboratory work

13

Primer ve Prop Dizaynı, Primer Tipleri, Primer dizaynında hatalar ve

sorunlar Konuyla ilgili uygulama ve

laboratuvar çalışması Primer and Probe Design , Primer Types, problems in the primer

design Related applications and

laboratory work

14

PCR ürünlerinin analizi, kıyaslama, haritalandırma – Dendogram ve

uygulamaları, Sekans analizi Konuyla ilgili uygulama ve

laboratuvar çalışması PCR product analysis, mapping - dendograms and applications,

Sequence analysis Related applications and

laboratory work

15

Bitki patojenlerine karşı moleküler tanılamada yeni ve gelecek

yöntemler Konuyla ilgili uygulama ve

Future and new molecular methods Related applications and

laboratory work

16

Final sınavı

Final Exam

(6)

DEĞERLENDİRME / EVALUATION

Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri / Term (or Year) Learning Activities Sayı /

Number

Katkı Yüzdesi / Percentage of Contribution (%)

100 1

Ara Sınav / Midterm Examination

Toplam / Total: 1 100

Başarı Notuna Katkı Yüzdesi / Contribution to Success Grade(%): 40

Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri / End Of Term (or Year) Learning Activities Sayı /

Number

Katkı Yüzdesi / Percentage of Contribution (%)

100 1

Final Sınavı / Final Examination

Toplam / Total: 1 100

Başarı Notuna Katkı Yüzdesi / Contribution to Success Grade(%): 60

Etkinliklerinin Başarı Notuna Katkı Yüzdesi(%) Toplamı / Total Percentage of Contribution (%) to Success Grade: 100

Değerlendirme Tipi / Evaluation Type:

(7)

İŞ YÜKÜ / WORKLOADS

Ara Sınav / Midterm Examination 1 2.00 2.00

Final Sınavı / Final Examination 1 2.00 2.00

Derse Katılım / Attending Lectures 14 3.00 42.00

Uygulama/Pratik / Practice 14 4.00 56.00

Laboratuvar / Laboratory 14 2.00 28.00

Bireysel Çalışma / Self Study 9 4.00 36.00

Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma / Individual Study for Mid term Examination 1 5.00 5.00

Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma / Individual Study for Final Examination 1 10.00 10.00

Okuma / Reading 14 1.00 14.00

Sayı / Number

Süresi (Saat) / Duration

(Hours)

Toplam İş Yükü (Saat) / Total

Work Load (Hour) Etkinlikler / Workloads

Toplam / Total: 69 33.00 195.00

Dersin AKTS Kredisi = Toplam İş Yükü (Saat) / 30.00 (Saat/AKTS) = 195.00/30.00 = 6.50 ~ / Course ECTS Credit = Total Workload (Hour) / 30.00 (Hour / ECTS) = 195.00 / 30.00 = 6.50 ~

(8)

PROGRAM VE ÖĞRENME ÇIKTISI / PROGRAM LEARNING OUTCOMES

Öğrenme Çıktıları / Learning Outcomes Program Çıktıları / Program

1.1.1 1.1.2 1.1.3 1.1.4 1.1.5 1.1.6 1.Nükleik asitler, DNA ve RNA’nın moleküler yapısı, Bitki

patojenlerinin moleküler özellikleri, konukçu patojen ilişkilerinin moleküler düzeyde incelenmesi gibi temel konuların öğrenilmesi / Learn nucleic acids, DNA and RNA molecular structure, the molecular properties of plant pathogenesis, host pathogen

interactions at the molecular level of the learning of the basic issues such as reviewing,

4 5 5 5 4 4

2.Fitopatoloji alanında kullanılan moleküler yöntemlerin

öğrenilmesi / Learn Molecular Methods in Phytopathology 4 4 4 5 5 5 3.Moleküler çalışmalar ile ilgili literatürün okunabilmesi ve

anlaşılabilmesi / Learn Molecular studies related to the ability to

read and understand literature 5 4 5 3 4 3

4.Bitki patojenlerine karşı moleküler düzeyde problem çözme ve sentez yapma yeteneğinin kazanılması / Learn Plants against pathogens at the molecular level the acquisition of problem solving and the ability to synthesize

4 5 4 5 4 4

5.Primer dizayn etmenin öğrenilmesi / Learn Primer design 4 5 5 5 5 5 6.Farklı PCR tiplerinin, modifikasyonlarının ve uygulamalarının

öğrenilmesi / Learn Different types of PCR, modifications and

applications 4 5 4 5 3 5

7.Gen bankalarının, moleküler analizlerde bilinmesi gereken çeşitli bilgisayar programlarının kullanımının öğrenilmesi (primer dizayn programları, PCR döngü programları vs.) / Learn gene banks, to know the molecular analysis of the use of various computer programs (primer design program, PCR cycling program, etc..)

5 5 4 5 4 5

Katkı Düzeyi / Contribution Level : 1-Çok Düşük / Very low, 2-Düşük / Low, 3-Orta / Moderate, 4-Yüksek / High, 5-Çok Yüksek / Very high