DRB1 gen bölgesi

Nagaoka ve ark. (1999) yaptığı bir araştırmada OLA-DRB1 polimorfizmi ile koyun lemfomasına neden olan Bovine Leukemia virüsü (BLV) ile enfeksiyondan sonra hayvanlarda tümör gelişmesi arasındaki ilişki araştırılmıştır. BLV ile enfekte edilmiş ve sağlıklı hayvanlarda EcoR1, SalI, RsaI, HindIII ve SacI kesim enzimleri ile PCR-RFLP analizi ve aynı zamanda DNA dizi analizi yapılmıştır. Dizi analizi sonucunda Arg-Lys amino asitlerinin kodlandığı DRB1 allelleri sağlıklı hayvanlarda % 83.3 oranında lemfomalı hayvanlarda % 37.5 oranında bulunmuştur. Bu allellerin BLV enfeksiyonundan sonra tümör oluşumuna karşı dirençli olabileceği sonucuna varılmıştır. Ser-Arg aminoasitlerini kodlayan DRB1 allelleri ise lemfomalı koyunlarda daha yüksek frekansta bulunmuştur. Sonuç olarak MHC sınıf 2 allellerindeki varyasyonun immun cevaptaki farklılığı yansıttığı sonucuna varılmıştır.

Laxza ve Karrantzar koyunlarında yapılan bir çalışmada SSCP ve DNA dizi analizi yöntemi kullanılarak MHC-DRB bölgesinin 2. ekzonundaki varyasyon incelenmiştir. Sekans analizi sonucunda 6 yeni allel belirlenmiştir. İki ırkta da DRB1*0702 allel frekansının yüksek olduğu bildirilmiştir (Jugo ve Vicario, 2000).

Gutierrez-Espeleta ve ark. (2000)‟nın yaptığı bir çalışmada 11 farklı yerden alınan 206 Kanada koyunu kullanılmış ve SSCP analizi ile MHC polimorfizmi incelenmiştir. Antijen bağlama bölgeleri olan 16 aminoasit pozisyonu için ortalama heterozigotluk 0.389 bulunmuştur. Antijen bağlama bölgesi içermeyen 67 amino asit pozisyonu için heterozigotluk 0.076 bulunmuştur. Bu bulgular bu gende bulunan farklılıkların fonksiyonel faydasının olduğunu göstermiştir.

Konnai ve ark. (2003a)‟nın, Japonya‟da Suffolk ırkı koyunlarda yaptıkları bir araştırmada, bir yaşlı 52 adet koyunda DRB1 lokusunun 2. ekzonunda RsaI, HaeIII, SacI, SacII, DdeI, NciI, Hin1I, EcoRI ve BstNI kesim enzimleri kullanılarak 16 adet ovar DRB1

PCR-RFLP alleli tanımlanmıştır. PCR-RFLP metodunun koyunlarda allel frekanslarını belirlemek için kullanışlı bir metod olduğu belirtilmiştir.

Konnai ve ark. (2003b), Suffolk, Cheviot ve Corriedale ırklarından 97 baş koyunda Ovar-DRB1 gen bölgesinde yaptıkları DNA dizi analizi çalışmasında 18 önceden yayınlanmış allel ve 17 yeni allel tanımlanmıştır. Bu yeni alleller nükleotid ve aminoasit seviyesi bakımından Ovar-DRB1*0101 alleline büyük oranda benzerlik göstermektedir. Yeni allellerin 6‟sı Cheviot ırkında, 11‟i Suffolk ırkında bulunmuştur. Aynı zamanda Suffolk ırkında 15, Cheviot ırkında 6 ve Corriedale ırkında 1 allel bu güne kadar sadece o ırkta tespit edilmiştir. Ovar-DRB1*0702 alleli Suffolk ırkında (%23.9), Ovar-DRB1*0203 alleli Cheviot ırkında (%27.5) ve Ovar-DRB1*0201 alleli ise Corriedale ırkında (%25) en yaygın alleller olarak bulunmuştur.

Gruszczynska ve ark. (2005a), 101 Polonya yabani koyunu ve 99 Polonya evcil koyununda Ovar-DRB1 gen bölgesinde PCR-RFLP analizi yapmışlardır. RsaI enzimi kesimi sonucunda 8 farklı kesim modeli, BsuRI kesimi sonunda 6 farklı kesim modeli ve BstYI kesimi sonrasında 2 farklı kesim modeli elde etmişlerdir. Sonuç olarak Polonya yabani koyunlarında 65 ve evcil koyunlarında 68 farklı haplotip bulmuşlardır. Bunlardan sadece 20 haplotip, iki ırkta da bulunmaktadır. Yine Gruszczynska ve ark. (2005b) başka bir çalışmada aynı hayvanlarda DRB1 gen bölgesinde SSCP analizi yapmışlar ve 27‟si Polonya yabani koyununda 13‟ü evcil koyunda olmak üzere toplamda 33 SSCP modeli bulmuşlardır.

Swiderek ve ark. (2006), Ovar-DRB1 gen bölgesi ile sütte somatik hücre sayısı arasındaki ilişkiyi incelemek amacıyla yaptıkları çalışmada, 24 haftalık Polonya koyunlarında ilk laktasyon süt somatik hücre sayıları kaydedilmiş ve somatik hücre sayısına göre hayvanlar 1 litre sütte 300000 den daha az olanlar sağlıklı, 300000 den fazla olanlar mastitisli olarak gruplandırılmıştır. DRB1 gen bölgesinde mikrosatallit yöntemi ile 8 allel belirlenmiştir. En yüksek somatik hücre sayısı 488 bp ve 508 bp lik mikrosatallit alleline sahip olan koyunların sütlerinde tespit edilmiştir. En düşük somatik hücre sayısı ise 516 bp ve 526 bp lik mikrosatallit alleline sahip olan koyunların sütlerinde tespit edilmiştir. 526 bp allelinin varlığının kanda CD2+, CD8+ ve CD9+ lenfositlerinin miktarının artması ile ilişkili olduğu sonucuna varılmıştır.

Arrieta-Aguirre ve ark. (2006), 187 Latxa ırkı koyunda ovar DRB1‟in 2. ekzonundaki polimorfizmi araştırmak amaçlı PCR-SSCP çalışması yapmışlar ve 19 allel elde etmişlerdir. Bu allellerden 8 tanesi daha önce belirlenmemiş allellerdir. Heterozigotluğun % 91-95 lere

ulaştığı gözlenmiştir. Yeni allel tiplerinden DRB1*14 ün evcil koyunun atasına ışık tuttuğunu öngörülmüştür.

Merinos ırkı 7 koç, 249 koyun ve onların 381 kuzusunda DRB1 intron 2 bölgesinde yapılan bir mikrosatallit çalışmasında 394-857 bp arasında bulunan 16 DRB alleli bulunmuştur. Fertilite özellikleri 411 bp lik allellere sahip hayvanlarda diğer allellere sahip hayvanlara oranla daha yüksek bulunmuştur. 394 ve 857 bp lik allellere sahip hayvanların kuzularının doğum ağırlığı diğer allellere sahip hayvanlara göre 400 g daha yüksek çıkmıştır. Bunun nedeninin bireysel üreme ve büyüme performansını etkileyebilen çeşitli MHC haplotiplerinin farklılığından dolayı olabileceği belirtilmiştir (Gelderman ve ark., 2006).

Kolombiya, Polypay ve Ramboillet ırkından 383 koyunun DRB1 gen bölgesinde yapılan bir DNA dizi çalışmasında DRB*0403 veya DRB1*07012 allellerine sahip hayvanların önemli ölçüde düşük provirüs seviyesi ile ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Fakat çalışılan sürüde bu allellerin yalnızca % 11 seviyesinde bulunduğu gözlenmiştir. Ramboillet koyunlarının 5 ve 6 yaşlı Kolombiya ve Polypay koyunlarına göre muhtemelen daha az provirüs seviyesine sahip oldukları belirtilmiştir (Hermann-Hoesing ve ark., 2008).

Ballingall ve ark. (2008) yaptıkları bir araştırmada, koyunlarda Ovar-DRB1 ekzon 2 gen bölgesinin tüm sekansını belirlemişlerdir. Bu sayede kodlanan, kodlanmayan ve promotor gen bölgelerini analiz etmişler ve 9 yeni allel tanımlanmıştır. Ovar-DRB1*0302 ve Ovar-DRB1*0401 allellerinin koyun türünün evrimleşmesini anlamak için önemli bilgiler sağladığı belirtilmiştir. Benzer şekilde Ballingall ve Tassi (2010) tarafından yapılan bir başka çalışmada 15 farklı ırk ve melezi 214 baş koyunun ovar DRB1 gen bölgesinin 2. ezonunda sekans analizi yapılmıştır. Bu çalışmada 38 Ovar-DRB1 alleli tanımlanmış vehomozigotluk düşük oranda (%7.48) bulunmuştur.

Nikbakht Brujeni ve ark. (2009), 82 İran Shaul koyununun Ovar-DRB1 gen bölgesinde yaptıkları PCR-RFLP analizinde RsaI ve MspI kesim enzimlerini kullanmışlardır. RsaI enzim kesimi sonucunda 8 farklı genotip ve 5 farklı allel ve MspI enzim kesimi sonucunda 5 farklı allel tanımlanmıştır. PCR-RFLP analizi Ovar-DRB1 tiplerinin hızlı tanımlanmasında, heterozigot ve homozigotların hızlı bir şekilde ayrımında kullanılabileceği sonucuna ulaşmışlardır.

Üç farklı yağlı kuyruklu koyun ırkından (Lori-Bakhtiari, Shaul ve Zandi) 179 baş koyunda RsaI kesim enzimi kullanılarak yapılan bir PCR-RFLP çalışmasında Lori-Bakhtiari ırkında 17, Shaul ırkında 12 ve Zandi ırkında 11 farklı genotip tanımlanmıştır. Daha sonra

aynı gen bölgesinde yapılan sekans analizi sonucunda aynı hayvanlarda 7 yeni allel tespit edilmiştir (Nikbakht ve ark., 2011). İran‟da Arap koyunlarının Ovar-DRB1 gen bölgesinde yapılan bir PCR-RFLP çalışmasında, 111 baş koyunun DNA örnekleri kullanılmıştır. RsaI restriksiyon enzimi kesimi sonucunda 18 farklı kesim modeli ve 8 farklı allel tespit edilmiştir. Yapılan analiz sonucunda incelenen populasyonun Hardy-Weinberg genetik dengesinde olduğu tespit edilmiştir (Lotfi ve ark., 2012).