PapilloCheck. Kullanım Kılavuzuna Bakınız IVD

(1)

H P V D N A - C h i p

Papill oCheck ^®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

Servikal numunelerde 6, 11, 16, 18, 31, 33, 35, 39, 40, 42, 43, 44/55, 45, 51, 52, 53, 56, 58, 59, 66, 68, 70, 73, 82 insan papillomavirüs tiplerinin genotiplemesine yönelik tanı kiti REF 465 060

IVD

Avusturya'da üretilmiştir4°8°

(2)

Papill oCheck ^®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

Yalnızca profesyonel laboratuar personeli tarafından

in-vitro tanılarda kullanılması içindir Revizyon: BQ-013-06

Nisan 2011

Greiner Bio-One GmbH

Maybachstr. 2 • 72636 Frickenhausen • Almanya Tel: +49 (0) 7022 948-0 • Faks +49 (0) 7022 948-514

IVD

Avusturya'da üretilmiştir

Xn 4°8°

SEMBOLLER SÖZLÜĞÜ

!

tr Karanlık yerde saklayınız

Son kullanma tarihi:

Kullanma- dan önce talimatı okuyun

Katalog

numarası Üretici

firma In vitro diagnostik tıbbi tanı ürünü

Sıcaklık

sınırlaması İçeriği

<n> test için yeterlidir

Tahriş

edici Parti kodu Önemli Not

en Store in

the dark Use by Consult Instruc- tions For Use

Catalog

Number Manufac-

turer In Vitro Dianostic Medical Device

Tempe- rature limitation

Contents sufficient for <n>

tests

Irritant Batch

code Important Note

de Im

Dunkeln lagern

Mindes- tens haltbar bis

Vor Gebrauch Anwei- sung lesen

Katalog-

nummer Hersteller In-Vitro- Diagnos- tika Medi- zinprodukt

Tempera- turbegren- zung

Inhalt ausrei- chend für

<n> Tests

Reizend Chargen- bezeich- nung

Wichtiger Hinweis

fr À stocker à l‘abri de la lumière

Date limite de conser- vation jusqu’au

Lire les in- structions avant utilisation

Numéro de réfé- rence

Fabricant Produit médi- cal de diagnostic in-vitro

Limite de tempéra- ture

Contenu suffisant pour <n>

tests

irritant N^o de lot Note im- portante

es Conser-

var en un lugar oscuro

A utilizar preferi- blemente antes de

Antes de usar, lea las instruccio- nes

Número de catálo- go

Fabri-

cante Producto medicinal de diagnósti- co in vitro

Limitación de tempera- tura

Contenido suficiente para <n>

ensayos

Irritante Código de

lote Nota im-

portante

it Conserva- re al buio Da

utilizzare entro e non oltre

Leggere le istruzi- oni prima dell’uso

Numero

catalogo Produt-

tore Dispositivo medico- diagnosti- co in-vitro

Limitazio- ne tempe- ratura

Contenuto sufficiente per test

<n>

Irritante Codice

del lotto Nota im- portante

pt Conservar num local escuro

A utilizar preferí- velmente antes de

Antes de usar, leia as inst- ruções

Número de catálo- go

Fabri-

cante Producto medicinal de diagnósti- ca in vitro

Limitação de tempera- tura

Conteúdo suficiente para <n>

ensaios

irritante Código do

lote Aviso im- portante

nl Donker

bewaren Tenminste houdbaar tot

Gebruik- saanwij- zing lezen

Catalo- gusnum- mer

Fabrikant In vitro diag- nostisch medisch product

Tempera- tuurbeper- king

Voldoen- de inhoud voor <n>

tests

Irriterend Lot

nummer Belangri- jke op- merking

da Opbeva-

res mørkt Anvendes

senest Læs

brugsan- visningen

Katalog-

nummer Producent In vitro meskdicin doag- nose- apparat

Tempera- turbegra- ensær

Indehol- der nok til

<n> test

Lokalirri-

terende Lotnum-

mer Vigtig

henvis- ning

sv Förvaras

mörkt. Sista för- bruknings- dag

Läs bruk- sanvisnin- gen före använd- ning

Katalog-

nummer Tillverkare In vitro- medicinsk doag- nostisk apparatur

Tempe- ratur-be- gränsning

Innehållet räcker till

<n> tester

irriterande Lot

nummer Viktigt medde- lande

pl ^Przechow- ywa ć w ciemności

Termin

zydatności Przed użyciem przeczytać instrukcję

Numer katalo- gowy

Producent Diag- nostyka in vitro Produkt yw

Ograni- czenie tempera- tury

Zawartość wystarcza na <n>

testów

drażniący Kod partii Ważne

no Oppbeva-

res mørkt holdbar til Les bruksan- visning før bruk

katalog-

nummer produsent in vitro-di- agnostisk medisinsk utstyr

tempe- raturbe- grensning

Innhold tilstrekke- lig for <n>

tester

irriterende batch nr. Viktig merknad

el Αποθηκεύεται

στα σκοτεινά το λιγότερο

διατηρείται πριν την χρήση διαβάστε τις οδηγίες

Αριθμός

Καταλόγου Παραγωγός In vitro διαγνωστικά ιατρικά προϊόντα

περιoριoμός θερμοκραο ίας

Περιεχόμενο αροκετό για

<n> τεοτ

ερεθιστικό κωδικός

παρτίδας Σημαντική υπόδειξη

(3)

Papill oCheck ^®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

IVD

İÇİNDEKİLER

1. KİTİN İÇERİĞİ ...

5

2. GEREKLİ SARF MALZEMELERİ, EKİPMANLAR VE DONANIMLAR ...

6

3. NAKLİYE VE SAKLAMA ...

8

4. GÜVENLİK TALİMATLARI ...

8

5. ATIKLARIN YOK EDİLMESİ ...

9

6. GİRİŞ ...

10

6.1 Kullanım amacı ...10

6.2 PapilloCheck^® ile saptanabilir HPV tipleri ...10

6.3 Miktar tayini prensibi ... 11

6.4 PapilloCheck^® DNA çipinin tasarımı ...13

6.4.1 PapilloCheck^® çipi yerleşim planı ...13

6.4.2 Çip üstü kontroller ...14

7. PAPILLOCHECK

^®

İŞ AKIŞI TALİMATLARI ...

15

7.1 Genel talimatlar ...15

7.2 Oda ayrımı ...15

7.3 Uyarılar ve önlemler ...16

7.3.1 Kontaminasyonun önlenmesi ...16

7.3.2 DNA çipleri ile işlem yapma talimatı ...16

7.3.3 Genel önlemler ...16

7.3.4 Güvenli çalışma ...17

8. PAPILLOCHECK

^®

PROSEDÜR ...

18

8.1 Örnek toplama ve DNA izolasyonu ...18

8.1.1 Örnek toplama ...18

8.1.2 DNA izolasyonu ...20

8.2 Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ...21

8.2.1 Termal döngüleyici kurulumu ...21

8.2.2 Urasil-N-Glikosilaz (UNG) uygulaması ...22

8.2.3 PCR reaksiyon kurulumu ...23

8.3 Hibridizasyon ve yıkama ...25

8.3.1 Hazırlama ve kurulum ...25

(4)

Papill oCheck ^®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

Nisan 2011

IVD

Xn 4°8°

9. SORUN GİDERME ...

32

10. TEKNİK YARDIM ...

33

11. PAPILLOCHECK

^®

PERFORMANS ÖZELLİKLERİ ...

34

11.1 PapilloCheck^® analitik performans ...34

11.1.1 Analitik hassasiyet ...34

11.1.2 Analitik özgüllük – HPV türleri ...35

11.1.3 Analitik özgüllük – HPV dışı organizmalar ...35

11.2 Tekrarlanabilirlik ...36

11.3 Yeniden Üretilebilirlik ...37

11.4 Dayanıklılık ...38

11.5 PapilloCheck^® klinik performans ...39

12. PAPILLOCHECK

^®

KISA PROTOKOL ...

41

12.1 Oda 2: PCR - Reaksiyon karışımının kurulumu ...41

12.2 Oda 2: PCR - DNA şablonu ekleme / PCR reaksiyonu ...42

12.3 Oda 3: Hibridizasyon - Hazırlama / Hibridizasyon reaksiyonu ...43

12.4 Oda 3: Yıkama ve kurutma / Tarama ve değerlendirme ...44

(5)

Papill oCheck ^®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

IVD

1. KİTİN İÇERİĞİ

PapilloCheck^® test kiti¹ İçerik Miktar

PCR MasterMix 5 x PapilloCheck^®

PCR MasterMix² 5 x 300 µl

Slide kutusu, 5 x 12 Dizi 1 x PapilloCheck^® Slide Kutusu

5 PapilloCheck^® çipi ile³ 5 x 12 Dizi Hibridizasyon Tamponu 2 x PapilloCheck^®

Hibridizasyon Tamponu 2 x 1.000 µl

TAMPON A konsantrasyonu 2 x PapilloCheck^® Tampon A

konsantratı 2 x 40 ml

TAMPON B konsantrasyonu 1 x PapilloCheck^® Tampon B

konsantratı 1 x 15 ml

1 One PapilloCheck^® test kiti, 60 numunenin analizi için yeterlidir.

2 DNA Taq Polimeraz ve Urasil-N-Glikosilaz dışında PCR için gerekli olan tüm bileşenleri içerir.

3 Bir PapilloCheck^® çipi 12 PapilloCheck^® mikrodizisi içerir.

(6)

Papill oCheck ^®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

Nisan 2011

IVD

Xn 4°8°

2. GEREKLİ SARF MALZEMELERİ, EKİPMANLAR VE DONANIMLAR

PapilloCheck^®'in listelenen sarf malzemeleri, ekipmanlar ve donanımlar ile birlikte ve yalnızca profesyonel personel tarafından kullanılması önerilmektedir.

Sarf Malzemeleri Greiner Bio-One Kat. No. Miktar

PapilloCheck^® test kiti 465 060 60 reaksiyon için test kiti

PapilloCheck^® Toplama Kiti 465 070 10 numune

oCheck^® DNA İzolasyon Kiti / Tek Kolon Hazırlama 515 040 50 hazırlama için test kiti

oCheck^® DNA İzolasyon Kiti / 8 Kolon Hazırlama 515 050 12 x 8 hazırlama

Steril, DNase içermeyen mikropipet filtre ucu¹ 0,5-10 µl filtre uçları

0,5-20 µl filtre uçları 10-100 µl filtre uçları 10-200 µl filtre uçları 100-1000 µl filtre uçları

765 288 774 288 772 288 739 288 750 288

96/960 96/960 96/960 96/960 60/600

DNase-içermeyen reaksiyon tüpleri Reaksiyon tüpü 1.5 ml

Reaksiyon tüpü 0,2 ml² 8 x 0,2 ml PCR şeritleri

8 x 0,2 ml PCR şeritleri için kapak şeritleri

616 201 683 201 673 210 373 270

500/4000 500/1000 125/1250 125/1250

50 ml polipropilen tüp³ 210 261 25/450

Pipetleyici için plastik pipetler Pipet 10 ml

Pipet 25 ml Pipet 50 ml

607 180 veya 607 160 760.180 veya 760.160 786.180 veya 768.160

1/200 1/200 1/200

1 Belirtilen uç boyutlarından bazıları kullanılabilir mikropipetlere bağlı olarak isteğe bağlıdır.

2 Prensip olarak 8'li tüp PCR şeridi kullanılması önerilmektedir. Şeritler mevcut değilse tekli reaksiyon tüpleri (0,2 ml) isteğe bağlıdır.

3 Yalnızca slide santrifüj mevcut değilse gerekir.

(7)

Papill oCheck ^®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

IVD

Ekipman Greiner Bio-One Kat. No. Miktar

CheckScanner^TM 862 070 1

CheckReport^TMYazılımı Temel 862 080 1

CheckReport^TMYazılımı PapilloCheck^® eklentisi 862 081 1

Slide tutuculu oCheck^® Hibridizasyon Odası 447 070 1

Slide tutucu kolu 447 001 1

oCheck^® Yıkama Teknesi⁴ 447 020 1

oCheck^® VacSet⁵ 863 080 1

oCheck^® VacPump⁵ 863 070 1

Gerekli enzimler

• Taq Polimeraz: HotStarTaq^® DNA Polimeraz 5 U/µl (Qiagen; 203203, 203205, 203207, 203209)

• Urasil-N-Glikosilaz: Urasil-DNA Glikosilaz 1 U/µl (Fermentas; #EN0361, #EN0362) Gereken ek sarf malzemeleri

• PCR-kalitesinde su

• Distile veya deiyonize su

• Tek kullanımlık eldivenler Gereken ek ekipmanlar

• 1.5 ve 2 ml reaksiyon tüpleri için mikrosantrifüj

• 50 ml polipropilen tüpler için santrifüj (örn: BeckmanCoulter; Allegra X-22 Santrifüj; C0650 Sabit Açılı Rotor) veya slide santrifüj (örn: Labnet: Slide Spinner; VWR International: Galaxy MiniArray Santrifüj)

• Tekli 0,2 ml reaksiyon tüpleri veya 8'li tüp PCR şeritleri için mikrosantrifüj (örn: Labnet: Spectrafuge Mini Santrifüj)

• PCR termal döngüleyici:

GeneAmp^® PCR sistem 9700 (Uygulamalı Biyosistemler)

veya Veriti™ 96-Kuyucuklu Termal İşlemci (Uygulamalı Biyosistemler)

• Su banyosu (50 °C)

• Mikropipetler (1 - 1000 µl arası farklı aralıklar)

• 8-Kanallı multipipet (aralık: 5 - 50 µl), örn. Brand Transferpette^®-8 (Marka)

• Cam ve plastik pipetler için pipetleyici

• Vortex çalkalayıcı

• Farklı reaksiyon tüpleri için raflar Gerekli ek donanımlar

• Bilgisayar (sistem gereksinimleri için CheckScanner^TM ve CheckReport^TMYazılımı Kullanım Kılavuzuna bakınız)

4 PapilloCheck^® yıkama prosedürü için üç adet oCheck^® Yıkama teknesi gerekmektedir.

5 Yalnızca Kat. No. 515 050 ile birlikte kullanıldığında gereklidir.

(8)

Papill oCheck ^®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

Nisan 2011

IVD

Xn 4°8°

3. NAKLİYE VE SAKLAMA

PapilloCheck^® test kitinin nakliyesi oda sıcaklığında gerçekleştirilir. Bununla birlikte kit teslim alındıktan hemen sonra 4-8 °C'de saklanmalı ve ışıktan korunmalıdır. Doğru bir şekilde saklanan PapilloCheck^® test kiti ve bileşenleri belirtilen son kullanma tarihine kadar kullanılabilir. Ayrıca bu koşullar altında raf ömrü, kitin ve bileşenlerinin ilk kez açılmasından sonra son kullanma tarihinden sapmaz.

4. GÜVENLİK TALİMATLARI

PapilloCheck^® test kiti yalnızca laboratuar kullanımına yöneliktir ve ilaç, evsel veya diğer amaçlar doğrultusunda kullanım için tasarlanmamıştır. Her zaman uygun bir laboratuar önlüğü giyin, tek kullanımlık eldivenler ve koruyucu gözlük takın ve bu bölümde verilen güvenlik talimatlarını izleyin.

PapilloCheck^® test kitinin aşağıdaki bileşenleri zararlı veya tehlikeli bileşenler içerir.

Bileşen Tehlike

Ürün İçeriği Tehlike

Sembolü Risk

İfadeleri Risk

İfadeleri Güvenlik İfadeleri

Hibridizasyon Tamponu

Guanidin tiyosiyanat

(% 25-60 ) Zararlı* R 20/21/22

R 52/53R 32

S13S61 S36/37

Tampon B <% 20 Sodyum

Dodesilsülfat Tehlikeli* R 21/22

R 36/37/38 S26

S36/37

* 125 g veya ml'ye kadar olan küçük ambalajlar için tehlike etiketine gerek yoktur (67/548//EEC Md. 25, 1999/45/EC Md.

12 ve German GefStoffV § 20 (3) ve TRGS 200 7.1 uyarınca). Daha fazla bilgi için bkz. Güvenlik Veri Formu.

Risk ifadeleri

R 21/22 Ciltle teması veya yutulması zararlıdır

R 20/21/22 Solunması, ciltle teması veya yutulması zararlıdır R 32 Asitlerle temasında çok toksik gaz çıkarır R 36/37/38 Gözleri, solunum sistemini ve cildi tahriş eder

R 52/53 Sudaki organizmalar için zararlıdır, su ortamında uzun süreli olumsuz etkilere neden olabilir Güvenlik ifadeleri

S13 Yiyeceklerden, içeceklerden ve hayvan yemlerinden uzak tutun

S26 Gözlerle temas etmesi durumunda gözleri derhal bol suyla yıkayın ve tıbbi yardım alın S36/37 Uygun koruyucu giysi giyin ve eldiven takın

S61 Çevreye salınmasından kaçının. Özel kullanım talimatına/güvenlik veri formuna bakın.

Bu ürüne ait güncel Güvenlik Veri Formu, Greiner

Bio-One internet sitesinden indirilebilir: www.gbo.com/bioscience/biochips_download

(9)

Papill oCheck ^®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

IVD

5. ATIKLARIN YOK EDİLMESİ

PapilloCheck^® çipi yıkandıktan ve kurutulduktan sonra yıkama çözeltileri I, II ve III özel bir tedbir olmaksızın atılabilir. Kullanılmış PapilloCheck^® çipi, kullanılmamış kit bileşenlerini ve kullanılmamış hibridizasyon karışımını laboratuar kimyasal atıklarıyla birlikte bertaraf edin. Bertaraf etme ile ilgili tüm ulusal düzenlemelere, devlet düzenlemelerine ve yerel düzenlemelere riayet edin.

(10)

Papill oCheck ^®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

Nisan 2011

IVD

Xn 4°8°

6. GİRİŞ

Hemen hemen tüm rahim boynu kanseri vakalarında karsinojenik insan papillomavirüs (HPV) ile kalıcı enfeksiyon tespit edilmiştir – ikincisi tüm dünyada kadınlarda en yaygın görülen kanserdir.

Bugüne kadar 100'den fazla HPV tipi saptanmıştır, bunların yaklaşık 40 tanesi cinsel yolla bulaşır ve genital mukozayı enfekte eder. Rahim boynu HPV tipleri hem yüksek risk (yüksek riskli HPV, hrHPV) hem de düşük risk grubunda (düşük riskli HPV, lrHPV) sınıflandırılır. Yüksek riskli HPV tipleri yüksek rahim boynu kanseri riski ile ilişkiliyken düşük riskli HPV tipleri çoğunlukla iyi huylu genital siğillere neden olur. Bununla birlikte, yüksek risk grubunda dahi kanser veya rahim boynu interepitelyal lezyonların (CIN) görülme riski tipe bağlıdır. Tüm rahim boynu kanser vakalarının yaklaşık % 70'i HPV 16 veya 18 ile bağlantılı kalıcı enfeksiyon ile ilişkilidir. En çok rastlanan düşük risk tipleri HPV 6 ve 11'dir. Karsinojenik HPV ile rahim boynu kanseri arasındaki hemen hemen kesin olan etyolojik ilişkiye göre hrHPV'nin test edilmesi birincil rahim boynu kanser taraması için düşünülmektedir.

6.1 Kullanım amacı

PapilloCheck^® bir tanı kitidir ve insan rahim boynu smear'larından alınan DNA preparatlarında 24 türde insan papillomavirüsünün kalitatif tespiti ve genotiplemesinde kullanılmak üzere tasarlanmıştır.

Kitin yalnızca uygun niteliklere sahip personel tarafından kullanılması amaçlanmıştır.

PapilloCheck^®, İn Vitro Tıbbi Tanı Cihazları Direktifinin (98/79/EC) koşullarına uyduğundan dolayı CE uyum işareti taşımaktadır. PapilloCheck^® kullanılarak elde edilen her tanı sonucu diğer klinik bulgular veya laboratuar bulguları ile birlikte yorumlanmalıdır.

6.2 Papill oCheck

^®

ile saptanabilir HPV tipleri

PapilloCheck^® insan papillomavirüsünün (HPV) 18 yüksek risk ve 6 düşük risk tipinin saptanmasına olanak tanır (Tablo 1).

Tablo 1: PapilloCheck^® ile saptanabilir HPV tipleri

HPV 16 HPV 45 HPV 59 HPV 6

HPV 18 HPV 51 HPV 66 HPV 11

HPV 31 HPV 52 HPV 68 HPV 40

HPV 33 HPV 53 HPV 70 HPV 42

HPV 35 HPV 56 HPV 73 HPV 43

HPV 39 HPV 58 HPV 82 HPV 44 / HPV 55*

* PapilloCheck^® HPV 44 ile HPV 55'in ayırt edilmesini sağlamaz.

1Walboomers, J. et al (1999). Human papillomavirus is a necessary cause of invasive cervical cancer worldwide. J Pathol. 189(1):12-9.

2Burd EM. Human papillomavirus and cervical cancer. Clin Microbiol Rev. 2003;16:1–17.

3Bosch F.X. et al. (2008). Epidemiology and natural history of human papillomavirus infections and type-specificimplications in cervical neoplasia.

Vaccine. 26 Suppl 10:K1-16.

4Meijer, C.J. et al. (2009). Guidelines for human papillomavirus DNA test requirements for primary cervical cancer screening in women 30 years and older. Int J Cancer. 124(3):516-20.

(11)

Papill oCheck ^®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

IVD

6.3 Miktar tayini prensibi

PapilloCheck^®, insan papillomavirüs (HPV) genomu E1 geninin bir parçacığının tespit edilmesine ve genotiplemesine yönelik mikrodizi tabanlı bir test kitidir. Miktar tayini prosedürü Şekil 1'de özetlenmiştir.

PapilloCheck^® analizinden önce bir rahim boynu smear'i numunesinden DNA izole edilmelidir.

Numune toplama ve DNA izolasyonu PapilloCheck^® test kitinin parçaları değildir. Greiner Bio-One numune toplama (PapilloCheck^® Toplama Kiti) ve DNA izolasyonuna (oCheck^® DNA İzolasyon Kiti) yönelik özel ürünler de sunmaktadır ve bu ürünler ayrı olarak satın alınmalıdır (Bölüm 2'de bulunan sipariş verme bilgilerine bakınız).

Bir rahim boynu numunesinden viral ve insan genomik DNA'sının izolasyonundan sonra viral E1 geninin 350 bp'lik parçacığı HPV'ye özgü primerler grubunun bulunduğu polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile amplifiye edilir. Aynı reaksiyonda insan tek kopya geni ADAT1 (insan tRNA-özgül adenozin deaminaz1), rahim boynu numunesinde insan numunesi materyalinin varlığını (numune kontrolü) ve PapilloCheck^®'de bulunan dahili kontrol şablonunu izlemek için amplifiye edilir. PCR MasterMix, PCR (PCR kontrolü) performansını izlemek için amplifiye edilir. Ayrıca PapilloCheck^® PCR MasterMix, dUTP içerir. Böylece, önceki PCR reaksiyonlarından kaynaklanan taşınma kontaminasyonu Urasil- N-Glikosilaz (UNG) uygulaması ile giderilebilir (bkz. bölüm 8.2.2).

PCR ürünleri daha sonra spesifik DNA problarına hibridize edilir ve PapilloCheck^® çip yüzeyine çip üstü kontrolleri eklenir. Her çip 12 DNA-mikrodizisi içerir, 12 rahim boynu numunesinin eş zamanlı analizine olanak tanır. Hibridizasyon sırasında bağlı DNA floresanla etiketlenir ve bağı çözülmüş DNA sonraki yıkama adımlarında çıkarılır. Hibridizasyon etkinliği izlenir (hibridizasyon kontrolü).

Son olarak PapilloCheck^® çipi sırasıyla CheckScanner^TM ve CheckReport^TMYazılımı kullanılarak otomatik olarak taranır, analiz edilir ve değerlendirilir (Bölüm 2'de bulunan sipariş verme bilgilerine bakınız). CheckScanner^TM, iki renkli lazer tarayıcısı olup (532 nm ve 635 nm eksitasyon dalgaboyları) HPV'ye özgü amplifikasyon ürünlerinin yanı sıra kontrollerinin varlığı ile oluşturulan floresan sinyalinin tespit edilmesini sağlar (bkz. bölüm 6.4.2). CheckReport^TMYazılımı, sonuçların görüntülenmesine, analizine ve değerlendirilmesine olanak sağlar ve tespit edilen HPV türlerinin ve kontrollerin ilgili değerlerini ayrıntılı bir raporda otomatik olarak gösterir.

Rapor, tespit edilebilir bir veya daha fazla 24 HPV türünün varlığını veya yokluğunu açıkça gösterir ve kapsamlı çip üstü kontrolleri analizi son derece güvenilir kılar.

(12)

Papill oCheck ^®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

Nisan 2011

IVD

Xn 4°8°

1. PCR reaksiyonu

2. Hibridasyon

3. Yıkama ve kurutma

4. Tarama ve analiz

veya

Şekil 1: PapilloCheck^® miktar tayini prosedürü

1. PCR reaksiyonu: DNA izolasyonundan sonra viral E1 geninin 350 bp'lik parçacığı ve iki kontrol hedefinin parçacıkları PCR ile amplifiye edilir. Amplifikasyon ürünleri daha sonra çip üzerinde tamamlayıcı DNA problarına hibridize edilir.

2. Hibridasyon: Her bir HPV türü, beş kopya halinde bulunan spesifik DNA probu ile tespit edilir. Hibridizasyon sırasında floresan etiketleme uygulanır.

3. Yıkama ve kurutma: Bağı çözülmüş DNA sonraki yıkama adımlarında çıkarılır.

4. Tarama ve analiz: PapilloCheck^® çipi CheckScanner^TM ve CheckReport^TMYazılımı kullanılarak taranır, analiz edilir ve değerlendirilir. Tespit edilebilir bir veya daha fazla 24 HPV türünün varlığını veya yokluğunu açıkça gösteren bir rapor oluşturulur.

(13)

Papill oCheck ^®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

IVD

6.4 PapilloCheck

^®

DNA çipinin tasarımı

6.4.1 PapilloCheck^®

çipi yerleşim planı

Her PapilloCheck^® çipi, kuyucuk A1 - B6 olarak tayin edilmiş 12 mikrodizi içerir. Her PapilloCheck^® mikrodizisi 28 farklı probdan oluşur ve yükseltilmiş bir alanla sınırlanır. Her prob beş kez damlatılır.

PapilloCheck^® mikrodizi yerleşim planı Şekil 2'de gösterilmekte ve -çip üstü kontrolleri Bölüm 6.4.2'de daha detaylı bir şekilde açıklanmaktadır.

Şekil 2: PapilloCheck^® çipinin tasarımı

a) PapilloCheck^®çipinin şematik çizimi.b) ve c) (b) kırmızı kanalın: 635 nm; c) yeşil kanalın: 532 nm taranmasında kullanılan iki farklı eksitasyon dalgaboyu için CheckReport^TM Yazılımı ve PapilloCheck^® mikrodizi yerleşim planının şematik çizimleri. HPV türü spesifik problar ve çip üstü kontroller belirtilir.

oryantasyon kontrolü

HPV 31 HPV 18 HPV 16 HPV 11 HPV 6

hibridizasyon kontrolü

HPV 44/55 HPV 43

PCR kontrolü

numune kontrolü

HPV 82 HPV 73

oryantasyon kontrolü

hibridizasyon kontrolü

HPV 44/55 HPV 43

PCR kontrolü

numune kontrolü

HPV 82 HPV 73

a) kırmızı kanalın (635 nm)yeşil kanalın (532 nm)

b)

c)

(14)

Papill oCheck ^®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

Nisan 2011

IVD

Xn 4°8°

6.4.2 Çip üstü kontroller

PapilloCheck^® DNA-çipinin tasarımı kapsamlı çip üstü kontrolleri içerir. Çeşitli kontrol sistemleri, numune kalitesi ve DNA izolasyonu (numune kontrolü), PCR reaksiyonunun kalitesi (PCR kontrolü), hibridizasyon etkinliğinin (hibridizasyon kontrolü) yanı sıra nokta homojenliği ve baskı kalitesi (işletim kontrolü ve baskı kontrolü) de dahil olmak üzere miktar tayini ve çip işlemenin tüm kritik adımlarını izler. HPV türlerinin varlığına veya yokluğuna ek olarak CheckReport™Yazılımı kontrollerin ve tespit edilen HPV türlerinin ilgili değerlerini ayrıntılı bir raporda gösterir. Farklı kontrollerin okunması için CheckScanner™'in her iki eksitasyon dalgaboyu kullanılır. Miktar tayini performansının kontrolü için (numune ve PCR kontrolü) kırmızı kanal kullanılırken (635 nm eksitasyon dalgaboyu), hibridizasyonun ve çipin kalitesi (hibridizasyon, oryantasyon ve baskı kontrolü) yeşil kanalda değerlendirilir (532 nm eksitasyon dalgaboyu).

Numune kontrolü

PapilloCheck^®, insan tek kopya geni ADAT1'in (insan tRNA-spesifik adenozin deaminaz1) bir parçacığını amplifiye ederek numunenin numunenin ve/veya DNA izolasyonunun kalitesini izler.

İnsan DNA'sı rahim boynu numunesinden izole edilen DNA'da yeterli miktarda mevcut ise numune kontrol noktalarında bir floresan sinyali verilir.

ADAT1 amplifikasyonu gerçekleşmez veya yetersiz şekilde gerçekleşirse, CheckReport™Yazılımı numune kontrolünün "başarısız" olduğunu gösterecektir ve rahim boynu numunesinde yetersiz miktarda hücre olmasının ve/veya yetersiz izolasyon performansının bir sonucu olarak analizi tekrarlanmalıdır (bkz. Bölüm 9).

PCR kontrolü

PapilloCheck^® ayrıca PCR reaksiyonunun kalitesini de izler. PapilloCheck^® PCR MasterMix'de bulunan dahili kontrol şablonunun amplifikasyonu PapilloCheck^® çipindeki PCR kontrol noktalarında bir sinyal oluşturur. Amplifikasyon reaksiyonunun kalitesi aynı zamanda CheckReport™Yazılımı ile de otomatik olarak değerlendirilir. PCR performansı önceden tanımlanmış eşiğin altında ise CheckReport™Yazılımı PCR kontrolünü "başarısız" olarak gösterir ve analiz tekrarlanmalıdır (bkz.

Bölüm 9).

Numunedeki HPV DNA çok yüksek ise, PCR kontrol noktalarının floresan sinyali, PCR reaksiyonu sırasındaki rekabete bağlı olarak düşük olabilir veya olmayabilir. Bu durumda testin geçerli olarak kabul edilebilmesi için en az bir HPV-spesifik probunun floresan sinyali önceden tanımlanmış eşiği aşmalıdır.

Hibridizasyon kontrolü

PapilloCheck^®, PapilloCheck^® çipinde spesifik DNA dizilerine hibridize olan PapilloCheck^® Hibridizasyon Tamponu içinde floresan ile etiketlenmiş prob kullanımı ile hibridizasyonun etkinliğini izler. Yeterli bir hibridizasyon etkinliği her bir dizi noktasında floresan sinyalleri ile sonuçlanır.

PapilloCheck^® çipindeki beş hibridizasyon kontrol noktasının sonuçları ayrıca CheckReport^TMYazılımı ile de değerlendirilir.

Oryantasyon ve baskı kontrolü

PapilloCheck^® çipinin oryantasyon kontrol noktaları, hibridizasyon prosesinin etkinliğine bakılmaksızın floresan sinyalleri verir. Bu noktalar, sinyallerin doğru analizi için bir ön koşul olan doğru nokta tespitine yönelik kılavuz noktaları olarak CheckReport^TMYazılımı tarafından kullanılır. Ayrıca baskı prosesinin kalitesi her bir çip noktasında (baskı kontrolü) yeşil bir floresan sinyali ile izlenir.

(15)

Papill oCheck ^®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

IVD

7. PAPILLOCHECK

^®

İŞ AKIŞI TALİMATLARI

7.1 Genel talimatlar

Moleküler biyolojide halihazırda kullanılan en gelişmiş teknikler bir laboratuvara uygulandığında, laboratuar personelinin azami güvenliğini ve yüksek kaliteli sonuçlar sağlamak amacıyla aşağıdaki talimatlar göz önünde bulundurulmalıdır.

DNA izolasyonu, amplifikasyon ve amplifikasyon ürünlerinin tespiti uygun nitelikli personel gerektirir.

Ayrıca DNA bozunması veya amplifikasyon ürünleri ile kontaminasyon nedeniyle ortaya çıkanlar gibi hatalı sonuçları engellemek için net ve iyi yapılandırılmış bir iş akışı gerekmektedir. Bunu sağlamak için Bölüm 7.2'de tanımlandığı gibi izolasyon, amplifikasyon ve tespit alanlarının ayrılması gerekir.

Her alanda ayrı ekipman, sarf malzemeleri, laboratuvar önlükleri ve eldivenler bulunmalıdır.

Laboratuvar önlüklerini, eldivenleri veya ekipmanları kesinlikle farklı bir alandan bir başka alana aktarmayın.

7.2 Oda ayrımı

Şekil 3bir laboratuvarın nasıl 3 farklı bölüme ayrılabileceğine yönelik bir örnek göstermektedir. Bu odalardan biri yalnızca DNA izolasyonu için, diğeri PCR reaksiyonlarının kurulması ve çalıştırılması için, sonuncusu ise hibridizasyon ve analiz için kullanılır. Her bir oda, numunelerin kontaminasyonunu önlemek amacıyla, yalnızca belirtilen uygulama veya teknik için kullanılır. Ekipmanların ve sarf malzemelerinin alanlar arasında yanlışlıkla yer değiştirmesini önlemek için renk kullanılması yararlı olabilir.

Şekil 3: Oda ayrımı

Oda 1: DNA izolasyon prosedürünün tamamı bu odada gerçekleştirilmelidir.

Oda 2: Bu odada, PCR reaksiyon karışımı ayarlanır ve alikuotlara bölünür (en uygunu bir PCR ocağı altında). Oda 1'de izole edilen DNA numunelerinin eklenmesi oda 2 içinde ayrı bir alanda gerçekleştirilmelidir.

Oda3: Hibridizasyon reaksiyonu, yıkama adımları ve çip kurutma üçüncü laboratuvar odasında yapılır. Ayrıca CheckScanner^TM, CheckReport^TMYazılımı ile birlikte PapilloCheck^® miktar tayininin nihai analizi için kullanılır.

Oda 1 Oda 2 Oda 3

(16)

Papill oCheck ^®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

Nisan 2011

IVD

Xn 4°8°

7.3 Uyarılar ve önlemler

7.3.1 Kontaminasyonun önlenmesi

• Prosedürlerin uygulanması sırasında laboratuvar önlükleri giyilmelidir ve her bir laboratuvar odası için farklı laboratuvar önlük setleri bulunmalıdır.

• Analizin her adımında eldivenler takılmalıdır ve özellikle DNA izolasyonu sırasında sık sık değiştirilmelidir.

• Çalışma yeri uygun temizlik solüsyonlarıyla dekontamine edilmelidir.

• Reaksiyon tüpü kapağının içine kesinlikle dokunulmamalıdır. Çapraz kontaminasyondan kaçınmak için, her seferde yalnızca bir tüp açılmalıdır.

• Aerosol bariyerli uygun mikropipet filtre uçları kullanılmalıdır (DNase, Rnase ve insan DNA'sı içermeyen). Sıvı transferleri arasında pipet uçları daima değiştirilmelidir.

7.3.2 DNA çipleri ile işlem yapma talimatı

• DNA çipleri tozsuz bir ortamda kullanılmalıdır. Çip yüzeyinde toz ve diğer parçacıkların birikmesi önlenmelidir.

• Çip yüzeyindeki hibridizasyon bölgesine dokunulmamalıdır.

• Çipin yalnızca etiketli tarafı hibridizasyona yöneliktir.

• Çip üzerinde spesifik olmayan floresana yol açtıklarından DNA çiplerinin tanımlanması için işaret kalemleri kullanılmamalıdır.

• DNA dizileri yalnızca tek kullanımlıktır. Hibridize edilen çipler yeni,den kullanılamaz.

• Kullanılmamış çipler, teslim edilen ve nem çekici fermuarlı torba içinde, orijinal kutusunda saklanır.

7.3.3 Genel önlemler

• Bu kit yalnızca in vitro tanılarda kullanıma yöneliktir ve yalnızca in vitro tanılarda laboratuvar uygulama deneyimine sahip eğitimli personel tarafından kullanılmalıdır.

• Teslim alındığında kit bileşenlerinin hasarlı olup olmadığını kontrol edin. Bileşenlerden biri hasar görmüşse (örn. tampon şişeleri), yerel Greiner Bio-One distribütörünüze başvurun. Hasar görmüş kit bileşenleri kullanılmamalıdır. Bu komponentlerin kullanılması, kit performansını zayıflatabilir.

• PapilloCheck^® test kiti, son kullanma tarihinden sonra kullanılmamalıdır.

• Son kullanma tarihi geçmiş reaktifleri kullanmayın.

• Farklı serilere ait reaktifleri karıştırmayın.

• Yalnızca kitle birlikte sağlanan ve üretici tarafından tavsiye edilen reaktifleri/ekipmanları kullanın.

• Mikropipetler, su banyosu ve termoblok için düzenli kalibrasyon/bakım gerçekleştirilmelidir.

• Mikrolitre aralığına küçük miktarlarda sıvı pipetlemek zordur. Bu nedenle olabildiğince doğru bir şekilde pipetlemeye dikkat edin.

• Reaktiflerin mikrobik kontaminasyonunu önlemek için alikuotlar reaktif tüplerinden alınırken dikkatli olunmalıdır.

• Tüm santrifüj adımları oda sıcaklığında gerçekleştirilmelidir (18-25 °C).

(17)

Papill oCheck ^®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

IVD

7.3.4 Güvenli çalışma

• İnsanlara bulaşma potansiyeli taşıyan maddeler içeren biyolojik numunelerle işlem yaparken dikkatli olun. Bulaşma potansiyeline sahip maddelerden enfeksiyon alma riskini azaltmak için, numune lizisi tamamlanana kadar, laminar hava akımı şartları altında çalışmanız tavsiye edilir.

Tüm biyolojik numuneleri, enfekte edici ajanlar taşıma kapasiteleri bulunuyormuş gibi kabul ederek kullanın ve bertaraf edin.

• Solüsyonları kesinlikle ağzınızla pipetlemeyin.

• Çalışma alanlarında yiyecek ve içecek bulundurmayın, sigara içmeyin veya kozmetik ürünler kullanmayın.

• Biyolojik numunelere doğrudan temas etmekten, bu numuneleri sıçratmaktan veya püskürtmekten kaçının.

• İnsan numuneleriyle çalışırken daima laboratuvar önlüğü giyin, eldiven takın ve koruyucu gözlük kullanın.

• Numuneleri ve reaktifleri kullandıktan sonra ellerinizi iyice yıkayın.

(18)

8. PAPILLOCHECK

^®

PROSEDÜR

Aşağıdaki bölümde, her bir analiz edilen rahim boynu numunesinde tespit edilebilir bir veya daha fazla 24 HPV türünün varlığını veya yokluğunu açıkça belirten ayrıntılı bir raporun hazırlanması ile sonuçlanan farklı çalışma adımları ayrıntılı bir şekilde açıklanmaktadır. Şekil 4, gerekli olan farklı çalışma adımlarına bir genel bakış sunar. Ayrıca spesifik miktar tayini adımının tanımlandığı ilgili alt bölümü de gösterir. Çalışma adımları bu bölümde belirtilen sırada gerçekleştirilmelidir. Her adım mavi ok ➠ile gösterilmiştir.

8.1 Örnek toplama ve DNA izolasyonu

8.1.1 Örnek toplama

Örnek toplama, PapilloCheck^® test kitinin bir parçası değildir. Greiner Bio-One tarafından rahim boynu örneklerine yönelik özel bir toplama kiti (PapilloCheck^® Toplama Kiti) de sunulmaktadır (Bölüm 2'de bulunan sipariş verme bilgilerine bakınız).

PapilloCheck^®, aşağıdaki toplama sistemleri veya araçlarından biri ile toplanan insan rahim boynu smear'larından oCheck^® DNA İzolasyon Kiti ile hazırlanan DNA kullanılarak valide edilmiştir:

• PapilloCheck^® Toplama Kiti (Greiner Bio-One, Frickenhausen, Almanya)

• PreservCyt^® (Hologic, Bedford, MA, ABD)

• Surepath™ (BD, Franklin Lakes, NJ, ABD)

• STM^TM (Qiagen, Hilden, Almanya).

Uygun taşıma araçları veya DNA izolasyon sistemleri ile ilgili daha fazla bilgi için yerel Greiner Bio- One distribütörünüz ile iletişime geçin veya Greiner Bio-One internet sitesine başvurun:

www.gbo.com/bioscience/biochips_download

!

CheckReport^TM Yazılımı ile örnek toplama, DNA izolasyonu ve analiz PapilloCheck^® test kitinin parçaları değildir. Bu nedenle bu çalışma adımlarının tanımı bu bölümde kısaltılmıştır. Daha ayrıntılı bilgi için lütfen Kullanım Kılavuzuna bakın, örn: PapilloCheck^® Toplama Kitinden, oCheck^® DNA İzolasyon Kiti ve CheckReport^TM Yazılımından.

(19)

Bölüm 8.1.2 DNA izolasyonu

Bölüm 8.3.2 Hibridizasyon

Bölüm 8.4. Tarama ve değerlendirme Bölüm 8.2 PCR

Bölüm 8.3.3 Yıkama ve kurutma

or

(20)

8.1.2 DNA izolasyonu

DNA izolasyonu, PapilloCheck^® test kitinin bir parçası değildir. PapilloCheck^® analizinden önce Greiner Bio-One tarafından sağlanan oCheck^® DNA İzolasyon Kiti (Bölüm 2^de bulunan sipariş verme bilgilerine bakınız) kullanılarak DNA izolasyonu gerçekleştirilmelidir. oCheck^® DNA İzolasyon Kitini kullanırken lütfen Kullanım Kılavuzunu izleyin.

oCheck^® DNA İzolasyon Kiti ile DNA izolasyonu için 250 µl numune çözeltisi kullanılmalıdır.

Papill

• oCheck^® Toplama Kiti (Greiner Bio-One; Kat. No. 465 070)

• PreservCyt^® toplama ortamında kullanılarak toplanan insan rahim boynu semar numuneleri (Hologic, Bedford, MA, ABD)

doğrudan işlenebilir.

STM

• TM toplama ortamında (BD, Franklin Lakes, NJ, ABD) toplanan rahim boynu numuneleri kullanım öncesi yıkanmalıdır: 250 µl numuneyi 11.000 g'de 5 dakika süreyle santrifüj edin ve pelleti 250 µl distile suda resüspanse edin. Daha sonra 250 µl oCheck^® DNA İzolasyon Kiti ile işlenebilir.

STM

• STM^TM toplama ortamında (Qiagen, Hilden, Almanya) toplanan rahim boynu numuneleri seyreltilmelidir: 100 µl numune kullanın ve 150 µl distile su ekleyin. 250 µl seyreltilmiş numune oCheck^® DNA İzolasyon Kiti ile işlenebilir.

Genel olarak rahim boynu smear numunesi çok konsantre görünüyorsa ve zaten agrege olmuşsa, DNA izolasyonuna başlamadan önce numunenin seyreltilmesi ve homojenize edilmesi gerekir!

Çok seyreltilmiş ve gözle görünür hücreleri göstermeyen rahim boynu smear numuneleri, DNA izolasyonu için daha fazla hücre verimi elde etmek amacıyla konsantre edilmelidir: 1000 µl numuneyi 11.000 g'de 5 dakika süreyle santrifüj edin ve pelleti 250 µl distile suda resüspanse edin. Daha sonra 250 µl oCheck^®DNA İzolasyon Kiti ile işlenebilir.

!

Bu konsantrasyon adımı yalnızca PapilloCheck^® Toplama Kiti ile, PreservCyt^® toplama ortamında veya Surepath^TM toplama ortamında toplanan rahim boynu smear numuneleri için uygundur. STM^TM toplama ortamı kullanılmışsa, santrifüj yoluyla konsantrasyon elde edilmesi mümkün değildir.

(21)

8.2 Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR)

PCR, son derece küçük DNA miktarlarını tespit edebilen çok hassas bir yöntemdir. Reaksiyon kontaminasyonunu önlemek için özel önlemlere uyulmalıdır (bkz. Bölüm 7). HotStarTaq^® Polimeraz ve Ursail-N-Glikosilaz gerekir ancak PapilloCheck^® test kiti ile birlikte verilmez ve ayrı olarak satın alınmalıdır (bkz. Bölüm 2).

8.2.1 Termal döngüleyici kurulumu

PapilloCheck^® test kiti aşağıdaki termal döngüleyicilerle valide edilmiştir:

• GeneAmp^® PCR sistem 9700 (Uygulamalı Biyosistemler)

• Veriti™ 96-Kuyucuklu Termal Döngüleyici (Uygulamalı Biyosistemler).

PapilloCheck^® PCR'nin termal döngüleyici programı Tablo 2'de özetlenmektedir.

Tablo 2: PapilloCheck^® PCR'nin termal döngüleyici programı Süre Sıcaklık °C Döngü sayısı

20 dk. 37 ºC 1

15 dk 95 ºC 1

30 sn.

25 sn.

45 sn.

95 ºC 55 ºC

72 ºC 40

30 sn.

45 sn. 95 ºC

72 ºC 15

Tutun 10 °C

Ayrıca her termal döngüleyici için aşağıdaki işlem parametreleri ayarlanmalıdır. Bu parametrelerin nasıl ayarlanması gerektiğinin açıklaması için ilgili termal döngüleyicinin Kullanım Kılavuzuna bakınız.

GeneAmp^® PCR sistem 9700 (Uygulamalı Biyosistemler)

Reaksiyon hacmini 26 µl'ye, rampa hızını “9600”e ayarlayın ve 103 °C kapak sıcaklığını kullanın.

Veriti™ 96-Kuyucuklu Termal Döngüleyici (Uygulamalı Biyosistemler)

PapilloCheck^® PCR programına girmek için Veriti™ 96-Kuyucuklu Termal Döngüleyicinin Dönüştürme

!

PapilloCheck^® test kiti Qiagen tarafından üretilen HotStarTaq^® Polimeraz ve Fermentas tarafından üretilen Urasil-N-Glikosilaz kullanılarak (Bölüm 2’de yer alan sipariş verme bilgilerine bakınız) valide edilmiştir.

Belirlenen performansı elde etmek için bu enzimlerin kullanılması zorunludur.

!

Belirlenen performansın elde edilmesi için yukarıda belirtilen termal döngüleyicilerden birinin kullanılması kesinlikle şarttır.

(22)

8.2.2 Urasil-N-Glikosilaz (UNG) uygulaması

PapilloCheck^® PCR MasterMix, PapilloCheck^® PCR sırasında amplifikasyon ürünlerine dahil edilen dUTP içerir ve PCR ürünlerini UNG ile bozunmaya duyarlı hale getirir. UNG, PCR ürününü deoksiuridilat kalıntısının dahil edildiği bölgelerde ayırır. Ayrık PCR ürünleri sonraki bir reaksiyonda amplifiye edilmez. Bu nedenle UNG uygulaması, önceki PCR kontaminasyonlarından taşınma kontaminasyonunu gidermek için kullanılabilir.

➠ PCR kalitesinde suda Urasil-N-Glikosilazı 1:200 seyreltin. Her PapilloCheck^® PCR reaksiyon kurulumu için yeni bir UNG seyreltmesi kullanın (bkz. Bölüm 8.2.3). Seyreltilmiş UNG'yi yeniden kullanmayın.

➠ 2 saniye süresince vorteks uygulayarak ve sonrasında aşağı bükerek veya yukarı ve aşağı doğru birçok kez pipetleyerek UNG seyreltmeyi karıştırın.

Urasil-N-Glikosilaz orijinal konsantrasyonu 1 U/µl'dir. Sonuç olarak, seyreltmenin konsantrasyonu 0,005 U/µl'dir.

➠ Bu seyreltmeden 1 µl her bir PapilloCheck^® PCR reaksiyonuna ekleyin (bkz. Bölüm 8.2.3, Tablo 3).

Bu miktar, PCR taşınma kontaminasyonunu gidermek için yeterlidir. PCR performansı üzerinde olumsuz bir etkisi olabileceğinden ve PapilloCheck^®hassasiyetinin azalması ile sonuçlanabileceğinden daha yüksek konsantre edilmiş UNG solüsyonu kullanmayın.

Genel olarak UNG uygulaması için PCR reaksiyon karışımı 37 °C'de 20 dakika süreyle inkübe edilir.

Daha sonra, UNG 95 °C'de 15 dakika süreyle ek inkübasyon adımı ile etkisizleştirilir. Bu iki adım PapilloCheck^® PCR'ye zaten dahil edilmiştir ve termal döngüleyici programının ilk iki adımına karşılık gelir (bkz. Tablo 2). İkinci adımda (95 °C'de 15 dakika) Urasil-N-Glikosilaz'ın etkisizleştirilmesi ve HotStarTaq^® Polimeraz etkinleştirmesi gerçekleşir.

12

5 PapilloCheck® ürününü satın aldığınızda ürünle birlikte ABD Patent Numaraları 5,035,996; 5,683,896;

5,945,313; 6,287,823 ve 6,518,026 altında sınırlı bir lisans ve ilgili yabancı patentler gelir.

6 Longo, M.C., et al., Use of uracil DNA glycosylase to control carry-over contamination in polymerase chain reac- tions, Gene, 93, 125-128, 1990.

!

PapilloCheck^® test kiti Fermentas tarafından üretilen Urasil-N-Glikosilaz kullanılarak valide edilmiştir (bkz.

Bölüm 2). Belirlenen performansı elde etmek için bu enzimin kullanılması zorunludur.

!

PapilloCheck^® PCR’nin dahil edilen UNG sistemi yalnızca önceki PCR reaksiyonlarından PCR ürünleri ile taşınma kontaminasyonlarını giderir. Numune hazırlama, DNA izolasyonu veya PCR şablon ekleme sırasında meydana gelenler gibi diğer kontaminasyonlar giderilemez. Bu nedenle Bölüm 7’de tanımlanan kontaminasyonunun önlenmesi için talimatların ve özel önlemlerin izlenmesi hala gereklidir.

PapilloCheck. Kullanım Kılavuzuna Bakınız IVD

Papill oCheck ®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

IVD

Papill oCheck ®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

IVD

SEMBOLLER SÖZLÜĞÜ

!

Papill oCheck ®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

IVD

İÇİNDEKİLER

1. KİTİN İÇERİĞİ ...

2. GEREKLİ SARF MALZEMELERİ, EKİPMANLAR VE DONANIMLAR ...

3. NAKLİYE VE SAKLAMA ...

4. GÜVENLİK TALİMATLARI ...

5. ATIKLARIN YOK EDİLMESİ ...

6. GİRİŞ ...

7. PAPILLOCHECK

İŞ AKIŞI TALİMATLARI ...

8. PAPILLOCHECK

PROSEDÜR ...

Papill oCheck ®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

IVD

9. SORUN GİDERME ...

10. TEKNİK YARDIM ...

11. PAPILLOCHECK

PERFORMANS ÖZELLİKLERİ ...

12. PAPILLOCHECK

KISA PROTOKOL ...

Papill oCheck ®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

IVD

1. KİTİN İÇERİĞİ

Papill oCheck ®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

IVD

2. GEREKLİ SARF MALZEMELERİ, EKİPMANLAR VE DONANIMLAR

Papill oCheck ®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

IVD

Papill oCheck ®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

IVD

3. NAKLİYE VE SAKLAMA

4. GÜVENLİK TALİMATLARI

Papill oCheck ®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

IVD

5. ATIKLARIN YOK EDİLMESİ

Papill oCheck ®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

IVD

6. GİRİŞ

6.1 Kullanım amacı

6.2 Papill oCheck

ile saptanabilir HPV tipleri

Papill oCheck ®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

IVD

6.3 Miktar tayini prensibi

Papill oCheck ®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

IVD

Papill oCheck ®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

IVD

6.4 PapilloCheck

DNA çipinin tasarımı

çipi yerleşim planı

Papill oCheck ®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

IVD

6.4.2 Çip üstü kontroller

Papill oCheck ®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

IVD

7. PAPILLOCHECK

Papill oCheck ^®

Papill oCheck ^®

Papill oCheck ^®

Papill oCheck ^®

Papill oCheck ^®

Papill oCheck ^®

Papill oCheck ^®

Papill oCheck ^®

Papill oCheck ^®

Papill oCheck ^®

Papill oCheck ^®

Papill oCheck ^®

Papill oCheck ^®

Papill oCheck ^®

Papill oCheck ^®

Papill oCheck ^®

Papill oCheck ^®