Verginin mali fonksiyonu, kamu giderlerinin finansmanı için gerekli olan geliri sağlamak olup; bu temel fonksiyonun yerine getirilebilmesi için, her şeyden önce yeterli ölçüde gelir temin edilebilecek bir vergisel yapıyı öngörmektedir. Vergi harcamaları da bu vergisel yapının içinde önemli bir yere sahiptir. Vergi harcamalarının uygulamaya konulması mali açıdan üç farklı maliyetin ortaya çıkmasına yol açar (Tekin, 2006:302-303). Bunlardan ilk ikisi Gelir Kaybı Maliyeti ve Yönetim Maliyeti, vergi harcamalarının uygulanması sonucu ortaya çıkan mali yükü ifade ederken, üçüncü maliyet olan İdari Maliyet ise, vergi harcamalarının uygulanması sonucu mali yükü azaltıcı rol oynayan maliyeti ifade eder.
Gelir Kaybı Maliyeti: Devletin, vazgeçilen vergi gelirleri dolayısıyla gelirlerinde
meydana gelen kaybın ortaya çıkardığı maliyettir. Vergi harcamaları, büyük bir mükellef kitlesinin mükellefiyet kapsamı dışında bırakılması nedeniyle vergi tabanın daralmasına ve dolayısıyla vergi gelirlerinin azalmasına yol açarlar (Öz, 2002:16). Eğer vergi harcamaları haddinden fazla kullanılırsa, vergi yapısı zedelenebilir ve bu durum vergi erozyonuna neden olarak yeterli bütçe gelirinin sağlanmasını engelleyebilir yani gelir kaybı oluşur. Bunun sonucunda da, kamu kaynaklarının kullanımı etkisiz ve verimsiz hale gelir (Swift, 2008:11). Bu da, kamu hizmetlerinin aksamasına neden olur, bütçeler planlandığı gibi yürütülemez. Bunun sonucunda da, hükümet politikalarının güvenilirliği ve kararlılığı hakkında kaygılar artabilir. Bütçe gelirlerinin azalması ve bunun sonucunda bütçenin açık vermesi, vergi oranlarının arttırılmasına, yeni vergilerin konulmasına, açıktan emisyona gidilmesine, fiyatların yükselmesine ve enflasyonun doğmasına neden olmaktadır (Saraçoğlu, 2000:90-91). Bunun sonucu olarak ta devlet, kaybettiği geliri alternatif vergi kaynaklarından toplamak zorunda kalır.
Yönetim Maliyeti: İdarenin, mükelleflerin vergi harcamalarından yararlanma
koşullarını taşıyıp, taşımadıklarının denetimi için ek harcamalar yapması, düzenlemeler hakkında kendi personelini ve mükellefi bilgilendirmeye yönelik faaliyetlerde bulunması durumunda ortaya çıkan maliyettir. Ayrıca vergi harcamalarının kamu harcamalarıyla kıyaslanması, her ikisi arasında tercihlerin yapılabilmesi için fayda ve maliyet analizlerinin yapılmasını gerektirir ki bunu yapmak idare için çok ta kolay değildir. Bu analizlerin yapılabilmesi için gerekli teçhizat, personel, eğitim vb. niteliklere ihtiyaç vardır ki bunlarda mali açıdan idareye önemli bir maliyet yükleyebilir. Yeterli eleman yetiştirilmesi, vergi harcaması maliyetlerinin belirlenmesi için ek çalışmalar yapılması, uygulamaların daha yakından izlenmesi, beyannamelerin taranması, ekipman kapasitesinin geliştirilmesi vb. gibi yeni harcama alanları oluşur. Vergi harcaması analizleri yapan gelişmiş ülkelerde, bu amaçla idareye ek fonlar sağlanmaktadır (Balkaya Akça, 2000:75-76). Ancak bu fonları sağlamak her ülke için mümkün olmayabilir.
İdari Maliyet: Vergi harcamalarını uygulamak için gerekli olan idari kaynakların
oluşturduğu maliyettir. Muafiyet, istisna, indirim vb. gibi vergi harcamalarının vergi sisteminde yer alma gerekçelerinden biri, belirli gelir unsurları için yapılacak vergileme masraflarının vergi hasılatını aşmasıdır. Bu durumda vergi geliri elde etmek için yapılan masraflar elde edilecek gelirden bazen daha fazla olabilir. Bu durumda ortaya idari bir maliyet çıkmaktadır. Yani devlet kazancından çok masraf yapmaktadır. Dolayısıyla, vergi harcamalarının uygulanmasıyla idari maliyetten tasarruf sağlanmış olmaktadır (Balkaya Akça, 2000:176). Örneğin; gelir üzerinden alınan vergilerde uygulanan Esnaf Muaflığı gibi. Esnaf muaflığına tabi bu kişilerin yaptıkları işin çok küçük ölçekli olması, elde edilen gelirin düşüklüğü, vergilendirilmeleri halinde idari maliyetin elde edilen gelirden yüksek olması sonucunu doğurabilir. Bu açıdan devlet bu kişileri vergiden muaf tutarak yapacağı idari maliyetten tasarruf sağlamayı amaçlar.
Sonuç olarak, vergi maliyetinde ideal olan, hem vergi idaresi hem mükellef olarak iki tarafında vergiyle ilgili işlemler için en az maliyetle karşılaşmasını sağlamaktır. Bu yüzden vergi harcamaları gibi düzenlemeler yapılırken, söz konusu düzenlemelerin mali, ekonomik ve sosyal amaçlar dışına çıkmasının önlenmesi,
ayrıcalık tanınacak kişi ya da konuların dikkatle belirlenmesi, bu ayrıcalıklardan yararlanma koşullarının somut biçimde ortaya konulması ve günün koşullarına uygunluklarının sağlanması oldukça önemlidir. Vergi harcamaları yapılırken tabi ki de mali açıdan bir maliyete katlanılacaktır. Burada önemli olan hem mükellef hem de idare açısından en az maliyetle en yüksek faydanın sağlanmasıdır. Yönetim maliyeti açısından, vergi harcamalarının fayda ve maliyet analizlerinin yapılmasının getireceği mali yük, vergi harcamalarının amaçları dışında ve haddinden fazla kullanılmaması ve faydasız olanlarının kaldırılması sonucunda ortaya getireceği mali yarardan fazla olmayacaktır. Yani yönetim maliyeti, amaçsız ve aşırı olarak kullanılan vergi harcamalarının yol açacağı gelir kaybından ve dolayısıyla gelir kaybı maliyetini de azaltacağından katlanılması gereken bir maliyettir. Vergi harcamalarının gelir kaybı maliyeti açısından ise, aynı amaçlar için kamu harcamalarının yapılması sonucunda kaybedilecek gelirden daha az veya fazla olmayacağı için katlanılması gereken bir maliyet olup, bu düzenlemelerin uzun vadede getireceği gelirler açısından bakıldığında çok ta büyük bir maliyet yükleyeceğini söyleyemeyiz. Bunun yanı sıra, vergi harcamalarının idari maliyetini de düşünecek olursak, vergi harcamalarının varlığı hem mükellefe hem de idareye büyük bir tasarruf sağlamakta olup idareye gelir azaltıcı bir maliyet yüklememektedir. Sonuç olarak, her ne kadar bir maliyeti olsa da vergi harcamaları amaçları dahilinde ve gerekli alanlarda yapılması zorunlu olan uygulamalardır. Burada önemli olan vergi harcamalarını uygularken en az maliyetle en yüksek faydayı sağlamaktır.