NIPT Teknik ve Yöntemleri
Prof Dr Sermet Sağol
EÜTF Kadın Hastalıkları ve Doğum AD
NIPT için dizayn edilmiş 75 test mevcut.
Metod Tanımlama Test
Tüm genom kitlesel paralel sekanslama
s-MPS / WGS
Tüm genom sekanslama, tüm krromozomların görülmesini sağlar
Bambni (Berry Genomics) Prena Test ( LifeCodex) NIFTY (BGI)
Verifi Prenatal Test (Illumina) MaterniT21 Plus (Sequenom) Hedeflenmiş kitlesel paralel
sekanslama
t-MPS DANSR
Seçilmiş kromozom bölgelerinin
sekanslaması
Harmony ( Ariosa,Roche )
SNP array Seçilmiş SNP’ lerin
microarray analizi
Harmony ( Ariosa, Roche) Hedeflenmiş SNP (tek
nükleotid polimorfizmleri) sekanslama
SNP altküme sekanslaması
Panorama ( Natera)
Fetal DNA fragmanları ağırlıklı olarak 143 bp ve maternal DNA fragmanları genellikle 166 bp uzunluğundadır.
Fetal Fraksiyon
- Adaptör DNA nın tutunmasını sağlar ve amplifikasyon sırasında primer görevi yapar.
- Barkod aynı çalışmada çalışılan örneklerin birbirinden
ayrılmasını sağlar
MPS ile her bir parçanın sadece ilk 25 veya 36 bp'si
sıralanır ( 12-25 milyon dizileme).
SNP yaklaşımı seçici olarak 19488 polimorfik lokusu kromozom 13, 18, 21, X ve Y üzerinde diziler.
Genomda bulunan ve fenotipi etkilemeyen kısa baz değişiklikleri.
Genomda şimdilik bilinen SNP sayısı >70.000.000.
Kromozom 21, 18 ve 13 için polimorfik olmayan 576 SNP belirteci için proplar kullanılır.
Fetal fraksiyonu saptamak için 192 SNP belirteci
(kromozom 1-12 için polimorfik) kullanılır.
Z -score veya normalize kromozom değeri (NCV) olarak ifade edilen sayım sayısındaki fazlalık veya eksiklik, bu
kromozom için anöploidi anlamına gelir.
Sequenom, Illumina, ve LabCorp's Integrated negatif / aneuploidi saptanmadı.
Sequenom, % 4,3 fetal fraksiyon ( ???)
Ariosa ve Natera – sonuç vermek için yetersiz fetal DNA
