Bitki Moleküler Sistamatiği

(1)

Bitki Moleküler Sistamatiği

Moleküler veri çeşitleri?

DNA dizileri

DNA restriksiyon kısımları: RFLPs

Microsatellitler -

DNA bölgeleri /tandem tekrarlar

RAPDs –

Rastgele Amplifiye Edilmiş Polimorfik DNA

AFLPs –

Amplifiye Edilmiş Fragment Uzunluk Polimorfizmi

(2)

Materyal Nasıl Elde Edilir?

Slika da kurutulmuş Dondurulmuş

Canlı

Herbaryum örneği

(3)

A G C T

DNA Dizileri?

Purinler Pirimidinler

(4)

PCR: Polimeraz Zincir Reaksiyonu

solution heated

(5)

DNA Dizileme How does it work?

PCR amplifikasyonuna benzer

Fakat az bir miktar Dideoksinükleotidler

kullanılır (bol miktarda deoksi nükleotilerle birlikte)

Dideoksinükleotidler, bağlandığı yerde polimeraz reaksiyonunu sonlandırır.

Dideoksinükleotidler floresans ile tespit edilir.

DNA parçalarının boyu elektroforez ile tespit

edilir.

(6)

DNA Dizileme

(7)

DNA Dizileme

(8)

Dizi Verisi Tipleri

Chloroplast cpDNA Nuclear nDNA

Mitochondrial mtDNA (not used much

with plants; used w/ animals)

(9)

Kloroplast DNA

(10)

Bazı Kloroplast Kodlayan Genleri:

Gene Location Function

atpB Large single-copy region of chloroplast

Beta subunit of ATP synthethase, which functions in the synthesis of ATP via proton translocation

rbcL Large single-copy region of chloroplast

Large subunit of ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (RUBISCO), which

functions in the initial fixation of carbon dioxide in the dark reactions

matK Large single-copy region of chloroplast

Maturase, which functions in splicing type II introns from RNA transcripts

ndhF Small single-copy region of chloroplast

Subunit of chloroplast NADH dehydrogenase, which functions in converting NADH to NAD + H⁺, driving various reactions of respiration

(11)

Kullanılan Kloroplast genler arası boşluk bölgeleri

(12)

Çekirdek DNAsı: ITS/ETS Dizi Verisi : Alt seviye taksonomik analizlerde kullanılır

(13)

DNA hizalama

Karakter Kodlama

(14)

DNA dizi verisi Değişim Ağırlıklandırması

Step Matrix:

Transisyon: PY <–> PY or PU <–> PU Transversiyon: PY <–> PU or PU <–> PY

(15)

Moleküler Evrim Modelleri

(16)

Restriksiyon kısmı?

Restriksiyon Enzimleri: E.g., EcoR1

(17)

RFLP: Restriksiyon Fragment Uzunluk Polimorfizmi

(18)

(19)

(20)

(21)

Microsatellitler: Tandem nükleotid tekrarları

(22)

RAPD’s:

Rastgele Amplifiye Edilmiş Polimorfik DNA

(23)

Amplifiye Edilmiş Fragment Uzunluk Polimorfizmi

=AFLP’s

(24)

GELECEK: Yeni Nesil Dizileme

DNA fragmentlere parçalanır.

Fragmentler amplifiye edilerek milyonlarca dizi üretilir.

DNA fragmentlerinin amplifiye edilmesi dizilenmesi için çok sayıda teknk

geliştirilmiştir.

(25)

GELECEK: Yeni Nesil Dizileme

Diziler okunur ve üst üste gelen yerler referans

genoma göre hizalanır

(26)

Bitki Moleküler Sistamatiği