BYM613
Genetik Mühendisliği
Hacettepe Üniversitesi Biyomühendislik Bölümü
2012-2013 Güz Dönemi Dr. Eda Çelik-AKDUR edacelik@hacettepe.edu.tr Rekombinant DNA Teknolojisi-II
2
İçerik (2 hafta)
• Rekombinant DNA teknolojisi
• Tanımlar ve temel basamakları
• Restriksiyon ve Ligaz Enzimleri
• Vektörler
• Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR)
• Klonlanmış DNA analizi
• DNA Sekans Analizi
• Restriksiyon Analizi
• Rekombinant teknolojinin uygulamaları
• Gen Kütüphaneleri
3
13 Kasım için Sunum Konularınız
Burcu Güven DNA jel elektroforezi, RE ile kesme
18
Olgu P1 transdüksiyon yöntemi ile gen silinmesi
5
Cem Derse hiç gelmedi ???
19
ule PCR için oligonükleotid (primer) tasarımı
17
Gökçe Kaynak Floresansla etkinleşmiş hücre tasnifleyicisi (FACS)
16
Burcu S DNA tamir mekanizmaları
15
Gamze Moleküler Tanımlama
14
İlkay DNA saklama koşulları ve miktar belirleme
13
Göksu PCR optimizasyonu ve PCR çeşitleri
12
Merve Total RNA izolasyonu
11
Araz DNA saflaştırma
10
Hande Kimyasal uygulama ve elektroporasyon ile
bakterilerde transformasyon, Transformasyon için Yetkin Hücrelerin (Bakteri) Hazırlanması 9
Nurşen DNA mikrodizinleme (Microarray)
8
Bakiye Northern Blotting
7
Gökçe Southern Blotting
6
Handan Transpozonların DNA manipülasyonlarında
kullanımı 4
Zeynep DNA modifying enzymes/DNA binding proteins
3
Ebru Homolog Rekombinasyon Yöntemi ile gen
aktarımı 2
Dicle
Burası için web sayfasında bilgi olacak Bölgesel Yönlendirilmiş Mutasyon (Site-Directed
Mutagenesis) 1
Sunacak Kişi Örnek Ref (lar)/
Notlar Başlık
#
* Max 8 dk, 10 slide
* Rapor yok
* Slide’lar bana email, 12 Kasım, 17:00 SON.
* Referanslara dikkat, en sonda değil, slide içinde !
* Final için 3 sınav sorusu ve cevabı da email.
* 2012 basımı 1 makaleden örnek.
* Sınıf sizi değerlendirecek, soru soracak.
* 1. Ara sınav yerine sayılacak
4
Moleküler Klonlama (Gen Klonlama)
ekildeki
“DNA parçası”
bir gen ise,
“gen klonlama”
Seçilen koloniler çoğaltılır ve gerçek rekombinant klonlar mı diye analiz edilir.
5
6
7
Control8
Dikkat: Gen isimleri, organizmaların
isimleri ve RE’lerinin organizmayı
tanımlayan kısımları italik yazılır !!
9
Determine production target
↓
Recombinant microorganism development
↓
Structural analysis of the purified r-product
↓
Medium design and optimization of bioprocess design parameters
↓
Pilot-scale production
↓
Stoichiometric and kinetic modeling of the bioprocess
Akım eması:
Doktora çalışmalarımda izlediğim yol.
Diğer sonuçlar, ilerleyen derslerde…
10 Fig. Pearson Education Inc., 2009
Restriksiyon Analizi
Klonlardan saflaştırılan
plazmid, rekombinant
plazmidin oluşturulması
aşamasında kullanılan
RE ile tekrar kesilip,
istenilen DNA parçasını
içerip içermediği kontrol
edilebilir.
Fig. Pearson Education Inc., 2009 11
12
Sanger Metodu ile DNA Sekans Analizi
1977: Sanger DNA sekans tespiti için metot geliştirdi.
Sanger metodu halen kullanılan DNA sekans analizlerinin temelidir.
Dideoksinükleotit (ddNTP)’lerin zincir sonlandırma özelliğine dayanır.
Fig. Pearson Education Inc., 2009 Ref: Alberts et al., Molecular Biology of the Cell, 2008.
Figure 13.26
13
14
Polyacrylamide gel electrophoresis is used to
visualize the results of the sequencing reaction
Figure 13.28
