PAPILLOCHECK ® PERFORMANS ÖZELLİKLERİ

11.1 PapilloCheck

^®

analitik performans

11.1.1 Analitik hassasiyet

Belirleme sınırı (LOD) PapilloCheck^® tarafından hedef alınan E1 bölgesini içeren her tespit edilebilir HPV türü için referans plazmidleri kullanılarak belirlenmiştir. LOD'lar Tablo 8'de özetlenmektedir.

Tablo 8: Tespit edilebilir HPV türlerinin belirleme sınırları HPV Genotipi Kopyalar /

reaksiyon pg/ml**

HPV 6 30* 0.052

HPV 11 150* 0.26

HPV 16 50* 0.086

HPV 18 300* 0.516

HPV 31 300* 0.522

HPV 33 300* 0.519

HPV 35 750* 1.29

HPV 39 30* 0.052

HPV 40 30* 0.052

HPV 42 30* 0.052

HPV 43 100* 0.175

HPV 44 30* 0.052

HPV 45 50* 0.087

HPV 51 30* 0.051

HPV 52 100* 0.174

HPV 53 30* 0.052

HPV 56 30* 0.052

HPV 58 150* 0.255

HPV 59 50* 0.087

HPV 66 100* 0.171

HPV 68 30* 0.052

HPV 70 30* 0.052

HPV 73 200* 0.338

HPV 82 30* 0.052

* Her bir HPV referans plazmidinin valide edilen konsantrasyonu 2 bağımsız seyreltme serisinde hazırlanmıştır ve test edilen konsantrasyonun 3 tekrarında ölçülmüştür (örn: konsantrasyon başına toplam 6 tekrar). Ayrıca her test 10 ng insan DNA'sı içermekteydi. Valide edilmiş verilerde bir değişiklik olması durumunda belirli plazmidin konsantrasyonları arttırılmış veya azaltılmıştır ve tekrar test edilmiştir (2 bağımsız seyreltme serisinden 6 tekrar). Tespit sınırı 6 tekrarın pozitif olduğu durumda en düşük konsantrasyondu.

** DNA hazırlama dikkate alınmadan doğrudan analiz edilmiştir. Miktar plazmidde bulunan HPV-DNA ile ilgilidir.

H P V D N A - C h i p

Papill oCheck ^®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

Servikal numunelerde 6, 11, 16, 18, 31, 33, 35, 39, 40, 42, 43, 44/55, 45, 51, 52, 53, 56, 58, 59, 66, 68, 70, 73, 82 insan papillomavirüs tiplerinin genotiplemesine yönelik tanı kiti REF 465 060

IVD

Avusturya'da üretilmiştir4°8°

11.1.2 Analitik özgüllük – HPV türleri

Listelenen HPV türlerinin referans plazmidleri 2,12 x 10⁶ kopya/PCR reaksiyonu ile test edilmiştir.

HPV 6b, HPV 11, HPV 13, HPV 16, HPV 18, HPV 26, HPV 30, HPV 31, HPV 33, HPV 34, HPV 35, HPV 39, HPV 40, HPV 42, HPV 43, HPV 44, HPV 45, HPV 51, HPV 52, HPV 53, HPV 54, HPV 55, HPV 56, HPV 58, HPV 59, HPV 61, HPV 66, HPV 67, HPV 68, HPV 69, HPV 70, HPV 71, HPV 73, HPV 74, HPV 81, HPV 82, HPV 84, HPV 85, HPV 91.

Aşağıdaki çapraz hibridizasyonlar tespit edilmiştir:

HPV 55, HPV 44 probunda bir sinyal verir. Sonuç olarak CheckReport^TMYazılımı, birleşik HPV 44/

HPV 55 sonucunu görüntüler.

HPV 13, HPV 11 probu ile çapraz reaksiyona girebilir ancak HPV 13 rahim boynu örneklerinde mevcut olmadığından yanlış bir pozitif sinyal ile sonuçlanmaz.

11.1.3 Analitik özgüllük – HPV dışı organizmalar

Aşağıdaki HPV dışı organizmalar PapilloCheck^® ile test edilmiştir (5-10 ng genomik DNA). Pozitif sinyal tespit edilmemiştir.

Acinetobacter baumannii, Acinetobacter calcoaceticus, Acinetobacter lwoffii, Actinobacillus actinomycetemcomitans Serovar c, Actinomyces odontolyticus, Actinomyces viscosus, Bacillus subtilis, Bifidobacterium adolescentis, Bifidobacterium breve, Campylobacter concisus, Campylobacter gracilis, Campylobacter rectus, Candida albicans, Capnocytophaga gingivalis, Capnocytophaga ochracea, Capnocytophaga sputigena, Citrobacter amalonaticus, Citrobacter freundii, Citrobacter freundii, Citrobacter koseri, Citrobacter koseri, Clostridium difficile, Clostridium perfringens, Eikenella corrodens, Enterobacter aerogenes, Enterobacter cloacae, Enterobacter sakazakii, Enterococcus durans, Enterococcus faecali, Enterococcus faecium, Escherichia coli, Eubacterium nodatum , Fusobacterium nucleatum, Gardnerella vaginalis, Hafnia alvei, Kingella denitrificans, Klebsiella oxytoca, Klebsiella pneumoniae, Lactobacillus casei, Lactobacillus crispatus, Lactobacillus gasseri, Lactobacillus iners, Lactobacillus rhamnosus,Lactobacillus vaginalis, Mogibacterium timidum, Morganella morganii, Mycoplama hominis, Mycoplasma buccale, Mycoplasma faucium, Mycoplasma fermentans, Mycoplasma genitalium, Mycoplasma orale, Mycoplasma pirum, Mycoplasma salivrium, Mycoplosma pneumoniae, Neisseria elongata, Neisseria gonorrhoeae, Peptoniphilus asaccharolyticus, Peptostreptococcus anaerobius, Peptostreptococcus micros, Porphyromonas gingivalis, Prevotella intermedia, Prevotella nigrescens, Proteus hauseri, Proteus mirabilis, Proteus vulgaris, Proteus vulgaris, Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas fluorescens, Pseudomonas fluorescens, Pseudomonas putida, Serratia marcescens, Staphylococcus aureus ssp. aureus, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus saprophyticus, Stenotrophomonas maltophilia, Streptococcus agalactiae, Streptococcus constellatus, Streptococcus criceti, Streptococcus cristatus, Streptococcus gordonii, Streptococcus intermedius, Streptococcus mitis, Streptococcus mutans, Streptococcus oralis, Streptococcus parasanguinis, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Streptococcus salivarius, Streptococcus sanguinis, Streptococcus sobrinus, Tannerella forsythensis (önceki: Bacteroides forsythus), Treponema denticola, Ureaplasma uralyticum, Veillonella parvula.

H P V D N A - C h i p

Papill oCheck ^®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

Servikal numunelerde 6, 11, 16, 18, 31, 33, 35, 39, 40, 42, 43, 44/55, 45, 51, 52, 53, 56, 58, 59, 66, 68, 70, 73, 82 insan papillomavirüs tiplerinin genotiplemesine yönelik tanı kiti REF 465 060

Yalnızca profesyonel laboratuar personeli tarafından

in-vitro tanılarda kullanılması içindir Revizyon: BQ-013-06

Nisan 2011

Greiner Bio-One GmbH

Maybachstr. 2 • 72636 Frickenhausen • Almanya Tel: +49 (0) 7022 948-0 • Faks +49 (0) 7022 948-514

IVD

Avusturya'da üretilmiştir

Xn 4°8°

11.2 Tekrarlanabilirlik

Test tekrarlanabilirliğinin değerlendirilmesi için her biri üç farklı HPV referans şablonunun yanı sıra insan genomik DNA'sı içeren beş numune PapilloCheck^®ile analiz edilmiştir. Numunelerde bulunan farklı HPV hedeflerinin kopya numaralarının yanı sıra insan DNA arka planı değiştirilmiştir (bkz.

Tablo 9). PapilloCheck^® ile beş bağımsız kopyada her numune analiz edilmiştir. Kopyalar, üç gün içinde aynı teknisyen tarafından test edilmiştir.

Tablo 9: Numunelerin tekrarlanabilirlik testleri için bileşimi

Numune Kimliği HPV türü Şablon DNA miktarı x-kat tespit sınırı

numune 1 HPV 16

HPV 18

numune 2 HPV 16

HPV 18

numune 3 HPV 16

HPV 18

numune 4 HPV 16

HPV 18

-numune 5 HPV 18

HPV 31

Beş numune ve tekrarlanan her analiz için doğru üç HPV türü tespit edilmiştir ve analiz dahil edilmeyen tür için negatif çıkmıştır. Böylece 75 tek test sonucunun 75'i (5 numune x 5 kopya x kullanılan 4 farklı HPV şablonu) doğru çıkmıştır.

H P V D N A - C h i p

Papill oCheck ^®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

Servikal numunelerde 6, 11, 16, 18, 31, 33, 35, 39, 40, 42, 43, 44/55, 45, 51, 52, 53, 56, 58, 59, 66, 68, 70, 73, 82 insan papillomavirüs tiplerinin genotiplemesine yönelik tanı kiti REF 465 060

IVD

Avusturya'da üretilmiştir4°8°

11.3 Yeniden Üretilebilirlik

PapilloCheck^® test kitinin yeniden üretilebilirliği, HPV konsantrasyonları belirleme sınırına takın 22 klinik numune (bkz. Tablo 10) kullanılarak tespit edilmiştir. Saptama, aynı numune materyali ile, farklı personel tarafından ve farklı laboratuvarlarda farklı aletler ile aynı yöntem kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Tek veya çift enfeksiyonlarda aynı HPV türleri tespit edilmiş ise veya sırasıyla üç veya dört türünde çoklu enfeksiyon halinde iki veya üç aynı HPV türleri tespit edilmişse sonuçlar pozitif numuneler açısından uyumlu olarak değerlendirilmiştir.

Tablo 10: Yeniden üretilebilirlik testlerinin sonuçları

Numune No. Sonuç Laboratuvar 1 Sonuç Laboratuvar 2 Uyum

1 HPV 33 HPV 33 +

2 HPV 35 HPV 35 +

3 negatif negatif +

4 HPV 45 HPV 45 +

5 HPV 51, HPV 52 HPV 51, HPV 52 +

6 HPV 51, HPV 56 HPV 51, HPV 56 +

7 HPV 16, HPV 39, HPV 68 HPV 16, HPV 39, HPV 68, HPV 82 +

8 HPV 39, HPV 68 HPV 39, HPV 68 +

9 HPV 16 HPV 16 +

10 negatif negatif +

11 HPV 56, HPV 44/55 HPV 56, HPV 44/55 +

12 negatif negatif +

13 HPV 11, HPV 18, HPV 56 HPV 11, HPV 18, HPV 56 +

14 HPV 51, HPV 44/55 HPV 51, HPV 44/55 +

15 HPV 53, HPV 58, HPV 43 HPV 53, HPV 58, HPV 68, HPV 43 +

16 negatif negatif +

17 HPV 16 HPV 16 +

18 HPV 16 HPV 16 +

19 HPV 45 HPV 45 +

20 HPV 16 HPV 16 +

21 HPV 53, HPV 58 HPV 53, HPV 58 +

22 HPV31 HPV 31 +

H P V D N A - C h i p

Papill oCheck ^®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

Servikal numunelerde 6, 11, 16, 18, 31, 33, 35, 39, 40, 42, 43, 44/55, 45, 51, 52, 53, 56, 58, 59, 66, 68, 70, 73, 82 insan papillomavirüs tiplerinin genotiplemesine yönelik tanı kiti REF 465 060

Yalnızca profesyonel laboratuar personeli tarafından

in-vitro tanılarda kullanılması içindir Revizyon: BQ-013-06

Nisan 2011

Greiner Bio-One GmbH

Maybachstr. 2 • 72636 Frickenhausen • Almanya Tel: +49 (0) 7022 948-0 • Faks +49 (0) 7022 948-514

IVD

Avusturya'da üretilmiştir

Xn 4°8°

11.4 Dayanıklılık

PapilloCheck^® test sisteminin dayanıklılığını değerlendirmek için aşağıdaki parametrelerin sistem değişiklikleri değerlendirilmiştir:

• Hibridizasyon sıcaklığı

• Hibridizasyon süresi

• Yıkama sıcaklığı

• Yıkama süresi

Tüm testler yüksek şablon konsantrasyonları ile 3 kez gerçekleştirilmiştir (1 ng HPV referans plazmid veya numune başına yaklaşık 200 x 10⁶ kopya). Parametre değerlerinin PapilloCheck^® ile dayanıklı HPV tespitinin mümkün olduğu aralıkları Table 11'de özetlenmiştir.

Tablo 11: PapilloCheck^® Dayanıklılık

Parametre Aralık

Hibridizasyon sıcaklığı 20-25 ºC'de inkübe edilmesiyle Hibridizasyon süresi 13-17 dakikadan

Yıkama sıcaklığı 48-52 °C'de inkübe edilmesiyle 1. yıkama adımı

10-15 saniye

Yıkama süresi 2. yıkama adımı

60-75 saniye

3. yıkama adımı 10-15 saniye

H P V D N A - C h i p

Papill oCheck ^®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

Servikal numunelerde 6, 11, 16, 18, 31, 33, 35, 39, 40, 42, 43, 44/55, 45, 51, 52, 53, 56, 58, 59, 66, 68, 70, 73, 82 insan papillomavirüs tiplerinin genotiplemesine yönelik tanı kiti REF 465 060

IVD

Avusturya'da üretilmiştir4°8°

11.5 PapilloCheck

^®

klinik performans

PapilloCheck^® miktar tayininin klinik hassasiyet ve özgüllük açısından klinik performansını belirlemek için PapilloCheck^® ve GP5+/6+-PCR EIA miktar tayini kullanılarak bir karşılaştırma çalışması gerçekleştirilmiştir. Bu çalışma için normal sitolojili 40 yaş üzeri 1.437 kadından (ortalama yaş, 49 yaş, yaş aralığı 40 ila 60) ve histolojik olarak onaylanmış CIN3+ lezyonlarına sahip (vaka grubu) 192 kadından (ortalama yaş, 34 yaş; yaş aralığı , 30 ila 60) numuneler analiz edilmiştir. Bu çalışmada kullanılan tüm numuneler POBASCAM popülasyon tabanlı randomize kontrollü uygulama çalışmasının müdahale grubundaki kadınlardan başlangıç turu sırasında orijinal olarak toplanmıştır.

PapilloCheck^® analizi GP5+/6+-PCR-EIA ile hedeflenen 14 hrHPV türü ile sınırlandıktan sonra, PapilloCheck^® % 95,8 ≥ CIN3 klinik hassasiyete (184/192; % 95 CI 92,8-98,8) ve % 96,7 ≥ CIN2 klinik özgüllüğe (% 95 CI 95,7-97,7) sahip olmuştur. Bu rakamların karşılaştırıldığında sırasıyla

% 96,4 (185/192; % 95 CI: 93,9-98,9) ve % 97,7 (% 95 CI: 96,9-98,5) olduğu görülmüştür, GP5+6+-PCR-EIA için (bkz. Tablo 5 ve 6).

Tablo 5: PapilloCheck^® (14 hr HPV türü) ve GP5+/6+ PCR-EIA sonuçlarının karşılaştırması kontroller ve vakalar için örneklendirilmiştir.

PapilloCheck^®

(14 hr HPV türü) GP5+/6+-PCR/EIA Toplam

- +

Tablo 6: PapilloCheck^® klinik hassasiyeti ve özgüllüğü ve GP5+/6+-PCR-EIA (14 hr HPV türünden birinin veya daha fazlasının HPV 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 veya 68 sonuçları).

14 hrHPV PapilloCheck^® GP5+/6+

≥ CIN3 için Klinik

Hassasiyet % 95,8 % 96,4

≥ CIN2 için Klinik

Özgüllük % 96,7 % 97,7

H P V D N A - C h i p

Papill oCheck ^®

Kullanım Kılavuzuna Bakınız

Servikal numunelerde 6, 11, 16, 18, 31, 33, 35, 39, 40, 42, 43, 44/55, 45, 51, 52, 53, 56, 58, 59, 66, 68, 70, 73, 82 insan papillomavirüs tiplerinin genotiplemesine yönelik tanı kiti REF 465 060

Yalnızca profesyonel laboratuar personeli tarafından

in-vitro tanılarda kullanılması içindir Revizyon: BQ-013-06

Nisan 2011

Greiner Bio-One GmbH

Maybachstr. 2 • 72636 Frickenhausen • Almanya Tel: +49 (0) 7022 948-0 • Faks +49 (0) 7022 948-514

IVD

Avusturya'da üretilmiştir

Xn 4°8°

PapilloCheck^® ile tespit edilen HPV türlerinin prevalansını değerlendirmek için 881 kadının rahim boynu smear'ları taranmıştır. Tüm rahim boynu numuneleri STM^TM toplama ortamında toplanmıştır (Qiagen, Hilden, Almanya). En yaygını % 19,4 tespit oranı olan HPV 16 olmuştur. Bir sonraki en sık türler HPV 31, HPV 39, HPV 51 ve HPV 52'dir. Tespit edilebilir tüm türlerin prevalansları Tablo 7'de gösterilmektedir.

Tablo 7: PapilloCheck^®

HPV Genotipi Prevalans

PapilloCheck^®

HPV 16 % 19,40

HPV 31 % 14,40

HPV 39 % 9,30

HPV 51 % 9,10

HPV 52 % 7,50

HPV 56 % 7,40

HPV 58 % 6,10

HPV 53 % 6,10

HPV 42 % 5,80

HPV 66 % 5,90

HPV 68 % 5,60

HPV 45 % 4,50

HPV 33 % 4,40

HPV 18 % 4,00

HPV 70 % 4,10

HPV 44/55 % 3,10

HPV 59 % 2,50

HPV 82 % 1,90

HPV 35 % 1,60

HPV 73 % 1,50

HPV 43 % 0,80

HPV 6 % 0,60

HPV 11 % 0,60

HPV 40 % 0,40

K

I

O

R

T

P

R

O

T

O

K

Belgede PapilloCheck. Kullanım Kılavuzuna Bakınız IVD (sayfa 34-41)