T.C.
SELÇUK ÜNĠVERSĠTESĠ FEN BĠLĠMLERĠ ENSTĠTÜSÜ
YERLĠ KARA SIĞIRLARDA DOĞUM ĠLE ONĠKĠ AYLIK YAġ ARASI BÜYÜME VE GELĠġME ÖZELLĠKLERĠ ĠLE MYOSTATĠN,
GHR VE PĠT-1 GENLERĠ ARASINDAKĠ ĠLĠġKĠLERĠN PCR-RFLP YÖNTEMĠ ĠLE
BELĠRLENMESĠ Çağrı MelikĢah SAKAR
DOKTORA TEZĠ
……… Anabilim Dalını
Aralık-2019 KONYA Her Hakkı Saklıdır
TEZ KABUL VE ONAYI
Çağrı Melikşah SAKAR tarafından hazırlanan “Yerli Kara Sığırlarda Doğum ile Oniki Aylık Yaş Arası Büyüme ve Gelişme Özellikleri ile Myostatin, GHR ve Pit-1 Genleri Arasındaki İlişkilerin PCR-RFLP Yöntemi ile Belirlenmesi” adlı tez çalışması 19/12/2019 tarihinde aşağıdaki jüri tarafından oy birliği ile Selçuk Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Zootekni Anabilim Dalı‟nda DOKTORA TEZİ olarak kabul edilmiştir.
Jüri Üyeleri Ġmza
BaĢkan
Prof. Dr. Nazan KOLUMAN ………..
DanıĢman
Prof. Dr. Uğur ZÜLKADİR ………..
Üye
Prof. Dr. Saim BOZTEPE ………..
Üye
Prof. Dr. Serap GÖNCÜ ………..
Üye
Prof. Dr. Mehmet AKÖZ ………..
Yukarıdaki sonucu onaylarım.
Prof. Dr. Mustafa YILMAZ FBE Müdürü
Bu tez çalışması S.Ü. BAP Koordinatörlüğü tarafından 18201039 no‟lu proje ile desteklenmiştir.
TEZ BĠLDĠRĠMĠ
Bu tezdeki bütün bilgilerin etik davranış ve akademik kurallar çerçevesinde elde edildiğini ve tez yazım kurallarına uygun olarak hazırlanan bu çalışmada bana ait olmayan her türlü ifade ve bilginin kaynağına eksiksiz atıf yapıldığını bildiririm.
DECLARATION PAGE
I hereby declare that all information in this document has been obtained and presented in accordance with academic rules and ethical conduct. I also declare that, as required by these rules and conduct, I have fully cited and referenced all material and results that are not original to this work.
İmza
Çağrı Melikşah SAKAR 19.12.2019
iv
ÖZET DOKTORA TEZĠ
YERLĠ KARA SIĞIRLARDA DOĞUM ĠLE ONĠKĠ AYLIK YAġ ARASI BÜYÜME VE GELĠġME ÖZELLĠKLERĠ ĠLE MYOSTATĠN, GHR VE PĠT-1
GENLERĠ ARASINDAKĠ ĠLĠġKĠLERĠN PCR-RFLP YÖNTEMĠ ĠLE BELĠRLENMESĠ
Çağrı MelikĢah SAKAR
Selçuk Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Zootekni Anabilim Dalı
DanıĢman: Prof. Dr. Uğur ZÜLKADĠR 2019, 87 Sayfa
Jüri
DanıĢman Prof. Dr. Uğur ZÜLKADĠR Prof. Dr. Saim BOZTEPE
Prof. Dr. Serap GÖNCÜ Prof. Dr. Nazan KOLUMAN
Prof. Dr. Mehmet AKÖZ
Bu çalışma, Yerli Kara sığırlarda doğum-oniki aylık yaş arası dönemde büyüme ve gelişme özellikleri ile Pit-1, GHR ve Myostatin genleri arasındaki ilişkilerin PCR-RFLP yöntemi ile belirlenmesi amacıyla yapılmıştır. Çalışmanın hayvan materyalini Ankara İli, Çamlıdere İlçesi, Osmansin Mahallesi‟nde bulunan 104 baş Yerli Kara buzağı oluşturmuştur. Çalışmada, Pit-1/HinfI geni polimorfizmleri ile canlı ağırlıklar arasında yapılan ilişki analizinde doğum (AA:14.30 kg, AB:14.324 kg ve BB:15.688), 6 ay (AA:83.44 kg, AB:79.17 kg ve BB:83.51 kg) ve 12 aylık (AA:95.55 kg, AB:95.24 kg ve BB:100.83 kg) dönemlerde BB genotipliler, 3 aylık dönemde ise (AA:51.77 kg, AB:47.94 kg ve BB:50.71 kg) AA genotiplilerin daha yüksek değerlere sahip olduğu belirlenmiştir. GHR/Alul geni polimorfizmleri ile canlı ağırlık arasında yapılan ilişki analizinde doğum (AA:15.042 kg, AG:14.700 kg, GG:14.804 kg) ve 6 ay (83.42 kg, AG:79.70 kg, GG:80.53 kg) dönemlerde AA genotipliler, 3 ay (AA:48.61 kg, AG:49.63 kg, GG:49.99 kg) ve 12 aylık dönemlerde ise (98.56 kg, 94.74 kg ve 99.25 kg) GG genotipliler daha ağır olarak bulunmuştur. Fakat istatistiki olarak ortalamalar arasındaki fark, iki gende de tüm dönemlerde önemsiz olarak bulunmuş olup, sadece Pit-1 geninde doğum döneminde önemli (P=0.030) olarak bulunmuştur. MSTN geni, tüm genotiplerde monomorfik olarak bulunduğu için ölçüm değerleri ile MSTN geni arasında bir ilişki analizi yapılamamıştır. Sonuçta, bu çalışmada Pit-1, GHR ve MSTN gen polimorfizmlerinin büyüme ve gelişme özellikleri üzerinde potansiyel olarak önemli bir etkisinin olmadığı belirlenmiştir.
v
ABSTRACT
Ph.D THESIS
DETERMINATION OF THE RELATIONSHIP BETWEEN MYOSTATIN, GHR AND PIT-1 GENES WITH GROWTH AND DEVELOPMENT
CHARACTERISTICS AMONG BIRTH AND TWELVE MONTH OF AGE BY PCR-RFLP METHOD IN THE ANATOLIAN BLACK CATTLE
Çağrı MelikĢah SAKAR
THE GRADUATE SCHOOL OF NATURAL AND APPLIED SCIENCE OF SELÇUK UNIVERSITY
THE DEGREE OF DOCTOR OF ANIMAL SCIENCE IN AGRICULTUREL FACULTY
Advisor: Prof. Dr. Uğur ZÜLKADĠR 2019, 87 Pages
Jury
Advisor Prof. Dr. Uğur ZÜLKADĠR Prof. Dr. Saim BOZTEPE
Prof. Dr. Serap GÖNCÜ Prof. Dr. Nazan KOLUMAN
Prof. Dr. Mehmet AKÖZ
This study, has been done determine the relationships between growth and development characteristics and the Pit-1, GHR and Myostatin genes in the Anatolian Black cattle from birth to twelve months of age by PCR-RFLP method. The animal material of the study consisted 104 head calves from the Anatolian Black Cattle in the Osmansin neighborhood of Çamlıdere district of Ankara. In the study, in point of Pit-1/HinfI gene polymorphisms, were found out heavier BB genotypes during birth (AA:14.30 kg, AB:14.324 kg ve BB:15.688), 6 months (AA:83.44 kg, AB:79.17 kg ve BB:83.51 kg) and 12 months were found out (AA:95.55 kg, AB:95.24 kg ve BB:100.83 kg); while AA genotypes were higher in ages 3 months (AA:51.77 kg, AB:47.94 kg ve BB:50.71 kg). In terms of GHR/Alul gene polymorphisms, were found out heavier AA genotypes during birth (AA:15.042 kg, AG:14.700 kg, GG:14.804 kg) and 6 months were found out (AA:83.42 kg, AG:79.70 kg, GG:80.53 kg); while GG genotypes were higher in ages 3 months (AA:48.61 kg, AG:49.63 kg, GG:49.99 kg) and 12 months (98.56 kg, 94.74 kg ve 99.25 kg). However, the difference between averages was statistically not significant in both genotypes in all periods. Only, Pit-1 gene was found significant (P=0.030) at birth. Since the MSTN gene was found to be monomorphic in all genotypes, no correlation analysis was performed between the measured values and the MSTN gene. In conclusion, it was determined that Pit-1, GHR and MSTN gene polymorphisms had no potentially significant effect on growth and development characteristics.
vi
ÖNSÖZ
Yerli Kara sığırlar, yüzyıllardır Anadolu‟nun zor ve çetin iklim şartlarına alışmış, geleneksel yetiştiricilik diye adlandırabileceğimiz çoğunlukla ekstansif şekilde yetiştirilen, kışları içeride kapalı ahırlarda, yazları ise yayla ve meralarda serbest bir şekilde otlatılmak suretiyle kıt kaynakları değerlendiren, hastalıklara dayanıklı ve kanaatkar hayvanlardır. Bu hayvanların ekonomikliği, sosyo-kültürel durumu ve ekolojik durumları dikkate alındığında yetiştirilmesi ve gen kaynağı olarak korunması stratejik olarak önem arz etmektedir. Bu çalışmada, Yerli Kara hayvanlarda Pit-1, GHR ve Myostatin genlerinin bazı büyüme ve gelişme özelikleri ile ilişkisi araştırılmıştır.
Tez konumun belirlenmesinden bitiş aşamasına kadarki süreçte hem laboratuvar hem de saha çalışmalarındaki sıkıntılarda çözüme ulaşmada sağladığı destek ve yönlendirmelerinden dolayı danışmanım Sayın Prof. Dr. Uğur ZÜLKADİR‟e ve Sayın Doç. Dr. İbrahim AYTEKİN‟e sonsuz teşekkür ederim.
Tez çalışmalarının gerçekleşmesinde sağladığı katkıdan dolayı Selçuk Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinatörlüğü (BAP)‟ne, tezimde kullandığım materyalin sağlanmasında gerekli izni veren Tarım ve Orman Bakanlığı Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğü (TAGEM)‟ne, saha çalışmalarını yapabilmem için gerekli desteklerini sunan görev yaptığım kurum Uluslararası Hayvancılık Araştırma ve Eğitim Merkezi Müdürlüğü (UHAEM)‟ne, hayvanlardan kan alımı ve diğer uygulamaların yapılmasında kendi projesi gibi yardımını esirgemeyen mesai arkadaşım Veteriner Hekimi İlker ÜNAL‟a ve hayvanların ölçüm, tartım işlemlerinde gerekli yardımları yapan değerli hayvan sahiplerine teşekkürleri borç bilirim.
Akademik çalışmam süresince bana sabır ve ümit verici bir tutumla her zaman desteklerini esirgemeyen eşim ve çalışmalarımda bana enerji katarak motivasyonumu arttıran kızlarım Almila ve Aysima‟ya bu çalışmayı atfeder, Türkiye hayvancılığına katkı sağlayacağı düşüncesi ile saygılar sunarım.
Çağrı MelikĢah SAKAR
vii ĠÇĠNDEKĠLER ÖZET ... iv ABSTRACT ... v ÖNSÖZ ... vi ĠÇĠNDEKĠLER ... vii SĠMGELER VE KISALTMALAR ... ix 1. GĠRĠġ ... 1 2. KAYNAK ARAġTIRMASI ... 4
2.1. Yerli Karalar ile İlgili Yapılmış Çalışmalar ... 4
2.1.1. Doğum ağırlığı ve doğumda vücut ölçüleri ... 4
2.1.2. Üç aylık yaşta canlı ağırlık ve vücut ölçüleri ... 5
2.1.3. Altı aylık yaşta canlı ağırlık ve vücut ölçüleri ... 6
2.1.4. Oniki aylık yaşta canlı ağırlık ve vücut ölçüleri ... 7
2.2. Genler ile İlgili Yapılmış Çalışmalar ... 9
2.2.1. Pit-1 geni ... 9 2.2.2. GHR geni ... 19 2.2.3. Myostatin geni ... 28 3. MATERYAL VE YÖNTEM ... 37 3.1. Materyal ... 37 3.1.1. Hayvan materyali ... 37
3.1.2. Osmansin Mahallesi‟nde Yerli Kara yetiştiriciliği ... 37
3.2. Yöntem ... 38
3.2.1. Fenotipik ölçümler ... 38
3.2.2. Kan alımı ... 40
3.2.3. DNA ekstraksiyonu ... 40
3.2.4. Primerlerin seçimi ... 40
3.2.5. Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ... 41
3.2.6. PCR ürünlerinin restriksiyon enzimleri ile kesilmesi ... 43
3.2.7. Agaroz jel elektroforez uygulamaları ... 43
3.2.8. Kesim ürünlerinin jelde yürütülmesi ve bant profillerinin elde edilmesi ... 45
3.2.9. Bant profillerinin değerlendirilmesi ... 45
3.2.10. Genetik analizler ... 46
3.2.11. Vücut ölçümlerin istatistiksel analizi ... 46
4. ARAġTIRMA SONUÇLARI VE TARTIġMA ... 47
4.1. Büyüme ve Gelişme Çalışmaları ... 47
4.1.1. Doğumda ağırlık ve vücut ölçüleri ... 47
4.1.2. Üçüncü ay canlı ağırlık ve vücut ölçüleri ... 51
viii
4.1.4. Onikinci ay canlı ağırlık ve vücut ölçüleri ... 57
4.2. Moleküler Genetik Çalışmaları ... 60
4.2.1. Pit-1 geni polimorfizmi ... 60
4.2.2. GHR geni polimorfizmi ... 63
4.2.3. MSTN geni polimorfizmi ... 66
4.3. Fenotipik Değerler ile Gen Bölgelerindeki Polimorfizmler Arasındaki İlişkiler 68 4.3.1. Pit-1 geni polimorfizmi ile ilişki analizi ... 68
4.3.2. GHR geni polimorfizmi ile ilişki analizi ... 70
5. SONUÇLAR VE ÖNERĠLER ... 72
5.1. Sonuçlar ... 72
5.2. Öneriler ... 73
KAYNAKLAR ... 76
ix SĠMGELER VE KISALTMALAR Simgeler µl Mikro litre °C Santigrat derece χ² Khikare testi % Yüzde n Örnek sayısı Hb beklenen heterozigotluk
P İstatistiksel anlamlılık düzeyi
Kısaltmalar
bç Baz çifti
dH₂ O distile Su
CA Canlı Ağırlık
CAA Canlı Ağırlık Artışı CAK Canlı Ağırlık Kazancı
cm Santi metre
CY Cidago Yüksekliği
DA Doğum Ağırlığı
DAK Doğu Anadolu Kırmızısı
dk Dakika
DNA Deoksiribonükleik asit dNTPs Deoksiribonükleozid trifosfat EDTA Ethylendinitrilotetraaceticacid
g Gram
GAK Güney Anadolu Kırmızısı GCAA Günlük Canlı Ağırlık Artışı
GÇ Göğüs Çevresi
GD Göğüs Derinliği
GDF-8 Growth Differentiation Factor-8
GG Göğüs Genişliği
GH Büyüme Hormonu
GHR Büyüme Hormonu Reseptörü
H Heterozigotluk
HWE Hardy Weinberg dengesi
İÇ İncik Çevresi
kg Kilogram
km kilometre
M Molar
x MgCl₂ Magnezyum klorür mh musculus hypertrophy ml Mili litre MSTN myostatin ÖİÇ Ön İncik Çevresi
PCR Polimeraz zincir reaksiyonu Pit-1 Hipofiz transkripsiyon faktörü 1 QTL Kantitatif karakter lokusu
RFLP Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizmi SG Sağrı Genişliği
sn Saniye
SNP Tek nükleotit değişimi
SU Sağrı Uzunluğu
SY Sağrı Yüksekliği
TAGEM Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğü TBE Tris Borate EDTA
TE Tris EDTA
TGF-B Transforming Growth Factor-B
UV Ultraviyole
VU Vücut Uzunluğu
wt wild type, vahşi tip
1. GĠRĠġ
En önemli et ve süt üretim kaynağı olan sığırlarda büyüme ve gelişme özellikleri büyük önem arz etmektedir. Büyüme ve gelişmenin istenen düzeyde olması veya bir miktar erkene alınması, yani erken gelişme verimsiz hayat döneminin kısalmasını sağlayacaktır. Bu mümkün olabilirse verimsiz dönem için yapılan masrafların azalması işletmenin karlılığını artıracaktır. Bu amaçla seleksiyonda büyüme ve gelişme özellikleri dikkate alınmaktadır. Ancak klasik ıslah metotlarıyla bu çalışmaları gerçekleştirmek, sonuçlarını görmek, ıslahın doğası gereği zor, zahmetli ve uzun zamanlar gerektirmektedir. Türkiye yerli sığır ırklarında genel olarak büyüme ve gelişme, kültür ırklarına nazaran daha geç gerçekleşmektedir. Örneğin en önemli yerli süt ırkı olan Kilis Sığırları 31 aylık olduklarında ilk defa damızlıkta kullanılmakta ve şayet gebe kalmışlarsa 40 aylık olduklarında da ilk doğumlarını gerçekleştirmektedirler. Kültür ırkı, örneğin Siyah Alacalar veya İsviçre Esmerleri bu yaşta yani 40 aylıkken, iki buzağı ve bir laktasyon süt vermiş, şartlar uygun gittiyse üçüncü buzağıya gebe ve ikinci laktasyonun ortalarındadır. Yerli ırklarımızdan sayıca en yüksek paya sahip olan Yerli Kara sığırlarda da durum çok farklı değildir. Yerli Karalarla hali hazırda ticari bir süt ya da et üretimi yapmak mümkün olmasa da mevcut şartlara (mera, hastalık, bakım vs) uyum bakımından problem yaşanmamaktadır. Fakir köylü işletmelerinde bu hayvanlar köylünün et, süt gibi rutin ihtiyaçlarını karşılamada nerdeyse her hangi bir masraf gerektirmeden yetiştirilmektedir. Bu özellikleri itibariyle önemli yerli genetik kaynaklarımızdandır. Bu nedenle yerli hayvan gen kaynakları koruma programlarında diğer yerli ırklar gibi Yerli Karalar da koruma altındadır.
Her ne kadar Yerli Karalar geç gelişen ırklardan olsa da büyüme ve gelişmenin yapılacak çalışmalarla daha erkene alınması önemli katkılar sağlayacaktır. Yukarda da ifade edildiği gibi klasik ıslah metotlarıyla bunu gerçekleştirmek zordur ve zaman alıcıdır. Bunun yerine marköre dayalı DNA çalışmalarıyla aday genlerle büyüme ve gelişme arasında ilişkilerin tespit edilerek, ıslah çalışmalarının bu genler üzerinden yapılması hem daha kolay, hem de daha az zaman gerektirebilir. Bu DNA çalışmalarının geleneksel seleksiyon metotlarıyla birlikte kullanılması, generasyonlar arası süreyi kısaltarak, genetik ilerlemeyi hızlandıracaktır.
Sığır yetiştiriciliğinde et üretimi ve damızlık hayvanların yetiştirilmesi açısından önem taşıyan konulardan birisi büyüme‟dir. Büyüme, canlı vücudunda hücre sayısının artması, hücre büyüklüğünün artması veya her ikisinin birlikte artması olarak tanımlanabilir. Büyüme ölçüm ve tartımla, örneğin pratik olarak CAA ile belirlenebildiği halde, gelişme vücudun şekil, konformasyon, organ ve fonksiyonlarındaki değişikliği belirtmektedir. Büyüme ve gelişme üzerine etkili ya da büyüme ve gelişmeyle ilişkili birçok gen tespit edilmiştir. Örneğin myostatin, Calpastatin, GHR, Pit-1 gibi bazı genlerin büyüme ve gelişmeyle ilişkisi diğer bazı ırklarda belirlenmiştir. Son yıllarda sığır, koyun, keçi, tavuk ve domuzlarda et verimi, süt verimi ve döl verimi olmak üzere birçok önemli ekonomik verim üzerinde etkisi olan major genler tespit edilmiştir. Sığırlarda et verimine etkisi olan MSTN geni, koyunlarda et kalitesine etkisi olan CAST geni, tavuklarda büyüme özelliğine etkisi olan IGF-1 geni ve domuzlarda et verimine ve kalitesine etki eden Myf5 geni, çeşitli araştırmacılar tarafından tespit edilmiştir. Büyüme üzerine etkili olduğu tespit edilen genler, düz kasların büyümesini, iskelet kas hücresinin gelişmesine, et içi yağ seviyesine etki etmektedir (Myf5 ve Myf6). Bu genlerden Myostatin ise kas gelişimini inhibe eden bir proteindir. Dolayısıyla myostatin geni inaktif olduğunda iskelet kas kütlesinde artış meydana gelmektedir. MSTN, iskelet kası gelişimini ve büyümesini olumsuz olarak etkileyen bir gendir. Araştırmaya konu Yerli Kara sığırlarda belirlenmeye çalışılan genlerden Pit-1 ise memelilerde büyüme hormonu (GH), prolaktin (PRL) ve tirotropinin (TSHβ) ekspresyonundan sorumludur. Yine çalışılacak genlerden bir diğeri olan büyüme hormonu reseptörü (GHR) geni, büyüme ve karkas özelliklerinden sorumludur.
Yukarıda büyüme ve gelişmeye etkisi olduğu bildirilen genlerden Myostatin, GHR ve Pit-1 genleri bu çalışmanın konusunu oluşturan Yerli Kara ırkında çalışılacaktır. Bunlar dışında büyüme ve gelişme üzerine etkili birçok aday gen belirlenmiştir. Yerli ırklarımızdan olan Yerli Kara sığırlarda bu genlerin mevcudiyetinin belirlenmesi önemlidir. Bu genlerin belirlenmesi ile dolaylı bir seleksiyon uygulamak mümkün olacak, böylece generasyonlar arası sürenin kısalmasına bağlı olarak daha erken yaşta gelişen hayvanların erken dönemde tespit edilerek damızlıkta kullanılmaları sağlanmış olacaktır. Bunun sonucunda hayvanların verimsiz dönemleri kısalmış, daha iyi ve çabuk büyüyen hayvanların erken dönemde seçilmeleriyle işletmelerin karlılığı
artırılmış olacaktır. Bu sayılan faydalar sağlanmasa bile bu genler bakımından Yerli Kara sığırların durumunun tespiti yapılmış olacaktır. Bu bile bir kazançtır.
Bu araştırma, halk elinde yetiştirilen Yerli Kara sığırlarda moleküler genetik yöntemlerinden RFLP metodu ile Pit-1, GHR ve Myostatin genleri bakımından populasyonun DNA seviyesinde genetik yapısı hakkında bilgi edinilmesi ve söz konusu genlerdeki mutasyonlar sonucu meydana gelen genotipler ile bazı büyüme ve gelişme özellikleri arasındaki ilişkilerin belirlenmesi amacıyla yapılmıştır. Belirtilen genler ile büyüme ve gelişme özellikleri arasında polimorfizm bulunması hedeflenmektedir. Bulunması muhtemel polimorfizmler istatistiksel olarak önemli bulunduğu taktirde bu özelliklerin populasyon veya sürünün seleksiyonunda kriter olarak kullanılması hedeflenmektedir. Yapılacak genetik karakterizasyon çalışması sonucu, DNA seviyesinde farklılığa dayanan genotiplendirme çalışmaları hayvanların gerçek verim kabiliyetleri ile damızlık değerlerinin tahminini sağlayarak üstün verimli hayvanların seçilmesini kolaylaştıracaktır. Böylece popülasyonun seleksiyon süreci hızlandırılabilecek, hayvansal üretimin kalitesi artırılabilecek, üretim maliyeti düşürülebilecek ve dolayısıyla kar marjı artırılabilecektir.
2. KAYNAK ARAġTIRMASI
2.1. Yerli Karalar ile Ġlgili YapılmıĢ ÇalıĢmalar
Yerli Kara buzağılara ait doğum ve çeşitli dönemlerde CA ve bazı vücut ölçülerine ilişkin literatür bildirişleri Çizelge 2.1‟de sunulmuştur.
2.1.1. Doğum ağırlığı ve doğumda vücut ölçüleri
2004 yılında yayımlanan “Yerli Hayvan Irk ve Hatlarının Tescili Hakkında
Tebliği”nde Yerli Karaların DA dişilerde 17.74 kg, erkeklerde 18.75 kg olarak
belirtilmiştir (Anonim, 2004).
Demirhan (2005), yaptığı poster sunumunda dişi ve erkek buzağılarda, DA‟yı 15.88 kg ve 17.76 kg, CY‟yi 59.57 cm ve 60.31 cm, GÇ‟yi 62.30 cm ve 63.26 cm, VU‟yu 56.33 cm ve 58.54 cm, İÇ‟yi 8.91 cm ve 9.27 cm olarak bildirmiştir.
Aynı araştırıcı, Lalahan Hayvancılık Araştırma Enstitüsü‟nde 91 baş (41 dişi, 50 erkek) buzağıda yaptığı çalışmada, dişilerde, erkeklerde ve genel olmak üzere sırasıyla, DA‟yı 15.94 kg, 18.01 kg ve 16.97 kg; CY‟yi 55.25 cm, 54.41 cm ve 54.83 cm; GÇ‟yi 58.74 cm, 59.81 cm ve 59.27 cm; VU‟yu 52.58 cm, 54.63 cm ve 53.60 cm; İÇ‟yi 9.30 cm, 9.70 cm ve 9.50 cm olarak bildirmiştir (Demirhan, 2008). Aynı çalışmada, birinci laktasyonda olan ineklerin yavrularının değerleri aynı sırayla 18.56 kg, 52.32 cm, 57.99 cm, 52.32 cm ve 10.10 cm olarak bulunurken, iki ve üzeri ineklerden doğan buzağıların değerleri ise 15.39 kg, 57.34 cm, 60.55 cm, 54.90 cm ve 8.89 cm olarak bulunmuştur.
Tarım Bakanlığı tarafından 2009 yılında yayımlanan “Türkiye Evcil Hayvan
Genetik Kaynakları Tanıtım Kataloğu”nda Yerli Karalarda DA dişilerde 17-19 kg,
erkeklerde 18-20 kg olarak belirtilmiştir (Anonim, 2009).
Kılıçel (2014) tarafından İstanbul İli, Şile İlçesi‟nde halk elinde yetiştirilen Yerli Karalarda sürekli merada yetiştirilen, gün batımı barınağa dönen ve barınağa dönen + ek yemleme yapılan üç grupta toplam 71 baş buzağı üzerinde çalışma yapılmıştır. Yapılan çalışmada doğum ağırlığı ve vücut ölçülerine ilişkin değerler, üç grupta da ayrı ayrı verilmiş olup, bu değerlerin ortalamaları hesaplanarak burada sunulmuştur. Hesaplanan
ortalama değerlere göre dişi (39 baş), erkek (32 baş) ve genel olmak üzere sırasıyla DA 20.70 kg, 22.15 kg ve 21.35 kg; CY 61.62 cm, 62.83 cm ve 62.16 cm; GÇ 63.19 cm, 65.79 ve 64.36; VU 56.10 cm, 58.59 cm ve 57.22 cm olarak belirlenmiştir. Aynı çalışmada, ilk doğumunu yapan ineklerin buzağılarının ortalamaları (28 baş) aynı sırasıyla; 20.18 kg, 60.78 cm, 62.48 cm ve 56.20 cm bulunurken, iki ve daha fazla doğum yapmış analardan doğan buzağıların (43 baş) aynı ölçüleri ise 22.10 kg, 63.06 cm, 65.44 cm ve 57.87 cm olarak belirlenmiştir.
Yine Lalahan Hayvancılık Araştırma Enstitüsü‟nde yapılan başka bir çalışmada dişi (25 baş), erkek (33 baş) ve genel (58 baş) olmak üzere sırasıyla DA 17.24 kg, 19.89 kg ve 18.75 kg; CY 57.72 cm, 59.61 cm ve 58.79 cm; SY 61.48 cm, 64.20 cm ve 63.03 cm; GÇ 59.34 cm, 61.17 cm ve 60.38 cm; VU 52.04 cm, 53.66 cm ve 52.96 cm; GD 19.78 cm, 20.21 cm ve 20.03 cm; ÖİÇ 8.18 cm, 8.94 cm ve 8.61 cm olarak bildirilmiştir (Ünal ve ark., 2019). Aynı araştırıcılar, 4 yaş ve altı analardan doğan buzağıların ortalama değerlerini aynı sırayla 17.08 kg, 58.06 cm, 62.31 cm, 58.04 cm, 50.98 cm, 19.43 cm ve 8.44 cm olarak bulurlarken, 5 yaş ve üzeri analardan doğan buzağıların değerlerini ise 20.21 kg, 59.45 cm, 63.65 cm, 62.42 cm, 54.69 cm, 20.55 ve 8.77 cm olarak tespit etmişlerdir.
2.1.2. Üç aylık yaĢta canlı ağırlık ve vücut ölçüleri
Demirhan (2005), 24 baş dişi buzağıda ve 28 baş erkek buzağıda sırasıyla, CA‟ı 55.96 kg ve 61.79 kg; CY‟yi 75.87 cm ve 76.86 cm; GÇ‟yi 90.27 cm ve 91.30 cm; VU‟yu 82.23 cm ve 82.36 cm; İÇ‟yi 10.33 cm ve 10.63 cm olarak bildirmiştir.
Aynı araştırıcı başka bir çalışmasında, dişilerde (37 baş), erkeklerde (44 baş) ve genel (81 baş) olmak üzere sırasıyla CA‟ı 66.02 kg, 70.34 kg ve 68.18 kg; CY‟yi 74.55 cm, 76.51 cm ve 75.53 cm; GÇ‟yi 91.65 cm, 92.39 cm ve 92.02 cm; VU‟yu 79.69 cm, 81.59 cm ve 80.64 cm; İÇ‟yi 11.58 cm, 12.01 cm ve 11.79 cm olarak bildirmiştir (Demirhan, 2008). Aynı çalışmada, birinci laktasyonda olan ineklerin yavrularının değerleri aynı sırayla 75.16 kg, 76.61 cm, 92.04 cm, 81.97 cm ve 12.83 cm olarak bulunurken, iki ve üzeri ineklerden doğan buzağıların değerleri ise sırasıyla 64.20 kg, 74.45 cm, 92.00 cm, 79.31 cm ve 10.76 cm olarak tespit edilmiştir.
Kılıçel (2014), doğum ağırlığı ve vücut ölçülerine ilişkin değerleri, üç grupta ayrı ayrı olarak bildirmiş olup, bu değerlerin ortalamaları hesaplanarak burada sunulmuştur. Dişi (39 baş), erkek (32 baş) ve genel (71) olmak üzere sırasıyla 3 aylık buzağılarda DA 58.75 kg, 68.63 kg ve 63.21 kg; CY 77.05 cm, 80.06 cm ve 78.41 cm; GÇ 86.66 cm, 91.90 ve 89.02; VU 76.69 cm, 80.83 cm ve 78.56 cm olarak hesaplanmıştır. Aynı çalışmada, ilk doğumunu yapan ineklerin buzağılarının ortalamaları (28 baş) aynı sırasıyla; 59.85 kg, 77.17 cm, 85.95 cm ve 75.14 cm bulunurken, iki ve daha fazla doğum yapmış analardan doğan buzağıların (43 baş) aynı ölçüleri ise 65.15 kg, 79.24 cm, 91.66 cm ve 81.04 cm olarak belirlenmiştir.
2.1.3. Altı aylık yaĢta canlı ağırlık ve vücut ölçüleri
Demirhan (2005), 16 baş dişi buzağıda ve 14 baş erkek buzağıda sırasıyla, CA‟ı 102.25 kg ve 120.57 kg; CY‟yi 88.97 cm ve 89.00 cm; GÇ‟yi 114.06 cm ve 117.38 cm; VU‟yu 98.12 cm ve 98.13 cm; İÇ‟yi 12.00 cm ve 12.69 cm olarak bildirmiştir.
Demirhan (2008), başka bir çalışmasında, 29 baş dişi, 37 baş erkek, toplam 66 baş buzağıda sırasıyla CA‟ı 105.03 kg, 115.62 kg ve 110.33 kg; CY‟yi 86.20 cm, 87.90 cm ve 87.05 cm; GÇ‟yi 109.91 cm, 114.17 cm ve 112.04 cm; VU‟yu 96.57 cm, 95.54 cm ve 96.06 cm; İÇ‟yi 14.01 cm, 15.14 cm ve 14.58 cm olarak tespit etmiştir. Aynı çalışmada, birinci laktasyonda olan ineklerin yavrularının değerleri aynı sırayla 120.68 kg, 90.30 cm, 119.88 cm, 97.56 cm ve 15.54 cm olarak bulunurken, iki ve üzeri ineklerden doğan buzağıların değerleri ise sırasıyla 99.98 kg, 83.80 cm, 104.20 cm, 94.56 cm ve 13.62 cm olarak tespit edilmiştir.
Kılıçel (2014), tarafından üç grupta ayrı ayrı olarak sunulan bildiride dişi (39 baş), erkek (32 baş) ve genel (71) olmak üzere sırasıyla DA 95.52 kg, 107.77 kg ve 101.04 kg; CY 86.90 cm, 88.65 cm ve 87.69 cm; GÇ 102.42 cm, 106.71 ve 104.35; VU 90.73 cm, 94.17 cm ve 92.28 cm olarak belirlenmiştir. Aynı çalışmada, ilk doğumunu yapan ineklerin buzağılarının ortalamaları (28 baş) aynı sırasıyla; 96.35 kg, 86.54 cm, 102.35 cm ve 90.40 cm bulunurken, iki ve daha fazla doğum yapmış analardan doğan buzağıların (43 baş) aynı ölçüleri ise 104.55 kg, 88.70 cm, 105.91 cm ve 93.76 cm olarak belirlenmiştir.
2.1.4. Oniki aylık yaĢta canlı ağırlık ve vücut ölçüleri
On iki aylık yaşta, 12 baş dişi ve 12 baş erkek Yerli Kara danada yapılan çalışmada, sırasıyla CA 159.17 kg ve 195.30 kg; CY‟yi 95.85 cm ve 99.85 cm; GÇ‟yi 134.69 cm ve 144.38 cm; VU‟yu 115.92 cm ve 122.23 cm; İÇ‟yi 13.62 cm ve 15.42 cm olarak bildirmiştir (Demirhan, 2005).
Aynı araştırıcı, on iki aylık yaştaki danalarda yaptığı başka bir çalışmada, dişilerde (26 baş), erkeklerde (25 baş) ve genel (51 baş) olmak üzere sırasıyla CA‟ı 175.45 kg, 193.69 kg ve 184.57 kg; CY‟yi 98.44 cm, 101.52 cm ve 99.58 cm; GÇ‟yi 128.88 cm, 131.78 cm ve 130.33 cm; VU‟yu 110.45 cm, 114.42 cm ve 112.44 cm; İÇ‟yi 16.52 cm, 17.19 cm ve 16.85 cm olarak bildirmiştir (Demirhan, 2008). Aynı çalışmada, birinci laktasyonda olan ineklerin yavrularının değerleri aynı sırayla 200.26 kg, 98.97 cm, 143.24 cm, 115.04 cm ve 17.92 cm olarak bulunurken, iki ve üzeri ineklerden doğan buzağıların değerleri ise sırasıyla 168.89 kg, 100.99 cm, 117.42 cm, 109.82 cm ve 15.78 cm olarak tespit edilmiştir.
Kılıçel (2014) tarafından üç grupta ayrı ayrı olarak sunulan bildiride dişi (39 baş), erkek (32 baş) ve genel (71) olmak üzere sırasıyla DA 142.17 kg, 164.33 kg ve 152.16 kg; CY 99.45 cm, 101.83 cm ve 100.53 cm; GÇ 120.11 cm, 123.48 ve 121.63; VU 103.50 cm, 107.52 cm ve 105.31 cm olarak belirlenmiştir. Aynı çalışmada, ilk doğumunu yapan ineklerin buzağılarının ortalamaları (28 baş) aynı sırasıyla; 147.36 kg, 99.36 cm, 120.21 cm ve 104.71 cm bulunurken, iki ve daha fazla doğum yapmış analardan doğan buzağıların (43 baş) aynı ölçüleri ise 155.81 kg, 101.65 cm, 123.16 cm ve 105.72 cm olarak belirlenmiştir.
Çizelge 2.1. Yerli Karalarda çeşitli dönemlerde CA ve bazı vücut ölçülerine ilişkin literatür bildirişleri
ÇalıĢma Yapılan Yer
Dönem N Cinsiyet Ağırlık
(kg) Vücut Ölçüleri (cm) Literatür CY SY GÇ VU GD ĠÇ Orta Anadolu Doğum X Dişi 17.74 - - - - Anonim (2004) X Erkek 18.75 - - - - 6 Ay X Dişi 95.02 - - - - X Erkek 100.2 - - - - 12 Ay X Dişi 156.08 - - - - X Erkek 185.84 - - - - 24 Ay X Dişi 224.5 - - - - X Erkek - - - - Ergin X Dişi 296.0 105.39 111.28 140.22 117.04 54.91 13.31 X Erkek 200-400 - - - - Ankara Doğum 32 Dişi 15.88 59.57 - 62.30 56.33 - 8.91 Demirhan (2005) 31 Erkek 17.76 60.31 - 63.26 58.54 - 9.27 3 Ay 24 Dişi 55.96 75.87 - 90.27 82.23 - 10.33 28 Erkek 61.79 76.86 - 91.30 82.36 - 10.63 6 Ay 16 Dişi 102.25 88.97 - 114.06 98.12 - 12.00 14 Erkek 120.57 89.00 - 117.38 98.13 - 12.69 12 Ay 12 Dişi 159.17 95.85 - 134.69 115.92 - 13.62 12 Erkek 195.30 99.85 - 144.38 122.23 - 15.42 Ankara Doğum 41 Dişi 15.94 55.25 - 58.74 52.58 - 9.30 Demirhan (2008) 50 Erkek 18.01 54.41 - 59.81 54.63 - 9.70 91 Genel 16.97 54.83 - 59.27 53.60 - 9.50 3 Ay 37 Dişi 66.02 74.55 - 91.65 79.69 - 11.58 44 Erkek 70.34 76.51 - 92.39 81.59 - 12.01 81 Genel 68.18 75.53 - 92.02 80.64 - 11.79 6 Ay 29 Dişi 105.03 86.20 - 109.91 96.57 - 14.01 37 Erkek 115.62 87.90 - 114.17 95.54 - 15.14 66 Genel 110.33 87.05 - 112.04 96.06 - 14.58 12 Ay 26 Dişi 175.45 98.44 - 128.88 110.45 - 16.52 25 Erkek 193.69 101.52 - 131.78 114.42 - 17.19 51 Genel 184.57 99.98 - 130.33 112.44 - 16.85 Orta Anadolu Doğum X Dişi 17-19 - - - - Anonim (2009) X Erkek 18-20 - - - - Yetişkin inek X Dişi 200-300 100-110 - - 110-120 - - X Erkek 300-400 - - - - İstanbul Doğum 39 Dişi 20.70* 61.62* - 63.19* 56.10* - - Kılıçel (2014) 32 Erkek 22.15* 62.83* - 65.79* 58.59* - - 71 Genel 21.35* 62.16* - 64.36* 57.22* - - 3 Ay 39 Dişi 58.75* 77.05* - 86.66* 76.69* - - 32 Erkek 68.63* 80.06* - 91.90* 80.83* - - 71 Genel 63.21* 78.41* - 89.02* 78.56* - - 6 Ay 39 Dişi 95.52* 86.90* - 102.42* 90.73* - - 32 Erkek 107.77* 88.65* - 106.71* 94.17* - - 71 Genel 101.04* 87.69* - 104.35* 92.28* - - 12 Ay 39 Dişi 142.17* 99.45* - 120.11* 103.50* - - 32 Erkek 164.33* 101.83* - 123.48* 107.52* - - 71 Genel 152.16* 100.53* - 121.63* 105.31* - - Ankara
Doğum 58 Genel 18.75* 58.79* 63.03* 60.38* 52.96* 20.03* 8.61* Ünal ve ark. (2019) 25 Dişi 17.24* 57.72* 61.48* 59.34* 52.04* 19.78* 8.18*
33 Erkek 19.89* 59.61* 64.20* 61.17* 53.66* 20.21* 8.94* *grup ortalamalarından hesaplanmış değerler
2.2. Genler ile Ġlgili YapılmıĢ ÇalıĢmalar
2.2.1. Pit-1 geni
Hipofiz transkripsiyon faktörü (Pit-1), prolaktin, tirotropin β-subunit ve büyüme hormonu (GH) genlerinin ekspresyonunu aktive etmek için elementleri bağlayan hipofiz hücrelerinde spesifik bir transkripsiyon faktörüdür (Tuggle ve Trenkle, 1996). Pit-1 geni POU familyası (Herr, 1988) sınıf 1 hipofiz transkripsiyon faktörü (POU1F1, POU domain class 1 transcription factor 1) olarak isimlendirilmekte memelilerde büyüme hormonu (GH), prolaktin (PRL) ve tirotropinin (TSHβ) ekspresyonundan sorumludur (Haugen ve ark., 1993; Renaville ve ark., 1997a). Sığır Pit-1 geninin uzunluğu 18.093 bp'dir, 129 amino asitten meydana gelen ve 1. kromozomun sentromerik kısmına (1q21-22) lokalize olan 282315 numaralı (Moody ve ark., 1995), 6 ekzon ve 5 introndan oluşan aday bir gendir. İlk olarak (Woollard ve ark., 1994), Pit-1 geninde 451 bç‟lik gen bölgesinin HinfI restriksiyon enzimi ile kesimi sonucu A→G baz değişikliği ile AA genotiplilerde kesim ürünü gözlenmediğini, BB genotiplilerde ise 244 bç ve 207 bç‟nde olan 2 kesim bölgesi gözlendiğini ifade etmişlerdir.
Renaville ve ark. (1997a), 89 baş İtalya Siyah Alaca boğasında, Pit-1 geni HinfI polimorfizminin süt verimi ve bileşimi ile konformasyon özelliklerine etkisini ortaya koymayı amaçlamışlardır. Çalışmada AA, AB ve BB genotip frekanslarını sırasıyla 0.022, 0.315 ve 0.663 olarak, A ve B allel frekanslarını ise 0.188 ve 0.812 olarak bulunmuştur. A allelinin GD, kalça dolgunluğu ve arka bacak yerleşimi bakımından üstün olduğu belirtilmiştir. Araştırıcılar tarafından AA genotipli daha fazla sayıda hayvanın seçilmesinin ıslah bakımından faydalı olacağı belirtilmektedir.
Renaville ve ark. (1997b), Pit-1 geni HinfI polimorfizmininin 350 baş 7 aylık yaştaki çift kaslı Belçika Mavisi tosunlarında bazı büyüme ve gelişme özelliklerini incelemişlerdir. Çalışmada AA, AB ve BB genotip frekansları sırasıyla 0.20, 0.445 ve 0.355 olarak bulunurken, A ve B allel frekanları ise 0.53 ve 0.47 olarak bulunmuştur. BB alleline sahip olanların CA‟ları AA (P<0.05) ve AB (P<0.01) genotiplililere kıyasla daha yüksek olarak bulunmuştur. On üç aylık yaşta, omuz yüksekliğinin AA ve BB genotiplilerin daha yüksek değerlere sahip olduğu belirtilmiştir. Ayrıca, B alleline sahip genotiplerin erken dönemde CA‟la ilişkili olabileceği ifade edilmektedir.
Di Stasio ve ark. (2002), 287 baş Piedmentosa ırkı erkek buzağıda Pit-1 geni
HinfI polimorfizminin bazı büyüme, gelişme (doğum, 5, 7 ve 11 ay CA‟ları, GCAA ile
bu dönemlerde CY, VU ve GÇ) ve et kalitesi özellikleri üzerine etkisini incelemişlerdir. Çalışmada, A/B allel frekansları 0.25/0.75 olarak bulunmuştur. Sonuçta, değerlendirilen özelliklerle Pit-1 polimorfizmlerinin ilişkisine dair kanıt sağlanamadığı bildirilmiştir.
Dybus ve ark. (2003), 130 baş Limuzin ırkı buzağıda üreme ile alakalı bazı büyüme ve gelişme özelliklerini (3, 210 ve 365 günlük CA‟lar ve bu dönemlerde SY, CY, GÇ ile GCAA) incelemişlerdir. Çalışmada AA, AB ve BB genotip frekansları sırasıyla 0.0692, 0.4077 ve 0.5231 olarak bulunurken, A ve B allel frekansları ise 0.27 ve 0.73 olarak bulunmuştur. Yapılan analizde incelenen özellikler arasındaki farklar, tüm dönemlerde istatistik olarak önemsiz bulunmuştur. Bu çalışmada elde edilen sonuçları göz önünde bulundurarak, Pit-1/HinfI polimorfizmlerinin, Limuzin sığırlarının üreme ile ilgili büyüme özelliklerinin iyileştirilmesinde faydalarının sorgulanabilir olduğu bildirilmektedir.
Oprządek ve ark. (2003), 144 baş Siyah Alaca danasında Pit-1 geni HinfI (451 bç) polimorfizmi A ve B allel frekanslarını 0.25 ve 0.75 olarak tespit etmişlerdir. 7. aydan 8. aya kadar yapılan besi performansları incelendiğinde AB genotiplilerin günlük olarak daha fazla kuru madde (AB: 6.6, AB ve BB: 6.3 kg/gün), ham protein (AB: 0.99, AB ve BB: 0.95 kg/gün), yaşama ve verim payı için yem değerlendirme (AB: 6.8; AA: 6.5 ve BB: 6.6) ve sindirilebilir protein tüketimleri (AB: 0.64; AB ve BB: 0.62) sağladığı belirlenmiştir. Ayrıca, GÇ ve SG bakımından AA genotiplilerin BB genotiplilerden daha yüksek ortalamalara sahip oldukları belirlenmiş olup, aradaki fark istatistiki olarak önemli bulunmuştur (P<0.05). GG, VU ve GD ölçümleri arasındaki fark ise istatistiki olarak önemsiz bulunmuştur.
Zhao ve ark. (2004), Angus sığırlarının Pit-1 geni polimorfizmleri ile büyüme belirteçleri ve karkas özellikleri arasındaki ilişkileri belirlemeyi amaçlamışlardır. Çalışmada AA, AB ve BB genotip frekansları sırasıyla 0.11, 0.44 ve 0.45 olarak bulunmuştur. Sonuçta, Pit-1 genindeki intron 3, 4 ve 5‟deki yeni polimorfizmler ve ekzon 6‟daki polimorfizm ile sığırların gelişme ve karkas özellikleri arasında anlamlı bir ilişki tespit edilememiştir.
Beauchemin ve ark. (2006), 68 boğadan toplam 324 Brahman ırkı erkek buzağıda yaptıkları çalışmada, GH ve Prop-1 genlerinde bazı SNP‟ler ile GH/MspI ve Pit-1/HinfI genlerini ise RFLP metodunu kullanarak karkas özellikleri arasındaki ilişkileri incelemişlerdir. Çalışmada, Pit-1/HinfI geni AA, AB ve BB genotip frekansları sırasıyla 0.006, 0.107 ve 0.888 olarak bulunurken, A ve B allel frekanslarını ise 0.059 ve 0.941 olarak bulunmuştur. Karkas özelliklerinin karışık model analizleri ve rastgele bir etki olarak sunulan baba gruplarının ortalama günlük kazanç, karkas verimi ve marbling skorunda önemli bir varyasyon kaynağı (P<0.05) olduğu gösterilmiştir.
Curi ve ark. (2006), farklı genetik gruplara ait et sığırlarında GH1/AluI (233 bç) ve Pit-1/HinfI (1301 bç) polimorfizmlerinin büyüme ve karkas özelliklerine etkilerini tespit etmeyi amaçlamışlardır. Araştırıcılar, Pit-1 geni için Nellore, Canchim, 1/2 Simmental ve 1/2 Angus sığırlarında AA/AB/BB genotip frekanslarını sırasıyla 0.795/0.205/0.0, 0.8/0.167/0.033, 0.733/0.267/0.0 ve 0.295/0.693/0.012 olarak bulurlar iken A ve B allel frekanslarını ise 0.897/0.103, 0.883/0.117, 0.867/0.133 ve 0.641/0.359 olarak tespit etmişlerdir. Genotipler arası istatistiksel olarak farklar besi alıştırma periyodu (P=0.2265), besi başlangıcı (P=0.1353), besi sonu (P=0.4437), ortalama GCAA (P=0.6831) karkas ağırlığı (P=0.2790), karkas randımanı (P=0.8165), göz kası alanı (P=0.7855) ve sırt yağ kalınlığı (P=0.9514) olarak bulunmuştur. Sonuçta, Pit-1/HinfI ilişki analizinde herhangi bir ilişkinin olmadığı belirlenmiştir.
Xue ve ark. (2006), 100 baş Çin yerli ırkı Nanyang sığırlarında Pit-1/HinfI (1301 bç) geninin genetik varyasyonları ile büyüme özellikleri arasındaki ilişkiyi inceledikleri çalışmada, A ve B allel frekansları 0.465 ve 0.535 olarak bulmuşlardır. AA/AB/BB genotip frekansları ise sırasıyla 0.21/0.51/0.28 olarak bulunmuştur. Populasyonun söz konusu varyasyon bakımından Hardy–Weinberg dengesinde olduğu (P>0.05) bildirilmiştir. Araştırıcılar, BB genotiplilerin AB genotiplilere kıyasla DA, sütten kesime kadar ortalama CAA, 12 aylık CY ile 6 ve 12 aylık CA, VU ve GÇ bakımından daha yüksek değerlere sahip olduklarını (P<0.05) bildirmişlerdir. Ayrıca, BB genotiplilerin 12 aylık CA bakımından da AA genotiplilerden daha yüksek olduğu (P<0.05) belirtilmiştir. Diğer yaş gruplarında ise CA ve vücut yapısı bakımından B allelinin A allelinden daha ideal olduğu bildirilmiştir. Araştırıcılar, genotiplere göre BB genotipinin, allellere göre ise B allelinin dominant olabileceği ve Pit-1 geni polimorfizminin büyüme özellikleri üzerine etkisinin olabileceğini belirtilmektedir.
Carrijo ve ark. (2008), Bos taurus ve Bos indicus (Zebu) ile melezlenerek elde edilen toplam 509 baş Canchim sığırında Pit-1 geni HinfI polimorfizmlerinin büyüme özellikleri üzerine etkisini PCR-RFLP metodu ile incelemişlerdir. Araştırmada GG1 (5/8 Şarole X 3/8 Zebu) ve GG2 (21/32 Şarole X 11/32 Nelore) gruplarında A ve B allel frekansları sırasıyla 0.13/0.87 ile 0.27/0.73 olarak belirlenmiştir. GG1 populasyonunda, genotipler ile üzerinde durulan özellikler arasında herhangi bir ilişki bulunamamıştır. GG2 populasyonunda AA, AB ve BB genotiplilerin doğumdan sütten kesime kadar ortalama CAK‟ları, sırasıyla 0.76, 0.76 ve 0.85 kg olarak belirlenmiştir. Ayrıca, BB (241.83 kg) genotiplilerin sütten kesimden 12 aylık yaşa kadarki CA‟ları bakımından AA (217.46 kg) ve AB (217.57 kg) genotiplilerden üstün oldukları da belirlenmiştir (P<0.05). Araştırıcılar, B allelinin seleksiyonda kullanılmasının hayvanların DA‟yı yükseltmeden sütten kesim ağırlığını artırabileceğini ifade etmektedirler.
Zhang ve ark. (2009), dört farklı genetik gruba ait et ırkı (67 baş Qinchuan, 47 baş Limuzin X Qinchuan, 42 baş Angus X Qinchuan ve 36 baş Germany Yellow X Qinchuan) sığırlarda, Pit-1/HinfI (451 bç) polimorfizmlerinin büyüme özellikleri üzerine etkilerini tespit etmeyi amaçlamışlardır. Populasyonların yukarıda yazıldığı sırayla AA/AB/BB genotip frekansları 0.030/0.403/0.537, 0.043/0.277/0.681, 0.111/0.444/0.444 ve 0.071/0.214/0.714 olarak bulunmuştur. A/B allel frekansları ise 0.232/0.768, 0.181/0.819, 0.333/0.667 ve 0.178/0.822 olarak bulunmuştur. Bütün populasyonların Hardy–Weinberg dengesinde (P>0.05) olduğu belirlenmiştir. Genotip dağılımında Qinchuan ile Limousin X Qinchuan arasında anlamlı bir fark olduğu belirlenmiştir (P<0.0001). Germany Yellow X Qinchuan populasyonunda, BB genotipli bireylerin AB genotiplilere kıyasla daha yüksek DA (BB:137.26 kg, AB:96.27 kg) ve CY‟ye (BB:97.40 cm, AB:89.67 cm) sahip oldukları (P<0.05) belirlenmiştir. Ancak diğer üç populasyonda anlamlı bir fark olmadığı (P>0.05) bildirilmiştir.
Lazebnaya ve ark. (2010), 42 baş Yakut yerli ırkında Pit-1/HinfI geni polimorfizmleri AA, AB ve BB genotip frekansları sırasıyla 0.0, 0.238 ve 0.762, A ve B allel frekansları ise 0.119 ve 0.881 olarak bulunmuştur. Araştırıcılar bu Yakut yerli ırkında, hayvan sayısındaki felaket azalmaya rağmen, genetik çeşitliliğin korunduğunu bildirmektedirler.
Yang ve ark. (2010), Çin yerli ırkları (toplam 481 baş) ve Holstein (61 baş) sığırlarının intron 5‟de Pit-1/HinfI geni polimorfizmi ile büyüme gelişme özellikleri (6,
12, 18 ve 24 aylık yaşlarda CA, CY, VU, GÇ, kalça genişliği ve GCAA) arasındaki ilişkileri incelemişlerdir. Çalışmada Nanyang, Qinchuan, Jiaxianhong, Xizhen, Luxi ve Holstien populasyonlarının allel A/B frekansları sırasıyla 0.444/0.556, 0.477/0.523, 0.538/ 0.462, 0.421/0.579, 0.523/0.477 ve 0.475/0.525 olarak bulunmuştur. Nanyang ve Holstein populasyonlarının Hardy-Weinberg dengesinde olmadığı (P<0.05) gösterilmiştir. Bu sonuçlar, populasyonun yüksek heterozigotluğa ve yüksek polimorfizm bilgi içeriğine sahip olduğunu ve bunun yüksek bir genetik çeşitlilik seviyesine sahip olduğunu göstermektedir. Çalışmada, yaşın vücut özellikleri üzerinde anlamlı bir etkisi olduğu gösterilmiştir (P<0.05). Genotiplerin DA, 6 aylık yaşta CA ve VU, 12 aylık yaşta CA, CY, VU ve GÇ üzerine anlamlı etkisi bulunmuştur (P<0.05). AA bireylerinin daha fazla CA, CY, VU, GÇ, 6 aya kadar ortalama günlük kazanç 12 ve 18 aylık yaşta daha fazla kalça genişliğine sahip olduğu belirlenmiştir (P<0.01).
Özdemir (2012), 71 baş DAK ırkı ve 181 baş Siyah Ala ırkında Pit-1 geni HinfI polimorfizmlerini belirlemeyi amaçlamışlardır. Çalışmada, Pit-1 genotipik frekans dengesi için ırklar arasındaki farklılıklar oldukça önemli (P<0.001) bulunmuştur. AA, AB ve BB genotip frekansları, sırasıyla DAK ırkında 0.14, 0.54 ve 0.32, Holstein ırkında 0.04, 0.31 ve 0.65 olarak bulunmuştur. A ve B allel frekansları ise DAK ırkında 0.41 ve 0.59, Holstein ırkında 0.20 ve 0.80 olarak tespit edilmiştir. Çalışmada, her iki populasyonda Hardy-Weingberg dengesinde bulunmuştur (P>0.05). Bu sonuçların DAK ırkı için bir ıslah kriteri olarak kullanılabileceği bildirilmektedir.
Aytekin ve Boztepe (2013), 301 baş İsviçre Esmeri sığırda Pit-1 geni (HinfI-451 bç) polimorfizmleri ile süt verimi ve bileşimleri arasındaki ilişkileri incelemişlerdir. Çalışmada AA, AB ve BB genotip frekansları sırasıyla 0.12, 0.51 ve 0.37 olarak, A ve B allel frekansları ise 0.374 ve 0.626 olarak bulunmuştur. Bu çalışmada, populasyon Hardy-Weingberg dengesinde bulunmuştur (P>0.05). Ayrıca, populasyonda beklenen heterozigotluk değeri 0.468 olarak bulunmuştur. Populasyonda Pit-1 polimorfizmlerinin süt verimi ve bileşimine etkisi gözlenmemiştir (P>0.05). Sonuçta, araştırıcılar tarafından Pit-1 polimorfizmlerinin Esmer sığırlarda süt özellikleri seçiminde aday bir gen olarak kullanılamayacağı belirtilmiştir.
Ribeca ve ark. (2014), İtalya‟da 954 baş Piedmentosa tosununda Pit-1 geni HinfI polimorfizmi (451 bç) gen bölgesi bakımından AA, AB ve BB genotip frekansları sırasıyla 0.07, 0.35 ve 0.58 olarak, A ve B allel frekansları ise 0.25 ve 0.75 olarak
bulmuşlardır. Pit-1 geni ile karkas ağırlığı arasında bir ilişki gözlenmemiştir. Bu polimorfizm, kesimden 24 saat sonraki pH değeri azalması ile ilişkiliydi ve bu özelliğin ilave genetik varyansının % 8,6'sından sorumluydu. Ek olarak, Pit-1, GCAA ve renk açıklığının genetik varyansının % 2'sinden fazlasını açıklamıştır.
do Amaral Grossi ve ark. (2015), Brezilya‟da 517 baş Canchim sığırında Pit-1/HinfI geni ekzon 6 polimorfizmleri AA, AB ve BB genotip frekanslarını sırasıyla 0.64, 0.30 ve 0.06 olarak, A ve B allel frekansları ise 0.79 ve 0.21 olarak tespit etmişlerdir. Pit-1'in hayvan büyümesini ve süt üretimini düzenlemedeki önemli rolüne rağmen, bu gende bulunan polimorfizmlerin çalışmada dikkate alınan özelliklerle (DA, sütten kesim ağ., 12 ve 18 aylık ağ., GCAA, ilk buzağılama yaşı, 12 18 aylıkken skrotal çevresi) ilişkili olmadığı (P>0.05) bulunmuştur.
Bayram ve ark. (2017), Kayseri‟de yetiştirilen Holstein ırkı sığırlarda (n=352), leptin-Sau3AI ve Pit-1-HinfI (600 bç) genlerinin polimorfizmlerini PCR-RFLP metodu ile incelemişlerdir. Çalışmada, Pit-1 geni allelinin en yüksek frekansı A allelinde (0.87) belirlenirken, AA/AB/BB genotip frekansları ise sırasıyla 0.176/0.287/0.537 olarak belirlenmiştir. Ki-kare test sonuçlarına göre, populasyon Pit-1 geninde Hardy-Weinberg dengesinden anlamlı bir sapma göstermiştir (P<0.001). Araştırıcılar, çalışma sonuçlarına göre yüksek oranda Pit-1/AA genotipleri taşıyan sığır populasyonlarının, öncelikle süt üreten işletmelerde üreme için düşünülebileceğini bildirmişlerdir.
Öner ve ark. (2017), 14-28 aylık Siyah Alaca düvelerde reprodüktif özellikler ile ilişkili 7 gendeki (GH, PRL, STAT5A, OPN, PIT-1, LEP ve FGF2) polimorfizmleri araştırmışlardır. Pit-1 geni çalışmaları HinfI kesim enzimi ile intron 5 ve ekzon 6 bölgesinde 447 baz çifti ile 146 baş düvede uygulanmıştır. Çalışmada, AA, AB ve BB genotip frekansları 0.055, 0.397 ve 0.548 olarak bulunurken, A ve B allel frekanları ise 0.253 ile 0.747 olarak bulunmuştur. Ki-kare sonuçları, tüm populasyonun ve ayrı ayrı grupların Hardy-Weinberg dengesinde olduğunu ortaya koymuştur. Pit-1 lokuslarının genotip frekanslarının dağılımları, ilk tohumlamada gebe kalan ve kalmayan düve grupları arasında fark olmasına rağmen, bu farklılık istatistiksel anlamda önemli bulunmamıştır.
Hartati ve ark. (2018), Endonezya‟nın etçi sığır ırklarından Grati-Ongole sığırlarında (n=107), ekzon 6 bölgesinde Pit-1/HinfI (1301 bç) geninin
polimorfizmlerini incelemişlerdir. Çalışmada AA, AB ve BB genotip frekansları 0.0, 0.009 ve 0.991 olarak bulunurken, A ve B allel frekansları ise 0.005 ve 0.995 olarak bulunmuştur. Bu durum, Pit-1 geninin monomorfik olduğunu belirtmesine rağmen, yine de populasyonun hala Hardy-Weinberg dengesinde olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak, Pit-1/HinfI geninin marker ve büyüme özellikleri de dahil olmak üzere bazı fenotipik özelliklerle ilişkilendirilemediğini bildirilmiştir.
Özdemir ve ark. (2018), Siyah Alaca ineklerde Pit-1/HinfI (n=181) polimorfizmleri (260 bç) AA, AB ve BB genotip frekanslarını sırasıyla 0.068, 0.304 ve 0.627 olarak bulmuşlardır. Populasyon, Hardy-Weinberg dengesinde bulunmamıştır (P<0.01). Sonuçta, Pit-1/HinfI polimorfizmlerinin test edilen süt özelliklerini etkilemediği (P>0.05) bildirilmiştir.
Yurnalis ve ark. (2018), Endonezya yerli ırklarından Pesisir sığırlarında Pit-1/HinfI (260 bç) geni AA, AB ve BB genotip frekansları sırasıyla 0.011, 0.177 ve 0.811 olarak, A ve B allel frekansları ise 0.1 ve 0.9 olarak bulmuşlardır. Sonuçta, Pit-1 polimorfizmi, populasyonda CAK ve vücut ölçümleri (VU, GÇ ve CY) ile ilişkili olarak bulunmamıştır (P>0.05).
Pit-1 geni HinfI kesim enzimi ile ilgili olarak mevcut çalışmadaki polimorfizmler ile verimler arasındaki ilişkilerin daha iyi anlaşılması için ilgili literatür bildirişleri Çizelge 2.2a,b,c‟de sunulmuştur.
Çizelge 2.2a. Pit-1 geni HinfI polimorfizmlerine ilişkin literatür bildirişleri
Kaynak Irk N PCR
Ürünü (bç)
Genotip Frekansları Allel
Frekanslar Hb Verimle ĠliĢki Analizi AA AB BB A B (Renaville ve ark., 1997a) İtalyan Siyah Alaca boğası 89 (1842 kızı) 451 0.022 0.315 0.663 0.188 0.812 0.305* A alleli süt verimi, protein verimi, GD, kalça dolgunluğu arka bacak yerleşimi ve düşük yağ yüzdesi bakımından üstün (Renaville ve ark., 1997b) Belçika Mavisi 350 451 0.200 0.445 0.355 0.53 0.47 0.488* BB genotipine sahip olanların CA‟ları AA (P<0.05) ve AB (P<0.01) genotiplililere kıyasla daha yüksek olarak bulunmuştur. On üç aylık yaşta, omuz yüksekliği AA ve BB genotiplilerin daha yüksek değerlere sahip. (Di Stasio ve ark., 2002) Piedment osa erkek buzağı 287 # # # # 0.25 0.75 0.375* Pit-1 polimorfizmlerinin bazı büyüme, gelişme ve et kalitesi özellikleri üzerine etkisi yoktur. (Dybus ve ark., 2003)
Limuzin 130 451 0.0692 0.4077 0.5231 0.27 0.73 0.394* Üreme ile ilgili büyüme
özelliklerinin iyileştirilmesinde olumlu bir etki yok. (Oprządek ve ark., 2003) Siyah Alaca 144 451 0.063* 0.368* 0.569* 0.247 0.753 0.372* GÇ ve GD bakımından AA genotiplilerin, uzunluk ve genişlik ölçüleri bakımından ise BB genotiplilerin daha yüksek ortalamalara sahip (Zhao ve ark., 2004) Angus 416 451 0.11 0.44 0.45 0.331 * 0.669* 0.443* Pit-1 genindeki polimorfizmlerin sığırların gelişme ve karkas özellikleri arasında anlamlı bir ilişki yok. (Beauchem in ve ark., 2006) Erkek Brahman buzağı 324 451 0.006 0.107 0.888 0.059 0.941 0.111* Baba gruplarının ortalama günlük kazanç, karkas verimi ve marbling skorunda önemli bir varyasyon kaynağı (P<0.05) olduğunu göstermiştir. (Curi ve ark., 2006) - Nellore -Canchim (5/8 Ch + 3/8 Zebu) - ½ Sim X ½ Nel - ½ Ang X ½ Nel 79 30 30 245 1301 0.795 0.800 0.733 0.295 0.205 0.167 0.267 0.693 0.000 0.033 0.000 0.012 0.897 0.883 0.867 0.641 0.103 0.117 0.133 0.389 0.185* 0.207* 0.231* 0.438* Çalışmada incelenen CA‟lar, ortalama GCAA, karkas ağırlığı, karkas randımanı, göz kası alanı ve yağlanma gibi özellikler ile ilişkisi olmadığını bildirilmiştir.
Çizelge 2.2b. Pit-1 geni HinfI polimorfizmlerine ilişkin literatür bildirişleri
Kaynak Irk N PCR
Ürünü (bç)
Genotip Frekansları Allel
Frekanslar
Hb Verimle ĠliĢki Analizi
AA AB BB A B
(Xue ve ark., 2006)
Nanyang 100 451 0.210 0.510 0.280 0.465 0.535 0.497 BB genotiplilerin AB genotiplilere göre DA, sütten kesime kadar ort. CAA, 12 aylık CY ile 6 ve 12 aylık CA, VU ve GÇ bakımından daha yüksek değerlere sahip olduğu (P<0.05) bildirilmektedir. Ayrıca, BB genotiplilerin 12 aylık CA bakımından da AA genotiplilerden daha yüksek olduğu (P<0.05) bildirilmektedir. (Carrijo ve ark., 2008) - 5/8 Charolai X 3/8 Zebu (GG1) - 21/32 Charolais X 11/32 Nelore (GG2) 232 277 1301 # # # 0.13 0.27 0.87 0.73 0.226* 0.394* GG1 populasyonunda genotipler ile üzerinde durulan özellikler arasında herhangi bir ilişki bulunamamıştır. GG2 populasyonunda BB genotiplilerin doğumdan sütten kesime kadarki ortalama CA kazançları bakımından AA ve AB genotiplilerden üstün (P<0.05). (Zhang ve ark., 2009) -Qinch. - Lim. X Qinchuan - Angus X Qinch. - Germ. Yellow X Qinch. 67 47 36 42 451 0.030 0.043 0.111 0.071 0.403 0.277 0.444 0.214 0.537 0.681 0.444 0.714 0.232 0.181 0.333 0.178 0.768 0.819 0.667 0.822 0.356* 0.296* 0.444* 0.293* Germany Yellow X Qinchuan populasyonunda BB genotipli bireylerin AB genotiplilere kıyasla daha yüksek DA ve CY‟ye sahip olduklarını belirlenmiştir (P<0.05). Ancak diğer üç populasyonda anlamlı bir fark olmadığı bildirilmiştir. (Lazebnaya ve ark., 2010) Yakut yerli sığırı 42 # 0.000 0.238 0.762 0.119 0.881 0.210 - (Yang ve ark., 2010) - Nanyan - Qinchu -Jiaxianh - Xizhen - Luxi - Holstie 232 65 143 19 22 61 451 # # # 0.444 0.477 0.538 0.421 0.523 0.475 0.556 0.523 0.462 0.579 0.477 0.525 0.494 0.499 0.497 0.488 0.499 0.499
AA bireyleri daha fazla CA, CY, VU, GÇ, 6 aya kadar ort. CAA (P<0.01) değerlerine sahiptir. Ayrıca, yine AA genotiplerinin daha yüksek VU ve GÇ‟ye, 12 ve 18 aylık yaşta daha fazla kalça genişliğine (P<0.01) sahip. (Özdemir, 2012) - DAK - Siy. Ala Genel 71 181 252 260 0.14 0.04 0.07 0.54 0.31 0.37 0.32 0.65 0.56 0.41 0.20 0.26 0.59 0.80 0.74 0.48 0.32 0.38* - (Aytekin ve Boztepe, 2013) İsviçre Esmeri 301 451 0.12 0.51 0.37 0.374 0.626 0.468 Pit-1 polimorfizmlerinin süt verimi ve bileşimine etkisi gözlenmemiştir (P>0.05).
Çizelge 2.2c. Pit-1 geni HinfI polimorfizmlerine ilişkin literatür bildirişleri
Kaynak Irk N PCR
Ürünü (bç)
Genotip Frekansları Allel
Frekanslar
Hb Verimle ĠliĢki Analizi
AA AB BB A B (Ribeca ve ark., 2014) Piedmentosa tosun
954 451 0.07 0.35 0.58 0.25 0.75 0.375* Pit-1 geni ve karkas ağırlığı arasında bir ilişki gözlenmemiştir. Kesimden 24 saat sonraki pH değeri azalması ile ilişkiliydi ve bu özelliğin ilave genetik varyansının % 8,6'sından sorumluydu. (do Amaral Grossi ve ark., 2015)
Canchim 517 1301 0.64 0.30 0.06 0.79 0.21 0.332* Bu gende bulunan polimorfizmlerin çalışmada dikkate alınan özelliklerle ilişkili olmadığı bildirmektedirler. (Bayram ve ark., 2017) Holstein inek 350 600 0.176 0.287 0.537 0.32 0.68 0.435* - (Öner ve ark., 2017) Holstein düve 146 447 0.055 0.397 0.548 0.253 0.747 0.380 İlk tohumlamada gebe kalan ve kalmayan düve grupları arasında belirgin biçimde farklı olmasına rağmen bu farklılık istatistiksel olarak önemli bulunmamıştır. (Hartati ve ark., 2018) Grati-Ongole 107 1301 0.000 0.009 0.991 0.005 0.995 0.009 Büyüme özellikleri de dahil olmak üzere bazı fenotipik özellikler arasında ilişkilendirilememiştir. (Özdemir ve ark., 2018) Holstein inek 601 260 0.068 0.304 0.627 0.22* 0.78* 0.343* Pit-1/HinfI polimorfizmlerinin test edilen süt özelliklerini etkilemediği belirlenmiştir. (Yurnalis ve ark., 2018)
Pesirir tosun 175 260 0.011 0.177 0.811 0.10 0.90 0.180* Ortalama GCAA ve vücut ölçümleri arasında ilişkili bulunamamıştır. Hb beklenen heterozigotluk, *allel frekanslarından hesaplanmış değerler ve +düzeltilmiş değerleri temsil etmektedir.
2.2.2. GHR geni
Süt sığırlarında, birçok özellik için umut verici aday genler, büyüme hormonu (GH) eksenindedir. GH ekseni için genetik bir modelin geliştirilmesinde, GH reseptörünün (GHR) rolü vardır. Büyüme hormonu reseptörü, meme gelişimini indükler ve GHR'nin bu süreçte merkezi bir rol oynadığını gösterir (Feldman ve ark., 1993). Büyüme hormonu, hücre sitoplazmasında, kan plazmasında ve hücre yüzeylerinde bulunan proteinlere bağlanır ve GH'nin zara bağlı reseptöre bağlanması, GH'nin biyolojik etkisindeki ilk adımdır. GHR'nin yukarı regülasyonunun GH eyleminin merkezinde yer alabileceğini gösteren kanıtlar vardır (Breier ve Gluckman, 1991). Büyüme hormonu reseptörü (GHR) geni, büyüme ve karkas özelliklerinden sorumludur ve et üretiminin çeşitliliği ile ilişkili polimorfizmlerin sığırdaki GHR geninin karaciğere özgü hızlandırıcısı içinde oluştuğu düşünülmektedir (Ohkubo ve ark., 2006). Büyükbaş hayvanlarda genin değişkenliği gözlemlendiğinden, GHR'nin bu türdeki et üretimi ile ilgili özellikler için aday bir gen olduğu öne sürülmüştür (Di Stasio ve ark., 2005). GHR'nin sitoplazmik alanı için kodlama yapan, bir promotör bölgesinde bir polimorfizm tanımlanmıştır (Ge ve ark., 1999). Ekson 10'da dört tek nükleotid polimorfizminin (SNP) bulunmuştur (Ge ve ark., 2000). 76 (T/C), 200 (G/A), 229 (T/C) ve 257 (A/G) konumlarında bulunurlar. 200 ve 257 pozisyonlarındaki SNP sırasıyla Ala/Thr ve Ser/Gly amino asit ikamelerini indüklerken diğer ikisi sessiz mutasyonlardır. Aggrey ve ark. (1999), Kanada‟da progeny testlerde kullanılan 301 Holstein boğanın süt ile ilişkilerini test etmek için GHR geni polimorfizmlerini AluI, AccI ve StuI kesim enzimlerini kullanarak araştırmışlardır. Çalışmada, genotiplendirme ve allel frekansları için hayvanlar iki gruba (1. grup 67 baş, 2. grup 61 baş) ayrılarak incelenmiştir. Her iki grupta (-) allel frekansları sırasıyla AluI enziminde 0.63 ve 0.42,
AccI enziminde 0.22 ve 0.22, StuI enziminde ise 0.14 ve 0.07 olarak tespit edilmiştir. İki
grupta da AluI polimorfizmi için allel frekanslarındaki farklılıklar, önemli derecede etkili bulunmuştur (P˂0.05). (+) AluI polimorfizmli boğaların, süt yağı değerleri daha yüksek olarak hesaplanmıştır. Araştırıcılar, süt sığırlarında marker destekli seçimde kullanılmak için AluI polimorfizminin değerlendirilebileceğini belirtmektedirler.
Maj ve ark. (2004), toplam 71 baş besi sığırında (18 baş Charolais, 16 baş Limousin, 10 baş Aberdeen Angus, 16 baş Hereford, 11 baş Simmental) GHR geni
polimorfizmi etkisini AluI-AccI-Fnu4HI-NsiI enzimleri ile RFLP metodu kullanarak incelemişlerdir. AluI pomorfizleri analizinde, 13-15 ay arası CAA +/– genotipli boğaların (1.47 kg), +/+ (1.26 kg) ve -/- (1.24 kg) genotiplilerden daha yüksek değerde oldukları belirlenmiştir (P≤0.05). Soğuk karkas ağırlığı, -/- GHR genotipinde en yüksek (+/+:283.3 kg, +/–:297.5 kg, -/-:300.6 kg) olarak bulunmuştur (P≤0.05). Kesim yüzdesi değerinde ise -/- (63.8) genotip boğalar, +/+ (59.8) ve +/- (63.1) genotipli hayvanlardan daha yüksekti (P≤0.05). Araştırıcılar, nihai sonuçlara varmak için, daha büyük ve daha homojen bir sığır populasyonuna yayılması gerektiğini bildirmişlerdir.
Di Stasio ve ark. (2005), GHR/AluI geni (342 bç) polimorfizmleri ile et üretimi, kalitesi ve büyüme özellikleri (5, 7 ve 11 aylık CA‟lar, GCAA ile) arasındaki ilişkileri incelemişlerdir. Çalışmada, Piedmentosa ırkı hayvanlarda GHR geninin 10 eksonunda 257 pozisyonundaki polimorfizmi analiz etmek ve 213 in vivo büyüme ile ilgili özellik ve 91 hayvanda et özelliği ile ilgili özellik araştırılmıştır. 5 aylık buzağılarda değerler 161.7 kg, 7 aylıklarda 229.5, 11 aylıklarda 433 kg olarak bulunurken, GCAA değeri 1.4 olarak bulunmuştur. Ortalama CY 119.2 cm, VU 144.8 cm, GÇ değeri ise 180.5 cm olarak tespit edilmiştir. Sonuçta, büyüme ile ilgili özelliklerin tümünde önemli bir gen etkisi görülmemiştir. Et özelliklerinde ise 3. günde su kayıplarında GHR (-) yerine GHR (+)'nin önemli bir etkisi gözlenmiş, ayrıca A alleli daha yüksek değerlerle ilişkilendirilmiştir. Araştırmacılar, diğer ırklarla yapılabilecek araştırmaların bu genin polimorfizminin etkisi hakkındaki bilgilerin daha iyi anlaşılması için faydalı olabileceğini belirtmektedirler.
Skinkytė ve ark. (2005), Litvanya sığır populasyonunun % 99'unu oluşturan Litvanya Siyah Beyaz (52 baş) ve Litvanyalı Kırmızısı (136 baş) ırklarında, ticari süt üretiminde önemli allel frekansların dağılımını incelemişlerdir. Çalışmada, GHR/AluI (836 bç) gen polimorfizminin (+/+), (+/-) ve (-/-) genotip frekanları sırasıyla, Siyah beyazlarda 0.15, 0.59 ve 0.25 olarak bulunurken, Kırmızılarda 0.43, 0.43 ve 0.14 olarak bulunmuştur. (+) ve (-) allel frekansları ise sırasıyla, Siyah beyazlarda 0.45/0.55, Kırmızılarda 0.64/0.36 olarak bulunmuştur. GHR/AluI gen polimorfizmlerine göre her iki populasyonun da Hardy-Weinberg dengesinde olduğu gösterilmiştir (P>0.05). Sonuçta, her iki ırkta da allel frekanslar arasında önemli farklılığın, süt örnekleri seçimin farklı tarihlerde yapılmasından dolayı değişebileceği belirtilmiştir.
Hradecka ve ark. (2008), 315 Alman Holstein boğasının tahmini süt üretim değerlerini GH1, GHR ve DGAT1 genleriyle analiz etmişlerdir. Çalışmada, GHR/AluI gen (342 bç) polimorfizminin AA, AG ve GG genotip frekansları sırasıyla 0.914, 0.073 ve 0.013 olarak bulunurken, A ve G allel frekansları ise 0.951 ve 0.049 olarak tespit edilmiştir. GHR geninin süt üretimine etkisi büyük ölçüde önemsiz olarak bulunmuştur. Sütte yağ verimi için G/G homozigotlarının etkisinin anlamlı derecede düşük olduğu gösterilmiştir (P<0.028). Ayrıca, bu genotipler sütteki yağ içeriğini düşürme eğilimindedirler (P<0.085). Araştırmada, genotip dağılımlarının Hardy-Weinberg dengesinde olduğu belirlenmiştir. Laktasyon sürecinde GH1 ve GHR reseptörünün rolü iyi bilindiğinden, araştırıcılar tarafından bu polimorfizmlerin ve diğer özelliklerle etkileşimlerin daha fazla araştırılması gerektiği önerilmektedir.
Rahbar ve ark. (2010), 93 baş Holstein inekte, GHR geni polimorfizmi ile süt verimi özelliklerinin ilişkisini tespit etmeyi amaçlamışlardır. Çalışmada, AluI (+)ve AluI (-) allellerin frekans değerleri 0.44 ve 0.56 olarak bulunurken, heterozigotluk 0.49 olarak tespit edilmiştir. (+/+), (+/-) ve (-/-) genotip frekanları ise sırasıyla, 0.172, 0.538 ve 0.290 olarak bulunmuştur. Araştırma sonucunda, AluI (+) ineklerin, AluI (-) olan ineklere göre ilk laktasyonda süt ve yağ yüzdelerinin önemli derecede etkili olduğu, farklı genotiplerle diğer özelliklerin arasında önemli bir ilişki olmadığı gösterilmiştir.
Zulkharnaim ve Noor (2010) Bali (162 baş), Limousin (21 baş), Simental (17 baş) ve Pesisir (48 baş) sığırlarında GHR/AluI (298 bç) geninin genetik çeşitliliğini tespit etmeyi amaçlamışlardır. Bali sığırında genotip frekansları monomorfik (AA:0.988, GG:0.006 ve AG:0.006) bulunmuştur. Fakat Limousin AA (0.238), AG (0.095) ve GG (0.667), Simmental AA (0.000), AG (0.529) ve GG (0.471) ile Pesisir AA (0.604), GG (0.375) ve AG (0.021) ırklarında polimorfizmler, Bali sığırında bulunan frekanslardan farklı bulunmuştur. Çalışmada Hardy-Weinberg dengesi, sadece Simental sığır populasyonunda görülmüştür. Araştırıcılar, Bali sığırlarındaki homojenliğin, yetersiz beslenme ve uygun olmayan yönetim uygulamaları gibi ekstrem çevresel koşullardaki uyumluluktan etkilenebileceğini bildirmişlerdir.
Mehmannavaz ve ark. (2011), İran Holstein boğalarında GHR gen polimorfizminin süt üretim özelliklerine ve babaya ait genetik eğilimlerin üreme değerleri üzerine etkisini incelemişlerdir. Çalışmada, 1989 - 2006 yılları arası doğan 282 boğaya ait veriler, PCR-RFLP metodu uygulanarak GHR/AluI polimorfizmleri 836
baz çifti ile genotiplendirilmiştir. (+/+), (+/-) ve (-/-) genotipik frekanslar sırasıyla 0.298, 0.465 ve 0.237 olarak hesaplanmıştır. Çalışmada, (+/+) genotipli boğaların süt, süt yağı ve süt proteini verimlerinin en iyi değerlere sahip olduğu belirlenmesine rağmen genotipler arasındaki farklar istatistiksel olarak önemsiz bulunmuştur. (+/+) boğalar, (-/-) boğalara göre daha düşük süt yağı yüzdesine sahipti (P<0.05). Çalışmada, genotip dağılımlarının Hardy-Weinberg dengesinde olduğu belirlenmiştir. Araştırıcılar, bu sonuçların GHR polimorfizminin süt üretim özellikleri için DNA seviyesindeki seçim için faydalı olabileceğini belirtmişlerdir.
Misrianti ve ark. (2011a) Endonezya‟da yaptıkları çalışmada, 370 baş Holstein Friesian inekte GHR/AluI (298 bç) geninin polimorfizmlerini tespit etmeyi amaçlamışlardır. Araştırmada kullanılan materyal 6 farklı bölgeden alınmıştır. Çalışmada, A alleli frekansı (0.70-0.82 arasında), G alleli frekansından (0.18-0.30 arasında) daha yüksek olarak bulunmuştur. AA, AG ve GG genotip frekansları da sırasıyla 0.58, 0.34 ve 0.08 olarak tespit edilmiştir. Gözlenen heterozigozluk derecesi 0.13-0.42, beklenen heterozigotluk derecesi de 0.29-0.42 arasında değişmiştir.
Akad ve ark. (2012), Türkiye‟deki yerli sığır ırklarından GAK, DAK ve Boz ırkta, GHR genindeki polimorfizmleri belirlemeyi amaçlamışlardır. Araştırmada, GHR/AluI polimorfizmleri bakımından AA/AG/GG genotip frekansları ve A/G allel frekansları sırasıyla GAK ırkında 0.143/0.796/0.061 ve 0.54/0.46, DAK ırkında 0.280/0.560/0.160 ve 0.56/0.44, Boz ırkta 0.341/0.045/0.614 ve 0.36/0.64 olarak bulunmuştur. Süt verimiyle ilişkili GHR/AluI polimorfizmi (+) allelinin frekansı Boz ırkta, et verimiyle ilişkili (–) allelinin frekansı GAK ve DAK ırklarında düşük bulunmuştur. Çalışmada, GHR/AluI polimorfizmi alellerinin dağılımının, Hardy-Weinberg bakımından DAK ırkında dengede olup, GAK ve Boz ırkta dengede olmadığı (P<0.001) belirlenmiştir. Sonuç olarak, GHR genindeki verim özellikleri açısından etkili bazı allellerin yerli ırklarda, yüksek verimli Avrupa ırklarına kıyasla daha düşük frekanslara sahip olduğu belirlenmiştir.
Mehmannavaz ve Ghorbani (2012), İran‟da yaptıkları çalışmada, 1990-2002 yılları arası doğan 282 baş Holstein ırkı boğada, bazı sığır laktojenik genlerinin (PRL, GHR ve IGF) genetik polimorfizmlerini belirlemeyi amaçlamışlardır. Araştırmada, GHR/AluI gen polimorfizminin AA, AG ve GG genotip frekansları sırasıyla 0.298, 0.465 ve 0.237 olarak, A ve G allel frekansları ise 0.531 ve 0.469 olarak bulunmuştur.
AluI (+/+) genotipli boğaların süt verimi, süt yağ verimi ve süt protein verimlerinin en
yüksek değerlere sahip olduğu belirlenmiştir. Ancak genotipler arasındaki farklar istatistiksel olarak önemli bulunmamıştır (P>0.05). En yüksek süt yağ yüzdesi ve süt protein yüzdesi değerleri, AluI (-/-) genotipli boğalarda bulunmuş olup, diğer genotiplere göre aradaki fark sadece yüzde süt yağında önemli bulunmuştur (P<0.05). Çalışmada, GHR/AluI polimorfizmi alellerinin dağılımı bakımından populasyonun Hardy-Weinberg dengesinde olduğu belirlenmiştir.
Ribeca ve ark. (2014), 990 baş çift kaslı Piedmentosa ırkı tosunda, GHR257/AluI polimorfizmlerinin ilişki analizinde GCAA, karkas konformasyonu ve kesimden 8 saat sonraki pH üzerinde etkileri belirlenmiştir. Ek olarak, GCAA ve pişirme kaybı üzerindeki ilgili etkileri, GG homozigot genotiplere daha yakın heterozigot hayvanlarda tespit edilmiştir. Araştırıcılar, üreme programlarında, bu tür polimorfizmlerden yararlanmadan önce her populasyondaki SNP etkilerinin ve ilgi türünün doğrulanmasının önemine işaret etmektedirler.
Hadi ve ark. (2015), İran'da 150 baş Holstein süt ineğinde 342 bç ile ekson 10 bölgesinde GHR geninin fragmanları inceledikleri çalışmada, AA, AG ve GG genotip frekanslarını sırasıyla % 30, 70 ve 0 olarak, A ve G allel frekanslarını ise % 64 ve 36 olarak bulmuşlardır. GHR/AluI polimorfizmi ile hem süt verimi özellikleri (laktasyon süresi, doğumdan sonraki ilk kızgınlık süresi, süt verimi, gebelik başına tohumlama sayısı), hem de üreme performans özellikleri (doğum oranı, ölü doğum oranı, zor doğum oranı) arasında anlamlı bir ilişki bulunamamıştır (P≥0.05). Araştırıcılar, bu gibi anlamsız ilişkileri açıklamak için, süt verimi ve üreme performansı da dahil olmak üzere süt ineklerinde nicel özellikleri etkileyen çoklu genetik ve çevresel faktörlerin dikkate alınmasını önermektedirler.
Ardıçlı ve ark. (2017), Holstein boğalarda seçilen aday genlerdeki (kalpain1, kalpastatin, leptin ve GHR) SNP'leri kullanarak karkas ve et kalitesi özellikleri arasındaki ilişkileri tespit etmeyi amaçlamışlardır. PCR-RFLP metodu kullanılarak 400 safkan boğa genotiplendirilmiştir. GHR/AluI geni 24 saatte pH oranı ve kırmızılık ile ilişki göstermiştir (P<0.01). GG genotipli bireylerin etinde daha yüksek oranda pH (GG:5.97, AA:5.57, AG:5.58) ve renk tonları gözlenmiştir (P˂0.01). Fakat CA, sıcak karkas ağırlığı, soğuk karkas ağırlığı, kesim randımanı, arka yağ kalınlığı, m. longissimus thoracis et lumborum bölgesi, etin mermerleşmesi (marbling), karkas
