2005 yılında gerçekleştirilen üst düzey ziyaretler sonrası yoluna giren Türkiye-İsrail ilişkileri 2006 yılında gerçekleşen olaylar sonrası tekrar gerilmiştir. Hamas’ın siyasi büro şefi Halid Meşal’in Türkiye ziyareti gerilimi tetiklerken, İsrail’in Lübnan’a saldırması sonrası Türkiye tepki göstermiştir ve ilişkilerde yumuşamanın yerini tekrar gerilim almıştır.
Ocak 2006’da Filistin’de yapılan seçimleri Hamas kazanması ile Türkiye’nin Hamas’ın seçim zaferine saygı duyulması gerektiği yönündeki görüşü ve Şubat’ta Halid Meşal liderliğindeki bir heyetin Türkiye’yi ziyaret etmesi ilişkilerde yeni bir krize sebep olmuştur. Her ne kadar Türkiye Meşal’e resmi bir davet göndermemiş ve resmi olarak ağırlamamış olsa da bu durum ilişkilerde gerginliğe sebep olmuştur (Tür, 2009a: 26).
Dışişleri Bakanlığı ziyaretle ilgili açıklama yapmıştır. Buna göre (Hamas Heyetinin Ziyareti Hk., 2006, http://www.mfa.gov.tr/no_25---16-subat-2006_-hamas-heyetinin-ziyareti-hk_.tr.mfa);
Hamas Siyasi Büro Başkanı Halid Meşal ve beraberindeki heyet ülkemize gelmek için talepte bulunmuştur. Ülkemizin bölgede üstlendiği yapıcı rol çerçevesinde, Filistin Yasama seçimlerinden galip çıkmış bir grubun temsilcileri olarak heyetin gelişine izin verilmiştir.
Bu vesileyle, kendilerine doğrudan telkinde bulunmak fırsatı bulunmuştur. Türkiye olarak, bulunduğumuz geçiş döneminde, Orta Doğu Barış Sürecini ileriye götürecek gelişmelere katkıda bulunmayı bölgesel sorumluluğumuzun parçası olarak görmekteyiz. Görüşmelerde, Hamas heyetine uluslararası toplumun beklentileri ve yeni Filistin Yasama Konseyi ve Hükümetinin Filistin halkına karşı sorumlulukları hatırlatılmış, akılcı, gerçekçi, uzlaşmacı
ve esnek bir tutum benimsenmesinin önemi vurgulanmıştır. Hamas heyeti bu telkinlerimizi yararlı bulduğunu ve dikkate alacaklarını belirtmiştir.
Açıklamada belirtildiği üzere Türkiye, Hamas’a doğrundan telkinde bulunmak suretiyle barış sürecine katkıda bulunmayı arzulamıştır. Ancak bu amaçla yapılan görüşme İsrail tarafından eleştirilmiş ve tepki gösterilmiştir. İsrail Büyükelçisi Pinhas Avivi “Bu görüşmeye karşıyız. Hamas oyunun kurallarını kabul edene dek Türkiye Hamas’la görüşmemeli” şeklinde tepki vermiş, İsrail Dışişleri Bakanlığı sözcüsü Ra’anan Gissin de Türkiye’nin ikili ilişkileri derinden yaralayacak bir hata yaptığını belirterek “Biz Abdullah Öcalan ile görüşseydik siz ne hissederdiniz?” sorusunu sormuştur (Tür, 2009a: 26–27). Bu açıklama üzerine Dışişleri Bakanlığı İsrail yetkililerinin yaptığı açıklamayı “talihsiz bir beyan” olarak kabul etmiş ve açıklamadaki benzetmelerin “yersiz ve yanlış olduğunu”, bu açıklamadan dolayı duyulan memnuniyetsizliğin İsrail tarafına iletildiğini açıklamıştır (İsrail Başbakanlık Sözcüsünün Açıklaması Hk., 2006, http://www.mfa.gov.tr/no_26---17-subat-2006_-israil-basbakanlik-sozcusunun-aciklamasi-hk_.tr.mfa). Bu süreçte ABD Türkiye’nin Hamas ile görüşmesine ılımlı yaklaşmıştır. Hamas’ın Türkiye ile yakınlaşmasını İran etkisinden kurtulması bakımından önemli gören ABD görüşmeye olumlu bakmış ve önemli olanın Hamas’a verilen mesajlar olduğunu belirtmiştir. Hamas’ın perspektifinden bakıldığında ise İran’ın etkisinden kurtulma ve diplomatik meşruiyet kazanma bakımından Türkiye ile görüşmek önemli olmuştur (Kösebalaban, 2011: 97).
12 Temmuz 2006’da Hizbullah Örgütü iki İsrail askerini kaçırmıştır. Olayın ardından İsrail hem kaçırılan askerleri kurtarmak hem de bölgedeki Hizbullah eylemlerini sonlandırmak maksadıyla 34 gün süren büyük çaplı bir askeri harekata başlamıştır. Harekat İsrail’in Lübnan halkına yönelik toplu bir cezalandırma içerdiği ve orantısız güç kullandığı gerekçesiyle uluslararası kamuoyunun önemli bir bölümünden tepki toplamıştır (Yeşiltaş, 2010’dan aktaran: Yıldırım, 2012: 4–70). İsrail’in Gazze ve Lübnan’a yaptığı saldırılarla birlikte Türk makamlarının İsrail’e yönelik sert eleştirilerde bulunması siyasi ilişkilerdeki krizi daha da tırmandırmıştır. Erdoğan Ağustos 2006’da düzenlenen İslam Konferansı Örgütü (İKÖ) Yürütme Kurulu toplantısında, İsrail’in orantısız güç kullandığını, kadınlarla çocukları göz göre göre öldürdüğünü söylemiş ve İsrail’i eleştirmiştir (Yeşilyurt, 2013:
441). Dışişleri Bakanlığı da Gazze Şeridi’nde başlayan olayların Lübnan’ın istikrarını tehdit eden boyuta gelmesinden duyulan kaygıyı dile getirip, silahların susturulması için kaçırılan askerlerin serbest bırakılıp, İsrail’in de askeri harekatı derhal durdurması çağrısında bulunmuştur (Ortadoğu´da Meydana Gelen Son Gelişmeler Hk., 2006,
http://www.mfa.gov.tr/no_110---14-temmuz-2006_-ortadogu_da-meydana-gelen-son-gelis meler-hk_.tr.mfa). İsrail’in aralıksız yürüttüğü operasyonlar neticesinde 50’den fazla masum insanın hayatını kaybetmesini derin bir üzüntüyle karşıladığını açıklayan Dışişleri Bakanlığı, ihtilafta hiçbir sorumluluğu bulunmayan sivillere yönelik saldırıları kınamıştır (İsrail´in Lübnan´a Düzenlediği Son Saldırı Hk., 2006, http://www.mfa.gov.tr/no_115---30-temmuz-2006_-israil_in-lubnan_a-duzenledigi-son-saldiri-hk_.tr.mfa).
2006’da meydana gelen siyasi krize rağmen taraflar arasında diyalog kanalları tıkanmamıştır. Nitekim Mayıs 2006’da Dışişleri Bakanı Tzipi Livni Türkiye’yi, Haziran’da Cumhurbaşkanı Sezer ve Temmuz’da Dışişleri Bakanı Gül İsrail’i ziyaret etmiştir (Yeşilyurt, 2013: 441).
Türkiye Orta Doğu bölgesinde takip etmek istediği aktif dış politika neticesinde Arap-İsrail çatışmalarında arabulucu rolü üstlenme gayreti içerisine girmiştir. Öte yandan Arap-İsrail çatışması bağlamında İsrail’in eylemleri neticesinde ortaya çıkan olumsuzluklara istinaden kullanılan sert söylem dili, ilişkilerin seyrini etkileyen yeni bir parametre olarak ortaya çıkmıştır (Yıldırım, 2012: 4–73). AKP hükümeti ile beraber ikili ilişkilerin bekasının bölgesel ilişkilere daha fazla bağımlı hale geldiğini söylemek mümkün olmuştur (Tür, 2009a: 24).
2007-2008’de Filistin-İsrail cephesinde suların durulmasıyla birlikte ikili ilişkilerde tekrar bir yumuşama başlamıştır. 2007 Şubatında İsrail Başbakanı Ehud Olmert Ankara’ya gelmiş ve Türkiye’nin arabuluculuk girişimlerini kabullenmiştir. Olmert, Hamas liderliğindeki yeni Filistin hükümetini Ankara'ya davet edeceğini söyleyen Başbakan Recep Tayyip Erdoğan'a, “Şiddeti bırakmaları ve İsrail'in varlığını tanımaları yönündeki koşulları kabul ettirebilirseniz, Hamas'la ilk görüşmeyi Türkiye'de yapmaya hazırım”
diyerek Türkiye’nin ev sahipliğinde Hamas ile görüşebileceğini açıklamıştır (Çakırözer, 2007). Türkiye-İsrail ilişkilerindeki yumuşamanın bir diğer örneği ise İsrail’in Haremmüşerif’te Mescid-i Aksa çevresinde başlayan ve İslam dünyasında şüphe uyandıran inşaatları incelemek üzere 20 Martta bir Türk heyetinin bölgeye gitmesini kabul etmesi olmuştur (Yeşilyurt, 2013: 441–442).
2007 yılında bir diğer önemli gelişme ise ABD’nin Annapolis kentinde düzenlenecek olan görüşmeden önce İsrail Cumhurbaşkanı Şimon Peres ve Filistin Ulusal Yönetimi başkanı Mahmud Abbas’ın Ankara Forumu’nun yedinci toplantısı çerçevesinde
Ankara’da bir araya gelmeleri olmuştur. Peres ve Abbas forumun barış süreci için önemine dikkat çekmişlerdir (Ankara’da Tarihi Buluşma, 2007, http://www.hurriyet.com.tr/
gundem/7680886.asp?gid=180&sz=52551). İlk kez Müslüman bir ülkenin parlamentosunda konuşan Peres, “Türkiye, Gazze’nin füzelerden kurtulmasına, İsrailli askerlerin evlerine geri dönmesine ve Filistinlilerin huzur içinde yaşamasına katkıda bulunabilir” demiştir (Peres, TBMM'de Tarancı Şiirini Okudu, 2007, http://
www.hurriyet.com.tr/gundem/7683328.asp). TBMM’de konuşan Abbas ise “Türkiye'nin, bağımsız Filistin devleti kurulması yönünde sürekli kendilerini desteklediğini” ifade etmiş,
“Türkiye'nin, gerek Filistin-İsrail uyuşmazlığı, gerekse de İsrail-Arap uyuşmazlığına çözüm bulma yolunda etkin rollerde bulunacağına ve bunu gerçekleştirmeye imkanı olduğuna inandıklarını” söylemiştir. Ayrıca “Türkiye’nin rolü, uluslararası barışsever ülkeler ve uluslararası kuruluşlar düzeyinde kesinlikle etkili olacaktır'' görüşünü kaydetmiştir (Ankara'da Tarihi Buluşma, 2007, http://arsiv.sabah.com.tr/2007/11/13/
haber,BF1FC883F9464539A11CBFB4152858A2.html). Her iki lider de yaptıkları konuşmalarda Türkiye’nin barış sürecinde oynayabileceği role vurgu yapmışlardır.
Eylül 2007’de İsrail jetlerinin Türkiye üzerinden Suriye topraklarını bombalamasıyla geçici bir krize girmiştir. Dışişleri Bakanı Ali Babacan bunun “kabul edilemez” olduğunu belirterek, Ekim ayında her iki ülkeyi de ziyaret etmiş ve İsrail’den bir açıklama beklediklerini söylemiştir. Sonrasında İsrail, meydana gelmiş olabilecek herhangi bir zarar nedeniyle Türkiye’den özür dilemiş ve kriz sona ermiştir (Yeşilyurt, 2013: 442).
2008 yılına gelindiğinde Türkiye’nin İsrail ve Suriye arasında kolaylaştırıcı rolü oynamasıyla birlikte ilişkilerde yeni bir boyuttan bahsetmek mümkün olmuştur (Tür, 2009a: 27). Türkiye’nin doğrudan görüşmeyi kabul etmeyen İsrail ve Suriye arasında arabuluculuk yapmak üzere 2005 yılından itibaren başlattığı süreç 2008 yılında başarıya ulaşmış ve iki ülke temsilcileri ayrı ayrı Türkiye’ye gelerek, Türkiye aracılığıyla görüşmeler yapmışlardır (M. Ercan Yılmaz, 2010: 58). Görüşmelere başlandığını iki ülke hükümetleri eş zamanlı olarak ilan ederken yapılan açıklamada, “Suriye ve İsrail Türkiye’nin nezaretinde aracılı barış görüşmelerine başlamıştır. Her iki taraf, bu görüşmeyi iyi niyetle sürdüreceklerini beyan etmişlerdir. İki taraf, aralarındaki diyalogu Madrid Konferansı ilkeleri çerçevesinde, kapsamlı bir barışa ulaşılması hedefi doğrultusunda kararlı ve sürekli bir şekilde yürütmeyi kararlaştırmıştır.” diyerek, Türkiye’ye bu süreçteki rolü ve ev sahipliği için teşekkür etmişlerdir (İsrail-Suriye Barış Görüşmesi Türkiye’de,
2008, http://gundem.milliyet.com.tr/israil-suriye-baris-gorusmesi-turkiye-de/guncel/gunde mdetay/22.05.2008/757943/default.htm). AKP Hükümeti’nin iktidara gelmesiyle beraber ilişkilerin hız kestiğinden ve sürekli olarak kriz-normalleşme-kriz döngüsüne girdiğinden söz edilse de yine pek çok İsrailli kanaat önderine göre arabuluculuk rolü 1990’ların Türkiye’sinin başaramayacağı ancak AKP’nin bölgedeki artan rolüyle birlikte İsrail’e sağlayabileceği önemli bir fırsattır. Bu anlamda da Türkiye ile ilişkiler İsrail için yeni bir değer kazanmıştır (Tür, 2009a: 27).