400100710151-MOLEKÜLER MARKÖRLER VE BİTKİ
ISLAHINDA KULLANIMI
400100710151-MOLEKÜLER MARKÖRLER VE BİTKİ
ISLAHINDA KULLANIMI
Prof. Dr. Ali ERGÜL
Ankara Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitüsü
http://biotek.ankara.edu.tr/
Hafta-1 Tarım Bitkileri, Biyoçeşitlilik, Transgenik Bitkiler Hafta-2 Nükleik Asit İzolasyonu (DNA)
Hafta-3 Nükleik Asit İzolasyonu (DNA)-UYGULAMA Hafta-4 PCR (Polimerase Chain Reaction)
Hafta-5 PCR (Polimerase Chain Reaction)-UYGULAMA Hafta-6 Kapiller Elektroforez
Hafta-7 Moleküler Markörler ve SSR (Simple Sequence Repeats) Hafta-8 Kapiller Elektroforez - UYGULAMA
Hafta-9 SNP Markırlar, Yeni Nesil Sekanslama Teknikleri ve SNP Haplotiplemesi Hafta-10 DNA Barkodlama
Hafta-11 Markıra Dayalı Seleksiyon (MAS) Hafta-12 Haritalama Yaklaşımları
Hafta-13 Dizi Analizi
Hafta-14 Dizi Analizi-UYGULAMA
Hafta 6:
Kapiller Elektroforez Hafta 6:
Kapiller Elektroforez
Kapiller Elektroforez Kapiller Elektroforez
•Kapiler elektroforez, kılcal boru içinde gerçekleştirilen elektroforezdir.
•Bu yöntem, hem büyük hem de küçük moleküllerin ayrımını sağlayabilen mevcut en verimli yöntemdir.
•1990'lı yılları başlarında floresans görüntüleme kapiller elektroforez teknolojisiyle buluşmuştur.
•Sonraki yıllardan itibaren analizlerde büyük sorun yaratan kapiller duvarlarında lazer dağılması sorunu giderilecek şekilde az miktarda örneğin yüksek etkinlikte analizine olanak sağlayacak tasarımlar yapılmıştır.
•Günümüzde kullanılan ticari kapiller elektroforez sistemlerinin her bir basamağı otomatize olmuş durumdadır.
•Bu cihazlar genellikle anot ve katot kutuplar arasında uzanan bir kapiller, sıcaklığı sabit tutacak bir ısıtıcı bölge ve anot uca yakın bir bölmede lazer Işık kaynağı ile özel kameradan oluşmaktadır.
•Kapillerin içine polimer jel dolduran bir şırınga ve her iki kutupta elektrik geçirgenliği sağlayacak tampon hazneleri bulunmaktadır.
•Örnek kuyusuna girdiğinde PZR ile çoğaltılmış fragmentler elektrokinetik yöntemle kapiller içerisine alınmaktadır.
•Bu aşamadan sonra sabit voltaj ve sabit sıcaklıkta anot kutba doğru hareket eden fragmentler kapillerin silika ile kaplanmamış bölgesinden geçerken lazer ışığına bağlanarak, primerin boyasına göre değişik dalga boylarında yansıtırlar ve bu durum özel kamera tarafından algılanır.
•Uygun bilgisayar yazılımı tarafından değerlendirilen bu veriler ekranda büyüklük ve yoğunluğu ifade eden pikler şeklinde belirir.
•Bu pikler bahsedilen yazılım tarafından daha önce bu yazılıma tanıtılan floresan boyalı ve alete özgün ticari olarak temin edilen standartlarla karşılaştırılarak değerlendirilmektedir.
•Gözlemlenen pikler alete ait bilgisayar ortamında muhafaza edilerek istendiğinde yeniden değerlendirmeye imkân vermektedir.
Örnek kapiller Elektroforez aleti (Beckman Coulter 8800)
Kapiller Elektroforez Yöntemi Genel Akış Şeması
Kapiller elektorforez aletinde SSR lokusuna ait heterozigot pik profili Kapiller elektorforez aletinde SSR lokusuna ait heterozigot pik profili
Kapiller elektorforez aletinde SSR lokusuna ait homozigot pik profili Kapiller elektorforez aletinde SSR lokusuna ait homozigot pik profili
Ders Kapsamında Yaralanılan Kaynaklar
Ders Kapsamında Yaralanılan Kaynaklar
1. Andrews, K. R., Good, J. M., Miller, M. R., Luikart, G. ve Hohenlohe, P. A.
2016. “Harnessing the power of RADseq for ecological and evolutionary genomics”, Nature Reviews Genetics, 17(2), 81.
2. Biotechnology of Fruits and Nut Crops (Editor:R. E. Litz)(2005)
3. Genome Mapping and Molecular Breeding in Plants(Fruits and Nuts) (Editor:Chittaranjan Kole)(2007)
4. Genomics-Assisted Crop Improvement, Volume 1(Editor: Rajeev K.
Varshney, Roberto Tuberosa) (2007)
5. Model Plants and Crop Improvement(Editors: R. K. Varshey, R. M. D.
Koebner)(2007).
6. Plant Molecular Breeding (Editor: H. John Newbury)(2003)
7. Thomson, M. J., Zhao, K., Wright, M., McNally, K. L., Rey, J., Tung, C. W., Reynolds, A., Scheffler, B., Eizenga, G., McClung et.al. 2012. “High- throughput single nucleotide polymorphism genotyping for breeding applications in rice using the BeadXpress platform”, Mol. Breed., 29, 875-886.
