1. BÖLÜM
2.2. Mitokondrial DNA’ nın Sitokrom b (cyt b) Gen Bölgesinin Kısmi Dizi
3.1.2. Crocidura suaveolens’ e ait mtDNA Sitokrom b Haplotipleri…
Türkiye’ deki 64 değişik lokaliteden toplanan C. suaveolens türüne ait 66 örnekte çalışılan mitokondrial cyt b geninin dizi analizi sonucunda 381 bç uzunluğunda 29 adet haplotip tespit edildi (Tablo 3.1; Şekil 3.1). Tespit edilen 29 haplotip için oluşturulan ortak baz dizisi Şekil 3.2’ de verildi. C. suaveolens türüne ait haplotip çeşitliliği (haplotype diversity, Hd) 0.8951, nükleotid çeşitliliği (nucleotide diversity, Pi, ) 0.01049 olarak bulundu. C. suaveolens için haplotip çeşitlilik değerinin 1’ e yakın çıkması, genetik çeşitliliğin nispeten yüksek olduğunu ifade etmektedir.
22
Tablo 3.1. C. suaveolens'e ait örneklerin lokalite bilgileri ve tespit edilen mtDNA sitokrom b haplotipleri.
Sıra No Cyt b Haplotipleri
Örnek No / Cinsiyet
Haplotip/Harita No
Lokaliteler Koordinatlar
1 TR-Suv1 502 / E 1 / 22 Aydınkent, Ereğli, Konya N 37o 25, 118’ E 34o 10, 468’
2 TR-Suv1 583 / D 1 / 34 İncesu Köyü, Samsun N 41o 22, 536’ E 36o 12, 610’
3 TR-Suv1 764 / E 1 / 37 Çamlıbel geçidi yakını İhsaniye Köyü, Tokat N 39o 59, 140’ E 36o 30, 552’
4 TR-Suv1 935 / D 1 / 24 Yaprakhisar, Aksaray N 38o 17, 821’ E 34o 16, 136’
5 TR-Suv1 1047 / D 1 / 62 Dere içi (Melik Köy), Kars N 40o 37, 597’ E 43o 06, 004’
6 TR-Suv1 1072 / E 1 / 51 Arzular Beldesi, Gümüşhane N 40o 25, 289’ E 39o 39, 906’
7 TR-Suv1 1089 / D 1 / 60 Kaleboynu, Şavşat, Artvin N 41o 15, 465’ E 42o 19, 653’
8 TR-Suv1 1290 / D 1 / 61 Okçular Köyü, Horasan, Erzurum N 40o 04, 786’ E 42o 18, 936’
9 TR-Suv1 1292 / D 1 / 59 Ovacık, Artvin N 41o 09, 627’ E 41o 58, 210’
10 TR-Suv2 524 / E 2 / 64 Seydişehir, Konya N 37o 30, 353’ E 31o 52, 243’
11 TR-Suv2 642 / D 2 / 30 Geriş, Çaycuma, Zonguldak N 41o 22, 130’ E 32o 05, 533’
12 TR-Suv2 911 / D 2 / 54 Dernekpazarı, Trabzon N 40o 47, 683’ E 40o 15, 588’
13 TR-Suv2 916 / E 2 / 54 Çaykara, Trabzon N 40o 46,436’ E 40o 15, 408’
14 TR-Suv2 918 / E 2 / 52 Maçka, Altındere, Trabzon N 40o 45, 464’ E 39o 36, 870’
15 TR-Suv2 920 / D 2 / 52 Maçka, Altindere, Trabzon N 40o 45, 464’ E 39o 36, 870’
16 TR-Suv2 991 / E 2 / 42 Özbek, Türkoğlu, Kahramanmaraş N 37o 22, 132’ E 36o 57, 58’
Tablo 3.1’ in devamı.
17 TR-Suv2 997 / D 2 / 43 Dedeçınar Köyü, Kırıkhan, Hatay N 36o 37, 486’ E 36o 25, 847’
18 TR-Suv2 1013/ E 2 / 17 Çarıklar, Anamur, Mersin N 36o 06, 968’ E 32o 51, 956’
19 TR-Suv2 1058 / D 2 / 55 Çorapçilar Mh., Rize N 41o 01, 105’ E 40o 34, 307’
20 TR-Suv2 1098 / E 2 / 27 Kalecik, Ankara N 40o 02, 102’ E 33o 16, 549’
21 TR-Suv2 1280 / E 2 / 64 Arakli, Yildizli Köyü, Trabzon N 40o 53, 261’ E 40o 03, 386’
22 TR-Suv3 542 / D 3 / 31 Musa Köy, Ilgaz, Çankırı N 40o 57’ 440” E 33o 40’ 300’
23 TR-Suv3 551 / E 3 / 32 Seydiler, Kastamonu N 41o 37’ 578’’ E 33o 42’ 733’
24 TR-Suv4 569 / D 4 / 33 Bektaşağa göleti, Bektaşağa, Sinop N 41o 56, 257’ E 34o 59, 230’
25 TR-Suv4 594 / E 4 / 28 Rüzgarlar, Bolu N 40o 44, 147’ E 31o 47, 930’
26 TR-Suv4 605 / E 4 / 6 Söğütlü, Sakarya N 40o 53’ 073’ E 30o 23, 139’
27 TR-Suv4 632 / D 4 / 29 Çay, Eskipazar, Karabük N 41o 00, 832’ E 32o 37, 552’
28 TR-Suv4 781 / E 4 / 36 Fındıklı Köyü, Amasya N 40o 43, 454’ E 35o 46 696’
29 TR-Suv4 944 / D 4 / 25 Ortaköy, Aksaray N 38o 43, 209’ E 34o 04, 581’
30 TR-Suv4 955 / E 4 / 39 Pınarbaşı, Kayseri N 38o 44, 178’ E 36o 30, 453’
31 TR-Suv4 1079 / E 4 / 48 Şebinkarahisar, Giresun N 40o 17, 038’ E 38o 19, 227’
32 TR-Suv4 1087 / E 4 / 38 10. Km. Fadil irmagi kenari, Sivas N 39o 40, 933’ E 37o 05, 582’
33 TR-Suv4 1101 / D 4 / 9 Sivrihisar, Eskişehir N 39o 31, 617’ E 31o 37, 819’
34 TR-Suv4 1105 / E 4 / 10 Akşehir, Konya N 38o 23, 103’ E 31o 24, 194’
24
Tablo 3.1’ in devamı.
35 TR-Suv4 1109 / D 4 / 26 Çoğun Köyü, Kırşehir N 39o 18, 729’ E 34o 07, 775’
36 TR-Suv4 1115 / E 4 / 15 Eğirdir, Isparta N 37o 41, 778’ E 30o 52, 620’
37 TR-Suv4 1235 / E 4 / 8 Nallihan, Dereköy, Ankara N 40o 16, 681’ E 31o 20, 526’
38 TR-Suv4 1239 / E 4 / 7 D.Y. Hasanbey Köyü,Kaynaşlı, Düzce N 40o 46, 284’ E 31o 20, 753’
39 TR-Suv4 1288 / D 4 / 48 Orta Söğütlü Köyü, Terme, Samsun N 41o 13, 379’ E 36o 53, 504’
40 TR-Suv5 655 / E 5 / 23 Hasangazi, Ulukışla, Niğde N 37o 31, 286’ E 34o 38, 311’
41 TR-Suv5 985 / E 5 / 40 Göksun, Kahramanmaraş N 37o 58, 624’ E 36o 30, 000’
42 TR-Suv6 693 / E 6 / 12 Çakırköy, Acıpayam, Denizli N 37o 17, 149’ E 29o 19, 611’
43 TR-Suv6 1119 / E 6 / 14 Düzlerçamı, Antalya N 36o 59, 163’ E 30o 33, 802’
44 TR-Suv7 832 / E 7 / 35 Erikli, Samsun N 41o 21, 385’ E 36o 04, 277’
45 TR-Suv8 843 / D 8 / 46 Perşembe, Ordu N 41o 03, 899’ E 37o 37, 173’
46 TR-Suv9 848 / E 9 / 47 Akköy, Giresun N 40o 51, 978’ E 38o 19, 041’
47 TR-Suv10 1002 / E 10 / 41 Çukurova TIGEM, Ceyhan, Adana N 37o 08, 061’ E 35o 47, 004’
48 TR-Suv11 1005 / E 11 / 21 Sağlıklı Köyü, Tarsus, Mersin N 37o 00, 730’ E 34o 57, 601’
49 TR-Suv12 1010 / D 12 / 20 Alata, Erdemli, Mersin N 36o 34, 331’ E 34o 15, 590'’
50 TR-Suv13 1022 / E 13 / 18 Çavuş, Ermenek, Karaman N 36o 33, 177’ E 32o 56, 132’
51 TR-Suv14 1041 / E 14 / 50 Ganiefendi Köyü, Erzincan N 39o 41, 514’ E 39o 36, 630’
Tablo 3.1’ in devamı.
52 TR-Suv15 1054 / D 15 / 57 Uzunyalı, Kemalpaşa Hopa, Artvin N 41o 29, 001’ E 41o 32, 463’
53 TR-Suv16 1057 / D 16 / 56 Ayder, Çamlıhemşin, Rize N 40o 59, 972’ E 41o 03, 190’
54 TR-Suv17 1082 / E 17 / 49 Ahmethacı Köyü, Zara, Sivas N 39o 54, 712’ E 37o 49, 124’
55 TR-Suv18 1112 / E 18 / 19 Beyşehir, Konya N 37o 42, 477’ E 31o 44, 533’
56 TR-Suv19 1123 / E 19 / 16 Çolaklı, Manavgat, Antalya N 36o 50, 216’ E 31o 18, 803’
57 TR-Suv20 1224 / D 20 / 1 Kırıkköy, Lüleburgaz, Kırklareli N 41o 28, 239’ E 27o 14, 581’
58 TR-Suv21 1236 / E 21 / 5 Kandıra yolu, Kocaeli N 40o 47, 496’ E 29o 58, 877’
59 TR-Suv22 1263 / D 22 / 13 Sahilkent, Finike, Antalya N 36o 18, 957’ E 30o 11, 402’
60 TR-Suv23 1264 / E 23 / 11 İnlice, Fethiye, Muğla N 36o 44, 313’ E 28o 58, 273’
61 TR-Suv24 1286 / D 24 / 58 Arhavi, Artvin N 41o 22, 303’ E 41o 20, 505’
62 TR-Suv25 1295 / E 25 / 53 Küçükdere, Vakfıkebir, Trabzon N 41o 04, 052’ E 39o 20, 717’
63 TR-Suv26 1303 / E 26 / 45 Akkuş, Ordu N 40o 47, 160’ E 37o 01, 775’
64 TR-Suv27 1305 / E 27 / 3 Gelibolu, Çanakkale N 40o 21’ E 26o 26’
65 TR-Suv28 1309 / E 28 / 2 Kirikköy,Lüleburgaz, Kirklareli N 41o 28, 239’ E 27o 14, 581’
66 TR-Suv29 1354 / ? 29 / 4 Bandırma, Balıkesir N 40o 21’ E 27o 55’
26
Şekil 3.1. C. suaveolens örneklerinin toplandığı lokaliteler ve tespit edilen haplotiplerin dağılımı (Haplotip no / Harita no).
Tablo 3.2. Bu çalışmada mtDNA analizi yapılan 66 C. suaveolens örneğinden tespit edilen 29 haplotipin ortak baz dizisi.
---
“ATGACCAACATCCGAAAAACACACCCACTAATAAAAATTATTAATAGCTCT TTTATTGACTTACCAGCACCTTCAAACATTTCATCATGATGAAACTTCGGCT CCTTACTAGGAATTTGCCTAATTACCCAAATCTTAACCGGATTATTTTTAGC CATACACTACACATCAGATACTATAACGGCCTTTTCCTCCGTCACACATATC TGCCGAGACGTAAATTATGGTTGACTAATTCGGTATCTTCACGCTAATGGTG CTTCCATATTTTTCATTTGCCTATTCCTCCATGTAGGACGAGGACTTTATTAT GGCTCTTATATATATCTTGAAACATGAAACGTTGGTGTTCTACTCTTATTCGC AGTAATAGCAACAGCC"
--- 3.1.3. Crocidura leucodon (Hermann, 1780)
1780. Sorex leucodon Hermann, In Zimmermann, Geogr. Gesch. Mensch. Vierf.
Thiere, 2: 382.
Tip yeri: Strasbourg çevresi, Bas Rhin, Fransa.
3.1.4. Crocidura leucodon’ a Ait mtDNA Sitokrom b Haplotipleri
Türkiye’ deki 11 değişik lokaliteden toplanan C. leucodon türüne ait 14 örneğin mtDNA cyt b geninin kısmi dizi (381 bç) analizine göre, yedi haplotip tespit edildi (Tablo 3.4 ve Şekil 3.2). Haplotip çeşitliliği (Haplotype Diversity, Hd) 0.8901, nükleotid çeşitliliği (Nucleotide Diversity, Pi, ) 0.00756 olarak bulundu. C. leucodon için haplotip çeşitlilik değerinin 1’ e yakın değerde çıkması, genetik çeşitliliğin nispeten yüksek olduğunu ifade etmektedir. Tespit edilen yedi haplotip için oluşturulan ortak baz dizisi Şekil 3.3’ de verildi.
Tablo 3.3. Bu çalışmada mtDNA analizi yapılan 14 C. leucodon örneğinden tespit edilen 11 haplotipin ortak baz dizisi.
---
"ATGACTAACATCCGAAAAACTCACCCACTAATAAAAATTGTTAATAGTTCT TTTATTGATCTACCAGCCCCCTCCAACATCTCATCATGATGAAATTTTGGCTC CTTACTAGGAATCTGCTTAATTGCACAAATCTTAACAGGACTATTCTTAGCC ATACACTATACATCAGATACTACAACAGCTTTCTCCTCCGTAACACATATTT GCCGAGATGTAAATTACGGCTGACTAATTCGTTACCTCCACGCCAATGGCGC CTCCATATTTTTCATTTGCTTATTTCTTCATGTAGGTCGAGGATTCTACTATG GCTCCTATATATTCCTTGAAACATGAAACATCGGTGTCCTGCTCTTATTTGC AGTTATAGCTACCGCC"
---
28
Tablo 3.4. C. leucodon’ a ait örneklerin lokalite bilgileri ve tespit edilen mtDNA sitokrom b haplotipler.
Sıra No
Cyt b Haplotipleri
Örnek No / Cinsiyet
Haplotip / Harita No Lokaliteler Koordinatlar
1 TR-Leu1 1306 / E 1 / 1 Gelibolu, Çanakkale N 40o 21’ E 26o 26’
2 TR-Leu1 614 / E 1 / 2 Kefken, Kandıra, Kocaeli N 41o 09, 498’ E 30o 14, 047’
3 TR-Leu2 615 / E 2 / 3 D.Y. Hasanbey Köyü, Kaynaşlı, Düzce N 40o 46, 284’ E 31o 20, 753’
4 TR-Leu2 833 / E 2 / 6 Demirciler Mh., Erikli, Samsun N 41o 21, 385’ E 36o 42, 277’
5 TR-Leu3 616 / E 3 / 4 D.Y. Hasanbey Köyü, Kaynaşlı, Düzce N 40o 46, 284’ E 31o 20, 753’
6 TR-Leu4 913 / D 4 / 9 Çaykara, Trabzon N 40o 46, 436’ E 40o 15, 408’
7 TR-Leu4 1287 / E 4 / 11 Arhavi, Artvin N 41o 22, 303’ E 41o 20, 505’
8 TR-Leu5 915 / E 5 / 8 Çaykara, Trabzon N 40o 46, 436’ E 40o 15, 408’
9 TR-Leu6 921 / E 6 / 12 Atalar Köyü, Şavşat, Artvin N 41o 20, 615’ E 42o 21, 125’
10 TR-Leu6 1274 / E 6 / 7 Altındere, Maçka, Trabzon N 40o 45, 464’ E 39o 36, 870’
11 TR-Leu6 1276 / E 6 / 10 Yıldız Köyü, Araklı, Trabzon N 40o 53, 261’ E 40o 03, 386’
12 TR-Leu6 1289 / E 6 / 13 Dumlu, Erzurum N 40o 06, 015’ E 41o 23, 055’
13 TR-Leu7 1228 / E 7 / 5 Dereköy, Nallıhan, Ankara N 40o 16, 681’ E 31o 20, 526’
14 TR-Leu7 1229 / E 7 / 5 Dereköy, Nallihan, Ankara N 40o 16, 681’ E 31o 20, 526’
Şekil 3.2. C. leucodon örneklerinin toplandığı lokaliteler ve tespit edilen haplotiplerin dağılımı (Haplotip no/ Harita no).
Tablo 3.5. Türkiye’ nin farklı lokalitelerinden toplanmış C. suaveolens ve C. leucodon’
a ait toplam 36 haplotipin baz kompozisyonu.
---
30
3.2. mtDNA Sitokrom b Geninin Kısmi Dizi Analizi
3.2.1. Çalışılan Sitokrom b Gen Bölgesinin Yapısı ve Varyasyonu
Crocidura cinsinin iki türüne ait toplam 36 haplotipe dayanılarak oluşturulan veri setinde bazların oranı ortalama "A: % 29.7, C: % 24.1, G: % 13.4, T(U): % 32.9" olarak bulundu. Örneklere ait kısmi mtDNA cyt b geni dizileri, "A - T" bakımından nispeten zengin olup (% 62.6), "G - C" oranı ise daha düşüktür (% 37.5) (Tablo 3.5).
3.2.2. Bu Çalışmada Tespit Edilen Crocidura Haplotiplerinin Filogenetik Analizleri Bu çalışmada tespit edilen 29 C. suaveolens ve yedi C. leucodon mtDNA cyt b haplotipinin birlikte değerlendirilmesiyle 381 bç uzunluğundaki dizinin, 307 nükleotid bölgesinde benzerlik (monomorfik bölge) tespit edilirken (% 80.57), 74 nükleotid bölgesinde varyasyon (polimorfik bölge) tespit edildi (% 19.43). Bu bölgelerden 63 tanesi parsimonik bilgi içeren bölge (% 85.14), 11 tanesi parsimonik olarak bilgi içermeyen bölgelerdir (% 14.86). Varyasyon tespit edilen bölgelerden 63 adet bölgede transisyona rastlanırken yedi adet bölgede transversiyona rastlanmıştır. Ayrıca 141, 198, 240, 375’ inci baz bölgelerinde C. suaveolen türüne ait haplotiplerde transisyona (141.
ve 198. bölgelerde C’ nin T e, 240. bölgede G’ nin A’ e, 375. bölgede A’ nin G’ e), C.
leucodon’ a ait haplotiplerde transversiyona (141. ve 198. bölgelerde C’ nin A’ e, 240.
bölgede C’ nin ve T’ e, 375. bölgede A’ nin T’ e) rastlanmıştır. Tespit edilen haplotipleri, iki ana soy hattına (I, II, II, IV ve V, VI) ayrılmaktadır. Sorex satunini’ nin dış grup olarak kullanıldığı bu ağaçta büyük ana soy hattı (I, II, II, IV) C. suaveolens’ e, bazaldaki küçük soy hattı (V, VI) ise C. leucodon’ a ait olup her iki soy hattı % 100’ lük bootstrap değerleriyle desteklenmektedir. C. leucodon’ u oluşturan soy hattı içerisinde politomi görülmezken C. suaveolens’ e ait soy hattında (I, II, II, IV) ise politomi görülmektedir. Şekil 3.3 incelendiğinde C. suaveolens’ i oluşturan ana soy hattı içerisindeki I, II, III ve IV numaralı alt soy hatlarının % 100’ lük bootstrap değeriyle desteklenirken I, II ve III % 75 bootstrap değeriyle, I ve II % 100’ lük bir bootstrap değeriyle desteklenmiştir. C. leucodon oluşturan ana soy hattı içerisinde yer alan alt soy
hatları ise (V ve VI) % 100 bootstrap değerleriyle desteklendiği görülmektedir. MP analizi sonucunda olası 229 adet ağaç elde edilmiş olup tutarlılık indeksi (consistency index, CI) 0.709677 ve koruma indeksi (retention index, RI) 0.916279 olarak bulundu.
Haplotipler arasındaki uzaklıklar (Pairwise Distance), yaygın olarak kullanılan Kimura 2 Parametre [49] uzaklık metodu kullanılarak tahmin edildi ve Tablo 3.6’ da verildi. C.
suaveolens haplotipleri arasındaki en küçük genetik uzaklık değeri, 0.003 iken en büyük genetik uzaklık değeri, 0.044’ dir. C. suaveolens haplotipleri arasındaki ortalama genetik uzaklık 0.0235 olarak hesaplandı. C. leucodon haplotipleri arasındaki en küçük genetik uzaklık değeri, 0.003 iken en büyük genetik uzaklık değeri 0.016’ dir. C.
leucodon haplotipleri arasındaki ortalama genetik uzaklık, 0.0095 olarak bulunmuştur.
İki tür arasındaki en küçük genetik uzaklık değeri, 0.144 iken en büyük genetik uzaklık değeri, 0.165 olarak tespit edilmiştir. İki tür arasındaki ortalama genetik uzaklık ise 0.1545 olarak hesaplanmıştır. Sorex satunini’ nin dış grup olarak kullanıldığı Kimura 2 Parametre modeli [49] kullanılarak üretilen Neighbor Joining ağacına (Şekil 3.4) göre % 100 bootstrap değerleriyle desteklenmiş iki ana soy hattı bulunmaktadır. Bu ana soy hatlarından biri C. suaveolens’ e ait olup dört alt soy hattından (I, II, III, IV) oluşmaktadır.
İkinci ana soy hattını oluşturan C. leucodon ise iki alt soy hattından (V, VI) oluşmaktadır. C. leucodon’ a ait olan birinci alt soy hattını doğu (V) Karadeniz Bölgesi’
nden haplotiplerden oluştururken ikinci alt soy hattı ise (VI) Samsun, Ankara, Düzce, Kocaeli ve Çanakkale örneklerinden tespit edilen haplotiplerden oluştu (Tablo 3.4; Şekil 3.4).
MEGA5 [47] programını kullanmak suretiyle 381 bç’ lik veri seti için en uygun baz değişim modeli olarak gamma değerliğiyle birlikte Tamura - Nei (TN93+G) [50]
belirlendi. Ancak hem aynı topolojiye sahip olması hemde en yüksek bootstrap değerleri, gamma değerliğiyle birlikte Tajime - Nei (Tajime - Nei+G) baz değişim modelinde gözlendiğinden bu model NJ ağacının oluşturulmasında kullanıldı (Şekil 3.5). Dış grup olarak Sorex satunini kullanılarak oluşturuldu. NJ ağacı (Şekil 3.5) iki ana soy hattına ayrılmaktadır. Ana soy hatlardan biri C. suaveolens’ e ait haplotiplerin soy hattını diğeri ise C. leucodon haplotiplerinin bulunduğu soy hattını oluşturmuştur.
32
Şekil 3.3. C. suaveolens ve C. leucodon’ a ait mtDNA cyt b dizileri (381 bç) kullanılarak MP metoduyla (Heuristik + Close Neighbor Interchange) üretilen konsensus ağacı (Bootstrap değeleri: >50%) (C. suaveolens:
TR-Suv; C. leucodon: R-Leu).
Şekil 3.4. C. suaveolens ve C. leucodon’ a ait mtDNA cyt b dizileri (381 bç) kullanarak Kimura 2 Parametre metodu ile üretilen Neighbor Joining ağacı (C.
suaveolens: TR-Suv; C. leucodon: TR-Leu).
34
Şekil 3.5. Crocidura haplotiperi arasındaki filogenetik ilişkiyi gösteren en yüksek bootstrap değerini veren Tajime–Nei+G baz değişim modeli kullanılarak üretilen NJ ağacı (C. suaveolens: TR-Suv; C. leucodon: TR-Leu).
---
---36
C. suaveolens ait örneklerin gruplandığı soy hattı kendi içerisinde incelendiğinde % 100 bootstrap değeri gibi yüksek bir değerle Batı Anadolu’ ya ait örnekler (IV) bir grup, Anadolu’nun geri kalan kısımlarındakiler (I, II) ve Trakya’ ya ait haplotipler (III) de ayrı gruplanmıştır. Anadolu’ nun kalan kısımlarındaki haplotipler ve Trakya grubu incelendiğinde ise Trakya’ ya ait haplotipler (III) % 53’ lük bootstrap değeriyle desteklenmektedir. Anadolu’nun geri kalan kısmındaki haplotipler, % 91’ lik bootstrap değeriyle iki ana soy hattına (I ve II) ayrıldığı görülmektedir. C. leucodon’ a ait haplotiplerin bulunduğu soy hattı incelendiğinde kendi içerisinde % 100 bootstrap değeri gibi yüksek bir değer ile iki soy hattına (Doğu Karadeniz (V) ve Kuzeybatı Anadolu (VI) örneklerinin bulunduğu haplotipler) ayrılmıştır (Şekil 3.5).
Filogenetik analizlerde kullanılan Maksimum Likelihood metodu kullanılarak üretilen ağaç ile NJ metoduna göre üretilen ağacın topolojisi hemen hemen aynı olduğundan ve en yüksek bootstrap değerine sahip olduğundan burada NJ ağacı gösterilmiştir.
3.3. Bu Çalışmada Tespit Edilen Haplotipler ile Türkiye ve Yakın Çevresinden Gen Bankası' nda Bulunan Crocidura Cinsine Ait Haplotiplerin Filogenetik Analizi
Bu çalışmada tespit edilen 36 adet haplotip ile Türkiye ve yakın çevresini kapsayan daha önceki çalışmalardan Gen Bankası’ nda depolanmış haplotiplerin bir araya getirilmesiyle iki DNA veri seti oluşturuldu.
Birinci DNA veri seti, bu çalışmada tespit edilen 29 C. suaveolens haplotipi ile Gen Bankası’ nda bulunan Türkiye’ den kaydedilmiş 12 C. suaveolens haplotipinin bir araya getirilmesiyle oluşturuldu. Dizi uzunluğu 351 bç olan 36 haplotip tespit edildi. 351 bç uzunluğuna göre haplotip çeşitliliği (haplotype diversity, Hd) 0.9939 iken nükleotid çeşitliliği (nucleotide diversity, Pi, ) 0.02266 olarak tespit edilmiştir. Yaygın olarak kullanılan K2P uzaklık metoduna göre haplotipler arası genetik uzaklık değerleri, en düşük 0.003, en yüksek 0.051 ve ortalama olarak 0.027 değerinde bulunmuştur. 351 bç uzunluğa göre bu çalışmada tespit edilen TR-Suv6 haplotipi, Gen Bankası’ ndan alınan İstanbul örnekleriyle; TR-Suv2 haplotipi, Karaman örnekleriyle; TR-Suv20 haplotipi, İstanbul ve Kırklareli örnekleriyle ve TR-Suv4 haplotipi ise Bilecik ve Bursa örnekleriyle aynı DNA dizisine sahip olduğu tespit edildi.
Kimura 2 Parametre baz değişim modeli kullanılarak oluşturulan NJ ağacı (Şekil 3.6) incelendiğinde haplotiplerin iki ana soy hattına (I, II ve III) ayrıldığı gözlenmektedir.
Bazal kısımda toplanan C. suaveolens haplotiplerinin (III) Anadolu’ nun batı kısmına ait olduğu belirlenirken diğer soy hattı ise kendi içerisinde dallanarak Trakya (II) ve Anadolu’ nun geri kalan kısımlarına (I) ait haplotipleri içermektedir.
İkinci veri seti ise, bu çalışmada tespit edilen haplotipler ile Türkiye ve yakın çevresini kapsayan daha önceki çalışmalarda bulunan ve Gen Bankası’ nda depolanmış C.
leucodon ve C. suaveolens’ e ait toplam 105 (80 adet C. suaveolens haplotipi, 25 adet C.
leucodon haplotipi) haplotipin bir araya getirilmesiyle oluşturuldu. 252 bç uzunluğuna göre 105 haplotip içerisinde, bazı haplotiplerin aynı olduğu tespit edildi. Aynı diziye sahip haplotipler, Tablo 3.7’ de gösterildi. 252 bç uzunluğuna göre oluşturulan ikinci veri setinin değerlendirilmesi sonucunda 58 haplotip belirlendi ve haplotip çeşitliliği (haplotype diversity, Hd) ise 0.9410 olarak bulundu. Tespit edilen 58 haplotipten oluşturulan veri setinde bazların oranı A % 26.8, G % 15.2, T (U) % 34.2 ve C % 23.8 olarak bulundu. Bu oranlara bakıldığında veri setindeki DNA dizileri, A - T bazları bakımından zengin olup (% 61). G - C bazları bakımından daha düşük (%39) olduğu gözlendi.
Bu çalışmada tespit edilenler ve Gen Bankası’ nda bulunan haplotipler arasındaki filogenetik ilişkileri göstermek için yaygın olarak kullanılan Kimura 2 Parametre baz değişim (K2P) modeli [49] seçilerek NJ ağacı (Şekil 3.7) üretildi. Dış grup olarak Sorex satunini türüne ait dizi kullanılarak üretilen Şekil 3.7’ deki NJ ağacı incelendiğinde, iki ana soy hattı (C. leucodonve C. suaveolens) görülmektedir. Bu soy hatları % 90 ve
% 100 gibi yüksek bootstrap değerleriyle desteklenmektedir. C. leucodon türünü ifade eden ana soy hattı % 67 ve % 94’ lik bootstrap değerleriyle desteklenen iki alt soy hattına ayrılırken, C. suaveolens türünü ifade eden ana soy hattının ise çok sayıda alt soy hattına ayrıldığı görülmektedir (Şekil 3.7).
38
Şekil 3.6. Türkiye’ yi temsil eden 36 C. suaveolens haplotipi arasındaki filogenetik ilişkiyi gösteren K2P baz değişim modeli kullanılarak üretilen NJ ağacı.
Tablo 3.7. Bu çalışmada tespit edilenler ve Gen Bankası’ ndan elde edilen cyt b
haplotiplerinin 252 bç uzunluğuna göre yeniden düzenlenmesiyle oluşturulan 252 baz uzunluğunda aynı diziye ait haplotipler.
252 baz uzunluğundaki cyt b haplotileri
Aynı diziye sahip olduğu tespit edilen cyt b haplotip örnekleri
MH-Leu1 TR-Leu1, DQ994791-92
MH-Leu2 TR-Leu2, TR-Leu7, DQ994751, DQ994786, DQ994796 MH-Leu3 TR-Leu4,DQ994752-53-54-55-56-57-58, DQ994760
MH-Suv5 TR-Suv20, EU271933, EU271923, AY843455, AY843449, AY843458
MH-Suv6 AY994371-72-73, AY843467, AY843475-76, DQ630063
MH-Suv7 AY843487-88
MH-Suv8 AY843496, DQ630084
MH-Suv9 DQ630100, DQ630105-06
40
Şekil 3.7. Bu çalışmada tespit edilenler ve Gen Bankası’ ndan toplanan Türkiye ve yakın çevresine ait Crocidura haplotipleri arasındaki filogenetik ilişkiyi gösteren K2P modeli kullanılarak üretilen NJ ağacı.
4.1. Tartışma
Bu çalışmada Türkiye’ de yayılış gösteren Crocidura cinsine ait 80 örneğin mtDNA cyt b geninin kismi dizi (381 bç) analizine dayanarak genetik varyasyonu araştırıldı ve filogenetik analizi yapıldı. mtDNA cyt b geninin dizi analiz sonuçları, Türkiye’ de Crocidura cinsinin iki türünün (C. suaveolens ve C. leucodon) varlığını desteklemektedir.
Crocidura cinsi, Soricidae familyası ve diğer memeli familyaları içerisinde en çok türe ve dünyada geniş yayılışa sahip cinslerden biri olup [12] farklı coğrafyalarda yayılış gösteren türleri ile ilgili çok sayıda morfolojik, karyolojik, biyokimyasal ve moleküler çalışma mevcuttur [13-28, 30, 45, 51-63]. Bu çalışmalar arasında Türkiye’ de ve yakın coğrafyalarda yayılış gösteren Crocidura cinsine ait taksonlar ile ilgili detaylı morfolojik, karyolojik ve moleküler tabanlı çalışmalar da bulunmaktadır [10, 13-28, 45, 62, 63].
Türkiye genelinden elde ettiği çok sayıda Crocidura örneğini kafatası ve post özelliklerine göre inceleyen Şimşek [13], incelediği örneklerin morfolojik özelliklere göre C. suaveolens, C. leucodon, C. russula, ve C. lasiura türlerine ait olduğunu, bununla beraber C. pergrisea arispa’ ya ait örnek elde edemediğini belirtmiştir.
Akdeniz ve Orta Doğu bölgesinde yayılış gösteren Crocidura cinsine ait örnekleri karyolojik, morfolojik ve biyokimyasal olarak inceleyen Catzeflis et al. [14], Türkiye’
deki dört lokaliteden (Rize, Maçka (Scalita) - Trabzon, Kavak - Samsun ve İzmir) elde edilen örnekleri ise morfolojik ve karyolojik özeliklere göre C. suavelens ile C.
leucodon türlerine ait olduğunu belirttiler. Kısa bir süre sonra allozim
42
elektroforezinin de kullanıldığı çalışmada Türkiye örneklerini de kullanan Vogel et al.
[15], 26 lokus çalışmışlar ve yedi lokusu polimorfik, geriye kalan lokusları ise monomorfik olduğunu belirtmişlerdir. Türkiye’ den dört lokaliteye (Rize, Maçka -Trabzon, Kavak - Samsun ve İzmir) ait Crocidura örneklerini C. suaveolens olarak değerlendirilmiş ve sekiz lokalite (Kavak - Samsun, Maçka - Trabzon, İzmir, Rize, Girit - Yunanistan, Mendrisio - İsviçre, Selanik - Yunanistan, Laxla - Kıbrıs) arasındaki genetik uzaklık değerleri, 0.000 ile 0.187 arasında değişirken ortalama genetik uzaklık ise 0.077’ dir. Türkiye populasyonları arasında genetik uzaklık değerleri ise 0.000 ile 0.009 arasında değişirken ortalama genetik uzaklık yaklaşık olarak 0.004 olarak belirlenmiştir. Standart genetik uzaklık değerleri kullanılarak üretilen UPGMA (The unweighted pair group method with arithmetic averages) dendrogramına göre Türkiye’
den çalışmaya dahil edilen dört populasyon, Girit populasyonu ile birlikte gruplanmıştır.
Vogel et al. [15]’ nın allozim elekroforezinden elde ettiği veriye göre C. suaveolens ve C. leucodon arasındaki ortalama genetik uzaklık 0.270 olup Türkiye populasyonları ile Türkiye dışından C. suaveolens populasyonları arasındaki genetik uzaklık değerleri 0.000 ile 0.140 arasında değişirken ortalama genetik uzaklık ise 0.0838’ dir.
Bu çalışmada kullanılandan farklı bir belirteç kullanan Vogel et al. [15]’ nın sonuçlarıyla mtDNA cyt b geni kısmi dizi (381 bp) analiz sonuçları karşılaştırılırsa;
mtDNA cyt b geni kısmi dizi (381 bp) analizine göre Türkiye C. suaveolens haplotipleri arasındaki genetik uzaklık (K2P - Pairwise Distance) değerleri 0.003 ile 0.044 arasında değişirken ortalama genetik uzaklık ise 0.0235’ dir. Vogel et al. [15]’ nın Türkiye’ den dört populasyon arasındaki genetik uzaklık değerlerinin oldukça düşük olmasının nedeni, az sayıda ve üçü nispeten yakın lokalitelerden örneklerle çalışılmasından kaynaklanmış olabilir. Bu çalışmadaki C. suaveolens ve C. leucodon arasındaki genetik uzaklık değerleri, 0.144 ile 0.165 arasında değişirken ortalama genetik uzaklık ise 0.1545’ dir. C. suaveolens ve C. leucodon arasında gözlenen genetik uzaklık değerinin bu çalışmada daha düşük çıkması Vogel et al. [15]’ nın örnekleri geniş bir coğrafyadan örnekleri elde etmiş olmasından kaynaklanabilir.
Türkiye’ den çok sayıda Crocidura örneğini inceleyen Kefelioğlu ve Tez [16], Tez ve Kefelioğlu [17] ve Tez [18], çalışılan örneklerin hem karyolojik hem de kafatası ve post özelliklerine göre C. suaveolens (2n= 40) ve C. leucodon (2n= 28)’ a ait olduklarını rapor ettiler. Jiang ve Hoffmann [19], revizyon çalışmasında Güney Çin Crocidura
populasyonları ile birlikte Türkiye’ nin İç Anadolu Bölgesi’nden Crocidura cinsine ait müze örneklerini morfolojik olarak karşılaştırmışlar ve Türkiye örneklerini C.
suaveolens olarak kaydetmişlerdir.
Türkiye ve Kıbrıs memelilerinin tür listesini hazırlayan Krystufek ve Vohralik [10], hem kendi verilerini hem de Türkiye’ de yayılış gösteren Crocidura cinsine ait örneklerin yer aldığı başka yazarların çalışmalarını değerlendirerek Türkiye’ de üç türün (C. suaveolens, C. leucodon ve C. arispa) yayılış gösterdiğini belirtmilerdir.
Genetik varyasyonun belirlenmesinde kullanılan DNA belirteçlerinin birçoğu dolaylı yollardan farklılığı belirlemeye yönelik çalışmaları kapsar. Bununla birlikte son yıllarda DNA dizi analizinin yaygınlaşması ve bu amaç için cihazlar geliştirilmesi daha fazla örnekle çalışma fırsatı da vermektedir [64]. DNA belirteçlerinden biri olan mtDNA, filogenetik ve popülasyon çalışmalarında yaygın olarak kullanılmaya başlanmıştır [28, 30, 32]. Bu bağlamda son yıllarda Türkiye ve yakın coğrafyasında yayılış gösteren Crocidura türlerini kapsayan mtDNA’ ya dayalı çalışmalarda bir artış sözkonusudur [15, 20 - 28, 45, 62, 63].
mtDNA cyt b dizilerinin kullanıldığı çalışmada Vogel et al. [22], Kanarya Adaları'ndaki Crocidura türlerinin kökenini ve taksonomik durumunu incelemişler ve Avrupa, Kuzeybatı Afrika ve Kafkasya civarında yayılış gösteren türlerle karşılaştırmasını yapmışlardır. Vogel et al. [22]’ nın bu çalışmasındaki analizlere Türkiye’ den C.
leucodon’ a ait bir haplotip’ de dahil edilmiş ve C. leucodon’ nun Türkiye haplotipi, İsviçre haplotipi ile birlikte Fas, Tunus ve İspanya’ dan C. russula ve Kanarya Adaları'ndan C. osorio haplotiplerinin yer aldığı soy hattının bazalına bağlanmıştır.
C. suaveolens tür grubu (2n= 40) içerisinde yer alan taksonların (C. suaveolens, C.
gueldenstaedtii, C. caspica, C. sibirica, C. mimula) filogenetik ilişkilerini iki bağımsız belirteç olan inter - SINE - PCR (Interspersed Repeat PCR fingerprints) ve mtDNA’nın cyt b geninin tamamı (1140 bp) veya kismi (400 bp) dizilerine dayanarak analiz eden Bannikova et al. [45], Türkiye’ nin doğu ve kuzeydoğu sınırına yakın Kafkasya bölgesinden Crocidura örneklerini, C. suaveolens, C. gueldenstaedtii ve C. caspica olarak değerlendirdiler ve tüm verileri kombine ederek Nei-Li genetik uzaklık modelini kullanmak suretiyle hesapladıkları değerlere göre C. suaveolens türü kendi içerisinde en küçük 0.046 ve en büyük 0.567, C. suaveolens ile C. gueldenstaedtii arasındaki en
44
küçük değer 0.399 ve en büyük değer 0.552 iken C. suaveolens ile C. caspica arasındaki en büyük değeri 0.618 ve en küçük değeri 0.342 olarak tespit etmişlerdir. C. suaveolens ile C. leucodon türleri arasında genetik uzaklıklar da 1.309 ile 1.508 olarak buldukları görülmektedir. Bu çalışmada K2P modeli kullanılarak hesaplanan genetik uzaklık değerlerinde C. suaveolens için en küçük değer 0.003 ve en yüksek değer 0.044 iken C.
suaveolens ile C. leucodon türleri arasında en küçük değer 0.144, en büyük genetik
suaveolens ile C. leucodon türleri arasında en küçük değer 0.144, en büyük genetik