• Türkiye’nin Orta Karadeniz Bölgesinde metisiline dirençli Staphylococcus aureus kökenlerinin s

İ İ İ Ü İ İ İ İ MİKROBİYOLOJİ BÜLTENİ CİLT 48, 2014 KONU İNDEKSİ

Ocak 2014, Sayı: 1

• Türkiye’de invazif streptokok enfeksiyonlarının epidemiyolojisi, klinik ve mikrobiyolojik özellikleri, 2010-2011 ... 1

• Türkiye’nin Orta Karadeniz Bölgesinde metisiline dirençli Staphylococcus aureus kökenlerinin s

enfeksiyözite-rezistotip-genotip kümelenmesi ... 14

• Solunumsal yoğun bakım ünitesinde fl orokinolon kullanımının hastane kökenli MRSA enfeksiyonu gelişimine ve prognoza etkisi ... 28

• Staphylococcus aureus metisilin direncinin hızlı saptanmasında nitrat redüktaz testi: s

Bir sınır değer duyarlılık test yöntemi ... 40

• Klinik örneklerden izole edilen Acinetobacter baumannii ve i Pseudomonas aeruginosa suşlarının a

sınıf 1 ve 2 integron taşıyıcılığı ve yeni bir gen kaseti birlikteliği: blaOXA-11-cmlA7 ll ... 48

• İnvazif enfeksiyonlara neden olan GSBL pozitif Enterobacteriaceae izolatlarında karbapenem direnci e ... 59

• Çok ilaca dirençli Acinetobacter baumannii izolatlarında virülans faktörlerinin araştırılması i ... 70

• Escherichia coli ve Klebsiella spp. izolatlarında plazmid kaynaklı AmpC beta-laktamaz üretiminin

araştırılması ... 82

• İlaç, kozmetik ve gıda ürünlerinde kullanılan bazı koruyucuların antimikrobiyal ve antibiyofi lm

etkisinin araştırılması ... 94

• Suriye iç savaşı sonrası Nizip’te kutanöz leyşmanyazis olguları ... 106

• Entamoeba histolytica’nın tanısında direkt mikroskopi, kültür, ELISA ve moleküler yöntemlerin

karşılaştırılması... 114

• Daptomisinin VRE ve MRSA suşlarına in vitro etkinliği ... 123

• Tularemi lenfadeniti şüphesi ile alınan lenf aspiratı örneklerinde Mycobacterium tuberculosis

varlığının araştırılması ... 129

• Francisella tularensis’in moleküler tanısında yeni geliştirilen kullanıma hazır ticari PCR kitinin

etkinliğinin değerlendirilmesi ... 135

• Hemodiyaliz hastalarında hepatit B ve hepatit C virus enfeksiyonlarının serolojik ve

moleküler yöntemlerle araştırılması ... 143

• Nefrolitiazisli asemptomatik bir olgunun idrar kültüründen izole edilen mukoid Salmonella spp. a

suşunun tür düzeyinde tanımlanmasında PCR yönteminin değeri ... 151

• Türkiye’de saptanan kompleks rekombinant HIV-1 CRF06_cpx alttipinin moleküler

karakterizasyonu ... 160

• Anti-HIV pozitif bir hastada saptanan akut Toskana virus enfeksiyonu ... 168

• Plasmodium falciparum ve Salmonella Typhi koenfeksiyonu: Bir olgu sunumu a ... 174

• Hantavirus enfeksiyonlarında prognostik faktörler ... r 179

• Ülkemizden NDM-1 salgılayan ilk izolatların bildirimi ve modifi ye Hodge test kullanımı ... 188

Nisan 2014, Sayı: 2

• Salmonella enterica serotip Paratyphi B klinik izolatlarının moleküler epidemiyolojisi, antimikrobiyal a direnci ve genişlemiş spektrumlu beta-laktamazlarının karakterizasyonu ... 191

• Klinik örneklerden izole edilen trimetoprim-sülfametoksazole dirençli

Stenotrophomonas maltophilia suşlarında integron, sul1-2 ve dfr genlerinin araştırılması ... 201

• Trakya Bölgesi’nde farelerde kültür, seroloji ve moleküler yöntemlerle Francisella tularensis

varlığının aranması ... 213

• Orta prevalanslı bölgede akciğer ve akciğer dışı tüberküloz tanısında Xpert MTB/RIF testinin

değerlendirilmesi ... 223

• Beş yaş altı çocuklarda gastroenterite neden olan yedi farklı RNA virusunun araştırılması ... 233

• Bronşiyolit tanısı alan 0-2 yaş grubu çocuklarda insan bokavirusu ve diğer solunum viruslarının

sıklığının araştırılması ... 242

Konu İndeksi/Subject Index

Konu İndeksi/Subject Index Mikrobiyol Bul 2014; 48(4): 715-720 Mikrobiyol Bul 2014; 48(4): 715-720

Konu İndeksi

• 2012-2013 kızamık salgını sürecinde Ankara’da saptanan 44 çocuk olgunun değerlendirilmesi

ve iki olgudan elde edilen virusların moleküler analizi ... 259

• Kronik hepatit B ve C hastalarında IL-1 beta, IL-1 reseptör antagonisti ve IL-8 gen polimorfi zmlerinin araştırılması ... 271

• Gebelerde toksoplazmoz seroprevalansının değerlendirilmesi ve bir tanı algoritmasının oluşturulması ... 283

• Çevresel örneklerde Cryptococcus neoformans taramaları için patlıcan ( s Solanum melongena) agarın yeni bir besiyeri olarak değerlendirilmesi ... 292

• Laboratuvar güvenliğinde “5S” yönteminin uygulaması ve çalışan memnuniyeti üzerine etkisi ... 300

• Karbapeneme dirençli Acinetobacter baumannii izolatlarına karşı sulbaktam ile imipenem, meropenem ve sefoperazon kombinasyonlarının in vitro sinerjistik aktivitesi ... 311

• Hastane enfeksiyonu etkeni olan Acinetobacter baumannii izolatları arasındaki klonal ilişkinin i Rep-PCR ile araştırılması ... 316

• Flukonazole dirençli Candida albicans izolatlarında atım pompa ekspresyonlarının araştırılması s ... 325

• Diyarbakır Eğitim ve Araştırma Hastanesinde dokuz yıllık kutanöz leyşmanyazis olgularının değerlendirilmesi ... 335

• Ülkemizde Tıbbi Mikrobiyoloji, Klinik Mikrobiyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları dallarında yapılan tıpta uzmanlık ve doktora tezlerinin uluslararası dergilerde yayına dönüşüm oranları ... 341

• Streptococcus pneumoniae serotip 35F’ye bağlı pnömokokal menenjitli bir çocuk olgu ... 346

• Probiyotik tedavisinden sonra yaşlı bir hastada gelişen Saccharomyces cerevisiae fungemisi e ... 351

• Diyabetik bir hastada Sarcophaga spp. larvalarının neden olduğu kutanöz miyazis a ... 356

• Scedosporium apiospermum’a bağlı fungal keratit: Ülkemizden ilk olgu-Yorum ... 362

Temmuz 2014, Sayı: 3 • Klinik örneklerden izole edilen Acinetobacter baumannii suşlarında beta-laktamaz kaynaklı i direncin moleküler karakterizasyonu ... 365

• Stafi lokokların pozitif kan kültür şişelerinden MALDI-TOF MS sistemi ile direkt olarak tanımlanması... 377

• BACTEC MGIT™ pozitif kültürlerden Mycobacterium türlerinin Oligo-FISH ve PNA-FISH yöntemleriyle tanımlanması ... 385

• Helicobacter pylori CagA antikorlarının saptanması için rekombinant bir CagA proteininin i üretilmesi ... 402

• Tularemi Türkiye’nin kuzeyinden güneyine doğru yayılıyor: Kahramanmaraş’da küçük bir salgın ... 413

• Ege Bölgesi’nde izole edilen HIV-1 izolatlarının alttip dağılımının pol gen bölgesi fi logenetik analizi ve otomatize araçlar kullanılarak belirlenmesi ... 420

• Akdeniz Üniversitesi Hastanesinde kronik hepatit C enfeksiyonu olan hastalarda hepatit C virus genotipleri: Beş yıllık sonuçların değerlendirilmesi ... 429

• Klinik örneklerden izole edilen Candida türlerinin tanımlanmasında Phoenix™ Yeast ID Panel ile a API

ID 32C ticari sistemlerinin karşılaştırılması ... 438

• Trichophyton mentagrophytes ve s Trichophyton rubrum kökenlerinin FT-IR spektroskopi ile ayrımında Tween-80 etkisi ... 449

• Alveoler ekinokokkozun serolojik tanısında EgHF, Em2 ve EmII/3-10 antijenleri ile hazırlanan ELISA yöntemlerinin tanısal etkinliğinin değerlendirilmesi ... 461

• Klinik stafi lokok izolatlarında makrolid-linkozamid-streptogramin B (MLSB) direnç fenotipleri ve telitromisin etkinliğinin araştırılması ... 469

• Aydın ili kan donörlerinde Bartonella henselae ve e Bartonella quintana seroprevalansı ... 477

• Antalya Eğitim ve Araştırma Hastanesinde kronik hepatit C hastalarının genotip dağılımının araştırılması ... 484

• Klinik Aspergillus spp. izolatlarında virülans faktörü olarak asit proteinaz ve fosfolipaz aktivitelerinin s araştırılması ... 491

• Bardet-Biedl sendromlu kronik böbrek yetmezliği olan bir hastada Elizabethkingia meningosepticum bakteriyemisi ... 495

• İmmün kompetan bir hastada vorikonazol ile tedavi edilen Cladophilaphora bantiana beyin apsesi a ... 501

• Nadir görülen bir beyin apsesi etkeni: Nörotoksokariazis ... 507 g y p

Konu İndeksi

• Wohlfahrtia magnifi ca’dan kaynaklanan gingival miyaz olgusu ... 512

• Karadeniz Bölgesi hepatit C virus genotip belirlenmesine katkı: Yüksek hasta kapasiteli tek merkez verileri, Zonguldak ... 518

Ekim 2014, Sayı: 4 • Hacettepe Üniversitesi Erişkin ve Onkoloji Hastanelerinde yatan hastalarda saptanan metisiline dirençli Staphylococcus aureus bakteriyemilerinde risk faktörleri (2004-2011), antibiyotik s kullanımı ve izolatların antimikrobiyal duyarlılıkları: Yuvalandırılmış olgu-kontrol çalışması... 523

• Vankomisine dirençli enterokokların sürveyansında GeneXpert

vanA/vanB PCR sistemi ile B kültür yönteminin karşılaştırılması ... 538

• CLSI ve EUCAST önerilerine göre genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz üreten Escherichia coli idrar izolatlarında fosfomisin duyarlılığı ... 545

• Karbapenemlere dirençli Acinetobacter baumannii suşlarında OXA tipi beta-laktamazların i araştırılması ve PFGE ile genotiplendirilmesi ... 556

• Kan kültürlerinden izole edilen tek klonlu Acinetobacter baumannii suşlarının karakterizasyonu ve antibiyotik direnç profi llerinin incelenmesi ... 566

• Postmortem tüberküloz tanısında parafi ne gömülü dokularda iki farklı gerçek zamanlı PCR sisteminin karşılaştırılması ... 577

• Antiretroviral tedavi almayan olgularda HIV-1 primer ilaç direnci mutasyonlarının araştırılması ... 585

• Kronik hepatit C enfeksiyonu olan hastalarda paraoksonaz-1 gen polimorfi zmi ile tedaviye yanıt arasındaki ilişkinin araştırılması ... 596

• Mersin ili kan donörlerinde fl avivirus seroepidemiyolojisi ... 606

• Dumlupınar Üniversitesi Evliya Çelebi Eğitim ve Araştırma Hastanesinde hepatit B serolojik testlerinin uygunsuz kullanımı, Kütahya ... 618

• Trichosporon spp. suşlarında bazı virülans faktörlerinin araştırılması ... 628

• Atovakuon ve astragalus kombinasyonunun akut toksoplazmozlu fare modeli tedavisi ve IL-2, IL-12, IFN-γ düzeyleri üzerindeki etkileri ... 639

• Solunum virusları ve infl uenza A virus alt tiplerinin multipleks PCR yöntemi ile aynı anda saptanması ... 652

• Giresun’da su örneklerinde Toxoplasma gondii’nin polimeraz zincir reaksiyonu ve i ilmiğe dayalı izotermal amplifi kasyon yöntemleriyle araştırılması ... 661

• Nötropenik ateşin ender bir nedeni: Bruselloz ... 669

• Böbrek nakli alıcısında Batı Nil virusuna bağlı meningoensefaliti ... 674

• Türkiye’de ilk kez saptanan hepatit B virus genotip E enfeksiyonu ... 683

• Genital insan papillomavirus enfeksiyonlarının moleküler tanısında karşılaşılan sorunlar ve yeni gelişmeler ... r 689 • Servikal lenfadenitlerin etiyolojisinde tüberküloz ve tularemi ayırıcı tanısı ... 707

• Ülkemizdeki NDM-1 olgu ve salgınları ... 709

Subject Index

BULLETIN OF MICROBIOLOGY VOLUME 48, 2014 SUBJECT INDEX

January 2014, Issue 1

• Epidemiology, clinical and microbiological characteristics of invasive streptococcal infections

in Turkey, 2010-2011 ... 1

• Infectivity-resistotype-genotype clustering of methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains s in the Central Blacksea Region of Turkey... 14

• The effect of fl uoroquinolone use in the respiratory intensive care unit on the development of hospital-acquired MRSA infection and its prognosis ... 28

• Nitrate reductase assay for the rapid detection of Staphylococcus aureus methicillin resistance: s a breakpoint susceptibility testing method ... 40

• Carriage of class 1 and 2 integrons in Acinetobacter baumannii and i Pseudomonas aeruginosa isolated from clinical specimens and a novel gene cassette array: blaOXA-11-cmlA7 ll ... 48

• Carbapenem resistance in ESBL positive Enterobacteriaceae isolates causing invasive infections e ... 59

• Investigation of the virulence factors of multidrug-resistant Acinetobacter baumannii isolates i ... 70

• Detection of plasmid-mediated AmpC beta-lactamase production in Escherichia coli and i Klebsiella spp. isolates a ... 82

• Investigation of antimicrobial and antibiofi lm effects of some preservatives used in drugs, cosmetics and food products ... 94

• Cutaneous leishmaniasis cases in Nizip, Turkey after the Syrian civil war ... r 106 • Comparison of direct microscopy, culture, ELISA and molecular methods for diagnosis of Entamoeba histolytica... a 114 • In vitro activity of daptomycin against VRE and MRSA strains ... 123

• Investigation of the presence of Mycobacterium tuberculosis in the lymph node aspirates of s the suspected tularemia lymphadenitis cases ... 129

• Evaluation of a newly-developed ready-to-use commercial PCR kit for the molecular diagnosis of Francisella tularensis ... s 135 • Investigation of hepatitis B and hepatitis C virus infections by serological and molecular methods in hemodialysis patients ... 143

• The value of PCR method in the species-level identifi cation of a mucoid Salmonella spp. strain a isolated from the urine culture of a case with asymptomatic nephrolithiasis... 151

• Molecular characterization of complex recombinant HIV-1 CRF06_cpx subtype detected in Turkey .... 160

• Acute Toscana virus infection in an anti-HIV positive patient ... 168

• Plasmodium falciparum and Salmonella Typhi co-infection: a case report a ... 174

• Prognostic factors in hantavirus infections ... 179

• Notice of fi rst NDM-1 expressing isolates in Turkey and the use of modifi ed Hodge test ... 188

April 2014, Issue 2 • Molecular epidemiology, antimicrobial resistance and characterization of extended-spectrum beta-lactamases of Salmonella enterica serotype Paratyphi B clinical isolates ... 191

• Investigation of integrons, sul1-2 and dfr genes in trimethoprim-sulfametoxazole-resistant Stenotrophomonas maltophilia strains isolated from clinical samples a ... 201

• Investigation of the presence of Francisella tularensis by culture, serology and molecular s methods in mice of Thrace Region, Turkey ... 213

• Evaluation of the Xpert MTB/RIF assay for the diagnosis of pulmonary and extrapulmonary tuberculosis in an intermediate-prevalence setting ... 223

• Investigation of seven different RNA viruses associated with gastroenteritis in children under fi ve years old ... 233

• Determination of the frequency of human bocavirus and other respiratory viruses among 0-2 years age group children diagnosed as acute bronchiolitis ... 242

• Evaluation of 44 pediatric measles cases detected in Ankara, Turkey during 2012-2013 epidemic and molecular characterization of the viruses obtained from two cases ... 259

• Investigation of IL-1 beta, IL-1 receptor antagonist and IL-8 gene polymorphisms in patients

with chronic hepatitis B and C ... 271

Subject Index

• Evaluation of the toxoplasmosis seroprevalence in pregnant women and creating a diagnostic

algorithm ... 283

• Evaluation of a new medium, eggplant (Solanum melongena) agar as a screening medium for Cryptococcus neoformans in environmental samples s ... 292

• Implementation of “5S” methodology in laboratory safety and its effect on employee satisfaction ... 300

• In vitro synergistic activity of sulbactam in combination with imipenem, meropenem and cefoperazone against carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii isolates i ... 11

• Investigation of the clonal relationship between nosocomial Acinetobacter baumannii isolates by i Rep-PCR ... 316

• Investigation of the expression levels of effl ux pumps in fl uconazole-resistant Candida albicans isolates s ... 325

• A nine-year evaluation of cutaneous leishmaniasis patients in Diyarbakir Training and Research Hospital, Turkey ... 335

• Publication rates of Turkish medical specialty and doctorate theses on Medical Microbiology, Clinical Microbiology and Infectious Diseases disciplines in international journals ... 341

• A pediatric case of pneumococcal meningitis due to Streptococcus pneumoniae serotype 35F e ... 346

• Saccharomyces cerevisiae fungemia in an elderly patient following probiotic treatment e ... 351

• Cutanous myiasis caused by Sarcophaga spp. larvae in a diabetic patient a ... 356

• Fungal keratitis caused by Scedosporium apiospermum: First report from Turkey-Comment ... 362

July 2014, Issue 3 • Molecular characterization of beta-lactamase-associated resistance in Acinetobacter baumannii strains isolated from clinical samples ... 365

• Identifi cation of staphylococci directly from positive blood culture bottles by MALDI-TOF MS system ... 377

• Identifi cation of Mycobacterium f species from BACTEC MGIT™ positive cultures with Oligo-FISH and PNA-FISH methods ... 385

• Production of a recombinant CagA protein for the detection of Helicobacter pylori CagA antibodies ... 402

• Tularemia is spreading from north to south side of Turkey: a small outbreak in Kahramanmaras, Turkey ... 413

• HIV-1 subtype distribution determined by phylogenetic analysis of pol gene sequences and automated subtyping tools among HIV-1 isolates from the Aegian Region of Turkey... 420

• Distribution of hepatitis C virus genotypes among patients with chronic hepatitis C infection in Akdeniz University Hospital, Antalya, Turkey: a fi ve-year evaluation ... 429

• Comparison of Phoenix™ Yeast ID Panel and API

ID 32C commercial systems for the identifi cation of Candida species isolated from clinical samples a ... 438

• The effect of Tween-80 on the differentiation of Trichophyton mentagrophytes and s Trichophyton rubrum strains with FT-IR spectroscopy ... 449

• Evaluation of the diagnostic value of the ELISA tests developed by using EgHF, Em2 and EmII/3-10 antigens in the serological diagnosis of alveolar echinococcosis ... 461

• Macrolide-lincosamide-streptogramin B (MLSB) resistance phenotypes in clinical staphylococcus isolates and investigation of telithromycin activity ... 469

• Seroprevalence of Bartonella henselae and e Bartonella quintana in blood donors in Aydin province, a Turkey ... 477

• Investigation of hepatitis C virus genotype distribution in patients with chronic hepatitis C infections in Antalya Training and Research Hospital, Turkey ... 484

• Investigation of acid proteinase and phospholipase activity as virulence factors in clinical Aspergillus spp. isolates s ... 491

• Elizabethkingia meningosepticum bacteremia in a patient with Bardet-Biedl syndrome and chronic renal failure ... 495

• Cladophilaphora bantiana brain abscess treated with voriconazole in an immunocompetent a patient ... 501

• A rarely seen cause of brain abscess: neurotoxocariasis ... 507

Subject Index

• A case of gingival myiasis caused by Wohlfahrtia magnifi ca ... a 512

• Contribution to determination of hepatitis C virus genotypes in Black Sea region:

data from single high volume center in Zonguldak, Turkey ... 518

October 2014, Issue 4 • Risk factors and antibiotic use in methicillin-resistant Staphylococcus aureus bacteremia in s hospitalized patients at Hacettepe University Adult and Oncology Hospitals (2004-2011) and antimicrobial susceptibilities of the isolates: a nested case-control study ... 523

• Comparison of GeneXpert

vanA/vanB PCR system and culture methods in the surveillance of B vancomycin-resistant enterococci ... 538

• Fosfomycin susceptibility of urinary Escherichia coli isolates producing extended-spectrum i beta-lactamase according to CLSI and EUCAST recommendations ... 545

• Investigation of OXA type beta-lactamases and PFGE patterns in Acinetobacter baumannii strains resistant to carbapenems ... 556

• Characterization and determination of antibiotic resistance profi les of a single clone Acinetobacter baumannii strains isolated from blood cultures i ... 566

• Comparison of two different real-time PCR systems in postmortem diagnosis of tuberculosis in paraffi n-embedded tissues ... 577

• Investigation of HIV-1 primary drug resistance mutations in antiretroviral therapy-naive cases ... 585

• Investigation of the association between paraoxonase-1 gene polymorphisms and response to therapy in chronic hepatitis C patients ... 596

• Flavivirus seroepidemiology in blood donors in Mersin province, Turkey ... 606

• Inappropriate use of serological tests for hepatitis B virus in Evliya Celebi Education and Research Hospital of Dumlupinar University, Kutahya... 618

• Investigation of some virulence factors in Trichosporon spp. strains ... 628

• Effects of atovaquone and astragalus combination on the treatment and IL-2, IL-12, IFN-γ levels on mouse models of acute toxoplasmosis ... 639

• Simultaneous detection of respiratory viruses and infl uenza A virus subtypes using multiplex PCR ... 652

• Investigation on Toxoplasma gondii by polymerase chain reaction and loop-mediated isothermal i amplifi cation in water samples from Giresun, Turkey ... 661

• An unusual cause of febrile neutropenia: brucellosis ... 669

• Meningoencephalitis caused by West Nile virus in a renal transplant recipient ... 674

• Hepatitis B virus genotype E infection in Turkey: the detection of the fi rst case ... 683

• Current problems and recent advances in the molecular diagnosis of genital human papillomavirus infections ... 689

• Tuberculosis and tularemia as part of the differential diagnosis in cervical lymphadenitis ... 707

• NDM-1 cases and outbreaks in Turkey ... 709