Durante os anos 1990 e 2000, a crescente institucionalização da ciência no Brasil promoveu um maior diálogo da SBPC com as instituições governamentais de C&T. Em 1996 a criação do Conselho Nacional de Ciência e Tecnologia (CCT) tentou articular ações de todos os ministérios para construir uma política de C&T embasada em representações do governo, da comunidade científica, da indústria e do empresariado, o que acabou não dando certo, de acordo com a própria SBPC (CADERNOS SBPC 8, 2005). Na reunião de 2004, o então presidente da Sociedade, Ennio Candotti, disse que
A ciência deve estar presente em Brasília, não para ganhar medalhas mas para votar e orientar as decisões do Congresso. Essa presença irá contribuir, inclusive, para encontrar soluções para o pagamento das dívidas, situação que viabilizaria a expansão dos investimentos em C&T [...]. (Cadernos SBPC 7, 2004, p. 9)
Em resposta, ouviu do Ministro da Ciência e Tecnologia, Eduardo Campos, que o plano estratégico do governo teria como eixos a vinculação das atividades do Ministério às prioridades da política industrial, tecnológica e de comércio exterior (nos setores estratégicos de software, fármacos e medicamentos, semicondutores e microeletrônica, bens de capital, biotecnologia, nanotecnologia e biomassa) assim como o programa espacial e nuclear, a Amazônia, o Cerrado, o Pantanal, o Semi-árido e a plataforma marítima. O Ministro também apresentou a Lei de Inovação, que estimularia parcerias estratégicas, a participação de instituições de C&T no processo de inovação e a inovação nas empresas (Cadernos SBPC 2, 2004, p. 9).
A SBPC se colocou a favor da Open Archives Initiative (OAI), iniciativa baseada na concessão dos direitos de reprodução do trabalho científico sua divulgação em repositórios digitais de acesso livre. No encontro Acesso à informação científica: questões políticas, tecnológicas e diferenças disciplinares, realizado durante a reunião anual de 2006, foi elaborada a Carta aberta à SBPC em prol do acesso livre ao conhecimento, solicitando a discussão do acesso aberto entre os órgãos governamentais reguladores de C&T e instituições de fomento, a fim de “sensibilizar os dirigentes dessas instituições quanto à importância do
acesso livre à informação científica” (CADERNOS SBPC 20, 2006, p. 50), entre outros. No mesmo encontro, foi discutida a possibilidade de criação de uma agência de fomento para o Mercosul, o que faz revelações sobre as pautas de discussão da Sociedade para os próximos anos: as tecnologias a favor da comunicação científica e a união de esforços internacionais de pesquisas.
Em 2006, SBPC elaborou um retrato da situação atual da C&T no Brasil, com propostas de políticas para o desenvolvimento científico. Se a elaboração de políticas científicas já se tornara realidade, a luta agora seria por sua efetivação, baseada na ampla divulgação da ciência entre os pares e os não cientistas:
A formulação de políticas sobre C&T bem adequadas não é suficiente para garantir que tais políticas sejam adotadas pelas autoridades e comunidade científica em geral. É necessário pensar também na forma apropriada de colocá-las em prática. A difusão da C&T deixa de ser somente um dever ético da comunidade científica para tornar-se uma ação estratégica. (CADERNOS SBPC 25, 2006, p. 18-19)
No mesmo ano, a SBPC enviou carta ao Presidente Luiz Inácio Lula da Silva, em reconhecimento à política de C&T em seu governo, e pediu que as ações de C&T fossem elevadas a ações de Estado, a fim de criar estratégias que pudessem ir ao encontro do desenvolvimento da nação:
[...] a política de C&T vem recebendo crescente atenção dos sucessivos governos desde os anos setenta. Ações em ciência e tecnologia atualmente estão presentes nos mais diversos ministérios, fato do qual a agenda do Conselho Nacional de Ciência e Tecnologia, presidido por V. Exa., é fiel testemunha. [...] Os instrumentos que a C&T oferece, não apenas determinam os modernos modos de produzir e inovar, como também constituem ferramentas essenciais no planejamento das políticas públicas e serviços do Estado. [...] Para seu pleno êxito, é imperativo que as ações em C&T sejam elevadas ao nível de ações de Estado, como as da Justiça, da Defesa e da Política Exterior. (SOCIEDADE..., 2006, online)
Durante as eleições presidenciais de 2010, a Sociedade também enviou carta aos candidatos, pedindo que a política científica nacional fosse ampliada, com base na revolução da educação, na produção do conhecimento, no uso sustentável dos biomas e na agregação de valor aos produtos de exportação, o que também revela muito sobre os interesses da SBPC em um futuro bem próximo (SOCIEDADE..., 2010).
Em agosto de 2012, a SBPC encaminhou carta à presidenta Dilma Rousseff, cobrando mais investimentos em 2013 de forma a aumentar o potencial de inovação do país e
evitar prejuízos à infraestrutura científica já existente, solicitando que “[...] 50% dos royalties do petróleo sejam destinados a C,T&I” (SBPC PEDE..., 2012, p. 2).
A SBPC, desde sua fundação, passou por ampliações constantes, tanto no que concerne ao número de associados, ao de trabalhos apresentados em reuniões e documentos, quanto à ampliação de sua inegável influência junto aos órgãos governamentais. De caráter prioritariamente político, a Sociedade sempre buscou inserir a própria visão dos cientistas dentro da política científica nacional. A noção de política científica entre os próprios sócios ainda não estava pronta quando da fundação da SBPC, mas foi se delineando ao longo do tempo, e também influenciando o próprio governo na percepção de que a ciência deve estar inserida na política de Estado.
Percebe-se que, durante suas atividades nas últimas sessenta décadas, a Sociedade lutou em prol dos quatro princípios básicos da ciência: ensino, pesquisa, divulgação e aplicação do conhecimento. Os primeiros anos de atividade basearam-se na busca de melhorias no ensino superior, nas condições de trabalho de docentes e na formação de recursos humanos, indo ao encontro dos ideais de crescimento e industrialização dos anos 1950.
A criação de instituições governamentais, como o MCT, em 1985, e a ampliação do debate entre cientistas e Estado foi uma conquista do final do século XX, época em que se ampliou a divulgação científica, bem como a discussão acerca dessa prática, e a necessidade de aplicar o conhecimento gerado como estratégia política. O caminho da institucionalização científica no país, independentemente de ter sido bom ou ruim, em muito deve à SBPC, que possivelmente continuará influenciando indireta e diretamente os rumos da política de C&T no Brasil.