1
T.C. AKDENİZ ÜNİVERSİTESİ PROF DR TUNCER KARPUZOĞLU ORGAN NAKLİ ENSTİTÜSÜ 24 AYLIK PUAN KARŞILIĞI YERİNDE MOLEKÜLER TESTLER HİZMET ALIMI TEKNİK
ŞARTNAMESİ
1- KONU: İhaleye konu olan alım, Akdeniz Üniversitesi Prof Dr Tuncer Karpuzoğlu Organ Nakli Enstitüsü ihtiyacı olan Puan Karşılığı Moleküler Testlerin Yerinde Hizmet Alımı ihalesidir.
2- AMAÇ: Akdeniz Üniversitesi Prof Dr Tuncer Karpuzoğlu Organ Nakli Enstitüsü altında Sağlık,Araştırma ve Uygulama Merkezi(Hastane), Bilimsel Araştırma Hizmetleri ve Tohumculuk ve Tarımsal Biyoteknoloji Araştırma ve Uygulama Merkezi (ATOM)’ verilecek moleküler test hizmetinin organize edilerek yüksek kalite ve standartta hizmet verilmesinin sağlanması, bedel-etkin prensipleri çerçevesinde laboratuvar kapsamlarının belirlenmesi, iş akışı ve çalışma algoritmalarının oluşturulması hedeflenmiştir.
3- TANIMLAR:
3.1. İdare: T.C. Akdeniz Üniversitesi Prof Dr Tuncer Karpuzoğlu Organ Nakli Enstitüsü 3.2. Yüklenici: Söz konusu ihaleyi kazanan firma.
4- İşe başlama-bitiş zamanı ve iş tutarı: Yüklenici sözleşmede imza tarihi ile başlayacak ve 24 ay sürecektir. Puan aşağıdaki tabloda verilmiştir. İdare ihtiyaç duyduğunda testler arası puan dağılımını sözleşme süresi boyunca değiştirme yetkisine sahiptir.
TABLO 1: TOPLAM PUAN LİSTESİ
Test Dağılım Listesi PUAN
Moleküler Testler Puan Karşılığı Yerinde Hizmet Alımı 42.659.753,30
5- Kapsam ve Genel Hükümler:
A.1. GENEL HÜKÜMLER
1. Verilen hizmetlerin hak ediş hesaplamalarında; İdarenin belirlemiş olduğu Bilgi Yönetim Sistemi (BYS) kayıtları esas olacaktır. Her ayın ilk haftası BYS’ye girişi yapılmış ve talebi gelen yerlere panel/test sonucu verilmiş ve onaylanmış girişler için yüklenici vermiş olduğu hizmetleri idaremize puan üzerinden fatura edecektir. Numune kaynaklı, test kaynaklı veya başka nedenle çalışılıp da sonuç alınamayan ve test tekrarı idaremize faturası kesilemez. Ancak; sözleşme bitim tarihindeki ay hak ediş raporu test sonuçlarının sözleşme bitiminden sonra gelmesi durumu söz konusu olduğundan girilen test puanına göre fatura kesilecektir. Moleküler test istemleri gelen birimlerde faturalandırma işlemlerinde varsa SUT kısıtlamaları uygulanacaktır.
2. Kontrol; İdare tarafından oluşturulacak Kontrol Teşkilatı ve Muayene ve Kabul Komisyonu tarafından yapılacaktır.
3. Laboratuvara kurulacak olan cihazlar tablosunda (Tablo: 4 ve 5 ) bulunan sistemlerin ve teklif edilecek olan tüm kit ve panellerin Anafirma/Türkiye Distibütörü tarafından verilen “Yetki Belgesi”
ihale dosyasına sunulmalıdır. Bu cihazlara ait Kitlerin ve Cihazların UBB/ÜTS kaydı olmalıdır.
UBB/ÜTS kaydı olmayan kit ve cihazlar için kapsam dışı belgesi yetkili firma tarafından ihale dosyasına eklenmelidir.
4. Yüklenicinin teklif ettiği cihazlar sözleşme süresi bitiş tarihi itibariyle 10 yaşını geçmeyecektir.
Yüklenici cihazların yaşlarını muayene aşamasında belgeleyecektir.
2
5. Yüklenici, cihazların kurulacağı laboratuvarda montaj için gereken tefrişatı ve düzenlemeleri yapmakla yükümlüdür. Sözleşme süresi içerisinde laboratuvarın nakli söz konusu olursa cihazların ve cihazlara ait diğer ekipmanın taşınması ve yeniden montajı yüklenici tarafından bedelsiz olarak gerçekleştirilmelidir.
6. Laboratuvarda çalışılacak test listeler aşağıdaki tabloda verilmiştir. Tüm testlerin toplamına teklif verilecektir. Kısmi teklif verilemez.
7. Sözleşme süresi içerisinde testlerin çalışılacağı yerde değişiklik yapma hakkı idarenin yetkisindedir.
8. Tüm reaktifler kapalı, orijinal ambalajında olmalıdır. Etiket üzerinde son kullanma tarihi, seri numarası ve saklama koşulları belirtilmelidir.
9. Teklif edilecek sistemlere ait reaktifler ile birlikte her türlü sarf malzemesi (Kurulacak sistemlerin koşum kit ve reaktifleri, DNA-RNA izolasyon kitleri vb. gibi), farklı hacimlerde otomatik pipet setleri, cam pipetleri, kan tüpleri, PCR tüpleri, Özel Streck tüpler, pipet uçları, (kimyasal sarflar,) printer kağıdı ve yazıcı & kartuş gibi sarf malzemeleri idarenin talebi doğrultusunda ücretsiz olarak verilmelidir.
10. Yüklenici tarafından kurulacak olan cihazlar ile birlikte Laboratuvarımız demirbaşında çalışır durumda olan temel cihazlar yüklenicinin kullanımına verilecektir. Yüklenici kullanıma verilen cihazları idarenin belirlediği kapsam dışında kullanamaz. Arızası durumunda tamir edilmesi sağlanacak tamir edilememesi durumunda testlerin aksamaması adına çalışır durumundaki cihaz temini sağlanacaktır. Genetik Laboratuvarımızda bulunan temel laboratuvar cihazlarının (otomatik pipet, kit dolabı sıcaklık ölçerlerin, hassas terazi, su banyosu, vb) kalibrasyonlarının TÜRKAK tarafından akredite olmuş bir kuruluş tarafından yapılmasının sağlanması Yüklenicinin sorumluluğundadır.
11. Sözleşme süresince alınan reaktiflerin miadları, teslim tarihinden itibaren en az 3 (üç) ay miadlı olmalıdır. Teslim edilecek kit, reaktif ve sarflar idarenin talebi doğrultusunda peyderpey teslim edilemelidir. Reaktifler ve kitler son kullanma tarihinden en az 1 (bir) ay öncesinden haber vermek kaydıyla miktarı ne olursa olsun uzun miadlılar ile değiştirilemelidir. Miadı dahilinde bozulan reaktifler yenisi ile değiştirilemelidir.
12. İdare tarafından herhangi bir parametrede güvenilir sonuç alınamadığına ve/veya internal kalite kontrol sonuçlarında ve/veya eksternal kalite kontrol sonuçlarında ve/veya kalibrasyon değerlerinde uygunsuzluk olduğuna karar verilirse, o parametrenin devamlılığı için laboratuvarın uygunluk vereceği bir başka cihaz ve/veya kit ve her türlü sarf malzeme ile yedek parça firma tarafından temin edilmek zorundadır.
13. Her cihaz için Yüklenici firma sözleşme sonrasında bir yönetim dosyası oluşturulacak ve bu dosyada cihaz kullanım kılavuzu ve CD’si, test veya cihaza ait kalibrasyon kayıtları, kalite kontrol sonuçları, cihaz bakım formları, arıza bildirim formları, yüklenici iletişim bilgileri, kullanıcı eğitim sertifikaları tüm bu dokümanların nerede ve nasıl saklandığına yönelik bilgiler yazılı veya elektronik ortamda bulunacak şekilde teslim edilecektir.
14. Laboratuvar uzmanlarının gerekli gördüğü testlerin; doğruluk, tekrarlanabilirlik vb. gibi analitik performans değerlendirme çalışmaları (verifikasyon/validasyon) ve/veya yine laboratuvar uzmanının uygun gördüğü Sağlık Bakanlığınca ruhsatlandırılmış laboratuvarlarla karşılaştırma çalışmaları isteyebilir. Bu çalışmalarda kullanılan kit ve sarf malzemeleri yükleniciler tarafından karşılanmalıdır.
15. Kurum eğitim görevlilerinin yapacağı; gerek eğitim, gerekse araştırma amaçlı olarak planlanan projelerinde gerekli kit, sarf malzeme ve gerekli iş gücünün araştırmayı destekleyen ilgili kurum veya çalışmayı yapan ekip tarafından karşılanması şartı ile ve idarenin oluru ile hizmetin aksatılmadan cihazların projelerde kullanılmasına izin verilmelidir.
16. Cihazlarda çalışılan testlerin kalibrasyonu cihazın prosedüründe öngörülen periyotlarda yapılacaktır.
17. Yüklenici, idarenin belirleyeceği ve mevcut olan eksternal kalite kontrol programına üyeliğini
sağlayacaktır. Eksternal kalite kontrol programı BCR-ABL, FMF, Trombofili, BRCA 1-2, Solid Doku
3
Tümörlerinde Füzyon Testleri ve idarenin talep ettiği en az iki NGS Germline (büyük NGS paneli) kapsamalı program numune çalışma periyodu mevcut olduğu takdirde en fazla ayda bir periyod ile devam etmelidir. Eksternal Kalite kontrol programıyla İlgili numunelerin, doküman ve raporların laboratuvarlara ulaştırılması, program ile ilgili eğitim yüklenicinin sorumluluğundadır. Eksternal kalite kontrol sonuçları laboratuar uzmanlarınca her test için ayrı ayrı değerlendirilecektir. Arka arkaya en fazla 2 (iki) kez kabul edilemez sınırlarda sonuç alınırsa, yüklenici ilgili test/cihaz için düzeltici işlem yapmak ve belgelemek zorundadır. Arka arkaya 3 (üç) kez sapma söz konusu olduğunda durum kontrol komisyonundaki uzmanlar tarafından değerlendirilir ve gerek görülürse ilgili sistem, cihaz, ünite veya kitler laboratuvar uzmanlarının önereceği, sözleşmeye esas teknik şartnameye uygun marka ve modellerle değiştirilmelidir.
18. Belirtilen testlere tahminin ötesinde eksik veya fazla ihtiyaç duyulması halinde bu testler bir diğer test ile değiştirilebilecektir.
19. Yüklenici; cihazların ve sistemlerin (bilgisayar vb.) elektrik kesintilerinden ve voltaj değişikliklerinden etkilenmemesi için cihazlarla birlikte cihazın çalışmasını en az 30 dakikalık süre ile devam ettirecek, regülatör özelliği de olan kesintisiz güç kaynağı bulundurmalıdır. Güç kaynağının bakımının yapılması ve kaydının tutulması sağlanmalıdır. Yüklenici güç kaynağı ile ilgili sorunlarda teknik destek sağlayacak, güç kaynağında arıza meydana gelmesi halinde ilgili teknik servisi ile hızla irtibata geçerek 24 saat içinde arızalı güç kaynağı tamir edilmelidir.
20. Yüklenici cihazları idarenin belirtildiği şekilde monte ederek, kalite kontrol çalışmaları ve rutin denemeleri yapılmış, işler vaziyette teslim etmelidir. Cihazların monte edileceği ortamın cihaz yerleştirilmeden önce cihazın sağlıklı bir şekilde çalışabilmesi için gerekli düzenlemesi (elektrik, su, topraklama hatları ve gereken tezgah gibi alt yapı tesisatı vb.) firma tarafından ücretsiz olarak sağlanmalıdır.
21. Yüklenici, cihazların tüm periyodik bakımlarını zamanında yapmalıdır. Cihazların kesintisiz işlerliğinin sağlanması için periyodik replasmanı gereken parçalar ile herhangi bir arıza halinde (kullanım veya periyodik bakım sırasında veya herhangi bir başka nedenle operatörün sebep olduğu hataların yol açacağı arızalar dahil) onarım ve gerekli orijinal yedek parça temini dahil her türlü teknik destek hizmetini ücretsiz olarak vereceklerdir. Gerek periyodik bakım gerekse arıza nedeni ile teknik servis geldiğinde laboratuvardan ayrılmadan önce teknik servis raporu hazırlamalı, bu teknik servis raporunu birimden sorumlu çalışana imzalattıktan sonra bir nüshasını idareye teslim etmelidir.
Aksi halde bakım yapılmamış ya da arıza giderilmemiş kabul edilecektir.
22. Cihaz arızasına bağlı her türlü kit ve sarf malzemesi kayıplarını yüklenici firma ücretsiz karşılayacaktır
23. Yüklenici kurulumunu yapacağı cihazların Bilgi Yönetim Sistemi (BYS) ile entegrasyonu için ilgili olarak teknik doküman ve bilgisayar, kablo, port, switch, bağlantı fişi vb. gibi donanım desteği sağlamalıdır. Yüklenici BYS entegrasyonunu sağlayacaktır. Kurulan cihazlar için BYS ne tam otomatik bağlanmasına sağlayacak alt yapıyı yükleniciye aittir. BYS ne bağlanamayan cihazlar bu kapsamın dışında tutulacaktır.
24. Yüklenici cihazların optimum koşullarda çalışabilmesi için cihazların bulunduğu alanlarda gerekli ortam ısısı ve nemini sağlayacak klima sistemlerini sağlayacaktır. Ortam ısısı 22±2 º C olmak üzere doğru ısı ve nem değerleri için cihaz orijinal dokümanlarında verilen bilgiler esas alınacaktır.
25. Yüklenici her fatura dönemi çalışılan tüm testlere ait cihaz ham datalarının yedeklenerek idareye teslim edecektir.
26. Cihazların laboratuvarda kullanıldığı süre boyunca, sistemlerin her türlü tamir, bakım ve parça değiştirme işlemleri ücretsiz olarak yükleniciye aittir. Ayrıca sözleşme sonrasında yüklenici ayrıntılı bakım programı dosya olarak idareye teslim etmelidir.
Bakım programı aşağıdaki bilgileri içermelidir;
4
Teknik servis periyodik bakım aralıkları,
Koruyucu bakımda yapılacak işlemler,
Arıza halinde başvurulacak telefon, faks, çağrı, cep telefonu numaraları
27. Cihazı kullanacak personelin eğitimi yüklenici tarafından sağlanmalıdır. Eleman sayısının belirlenmesi ve verilen eğitimin yeterli olup olmadığına idare karar verecektir. Yüklenici ayrıca cihazın Türkçe kullanım kılavuzunu (kitap ve CD) vermelidir.
Eğitimde kullanılan kit, reaktif, kontrol-kalibratör ve diğer sarf malzemesi firma tarafından ücretsiz olarak sağlanmalıdır.
Eğitimde oluşabilecek arıza, kırılma vs. durumlardan kurum sorumlu değildir.
Eğitimi tamamladıktan sonra eğitim alan personele eğitim sertifikası verilmelidir.
28. İhale kapsamında hizmet alınacak testler, 28 takvim gününde sonuçlanmaması durumunda gün başına toplam ihale bedelinin % 0,1 'i kadar ceza uygulanır. Yüklenici teknik şartnamede istenen özellikleri yerine getirilmememi durumunda gün başına toplam ihale bedelinin % 0,1 'i kadar ceza uygulanır. Bu süreler en fazla 10 takvim gününü geçemez, geçmesi durumunda yüklenici yükümlülüklerini yerine getirmemiş sayılır.
29. İhale Kapsamında Çalışılacak Testlere Ait İşlem Puanları: İhale kapsamında hizmet alınacak testlerin işlem puanları aşağıdaki tabloda verilmiştir. İhale kapsamında sonucu verilecek olan testler için; idarenin belirlemiş olduğu işlem puanları baz alınarak faturalandırılacaktır. İdare testlere ait işlem puanlarını değiştirmede, azaltma veya artırma yapabilir.
TABLO 2: Moleküler Tetkikler İşlem Puan Tablosu
İŞLEM ADI İŞLEM PUANI
DNA dizi analizi 1 reaksiyon 142,82 DNA dizi analizi 1-5 reaksiyon 367,28 DNA dizi analizi 1-10 reaksiyon 652,95 DNA dizi analizi 1-15 reaksiyon 1.020,24 DNA dizi analizi 1-20 reaksiyon 1.428,33 DNA dizi analizi 21 ve üzeri reaksiyon 2.244,52
MLPA 244,86
PCR 81,62
PCR Multiplex 204,05
Real time PCR 1 reaksiyon 183,65 Real time PCR 1-5 reaksiyon 285,67 Real time PCR 1-10 reaksiyon 367,28 Real time PCR 11 ve üzeri reaksiyon 448,90 ReverseTranscriptase-PCR 265,27 ReverseTranscriptase PCR Multiplex 448,90
RFLP 1 enzim 91,82
RFLP 2 ve üzeri 163,24 Revers Dot Blot (1-5 mutasyon) 163,24 Revers Dot Blot (1-12 mutasyon için) 204,05 Revers Dot Blot (13 ve üzeri mutasyon için) 244,86 STR analizi (1-5 STR aralığı için) 285,67
5
STR analizi (1-8 STR aralığı için) 367,29 STR analizi (1-16 STR aralığı için) 612,14 STR analizi (17 ve üzeri STR aralığı için) 714,16
Microarray 847,00
Moleküler Karyotipleme 514,25
Trombofili paneli 285,67
FMF/MEFV geni hedef bölge/mutasyon analizi 367,28
B. MOLEKÜLER TESTLER PUAN KARŞILIĞI YERİNDE HİZMET ALIMI TEKNİK ŞARTNAMESİ
1. Yerinde hizmet kapsamında yükleniciye teslim edilecek olan Laboratuvarımız envanterine kayıtlı laboratuvar cihazları listesi aşağıda Tablo 4’de belirtilmiştir. Bu gelişecek her türlü hasar ve arızanın giderilmesinden, giderilemeyecek arızalarda cihazların yenilenmesinden yüklenici sorumludur.
Aşağıda ihtiyaç sayısı yazılan cihazlar aşağıdaki demirbaşımıza kayıtlı cihazlar ile tamamlanabilir.
Ancak aşağıdaki cihazların bozulması ve çalışma sonuçlarına etki edecek şekilde problem çıkarması durumunda yüklenici firma yenisini koymak zorundadır.
TABLO 3: Laboratuvar Envanter Listesi
CİHAZIN ADI CİHAZIN MARKASI CİHAZIN MODELİ ADET
Sogutmalı santrifuj 1
Mikro Santrifüj 2
Mikropipet takımı 3
Falkon Vorteks ?
Konvasiyonel PCR cihazı 1
Vorteks (Karıştırıcı) BİOSAN 1
TABLO 4: Yüklenici Firma Tarafından Kurulacak Olan Genel Laboratuvar Altyapı Cihazları ve Adetleri
Sıra No CİHAZIN ADI ADET
1 Distile Su Cihazı 1
2 Buz Makinesi 1
3 PH Metre 1
4 Mikrosantrifüj 3
6
2. Hizmet alımı yapılacak olan başlıca Moleküler Genetik Tabanlı Testlerin Teknik Özellikleri aşağıda belirtilmiştir. Aşağıda belirtilen Yeni Nesil Sekans, Real Time PCR, DNA Dizi Analizi ve Mikroarray* tabanlı testler ‘Yerinde Puan Karşılığı Moleküler Genetik Hizmeti olarak’ çalışılacaktır.
3. Yüklenici firma bu şartname kapsamında yer alan tüm genetik testlerin çalışılmasını sağlayacak Laboratuvarda bulunan Genel Cihaz/Sistemlere ek olarak aşağıda belirtilen sistemleri Laboratuvara kurmak zorundadır.
a. Otomatik DNA/RNA izolasyon Cihazı
b. Yeni Nesil DNA Dizi Analiz Sistem/Sistemleri c. Real Time PCR Sistem/Sistemleri
d. Sanger Kapiller Elektroforez sistemi e. Mikroarray*
f. Dijital PCR*
*Dış laboratuvar imkanları ile çalışılacak yöntemler
TABLO 5: Moleküler Genetik Testler için Kurulacak olan Cihazlar ve Adetleri
5 Yatay Elektroforez Seti 1
6 Jel görüntüleme Cihazı 1
7 Kesintisiz Güç Kaynağı 2
8 Vakum Sistemi 1
9 Güvenlik Kabini 1
10 Vorteks 5
11 Su Banyosu 1
12 Isıtıcı Blok 2
13 Kuru Isı Bloğu 2
14 Etüv 1
15 Masaüstü santrifüj (50 ml/15ml) 1
16 Nanodrop 1
17 Thermal Cycler 4
18 NGS Sistemine uyumlu DNA-RNA Ölçüm Cihazı (Bioanalyser) ve
Analiz Bilgisyarı 1
19 Manyetik Boncuk Tutucu ve Manyetik karıştırıcı 4 +1
20 Klima 2
21 NGS Sistemine uyumlu Floremetrik DNA-RNA Ölçüm Cihazı 1
22 Analiz Bilgisayarları ve Yazıcıları
Analiz yapacak uzman sayısı kadar + Enstitüdeki yetkili sayısı eklenecek
23 Pipet Seti 6 Set
24 8 kanallı pipet 3 set
25 Hassas Terazi 1
Sıra No CİHAZIN ADI ADET
1 Real Time PCR Sistemi 1 adet Moleküler Testler + 1 adet HPV
2 DNA/RNA Otomatik İzolasyon Sistemi 1 adet en az 24’lük
3 Yeni Nesil Sekans Sistemi 1 adet
4 Kapiller Elektroforez sistemi 2 adet 8 kapillerli veya 1 adet 16 kapillerli
5 Mikroarray* ve dPCR* -
7
D. YENİ NESİL DİZİLEME SİSTEMİNDE ÇALIŞILACAK TESTLER
1. Panel halinde çalışılan genetik testler, aşağıda örnek listede Tablo 6’da belirtilen genleri içermelidir. Panel içeriğindeki genler literatür verilerine göre güncellenirken, Laboratuvar Sorumlusunun talebi ve onayı ile yüklenici firma, panellerin kapsamını genişletmekle yükümlüdür.
Aynı hastalığa ait paneller Merkez Sorumlu onayı ile birleştirilerek çalışılabilir.
2. Yüklenici tarafından; ‘Tablo 6: Yeni Nesil Dizileme Panelleri ve Genler’ başlığı altında belirtilen Panellerin hangi sistem, kit ve biyoinformatik çözüm ile karşılayacağına dair listeyi ihale dosyasında sunmalıdır.
3. Tablo 6’da çalışılması planlanan gen panelleri verilmiştir. Klinik talep üzerine idare farklı gen panellerinin oluşturulmasını ya da diğer gen bölgeleri dizilenmesini talep edebilir.
4. Aynı hastalığa ait paneller Merkez Sorumlu onayı ile birleştirilerek çalışılabilir.
5. Yüklenici firma Tablo 6’da belirtilen hastalığa ait Panel testlerin içeriğindeki genlerin amplikon sayısı veya hedef bölge uzunluğunun belirtildiği excel listesini ve panellere ait kullanım klavuzlarını ihale dosyasına eklenmelidir.
6. Yeni Nesil DNA dizileme testlerinde sonuç süresi en fazla 4-6 hafta olmalıdır.
7. İstekli firma Tablo 6’da belirtilen hastalıklara ait sunduğu panel çözümlerinde; panellerde yer alan genleri sağlanmalıdır.
8. Aşağıda sıralanmış Tablo 6’da Somatik Panellerde;
A. uMBC (Unique Molecular Barcode) teknolojisi kullanmalı, her bir DNA molekülünü amplifikasyon öncesi benzersiz bir barkod ile etiketleyerek, PCR hatalarını minimuma indirerek çalışmalıdır. Kullanılacak analiz programı da uMBC teknolojisini analize adapte ederek, PCR hatalarından kaynaklanan varyasyonları tespit edebilmeli ve bu hataları analizde elimine edebilmelidir.
B. Solid tümör kitleri hem taze doku hem de formalin fikse parafine gömülü dokudan çalışabilmelidir. Likit biyopsi örneklerinde ise kanda serbest dolaşan DNA izolasyonu sonrası çalışılabilmelidir.
C. Kitler ile birlikte tüm gerekli DNA, RNA, ctDNA izolasyon kitleri, reaktif, sarf, kalite kontrol reaktifleri ve yazılımlar sağlanmalıdır.
D. Solid tümörden çalışılabilen en az bir kit ile NCCN yönetmeliklerinde tanı ve tedavi açısından önem taşıyan ERBB2, MDM2, CDK4, KIT, EGFR, PDGFRA, MYC ve FGFR amplifikasyonları tespit edilebilmelidir.
E. Sağlanan solid tümör kitlerinden en az biri ile agnostik markerlardan biri olan NTRK 1-2-3 füzyonlarını RNA’dan tespit edilebilmelidir.
F. Füzyon panelleri RNA temelli çalışmalıdır. Kullanılan üniversal primerler sayesinde genlerin tüm bilinen ve bilinmeyen füzyon partnerleri tespit edilebilmelidir.
G. Somatik Kitler 10ng kadar başlangıç materyali ile çalışabilmelidir. Böylelikle az materyal elde edilen numunelerde de yeni nesil dizileme çalışma imkanı olabilmelidir.
9. Tablo 6’da Likit Biyopsi Paneli;
A. Kit ctDNA ile çalışmaya uygun olmalıdır.
B. Kit %1’den düşük varyant fraksiyonlarını tespit edebilmelidir.
C. Plazmadan ctDNA izloasyonu için kan alımında kullanılacak tüpler firma tarafından sağlanmalıdır.
10. Tablo 6’da Kolonalite Paneli;
A. T Hücre Klonalite Testi
1. Kit, T hücresi beta/gamma ve/veya alfa/delta zincirlerini yeni nesil dizileme yöntemiyle sekanslamalıdır. Kit klonotip tanımlamama ve frekans raporlama amaçlı kullanılabilmeli, nadir klonları yüksek hassasiyetle tespit edebilmelidir.
2. Kit Periferik Kan Mononükleer Hücre, FFPE ve taze doku ile çalışmaya uygun olmalıdır.
3. MRD Kitleri en az 25ng ve en fazla 50ng kadar başlangıç materyali ile çalışabilmelidir.
8 B. B Hücre Klonalite Testi
1. Kit, B hücresinin en az IGH zincirini içerecek şekilde IGK/L zincirlerini de içerebilecek yeni nesil dizileme yöntemiyle sekanslamalıdır.
2. Kit Fc bölgesindeki izotipleri veya CDR3 alt sınıfları/stereotipleri ve değişken bölgelerdeki somatik hipermutasyonları tanımlayabilmelidir.
3. Kit klonotip tanımlamama ve frekans raporlama amaçlı kullanılabilmeli, nadir klonları yüksek hassasiyetle tespit edebilmelidir.
4. Kit Periferik Kan Mononükleer Hücre, FFPE ve taze doku ile çalışmaya uygun olmalıdır.
5. MRD Kitleri en az 25ng ve en fazla 50ng kadar başlangıç materyali ile çalışabilmelidir.
TABLO 6: Yeni Nesil Dizileme Panelleri ve Genler (Ekte)
C. YENİ NESİL DİZİLEME SİSTEMİ TEKNİK ŞARTNAMESİ
1. Yüklenici firma Laboratuvara 2 adet Yeni Nesil Dizileme sistemi kurmalıdır. Kurulacak sistemler aşağıdaki teknik özelliklere sahip olmalıdır.
2. Bu sistemlerin çalışma prensibi akım hücresi içerisinde solid bir yüzeye sabitlenmiş olan primerlere bağlanan PCR ürünleri üzerinden sentezlerken dizileme yöntemine dayanmalıdır.
3. Cihazlardan biri büyük gen panelleri çalışmaya uyumlu olarak tasarlamış olmalı ve en az 120 Gb data verebilmelidir.
4. Kurulacak ikinci sistem Tek gen ve/veya daha küçük gen panellerini verimli çalışacak şekilde dizayn edilmişmiş olmalı, en az 7,5 Gb data verebilmelidir.
5. Dizileme sistemi, iş yükü artışı ve hataya eğilim yarattığından Emülsiyon PCR aşamasına ihtiyaç duymamalıdır.
6. İş akış Süreci DNA izolasyonundan datanın alınması dahil en fazla 5 günde tamamlanabilmelidir ve kütüphane hazırlama aşamasından sonra örnekler direkt olarak dizileme cihazına yüklenebilmeli başka işlemler için mesai harcanmamalıdır.
7. Çalışma esnasında iyi okuma alınamayan örneklerin tekrarı ücretsiz olarak yapılacaktır. Sanger konfirmasyon testleri için gerekli mazlemeler firma tarafından ücretsiz olarak sağlanacaktır.
8. Yüklenici firma sistem arızası olması durumunda 72 saat içerisinde ya kendi cihazı/laboratuvarı ile ya da yeni getireceği bir cihaz ile moleküler sorumlusunun uygun gorduğu şekilde birimimize çözüm sunacaktır. Yüklenici firma tarafından sağlanan tüm teknik servis hizmetleri belgelenecektir.
C.1. NGS İÇİN BİOİNFORMATİK ANALİZ TEKNİK ŞARTNAMESİ;
a. Yüklenici, yeni nesil dizileme kitleri ile birlikte, veri analizini kolaylaştırmak için en az aşağıdaki özellikleri sağlayabilen biyoinformatik analiz yazılım programı, bu programlara uygun 6 adet bilgisayar ile yazıcıyı bedelsiz olarak raporlama yapacak merkezimize temin etmekle yükümlüdür.
b. Yeni nesil dizileme sisteminden alınan veri dosyası üzerinde herhangi bir müdahale gerektirmeden direkt olarak yazılıma yüklenebiliyor olması gerekmektedir. Yeni nesil dizi analizinden elde edilen verilerin depolanması amacıyla ihtiyaç duyulan boyutta harici hard disk/diskleri yüklenici tarafından sağlanmalıdır.
c. Teklif edilen Entegre Biyoinformatik Yazılım, 6698 nolu kişisel verilerin korunması kanunu veya ISO 27001 Avrupa Genel Veri Güvenliği Regülasyonu kapsamında genetik bilgi güvenliğini sağlayacak gerekli standartlara sahip olmalıdır. Yazılımın bağlı olacağı server Türkiye’de kurulmuş olmalıdır.
Biyoinformatik datalar Genetik Hastalıkları Değerlendirme Merkezi sorumlusunun uygun gördüğü
kişilerin erişimine açık olmalıdır. 6698 no’lu KVKK kapsamında ve resmi gazetede yayınlanan bilgi
iletişim güvenliği tedbirleri 30823 sayılı genelgesine göre sözleşme süresi içerisinde mevzuatta
9
değişiklik veya güncelleme olması durumu göz önünde bulundurularak yüklenici mevzuatta belirtilen süre içerisinde gerekli düzenlemeyi yapmakla yükümlüdür.
d. Laboratuara kurulacak olan Yeni Nesil Dizi Analizi cihazları ile beraber verilecek tüm yazılım ve analiz programları ile ilgili uygulama ve teknik desteği, kendi bünyesinde veya program üreticisinin bünyesinde çalışan, yeterli ve yetkin personeli ile ücretsiz olarak sağlayacaktır. Yeni nesil dizileme sisteminde veri analizini kolaylaştırmak için yazılım programı, hasta analizleri ve raporlama için uygun olmalıdır. Standart bioinformatik dosya formatlarını (FASTQ, BCL, VCF, BAM, BAI, BED, GFF vb) kullanabilmelidir. Varyant fraksiyonunu, homozigot/heterozigot durumunu veya yüzde olarak belirlemelidir. Yazılım klinik ekzom ve tüm ekzom sekanslama veri analizi ve değerlendirmesi için fenotipe özgü varyant filtrelendirmesini içermelidir.
e. Tüm paneller hazır pipeline analiz programı ile verilmelidir.
f. Yüklenici firma hasta analizlerinin hızlı yapılabilmesi için; NGS Analiz çalışmaları sonunda “Sonuç Özeti” teslim etmelidir. Bu teslim edilecek sonuç özeti, dünyaca kabul görmüş Amerikan Tıbbi Genetik Derneğini tarafından 2015’de yayınlanan varyant sınıflandırma kriterlerine göre analiz edilmesine imkân sağlamalı ve bir varyantın patojenite sınıfını belirlemek için gereken kanıtların en az 14 tanesini otomatik olarak toplayabilen bir yazılım da sağlanması gerekmektedir. Bu Analiz Özeti İhale dosyasında örnek bir rapor halinde Demo maddelerinde belirtilen testler için sunulmalıdır.
Ayrıca Yapılacak olan Demo sonucunda kurumumuza cihaz datası ile birlikte demo sonuçları bu rapor formatı ile teslim edilmelidir. Bu rapor formatı ile teslim etmeyen firmaların demo sonucu geçersiz sayılacaktır. (*Madde C.2. Demostrasyon).
g. Kurulacak olan Biyoinformatik Analiz Programı için; Yüklenici firma ihaleye teklif edeceği bioinformatik programının veri güvenliği ile ilgili ISO 27001 sertifikasını ihale dosyasına idareye sunmalıdır.
h. Dizi analizi sonucu elde edilen ham verilerden data analizi, biyoenformatik analiz yazılımında otomatik olarak yapılmalı ve varyantlar otomatik olarak belirlenmelidir. Varyantlarla alakalı aşağıdaki bilgiler görsellenebilmelidir:
a. Zigosite
b. Kromozomal pozisyon c. Transcript üzerindeki etkisi d. Somatik patojenisite hesaplaması
e. Sekans ontolojisi bilgileri (frameshift, missense vb.) f. dbSNP numarası
g. Clinvar kayıtları
h. Gen sembolü ve gen sembolü ile alakalı bağlantılar
i. Teklif edilen biyoenformatik yazılımı, varyant simülatör araçları (Predicted Biochemical Impact) olarak minimumda “PolyPhen / SIFT / Mutation Taster veya DANN Revel / MetalR”
destekleyebilmelidir.
j. Teklif edilen biyoenformatik yazılımı, varyant ile ilgili popülasyon analizi için ‘’ ExAC / ESP / 1000
Genomes / Gnomad’’ kullanmalı ve bu bilgi bankalarındaki tüm veriler (etnik gruplara göre allel
dağılımı / varyantın ne kadarının Homozigot olduğu / Frekansı) sunulmalıdır.
10
k. Verilecek olan yazılıma ek olarak 1 kullanıcılı HGMD Profesyonel Lisansı veya Alamut Lisansı Genetik Uzmanlarına yüklenici firma tarafından ücretsiz sağlanmalıdır.
C.2. DEMOSTRASYON:
İhaleyi alan firma cihaz, kit ve yazılımlarını idarenin belirlemiş olduğu sorumlularının ve uzmanların onayına sunacaktır. Laboratuvarda ilk defa kullanılacak sistem veya kitlerde 20 iş günü içerisinde kurumumuzun ilgili laboratuvar koşullarındaki veya idarenin uygun gördüğü taktirde kitlerin rutin olarak çalışıldığı ruhsatlı merkezde performansı değerlendirilecektir. Performans analizi için gerekli tüm kit, sarf malzeme, ek donanım ve yazılım yüklenici firma tarafından karşılanacaktır.
İhale komisyonunca seçilip tutanak altına alınmış gerçek hasta örnekleri DNA veya kan/doku olarak ihale komisyonu tarafından yine tutanakla teslim edilecektir. Demo için yer bildirimi firmalara tebliğ edildikten sonraki 20 gün içinde kurulumlar yapılacak ve en geç 20 gün sonrasında da tüm sonuçlar şartnamede istenen formatta kapalı bir zarfta ihale Komisyonu’na teslim edilecektir. İhale Komisyonu demo sürecini ve sonuçları denetlemek üzere teknik üye görevlendirmesi yapabilecektir. Bu komisyon demo sonuçlarını rapor halinde tutanak altına alıp ihale komisyonuna sunacaktır. İhale komisyonu değerlendirmeyi bu demo sonuçlarıyla birlikte yapacaktır. Firmalar bu demoyu yapacaklarına dair taahhütnameyi ihale dosyasında sunacaklardır.
Değerlendirme sırasında çalışılacak olan testler ve değerlendirme kriterleri aşağıdaki gibi olacaktır:
1- 8 adet Herediter Meme/ Kolon / Over Kanser örneği;
a. Sonuçlar sadece yeni nesil dizileme kullanılarak teslim edilecektir.
b. SNV/ in-del / CNV sonuçları şartnamede tasvir edilen otomatik analiz yazılımı kapsamında özet olarak bildirilecek ve ACMG standartlarına göre sınıflandırmaları ve varyant açıklamaları yer alacaktır.
c. 8 örnek için de tüm genlerin kodlayan bölgeleri en az 35x kapsam ile dizilenmiş olması beklenmektedir. Tüm bölgelerde 35x elde etmek için fazla dizileme yapılması gerekiyorsa demo sırasında bu ortaya koyulmalı ve ihale sürecinde tüm çalışmalar bu derinlikte dizileme ile yapılmalıdır.
d. Dizileme sonucu şartnamede belirtilen tüm genlerin kodlayan bölgelerinin %100’ünü kapsamalıdır.
2- Nadir Genetik Hastalıklar- 8 Örnek Çalışması;
46, XY DSD Paneli (Panel No: 58)
Ağır Kombine İmmün yetmezlik Paneli (Panel No: 87)
Epileptik Ensefalopati ve/veya Infantil Spazmlar (Panel No:27)
Nefropati Paneli (Panel No: 59)
a. Sonuçlar sadece yeni nesil dizileme kullanılarak teslim edilecektir.
b. SNV/ in-del / CNV sonuçları şartnamede tasvir edilen otomatik analiz yazılımı kapsamında özet olarak bildirilecek ve ACMG standartlarına göre sınıflandırmaları ve varyant açıklamaları yer alacaktır.
c. Dizileme sonucu belirtilen tüm genlerin kodlayan bölgelerini >%90 kapsamalıdır.
11
3- 1 adet likit biyopsi, 1 adet RNA Füzyon Referans Panel çalışması;
a. Sonuçlar sadece yeni nesil dizileme kullanılarak teslim edilecektir.
b. Likit Biyopsi ve RNA Füzyon paneli için alel frekansı, konsantrasyonu ve varyant listesi bilinen sentetik bir referans materyali ile bir geçerlilik çalışması yapılacaktır.
c. Referans panel geçerlilik çalışması için gerekli tüm kit ve sarf malzemeler yüklenici tarafından ücretsiz karşılanacaktır.
4- Klonalite Paneli Çalışması(4 örnek);
2 Örnek - T Hücre Klonalite Testi
Çalışılacak örneklerde, T hücresi beta/gamma ve/veya alfa/delta zincirleri yeni nesil dizileme yöntemiyle sekanslanmalıdır.
2 Örnek - B Hücre Klonalite Testi
Çalışılacak örneklerde, B hücresi en az IGH zincirini içerecek şekilde IGK/L zincirlerini de içerebilecek yeni nesil dizileme yöntemiyle sekanslamalıdır. Fc bölgesindeki izotipleri veya CDR3 alt sınıfları/stereotipleri ve değişken bölgelerdeki somatik hipermutasyonları sekanslamalıdır.
5- Solid Tumor Paneli 2 Örnek
Sonuçlar sadece yeni nesil dizileme kullanılarak teslim edilecektir.
MSI High verilen raporda gösterilmelidir.
MSI Low verilen raporda gösterilmelidir.
6-Dd-cfDNA ile Solid Organ Rejeksiyonu** 2 Örnek
Teknik şartnamedeki tüm özellikleri sağlamalıdır.
**Test menüsünde bu testi bulundurmayan firmalar, farklı marka teklif edebilirler.
Geçerlilik çalışmaları için kullanılacak olan referans panel kurumun belirttiği firmadan temin edilmeli ve çalışma için gerekli tüm kit ve sarf malzemeler firma tarafından ücretsiz karşılanmalıdır. Diğer tüm klinik örnekler uzmanlar tarafından sağlanacaktır.
C.3. OTOMATİK İZOLASYON SİSTEMİ TEKNİK ŞARTNAMESİ
1. Cihaz bir çalışmada en az 24 örnekten nükleik asit ekstrakte edebilmelidir.
2. İzolasyon için gerekli tüm reaktifler kullanıma hazır bulunmalıdır.
3. Kitler, izolasyon için gerekli olan sarf malzemeleri (pipet uçları, tüpler vb.) içermelidir.
4. Örneklerin hazırlanma aşamasından sonra, cihaza yüklenmesinden, pürifiye nükleik asitlerin toplanmasına kadar geçen sürede manuel hiçbir aşama bulunmamalıdır.
5. Tam kan, kemik iliği, lökosit, kültür hücreleri, amnion sıvısı, CVS materyali, taze tümör dokusu, biyopsi, parafin blok kesiti, serum, plazmadan DNA/RNA izole edilebilmelidir.
6. İhtiyaç halinde merkez sorumlusu/yetkilisinin talebi ile cihaz kapasitesi artırılmalı veya ek cihaz
kurulmalıdır.
12
C.4. REAL TIME PCR SİSTEMİ TEKNİK ÖZELLİKLERİ VE ÇALIŞILACAK TESTLER
a. Sistem, polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile mutlak kantitasyon veya rölatif kantitasyon işlemlerini aynı anda yapabilen bir cihaz olmalıdır.
b. Sistem ile Real-Time PCR verilerini ve grafiklerini anlık olarak görüntüleyebilmelidir.
c. Sistemde yer alan blok, en az 96 kuyucuklu 0,2 ml plate, 0,2 ml’lik tüp, 8’li strip 0,2 ml veya 96 kuyucuklu 0,1 ml plate, 0,1 ml’lik tüp, 8’li strip 0,1 ml ile çalışmaya uygun olmalıdır ya da 72’lik rotor özelliklerinde olmalıdır.
d. Sistemde eksitasyon için LED ışık kaynağı kullanılmalı uzun lamba ömrü sağlanmalıdır.
e. Sistem emisyon için en az 4 filtre sistemi kullanılmalıdır. Bu sayede tek bir kuyucukta en az 4 farklı parametre bakılmasına imkân sağlamalıdır. Ayrıca kullanıcı ihtiyaç duyması durumunda filtrelere uygun olması şartıyla farklı boyaları da sisteme kalibre ederek çalışabilmelidir.
f. Sistem ile hidroliz probu ve SYBR Green boyalarıyla çalışma uygun olmalıdır.
g. Sistem peltier tabanlı bir ısınma soğutma sistemine sahip olmalıdır veya kuru hava ısıtma soğutma sistemine sahip olmalıdır.
h. Cihazda erime eğrisi (melting curve) analizi yapılarak özgün PCR ürünleri ve yan ürünler ayrımlanabilmelidir.
Çalışılacak Onkoloji RT-PCR Testleri (KRAS-BRAF-EGFR-NRAS) Genel Özellikler;
1. Teklif edilen cihaz ve mutasyon kitleri Real Time PCR teknolojisine uygun olmalı ve Sağlık Bakanlığından Onaylıdır" ibaresinin bulunduğu UBB kaydı dokümanı bulunmalıdır.
2. Teklif edilecek cihaz ve mutasyon kitleri ile valide edilmiş olup vücut dışı tanı amaçlı çalışmalar için CE- IVD belgesine sahip olmalıdır.
3. Tüm mutasyon testleri firmanın sistemle birlikte vereceği bir yazılım sayesinde kullanıcı onayı ile veya otomatik olarak raporlanabilmelidir. Üretilen çıktı/rapor; tarih, numune ID'si, QC kontrolleri ve test sonuçlarını içermelidir.
4. Tüm mutasyon kitleri kullanıma hazır, kit formatında olmalıdır.
5. Tüm mutasyon kitleri için kullanılacak olan DNA İzolasyon kiti ortak veya teklif edilen mutasyon kiti ile valide olmalıdır.
6. Mutasyon tespiti için gerekli DNA miktarı 5 um'lik FFPE doku kesitlerinden elde edilebilmeli ve sistem ile boyanmış doku kesitlerinden de çalışılabilmelidir.
7. Tüm mutasyon kitleri için izolasyon dahil mesai saatleri içerisinde (8 saat) şonuç verilebilmesi gerekmektedir.
Kras Mutasyon Kiti;
Sistemde kullanılmak üzere optimize edilmiş KRAS mutasyon kiti ( Kras kodon 12,13, 59, 61,117 ve 146'da minimum 19 mutasyon tespit edebilmelidir.
NRAS Mutasyon Kiti;
Sistemde kullanılmak üzere optimize edilmiş Nras mutasyon kiti ekzon 2,3 ve 4 ‘de (kodon 12,13,59,61,117 ve 146 olmak üzere) minimum toplam 16 mutasyon tespit edebilmelidir.
EGFR Mutasyon Kiti;
Sistemde kullanılmak üzere optimize edilmiş EGFR mutasyon kiti exon 18,19,20 ve 21’de en az 29 mutasyon tarayabilmelidir.
BRAF Mutasyon Kiti;
Sistemde kullanılmak üzere optimize edilmiş BRAF mutasyon kiti ile BRAF V600E, K ve D
mutasyonlarını spesifik olarak tarayabilmelidir.
13
TABLO 7: RTPCR DA ÇALIŞILACAK DİĞER TESTLER;
***FLT3 D835Y
mutasyonu isteğe göre
konvensiyonel PCR yöntemi
ile de tespit edilebilinir.
C.5: Kapiller
SIRA NO
DİZİ ANALİZİ TESTLERİ HASTA
SAYISI
TOPLAM PUAN 1 TROMBOFİLİ 6 LI
(FII,FVL,MTHFR677,MTHFR1298,PAI,FXIII) PANEL MUTASYON ANALİZİ
1200 342.804,00
2 ANKİLOZAN SPONDİLİT YAT. ALLELLERİ (HLA-B27) 40 11.426,80 3 Behçet Hastalığı Yatkınlık (HLAb51) 40 11.426,80 4 Somatik Mutasyon Analiz Kiti
(kan, plazma/serum, idrar,BOS, vb. örneklerde çalışmak üzere)
100 44.889,90
5 ÇÖLYAK 40 11.426,80
6 MPL W515 (en az MPL K/L içerecek şekilde A/L/K/R
mutasyonları) 30 8.570,10
30 13.466,97
7 NPM1 MUTASYONU 100 28.567,00
100 44.889,90
8 BCR-ABL1 (p190, p210, p230) Screening 200 89.779,80
200 73.455,80
200 57.134,00
9 Kantitatif t(9;22) Füzyon Geni p210 Transkripti 700 199.969,00
700 314.229,30
10 Kantitatif t(9;22) Füzyon Geni p190 Transkripti 100 28.567,00
100 44.889,90
11 BCR-ABL1 p230(μbcr) 5 2.244,50
5 1.428,35
12 Kantitatif inv16 (CBFB.MYH11) 50 14.283,50
50 22.444,95
13 Kantitatif t(1;19) Transkripti 50 14.283,50
50 22.444,95
14 Kantitatif t(12;21) Transkripti 50 14.283,50
50 22.444,95
15 Kantitatif t(15;17) PML-RARa Füzyon Geni 50 14.283,50
50 22.444,95
50 13.263,25
16 Kantitatif t(4;11) Transkripti 20 5.713,40
20 8.977,98
17 Kantitatif t(8;21) Transkripti 50 14.283,50
50 22.444,95
50 14.283,50
18 FLT3 D835Y MUTASYON ANALİZİ*** 100 28.567,00
100 28.567,00
19 c-KIT D816V MUTASYON ANALİZİ 5 1.428,35
5 1.836,40
5 1.836,40
20 SOMATİK MUTASYON ANALİZİ 700 199.969,00
700 257.095,30
TOPLAM 2.074.345,75
14 Elektroforez sistemi teknik özellikleri ve Çalışılacak Testler
a. Sistem, DNA sekanslama, STR analizleri, Linkage ve mutasyon analizlerini bilgisayar kontrollü olarak, tam otomatik yapmalıdır.
b. Sistem, 1x16 kapillere veya 2x8 kapillere sahip olmalı DNA analizlerini kapiller elektroforez yöntemini kullanarak yapmalıdır.
c. Yüklenici, 1x16 kapillere veya 2x8 kapillere sahip cihazları laboratuvara kurmalıdır.
d. Sistem, bir defada en az 96 adet 0.2 ml tüp veya plate yüklenmesine olanak tanımalıdır.
e. Sistemde, aynı anda hem sekans hem de fragman analizlerini yapabilmek için tek tip polimer kullanmalıdır.
f. Sistem en az 4 boya artı bir de fragman analizi uygulamaları için otomatik analiz sağlayan en az bir boyayı aynı anda okuyabilen özellikte kimyasalı kullanmalıdır.
g. Sistem, örnek injeksiyonu, elektroforez, multi renk tayini ve data analizini tamamen otomatik olarak yapabilmelidir.
h. Sistemin aynı anda beş renk artı bir standard boya tayini özelliği ile örnek ve standartlar aynı kuyuda yürütülebilmeli ve haritalama, linkage ve diğer uygulamalar yapılabilmelidir
i. Sistem, toplanan bilgileri, uygulamanın şekline göre seçilen farklı programlarla analiz edebilmelidir. Sistem, fragman ve sekans analizi için gerekli programları içermelidir.
TABLO 8:
C.5.1: Kapiller Elektroforez Testleri Tablosu:
SIRA NO
DİZİ ANALİZİ TESTLERİ HASTA
SAYISI
TOPLAM PUAN 1 BETA TALASEMİ/HBB ANALİZİ TESTİ 120 24.486 2 ALFA TALASEMİ/HBA ANALİZİ TESTİ 100 24.486
3 TTR 25 9.182
4 HFE 20 7.346
5 JAK2-EKZON12 500 55.092
6 NPM1 100 3.673
7 MLPA - SMA 100 24.486 8 MLPA - BRCA1 70 17.140 9 MLPA - BRCA2 70 17.140 10 MLPA - CFTR 45 11.019 11 MLPA - CAH 10 2.449 12 MLPA - PRADER WILLIE ANGELMAN 10 2.449 13 MLPA - MECP2 10 2.449 14 FRAJİL X ANALİZ TESTİ 300 183.642 15 Y KROMOZOMU DELESYONU TESTİ 90 55.093 16 DNA KİMLİKLENDİRME TESTİ 120 73.457 17 QF-PCR TESTİ 150 91.821 18 KİMERİZM ANALİZ TESTİ 300 183.642
19 MEFV 800 240.000
20 B LENFOSİT (IG AĞIR-HAFİF ZİNCİR) KLONALİTESİ 30 18.364
30 6.122
21 T LENFOSİT (TCR) KLONALİTESİ 50 30.607
500 102.025
22 CALR-EKZON9 100 36.728 23 NGS DOĞRULAMALARI 300 110.184 TOPLAM 1.700 1.333.082
15 TABLO 9:
E. DİĞER EK MOLEKÜLER TESTLER TESTLER TEKNİK ŞARTNAMESİ:
SIRA NO
TEST AÇIKLAMA KODLAMA
SAYISI
HASTA SAYISI
TOPLAM PUAN
1 NIPT 1 10 295.868,00
2 Microarray 1. Tek bir Mikroarray şu ana kadar tanımlanmış en az 290.000 adet prob/marker ile %99 doğrulukla tüm genom kapsamında tarama yapabilmelidir.
2. Mikroarray içerisinde 25 ila 75 mer’lik oligonükleotidler içeren problar bulunup,
mikroarray ile tüm genom boyunca subtelomerik ve perisentromerik bölgeler dahil mikrodelesyon ve mikroamplifikasyon, insersiyonlar, tam dengeli olmayan translokasyonlar, UPD, LOH, ebeveyn etkisi, genotip ve mozaiklik tespit edilebilmeli, 5MB ve üzeri LOH/AOH tespiti yapabilmelidir.
3. Mikroarray tekrarlanabilirlik oranı en az %99,9 olmalıdır.
4. Sistem Genomic Hibridizasyon (CGH) veya SNP, Genotiplendirme, DNA metilasyon analizi yapabilme özelliğine sahip olmalıdır.
5. Yüklenici firma ile görüşülerek, toplam Mikroarray için verilen test sayısını
değiştirmeyecek şekilde, firmanın elinde bulunan çözünürlüğü daha yüksek olan kitlerle en fazla test sayısının %20 sini çalışacaktır. Buna göre Prenatal Tanılarda ve Uzmanların istediği hastalarda yüksek çözünürlüklü çipler kullanılmalıdır.
1 350 296.450,00
3 BCR ABL
Derin Moleküler Tanı
Kit hassasiyeti en az 6 log olmalıdır ve dijital PCR ile çalışılmalıdır.
1 50 40.809,00
4 dd-cfDNA ile solid organ rejeksiyonu**
takibi
Kit, böbrek transplantasyonu sonrası hasta kanındaki donör DNA’sı (dd-cfDNA) seviyesini tespit edebilmelidir.
Kit donör kanına gerek duymadan, sadece transplantasyon sonrası hasta kanından donör ve alıcı DNA’larını birbirinden ayırt edebilmelidir.
Kit, tüm genomda nesil dizileme yöntemiyle toplamda 202 SNP(tek nükleotid polimorfizmi) tarayabilmelidir.
Kit, alıcı kanındaki donör cfDNA seviyesini yüzde olarak gösteren otomatik raporlamayı yapacak yazılıma sahip olmalıdır.
4 100 89.780,80
5 İsteğe Bağlı Hastalık Paneli
Tablo 6’ya ek istenebilecek Paneller için
Laboratuar Uzmanınaca belirlenecektir. 4 50 448.904,00
6 HIV İlaç Direnci
Yeni Nesil Dizileme Testi (Proteaz ve RT Bölgesi ) 1 150 336.678,00
7 HIV İlaç Direnci
Yeni Nesil Dizileme Testi ( İntegraz Bölgesi ) 1 20 44.890,40
8 HIV İlaç Direnci
Yeni Nesil Dizileme Testi (Tropizm Testi ) 1 20 44.890,40
9 CMV İlaç Direnci
Yeni Nesil Dizileme Testi ul-97 Bölgesi 1 50 112.226,00
10 CMV İlaç Direnci
Yeni Nesil Dizileme Testi ul-54 Bölgesi 1 50 112.226,00 11 HPV DNA
Tiplendirme
1 2000 448.900,00
TOPLAM 2.271.622,60
E.1. NON-INVAZİF PRENATAL TANI TEKNİK ŞARTNAMESİ:
16
1. NIPT Testleri için akredite bir Genetik Tanı Merkezinde çalışılabilecek şekilde teklif verilebilir.
İstekli firma ihale dosyasına hangi ilgili Laboratuvarın akreditasyon ve Ruhsat belgelerini ihale dosyasına eklemelidir. Ayrıca çalışacak laboratuvardaki kullanılan sistem İhale NGS Teknik Şartnamesine ve aşağıda belirtilen teknik özelliklere uygun olmalıdır. Bunu belgeleyeceği sistem ve kitlerin tanıtıcı klavuzlarını ihale dosyasına eklemelidir.
2. Sistem girişimsel olmayan yöntemlerle fetuse ait yaygın kromozomal anomalileri maternal kandan taramaya yönelik olmalıdır.
3. Test gelişmiş biyoinformatik analizi ile birleşen “Yeni Nesil Dizileme Teknolojisi” ile fetal kromozom anomalilerini saptamalıdır.
4. Test ile üretilen verilerin değerlendirilmesi için gereken biyoinformatik hizmet yüklenici firma tarafından verilmeli ve sonuçlar açıklayıcı bir rapor şeklinde sunulmalıdır.
5. Test ile üretilen veriler, Genetik Hastalıklar Tanı Merkezi Laboratuvarına kurulacak yazılım ve altyapı ile merkezden dışarı çıkmadan, içeride analiz edilmelidir.
6. Test gebeliğin 9. haftasından itibaren en az aşağıdaki anomalileri saptamaya yönelik olmalıdır;
Trizomi 21 (Down Sendromu)
Trizomi 18 (Edward Sendromu)
Trizomi 13 (Patau Sendromu)
7. İş akışı periferik kan alındıktan sonra en geç 7 iş günü içerisinde hastaya sonuç verilebilmesine olanak sağlamalıdır (Tekrar edilmesini gerektiren teknik nedenler hariç).
8. Testin Trizomi 21 için hassasiyeti en az %99, özgüllüğü en az %99,9, pozitif prediktif değeri >%90 olmalıdır.
9. Söz konusu test fetal DNA fraksiyonunu hassas bir şekilde hesaplayabilmeli, % 4 ve üzerinde olduğu durumlarda aynı hassasiyette sonuç verebilmelidir.
10. Fetal DNA fraksiyonu sonuç raporlarında net bir şekilde belirtilmelidir.
11. Düşük fetal DNA fraksiyonu ya da baska nedenlerden ötürü tekrar kanı oranı en fazla % 5 olmalıdır, tekrar çalışmaları için ücret talep edilmeyecektir.
E.3:MİKROARRAY* TEKNİK ŞARTNAMESİ:
1. Tek bir Mikroarray şu ana kadar tanımlanmış en az 290.000 adet prob/marker ile %99 doğrulukla tüm genom kapsamında tarama yapabilmelidir.
2. Mikroarray içerisinde 25 ila 75 mer’lik oligonükleotidler içeren problar bulunup, mikroarray ile tüm genom boyunca subtelomerik ve perisentromerik bölgeler dahil mikrodelesyon ve mikroamplifikasyon, insersiyonlar, tam dengeli olmayan translokasyonlar, UPD, LOH, ebeveyn etkisi, genotip ve mozaiklik tespit edilebilmeli, 5MB ve üzeri LOH/AOH tespiti yapabilmelidir.
3. Mikroarray tekrarlanabilirlik oranı en az %99,9 olmalıdır.
4. Sistem Genomic Hibridizasyon (CGH) veya SNP, Genotiplendirme, DNA metilasyon analizi yapabilme özelliğine sahip olmalıdır.
5. Yüklenici firma ile görüşülerek, toplam Mikroarray için verilen test sayısını değiştirmeyecek şekilde, firmanın elinde bulunan çözünürlüğü daha yüksek olan kitlerle en fazla test sayısının %20 sini çalışacaktır. Buna göre Prenatal Tanılarda ve Uzmanların istediği hastalarda yüksek çözünürlüklü çipler kullanılmalıdır.
E.4: DİJİTAL PCR* TEKNİK ÖZELLİKLERİ:
1. Yüklenici firma lösemi hastalarında derin moleküler yanıt (MRD) takibi için, lösemi gerekli yüksek hassasiyet için aşağıdaki özelliklerde Dijital PCR sistemini bölümümüze kuracaktır.
Yüklenici firmanın kuracağı sistemde hematolojik derin moleküler yanıt takibi / gelişen direnç
17
tespiti için gerekli testlerin çalışılması talep edilecektir.
2. Kurulacak Dijital PCR cihazı aşağıdaki özellikleri karşılamalıdır;
3. Cihaz, Moleküler Biyoloji ve Diagnostik Laboratuvarlarında kullanılan aşağıdaki uygulamalara uygun olmalıdır. Sistem yazılımı aşağıdaki analizlere olanak sağlamalıdır;
a. Kopya sayısı varyasyonu (Copy number variation)
b. Çok nadir bulunabilecek hedef DNA tanısı (Rare sequence detection) c. Mutasyon tanısı (Mutation detection)
d. Gen ekspresyonu analizi (Gene expression analysis)
e. Yeni nesil sekans cihazlarına örnek hazırlığı (Next generation sequencing sample quantification)
f. Sistem Hem Hibrizidasyon propları hemde interkalar boyalar ile çalışmalıdır.
g. Cihaz, insan genomik DNA’sında hedef diziye ait 1 kopyayı saptayabilecek hassasiyette olmalıdır.
h. Cihaz mutasyon tanısında hassasiyeti minimal rezidüel hastalık tanısı koymaya yeterli olmalıdır.
E.5: DD-CFDNA İLE SOLİD ORGAN REJEKSİYONU** TAKİBİ TEKNİK ŞARTNAMESİ:
1. Kit Kurulacak olan NGS Sistemleri çalışabilmelidir ve Validasyonu yapılmış olmalıdır.
2. Kit, böbrek transplantasyonu sonrası hasta kanındaki donör DNA’sı (dd-cfDNA) seviyesini tespit edebilmelidir.
3. Kit donör kanına gerek duymadan, sadece transplantasyon sonrası hasta kanından donör ve alıcı DNA’larını birbirinden ayırt edebilmelidir.
4. Kit, tüm genomda nesil dizileme yöntemiyle toplamda 202 SNP(tek nükleotid polimorfizmi) tarayabilmelidir.
5. Kit, alıcı kanındaki donör cfDNA seviyesini yüzde olarak gösteren otomatik raporlamayı yapacak yazılıma sahip olmalıdır.
E.6: İSTEĞE BAĞLI HASTALIK PANELİ ÖZELLİKLERİ:
Tablo 6 da Panellere eklenecek yeni NGS Çözümleri için Laboratuvar Sorumlusunun onayına göre istenecektir.
E.7-11: HIV ve CMV İLAÇ DİRENCİ TEKNİK ŞARTNEMESİ:
1. Tüm testler, yeni nesil dizileme yöntemi ile hedefe yönelik amplikon tabanlı yeni nesil dizilemeye uygun olmalıdır. Gerekli olan test formatlarının gerektirdiği sarf ve malzemeler, biyoinformatik yazılımları yüklenici tarafından sağlanacak, kurulacak ve işletilecektir.
2. Sağlanacak sistemde iş akışı süreci nükleik asit izolasyonunu takiben sonuç almaya kadar geçen tüm süreçleri en fazla 3 günde tamamlayabilecek şeki lde planlanmalı, hasta sonucunun raporlanması örnek alımından itibaren 15 günü geçmemelidir. Ancak resmi tatiller bu süreye dahil edilmeyecektir.
3. Hizmet sağlamada kullanılacak tüm testler yeni nesil dizileme yöntemi ile hedefe yönelik amplikon tabanlı yeni nesil dizilemeye uygun olmalıdır.
4. Sistem ile birlikte, yeni nesil dizileme verisini analiz edebilecek ve HIV, HCV ve CMV sonuçlarını raporlayacak yazılım da sağlanmalıdır.
5. Yazılıma, yeni nesil dizileme cihazından"*.fastq" formatında çıkartılan sonuçlar olduğu gibi
yüklenebildiği ve ayrıca herhangi bir veri analizi aşaması gerektirmemelidir.
18
6. Yazılım ile minör/majör varyant anlamlandırılması yapılabilmelidir.
7. Raporda aynı zamanda görülen varyasyonların pozisyonları çeşitli hassasiyet yüzdelerine göre verilmeli prevelans yüzdesi ve mutasyon yükü (kopya/ml) belirtilmelidir.
8. Kalite kontrol amaçlı dizilenen bölgelerin kaplam sayıları belirtilmeli ve değerlendirilmeye alınmayan varyantların miktarı ve değerlendirmeye alınmama sebepleri de raporda yer almalıdır.
HIV İlaç Direnci Teknik Şartnamesi
1. HIV ilaç direnci testi, yeni nesil dizileme yöntemi ile hedefe yönelik ampliko n tabanlı yeni nesil dizilemeye uygun olmalıdır.
2. Kit ile 400ul plazma/serumdan çalışılabilmelidir.
3. Kitin tespit sının 1000 kopya/mL olmalıdır. Vira! yükün daha düşük olduğu durumlarda ek bir ultra-sentrifugasyon protokolu uygulanarak çalışılabilmelidir.
4. İhalede teklif edilecek kit, revers transkriptaz bölgesinde en az 1-312. kodonlarını ve proteaz bölgesinde 1-99. kodonları ile integraz gen bölgesinin az 50-270. kodonlarını kapsamalıdır.
5. İhtiyaç duyulduğunda firma, integrase bölgesi için de kit sağlayabilmelidir ve bu testin kullanım klavuzu da ihaleye dokümanlarında yer almalıdır.
6. Raporda bulunan varyantların çeşitli NRTI ve proteaz inhibitör ilaçlarına karşı duyarlılıkları, dirençli, hassas ya da orta dirençli olarak belirtilmelidir. Yazılım algoritması bu bildirimi çeşitli hassasiyet yüzdelerine göre tekrarlayabilmelidir.
7. Yapılan analizde ANRS , Rega Institute, RIS ve Stanford veri bankaları/algo rit maları ku llanılmalıdır ve her veri bankasına/algoritmaya göre yukarıda belirtilen duyarlılık sınıflandırılması ayrı ayrı yapılabilmelidir.
8. Raporda, DHHS HIV tedavi yönetmeliğinde belirtilen kombine tedavi seçenekleri ve öngörülen etkileri de yazmalıdır.
CMV İlaç Direnci Teknik Şartnamesi
1. CMV ilaç direnci testi, yeni nesil dizileme yöntemi ile hedefe yönelik amplikon tabanlı yeni nesil dizilemeye uygun olmalıdır.
2. İlaç direnci testi ile UL54 ve UL97 gen bölgelerine ait mutasyonlar tek bir kit ile tespit edilebilmelidir.
E.12: HPV TİPLENDİRME REAL TİME PCR TEKNİK ŞARTNEMESİ:
KURULACAK OLAN SİSTEME AİT GENEL ÖZELLİKLERİ
HPV DNA TİPLENDİRME KİTİ İLE CİHAZLARI TEKNİK ŞARTNAMESİ
1. Sistem tam otomatik olarak tek bir cihazda HPV (Human Papillomavirüs) 14 HR (High-Risk Tip 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 ve 68) alt tiplerini taramalı,
2. Otomatik HPV (Human Papillomavirüs) cihazı tam otomatik olarak Real Time PCR yöntemi ile E6/E7 HPV veya L1 bölgesine spesifik DNA tabanlı çalışmalıdır.
3. Otomatik HPV (Human Papillomavirüs) cihazı kemilüminesans yöntemi ile acridinum esteri işaretli DNA Probu veya Floresans işaretli DNA Probu kullanarak HPV (Human Papillomavirüs) 14 HR (High-Risk Tip 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 ve 68) alt tiplerini taramalı, ayrıca en az 16 ve 18 spesifik tiplerini ayrı ayrı tespit edebilmelidir.
4. Teklif edilen Otomatik HPV (Human Papillomavirüs) cihazında kontaminasyonu önlemek için spesifik tek kullanımlık pipet uçları kullanılmalıdır.
5. Yüksek Risk HPV taraması pozitif elde edilen sonuçların ilave bir işleme ve teste gerek kalmadan genotip sonucu alınabilir olmalıdır.
6. Otomatik HPV (Human Papillomavirüs) cihazı LIS’e bağlanabilir özellikte olmalıdır.
19
7. Otomatik HPV (Human Papillomavirüs) cihazının test kapasitesi aynı anda en az 30 hasta örneğinden çalışılabilecek kapasitede olmalıdır.
8. Teklif veren firma Eksternal Kalite Kontrol sağlamalıdır.
Moleküler HPV (Human Papillomavirüs) Kitleri Teknik Şartnamesi
1. Teklif edilecek HPV (Human Papillomavirüs) kitleri, 14 HR (High-Risk Tip 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 ve 68) alt tiplerini tespit edebilmelidir.
2. Teklif edilecek HPV (Human Papillomavirüs) kitleri, 14 HR (High-Risk Tip 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 ve 68) alt tiplerini taramalı, ayrıca 16, 18 veya 45 spesifik tiplerini E6/E7 veya L1 HPV DNA’yı tespit etmelidir. Bununla ilgili FDA ve CE onayları bulunmalıdır.
3. Teklif edilecek HPV (Human Papillomavirüs) kitleri, sıvı bazlı numuneler ile çalışabilmeli ve FDA ve CE onayları bulunmalıdır.
4. Teklif edilecek HPV (Human Papillomavirüs) kitleri düşük risk grubunda bulunan HPV tiplerine karşı çapraz reaksiyon vermemelidir. Bu durum yayınlar ile veya kit prospektüsleri ile belgelendirilmelidir.
5. Teklif edilecek HPV (Human Papillomavirüs) kitlerinin tümü oda ısısında saklanabilir ve kullanıma hazır olmalıdır.
6. Teklif edilecek HPV (Human Papillomavirüs) kitleri için internal kontrol bulunmalıdır.
7. Sistemden tek çalışmada kullanıcı seçimine bağlı olarak sadece CT, sadece NG veya CT/NG sonuçları alınabilmelidir.
8. Testin, semptomatik ve asempomatik bireyler üzerinde yapılan çalışma ile CT için özgüllüğünün ve hassasiyetinin en az % 95 ve NG için özgüllüğünün ve hassasiyetin en az 99% olduğu kit prospektüsünde gösterilmelidir.
G. DIŞ LABORATUVAR TETKİKLERİ VE KAPSAMI
1. Yüklenici dış laboratuvar testlerini yaptıracağı laboratuvarın Sağlık Bakanlığı’ndan Sitogenetik ve Moleküler Genetik ve ruhsatları ile ilgili mevzuat gereğince Genetik Hastalıklar Değerlendirme Merkezi Mesul Müdürlük belgesini sözleşme aşamasında sunmak zorundadır.
2. Yüklenici, dış laboratuvar testlerini yaptıracağı laboratuvarın, Sağlık Bakanlığı tarafından Genetik Hastalıklar Değerlendirme Merkezi yönetmeliğine uygun olarak ruhsatlandırılmış ve sitogenetik ve moleküler genetik alanında çalışma iznine sahip olmalıdır. Yüklenici sorumlu tıbbi genetik uzmanının evraklarını sözleşme aşamasında sunmalıdır. Sorumlu tıbbi genetik uzmanının değişmesi halinde idareye bilgi verilmelidir.
3. Yüklenicinin, dış laboratuvar testlerini yaptıracağı laboratuvarın, tıbbi genetik testlerini kapsayan tıbbi laboratuvar akreditasyon belgesine sahip olmalıdır.
4. Yüklenicinin, dış laboratuvar testlerini yaptıracağı laboratuvarın son 3 seneye ait real time PCR, sanger dizileme, yeni nesil dizileme teknikleriyle katılmış olduğu Kuzey Amerika veya Avrupa kökenli uluslararası dış kalite kontrol programı katılım belgelerine sahip olmalıdır.
5. Yüklenicinin dış laboratuvar testlerini yaptıracağı laboratuvarın envanterinde real time PCR, sanger dizileme, yeni nesil dizileme sistemlerinin olduğunu belgelemelidir.
6. 25 Ağustos 2011 yılında yayınlanan Tıbbi Laboratuvar Yönetmeliğine göre herhangi bir laboratuvarın referans laboratuvar olabilmesi için “ISO 15189 belgesine sahip olmalıdır”
maddesine istinaden; dış laboratuvar testlerinin yaptırılacağı laboratuvarın ISO 15189 veya TSE 17025 akreditasyon belgelerinden en az birine sahip olması gerekmektedir.
7. Firma çalışacağı dış laboratuvar ile yapacağı protokolü sözleşme aşamasında idareye sunmalıdır.
20
8. Yüklenici dış laboratuvarda çalışılan testlerden aylık belli bir örnek sayısını aşan testler için idarenin talebi doğrultusunda bu testi kurum içinde çalışılan test kapsamına almalıdır.
9. Dış laboratuvara gönderilecek örnek sayısının karşılığı puan, ihale toplam puanının %20’sini geçmemelidir.
10. Dış Laboratuvara gönderilecek testler herhangi bir parametre için aylık en fazla 5 test ile sınırlıdır. Herhangi bir test parametresi için bu sınır 3 Ay üst üste aşıldığında veya çalışılan testlerde teknik bir sorun olması halinde kurum uzmanının onayı ile firma söz konusu testi yerinde çalışacağını beyan etmelidir.
11. Belirli gen bölgeleri için bilinen dizi analizi istenen hasta sayısı aylık beş testin üzerine çıkar ise idarenin talebi ile dizi analizi için özel kit dizaynı gerçekleştirilmelidir.
EK:1: TABLO 6
NO PANEL / TEST
ADI AÇIKLAMA - GENLERE AİT TEKNİK ŞARTNAME KODLAMA
SAYISI
HASTA SAYISI
TOPLAM PUAN
1 Klinik Ekzom Dizileme
Kit çeşitli hastalıklara yönelik OMIM de fenotiple ilişkilendirilmiş en az 4400 geni ve en az 12Mb’lik bir gen bölgesini kapsamalıdır.
Yeni nesil dizileme çalışması sonrasında gözlemlenen hassasiyet en az
%99, doğruluk en az %99, tekrarlanabilirllik en az %99, hedeften gelen ortalama okuma oranı en az %90 ve 50X üzeri okuma alınan bölge yüzdesi en az %96 olmalıdır.
Teklif edilecek kit, genlerin en az %98’inde kopya sayısı değişimini (CNV) tespit edilebilmelidir.
4 150 1.346.712,00
2 Tüm Ekzom
Dizileme >19.000 Gen 6 25 336.678,00
3 Kalıtımsal Hastalık Paneli
Kit kalıtımasl hastalıklarla ilişkilendirilmiş 569 geni kapsamalıdır.
Teklif edilecek kit, genlerin en az %98’inde kopya sayısı değişimini (CNV) tespit edilebilmelidir.
4 400 3.591.232,00
4 BRCA 1-2; (Kan) BRCA1, BRCA2 2 150 673.356,00
5 Nörofibromatozis
paneli NF1, NF2 2 25 112.226,00
6 FGFR Paneli FGFR1, FGFR2, FGFR3 908717 2 50 224.452,00
7 Herediter Kanser Paneli (59 gen)
AP1, APC, ATM, AXIN2, BARD1, BLM, BMPR1A, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDH1, CDK4, CDKN2A, CHEK2, DDB2, EPCAM, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, FANCA, FANCC, FH, FLCN, GALN12, HDAC2, HOXB13, MEN1, MET, MITF, MLH1, MSH2, MSH3, MSH6, MUTYH, NBN, NF1, NF2, NTHL1, PALB2, PMS2, POLD1, POLE, POLH, PTCH1, PTEN, RAD51C, RAD51D, RB1, RET, SMAD4, STK11, TP53, TSC1, TCS2, VHL, WT1, XPA, XPCTeklif edilecek kit kopya sayısı değişimini (CNV) tespit edilebilmelidir.
4 100 897.808,00
8
Tiroid, Malign Melanom, Mesane, Böbrek, Retino Blastom Kanser Paneli
RET, RB1, MEN1, VHL, THRB, CASR, FLCN, SF3B1, MET, BRAF,
SDHB, MDM2,EIF1AX, GNA11, GNAQ 3 20 134.671,20
9 Fanconi Anemisi BRCA2, BRIP1, FANCA, FANCB, FANCC, FANCD2, FANCE,
FANCG, FANCI, FANCL, FANCM, PALB2, RAD51C, SLX4 3 20 134.671,20
10 Aort Dilatasyon
ACTA2, CBS, COL3A1, COL5A1, COL5A2, EFEMP2, FBN1, FBN2, FLNA, MED12, MYH11, MYLK, NOTCH1, PLOD1, SKI, SLC2A10, SMAD3, SMAD4, SMAD6, TGFB2, TGFB3, TGFBR1, TGFBR2
3 3 2.020,08
11
Ailesel
Hiperkolesterolemi (ADH)
LDLR, PCSK9, APOE, APOB 3 10 67.335,60
12 Kardiyogenetik panel
ALPK3, CALR3, FLNC, JPH2, MYL2, MYL3, MYLK2, MYOZ2, MYPN, PRKAG2, TAZ, TCAP, TNNC1, TNNI3, TNNT2, TPM1, VCL, ACTC1, ACTN2, CAV3, CSRP3, LAMP2, LDB3, MYBPC3, MYH6, MYH7, NEXN, PLN, TTN
4 50 448.904,00
