KLİNİK MİKROBİYOLOJİ
Prof. Dr. Oğuz KARABAY
Mikroorganizma
• Doğada veya konakta çoğalan
– Yerleştiği konakta çeşitli yanıtların oluşmasına neden olan
– Çıplak gözle görülemeyecek kadar küçük ve tek hücreli canlılardır
– Tek bir hücreden milyonlarcası çoğalarak koloni
denilen ve çıplak gözle görülebilen yapılardır.
Bakteri koloni görünümü
Enfeksiyon Etkenlerinin Sınıflandırılması
Asellüler
• Prionlar
• Viroidler
• Viruslar
Çok hücreliler
• Mantarlar
• Helmintler
• Artropotlar
Tek hücreliler Prokaryotikler
• Bakteriler
• Klamidyalar
• Mikoplazmalar
• Riketsiyalar Ökaryotikler
• Mantarlar
• Protozoonlar
Prionlar
• Kronik, ilerleyici, tahrip edici tip merkezi sinir sistemi bozukluğu
– Kuru
– Creutzfelt-Jacob hastalığı – Hayvanlarda scrapie
– Deli dana hastalığı
• İnkübasyon uzun
• İlerleyici ve ölümcül
• Enfekte doku enjeksiyonu ile bulaş
Viruslar
• DNA ya da RNA içerirler.
• Nükleik asit protein bir kılıf ile çevrilidir.
• Bazı viruslar zarfa da sahiptir. Zarf lipid tabakası ve virusa özgü proteinlerden oluşur.
• Canlı hücrelerde çoğalabilirler.
• Replikasyon (kopya çıkma) yoluyla çoğalırlar.
• Antibiyotiklere duyarlı değildirler.
• Interferona duyarlıdırlar
Viruslar-2
• Elektron mikroskobunda görülebilir
• Yuvarlak, tuğla gibi, mermi şeklinde
Rabies Virus (Kuduz)
Tek Hücreliler
Prokaryotlar
• Bakteriler
• Klamidyalar
• Mikoplazmalar
• Riketsiyalar Ökaryotlar
• Mantarlar
• Protozoonlar
Bakteriler
• Büyüklüğü 0.5-100 μm arasındadır.
• Kok, basil ya da sarmal yapısında olabilir.
• Yapısında çekirdek, sitoplazma, hücre zarı, hücre duvarı, kapsül, kirpik, fimbriya/pili, spor yapılarını içerir.
• Hücre duvar yapısı Gram boyanma özelliğinden sorumludur.
• Gram pozitif hücre duvarı daha kalındır, yapısında
teikoik asit bulundurur.
Bakteri (Gram-pozitifler)
Koklar
• Staphylococcus
• Streptococcus
• Peptostreptococcus
• Enterococcus
• Lactococcus
• Peptostreptococcus
Basiller
• Bacillus
• Clostridium
• Lactobacillus
• Actinomyces
• Nocardia
• Rhodococcus
• Mycobacterium
• Corynebacterium
Bakteri (Gram-negatifler)
Koklar
Neisseria
Moraxella
Basiller
Escherichia, Citrobacter Salmonella, Shigella
Klebsiella, Enterobacter Proteus, Providencia
Aeromonas, Pseudomonas Acinotobacter (Değişken) Stenotrophomonas
Brucella
Legionella
Vibrio
Gram Negatif Basil
Gram Pozitif Kok
Gram Pozitif Basil (şarbon)
Mantarlar
• 300.000 den fazla
• 300 hastalık yapar
• Kompleks organik materyalleri basit bileşiklere dönüştürür (C, N, P salar)
• Ekmek, şarap, bira, peynir yapımı
Mayalar
Ascaris Lumbricoides
Fasciola Hepatica
Bakterilerin tanımlanması ve çeşitli özelliklerinin belirlenmesi sırasında bazı özelliklerinden faydalanılmaktadır. Bunlar:
1 – Yapısal özellikleri: Şekil, boyut, hareket, boyanma özellikleri,...
2 – Biyokimyasal özellikleri: Enzimler, besiyeri
3 – Fizyolojik özellikleri : Oksijene gereksinimi, ısı etkisi,...
4 – Genetik dizinin özellikleri: DNA, RNA dizi
karşılaştırmaları. Günümüzde en çok kullanılan ve bir
çok bakterinin yeniden sınıflanmasını ve
isimlendirilmesini sağlayan bu yöntemler olmuştur.
Mikropların Mikroskopta İncelenmesi - 4
• GRAM yönteminde temel mekanizma hücre duvar yapısındaki farklılıktan kaynaklanmaktadır.
• Bu farklılığın kesin nedeni bilinmemekle birlikte duvar
yapılarının kalınlığı, lipopolisakkarid yapılarla ilgili.
ÖZELLİK Gram (+) Gram (-) Hüvre duvarı kalınlığı 20-80 nm 10 nm
Duvardaki katman sayısı 1 2
Peptidoglikan içeriği >50% 10-20%
Hücre duvarında teikoik asid varlığı + -
Lipid ve lipoprotein içeriği oranı 0-3% 58%
Protein içeriği oranı 0% 9%
Lipopoisakkarid 0 13%
Mikropların Mikroskopta İncelenmesi - 6
• Bazı bakteriler ise uygunsuz koşullarda hücre duvarlarını kaybederek yaşamlarını sürdürebilirler;
buna bakterilerin L- formu denilmektedir.
• Bu bakteriler duvarla ilgili fonksiyonlarını ve boyanma özelliklerini kaybederler.
• Bakteriler hücre duvar yapılarındaki farklılıklardan başka morfolojik özellikleriyle de ayrılmaktadırlar.
• Yuvarlak şekillere kok boyu eninden uzun olanlara
çomak adı verilir. Boyu enine eşit görünen çomaklar
için kokobasil tanımı kullanılır.
Mikropların Mikroskopta İncelenmesi - 7
• Uzun zincirler yapmış koklar streptokok,
• Kümeler yapmış koklara stafilokok,
• 4’lü yapılara tetrad,
• Yanyana duran iki kok diplokok adını alır.
• Bazı çomaklar uzayıp dallanmalar gösterebilirler.
• Bazı bakteriler(spiroketler) ise kıvrımlara sahip olabilir.
MİKROBİYOLOJİ LABORATUVARINA UYGUN ÖRNEK GÖNDERİLMESİ
• Klinik Mikrobiyoloji
laboratuvarlarının her zaman en önemli sorunu klinik ile yeterli iletişimi
sağlayamamaktır.
• İdeal olan, klinik bulgular ve beklentilerin laboratuvara en uygun biçimde
aktarılması.
• Laboratuvar için gerekli bilgiler:
Mikrobiyoloji Laboratuarına Ulaşması Gereken Bilgiler
Hastanın adı-soyadı Yaş- Cinsiyet
Yatan hastanın kliniği- oda numarası Klinisyenin adı ve ulaşılabilecek telefon Örneğin alındığı anatomik bölge
Örneğin alındığı tarih ve saat Klinik bilgi
Örnek alınırken uygulandıysa uygulanan özel işlem
Antibiyotik kullanım öyküsü
Düşünülen tanı
MİKROBİYOLOJİ LABORATUVARINA UYGUN ÖRNEK GÖNDERİLMESİ - 2
• Örneklerin gönderilmesi konusunda bir diğer önemli nokta zamandır.
• Unutulmaması gereken şey
mikrobiyoloji laboratuvarında; enzim, kimyasallar, reaksiyonlar,… değil,
doğrudan “yaşam” ölçülmektedir.
• Geciken örnekte ya çok sayıda bakteri üreyecek ve yanlış sonuçlara yol
açacak ya da etken ölecek ve
deneyden sonuç alınamayacaktır.
• Eğer gecikme olacaksa uygun sıcaklıklarda veya taşıyıcı
besiyerlerinde saklanmalıdır.
Bakteriyel inceleme
En geç iki saat içinde ya da transport besiyeri içine konularak daha uzun süre
Bordetella, Gonokok hasta başında ekim
Viral inceleme
24 saat içinde. 2-3 gün buzdolabında saklanabilir
Anaerobik kültür
Yeterli materyel 15-30 dakika içinde uygun ortama ekilmelidir.
Biyopsi materyalleri ve çok miktarlarda
örnekler gecikebilir
MİKROBİYOLOJİ LABORATUVARINA UYGUN ÖRNEK GÖNDERİLMESİ - 2
• Örneklerin gönderilmesi konusunda bazı temel ilkeler şöyle özetlenebilir:
• Tüm örneklere bulaşıcı enfeksiyon etkenleri içeriyor gibi davranılmalıdır.
• Hastaları örnek alma konusunda bilgilendirmek uygun ve
kaliteli örnek elde etmek yönünden oldukça başarılı sonuçlar vermektedir.
• Mikrobiyolojik inceleme özellikle bakteri kültürü için ,örnekler antibiyotik tedavisinden önce alınmalıdır. Eğer mümkün
değilse laboratuvar kullanılan antibiyotikler konusunda
bilgilendirilmelidir
MİKROBİYOLOJİ LABORATUVARINA UYGUN ÖRNEK GÖNDERİLMESİ-2
• Yeni bir test uygulanacaksa ya da rutin dışı bir etken aranacaksa laboratuvardan bilgi alınması esastır. Özel etkenler; özel besiyerleri, özel örnekler ve özel taşıma şartları gerektirir .
• Flora olan bölgelerden kültür alınırken flora ile temas etmemek, sadece lezyon bölgesinden örnek almak önemlidir. Floralı bölgelerden anerop örnek almak uygun değildir.
• Foley sonda ucu, kusma örneği, kolostomi içeriği gibi örneklerin
kültürü yapılması önerilmez. Gastrik aspirat da sadece
tüberküloz için kullanılabilir.
MİKROBİYOLOJİ LABORATUVARINA UYGUN ÖRNEK GÖNDERİLMESİ - 2
• Üzerinde etiket ve kimlik bilgileri olmayan örnekler, bulaşmış ya da delinmiş kaplarla gelen örnekler de çalışılmaz. Steril kaplarda gelmeyen örneklerden de çalışma yapılmaması önerilir .
• Enjektör ile örneklerin gönderilmesi kesici-delici alet yaralanma riski nedeniyle önerilmez, özel taşıyıcı sistemler önerilir.Bu sistemler kulanılamadığında ise en azından iğnenin ucu açık olarak ya da bükülerek örnek gönderilmemelidir.
• Sinüzit için burun sürüntüsü, otitis media için kulak sürüntüsü uygun örnek değildir, anlamlı sonuç vermez.
• Tabloda en çok gönderilen örnekler ve dikkat edilmesi gereken noktalar özetlenmiştir:
ALINMA ve ULAŞTIRMA SAKLANMA ÖZEL UYARILAR Abseler Mümkünse enjektörle aseptik olarak
alınmalıdır. Mümkünse enjektörle gönderilmemelidir. En ideal yol özel transfer sistmleridir fakat her zaman sağlanması mümkün değildir.
Anaerop kültür isteniyorsa ucu lastik tıpayla kapanarak gönderilebilir.
Eküvyonla alınıyorsa en az iki eküvyona alınmalı ve taşıma besiyeriyle ulaştırılmalıdır.
En kısa sürede laboratuvara ulaştırmalı ve çalışılmalı
Absenin yeri ve bekleniyorsa özel etkenler (tularemi, brusella, kedi tırmığı hastalığı,...) mutlaka bildirilmelidir.
Örnek almadan evvel deride alkol-iyot ya da klorheksidin ile antisepsi sağlanmalıdır.
Kan
(Hemokültür)
Ateş yükselirken alınmalı.
En az 2 ** örnek alınmalı
Kateter varsa bir örnek kateterden alınmalı
Çok lümenli kateterlerde her lümenden örnek alınmalıdır.
En kısa zamanda lab.
ulaştırılmalı
Hemokültür şişesi ise eğer ulaştırılamıyor ise oda ısısında bekletmek önerilir.
Deri mutlaka iyot /alkol ile temizlenmeli ve aseptik koşullarda şişeye ekim yapılmalı BACTEC şişelerine alınış saatleri yazılmalı Önerilen miktar:
Erişkin : 10 mL Çocuk: 1-5 mL
Kateterli hastalarda kateterden alınan şişede erken üreme varsa kateterin kaynak olduğu belirlenir (> 2 saat)
Steril vücut sıvıları (Plevra, eklem sıvısı, perikard sıvısı assit sıvısı)
Steril enjektörle alınabilir.
(Özel kan kültürü sistemi şişesine ekimin faydalı olacağı
düşünülmektedir.
En kısa zamanda
laboratuvara ulaştırılmalı
Bir miktar örnek (+ ) saklanmalıdır.
Kateterler Steril olarak çıkarılıp uç kısımları steril makasla kesilip gönderilir.
Kateter çıkarılmadan önce cilt antisepsisi unutulmamalıdır.
En geç 2 saat içinde çalışılmalı
Foley sonda kültürü önerilmez
İntravasküler kateterler dışı kateterlerde standart öneriler yoktur
Beyin omurilik sıvısı (BOS)
Hücre sayımı, ekim ve diğer testler için steril 2-3 kaba ayrı ayrı
alınmalıdır. İdeal inceleme için en az 10 mL örnek alınması önerilir
En kısa sürede çalışılmalıdır.
Ponksiyonla alınır. Öncesinde KİBAS, göz dibinde ödem yönünden değerlendirme unutulmamalıdır. Bir kısım örnek (+) saklanmalıdır.
Göz, kulak, burun sürüntüsü
Eküvyonla alınmalı, en az iki örnek alınmalıdır.
Transport besiyeri kullanılabilir
En geç 2 saat içinde incelenmelidir.
Burun kültürü MRSA taşıyıcılığı dışında çok fayda sağlamaz
Sinüzit, otitis media Aspirasyon örnekleri almak gerekir Abse gibi davranmak gerekir
Sinüzit ve otitis media tanısında sürüntü kültürleri önerilmez. Otitis eksterna için sürüntü kullanılabilir.
Boğaz sürüntüsü Uygun bölgelere sürülen bir eküvyon yeterli.
Antijen tayin edilecekse iki eküvyona örnek alınmalı
GAS aranması için oda ısısında bekletmek fayda sağlayabilir
Dil, diş ve yanaklara dokunmamaya özen gösterilmelidir
İdrar Orta akım idrar alınmalı ve 2 saat içinde çalışılmalı.
Gecikecekse 24 saat buzdolabında saklanabilir.
Sondalı hasta ise laboratuvara bildirilmeli ve örnek sondadan asepsi kurallarına uyularak enjektöre alınmalıdır. Torbada beklenen idrar, sürgü ile toplanan idrar çalışılmaz. Kateterli hastada idrar örneği almak için kapalı drenajın bozulması önerilmez.
Böbrek tüpü, J-kateteri olan hastalardan idrar örneği klinikte alınarak laboratuvara
gönderilmeli ya da hasta bu konuda eğitilmelidir.
Balgam Pürülan ekspektorasyonla alınan balgam değerlendirilebilir.
Kaliteli olmayan örnekler çalışılmamalı
En kısa sürede değerlendirilmeli Yeni örnek gereksinimi hmen bildirilmelidir.
ETA ya da BAL ise mutlaka bildirilmeli ve bu örnekler kantitatif çalışılmalıdır.
Vaginal akıntı Klinikte alınmalı, en az iki eküvyonla örnek alınmalı ve en kısa zamanda laboratuvara ulaştırılmalıdır.
Hızlı değerlendirme çok önemlidir. Yoksa
T. vaginalis enfeksiyonları atlanabilir
Üretral akıntı Üretral sürüntü en az iki eküvyonla örnek alınmalı ve en kısa zamanda laboratuvara ulaştırılmalıdır.
Prostatit şüphesinde prostat mayii incelenmelidir.
Hızlı değerlendirme çabuk ekim çok önemlidir.
Gonokok kurumaya çok duyarlıdır.
(hasta başı ekim)
Akıntı yoksa üretral sürüntü ya da ilk akım idrar faydalı olabilir. Sperm önerilmez.
Chlamydia enfeksiyonu için özel eküvyonlarla örnek alınıp transport sisteminde laboratuvara ulaştırılmalıdır.
Dışkı Temiz ağzı kapaklı bir kapta laboratuvara ulaştırılmalıdır.
Transport besiyerleri faydalıdır.
Ekim en kısa sürede yapılmalıdır.
AMİP aranacaksa hemen incelenmelidir.
Buzdolabında saklanabilir.
Toksin-A aranacaksa –70 C de uzun süreler
bekletilebilir.
Parazit tetkiki isteniyorsa 3 kez örnek gönderilmesi uygun olacaktır.
Serolojik inceleme için kan
örneği
Kuru –tercihen sarı kapaklı- tüplere kan alınır.
Kan alan kişi standart önlemlere her hastada özenle uymalıdır.
Serumu ayrılıp buzdolabında ya da dondurularak
bekletilebilir
Özel testler için mutlaka laboratuvardan bilgi alınmalıdır.
Moleküler inceleme Virolojik inceleme için kan örneği
Mutlaka laboratuvardan bilgi alınmalıdır. Farklı etkenler için özel kaplar gerekebilir.
CMV…..EDTAlı tüp
HCV…. Jel içermeyen cam tüp …gibi
