Sonuçlar

Yapılan bu çalışma ile 2009 ve 2010 yıllarında Konya, Karaman ve Aksaray illeri kabakgil ekim alanlarından toplanan viral hastalık belirtileri gösteren kabakgil bitki, tohum, yabancı ot örnekleri ve afid örneklerindeki mevcut virüsler serolojik ve moleküler yöntemlerle ortaya konulmuştur. Araştırma sonuçlarına göre 652 adet kabakgil bitki örneğinin 544 (%83,4)‟ünün, 85 adet yabancı ot örneğinin 43 (%50,6)‟ünün, 92 adet tohum örneğinin 8 (%8,7)‟inin ve 17 adet afid örneğinin 8 (%47)‟inin virüslerle bulaşık olduğu ortaya konulmuştur.

Testlemeler sonucunda bölgedeki hâkim virüslerin; kabakgil bitki örneklerinde ZYMV (%51,7), WMV-2 (%45,2) ve CMV (%21,3), yabancı ot örneklerinde CMV (%36,5), WMV-2 (%22,3) ve ZYMV (%15,3), tohum örneklerinde ZYMV (%4,3), WMV-2 (%3,3) ve CMV (%1,1), afid örneklerinde ise CMV ve ZYMV (%17,6) ile WMV-2 (%11,7) olduğu belirlenmiştir. Araştırma sonuçlarına göre bölgede gelecekteki enfeksiyonlar için kabakgil ekim alanlarında yaygın olan horozibiği, sirken ve domuz pıtrağı gibi yabancı ot türlerinin enfeksiyon kaynağı ve bu virüslere alternatif birer konukçu olabilecekleri kanısına varılmıştır. Bunun yanında testlenen iki afid türünün de (M. persicae ve A. gossypii) bölgede sorun olan virüsler ile bulaşık olduğu belirlendiğinden, bu üç virüsün yayılmasına ve üretim açısından tehdit oluşturmasına sebep olacakları düşünülmektedir.

5.1.1. DAS-ELISA çalıĢmalarına iliĢkin sonuçlar

Yaprak bitleri örnekleri hariç arazi çalışmalarında toplanan 652 adet kabakgil bitki örneği, 92 adet tohum örneği ve 85 adet yabancı ot örneğindeki virüs (CGMMV, CMV, PRSV-W, SqMV, WMV-2 ve ZYMV) mevcudiyetini serolojik olarak saptamak amacıyla, örneklere DAS-ELISA testi uygulanmıştır.

Test sonuçlarına göre; 2009 yılında toplam 348 örneğin 237‟sinin (%68,1), 2010 yılında ise toplam 481 örneğin 358‟inin (%74,4) bir veya daha fazla virüsle bulaşık oldukları saptanmıştır. Gerçekleştirilen DAS-ELISA testleri sonucunda, her iki yıl için de testlenen hiçbir örnekte CGMMV enfeksiyonu saptanmamıştır.

2009 yılında test edilen toplam 296 kabakgil bitki örneğinin 227‟sinin (%76,7), 11 adet yabancı ot örneğinin 4‟ünün (%36,4) ve 41 adet tohum örneğinin 6‟sının (%14,6) virüslerle bulaşık olduğu belirlenmiştir. Test edilen kabakgil bitkilerinde en fazla saptanan virüs % 49 bulaşıklık oranı ile WMV-2 olurken, ZYMV (%43,2) ve CMV (%8,8) bu virüsü takip etmiştir. Yabancı ot örneklerinde ise ZYMV (%36,4) ve WMV-2 (%27,3) tespit edilirken, pozitif örneklerin tamamında ZYMV bulaşıklığı belirlenmiştir. Aynı yıl toplanan tohum örneklerinde WMV-2 (%7,3), ZYMV (%4,9) ve CMV (%2,4) bulaşıklıkları saptanmıştır.

2010 yılında test edilen toplam 356 kabakgil bitki örneğinin 317‟sinin (%89), 74 adet yabancı ot örneğinin 39‟unun (%52,7) ve 51 adet tohum örneğinin 2‟sinin (%3,9) virüslerle bulaşık olduğu belirlenmiştir. Test edilen kabakgil bitkilerinde en fazla saptanan virüs % 58,7 bulaşıklık oranı ile ZYMV olurken, WMV-2 (%42,1), CMV (%31,7), SqMV (%10,7) ve PRSV-W (%9,2) bu virüsü takip etmiştir. Yabancı ot örneklerinde ise en yaygın virüs CMV (%41,9) olurken, WMV-2 (%21,6) ve ZYMV (%12,2) bu virüsü takip etmiştir. Aynı yıl toplanan tohum örneklerinde sadece ZYMV (%3,9) enfeksiyonu tespit edilmiştir.

Çalışma kapsamında Konya ilinden toplanan toplam 423 kabakgil bitki örneğinde en fazla ZYMV ve WMV-2 enfeksiyonu belirlenmiştir. Bu virüslerin bulaşıklık oranlarının sırasıyla, kabakta %70,5 ve %44,6 ve karpuzda %40 ve %46,7 olduğu testler sonucunda ortaya konulmuştur. CMV (%25,3), PRSV-W (%6,4) ve SqMV (%5,9) bu iki virüsü izlemektedir. Testlemeler sonucunda ikili enfeksiyonlar tespit edilen 112 adet kabakgil bitki örneğinin %47,3‟ünün ZYMV+WMV-2, %14,3‟ünün CMV+WMV-2, %13,4‟ünün ise CMV+ZYMV ile enfekte edildiği belirlenmiştir.

Konya ilinden toplanan 14 farklı türdeki toplam 71 yabancı ot örneğinin %54,9‟unun virüslerle bulaşık olduğu ve bu virüslerin de CMV (%38), WMV-2 (%26,7), ZYMV (%15,5), PRSV-W (%2,8) ve SqMV (%2,8) olduğu belirlenmiştir. Yabancı otlarda en fazla saptanan virüs olan CMV ile şeytan elması (%66,7), sirken (%46,1), tarla sarmaşığı (%42,8), domuz pıtrağı, köpek üzümü ve horozibiği (% 33,3)‟nin bulaşık olduğu belirlenmiştir.

Aynı ilden toplanan 46 çerezlik kabak tohumu, 8 kavun tohumu, 4 karpuz tohumu ve 3 hıyar tohumundan oluşan toplam 61 adet tohum örneğinin %8,2‟sinin virüslerle enfekteli olduğu belirlenmiştir. İki kavun ve bir karpuz örneğinin WMV-2, bir

hıyar örneğinin CMV ve bir çerezlik kabak tohum örneğinin ise ZYMV taşıdığı ortaya konulmuştur.

Çalışma kapsamında Karaman iline ait toplam 135 kabakgil bitki örneğinde en fazla ZYMV ve WMV-2 enfeksiyonu tespit edilmiştir. Bu virüslerin bulaşıklık oranlarının sırasıyla; kabakta %69 ve %50, kavunda ise %36,2 ve %43 olduğu gerçekleştirilen testler ile ortaya konulmuştur. Bitki örneklerinde bu iki virüsten başka CMV (%18,5), PRSV-W (%14,8) ve SqMV (%12,6) de belirlenmiştir. 49 örnekte ikili enfeksiyon tespit edilmiştir. Bunların arasında ZYMV+WMV-2 enfeksiyonları %44,9 ile en çok görülen çoklu enfeksiyon olmuştur. Kabakgil bitki örneklerinde CMV+WMV-2 (%16,3) ve ZYMV+SqMV (%10,2) ikili enfeksiyonları da tespit edilmiştir.

Karaman ilinden toplanan ve DAS-ELISA testi uygulanan 5 farklı türdeki toplam 11 yabancı ot örneğinin %18,2‟sinin CMV ile bulaşık olduğu ve bu örneklerin, bir adet horozibiği (%25) ve bir adet domuz pıtrağı (%50) örneği olduğu belirlenmiştir.

Aynı ilden toplanan toplam 15 adet tohum örneğinin %13,3‟ünün ZYMV ile enfekteli olduğu belirlenmiştir. Gerçekleştirilen testlemeler ile aynı tarlada yetiştirilen, bir kavun ve bir çerezlik kabak tohum örneğinin ZYMV taşıdığı ortaya konulmuştur.

Çalışma kapsamında Aksaray iline ait toplam 94 kabakgil bitki örneğinde hâkim virüslerin ZYMV ve WMV-2 olduğu tespit edilmiştir. Bu virüslerin bulaşıklık oranlarının sırasıyla; çerezlik kabakta %48,5 ve %47,1, balkabağında ise %30,8 ve %46,2 olduğu belirlenmiştir. Bitki örneklerinde SqMV (%12,8), CMV (%9,6) ve PRSV-W (%1,1) de belirlenmiştir. 21 örnekte ikili enfeksiyon tespit edilmiştir. Bunların arasında ZYMV+WMV-2 enfeksiyonları %71,4 ile en çok görülen çoklu enfeksiyon olmuştur.

Arazi çalışmalarında, Aksaray ilinden toplanan 1 adet horozibiği ve 2 adet sirken örneklerinin %66,7 oranında virüslerle bulaşık olduğu belirlenmiştir. Sirken örneklerinin bir tanesinde ZYMV enfeksiyonu saptanırken, horozibiği örneğinde WMV-2+ZYMV ikili enfeksiyonu tespit edilmiştir. Yabancı otlar bölgede bu viruslerin reservoirları durumundadır. Bunlardan alınan patojenler başta M. persicae olmak üzere afid vektörleri ile sağlıklı bitkilere taşınmaktadır.

Aksaray iline ait toplam 16 adet çerezlik kabak tohum örneğinde, testlemeler sonucunda virüs enfeksiyonu saptanmamıştır. Buna karşılık, Konya ve Karaman ilindeki tohumlarda virus bulaşması saptanmıştır.

5.1.2. RT-PCR çalıĢmalarına iliĢkin sonuçlar

DAS-ELISA çalışmalarında; ZYMV (78 bitki, 4 tohum ve 2 yabancı ot örneği), WMV-2 (55 bitki ve 4 tohum), CMV (14 bitki, 1 tohum ve 3 yabancı ot örneği), SqMV (10 bitki) ve PRSV-W (1 bitki ve 1 yabancı ot örneği) ile bulaşık olduğu tespit edilen örnekler ile kabakgil bitkileri üzerinden toplanan 17 adet afid örneği RT-PCR ile testlenmiştir. Ayrıca, karışık enfeksiyonların saptandığı bazı bitki örnekleri ile virüs enfeksiyonu saptanmayan bitki örneklerine de RT-PCR uygulanmıştır.

RT-PCR çalışmaları sonucunda; ZYMV için 193 bp, WMV-2 için 822 bp, CMV için 488 ve 650 bp, SqMV için 500 bp ve PRSV-W için ise 820 bp‟lik bantlar elde edilmiştir.

RT-PCR ile testlenen 17 adet afid örneğinin ise, 3‟ünün ZYMV, 2„sinin WMV-2 ve 3‟ünün de CMV ile bulaşık olduğu belirlenmiştir.

5.1.3. Dizi belirleme çalıĢmalarına iliĢkin sonuçlar

RT-PCR ile saptanmış olan, CMV izolatlarından 2, WMV-2 izolatlarından 3 ve ZYMV izolatlarından 5 tane seçilerek PCR ürünlerinin dizileri belirlenmiştir. Dizileri belirlenen C-5, C-14, W-2, W-26 ve W-59 izolatları; KC989614, KC989615, KF021298, KF021299 ve KF021300 aksesyon numaralarıyla Genbank‟a kaydettirilmişlerdir. ZYMV izolatlarına ait dizi boyu 200 bp‟nden kısa olduğu için bu diziler GenBank‟a kayıt ettirilmemişlerdir. Aynı zamanda dizileri belirlenen izolatların filogenetik analizleri yapılarak dünyadaki diğer izolatlarla karşılaştırılmış ve bu izolatlarla olan benzerlik oranları belirlenmiştir. Bu sonuçlara göre;

CMV‟nün iki izolatı arasındaki benzerlik oranı %93,7 olarak belirlenirken, C-5 izolatı %95 oranında İran (JX025994.1) ve C-14 izolatı ise %99 oranında Avustralya (AJ585517.1) izolatına benzerlik göstermiştir.

WMV‟2 nin üç izolatının kendi aralarındaki benzerlik oranları %98‟in üzerinde bulunurken, her üç izolat da en fazla benzerliği (%99) Fransa (JF273462.1) izolatına göstermişlerdir.

ZYMV izolatlarının kendi aralarındaki benzerlik oranları ise %96,8 ile %100 arasında olduğu belirlenirken, Z-13, Z-16 ve Z-41 izolatlarının %98 İran (EF071916.1), Z-28 ve Z-39 izolatlarının ise %97 Venezuela (JX310106.1) izolatına benzedikleri belirlenmiştir.