400100710151-MOLEKÜLER MARKÖRLER VE BİTKİ
ISLAHINDA KULLANIMI
400100710151-MOLEKÜLER MARKÖRLER VE BİTKİ
ISLAHINDA KULLANIMI
Prof. Dr. Ali ERGÜL
Ankara Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitüsü
http://biotek.ankara.edu.tr/
Hafta-1 Tarım Bitkileri, Biyoçeşitlilik, Transgenik Bitkiler Hafta-2 Nükleik Asit İzolasyonu (DNA)
Hafta-3 Nükleik Asit İzolasyonu (DNA)-UYGULAMA Hafta-4 PCR (Polimerase Chain Reaction)
Hafta-5 PCR (Polimerase Chain Reaction)-UYGULAMA Hafta-6 Kapiller Elektroforez
Hafta-7 Moleküler Markörler ve SSR (Simple Sequence Repeats) Hafta-8 Kapiller Elektroforez - UYGULAMA
Hafta-9 SNP Markırlar, Yeni Nesil Sekanslama Teknikleri ve SNP Haplotiplemesi Hafta-10 DNA Barkodlama
Hafta-11 Markıra Dayalı Seleksiyon (MAS) Hafta-12 Haritalama Yaklaşımları
Hafta-13 Dizi Analizi
Hafta-14 Dizi Analizi-UYGULAMA
Hafta 7:
Moleküler Markörler ve SSR (Simple Sequence Repeats) Hafta 7:
Moleküler Markörler ve SSR
(Simple Sequence Repeats)
I. Protein markörler (İzoenzimler) I. Protein markörler (İzoenzimler)
•
Bir enzimin; aynı biyokimyasal olaylarını katalize eden ve değişik
genler tarafından kodlanan, farklı elektrik yüklü çoklu formları izoenzim
olarak tanımlanmaktadır.
II. DNA-Markörler (Belirteçler) II. DNA-Markörler (Belirteçler)
•
Hibridizasyona dayalı DNA markörler(RFLP)
•
PCR (Polymerase Chain Reaction)=PZR(Polimeraz Zincir
Reaksiyonu)’a dayalı DNA markörler
DNA markör nedir?
DNA markör nedir?
II. DNA Markörler
aynı DNA
bölgesinin bireyler arasındaki bulunup bulunmaması
Önemli özellikleri:
değişik hücresel koşullardan etkilenmemesi
tekrarlanabilme özelliği
Daha çok bilgi vb
DNA-Markörler (Belirteçler) DNA-Markörler (Belirteçler)
•
AFLP (Amplified Fragment Leght Polymorphism)
•
RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)
•
SSR (Simple Sequence Repeats) vb
•
SNP (Single Nucleotid Polymorphism) vb
RAPD
(Random Amplified Polymorphic DNA) RAPD
(Random Amplified Polymorphic DNA)
•
RAPD yöntemi, 9-10 baz uzunluğundaki rastgele primerlerin, kalıp (template) DNA’nın iki iplikçiği üzerinde, birbirine karşıt iki farklı noktada tamamlayıcılarını (komplementerlerini) bularak, bu ara bölgenin çoğaltılmasını (amplifikasyonunu) esas alan polimorfizminden oluşmaktadır.
Üzüm Jour
nal:V itis
Adaptörlerin bağlanması Presele
ktif primerler Selektif primerler
Sonuçların görüntülenmesi Mse I A
daptörü EcoRI A
daptörü
MseI EcoRI
Değişik uzunlukta kesilen DNA parçaları
Preselektif PCR
Preselektif PCR ürünleri
Selektif PCR
Selektif PCR ürünleri
AFLP tekniği PCR aşaması öncesi
AFLP tekniği PCR aşaması
AFLP(Amplified Fragment Length
Polymorphism)
DNA izolasyonu
AFLP tekniği PCR aşaması öncesi
AFLP tekniği PCR aşaması
Eco RI primeri florasan işaretli
Eco RI primeri florasan işaretli
Sonuçların
görüntülenmesi
SSR (Simple Sequence Repeats) SSR (Simple Sequence Repeats)
•
Mikrosatellit=SSR markörler bitki DNA sında bulunan 2-4 baz
uzunluğundaki (GA)n, (CA)n,(AT)n, (ATA)n, (CTT)n ve (GATA)n gibi
çekirdek motiflerini içeren 100’ bp den küçük tekrar ünitelerindeki
farklılıkları içerir.
PCR
DNA izolasyonu
Sonuçların görüntülenmesi
Primer florasan işaretli Primer florasan işaretli
Kimlik tanısı
Sonuçların Görüntülenmesi
Dendogramlar
Genetik Uzaklık ve Gen Akışı (Gene
Flow) (nm)
FCA
Structure
•Poliploidi analizleri
Morfolojik ve DNA tanıları,
Flow Cytometri analizleri ile desteklenebilir
•Poliploidi analizleri
Morfolojik ve DNA tanıları,
Flow Cytometri analizleri ile desteklenebilir
Ders KapsamındaYaralanılan Kaynaklar
Ders KapsamındaYaralanılan Kaynaklar
1. Andrews, K. R., Good, J. M., Miller, M. R., Luikart, G. ve Hohenlohe, P. A.
2016. “Harnessing the power of RADseq for ecological and evolutionary genomics”, Nature Reviews Genetics, 17(2), 81.
2. Biotechnology of Fruits and Nut Crops (Editor:R. E. Litz)(2005)
3. Genome Mapping and Molecular Breeding in Plants(Fruits and Nuts) (Editor:Chittaranjan Kole)(2007)
4. Genomics-Assisted Crop Improvement, Volume 1(Editor: Rajeev K.
Varshney, Roberto Tuberosa) (2007)
5. Model Plants and Crop Improvement(Editors: R. K. Varshey, R. M. D.
Koebner)(2007).
6. Plant Molecular Breeding (Editor: H. John Newbury)(2003)
7. Thomson, M. J., Zhao, K., Wright, M., McNally, K. L., Rey, J., Tung, C. W., Reynolds, A., Scheffler, B., Eizenga, G., McClung et.al. 2012. “High- throughput single nucleotide polymorphism genotyping for breeding applications in rice using the BeadXpress platform”, Mol. Breed., 29, 875-886.
