/ Molecular Microbiological Methods / Molecular Microbiological Methods GENEL TANIM / GENERAL DESCRIPTION

(1)

2021 - 2022 / 9303106132008 - Molecular Microbiological Methods / Molecular Microbiological Methods

GENEL TANIM / GENERAL DESCRIPTION

Ders Adı / Course Name Molecular Microbiological Methods / Molecular Microbiological Methods Ders Kodu / Course Code 9303106132008

Ders Türü / Course Type

Ders Seviyesi / Course Level Third Cycle / Third Cycle

Ders Akts Kredi / ECTS 9.00

Haftalık Ders Saati (Kuramsal) / Course Hours For Week (Theoretical)

2.00

Haftalık Uygulama Saati / Course

Hours For Week (Objected) 2.00 Haftalık Laboratuar Saati / Course

Hours For Week (Laboratory) 0.00 Dersin Verildiği Yıl / Year 2

Öğretim Sistemi / Teaching System Face to Face / Face to Face Eğitim Dili / Education Language Turkish / Turkish

Ön Koşulu Olan Ders(ler) /

Precondition Courses Yok None

Amacı / Purpose Mikrobiyolojide moleküler tekniklerin kullanımı The use of molecular techniques in microbiology

İçeriği / Content İnfeksiyon hastalıklarının tanısında ve araştırılmasında kullanılan moleküler yöntemler, nükleik asit çoğaltma yöntemleri, polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ve tipleri, PCR tabanlı tiplendirme yöntemleri, moleküler epidemiyoloji, restriksiyon analizi, ve DNA dizi analizi.

Molecular methods for investigation and diagnosis of infectious diseases; nucleic acid amplification techniques, polymerase chain reaction (PCR) and types, PCR-based typing methods, molecular epidemiology, restriction analysis, and DNA sequence analysis

Önerilen Diğer Hususlar / Recommended Other Considerations

Yok None

Staj Durumu / Internship Status Yok None

Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar / Books / Materials / Recommended Reading

1. Brooks GF, Butel JS, Morse SA., “Medical Microbiology”, Mc Graw Hill, twenty third edition (2004).

2. Ustaçelebi Ş. Temel ve Klinik Mikrobiyoloji. Güneş Kitapevi, 1. baskı, Ankara, 1999.

3. Patrick R., Ph.D. Murray, Ellen Jo Baron, James H. Jorgensen, Marie Louise Landry, Michael A. Pfaller,“Manual of Clinical Microbiology” 9.th edition, 2007.

4. Persing DH, Smith TF, Tenover FC, White TJ. Diagnostic Molecular Microbiology:

Principles and Applications. ASM Pres, 1993.

5. Temizkan G, Arda N. Moleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler. Nobel Tıp Kitapevi; 2.

Baskı, 2004.

6. Durmaz R. Uygulamalı Moleküler Mikrobiyoloji. Nobel Tıp Kitapevi; 2. Baskı, 2001.

1. Brooks GF, Butel JS, Morse SA., “Medical Microbiology”, Mc Graw Hill, twenty third edition (2004).

2. Ustaçelebi Ş. Temel ve Klinik Mikrobiyoloji. Güneş Kitapevi, 1. baskı, Ankara, 1999.

3. Patrick R., Ph.D. Murray, Ellen Jo Baron, James H. Jorgensen, Marie Louise Landry, Michael A. Pfaller,“Manual of Clinical Microbiology” 9.th edition, 2007.

4. Persing DH, Smith TF, Tenover FC, White TJ. Diagnostic Molecular Microbiology:

Principles and Applications. ASM Pres, 1993.

5. Temizkan G, Arda N. Moleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler. Nobel Tıp Kitapevi;

2. Baskı, 2004.

6. Durmaz R. Uygulamalı Moleküler Mikrobiyoloji. Nobel Tıp Kitapevi; 2. Baskı, 2001.

Öğretim Üyesi (Üyeleri) / Faculty Prof. Dr. Hüseyin TAŞLI

(2)

ÖĞRENME ÇIKTILARI / LEARNING OUTCOMES

1 Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında kullanılan cihaz, ekipman, alet ve malzemeleri kullanabilme Being capable of using apparatus, equipment, tools and materials used in molecular microbiology laboratory

2 Manuel veya kit kullanarak DNA, RNA ve plazmid izole edebilme Be able to isolate DNA, RNA, and plasmids manual or by the kit 3 Nükleik asit amplifikasyon yöntemlerini listeleyebilme Be able to list nucleic acid amplification methods

4 Polimearz zincir reaksiyonu (PCR) ve PCR tabanlı teknikleri (ERIC, REP, AP, RAPD, BOX)

uygulayabilme ve optimize edebilme Be able to apply and optimize polymerase chain reaction (PCR) and PCR -based techniques (ERIC,

REP, AP, RAPD, BOX)

5 PCR tekniği için gerekli öncü nükleotid dizilerini (primer) dizayn edebilme Be able to design the primer necessary for PCR technique

6 PCR tekniği için uygun içerik ve uygun program tasarlayabilme Be able to design a suitable program and content for PCR technique 7 PCR uygulamalarında ortaya çıkan problemleri çözebilme Be able to solve the problems that occurring in PCR applications

8 Agaroz jelde DNA elektroforezi ve jel boyama yöntemlerini uygulayabilme Be able to apply DNA agarose gel electrophoresis and gel staining methods 9 Agaroz jelden DNA geri kazanabilme veya PCR ürünlerini saflaştırabilme Be able to recover DNA from agarose gel or to purify PCR products

10 DNA’nın restriksiyon enzimleri ile kesilmesi ve uzunluklarının belirlenmesi (PCR/RFLP) tekniğini

kullanabilme Be able to use the PCR-RFLP technique which DNA is cut with restriction enzymes and determination

of the length

11 Mikroorganizmaların tür ve alt türlerini, klonal yakınlıklarını ve çeşitli virülans genlerini belirlemek için

uygun moleküler teknikleri seçebilme, optimize edbilme ve uygulayabilme Be able to select, optimize and apply the appropriate molecular techniques to determine the species and sub-types, the clonal relationship, and the various virulence genes of microorganisms

12 DNA dizi analizi prensiplerini kavrayabilme Be able to understand the principles of DNA sequencing

13 DNA analizi için uygun bilgisayar programlarını ve internet ortamındaki gen bankaları verilerini

kullanabilme Be able to use the suitable computer programs and internet gene banks data for DNA analysis

HAFTALIK DERS İÇERİĞİ / DETAILED COURSE OUTLINE

(3)

Hafta / Week

1

Teorik Dersler / Theoretical Öğretim Yöntem ve

Teknikleri/Teaching Methods Techniques

Ön Hazırlık / Preliminary

Uygulama Lab

Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında kullanılan cihaz, ekipman,

alet ve malzemeler Laboratuarın tanıtılması ve

demonstrasyon Apparatus, equipment, tools and materials used in molecular

microbiology laboratory

Introduction of the laboratory and demonstration

2

Plazmid, DNA ve RNA izolasyonu DNA ekstraksiyonu

Isolation of Plasmid, DNA and RNA DNA extraction

3

Nükleik asit çoğaltma yöntemleri Demonstrasyon, tampon ve

çözeltilerin hazırlanması Nucleic acid amplification methods Demonstration, preparation of

buffers and solutions

4

PCR ve optimizasyonu PCR uygulama

PCR and PCR optimization PCR application

5

PCR tipleri: multipleks, nested, real-time, hotstart Multipleks PCR uygulama

PCR types: multiplex, nested, real-time, hot-start Multiplex PCR application

(4)

6

PCR tabanlı yöntemler: ERIC, REP, AP, RAPD, BOX ERIC-PCR uygulama

PCR-based methods: ERIC, REP, AP, RAPD, BOX ERIC-PCR application

7

PCR ürünlerinin saptanması, agaroz jel elektroforezi Agaroz jel elektroforezi

Determination of PCR products, agarose gel electrophoresis Agarose gel electrophoresis

8

Ara sınav Jel görüntüleme ve değerlendirme

Midterm Exam Gel imaging and evaluation

9

Agaroz jelden DNA eldesi, PCR ürünlerini saflaştırma PCR ürünlerini saflaştırma

DNA isolation from Agarose gel, purification of PCR products Purification of PCR products

10

Restriksiyon enzimleri Restriksiyon analizi

demonstrasyon

Restriction enzymes Restriction analysis,

demonstration

(5)

12

Pulsed-Field Jel Elektroforezi (PFGE), Amplified Fragment Length

Polymorphism (AFLP) DNA dizi analizinde bilgisayar

programlarının kullanımı Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE), Amplified Fragment Length

Polymorphism (AFLP) The use of computer programs

in DNA sequence analysis

13

DNA baz dizi analizi Gen bankalarından sekans

indirme ve hizalama

DNA base sequence analysis Downloading the sequence from

gene banks and alignment

14

DNA dizi analizinde bilgisayar programları, internet ortamı ve gen bankalarının kullanımı

Bilgisayar ortamında ham DNA dizilerinin analizi ve amino asit dizilerine dönüştürme The use of computer programs, internet media and gene banks in

DNA sequence analysis

Computer analysis of raw DNA sequences and conversion into amino acid sequences

15

Moleküler epidemiyolojinin prensipleri Moleküler epidemiyolojik teknikleri seçme ölçütleri, demostrasyon

Principles of Molecular epidemiology Selection criteria of the molecular epidemiological techniques, demonstration

16

Final sınavı

Final exam

(6)

DEĞERLENDİRME / EVALUATION

Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri / Term (or Year) Learning Activities Sayı /

Number

Katkı Yüzdesi / Percentage of Contribution (%)

50 1

Ara Sınav / Midterm Examination

50 1

Uygulama/Pratik / Practice

Toplam / Total: 2 100

Başarı Notuna Katkı Yüzdesi / Contribution to Success Grade(%): 40

Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri / End Of Term (or Year) Learning Activities Sayı /

Number

Katkı Yüzdesi / Percentage of Contribution (%)

100 1

Final Sınavı / Final Examination

Toplam / Total: 1 100

Başarı Notuna Katkı Yüzdesi / Contribution to Success Grade(%): 60

Etkinliklerinin Başarı Notuna Katkı Yüzdesi(%) Toplamı / Total Percentage of Contribution (%) to Success Grade: 100

Değerlendirme Tipi / Evaluation Type:

(7)

İŞ YÜKÜ / WORKLOADS

Ara Sınav / Midterm Examination 1 1.00 1.00

Final Sınavı / Final Examination 1 2.00 2.00

Derse Katılım / Attending Lectures 2 14.00 28.00

Uygulama/Pratik / Practice 2 14.00 28.00

Laboratuvar / Laboratory 5 3.00 15.00

Deney / Experiment 2 3.00 6.00

Proje Hazırlama / Project Preparation 1 40.00 40.00

Proje Sunma / Project Presentation 1 1.00 1.00

Bireysel Çalışma / Self Study 14 6.00 84.00

Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma / Individual Study for Mid term Examination 1 30.00 30.00

Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma / Individual Study for Final Examination 1 40.00 40.00

Sayı / Number

Süresi (Saat) / Duration

(Hours)

Toplam İş Yükü (Saat) / Total

Work Load (Hour) Etkinlikler / Workloads

Toplam / Total: 31 154.00 275.00

Dersin AKTS Kredisi = Toplam İş Yükü (Saat) / 30.00 (Saat/AKTS) = 275.00/30.00 = 9.17 ~ / Course ECTS Credit = Total Workload (Hour) / 30.00 (Hour / ECTS) = 275.00 / 30.00 = 9.17 ~

PROGRAM VE ÖĞRENME ÇIKTISI / PROGRAM LEARNING OUTCOMES

Öğrenme Çıktıları / Learning Outcomes Program Çıktıları / Program Outcomes

1.1.1 1.1.2 1.1.3 1.1.4 1.1.5 1.1.6 1.1.7 1.1.8 1.1.9 1.1.1 1.1.1 1.1.1 1.1.1 1.1.1 1.1.1 1.1.1 1.1.1 1.1.1 1.Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında kullanılan cihaz, ekipman,

alet ve malzemeleri kullanabilme / Being capable of using apparatus, equipment, tools and materials used in molecular microbiology laboratory

4 3 5

2.Manuel veya kit kullanarak DNA, RNA ve plazmid izole edebilme /

Be able to isolate DNA, RNA, and plasmids manual or by the kit 3 5

3.Nükleik asit amplifikasyon yöntemlerini listeleyebilme / Be able to

list nucleic acid amplification methods 3 5

(8)

4.Polimearz zincir reaksiyonu (PCR) ve PCR tabanlı teknikleri (ERIC, REP, AP, RAPD, BOX) uygulayabilme ve optimize

edebilme / Be able to apply and optimize polymerase chain reaction (PCR) and PCR -based techniques (ERIC, REP, AP, RAPD, BOX)

3 5 4

5.PCR tekniği için gerekli öncü nükleotid dizilerini (primer) dizayn edebilme / Be able to design the primer necessary for PCR

technique 4

6.PCR tekniği için uygun içerik ve uygun program tasarlayabilme / Be able to design a suitable program and content for PCR

technique 4

7.PCR uygulamalarında ortaya çıkan problemleri çözebilme / Be

able to solve the problems that occurring in PCR applications 5

8.Agaroz jelde DNA elektroforezi ve jel boyama yöntemlerini uygulayabilme / Be able to apply DNA agarose gel electrophoresis

and gel staining methods 5

9.Agaroz jelden DNA geri kazanabilme veya PCR ürünlerini saflaştırabilme / Be able to recover DNA from agarose gel or to

purify PCR products 5

10.DNA’nın restriksiyon enzimleri ile kesilmesi ve uzunluklarının belirlenmesi (PCR/RFLP) tekniğini kullanabilme / Be able to use the PCR-RFLP technique which DNA is cut with restriction enzymes and determination of the length

5

11.Mikroorganizmaların tür ve alt türlerini, klonal yakınlıklarını ve çeşitli virülans genlerini belirlemek için uygun moleküler teknikleri seçebilme, optimize edbilme ve uygulayabilme / Be able to select, optimize and apply the appropriate molecular techniques to determine the species and sub-types, the clonal relationship, and the various virulence genes of microorganisms

4 3 4 4 5 4

12.DNA dizi analizi prensiplerini kavrayabilme / Be able to

understand the principles of DNA sequencing 4

13.DNA analizi için uygun bilgisayar programlarını ve internet ortamındaki gen bankaları verilerini kullanabilme / Be able to use the suitable computer programs and internet gene banks data for DNA analysis

4

Katkı Düzeyi / Contribution Level : 1-Çok Düşük / Very low, 2-Düşük / Low, 3-Orta / Moderate, 4-Yüksek / High, 5-Çok Yüksek / Very high