Ya¸sa-dayal¬sürekli model
Bir ya¸s s¬n¬f¬n¬n (say¬mlar aras¬ndaki uzunlu¼ ga da e¸sit olan) ∆τ grup uzunlu¼ gu s¬f¬ra gidecek ¸sekilde ( 12 ) ayr¬k modelini göz önüne alarak bir sürekli–zaman modeli olu¸sturabiliriz. n > k için e¸sitli¼ gi
x 1,n =
∑ k i = 1
f i x 1,n i (14)
¸seklinde yaz¬labilir. Ayr¬k modeldeki ilk ya¸s s¬n¬f¬iki ard¬¸s¬k say¬m aras¬nda do¼ gan di¸sileri içermektedir. Sürekli modelde kar¸s¬l¬k gelen fonksiyon ise x 1,n = B ( t n ) ∆τ olmak üzere tüm nüfusun di¸si do¼ gum oran¬B ( t ) olacakt¬r.
E¼ ger n–yinci say¬m¬n bir t n = n ∆τ zaman¬nda yap¬ld¬¼ g¬n¬varsayarsak, bu durumda x 1,n i = B ( t n t i ) ∆τ olur. f i = b i l i parametresinin sürekli model kar¸s¬l¬¼ g¬n¬belirlemek için, τ ya¸s¬na kadar canl¬kalan yenido¼ gan di¸silerin oran¬n¬veren ya¸sa–ba¼ gl¬ya¸ sam fonksiyonu y ( τ ) yu, ve τ ve τ + ∆τ ya¸slar¬aras¬nda bir di¸sinin do¼ gurdu¼ gu ortalama di¸si say¬s¬n¬veren, ya¸sa-ba¼ gl¬do¼gurganl¬k fonksiyonu m ( τ ) yu tan¬mlayal¬m.
Biyoloji ve Biyokimya Modelleri 38 /
Ya¸sa-ba¼ gl¬net do¼ gurganl¬k fonksiyonu f ( τ ) = m ( τ ) y ( τ ) ve τ i = i ∆τ ile birlikte
f i = f ( τ i ) ∆τ e¸sitli¼ gine sahibiz. Bu yeni tan¬mlarla ( 14 ) e¸sitli¼ gi
B ( t n ) ∆τ =
∑ k i = 1
f ( τ i ) B ( t n t i )( ∆τ ) 2
¸seklini al¬r. E¸sitli¼ gi ∆τ ile bölüp, t i = τ i yi göz önüne al¬rsak sa¼ g taraf bir Riemann toplam¬na dönü¸sür. t n = t al¬p, di¸si do¼ gurganl¬k ya¸s¬n¬n
maksimumundan büyük τ lar için f ( τ ) = 0 dersek, ∆τ ! 0 durumunda ( 14 ) denklemi
B ( t ) =
Z ∞
0
B ( t τ ) f ( τ ) d τ (15) e¸sitli¼ gine dönü¸sür.
Nuri ÖZALP (Ankara Üniversitesi) 7 !MATEMAT·IKSEL B·IYOLOJ·I7 ! Biyoloji ve Biyokimya Modelleri 39 / 93
( 15 ) denkleminde B ( t ) = e rt al¬rsak, denklem e rt =
Z ∞
0
f ( τ ) e r ( t
τ) d τ
¸seklini al¬r. Denklemi e rt ile bölersek, Euler-Lotka denkleminin sürekli
formu olan Z ∞
0
f ( τ ) e r τ d τ = 1 (16)
e¸sitli¼ gini elde ederiz. ( 16 ) denklemi, ya¸sa ba¼ gl¬net do¼ gurganl¬k fonksiyonu f ( τ ) verilmek üzere, r ye göre bir integral denklemidir. f ( τ ) negatif olmayan sürekli bir fonksiyon olmak üzere, ( 15 ) denkleminin tek bir r gerçek kökünün var oldu¼ gu ve nüfusun e r t ye asimptotik olarak büyüdü¼ gü ( r > 0 ) veya azald¬¼ g¬ ( r < 0 ) ispatlanabilir. Nüfus büyüme oran¬r as¬l büyüme oran¬veya Malthusyan parametresi olarak adland¬r¬l¬r.
Biyoloji ve Biyokimya Modelleri 40 /
F ( r ) =
Z ∞
0
f ( τ ) e r τ d τ 1 = 0 (17) dersek, Newton yöntemi ile, bir r = x 0 tahmini ile ba¸slayarak, çözümüne
x n + 1 = x
nF ( x
n) F 0 ( x
n)
= x n +
Z ∞
0
f ( τ ) e x
nτd τ 1 Z ∞
0 τf ( τ ) e x
nτd τ
, n = 0, 1, 2...
ard¬¸s¬k iterasyonlar¬ile yakla¸sabiliriz.
Asimptotik olarak kararl¬bir ya¸s yap¬s¬na eri¸sildikten sonra, nüfus büyümesi e r t üstel büyümesine benzer davran¬r ki bu da r ¬n ki¸si ba¸s¬sabit do¼ gum oran¬b ve ölüm oran¬d den bulunabilece¼ gini önermektedir. Gerçekten, b ve d nin ifadelerini elde ederek r = b d oldu¼ gunu gösterebiliriz.
Nuri ÖZALP (Ankara Üniversitesi) 7 !MATEMAT·IKSEL B·IYOLOJ·I7 ! Biyoloji ve Biyokimya Modelleri 41 / 93
Çiftcinsiyetli bir solucan¬n kuluçka boyutu
Genellikle do¼ gal ay¬klanma ile, evrimin r Malthusyan parametresinin en büyük oldu¼ gu nüfusla sonuçlanaca¼ g¬ve do¼ gal ay¬klanman¬n bu nüfusu olu¸sturacak di¸silerin lehine olaca¼ g¬kabul edilmektedir. "Caenorhabditis elegans", biyologlar¬n üzerinde s¬kl¬kla çal¬¸st¬¼ g¬bir model organizmad¬r.
Yakla¸s¬k 1000 hücreden olu¸san çok hücreli organizmalar¬n en basitlerinden biridir. Ço¼ gunlukla di¸si olup, iç sperm üreterek kendi yumurtalar¬n¬
dölleyebilen solucanlar ve çok az da olsa yavru üretmek için çiftcinsiyetlilerle çiftle¸smek zorunda olan erkekler.
Tipik bir solucan k¬s¬rla¸smadan önce yakla¸s¬k 250 350 döllenmi¸s yumurta üretmektedir. Do¼ gal ay¬klanma nedeniyle, bir solucan¬n hayat¬boyunca üretece¼ gi yavrular¬n belli anlamda optimal olma zorunda oldu¼ gunu kabul etmek akla uygundur. Çiftcinsiyetli bir solucan¬n kuluçka boyutunu incelemek için, bir ya¸sa–dayal¬modelin nas¬l uygulanaca¼ g¬n¬görelim.
Biyoloji ve Biyokimya Modelleri 42 /
Solucan için bir matematiksel model geli¸stirmeden önce hayvan¬n ya¸sam süreci hakk¬nda daha fazla ayr¬nt¬bilmemiz gereklidir: t = 0 an¬nda döllenmi¸s yumurta olu¸sur. Yavrunun büyüme dönemi s¬ras¬nda geli¸smemi¸s solucan dört larva evresinden geçer. Dördüncü evrenin sonuna do¼ gru ve yeti¸skinli¼ ge geçmeden önceki son dönü¸sümün hemen ard¬ndan çiftcinsiyetli solucan daha sonra kullanmak için sperm üretir. Solucan daha sonra yumurta üretip, üretti¼ gi spermlerle yumurtay¬a¸s¬layarak yumurtlar. Tüm spermler kullan¬ld¬ktan sonra yumurta üretimi durur. Yavrunun büyüme evresinin 0 < t < g aral¬¼ g¬nda, sperm üretiminin g < t < g + s aral¬¼ g¬nda ve yumurta üretimi, a¸s¬lama ve yumurtlaman¬n da g + s < t < g + s + e aral¬¼ g¬nda olu¸stu¼ gunu kabul edelim.
0 g g+s g+s+e
yetişkin yavru
sperm yumurta
Figure: Bir çiftcinsiyetlinin basitle¸stirilmi¸s bir zaman çizgisi.
Nuri ÖZALP (Ankara Üniversitesi) 7 !MATEMAT·IKSEL B·IYOLOJ·I7 ! Biyoloji ve Biyokimya Modelleri 43 / 93
g büyüme süreci 72 sa.
s sperm üretme süreci 11.9 sa.
e yumurta üretme süreci 65 sa.
p sperm üretme oran¬ 24/sa.
m yumurta üretme oran¬ 4.4/sa
B kuluçka boyutu 286 ad.
S olucan¬n ya¸sam–süreci modelinin tahmini parametreleri
Biyoloji ve Biyokimya Modelleri 44 /
Solucan¬n sperm üretimini neden s¬n¬rlad¬¼ g¬n¬anlamak istiyoruz.
Biyologlar di¸si ve erkekleri onlar¬n boyutlar¬na ve üreme hücrelerinin metabolik maliyetine göre tan¬mlamaktad¬rlar: spermler ucuz yumurtalar ise pahal¬d¬r. Bu nedenle ilk bak¬¸sta, bir solucan¬n üretti¼ gi yavrular¬n neden üretilen yumurta say¬s¬ndan ziyade, üretilen spermle s¬n¬rl¬oldu¼ gu bir bilmecedir. Solucan¬n daha fazla sperm üretmesinin metabolizma d¬¸s¬nda gizli bir maliyeti olmak zorundad¬r. Temel biyolojiyi anlamak için iki k¬s¬t durumunu göz önüne almak aç¬klay¬c¬olacakt¬r: birincisi hiç sperm üretilmemesi, ikincisi ise sonsuz say¬da sperm üretimi durumu. Birinci durumda sperm olmamas¬ve ikinci durumda da yumurta olmamas¬
nedeniyle solucan her iki durumda da yavru üretmez. Daha fazla sperm daha fazla yavru anlam¬na gelmesine ra¼ gmen daha fazla sperm ayn¬
zamanda gecikmi¸s yumurta üretimi anlam¬na da gelece¼ ginden dolay¬, solucan¬n yumurtlamadan önce sperm üretmesi bir uzla¸sma durumudur.
Nuri ÖZALP (Ankara Üniversitesi) 7 !MATEMAT·IKSEL B·IYOLOJ·I7 ! Biyoloji ve Biyokimya Modelleri 45 / 93
Do¼ gal ay¬klanman¬n en büyük r Malthusyan parametresi ile nüfus olu¸sturacak
¸sekilde solucanlar¬evrimle¸stirdi¼ gini varsayaca¼ g¬z.
Kuluçka boyutu, üretilen sperm say¬s¬na ve ayn¬zamanda yumurtlanan yumurta say¬s¬na e¸sit olup, böylece
B = ps = me (18)
olur. m ( τ ) ya¸sa–ba¼ gl¬do¼ guranl¬k fonksiyonu ve y ( τ ) da ya¸sa–ba¼ gl¬ya¸sam fonksiyonu olmak üzere, r ye göre Euler–Lotka sürekli denklemi ( 16 ) , f ( τ ) = m ( τ ) y ( τ ) için bir model gerektirmektedir. y ( τ ) fonksiyonu
y 0 ( τ ) = µ ( τ ) y ( τ ) diferensiyel denklemini sa¼ glamakta olup, basitlik için, d ya¸stan ba¼ g¬ms¬z ki¸si ba¸s¬ölüm oran¬olmak üzere, ya¸sa–ba¼ gl¬ölüm fonksiyonu için µ ( τ ) = d kabul edelim. Daha aç¬kças¬solucanlar¬n yumurtlama s¬ras¬nda ya¸sl¬l¬k nedeniyle de¼ gil, avc¬, açl¬k, hastal¬k ve di¼ ger ya¸stan ba¼ g¬ms¬z nedenlerle öldüklerini kabul edelim. Bu makûl bir kabuldür çünkü laboratuvarda solucanlar¬n
spermlerinin bitmesinden sonra haftalarca ya¸sayabildikleri gözlemlenmi¸stir.
Denklemi denklemini y ( 0 ) = 1 ba¸slang¬ç ko¸sulu alt¬nda çözersek
y ( τ ) = e d τ (19)
elde ederiz.
Biyoloji ve Biyokimya Modelleri 46 /
Ya¸sa–ba¼ gl¬do¼ gurganl¬k fonksiyonu m ( τ ) , ∆τ ya¸s aral¬¼ g¬nda üretilen yavrular¬n beklenen say¬s¬m ( τ ) ∆τ olacak ¸sekilde tan¬mlan¬r. Solucan¬n g + s < τ < g + s + e ya¸slar¬nda sabit bir m oran¬nda yumurtlad¬¼ g¬n¬
varsayarsak,
m ( τ ) = m, g + s < τ < g + s + e
0, di¼ ger zamanlarda (20)
olur. ( 18 ) , ( 19 ) ve ( 20 ) kullan¬l¬rsa, Euler–Lotka denklemi ( 16 )
Z ∞
0
f ( τ ) e r τ d τ =
Z ∞
0
m ( τ ) y ( τ ) e r τ d τ
=
Z g + B /p + B /m
g + B /p me ( r + d )
τd τ = 1 (21)
¸seklini al¬r.
Nuri ÖZALP (Ankara Üniversitesi) 7 !MATEMAT·IKSEL B·IYOLOJ·I7 ! Biyoloji ve Biyokimya Modelleri 47 / 93
· Integral de¼ geri hesaplan¬rsa 1 =
Z g + B /p + B /m g + B /p
me ( r + d )
τd τ
= m
r + d e ( g +
Bp)( r + d ) h
1 e
Bm( r + d ) i
veya
( r + d ) e ( g +
Bp)( r + d ) = m h
1 e
Bm( r + d ) i
(22) olur.
Biyoloji ve Biyokimya Modelleri 48 /
Son e¸sitlik r = r ( B ) kapal¬formunda yaz¬labilir. r = r ( B ) denkleminin B nin baz¬de¼ gerleri için bir maksimuma sahip oldu¼ gunu göstermek için g , p, ve m nin Tablodaki de¼ gerleri ile,
F ( r ) = ( r + d ) e ( g +
Bp)( r + d ) m h
1 e
Bm( r + d ) i al¬p, verilen bir B de¼ geri için r = r 0 ba¸slang¬ç tahmini ile ba¸slay¬p,
r n + 1 = r n F ( r n ) F 0 ( r n )
iterasyonlar¬ile r çözümüne yakla¸sabiliriz. Verilen B de¼ gerleri için r = r ( B ) nin gra…¼ gi ¸ Sekilde verilmi¸stir. r nin maksimum de¼ gerinin deneysel
de¼ gerlerin %53 üne kar¸s¬l¬k gelen B = 152 civar¬nda oldu¼ gu görülmektedir.
Nuri ÖZALP (Ankara Üniversitesi) 7 !MATEMAT·IKSEL B·IYOLOJ·I7 ! Biyoloji ve Biyokimya Modelleri 49 / 93
Figure: r = r ( B ) nin gra…¼ gi. B = 152 kuluçka boyutu civar¬nda Malthusyan büyüme oran¬ r maksimumdur.
Biyoloji ve Biyokimya Modelleri 50 /
r nin maksimum oldu¼ gu B de¼ geri için do¼ grudan tek bir denklem de
belirleyebiliriz. B ye ba¼ gl¬tek de¼ ger r olmak üzere, ( 22 ) denkleminde B ye göre türev alarak, dr /dB = 0 maksimum olma ko¸sulunu kullan¬rsak,
( r + d ) e ( g +
Bp)( r + d ) = pe
mB( r + d ) (23) elde ederiz. ( 22 ) denklemini ( 23 ) denklemine oranlarsak,
1 = m p
h
e
Bm( r + d ) 1 i
(24)
veya buradan
r + d = m
B ln 1 + p
m (25)
buluruz. ( 25 ) e¸sitli¼ gi ( 22 ) veya ( 23 ) e¸sitli¼ ginde kullan¬l¬rsa,
m
B 1 + p m
m p
+
mgBln 1 + p
m = pm
p + m (26)
olur.
Nuri ÖZALP (Ankara Üniversitesi) 7 !MATEMAT·IKSEL B·IYOLOJ·I7 ! Biyoloji ve Biyokimya Modelleri 51 / 93
( 26 ) denklemi boyut analizi ile üç parametreye indirgenebilir. x = mB /p ve y = mg boyutsuz parametreleri ile ( 26 ) denklemi
1
B 1 + B x
x+y B
ln 1 + B
x = B
B + x (27)
¸seklini al¬r. Üç tane boyutsuz x, y , ve B parametresinden ikisi verildi¼ ginde ( 27 ) denklemi ya y = y ( x, B ) den aç¬k olarak ya da Newton yöntemi ile çözülebilir. Tablodan elde edilen x ve y de¼ gerleri x = 52.5 ve y = 317 dir.
B = 286 için y = y ( x ) çözümü, çarp¬ile gösterilen deneysel ( x, y ) de¼ geri ile birlikte ¸ Sekilde gösterilmi¸stir.
Biyoloji ve Biyokimya Modelleri 52 /
Figure: B = 286 kuluçka say¬s¬ile y nin x e göre ( 27 ) e¸sitli¼ ginden elde edilen çözüm e¼ grisi. B, m, p, g de¼ gerleri Tablo 1 den al¬nm¬¸st¬r. Çarp¬, çarp¬l¬çember ve içi bo¸s çember s¬ras¬ile f = 1, 1/3 ve 1/8 için y = mg ve x = mfB /p ye kar¸s¬l¬k gelmektedir.
Nuri ÖZALP (Ankara Üniversitesi) 7 !MATEMAT·IKSEL B·IYOLOJ·I7 ! Biyoloji ve Biyokimya Modelleri 53 / 93
Teorik sonuç ile deneysel veri aras¬nda görünen büyük fark modeldeki temel kabulleri sorgulamam¬za neden olmaktad¬r. Cutter (2004) taraf¬ndan önerilen, "ergen ya¸ sta üretilen sperm oran¬n¬sabit tutup, yeti¸ skin iken üretilen toplam sperm say¬s¬n¬maksimum yapma" kabulü deneysel veriyle teorik sonuç aras¬nda bir uyum sa¼ glam¬¸st¬r. Bu nedenle
¸
Sekilde görüldü¼ gü gibi, toplam sperm üretme süreci s yi yavru(ergen) ( s E ) ve yeti¸skin ( s Y ) sperm üretme süreci olarak s = s E + s Y ¸seklinde iki parçaya bölelim.
0 g g+s
Y g+sY+e
yetişkin yavru
sperm yumurta
g-s
EFigure: Bir çiftcinsiyetlinin daha düzgün bir zaman çizgisi.
Biyoloji ve Biyokimya Modelleri 54 /
f yeti¸skin olarak üretilen sperm oran¬n¬ve 1 f de ergen olarak üretilen sperm oran¬n¬göstermek üzere
s E = ( 1 f ) s, s Y = fs (28)
olur. Böylece
s Y = fB /p
olmak üzere, ( 20 ) e¸sitli¼ gindeki ya¸sa–ba¼ gl¬do¼ gurganl¬k fonksiyonu
m ( τ ) = m, g + s Y < τ < g + s Y + e 0, di¼ ger zamanlarda
¸seklini al¬r. Bu durumda ( 21 ) denkleminde p ! p/f de¼ gi¸simi olur. Bu dönü¸süm ile ( 27 ) sonucunun x = mfB /f olmak üzere yine geçerli oldu¼ gu görülür. f = 1/8 e kar¸s¬l¬k gelen bo¸s çember teorik sonuçla deneysel sonucun neredeyse çak¬¸st¬¼ g¬n¬göstermektedir. f = 1/3 Cutter’¬n önerisi olup, ¸sekildeki çarp¬l¬çembere kar¸s¬l¬k gelmektedir ki bu deneysel sonuca f = 1 e kar¸s¬l¬k gelen aç¬k çemberden yine daha yak¬nd¬r.
Nuri ÖZALP (Ankara Üniversitesi) 7 !MATEMAT·IKSEL B·IYOLOJ·I7 ! Biyoloji ve Biyokimya Modelleri 55 / 93