Ġstanbul l Genetik Grubu Genetik Grubu
PREĠMPLANTASYON PRENATAL POSTNATAL GENETĠK TANI
POLAR BODY I ve II
BLASTOMER
AMNĠOSENTEZ
CVS (KORYONĠK VĠLLÜS)
KORDOSENTEZ MATERNAL KANDA
FETAL DNA
KAN
DOKU
BLASTOKĠST
PGT endikasyonlar ı
* Otozomal Resesif ve Dominant Hastal ıklar * X-link Hastalıklar
* Kanser Predispozisyon Genleri * Maternal-Fetal Ġnkompatibilite * HLA genotiplemesi
Tek Gen Hastalığı ve Anöploidi Birlikte Testi
* Anöploidi Testi : ĠleriAnne YaĢı
Tekrarlayan IVF BaĢarısızlıkları
Tekrarlayan DüĢükler
* Kromozomal Yeni Düzenlenimler
Nearly all of the genetic material among cells within an organism is identical.
However, single-nucleotide variants (SNVs), small insertions/deletions (indels), copy-number variants (CNVs), and other structural variants (SVs)
continually accumulate as cells divide during development.
This process results in an organism composed of countless
cells, each with its own unique personal genome. Thus,
every human is undoubtedly mosaic. Mosaic mutations can
go unnoticed, underlie genetic disease or normal human
variation, and may be transmitted to the next generation as
constitutional variants.
POLĠMORFĠZM
Hasta lık Sebebi Olan MUTASYON
SICKLE CELL ANEMĠ
Akdeniz anemisi hastası olan bir çocuğun,
*** kendisinin hastalık ile olan sıkıntısı
** ailenin sosyal ve ekonomik yaĢantısına olan etkisi
* - doğum sonrası bir yılda ~ 15,000 Avro transfüzyon ve Ģelasyon tedavi masrafı olmakta
ve 20 yaĢına kadar (komplikasyon ortaya çıkmadığı bir durumda, yeterli düzeyde tedavi alan hastaların % 95’i 30 yaĢına kadar yaĢayabilmektedir) 300,000 Avro tutarında bir
tıbbi bakım gereği bulunmaktadır.
- karaciğer yetmezliği ve Hepatit gibi komplikasyonları yaĢamak durumunda kalmakta.
- kemik iliği nakli (KĠT) gerekli olunca doku uyumlu kemik iliği bulunmasında sıkıntı yaĢanmakta KĠT aile içi 77.000 TL, aile dıĢı 125.000 TL .
Eğer kök hücre Avrupa kaynaklı ise ilave olarak15-20.000 Avro, ABD kaynaklı ise 50.000 USD
Resmi olarak kesin bir rakama ulaĢılamamakla birlikte, Türkiye nin güney illerinde % 5-12 oranında değiĢen bir taĢıyıcılık oranın olduğu (kuzey illerinde %0.5 oranında) dikkate alındığında her yıl
ortalama olarak tahmin edilen 150 – 200 civarındaki akdeniz anemili yeni çocuk doğumunu olmakta (kayıt altına alınanlar kadar kayıtlı olmayan hastalarında varlığı yaĢandığı üzere).
300,000 Avro X 200 = 60,000,000 Avro + Komplikasyon + KİT = ˃100,000,000 Avro
DUCHENNE MUSKÜLER DĠSTROFĠSĠ – DMD
Mayoz I
(crossing over)
Ovulasyon
ICSI
Oosit
Polar Body I Polar Body II
ICSI
Mayoz II
Blastomer Biopsisi Sperm
Enjeksiyonu (ICSI)
PCR FISH aCGH Oosit
Toplanması Polar Body I Biopsisi
Polar Body II Biopsisi
Gün 0 Gün 1 Gün 3 Gün5-6
PG T Klinik Uygulama ġeması
Blastokist
Biopsisi
MATERNAL Otozomal Dominant (MD, PKD1, SCA, TS)
PATERNAL Otozomal Dominant (CMT1A, APC, NF1 )
Otosomal Resesif (CF, β-Thal, SMA)
X-link
(DMD, Frajil-X, ALD)
HLA Anöploidi
PB + BB BB
BB PB
PB + BB BB PB + BB BB PB + BB
BB
PGT Tek Gen Hastalıkları Stratejileri
Her Mutasyon
için ayrı nested PCR Sistemi
+
Genetik markerler
(STR, SNP , VNTR)
● Allele Drop-Out (ADO) veya Tercihi Amplifikasyon
● DıĢ kaynaklı DNA kontaminasyonunun saptanması
● Embryo idantifikasyonu
● Kromozomal Anöploidilerin belirlenmesi
● Mutasyon bilinmediğinde veya test edilemediğinde bağlantı analizi ile PGT yapılabilmesi
Mutasyon + Markerler
Mutasyon Marker 1 Marker 2 Marker 3 Marker 4
2q37 bölgesi Genomik Organizasyonu (Crigler-Najjar Sendromu, UGT1A1 loküsü)
D2S336 233.55
D2S2348
D2S331 D2S1279 UGT1A1 D2S338
233.65 223.81 234.19 235.44 236.90
c.878-890 delACATTAATGCTTC mutasyonu
cM
cM mesafesi her genetik markerin 2 Nolu Kromozom üzerindeki yerini belirtmektedir
PGT Proto kol Hazırlanması
Hasta Adı: Mutasyon: Gün:
Örnek tipi: Örneğin geldiği yer:
1 tube x 1 tube x 1 tube x 1 tube x 1 tube x 1 tube x 1 tube x 1 tube x 1 tube x H2O
10x PCR buffer 50mM MgCl
28mM dNTPs DMSO TaqPolymeraz (5U/l)
Primer Mut – 1 Mut – 2
Mut – 2 0.5 Mut – 3 0.5 5’CA – 3
5’CA – 4 5’CA–3
5’CA–2 D15S822–1
D15S822–2 D15S822–1
D15S822–3 D15S661–1
D15S661 –2 D15S661 –1
D15S661 –3 D15S156–1
D15S156–2 D15S156 –1
D15S156–3 D15S1048–1
D15S1048–2 D15S1048–1
D15S1048 –3 D15S1002–1
D15S1002 –2 D15S1002 –1
D15S1002 –3 D15S1019–1
D15S1019–2 D15S1019–1
D15S1019–3
Total Volume 50 25 25 25 25 25 25 25 25
PCR Program 1
stRound 60ºC 58-60ºC 58ºC 55-58ºC 58-60ºC 55-58ºC 58-60ºC 58-60ºC
170 bp 126 bp 150 – 170 bp 180 – 210 bp 175 bp 110 – 145 100 – 115 bp 110 – 120 bp
NESTED PCR PROTOKOLÜ
134 140 113 101 174 176 DEL WT 196 208 112 116
111 134 115 113 174 174 WT DEL 184 196 112 112
Genetik Markerlerin Sırası 1. D2S331
2. D2S1279 3. D2S2348 4. UGT1A1 5. D2S336 6. D2S338
Maternal Haplotip Paternal Haplotip
Aile Bireylerinde Haplot ipleme Yapılması
140 134 101 113
176 174 WT DEL 208 196 116 112
134 134 113 113
174 174 DEL DEL 196 196 112 112
Örneği Kan DNA eldesi Floresan PCR
Maternal Affekte Kromozom
Paternal Affekte Kromozom
Maternal Normal Kromozom
Paternal Normal Kromozom
PG T Vaka Performansı
Blastomerde Mutasyon Analizi
13 bp delesyonu homozigot
13 bp delesyonu Normal
Normal homozigot
PB 1
Baba Blastomer
Anne
Hasta çocuk
Marker D15S1048 Marker D15S1002
Trizomi 15 Blastomer
Paternal normal allel
Maternal Maternal
Paternal
PB 2
Normal allel
Normal allel Affekte allel Normal
allel
PB 1
Blastomer PB 2
Affekte allel Normal
allel
Affekte allel
Normal allel Affekte
allel
Normal allel
Normal allel
Normal allel
Maternal affekte allel
PGT vaka çalıĢması
Baba
Anne
Hasta çocuk
Affekte allel Affekte
allel Affekte
allel Maternal affekte allel
Normal allel
Affekte allel Affekte
allel
Affekte allel
+
Hayır Hayır Evet Evet ET
HASTA 145/131
114/110 146/128
Mutasyon / Mutasyon
207/207 117/103
168/158 ÇOCUK
TAŞIYICI 145/131
118/110 154/128
Normal/
Mutasyon
215/207 115/103
120/158 ANNE
TAŞIYICI 145/139
114/114 146/128
Mutasyon/
Normal
207/203 117/103
168/140 BABA
139/
145 /131 114/
118/110 128 /
154/ 128
N / N /Mutasyon
203/
215/207 103 /
115/ 103 140/
120/158 Blast
AH AH
AH AH
AH AH
AH
PB2 Oosit: YetersizVeri
Embri yo: TR İZOMİ 15
145/131 118/110
128 / 128
N/Mutasyon
215/207 115/103
120/158 PB1
4
145 /131 114/110
146/ 128
Mutasyon/
Mutasyon
207 / 207 117/ 103
168/158 Blast
145 118
154
Normal
215 115
120
PB2 Oosit: HASTA
Embriyo: HASTA 145/131
118/110 154/ ADO
N/Mutasyon
215/207 115/ ADO
120/158 PB1
3
145 /145
ADO /118 146/154
Mutasyon/N
207 /215 117/115
168/120 Blast
145 118
154
Normal
215 115
120
PB2 Oosit: NORMAL*
Embriyo: TAŞIYICI 131
110 128
Mutasyon
207 103
158 PB1
2
131 110
128
Mutasyon
207 103
158
PB2 120/158 115/103 215/207 N/Mutasyon 154/128 118/110 145/131 Oosit: NORMAL
1 PB1
Öngörülen Oosit/Embriyo
Genotipi STR6
STR5 STR4
Gen STR3
STR2 STR1
Hücre Tipi
Em br iy o #
ArdıĢık Polar Body I - II ve Blastomer Analizi PGT Raporu
N = Normal, AH = PCR Amplifi kasyon Hatası, ADO = Allel Drop Out, 123 = Ebevenlerde aynı olan allel
* Homozigot PB I sonucu dolayısıyla Blastomer analizi ile devam edildi (PBI de muhtemel ADOI)
Beta-globin gen mutasyonları ve polimorfik STR markerler
(TG)n(CG)n
Polimorfik Markerler
(TA)n (CA)n Hinf I (TG)n
Bam HI Hpa I Hinf I Hinf I
(ATTTT)n
Rsa I Sfa NI
Bam HI Ava II Hinf I
(AT)xTy -28
(A-G) -29
(A-G) -31 (A-G) -87
(C-G)
Cd 8/9
Cd 39 Cd 41/42
IVS I-1
IVS I-5
IVS I-6 IVS I-110
IVSII-1 IVSII-645
IVSII-745
HBE1 HBG2 HBG1 HBD EXON 1 IVS I EXON 2 IVS 2 EXON 3
D11S1241 (CA)n D11S1338
(CA)n
D11S1997 (GATA)n
D11S1323(CA)n
Cd 8
-42 (C-G)
R30T
619 bp DEL
Mutasyon Listesi:
RNA Processing mutasyonlar: Trankripsiyonel mutasyonlar: Nonfonksiyonel mRNA:
IVS I – 1 (G – A) - 87 (C-G Codon 8 (-AA) IVS I – 1 (G – T) - 42 (C-G) Codon 39 (C-T) IVS I – 5 (G – C) - 31 (A-G) Codon 41/42 (-CTTT) IVS I - 5 (G – T - 29 (A-G)
IVS I – 5 (G – A) - 28 (A-G)
IVS I – 6 (T – C) E 6V (Sickle cell anemia) IVS I – 110 (G – A) R30T
IVS 2 – 1 (G – A) Delesyon: Cap bölgesi:
IVS 2 – 654 (C – T) 619 bp +1 (A – C) IVS 2 – 745 (C – G) 45 Kb +2 (T – C)
CAP E6V
Mutasyonlar
2 3 4 6 7 8 9 10 11 12
N / N N / Dup
123 136 158 196 124 107 351 124 113 121
123/111 140/136 162/164 196/204 126/142 111/111 312/328 116/116 111/118 113/119
Embryo #
CMT1A - Rep CMT1A - Rep
Proksimal
D17S1357 D17S2226 D17S2225 D17S2224 D17S839 D17S2221 D17S2220 D17S921 D17S2217 D17S2216Distal
CEN TEL
PMP 22
0.5Mb 1Mb 1.5Mb
Marker sırası D17S1357 D17S2226 D17S2225 D17S2224 D17S839 D17S2221 D17S2220 D17S921 D17S2217 D17S2216
111 128 160 193 142 109 328 122 116 105
125 124 162 193 126 113 316 120 113 105
123/111 140/136 162/164 196/204 126/142 111/111 312/328 116/116 111/118 113/119
125 124 162 193 126 113 316 120 113 105
123 136 158 196 124 107 351 124 113 121
123 136 158 196 124 107 351 124 113 121
123 136 158 196 124 107 351 124 113 121
123 136 158 196 124 107 351 124 113 121
123 136 158 196 124 107 351 124 113 121 125
124 162 193 126 113 316 120 113 105
125 124 162 193 126 113 316 120 113 105
125 124 162 193 126 113 316 120 113 105
125 124 162 193 126 113 316 120 113 105
125 124 162 193 126 113 316 120 113 105 111
128 160 193 142 109 328 122 116 105 111
128 160 193 142 109 328 122 116 105
123/111 140/136 162/164 196/204 126/142 111/111 312/328 116/116 111/118 113/119 125
124 162 193 126 113 316 120 113 105
111 128 160 193 142 109 328 122 116 105
AFFEKTE
DUPL İKASYON NORMAL NORMAL NORMAL NORMAL NORMAL
PGD
N / N
ET ET
CHARCOT- MARIE -TOOTH CMT1A için PGT ( 17p12 )
351 124
162/164 162/164 162/164 196/204 196/204 196/204 196/204 196/204 196/204 126/142 126/142 126/142 126/142 111/111 111/111 111/111 312/328 312/328 312/328 116/116 116/116 116/116 136
158 196 124 351 124 196 124 107 351
123 136 158 196 124 107 351 124 113 121
NORMAL AFFEKTE NORM NORM DUPL İKASYON
NORMAL AFFEKTE DELESYON
AL
DU DU DU DU AFFEKTE DELESYON ET ET
ET ET
TRĠNÜKLEOTĠD TEKRAR HASTALIKLARI
0 2 4 6 8 10 12 14 16 18
4 Markers 5 Markers 6 Markers 7 Markers 8 Markers 9 Markers 10 Markers 11 Markers Number of Families
Frajil-X Sendromu – Sadece STR ile PGT
Spinoserebellar Ataksi 7 – SCA7
D3S1287
D3S1600 (CAG)n
0.2 Mb 0.55 Mb 0.35 Mb
D3S3635 D3S3571 D3S3698
0.05 Mb 0.1 Mb
(CAG)n Mutasyonu Polar Body I ve II
Normal allel Normal
Ekspansiyon Normal
Ekspansiyon Ekspansiyon
• DMSO
• GC-melt ilaveler
• 7-deaza-dGTP
ATXN 7 geni
Normal Oosit
GC-zengin dizilerin
amplifikasyonu
HLA Genleri ve PGT
Tel.
Class II Class III Class I
HLA DQB HLA DRB HLA B HLA C HLA E HLA A HLA F Cent.
1.7% 1.2% 1.2% 0.2%
4.3% crossingover (3 Mb)
Class III Class III
Class III Class I Class I
MHC-HLA bölgesi Re kombinasyonları
Class I
Tel.
Ring 3C
G511
Class II
D6S1615
TNFa,b,c
MIB D6S276* D6S258 TAP 1
D6S2443 DQCAR
MOG a,b
D6S1624 D6S306*
D6S464*
D6S299 RF
D6S510 MICA
D6S1568
D6S265 DN
D6S62 D6S273
9N-2 LH 1
D6S2447 Sent.
Class III
D6S1629
D6S248
MHC STR Koleksiyonu, 6p21
Class II
Class I Class III
MHC bölgesi STR
haplotiplemesi
KEMĠK ĠLĠĞĠ NAKLĠ ĠHTĠYACI OLAN HASTA ÇOCUK HLA UYUMLU EMBR ĠYO
HLA UYUMSUZ EMBR ĠYO
PGT HLA Genotiplemesi
KEMĠK ĠLĠĞĠ NAKLĠ ĠHTĠYACI OLAN HASTA ÇOCUK
Psödogen varlığında PGT Konjenital Adrenal Hiperplazi (CAH)
Majör Histokompatibilite Kompleksi (MHC)
Class I Class III Class II
PGT Uygulanan Tek Gen Hastal ıkları Örnekleri
Adenozin Deaminaz Eksikliği ADA, 20q12-q13.1
ADA 1 1. 180 / 178
2. 166 / 166
3. 266 / 270 4. A / G
5. 258 / 252
6. 281 / 281
7. 171 / 166 ADA 2
1. 178 / 180 2. 170 / 166 3. 258 / 266 4. G / A 5. 260 / 258 6. 273 / 281 7. 190 / 171
ADA 3
1. 180 / 180 2. 166 / 166 3. 266 / 266 4. A / A 5. 258 / 258 6. 281 / 281 7. 171 / 171
MARKERLER (NC_000020)
1 D20S861 (42040786-42040877)
2 D20S911 (42638134-42638314)
3 D20S89 (42774247- 42774420)
4 W272X G/A (42681577-42713795)
5 D20S119 (43082466-43082583)
6 D20S481 (43201695-43201932)
7 D20S1151 (43320261-43320499)
ALPHA-THALASSEMIA, HBA1, MED Double Gene Del PGT-135
1. 160 / 144 ! MED gene del / N 2. 156 / 159 ! 3. 169 / 177 ! 4. 108 / 103 ! 5. 111 / 111 6. 76 / 76 7. 130 / 122 ! 8.
9. 96 / 98 ! 10. 130 / 132 ! 11. 131 / 125 ! 12. 142 / 157 ! 13. 140 / 146 ! 14. 144 / 155 !
1. 162 / 160 ! N / MED gene del 2. 159 / 156 ! 3. 169 / 169 4. 115 / 108 ! 5. 123 / 111 ! 6. 72 / 76 ! 7. 134 / 130 ! 8.
9. 96 / 96 10. (132 / 130) ! 11. 123 / 131 ! 12. 148 / 142 ! 13. 152 / 140 ! 14. 157 / 144 ! 1. 144 / 144
N / N 2. 159 / 159 3. 177 / 177 4. (103 / 108) 5. 111 / 111 6. 76 / 70 7. 122 / 126 8.
9. (98 / 96) 10. 132 / 134 11. 125 / 123 12. 157 / 143 13. 146 / 149 14. 155 / 157
1. 144 / 160
N / MED gene del 2. 159 / 156
3. 177 / 169 4. (103 / 108) 5. 111 / 111 6. 76 / 76 7. 122 / 130 8.
9. ( 98 / 96) 10. 132 / 130 11. 125 / 131 12. 157 / 142 13. 146 / 140 14. 125 / 144
1. 162 / 160
N / MED gene del 2. 156 / 156
3. 169 / 169 4. 115 / 106 5. 123 / 111 6. 72 / 76 7. 134 / 130 8.
9. 96 / 96 10. (132 / 130) 11. 123 / 131 12. 148 / 142 13. 152 / 140 14. 157 / 144
1. 144 / 160
N / MED gene del 2. ? / 156
3. 175 / 169 4. 106 / 108 5. 111 / 111 6. 74 / 76 7. 123 / 130 8.
9. 98 / 96 10. (132 / 130) 11. 121 / 131 12. 146 / 142 13. 150 / 140 14. 141 / 144
PGT-136
PGT-133
PGT-137 PGT-138
PGT-134
MARKER SIRASI cM
1. D16S521 94295 - 94446
2. D16S525 1031264-1031424
3. D16S3399 1452450-1454270
4. D16S3024 1654203 -1654429
5. D16S3395 2001697 -2001823
6. Kg8 (D16S3252) 2138818 -2138942
7. AC2 (D16S291) 2339890 -2340049
8. D16S664 2365185 -2365265
9. D16S3124 2447563 - 2447683
10. D16S283 (SM7) 2567684 -2567776
11. D16S3070 3093867 - 3094033
12. D16S3082 3117181 – 3117378
13. D16S3134 5224471 - 5224634
14. D16S423 6043141 - 6043469
Tuberosklerozis, TSC 2, 16p13.3 Ekzon 41 c.5228G>A, p.R1743Q
1. 143 / 143 2. 151 / 151 3. 125 / 127 ! 4. 113 / 107 ! 5. N / N ! 6. 223 / 223 7. 86 / 86 8. I / D ! 9. 131 / 123 ! 10. 144 / 142 ! 11. 132 / 132
PGT 235
MARKER SIRASI cM
1. D16S521 94295 - 94446 2. D16S525 1031264-1031424 3. D16S3024 1654203 -1654429 4. D16S3395 2001697 -2001823 5. TSC2 geni 2097000
6. INTRON1 (CA)n 2138711-2185899 7. Kg8 (D16S3252) 2138818 -2138942 8. Nik (I/D Polim)
9. AC2.5 (D16S291) 2339890 -2340049 10. D16S664 2365185 -2365265 11. D16S283 (SM7) 2567684 -2567776
1. 160 / 160 2. 139 / 139 3. 129 / 129 4. 107 / 113 ! 5. N / N ! 6. 223 / 223 7. 86 / 86 8. I / I 9. 129 / 123 ! 10. 147 / 149 ! 11. 128 / 130 !
PGT 236
PGT 237
1. 143 / 160 2. 151 / 139 3. 125 / 129 4. 113 / 113 5. (c.5228G>A / N) 6. 223 / 223
7. 86 / 86 8. I / I 9. 131 / 123 10. 144 / 149 11. 132 / 130
1. 143 / 160 2. 151 / 139 3. 125 / 129 4. 113 / 113 5. N / N 6. 223 / 223 7. 86 / 86 8. I / I 9. 131 / 123 10. 144 / 149 11. 132 / 130
15D-953
OTOZOMAL DOMĠNANT Hasta Ebeveyn YOK
Hasta Çocuk VAR
Polikistik Böbrek Hastalığı , PKD1 16p13.3
1. 145 / 159 ! 2. 168 / 170 ! 3. 129 / 127 ! 4. 120 / 110 ! 5. A / G ! a. T / C ! b. T / C ! c. A / G ! d. A / C ! e. A / G ! f. A / G ! g. A / G ! h. A / C ! 6. 224 / 232 ! 7. 102 / 102 8. 131 / 129 ! 9. 147 / 152 ! 10. 137 / 132 ! 11. 113 / 113 12. 129 / 129
MA 54
MARKER SIRASI cM
1. D16S521 94295 - 94446
2. D16S525 1031264 - 1031424
3. D16S3024 1654203 - 1654429
4. D16S3395 2001697 - 2001823
5. PKD1 Ex 43 p.W3842X (c.11526 G>A) mutasyon 2138711 - 2185899 a. Ex 14 p.M1092T (c.3275 T>C) SNP 1
b. Ex 15 p.W1399R (c.4195 T>C) SNP 2 c. p.A1422T (c.4264 G>A) SNP 3 d. p.A1555A (c.4665 A>C) SNP 4 e. p.T1558T (c.4674 G>A) SNP 5 f. Ex 21 p.H2638R (c.7913 A>G) SNP 6 g. Ex 44 p.I4045V (c.12133 A>G) SNP 7 h. Ex 46 p.T4303P (c.12907 A>C) SNP8
6. INTRON 1 2138711 - 2185899
7. Kg8 2138818 - 2138942
8. AC2.5 2339890 - 2340049
9. D16S664 2365185 - 2365265
10. D16S283 2567684 - 2567776
11. D16S3070 3093867 - 3094033
12. D16S3082 3117181 - 3117378
1. 145 / 159 2. 158 / 174 3. 125 / 129 4. 110 / 110 5. G / G a. T / C b. T / C c. A / G d. A / C e. A / G f. A / G g. A / G h. A / C 6. 222 / 222 7. 93 / 93 8. 131 / 123 9. 140 / 147 10. 132 / 132 11. 123 / 125 12. 149 / 162
MA 55
OTOZOMAL DOMĠNANT Hasta Ebeveyn VAR
Çocuk YOK
(Familyal Adenomatöz Polipozis Koli - FAP, APC 5q21-22)
1. 189 / 195 ! 2. 132 / 134 ! 3. 139 / 149 ! 4. 226 / 224 ! 5. ( G / A ) ! 6. C1690T / C ! 7. 153 / 169 ! 8. 213 / 210 ! 9. 260 / 260
MA 56
1. 189 / 201 2. 132 / 138 3. 139 / 139 4. 226 / 224 5. ( G / A ) 6. C1690T / C 7. 153 / 159 8. 213 / 210 9. 260 / 260
MA 36
GENETĠK MARKERLER SIRASI cM 1. D5S2051 111009195 - 111009552 2. D5S2027 111145419 - 111145714 3. D5S1965 111809499 - 11809824 4. APC INTRON9 112043195 - 112203279 5. APC G1635A SNP 112043195 - 112203279 6. APC C1690T 112043195 - 112203279 7. D5S346 112213624 - 112213748 8. D5S2001 112794732 - 112795073
9. D5S421 112854216 - 112854385
1. 197 / 201 ! 2. 132 / 138 ! 3. 139 / 141 ! 4. 224 / 224 5. ( G / A ) ! 6. C / C ! 7. 150 / 159 ! 8. 215 / 210 ! 9. 260 / 260
MA 57
-TALASSEM Ġ, HBB
Cod5 delCT / Cod 8 delAA
BT 74 BT 75 BT 79 BT 80
GENETĠK MARKERLER 1. D11S1758
2. D11S4181 3. D11S1871 4. BSTR 5. HBG
6. HBB MUTASYONU 7. BTG
8. HPFH 9. BHi (Hinf I) 10. Rsa I 11. Hinf I 12. BRsa (AT) 13. D11S1241 14. D11S1323 15. D11S1997 16. D11S1338
1. 110 / 114 2. 139 / 137 3. 161 / 159 4. 138 / 141 5. 197 / 197 6. Cod5 delCT / N 7. 116 / 118 8. 107 / 107 9. - / - 10.
11. - / + 12. 130 / 130 13. 157 / 117 14. 108 / 113 15. 120 / 124 16. 170 / 165
?
BT 68 BT 77
BT 76 BT 69
1. 106 / 108 2. 141 / 146 3. 161 / 171 4. 143 / 141 5. 197 / 185 6. N / N 7. 114 / 116 8. 107 / 107 9. + / + 10.
11. + / - 12. 128 / 130 13. 117 / 167 14. 113 / 108 15. 128 / 120 16. 163 / 165
1. 106 / 108 2. 137 / 141 3. 159 / 159 4. 143 / 143 5. 195 / 195 6. N / N 7. 114 / 114 8. 107 / 107 9. + / + 10.
11. + / + 12. 128 / 128 13. 159 / 167 14. 108 / 108 15. 116 / 124 16. 163 / 169
1. 106 / 106 2. 133 / 137 3. 159 / 159 4. 143 / 138 5. 196 / 179 6. N / Cod 8 delAA 7. 116 / 118 8. 107 / 112 9. + / + 10. - / - 11. + / + 12. 127 / 128 13. 159 / 161 14. 108 / 113 15. 120 / 124 16. 163 / 163
1. 106 / 106 2. 137 / 137 3. 159 / 159 4. 143 / 138 5. 195 / 179 6. N / Cod8 delAA 7. 114 / 118 8. 107 / 112 9. + / + 10 11. + / + 12. 128 / 128 13. 159 / 161 14. 108 / 113 15. 116 / 124 16. 163 / 163 1. 110 / 108
2. 139 / 146 3. 161 / 171 4. 138 / 141 5. 197 / 185 6. Cod5 delCT / N 7. 116 / 116 8. 107 / 107 9. + / + 10.
11. - / - 12. 130 / 130 13. 157 / 167 14. 108 / 108 15. 120 / 120 16. 170 / 165 1. 110 / 106
2. 139 / 141 3. 161 / 161 4. 138 / 143 5. 197/ 197 6. Cod5 delCT/ N 7. 116 / 114 8. 107 / 107 9. + / + 10.
11. + / - 12. 130 / 128 13. 157 / 117 14. 108 / 113 15. 120 / 128 16. 170 / 163
BT 78
1. 114 / 108 2. 137 / 146 3. 159 / 171 4. 141 / 141 5. 197/ 185 6. N / N 7. 118 / 116 8. 107 / 107 9. + / - 10.
11. + / - 12. 130 / 130 13. 117 / 117 14. 113 / 113 15. 124 / 128 16. 165 / 163
1. 114 / 108 2. 137 / 146 3. 159 / 171 4. 141 / 141 5. 197/ 185 6. N / N 7. 118 / 116 8. 107 / 107 9. + / - 10.
11. + / - 12. 130 / 130 13. 117 / 167 14. 113 / 108 15. 124 / 120 16. 165 / 165
-TALASSEM Ġ, HBB IVS-I-110 G/A
BT 105
1. 109/ 108 !
2. 143 / 143 3. 161 / 159 !
4. 144 / 144 5. 197 / 199 !
6. N / IVS1-110 G/A ! 7. 114 / 118 !
8. 106 / 106 9. (+ / +)
10. + / - ! 11. (+ / +)
12. 127 / 127 13. 117 / 117 14. 108 / 112 ! 15. 120 / 120 16. 162 / 164 ! 17. 138 / 138 GENETĠK MARKER SIRASI
1. D11S1758 2. D11S4181 3. D11S1871 4. BSTR 5. HBG
6. HBB GEN MUTASYONU 7. BTG
8. HPFH 9. BHi (Hinf I) 10. Rsa I 11. Hinf I 12. BRsa (AT) 13. D11S1241 14. D11S1323 15. D11S1997 16. D11S1338 17. D11S2362
1. 113 / 108 ! 2. 146 / 139 ! 3. 159 / 163 ! 4. 144 / 139 ! 5. 199 / 179 ! 6. IVS1-110 G/A / N 7. 118 / 118 8. 106 / 106 9. (+ / +) 10. ( - / - )
11. + / - ! 12. 127 / 127 13. 117 / 117 ! 14. 108 / 108 15. 120 / 120 16. 162 / 162 17. 138 / 138
BT 106 BT 107
1. 113 / 108 2. 146 / 143 3. 159 / 159 4. 144 / 144 5. 199 / 199
6. IVS1-110 G/A / IVS1-110 G/A 7. 118 / 118
8. 106 / 106 9. + / + 10. (- / - ) 11. (+ / +) 12. 127 / 127 13. 117 / 117 14. 108 / 112 15. 120 / 120 16. 162 / 164
17. 138 / 138 HLA
IVF - PGT
-TALASSEM Ġ + HLA
PGT 19 PGT 20
MARKER SIRASI 1. D11S1758 2. D11S4181 3. D11S1871 4. BSTR 5. HBG 6. HBB MUTASYONU 7. BTG 8. HPFH 9. BHi (Hinf I) 10. Rsa I 11. Hinf I 12. BRsa (AT) 13. D11S1241 14. D11S1323 15. D11S1997
1. 106 / 108 2. 144 / 146 3. 157 / 161 4. 139 / 143 5. 180 / 197 6. IVS1-1G/A / N 7. 118 / 114 8. 102 / 107 9. + / + 10. - / - 11. - / - 12. 127 / 129 13. 117 / 117 14. 113 / 108 15. 124 / 140
PGT 25
1. 112 / 106 2. 148 / 144 3. 173 / 157 4. 139 / 139 5. 180 / 180 6. N / IVS1-1 G/A 7. 118 / 118 8. 107/ 102 9. - / + 10. - / - 11. + / - 12. 127 / 127 13. 117 / 117 14. 115 / 113 15. 120 / 124 1. 108 / 106 2. 146 / 144 3. 161 / 157 4. 143 / 139 5. 197 / 180 6. N / IVS1-1 G/A 7. 114 / 118 8. 107 / 102 9. - / + 10. - / - 11. - / - 12. 129 / 127 13. 117 / 117 14. 108 / 113 15. 140 / 124 PGT 21
1. 106 / 106 2. 144 / 144 3. 157 / 157 4. 139 / 139 5. 180 / 180
6. IVS1-1 G/A / IVS1-1 G/A 7. 118 / 118
8. 102 / 102 9. + / + 10. - / - 11. - / - 12. 127 / 127 13. 117 / 117 14. 113 / 113 15. 124 / 124
PGT 218 PGT 219
1. 106 / 108 2. 139 / 143 3. 159 / 159 4. 142 / 138 5. 198 / 179 6. IVS1-110 / N 7. 118 / 118 8. 107 / 107 9. + / - 10. + / + 11. + / + 12. 126 / 126 13. 117 / 150 14. 107 / 107 15. 145 / 116
PGT 221
1. 108 / 112 2. 143 / 146 3. 159 / 159 4. 138 / 142 5. 179 / 198 6 . N / IVS1-110 7. 118 / 118 8. 107 / 107 9. - / + 10. + / + 11. + / + 12. 126 / 126 13. 117 / 150 14. 107 / 107 15. 116 / 120 1. 108 / 112 2. 139 / 146 3. 161 / 159 4. 142 / 142 5. 196 / 198 6. N / IVS1-110 7. 116 / 118 8. 107 / 107 9. + / + 10. + / + 11. + / + 12. 126 / 126 13. 117 / 150 14. 107 / 107 15. 120 / 120
PGT 220 1. 106 / 112
2. 139 / 146 3. 159 / 159 4. 142 / 142 5. 198 / 198 6. IVS1-110 / IVS1-110 7. 118 / 118 8. 107 / 107 9. + / + 10. + / + 11. +/ + 12. 126 / 126 13. 117 / 150 14. 107 / 107 15. 145 / 120
PGT 85 PGT 86
PGT 88 PGT 87
1. 108 / 108 2. 144 / 146 3. 159 / 161 4. 138 / 138 5. 178 / 178 6. ? / N 7. 116 / 118 8. 111 / 106 9. + / + 10. + / + 11. - / - 12. 129 / 126 13. 119 / 113 14. 112 / 108 15. 145 / 140
1. 108 / 110 2. 139 / 144 3. 159 / 159 4. 138 / 142 5. 178 / 196 6. N / Codon 15 G/A 7. 118 / 114 8. 101 / 106 9. - / + 10. - / -
11. - / - 12. 126 / 129 13. 117 / 117 14. 112 / 114 15. 124 / 158 1. 108 / 110
2. 146 / 144 3. 161 / 159 4. 138 / 142 5. 178 / 196 6. N / Codon 15 G/A 7. 118 / 114 8. 106 / 106 9. + / +
10. + / - 11. - / - 12. 129 / 127 13. 113 / 117 14. 108 / 114 15. 140 / 158 1. 108 / 110
2. 144 / 144 3. 159 / 159 4. 138 / 142 5. 178 / 196 6. ? / Codon 15 G/A 7. 116 / 114 8. 111 / 106 9. + / +
10. + / - 11. - / - 12. 129 / 129 13. 119 / 117 14. 112 / 114 15. 145 / 158
/ 106 . 10
. - 10. - / 11.
8 9 10. - / 11.
-TALASSEM Ġ + HLA
/ 118
7. 116 8. 107 9.
10. + / 11 7. 116 8.
9 10. + / 11
-TALASSEM Ġ
+ HLA
HLA BÖLGESĠ HOMOZĠGOTLUĞU
PGT 274 PGT 275
PGT 276
MARKER SIRASI
1. D17S960
2. TP53 INT1 VN
R337P (G/C)
3. D17S1353
4. D17S786
5. D17S1858
Li-Fraumeni Sendromu, TP53 gene, 17p13.1
p53-2 1. 213 / 221
2. 176 / 178 C / G 3. 151 / 135 4. 142 / 158 5. 230 / 234 1. 213 / 215
2. 178 / 178 C / G 3. 151 / 135 4. 142 / 150
5. 230 / 234 p53-1
p53-4 p53-3
p53-5
1. 215 / 221 2. 178 / 179 G / G 3. 135 / 135 4. 150 / 158 5. 234 / 234 1. 219 / 221 2. 178 / 179
G / G 3. 135 / 135 4. 150 / 158 5. 226 / 234 1. 213 / 215
2. 176 / 178 C / G 3. 151 / 135 4. 142 / 150 5. 230 / 234 p53-6
1. 205 / 218
2. 183 / 183
G / G
3. 129 / 136
4. 151 / 159
5. 236 / 238
Pompe Hastalığı/Glikojen Depo Hastalığı Tip II
GAA Geni 17q25.2-q25.3 Ekzon 13, c.1846delG (p.Asp616Thrfs*80) Ekzon 6, c.1064T>C (p.L355P)
GENETĠK MARKERLER cM 1. D17S802 76.23 cM 2. D17S1806 77.45 cM 3. D17S784 77.80 cM 4. D17S1830 77.80 cM 5. rs2304852 SNP1 T/C 78.04 cM 6. rs12600845 SNP2 C/T 78.08 cM 7. Ex 13 c.1846delG ve Ex 6 c.1064T>C 78.08 cM 8. rs1042397 SNP3 G/A 78.09 cM 9. D17S928 80.25 cM
1. 173 / 171 2. 131 / 144 3. 127 / 127 4. 110 / 108 5. T / T 6. C / C 7. N / N 8. A / A 9. 186 / 188
PGT-194
1. 177 / 174 2. 130 / 134 3. 131 / 128 4. 112 / 114 5. T / T 6. C / C 7. 1846delG / N 8. A / A 9. 186 / 182
PGT-195
1. 171 / 173 2. 147 / 136 3. 124 / 127 4. 110 / 112 5. C / T 6. T / C 7. N / 1064T>C 8. A / A 9. 190 / 180
PGT-196
1. 171 / 171 2. 134 / 134 3. 131 / 129 4. 114 / 116 5. C / C 6. T / T 7. N / N 8. A / A 9. 186 / 196
PGT-197
1. 177 / 171 !
2. 130 / 144 !
3. 131 / 127 !
4. 112 / 108 !
5. T / T 6. C / C
7. 1846delG / N ! 8. A / A
9. 186 / 188 !
PGT-172
1. 171 / 173 !
2. 134 / 136 !
3. 131 / 127 !
4. 114 / 112 !
5. C / T !
6. T / C !
7. N / 1064T>C ! 8. A / A
9. 186 / 180 !
PGT-173
PGT-193 1. 177 / 173 2. 130 / 136 3. 131 / 127 4. 112 / 112 5. T / T 6. C / C
7. 1846delG / 1064T>C 8. A / A
9. 186 / 180
Metil Malonik Asidüri – MUT Geni 6p12.3 Ekzon 12 c.2020C>T (p.L674F)
PGT-149 PGT-150
1.5 yaĢ 3.5 yaĢ
PGT-184 PGT-185
1. 164 / 164 2. 172 / 172 3. 153 / 153 4. A / A G / G T / C 5. 184 / 184 6. 247 / 247 7. 147 / 147
PGT-186 1. 170 / 164 2. 172 / 172 3. 140 / 153 4. A / A
G / G C / T
5. 186 / 184 6. 247 / 247 7. 147 / 147
PGT-187
GENETİK MARKER SIRASI
1. D6S1566 47.627 cM 2. D6S438 48.653 cM 3. D6S269 49.176 cM 4. MUT Geni 49.398 cM Ekzon 3 c.636G>A (p.K212K) Ekzon 12 c.2011A>G (p.I671V) Ekzon 12 c.2020C>T (p.L674F) 5. D6S272 50.846 cM 6. D6S436 50.911 cM 7. D6S465 51.164 cM
1. 170 / 164 ! 2. 172 / 172 3. 140 / 153 ! 4. G / A ! A / G ! C / T ! 5. 186 / 184 ! 6. 240 / 247 ! 7. 154 / 147 !
8 5
1. 164 / 164 2. 172 / 172 3. 153 / 153 4. A / A G / G C / T 5. 184 / 184 6. 247 / 247 7. 147 / 147 1. 170 / 164
2. 172 / 172 3. 140 / 153 4. G / A A / G C / C 5. 186 / 184 6. 240 / 247 7. 154 / 154
1. 164 / 164 2. 172 / 172 3. 153 / 153 4. A / A
G / G
T / C !
5. 184 / 184
6. 247 / 247
7. 147 / 147
Kistik Fibrozis, CFTR
MARKERLER 1. D7S486 2. D7S522 3. D7S633 4. D7S677 5. INTRON 1 6. INTRON 6 7. INTRON 8-1 8. INTRON 8-2 9. CFTR (ΔF508/G542X) 10. EXON 10 (A/G) 11. EXON 14 (T/G) 12. INTRON 18 (C/A) 13. INTRON 20 (G/A) 14. INTRON 17 (CA) 15. INTRON 17B (TA) 16. D7S847 17. D7S655
PGT-212
1. 126 / 122 2. 131 / 131 3. 145 / 148 4. 130 / 124 5. 213 / 215 6. 99 / 103 7. 150 / 144
8. -
9. ΔF508 / N 10. G / A 11. T / T 12. C / C
13. G / G 14. 97 / 97
15. 185 / 183 16. 139 / 139 17. 91 / 105
1. 124 / 122 2. 135 / 131 3. 148 / 148 4. 124 / 124 5. 215 / 215 6. 103 / 103 7. 144 / 144
8. -
9. N / N 10. A / A 11. T / T 12. C / C 13. G / G 14. 97 / 97 15. 183 / 183 16. 148 / 139 17. 91 / 105
1. 115 / 122
2. 131 / 135 3. 150 / 150 4. 138 / 130 5. 213 / 213 6. 103 / 99 7. 159 / 150
8. -
9. N / G542X 10. A / G 11. (G / T) 12. A / C 13. A / G 14. 105 / 97 15. 135 / 189 16. 139 / 160 17. 91 / 91
1. 115 / 126 2. 131 / 137 3. 150 / 152 4. 138 / 134 5. 213 / 219 6. 103 / 103 7. 159 / 155
8. -
9. N / N 10. A / A 11. (G / T) 12. A / C 13. A / G 14. 105 / 97 15. 135 / 185 16. 139 / 148 17. 91 / 91
1. 122 / 122 2. 137 / 135 3. 161 / 150 4. 126 / 130 5. 203 / 213 6. 99 / 99 7. 146 / 150
8. -
9. N / G542X 10. G / G 11. (G / T) 12. C / C 13. G / G 14. 113 / 97 15. 164 / 189 16. 160 / 160 17. 91 / 91 1. 126 / 114
2. 131 / 137 3. 145 / 150 4. 130 / 124 5. 213 / 215 6. 99 / 103 7. 150 / 144
8. -
9. ΔF508 / N 10. G / A 11. T / T 12. C / C 13. G / G 14. 97 / 97 15. 185 / 185 16. 139 / 144 17. 91 / 107
PGT-213 PGT-215
PGT-214 PGT-216 PGT-217
3. G / G 97 / 97
185 / 183 139 / 139
91 / 105
PGT-212 PGT-212
/ 183 139 / 105
PGT-212 PGT-213 13. 13.
. 105 / 5. 135 / 6. 139 / 7. 91 / 91 13.
14
15. 135 / 16. 139 / 17. 91 / 91
PGT-213
Kistik Fibrozis,CFTR
Duchenne Muskuler Distrofisi - DMD
1. 186 / 190 2. 157 / 157 3. 140 / 151 4. 139 / 139 5. 84 / 72 6. 148 / 152 7. 139 / 139 8. 127 / 127 9. 166 / 177 10. 143 / 163 11. 107 / 101 12. 179 / 177 13. 123 / 123 14. 107 / 111 15. 120 / 112 16. 202 / 207
DMD-3 DMD-4 Amniosentez Materyali, 17 hft.
DMD-2
1. 186 2. 157 3. 140 4. 139 5. 84 6. 148 7. 139 8. 127 9. 166 10. 143 11. 107 12. 179 13. 123 14. 107 15. 120 16. 202
DMD-1
1. 190 / 190 2. 157 / 161 ! 3. 151 / 158 ! 4. 139 / 133 ! 5. 72 / 84 ! 6. 152 / 148 ! 7. 139 / 144 ! 8. 127 / 125 ! 9. 177 / 166 ! 10. 163 / 163 11. 101 / 116 ! 12. 177 / 183 ! 13. 123 / 128 ! 14. 111 / 111 15. 112 / 112 16. 207 / 200 ! 1. 190
2. 161 3. 158 4. 133 5. 84 6. 148 7. 144 8. 125 9. 166 10. 163 11. 116 12. 183 13. 128 14. 111 15. 112 16. 200
P
DMD-7
1. 191 2. 159 3. 160 4. 135 5. 84 6. 147 7. 139 8. 126 9. 171 10. 164 11. 125 12. 174 13. 123 14. 107 15. 118 16. 202
1. 186 / DEL ! 2. 157 / DEL ! 3. 140 / DEL ! 4. 135 / 126 ! 5. 92 / 84 ! 6. 147 / 147 7. 139 / 139 8. 126 / 130 ! 9. 171 / 176 ! 10. 168 / 164 ! 11. 101 / 101 12. 174 / 171 ! 13. 123 / 123 14. 111 / 107 ! 15. 116 / 118 ! 16. 197 / 201 ! 1. DEL
2. DEL 3. DEL 4. 126 5. 84 6. 147 7. 139 8. 130 9. 176 10. 164 11. 101 12. 171 13. 123 14. 107 15. 118 16. 201
DMD-6 DMD-5
GENETİK STR MARKERLERİ 1. 5' STR I (31151282 - 31151071) 2. 5' STR II (31143219 - 31143061) 3. 5' STR III (31140397 - 31140187) 4. INTRON 2 STR (30783430 - 30783271) 5. INTRON 4 STR (30631578 - 30631425) 6. INTRON 7 A STR (30587223 - 30586995) 7. INTRON 7 B STR (30585985 - 30585792) 8. INTRON 25 STR (30256464 - 30256254) 9. INTRON 44 STR (30004921 - 30004693) 10. INTRON 45 STR (29767336 - 29767083) 11. INTRON 49 STR (29622534 - 29622433) 12. INTRON 50 STR (29579604 - 29579397) 13. INTRON 51 STR (29556419 - 29556214) 14. INTRON 59 STR (29277692 - 29277523) 15. INTRON 63 STR (29042693 - 29042469) 16. 3’ STR (28532236 – 28532006)
1. 193 / 187 ! 2. 157 / 155 ! 3. 138 / 140 ! 4. 136 / 136 5. 74 / 74 6. 147 / 147 7. 140 / 140 8. 128 / 128 9. 177 / 167 ! 10. 165 / 161 ! 11. 114 / 96 ! 12. 174 / DEL ! 13. 123 / DEL ! 14. 107 / 111 ! 15. 118 / 112 ! 16. 201 / 197 !
GENETİK STR MARKERLERİ 1. 5' STR I (31151282 - 31151071)
2. 5' STR II (31143219 - 31143061) 3. 5' STR III (31140397 - 31140187) 4. INTRON 2 STR (30783430 - 30783271) 5. INTRON 4 STR (30631578 - 30631425) 6. INTRON 7 A STR (30587223 - 30586995) 7. INTRON 7 B STR (30585985 - 30585792) 8. INTRON 25 STR (30256464 - 30256254) 9. INTRON 44 STR (30004921 - 30004693) 10. INTRON 45 STR (29767336 - 29767083) 11. INTRON 49 STR (29622534 - 29622433) 12. INTRON 50 STR (29579604 - 29579397) 13. INTRON 51 STR (29556419 - 29556214) 14. INTRON 59 STR (29277692 - 29277523) 15. INTRON 63 STR (29042693 - 29042469) 16. 3’ STR (28532236 - 28532006) (Not:Genomik DNA dizisi yerleşimleri, Homo sapiens X-kromozomu birleştirilmiş NCBI referans contig # NT_011757.15 GI: 89059526üzerindeki yerleri olarak belirtilmiştir)
