400100710151-MOLEKÜLER MARKÖRLER VE BİTKİ
ISLAHINDA KULLANIMI
400100710151-MOLEKÜLER MARKÖRLER VE BİTKİ
ISLAHINDA KULLANIMI
Prof. Dr. Ali ERGÜL
Ankara Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitüsü
http://biotek.ankara.edu.tr/
Hafta-1 Tarım Bitkileri, Biyoçeşitlilik, Transgenik Bitkiler Hafta-2 Nükleik Asit İzolasyonu (DNA)
Hafta-3 Nükleik Asit İzolasyonu (DNA)-UYGULAMA Hafta-4 PCR (Polimerase Chain Reaction)
Hafta-5 PCR (Polimerase Chain Reaction)-UYGULAMA Hafta-6 Kapiller Elektroforez
Hafta-7 Moleküler Markörler ve SSR (Simple Sequence Repeats) Hafta-8 Kapiller Elektroforez - UYGULAMA
Hafta-9 SNP Markırlar, Yeni Nesil Sekanslama Teknikleri ve SNP Haplotiplemesi Hafta-10 DNA Barkodlama
Hafta-11 Markıra Dayalı Seleksiyon (MAS) Hafta-12 Haritalama Yaklaşımları
Hafta-13 Dizi Analizi
Hafta-14 Dizi Analizi-UYGULAMA
Hafta 4:
PCR (Polimerase Chain Reaction) Hafta 4:
PCR (Polimerase Chain Reaction)
PCR (Polymerase Chain Reaction)
Çift zincirin ayrımı
Primerin DNA ya bağlanması
Yeni iplikciğin yazılımı
•
DNA(ng)
•
Primer(pmol=mM)
•
dNTP(mM)
•
Enzim=Taq polimeraz
•
MgCl2(mM)
•
Enzim bufferı(10x veya 5X -1x)
•
Toplam hacim 10-50ul
PCR optimizasyonu nasıl yapılır???
PCR optimizasyonu nasıl yapılır???
Opt 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
DNA(ng veya seyreltme) Primer 1 (pmol=uM) Primer 2 (pmol=uM) dNTP(uM) Enzim=Taq polimeraz MgCl2(mM) Enzim
bufferı(10x-1x)
Toplam hacim 10-50ul
PCR optimizasyonu nasıl yapılır???
PCR optimizasyonu nasıl yapılır???
PCR Optimizasyonu
PCR Optimizasyonu
Agaroz jel elektroforezi
(Nukleik asit ve PCR ürünleri için) Agaroz jel elektroforezi
(Nukleik asit ve PCR ürünleri için)
•
100 ml buffer (TAE veya TBE) içerisine 1(%1’lik için), 2(%2’lik için), 3 (%3’lük için) gr agaroz eklenir.
•
Kaynatılan agaroz yaklaşık 50-60C’ye soğutulur 10mg/ml EtBr ‘den yaklaşık 3-4 ul eklenir, karıştırılır, jel tepsilerine dökülür, uygun ortamlarda donmaya bırakılır.
•
45 dk sonra örnekler buffer (TAE veya TBE) ortamında elektroforeze tabi tutulur. Daha sonra görüntüleri alınır.
•
Kullanılan bufferlar: TBE (Trisma Base, Borik asit, EDTA) veya TAE
(Trisma Base, Acetik asit, EDTA)
Agaroz jel elektroforezi (Jel konsantrasyonları) Agaroz jel elektroforezi
(Jel konsantrasyonları)
•
Nukleik asitlerde % 1
•
PCR (500-2000bç ) %1.5-1.6
•
PCR (50-200bç ) %2-4
Ders KapsamındaYaralanılan Kaynaklar
Ders KapsamındaYaralanılan Kaynaklar
1. Andrews, K. R., Good, J. M., Miller, M. R., Luikart, G. ve Hohenlohe, P. A.
2016. “Harnessing the power of RADseq for ecological and evolutionary genomics”, Nature Reviews Genetics, 17(2), 81.
2. Biotechnology of Fruits and Nut Crops (Editor:R. E. Litz)(2005)
3. Genome Mapping and Molecular Breeding in Plants(Fruits and Nuts) (Editor:Chittaranjan Kole)(2007)
4. Genomics-Assisted Crop Improvement, Volume 1(Editor: Rajeev K.
Varshney, Roberto Tuberosa) (2007)
5. Model Plants and Crop Improvement(Editors: R. K. Varshey, R. M. D.
Koebner)(2007).
6. Plant Molecular Breeding (Editor: H. John Newbury)(2003)
7. Thomson, M. J., Zhao, K., Wright, M., McNally, K. L., Rey, J., Tung, C. W., Reynolds, A., Scheffler, B., Eizenga, G., McClung et.al. 2012. “High- throughput single nucleotide polymorphism genotyping for breeding applications in rice using the BeadXpress platform”, Mol. Breed., 29, 875-886.
