MeJa uygulaması ile ifadesi değişen transkriptlerin karşılaştırılması

0USS– Kontrol karşılaştırması

0USS örnekleri kontrol ile karşılaştırıldığında t-testi sonuçlarına göre p≤ 0,05 ve log2 tabanında ifade seviyesi + 1,5 kat üzerinde ve -1,5 kat altında olan transkriptlerin

toplam sayısının 460 olduğu ve bunlardan 233 tanesinin ifadesinin azaldığı, 227 tanesinin de ifadesinin arttığı belirlenmiştir. İfade seviyesi arasındaki farkın en düşük olan transkript -4,29 iken ifade seviyesi en yüksek olan transkript 3,16’dır.

460 transkriptin annotatasyonu sonucunda 115 tanesinin gen ontolojisi (% 25) tanımlanmasına karşın 345 tanesinin (%75) ise gen ontolojisi NCBI gen bankası veri tabanında tanımlanamamıştır. Tanımlanmış olan 974 gen ontolojisinden 448 tanesi biyolojik işleve (Şekil 4.8), 235 tanesi moleküler fonksiyona (Şekil 4.9 ) ve 291 tanesi hücresel bileşene (Şekil 4.10) aittir.

Biyolojik işlev bakımından değerlendirildiğinde, biyotik ve abiyotik uyarılara cevap, stres cevabı ve metabolik işleve ait transkriptlerin sayısının diğer işlevlere nazaran fazla olduğu görülmüştür. Biyolojik düzenlemede 2 tanesi artan ve 2 tanesi de azalan olmak üzere toplam 4 transkript yer almaktadır. Biyosentez işlevine ait toplam 34 transkriptten 15 tanesinin ifadesi azalmış, 19 tanesinin ifadesi artmıştır. Hücresel aromatik bileşen metabolik işlevine dair transkriptler biyosentez işlevinin %38’ine karşılık gelirken kükürtlü amino asit %35’ine karşılık gelmektedir. Hücresel aromatik bileşen ile ilişkili transkriptlerin %46’sının ifade seviyesi artmıştır. Biyotik ve abiyotik uyarılara karşı cevaba ait toplam 63 transkriptten 30 tanesinin ifadesinin azaldığı, 33 tanesinin ifadesinin arttığı belirlenmiştir.

71

Hormonal düzenlemeye ait toplam 18 transkript bulunmuş ve bunlardan % 28’ininifadesinin azalmasına rağmen % 72’sinin ifadesinin arttığı belirlenmiştir. Toplamda 23 transkripte sahip olan hücresel organizasyon işlevinde 6 transkriptin ifade seviyesi azalırken 17 transkriptin ifade seviyesi artmıştır. Golgi organeli hücresel organizasyonda % 26’lık bir paya sahiptir ve transkriptlerin tümünün ifade seviyesi artmıştır. Hücre duvarı (%13) ve vakuol (%13) kısımlarına ilişkin transkriptlerin tümünün ifade seviyesi artmıştır. Hücresel işlevde yer alan 5 transkriptten 3’ünün ifadesi azalmış, 2 tanesinin ifadesi artmıştır. Büyüme ve gelişme toplam 28 transkript bulunmaktadır ve anatomik yapı morfogenezi göze çarpmaktadır.

Karbonhidrat metabolizmasında yer alan 21 transkriptten ifadesi azalan transkript sayısı 9 iken 12 transkriptin ifadesi artmıştır. Karbohidrat metabolizmasında transkriptlerin % 24’ü glikoliz, %19’u ise nişasta metabolik işlevinde yer almaktadır. Metabolik işleve ait toplam 49 transkriptten 17 tanesinin ifadesi azalmış, 32 tanesinin ifadesi artmıştır. Metabolik işlevde fosfatlı bileşik ve aromatik bileşik metabolik işlevleri göze çarpmaktadır. Toplamda 16 transkripte sahip olan oksidasyon redüksiyon işlevinde transkriptlerin %63’ünün ifade seviyesi azalırken %27’sinin ifade seviyesi artmıştır. Öncül metabolit ve enerji üretimine ait 8 tanesi azalan ve 7 tanesi artan olmak üzere toplam 15 transkript bulunmaktadır. Bu transkriptlerin %67’si fotosentez ile ilişkilidir.

Protein metabolizmasına ait toplam 17 transkriptten 10 tanesinin ifadesinin azaldığı, 7 tanesinin ifadesinin arttığı belirlenmiştir. Bu gruptaki transkriptlerin %71’i protein modifikasyonu ile ilişkilidir. Sekonder metabolit üretim işlevindeki 5 transkriptten %40’ının ifade seviyesi azalırken %60’ı artmıştır. Sinyal iletimi ile ilgili 7 transkriptten 3’ünün ifade seviyesi azalırken 4 tanesinin ifade seviyesi artmıştır. Stres cevabına ait toplam 53 transkript bulunmuş ve bunlardan 23 tanesinin ifadesinin azalmasına rağmen 30 tanesinin ifadesinin arttığı belirlenmiştir.

Taşıma işlevinde 21 tanesinin ifadesi azalan ve 18 tane ifadesi artan toplam 39 transkriptten %20’si amino asit taşınımı ile %28’i iyon taşınımı ile ilişkilidir. Transkripsiyon/translasyon işlevinde 19 tane ifadesi azalan ve 14 tane ifadesi artan toplam 33 transkript yer almaktadır. Yağ metabolizmasında ise toplam 5 transkriptten 1 tanesinin ifade seviyesi azalırken 4 tanesinin ifade seviyesi artmıştır (Şekil 4.8 ).

72

Şekil 4.8. 0USS’de kontrole göre biyolojik işlevde ifadesi değişen transkript sayısı

Moleküler fonksiyon açısından baktığımızda iyon bağlayıcı, oksidoredüktaz ve transferaz aktivitelerine ait transkript sayısının diğerlerine nazaran daha yüksek olduğu görülmüştür (Şekil 4.9).

Antioksidan aktivitesinde 4 tane ifadesi azalan ve sadece 1 tane ifadesi artan toplam 5, bağlayıcı aktivitesinde 11 tane ifadesi azalan ve 8 tane ifadesi artan toplam 19, DNA bağlayıcı aktivitesinde 1 tane ifadesi azalan ve 3 tane ifadesi artan toplam 4 transkript yer almıştır. Hidrolaz aktivitesini değerlendirdiğimizde toplam 14 tane transkriptten 4 tanesinin ifade seviyesi azalmasına karşın 10 transkriptin ifade seviyesi artmıştır. Toplamda 32 transkripte sahip olan iyon bağlayıcı aktivitesinde 14 transkript seviyesi azalırken 18 transkriptin seviyesi artmıştır. Özellikle metal iyonu ve çinko iyonu bağlama aktiviteleri sayı bakımından diğerlerine göre daha fazladır. Çinko iyonu bağlama aktivitesinde 2 transkriptin gen ifade düzeyi azalırken 5 transkriptin gen ifade düzeyi artmıştır. İzomeraz aktivitesinde artan ve azalan gen ifade düzeyleri 1 er tanedir. Ligaz aktivitesinde ise sadece 1 tane transkriptin gen ifade düzeyi artmıştır. Buna karşılık liyaz aktivitesinde sadece 1 transkriptin ifade düzeyi azalırken 5 transkriptin ifade düzeyi artmıştır.

0 5 10 15 20 25 30

73

Kinaz ativitesinde 7 transkriptten %57’sinin ifade düzeyi azalırken 43’ünün ifade düzeyi artmıştır. Nükleotit bağlayıcı aktivitesine ait toplam 14 transkriptten 8 tanesinin ifadesinin azaldığı, 6 tanesinin ifadesinin arttığı belirlenmiştir. Nükleozit bağlayıcı aktivitesinde 13 transkriptin tümü ATP bağlayıcı olup bunlardan %23’ünün ifade düzeyinin azalmış olmasına rağmen %77’sinin ifade düzeyinin arttığı belirlenmiştir. Oksidasyon redüksiyon aktivitesinde ise toplam 30 transkriptten 13’ünün ifade düzeyi azalırken 17 tanesinin ifade düzeyinin arttığı belirlenmiştir. Protein bağlayıcı ativitesinde 13 transkriptten 6 tanesinin ifade düzeyi azalırken 7 tanesinin ifade düzeyi artmıştır. Resptör aktivitesinde sadece 1 transkriptin ifade düzeyi azalırken sinyal iletim aktivitesinde 1 transkriptin ifade düzeyinin arttığı bulunmuştur. RNA bağlayıcı aktivitesinde toplam 8 transkriptten sadece 1 tanesinin ifade düzeyi artarken 7 transkriptin ifade düzeyi azalmıştır.

Taşıma aktivitesindeki toplam 19 transkriptten 12 transkriptin ifade seviyesi azalırken 7 transkriptin seviyesi artmıştır ve %42’si amino asit taşınması ile ilişkilidir. Transferaz aktivitesinde 13 artan ve 13 azalan olmak üzere toplam 26 transkript belirlenmiştir. Bu transkriptlerden %46’sı metil tarnsferaz aktivitesine sahip olup %67’sinin ifade seviyesi düşmüştür. Transkripsiyon faktörü transkriptlerinde 1 transkriptin ifadesi azalmış ve 2 transkriptin ifade seviyesi artarken toplamda 17 transkripte sahip yapısal molekül aktivitesinde 10 transkriptin ifadesi azalırken 7 transkriptin ifade seviyesi artmıştır ve %82’si ribozom yapısı ile ilişkilidir (Şekil 4.9 ).

Şekil 4.9. 0USS’de kontrolegöre moleküler fonksiyonda ifadesi değişen transkript sayısı 0 2 4 6 8 10 12 14 16

74

Hücresel bileşenolarak değerlendirdiğimizde annotasyonu yapılan transkriptlerin en fazla kloroplastla (52) ilişkili olduğu gözlenmiştir. Bunu sırasıyla hücre zarı (38), vakuol (19), sitoplazma (19), ribozom (17), mitokondri (17), çekirdek (17), membran proteini (15), plazmodezma (11), apoplast (12), hücre duvarı (11), vezikül (9), golgi (9), endoplazmik retikulum (4), peroksizom (3), glioksizom (2) ve hücrenin diğer kısımları (41) izlemektedir (şekil 4.10).

Kloroplast organelinin tilakoid zarları ile ilişkili transkriptlerden (%21), ifadesi artanların oranı (%64) azalanlara (%36) göre daha fazladır. Golgi organeli, plazmodezma ve apoplast ile ilişkili transkriptlerin sırasıyla %75, %73 ve %67’sinin ifade seviyelerinin azaldığı belirlenmiştir. Vakuolde ise %53’ünün ifadesi azalırken %47’sinin ifadesi artmıştır.

Şekil 4.10. 0USS’de kontrole göre hücresel kısımda ifadesi değişen transkriptlerin oranı

3USS– Kontrol karşılaştırması

3USS örnekleri kontrol ile karşılaştırdığımızda P ≤ 0,05 ve log2 tabanında ifade

değişim seviyesi + 1,5 katınüzerinde ve -1,5 katın altında olan toplam 470 transkriptin bulunduğu, bunlardan 239 tanesinin ifadesi azalırken, 231tanesinin ise ifadesinin arttığı

Apoplast 4% Çekirdek 6% Golgi 3% Hücre duvarı 4% Hücre zarı 13% Kloroplast 18% Membran proteini 5% Mitokondri 7% Plazmodesma 4% Ribozom 6% Sitoplazma 6% Vakuol 6% Vezikül 3% Diğer _15%

75

belirlenmiştir. En yüksek ifade edilen transkript değeri 3, 44 iken en düşük ifade olunan transkript değeri -3,53’tür.

470 transkriptin annotasyonu sonucunda sadece 107 tanesinin (% 22,77) tanımlandığı, 363 tanesinin (% 77,23) ise NCBI veri tabanında tanımlanmamış olduğu belirlenmiştir. Tanımlanan transkriptlerin 430 adet biyolojik işleve (Şekil 4.11), 196 adet moleküler fonksiyona (Şekil 4.12 ) ve 254 adet hücresel kısma (Şekil 4.13 ) ait gen ontolojileri bulunmuştur.

Biyolojik işlev bakımından değerlendirdiğimizde yine biyotik ve abiyotik uyarılara cevap, stres cevabı ve metabolik işleve ait transkriptlerin sayısının fazla olduğu görülmüştür. Biyolojik işleve ait 430 transkriptten 247 tanesinin ifade seviyesi azalırken 183 transkriptin ifade seviyesi artmıştır. Biyosentez işlevine ait toplam 22 transkriptten 12 tanesinin ifadesi azalmış, 10 tanesinin ifadesi artmıştır. %37’si hücresel aromatik bileşen işlevine sahip olup bu transkriptlerde artan ve azalan ifade seviyeleri eşittir.

Biyotik ve abiyotik uyarılara karşı cevaba ait toplam 64 transkriptten 40 (%63) tanesinin ifadesinin azaldığı, 24 (%37) tanesinin ifadesinin arttığı belirlenmiştir. Büyüme ve gelişme işlevine ait toplam 36 transkriptten 21’inin ifade seviyesi azalırken 15 tanesinin artmıştır. Özellikle hücresel büyümeye ait işlevde yer alan transkriptlerin %86’sında azalma gözlenmiştir. Hormonal düzenlemeye ait toplam 19 transkript bulunmuş ve bunlardan 10 transkriptin ifadesi azalırken 9 transkriptin ifadesi artmıştır. Toplamda 42 transkripte sahip olan hücresel organizasyon işlevinde 27 transkript seviyesi azalırken 15 transkriptin seviyesi artmıştır. Hücre duvarı ile transkript oranının (%21) diğerlerine nazaran daha fazla olduğu ve bunların da %67’sinin ifade seviyelerinin azaldığı belirlenmiştir.

Karbohidrat metabolizmasında yer alan 24 transkriptten ifadesi azalan transkript sayısı 15 iken 9 transkriptin ifadesi artmıştır. Glikoliz ile ilişkili gen transkriptleri daha fazla öne çıkarken ifade seviyelerinin de kısmen düştüğü gözlemlenmiştir. Metabolik işleve ait toplam 46 transkriptten 21 tanesinin ifadesi azalmış, 25 tanesinin ifadesi artmıştır. Toplamda 6 transkripte sahip olan oksidasyon redüksiyon işlevinde 5 transkript seviyesi azalırken 1 transkriptin seviyesi artmıştır. Öncül metabolit ve enerji üretimine ait işlevde 5 tanesi azalan ve 9 tanesi artan olmak üzere toplam 14 transkript bulunmaktadır. Protein metabolizmasına ait toplam 21 transkriptten 13 tanesinin

76

ifadesinin azaldığı, 8 tanesinin ifadesinin arttığı belirlenmiştir. Protein metabolizmasındaki transkriptlerden %62’si protein modifakasyonuna ait olmakla birlikte %69’unun ifade seviyesi düşmüştür. Sekonder metabolit üretim işlevinde sadece 2 transkript bulunmaktadır ve her ikisinin de ifade seviyesi düşmüştür. Sinyal iletimi ile ilgili 4 transkriptten 3’ü azalırken sadece 1 tanesi artmıştır.

Stres cevabına ait toplam 53 transkript bulunmuş ve bunlardan 29 tanesinin ifadesinin azalmasına rağmen 24 tanesinin ifadesinin arttığı belirlenmiştir. Taşıma işlevinde 28 tanesinin ifadesi azalan ve 11 tanesinin ifadesi artan toplam 39 transkript vardır. Bu transkriptlerden amino asit taşınımı ile ilşkili olanların (%13) tümünün ifade seviyesi azalırken vezikül aracılı taşıma (%18) ile ilişkili olan 7 transkriptten 6 tanesinin ifade seviyesi düşmüştür. Transkripsiyon/translasyon işlevinde 6 tanesinin ifadesi azalan ve 12 tanesinin ifadesi artan toplam 18 transkript bulunmuştur. Yağ metabolizmasında ise toplam 3 transkriptten 2 tanesinin ifade seviyesi azalırken 1 tanesinin ifade seviyesi artmıştır (Şekil 4.11 ).

Şekil 4.11. 3USS’de kontrole göre biyolojik işlevde ifadesi değişen transkript sayısı 0

10 20 30 40

77

Moleküler fonksiyon aktivitesi incelendiğinde iyon bağlayıcı, transferaz ve nükleozit bağlayıcı aktivitelerine ait transkript sayısının diğer aktivitelere göre daha yüksek olduğu görülmüştür (Şekil 4.12). Toplam 100 transkriptin ifade seviyesi azalırken 96 transkriptin ifade seviyesi artmıştır.

Antioksidan aktivitesinde sadece 1 tane ifadesi azalan transkript, bağlayıcı aktivitesinde 8 tane ifadesi azalan ve 10 tane ifadesi artan toplam 18, DNA bağlayıcı aktivitesinde 2 tane ifadesi azalan ve 5 tane ifadesi artan toplam 7 transkript yer almıştır. Hidrolaz aktivitesi açısından baktığımızda toplam 16 tane transkriptten 10 tanesinin ifade seviyesi azalmasına karşın 6 transkriptin ifade seviyesi artmıştır. Toplamda 26 transkripte sahip olan iyon bağlayıcı aktivitesinde 14 transkript seviyesi azalırken 12 transkriptin seviyesi artmıştır. İyon bağlayıcı aktivitesindeki transkriptlerden %31’i bakır, %23’ü metal, %19’u ise çinko iyonu bağlama ile ilişkilidir. İzomeraz aktivitesinde artan ve azalan gen ifade düzeyleri 1 er tanedir. 3 transkript katalitik aktivitede bulunmaktadır ve bunlardan 2 tanesinin ifade seviyesi azalırken 1 tanesinin artmıştır. Ligaz aktivitesinde yer alan 4 transkriptten 2 tanesinin ifadesi azalmış, 2 tanesinin ise ifade düzeyi artmıştır. Buna karşılık liyaz aktivitesinde bulunan 5 transkriptin hepsinin ifade düzeyi artmıştır. Kinaz ativitesinde 3 transkriptten 1 tanesinin ifade düzeyi azalırken 2 tanesinin ifade düzeyi artmıştır.

Nükleotit bağlayıcı aktivitesine ait toplam 6 transkriptten 2 tanesinin ifadesinin azaldığı, 4 tanesinin ifadesinin arttığı belirlenmiştir. Nükleozit bağlayıcı aktivitesinde 17 transkriptin olduğu, 13 tanesinin ATP bağlayıcı olmasına karşın 4 tanesinin GTP bağlayıcı ve bunlardan 9 tanesinin ifade düzeyinin azalmış olmasına rağmen 8 transkriptin ifade düzeyinin arttığı belirlenmiştir. Oksidasyon redüksiyon aktivitesinde ise toplam 16 transkriptten 6 tanesinin ifade düzeyi azalırken 9 tanesinin ifade düzeyinin arttığı belirlenmiştir. Protein bağlayıcı ativitesinde 13 transkriptten 8 tanesinin ifade düzeyi azalırken 5 tanesinin ifade düzeyi artmıştır. Resptör aktivitesinde sadece 1 transkriptin ifade düzeyi azalmıştır. RNA bağlayıcı aktivitesinde toplam 5 transkriptten 2 tanesinin ifade düzeyi artarken 3 transkriptin ifade düzeyi azalmıştır. Taşıma aktivitesindeki toplam 13 transkriptten 8 transkriptin ifade seviyesi azalırken 5 transkriptin seviyesi artmıştır ve %46’sı amino asit taşınması ile ilişkilidir. Transferaz aktivitesinde 12 artan ve 16 azalan olmak üzere toplam 28 transkript belirlenmiştir, %39’u metiltransferaz aktivitesine sahip olup bu grubun %82’sinin ifade seviyesi

78

düşmüştür. Transkripsiyon faktörü transkriptlerinde 1 transkriptin ifadesi artmıştır. 11 transkripte sahip yapısal molekül aktivitesinde 5 transkriptin ifadesi azalırken 6 transkriptin ifade seviyesi artmıştır (Şekil 4.12).

Şekil 4.12. 3USS’de kontrole göre moleküler fonksiyonda ifadesi değişen transkript sayısı

Hücresel kısım incelendiğinde gen ontolojileri belirlenen transkriptlerin en fazla kloroplastla (49) ilişkili olduğu gözlenmiştir. Bunu sırasıyla hücre zarı (35), mitokondri (22), çekirdek (17), sitoplazma (17), vakuol (14), membran proteini (12), apoplast (11), hücre duvarı (11), ribozom (9), vezikül (9), golgi (7), plazmodezma (4), endoplazmik retikulum (2), peroksizom (2), glioksizom (1) ve hücrenin diğer kısımları (32) izlemektedir. Bu grupta kloroplast organelinin tilakoid zarları ile ilişkili transkriptlerden ifadesi azalanların oranı (%67) artanların oranına(%33) göre daha fazladır. Hücre duvarı ile ilişkili toplam 10 transkriptten %90’ının ifade seviyesi azalırken sadece %10’unun ifade seviyesi artmıştır. Vakuol ile ilişkili transkriptlerden %71’inin ifade seviyesi azalmıştır (Şekil 4.13). 0 2 4 6 8 10 12 14

79

Şekil 4.13. 3USS’de kontrole göre hücresel kısımda yer alan transkriptlerin oranı

12USS – Kontrol karşılaştırması

12USS ile kontrolü karşılaştırdığımızda p≤ 0,005 ve log2 tabanında ifade

değişim seviyesi + 1,5 katüzerinde ve -1,5 kat altında olan toplam 515 transkript vardır. Bunlardan 249 tanesinin ifade seviyesinin azalmasına rağmen 266 tanesinin ise ifadesinin arttığı belirlenmiştir. En yüksek ifade edilen transkript değeri 2,76 iken en düşük ifade olunan transkript değeri -4,33’tür.

515 transkriptin annotatasyonu sonucunda 101 tanesinin (% 19,61) NCBI veri tabanında tanımlandığı, 414 tanesinin (%80,39) ise tanımlanmamış olduğu belirlenmiştir. Tanımlanan transkriptlerin 229 adet biyolojik işleve (Şekil 4.14), 186 adet moleküler fonksiyona (Şekil 4.15) ve 192 adet hücresel kısma (Şekil 4.16) ait gen ontolojileri bulunmuştur.

Biyolojik işlev bakımından en fazla metabolik işleve ait transkriptler bulunurken bunu sırasıyla uyarılara cevap ve stres cevabı izlemektedir. Biyolojik işleve ait 229 transkriptten 111 tanesinin ifade seviyesi azalırken 224 transkriptin ifade seviyesi artmıştır. Biyolojik adhezyon, savunma sistemi işlevi, lokalizasyon, tek organizma işlevi ve çoklu organizma işlevi ile ilişkili sadece 1 transkript belirlenmiştir.

Diğer 26% Kloroplast 19% Hücre zarı 14% Mitokondri 9% Çekirdek 7% Sitoplazma 7% Vakuol 5% Membran proteini 5% Apoplast 4% Hücre duvarı 4%

80

Biyolojik düzenleme ile 1 tane ifadesi azalan, 5 tane ifadesi artan toplam 6 transkript belirlenmiştir. Biyosentez işlevinde 8 transkriptin yrasının ifadesi azalırken yarısının artmıştır. Biyotik ve abiyotik uyarılara cevapta 13 transkriptin ifadesi azalırken 31 transkriptin ifade seviyesi artmıştır. Büyüme ve gelişme işlevinde ise 13 transkriptin ifade seviyesi azalırken 11 transkriptin ifade seviyesi artmıştır. Hormonal düzenlemeye ait toplam 24 transkript bulunmuş ve bunlardan %20’sinin ifadesi azalırken %80’inin ifadesi artmıştır. Burada jasmonik asit ve salisilik asit hormonları ile ilişkili transkript sayısı 10 olup tümünün ifade seviyesi artmıştır. Toplamda 21 transkripte sahip olan hücresel organizasyon işlevinde 10 transkript seviyesi azalırken 11 transkriptin seviyesi artmıştır.Karbonhidrat metabolizmasına ait 9 transkriptten 4’ünün ifade seviyesi azalırken 5 tanesinin artmıştır. Metabolik işleve ait toplam 63 transkriptten 21 tanesinin ifadesi azalmış, 42 tanesinin ifadesi artmıştır. Oksidasyon redüksiyon işlevinde 2 azalan, 7 artan ve öncül metabolit ve enerji üretimine ait işlevde 2 azalan, 5 artan protein metabolizmasına ait toplam 19 transkriptin 11 ifadesinin arttığı, 8 tanesinin ise ifadesininazaldığı belirlenmiştir. Protein metabolizmasındaki transkriptlerin büyük bir kısmı protein modifikasyonuna aittir. Sinyal iletimindeki toplam 7 transkriptin tümünün ifadesi artmıştır.

Stres cevabına ait toplam 37 transkript bulunmuş ve bunlardan 9 tanesinin ifadesinin azalmasına rağmen 28 tanesinin ifadesinin arttığı belirlenmiştir. Taşıma işlevinde 8 transkriptin ifadesi artmıştır, 9 transkriptin ifadesi azalmıştır. Transkripsiyon/translasyon işlevinde 6 tane ifadesi azalan ve 12 tane ifadesi artan toplam 18 transkript bulunmuştur. Yağ metabolizmasına ait toplam 3 transkriptin hepsinin ifade seviyesi artmıştır (Şekil 4.14 ).

81

Şekil 4.14. 12USS’de kontrole göre biyolojik işlevde ifadesi değişen transkript sayısı

Moleküler fonksiyon aktivitesinde iyon bağlayıcı aktivitesine ait transkript sayısının diğer aktivitelere göre daha yüksek olduğu görülmüştür (Şekil 4.15). Transkriptlerin %50’sinin ifade seviyesi azalmış ve yine %50’sinin ifade seviyesi artmıştır.

İyon bağlayıcı aktivitesindeki toplam 24 transkriptten 9 tanesinin ifadesi azalırken 14 tanesinin ifadesi artmıştır. Hidrolaz aktivitesinde 9 ifadesi azalan ve 10 ifadesi artan, oksidoredüktaz işlevinde 4 ifadesi azalan ve 13 ifadesi artan, transferaz aktivitesinde ise 5 ifadesi azalan 11 ifadesi artan transkript bulunmaktadır. Toplam 15 transkriptin yer aldığı nükleozit bağlama ve taşıma aktivitelerinde sırasıyla 4 ve 9 transkriptin ifade seviyesi azalırken 11 ve 6 transkriptin ifade seviyesi artmıştır.

Bağlayıcı aktivitesindeki 14 transkriptten 5’inin ifadesi azalırken 9’unun ifade seviyesi artmış, 13 transkripte sahip protein bağlama aktivitesindeki 5 transkriptin seviyesi azalırken 8 transkriptin seviyesi artmıştır. Kinaz aktivitesinde ise 2 transkriptin ifade seviyesi azalırken 7 transkriptin ifade seviyesi artmıştır. Toplam 7 transkriptin yer aldığı ligaz ve yapısal molekül aktivitelerinde sırasıyla 3 ve 5 transkriptin ifade seviyesi azalırken 4 ve 2 transkriptin ifade seviyesi artmıştır. RNA bağlama aktivitesinde ise 1 transkriptin ifade seviyesi azalırken 5 transkriptin ifade seviyesi artmıştır.

0 10 20 30 40

82

DNA bağlayıcı aktivitesinde 2 ifadesi azalan ve 3 ifadesi artan, enzim düzenleme aktivitesinde 1 ifadesi azalan ve 2 ifadesi artan, katalitik, transkripsyon faktör ve nükleik asit bağlayıcı aktivitede 2 tane ifadesi artan, nükleotit bağlayıcı aktivitesinde 2 tane azalan ve 4 tane artan, yağ bağlayıcı aktivitesinde 2 tane ifadesi azalan ve 2 tane de ifadesi artan transkript yer almaktadır (Şekil 4.15).

Şekil 4.15. 12USS’de kontrole göre moleküler fonksiyonda ifadesi değişen transkript sayısı

Hücresel kısımda annotasyonu yapılan transkriptlerin en fazla kloroplastla (43) ilişkilidir. Bunu sırasıyla hücre zarı (21), çekirdek (18), mitokondri (17), sitoplazma (14), vakuol (12), membran proteini (11), apoplast (8) ve hücrenin diğer kısımları (48) izlemektedir (Şekil 4.16 ).

0 5 10 15

83

Şekil 4.16. 12USS’de kontrole göre hücresel kısımda yer alan transkriptlerin oranı

3USS– 0USS karşılaştırması

3USS ile 0USS karşılaştırıldığında p≤0,05 ve log2 tabanında ifade değişim

seviyesi + 1,5 kat üzerinde ve -1,5 kat altında olan toplam 496 transkript bulunmaktadır ve bunlardan 251 tanesinin ifade seviyesi azalırken, 245 tanesinin ifade seviyesinin arttığı belirlenmiştir. En yüksek ifade edilen transkript değeri 3,21 iken en düşük ifade olunan transkript değeri -2,79’dur.

496 transkriptin annotatasyonu sonucunda 133 tanesinin (% 22,86) NCBI veri tabanında tanımlandığı, 363 tanesinin (%73,19) ise tanımlanmamış olduğu belirlenmiştir. Tanımlanan transkriptlerin 562 biyolojik işleve (Şekil 4.17), 232 moleküler fonksiyona (Şekil 4.18) ve 322 adet hücresel kısma (Şekil 4.19) ait gen ontolojileri bulunmuştur.

Biyolojik işlev bakımından değerlendirdiğimizde biyotik ve abiyotik uyarılara cevap, stres cevabı ve büyüme ve gelişmeye ait transkriptlerin sayısının fazla olduğu görülmüştür. Biyolojik işleve ait 562 transkriptten 292 tanesinin ifade seviyesi azalırken 270 transkriptin ifade seviyesi artmıştır. Biyosentez işlevine ait toplam 27 transkriptten 12 tanesinin ifadesi azalmış, 15 tanesinin ifadesi artmıştır. Hücresel aromatik bileşen

Diğer 25% Kloroplast 23% Hücre zarı 11% Çekirdek 9% Mitokondri 9% Sitoplazma 7% Vakuol 6% Membran proteini _6% Apoplast 4%

84

metabolik işlevine ait transkriptlerde ifade seviyesi artan ve azalanların oranı eşittir. Biyotik ve abiyotik uyarılara karşı cevaba ait toplam 83 transkriptten 46 tanesinin ifadesinin azaldığı, 37 tanesinin ifadesinin arttığı belirlenmiştir. Büyüme ve gelişme işlevine ait toplam 55 transkriptten 28’inin ifade seviyesi azalırken 27 tanesinin artmıştır. Hormonal düzenlemeye ait toplam 37 transkript bulunmuş ve bunlardan %62’sinin ifadesi azalırken %38’inin ifadesi artmıştır. Özellikle jasmonik asit ile ilişkili transkriptlerin tümünün ifade düzeyi artmıştır.

Toplamda 48 transkripte sahip olan hücresel organizasyon işlevinde 27 transkript seviyesi azalırken 21 transkriptin ifade seviyesi artmıştır. Hücre duvarı ile ilişkili transkript oranının hücresel organizasyonda %29 olduğu belirlenmiş olup hücre duvarı biyogenezi ile ilişkili transkriptlerin % 75’inde ifade seviyesi düşmüştür.

Karbonhidrat metabolizmasında yer alan 35 transkriptten ifadesi azalan transkript sayısı 15 iken 20 transkriptin ifadesi artmıştır. Glikoliz ile ilişkili gen transkriptleri toplamda % 17 olup bunların % 66’sının ifade seviyelerinin arttığı görülmüştür. Metabolik işleve ait toplam 52 transkriptten 21 tanesinin ifadesi azalmış, 31 tanesinin ifadesi artmıştır. Toplamda 10 transkripte sahip olan oksidasyon redüksiyon işlevinde ifadesi azalan transkript oranı % 60 iken % 40’ı artmıştır. Öncül metabolit ve enerji üretimine ait işlevde 9 tanesi azalan ve 6 tanesi artan olmak üzere toplam 15 transkript bulunmaktadır. Transkriptlerin % 87’si fotosentez ile ilişkili olup bu transkriptlerin % 69’unun ifade seviyesi düşmüştür.

Protein metabolizmasına ait toplam 23 transkriptten 12 tanesinin ifadesinin azaldığı, 11 tanesinin ifadesinin arttığı belirlenmiştir. Transkriptlerin % 74’ü protein modifikasyonu ile ilişkilidir. Sekonder metabolit üretim işlevinde sadece 2 transkript bulunmaktadır ve her ikisinin de ifade seviyesi düşmüştür. Sinyal iletimi ile ilgili 7 transkriptlerin %57’si azalırken sadece %43’ü artmıştır. Stres cevabına ait toplam 69 transkript bulunmuş ve bunlardan 33 tanesinin ifadesinin azalmasına rağmen 36 tanesinin ifadesinin arttığı belirlenmiştir. Taşıma işlevinde 23 tanesinin ifadesi azalan ve 22 tanesinin ifadesi artan toplam 45 transkript vardır. Bu transkriptlerden amino asit taşınımı ile ilşkili olanların tümünün ifade seviyesi azalırken vezikül aracılı taşımada ile ilişkili olan 7 transkriptten 6 tanesinin ifade seviyesi düşmüştür. Transkripsiyon/translasyon işlevinde 11 tanesinin ifadesi azalan ve 12 tanesinin ifadesi