Ökaryotik Hücre Oluşumu

Ökaryotik Hücre Oluşumu

 2 hipotez vardır:

a. Ökaryotlar çekirdek taşıyan soy olarak başlamış, mitokondri ve kloroplastı

endosimbiyoz ile sonradan kazanmış.

b. H

Hipotezi: Ökaryotik hücreler H2

üreticisi Bacteria türü (mitokondriyi

oluşturur) ile konakçı bir H2 tüketicisi

Archae türünün birlikteliği ile ortaya

çıkmıştır.

Filogenetik analizlerde iş gören genler

 16S rRNA (prokaryot) ve 18S rRNA

(ökaryot) ribozomun küçük alt biriminin parçası.

 SSU rRNA genleri filogenetik

analizler için mükemmel. Çünkü;

a. Evrensel olarak yaygın

b. İşlevleri sabit

c. Oldukça korunmuş

d. Yeterli uzunlukta

 SSU rRNA lar yakın akraba türlerin ayırt edilmesinde çoğunlukla yetersiz (bu durumu çözmek için diğer

gen dizileri ve çoklu genler kullanılır)

Mikrobiyel Filogeni

 Dünya üzerindeki hücresel yaşam

“domain” olarak adlandırılan 3 temel soy hattı üzerinden evrimleşmiştir:

 Bacteria, Archaea ve Eukarya

Bacteria

 80 den fazla filum var

 Proteobacteria en çok bilineni

 Organeller Bacteria domaininden köken almış Mitokondri Proteobacteria’dan

Kloroplast Siyanobakterilerden

Archae

 5 filum var (Crenarchaeota,

Euryarchaeota, Nanoarchaeota, Korarchaeota, Thaumarchaeota)

 Crenarchaeota evrensel ağacın köküne yakın. Pyrolobus hipertermofil

 Euryarchaeota’ya dahil metanojenik,

ekstrem halofil ve ekstrem asidofil türler

mevcut.

 Bakteriyel taksonomi de geleneksel yaklaşımlar;

Teşhis ve tanımlama da çoğunlukla fenotipik

aktiviteleri karşılaştırır. Örneğin; morfoloji, hareket,

metabolizma, fizyoloji, hücre duvarı kimyası, hücresel yağ asidi, pigment oluşturma, lüminesens özellik,

antibiyotik duyarlılık gibi

 Günümüzde ise,DNA dizi verilerini kullanarak filogenetik akrabalık ilişkilerini yansıtır.

 Taksonomide artık polifazik yaklaşım var yani

bakterilerin teşhisi ve tanımlanmasında 3 çeşit

yöntem kullanılır:

1. Fenotipik: morfolojik, metabolik, fizyolojik ve kimyasal karakterler

2. Genotipik: genomun karakterleri üzerinde durur.

3. Filogenetik: organizmaları evrimsel bir çerçeve

içerisine yerleştirir.

Bergey’s Manual

 Bacteria ve Archae’lerin esas olarak taksonomik seviyede ele alındığı sınıflandırma sistemi

Prokaryotes

 Bacteria ve Archae’nin zenginleştirilmesi, izolasyonu

ve kültüre edilmesi ile ilgili detayları içerir.