AII~dI"a Üniv Veı Fak Derg. 49,129-13.:1.2002
Bıldırcınlarda
akrabalığın
saptanmasında
rasgele çoğaltılmış
polimorfik
DNA parmak İzİ yöntemİnİn kullanılma
olanakları*
Bilal AKVÜZI, Güven GÜNEREN2, Emine ÖZDEMİR\ Okan ERTU(;RULı, Serta\' ÖZDEIVIİR'
: Erciye, eniver,iıe,i. Veıeriner Fakliltesi. Genetik Anahilim Dalı. Kayseri: :Ankara Ciniıersiıesi. Vctcrınn Fa~ıjlıc,ı. Gcneıı~ Anabilim Dalı. Ankara;'Ankara Nlikleer Tarım ve Hayvancılık Araştırma Mer~Cli. Kaıan. Ankdra
Özet: Bu ç'alışmada eheveyn ve yaHu jenerasyona ait bıreylerden D\'A ()rneklni elde edıı.:rı'~. ıcneı,ı'yun ı,'i Il'
Jenera,yonlar ants!. ortak ve polımorfik DKA bantları aranmıştır. farklı orijınlerd.:n. elde edilen hıldırcınlar rasgele hıılcşliııleıd tenıel slirli elde edilmi.ştir. Temel sliriıden rasgele seçilen dokuz erkek. dörderli gruplara ayrıLııı 3(ı di.şi ile bırleştırılerek ;ıkı,ddı yeıı)tırılmi.) topl,ım :16 aile oluştunılmuştıır. Bu :16 aileye ait bireylerden elde edilen D'\IA örnekleri. PCR ,ın,dııı yapılara~ değışı~ h;ıntlar elde edılnıışıir PCR sonunda. araştırılmaya alınan hireylerde ıoplam 145 gen lukıısıı ıe 556 RAPD-DN!\ h;mdı belirlenmişIir. Bıreyler ar,tsındaki geneıik benzerlık 0.0069-0.2759 ar,ısında hulıınmuştur. Çiılışın,ı sonunda RAPD-PCR p;ıım;ı~ iii
y"n!L'lııınin bıldırcın popul;ısyonu oluştııran bireyler arasıııdakı genetik mesafenın helırlenmesinde haş,mlı bır şe~ılde uvgıılana-hilccegi gösterıimıştır.
Aıı,ıhıar kelııneler Akralxtlık. bıidıreın. PCR. RAPD
The use of randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) tingerprinting method for the
determination of kinship in quails
Summary: In ıhi, study. the DNA samples from the parents and iıs ofhpring in an inbred qııail iloek wnı' eomp;ıın! hy ıısıııg
tlıe I';ıııdomly amplified polymorphic DNA (RJıPD) method. Comparı,on of wiıhin and between geııeLıııons reı caled mOlllJnllJrphiı ;ınd polynıorphıc D'\IA bands. The quails taken from dillerent sources consıiıuıed the base populaııon. Nınc m;ıie ;ınd 36 l'elıı,t1c (separaıed into 9 groups eaclı had 4 female) quails taken raııdomly from this base population 1\'CIT mated to form 3(, Lımılıes. The RAPD-DNA b'lIld, were photographed ıo form the data sel. One hundred forty-fiıe gene locı ,ınd 556 RAP!)-D'.;,\ h;ıııds \Vn!' detC'J'I1ılned. The genetic sııııilarilies among individuals were found het\Veen 0.0069-0.2759. Thıs study shOl\ s th;ıl ıhı' RAPD-PCI< fıngerprınling meıhod could be used succes,ful1y ıo estimatC' genetic distanees of indıvidu,ı!, from the sanll' popul,ıtloıı
Key words Kinship. PCR. quaiJ. RAPD
Girİ;;
III/.la artan dünya nüfusuna paralelolarak artan hay-vansal gıda gereksinimi. <,;iftlik hayvanlarının tür bazında çe~iılilığinin çoğaltılmasını. birka~' verim yönünden ge-!ışliri!nıesini ı'e hirim hayvan ha~ına dü~en verimin art-tırılmasını gerekli kılmaktadır. Verimlerin genetik olarak gelı~tiriımesi İse hayvan ıslahı ilc sağlanahilir.
Hayvan ıslahında uygulanan yöntemlerin başında seleksiyon gelir. Selcksiyon: üstün verimlilerden üstün verımli dölleI'in elde edilmesi ilkesine dayanmaktadır ( 12) Insanlar evciltmenin ilk gününden beri, daha kaliteli ünin veren hayvanları dde edebilmek amacıyla. se-Ieksiyon uygulamı~lardır (29)
Akraba!! YCliştirmeye dayanan seleksiyon uy-gubmalarının hazı olumsuzlukları vardır. Uzun zamana yayılmış olan akrabalı yetiştirmelerde. akrabalık kat-s~ıyının artmasına bağlı olarak ilk önce çeşitli verimlenle daha sonra döl verimi ıe ya~ama gücünde bir gerileme
görülür. Buna. kan yakınlığı e1epresyonu denir. Bıl-dırcınlarda devamlı tam kardeş birleştirıncıeri sonucunda 1. jenerasyonda üreme yeteneğinin t:ımanıen ()rtadan kalktığı bildirilmiştir (24).
Dü~ük kalıtım derecdi. hayatın ilerı d()nenılerındc veya hayvamn kesinıinden sonra belırlenelıilcn ()/l'i-liklerin araştırılmasında geleneksd ıslah yiııııemkri \:(,k uzun süre almakta \'1: başarı oranı düşlik ııımakt~ıdır (W) Akrabalı yetiştirmeye dayanan yetiştirme sistenıkrınde kan yakınlığı depresyonunun önlenmesi için akr,lb;ı1lk düzeyinin belirlenerek. önlemlerin alınması gereklidir. Kayıtlı ve kontrollü birleştirmderde akrabalı yı.tı~ıirıııe derecesinin hesaplanınası mümk lindıı r B irleşiı rıııc ler kontrollü yapılmadığı taktirde moleklikr teknıkler kul-lanılarak akrabalıklar belirlenebilir nU5)
Moleküler hiyolojideki hızlı gelişnıekr sonucu or-taya çıkarılan yeni teknikler hayvan ıslahında d,l1ıa hızlı. daha güvenilir ve daha az maliyetle hedellenen ıeriın dü-zeyine ulaşmaya yardımcı olabilecektir n.2J.27).
13(1 Bıbl Akyüz - Giil'en Güneren - Emine Özdemir - Okan Ertuğrul - Sertaç Özeleınır
RAPO-PCR analizi sonunda elde edilen gen lo kusJarında gözlenen RAPJ) bantlarına göre geneıik 1I/ak-lıkları hesaplanmıştır. Genetik uzaklıkLır. hırıııı ()lar~ık ele alınmış ve uygulama] i sınınandııma hirııııi (upc
raIİonal laxonomie unil. OTU) olarak veriınııştir (2(ı)
Bulgular
Elektroforez sonunda elde edilen fot()ğr:ın~ır in. celendiğinde. P06 primeriyle hcl' bireyde i-I:') ~ırasıl1lLı değişen RAPO handı giizlennıiştir (Şekil i) 13un~1hağlı olarak populasyonda toplam 14<; gen lokusu helırlen-miştir. Bu gen lokuslarının tamamında cJde edılen I{,.\PD banl sayısı 556'dır. Bireyler arasındaki gcneıik helllcrlık 0.0069-0.2759 arasıııda hulunmuştur.
Hazırlanan dendogramda bazı hireylerın ait ol dukları ailelel'de değil de haşka ailclcre ait bireylerle hir küme oluşturdukları belirlenmiştir. Incelenen hireylerin birbirleriyle olan genetik uzaklıkları esas alınar~ık UPGMA yöntemiyle hazırlanan tüm hıreylere ~ıiı den
PCR sonunda elde edilen ürünlere ';;
rı.
7"lik agaroı ile hazırlanan jclde ekktrofnrez işlemi yapılmıştır Bdnt-ların foıoğrafüıki görüntüleri hilgisayara geçirilerck. Sigma Gcl@ programı ilc hantların yerleri .';~ıptannıış ve veri seti olu~tunılıl1lıştur. Unweighted pair-group method wiıh arilmeıie avcrages (UPGMA) yiintenııy!c küıııe!cıııe analizi yapılmıştır (13).Bandın görülmemesi (resesi!') "0"_ giıııilnıesi ise (dominant) "I" ilc göslerilerek veri seıi oluştuııılnıuştur (23.29). Maıris formatı oluşturulması işleminde MS Exeel@ programı kullanılmıştır. Uzaklık maırisleriııin he-saplanması Ve veri setinin istaıistik all~ılj/e uygun şekılde biçimlendirilmesinde The 1~r\PO clist~ıl1ce package (Ver-sion 1.04) programmdan yararlanıln\lştırıll)
RAPO hanılarınm "dominant blıtıııı yıılu" iıledığı kabul edilerek, hireyler arasındaki karşılaşıırıııal~ır. RO
(Bel1z.erlik 01"(/111)= (illi + /1;.,,) /11 eşitliğine gi)re
ya-pılml~tır (1.2). Bu eşitlikten yararlanarak hireyler ara-sında "benzerlik matrisi" olu~turularak. hıreyler ara-sındaki genetik ben/.erlik hesaplannuşıır Ben/.erlik maırisindeki veriler esas alınarak ve hireykr ~ırasuıdd ge. nolİpik ilişki kullanılarak UPGMA yöııtenıiyle den dogramlar yapılmıştır (Eşitlik i) (13) Dendugranıldrın yapılmasmda Staıisıica~.',1 programı kullanılmıştır. UPGMA yilnıemi ilc dendogranıJar hazırlanırken. iki hi-reyin sahip olduğu lokuslarda benzerlik oranmın "h" ol-ması durumunda. bu iki bireyarasındaki uz,ıklık "I)" dşa
ğıdaki şekilde hesaplanmıştır: RAPO (randomly amplified polymorphie DNA)
çe-şitli hayvan ve bitki türleriyle ilgili genctik çalışmalarda haşarıyla uygulanabilnıektedir (3.5.9, i5.i7). RAPO' nin eheveyn analizlerinde güvenilir bir yilntem olduğu. çeşitli ()rganıznıalarla yapılan çalışmalar sonueunda ortaya kon-nıuşl ur. Baıı araştırıcılar RAPD' nin organizmalar üze-rinde cins düzeyine kadar helirleyici olabileceğini be-lırtmişlerdir (4.6.10,19.31).
Bıldırcmlar et ve yumurta üretimi ile Iaboraıuar hay-vall1 olarak çok kullanılan ve ö/ellikk geneıik ça-Iışnı~ılarda tercih edilen hir türdür. Bıldırcıııların molojik olarak sınıtlandırılıııası ve evcilleştirilmesi ile ilgili ya-nıılaııması gerekli pek çok soru hulunmaktadır. Özellıkle moleküler DNA çalışmaları hu soruların çözmmesinde büyük iilçüde yardımcı olabilecektir (2R).
DN A parmak izi yöntenılerinin, canlıların genetik yapılarını araştırmada kullanılması son 20 yılda dünyada 111/la yaygııılaşmasma karşm Türkiye'de hu ıip çalışmalar adli olaylar haricinde smırlı olarak kullanılmakıadır (30). Bu çalışmanın amacı. üzerinde daha önce herhangi hir ısl:ıh çalışması yapılmamış olan bir bıldıreııı popnlas-yonunda. geneıik ilişkileri ve akrabalık durumlarını DNA teknolojisini kullanarak belirlemekıir. Bu amaç için kul-lanılan yilntem: peR yöntemiyle rasgele çoğaltılmış olan DNA segnıentleri polimorfizmleri olmuştur.
Materyal ve Metot
Temel sürü farklı orijinlerdcn getirilen bıldırcınların rasgele birleştirilmesi ile elde edilmiştir. Bu temel sü-niden 9 erkek ve her erkek 4 dişi ilc birleşıirilerek 36 aile oluşturulmuştur. Bu ailelerden elde edilen yavruların kendi aralarında hirleştirilmeleri ile hir sonraki je-nerasyonlar oluşturul1l1llştur. Ayrıca, değişik kaynaklar-dan elde edilen ve akraba dışı yeıiştirilmiş hayvanlardan oluşan 50 bıldırcmlık bir kontrol grubu oluşıurulmuştur. Çalışnıada kullanılan hireyler konırol grubu. 2., 3 .. 4. \il;
5. jenerasyona aiııir. Her jenerasyon değişik sayıda aile \e her aile de farklı sayıda bireylerden oluşmaktadır. Toplam birey sayısı 69'dur. Kalpten alınan kandan. döllü yumurtalar içinde gelişen enıbriyonların embriyonik doku p~ın;alarından ve dölsüz yumurtaların yumurta sa-rılarından. konsanlre tuz so!üsyonu metodu ile DNA elde edilmiştir (LU4.lX). Örneklere ait DNA'ların lümü 10 adet primer ile ayrı ayrı denenmiştir. Deneme sonucunda en faz!a banı veren P06 numaralı primer (CTG CAG CCG Tj PCR analizinde kullanılmıştır (I 9,22.23).
PCR işleminde hcl' bir döngü: 94°e de idk. 35°e de 10 sn.
nce
de idk olacak şekilde. toplam 45 döngü ola-rak uygulanmıştır. Son olarak iirnek DNA' ları. 76"C de 6 Cıkbekletilen:k reaksiyona son verilmiştir.Ankara eniv Vct Fak Dcrg. 49. 2DD2
Şekil I. Bıldıreınlarda PD6 prımcri ilc çoğaltılan genomik DNA örncklerindc gö/.lenen RAPD haıılLırı II(l(l
hp'lik (g"C n) vc
ı
kb' lik (a) DNA iilçcklcri: bircyscl poliınorfik RAPD hantları (h.e.d.eJ.h.i.J.k.l.mll.Figurc i.RAPD bands ohscrvcd in amplifiel! quail gcnomie D:sJA samplcs with PDö primer ııseel in ılıe rÖL'~lrclı IIDD hp (g and n) and ikh (;ı) DNA markcrs: indivudual h;ıscd pnlimorphic RAPD h;ınds (h.c.d.eJ.Iı.Lı.k.l.mll.
ı
31clogram Şekil 2'cle verilmiştir (Dendogramda bireyler ör-neğin: G020602.
Gm
1405. G041113. GO:" l42R şeklinde kodlanmış!ır. Gm0602'de GOl: ikinci jenerasyonu. 06; altıncı aikyi. 02: bu ailenin ikinci bireyinibelirtmekte-dIr).
Tartışma ve Sonuç
Çalışma sonucunda elde edilen verilerin doğ-nıluğunu sağlamak amauyla PCR reaksiyonunun sağlıklı olarak çalışması ve diğer araşıırmauların RAPD- PCR parıııak izi yönteminin bir hısuru olarak belirttikleri aynı bireye ait birden fazla RAPD ..PCR reaksiyonunda farklı RAPO hantlarınııı elde edilme riski lest edilmiştir (iO). Bu amaçla. hir bireye ait genomik DNA en az iki kez RAPD-PCR reaksiyonunda kullaııılmıştır. Daha sonra. bu \'l,:rılerle dendugral1llar hazırlanmış ve aynı hireye ait tek-rarların ayııı kUmede ıoplandıkları gözlenmiştir. Yapılan kontrollerde bu çalışmada elde edilen RAPO-DNA' ların yenıden elde edilehiiiI' iizellikte olduğuna karar ve-rilnııştir. RAPD-PCR yiinteminde en uygun primer-genoınik D;\iı\ hirleşme ısısıııın 35cC olduğu görüşüne
paralel yönde hulgular elde edilmiştir (I 6,20,27)
Hayvanların alındığı populasyonda birleştirme yön-temi tam kardeş hirleştirmesi şeklinde uygulanmamıştır. Çalışınaya alınan ailelerin birey sayıları her jenerasyon da farklı olmuştur. Jenerasyonların tümünde devam eden aileler ulduğu gihi tek bir jenerasyonda görükn aileler de mevcuttur Bu durum. RAPO bantlarının kalıtım yol-larıııın ınccknmesini güçleştiren faktörlerden hiridir. Bu. 11l1lllahirlikte. araştırmada uygulanan RAPD yöntemi ilc
aynı aileye ait olduğu helirtilen hireykrden hazı larıııın aS-lında başka bir aileye dahil olduğu sapt~lI1ııııştır. Bu hulgu hazı araştırıcıların RAPD yi)nteminin tür. ırk "e aiklcr arası ilişkilerin hclirlenebileeeği yönündeki giirUşleriyle henzerdir (4.6.23.29.30) Böylelikle R/I.PD-PCR yiilltc miyle elde edilen RAPD hantları ile jeııcrasyun-aile-hirey düzeylerinde sııııllandımıa yapabileceği hclirlcıınıi~ıır.
RAPD bantlarınııı dominant öıcllikte olduğu ve hu nedenle de 'fenotip' olarak kahul edilmesi gerekıiği hil-dirilınektedir (I). Bu görüş. çerçevesinde blınarak den-dogramda dördüncü jenerasyondaki G()40S0X. G0427! X ve G042809 nuınaralı hireyler aynı jener~ısyoııda kii-melenmclerine kar~ılık. jenerasyun içi geııctik beıııerlik derecesi ortalamasıııdan daha düşük düıeyde geııctik ı1i?-kiye sahiptirler. Ayl11 şekilde. X. ~ıileniıı l'i lluınar,ı11 bı-reyi ve i3. ailenin iO numaralı hireyinin dcıı(\ogramcb aynı yerde bulunması hunların ~Uphcli hireyler ula-hileceği varsayımını akla getirmektedir. Bu duruııı_ Çl-kımdan sonra civcİvlerin kafcs lelleri ar~I'Jııcbki açık. lıklardan ya da kafcs duvarından atıay~ırak diğer ailedeıı civcivlerle karışması sonucu olduğunu dii~üııdıırıııek[edir. Ayrıca. akrahalı yetiştirıııe sırasında sık\'~ı Lır'ııl~ışıbıı dıi! verimi düşüklüğü nedeniyle sürü hliyliklLiğLilııl1ı ko nınması amacıyla bakıcı tarafıııdan ,LirLiye dl'ıarıd~ııı ka-tılmış olahileceği de dii~ünülehilir.
Belirlenen 145 gen lokusunda güılcııen [uplaııı 'i'i6 RAPD handından aynı jenerasyonda ve ı~ıkıp edeıı ıe-nerasyonlarda ortak ı)lan haııl say"IIlIIl Ilim ~ıılelcnk ikiyi geçmediği ,aptanmıştır. Ancak. kı)llln'l ~rııhıılıd~11l
I"J.;.. Bılal Akyüz - Gihen Güneren - Emine Özdemir - Okan Ertuğrul - SCrlaç Ö/.denıir ,
i
i
i
i i l t---' i ıf----i
i
i
ii
i i ii
i ii
i
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
Genetik Uzaklık (OTU)
~ekil 2. Tüm hireylerın dahil edıldiği kümelemc analizine göre hazırlanan denelogram.
Figure 2. Dendogram coııstnıeted based on clusıer analysing where all individuals are includeel.
elde edilen RAPD bantlarımn tamamına yakınının tüm aile ve .Ienerasyonlarda incelenen bireylerden elde edilen hanı lada ortak oldukları helidenıniştir. Aym ailede hir-den Lı/la sayıda gö/lenen RAPD bantlarının tamamının kontrol gnıhu bireylerinden elde edilen hantlada ortak 01-chığu gözlenmiştir. Aynı şekilde. hirden faZla jenerasyon-dan D!\'A örneği alınan ailelerin tamamında takip eden jencrasyonclan bireyinde hazı lokuslarda ortak RAPO b,lIl1ları saptanmıştır. Ancak. ilgili aile ve jcnerasyonlara aiı hireyler arasındaki ilişki, tüm bireylerin analize dahil
edilmemesi nedeniyle çelişkili olarak g.\zlcnınekıedir. ilu durunnın yine bireylerin civciv kafeslcri. iirnek toplaıııa ya da laboratuar aşamalarından hirisinde sehven hal;ıJı olarak etiketlenl11eden kaynaklandığı m düşlind limıek. tedir. Buna rağmen, örneğin üç jenerasyon devaııı edeıi ailelerde ilgili gen lakuslarında gö/knen ortak RAPO bantları ardışık olarak iki jenerasyonda giizlenmişıir.
Kontrol grubuna ait hireylerde gi\/lenen hantların diğer bireylerde de ortak olması ve hir bireyde rastlanan hamlın takip eden jenerasyonda aynı ailcde birılcn razı,ı hireyde gözlenmesi dunııııu RAPD h,ıntl;ırınııı hasıt
Men-Ankara Üniv Veı Fak Derg. 49. 21102 1:13
del kalıtım yolu izlediği sonucunu desteklemektedir ( 10.22)
Uygulamaya alınan bireylerin tümünde görülen hcl' bir [okus. bireylerin tanımlanmasıııda bir paranıctre ola-rak bbul edilirse 69 bıldırcının hcl' birisinin tanımlannıa-sıııda 145 paranıetrc kullanıldığı anlaşılır. B u durum, tüm hireylerin birbirinden farklı özelliktc olduğunun bir ifa. desidir. Bu da RAPD-PCR yönteminin araştırmada kul-lanılan her bir bireyi diğerinden ayırahilccek güçte ol-duğunu göstermektedir (6, i(l, 19.22.21).
Dendogram incelendiğinde ikinci ve üçüncü je-nerasyon arasındaki genetik uzaklığın takip eden jc-nerasyonlar arasıııdaki uzaklığa göre daha fazla olduğu giirülmüştür. İkinci ve iil,:üncü jenerasyonun her ikisinde hirden ardışık ortak ailenin olmaması ve ikinci jeneras-yonda aynı ailedeki bireylerin akrabalık dereceleri öz kar-deşten kuzene kad:ır değişirken üçüncii jenerasyonda öz brdeşten kuzen "ocuklarına değişen bir varyasyonun ol-ması 2. ve 1. Jencrasyon arasındaki geıı.:;tik uzaklığın daha razla olmasına neden olmuş olabilir. Diğer taraftan ikincı jenerasyonda diğer jenerasyonlara göre daha fazla aik olmasıııa karşılık, hcl' ailedeki hirey sayısının az ol-ması. jcnerasyon içerisindeki genetik uzaklığın diğer je-nerasyonlara oranla daha fazla olmasıııa yol açmış ola-hilır.
Her bir kümeleme analizi, analize alıııan bireylerin nispi uzaklıklarını dikkate alır. Bireylerin birbirlerine olan uzaklıkları üç boyutlu uzayda hesaplanır. Daha sonra da UPCiMA yöntemiyle iki boyutlu ortamda grafik şeklinde sunulur. Iki hirey arasında bir grafikte verilen henzeriik düzeyi. aynı bireylerin içinde bulunduğu bir alt populasyonda rarklı olabilir. Ancak, genelolarak, in-celemeye alınan tüm populasyona ve populasyona ait olan grafiklerde bu yakınlık düzeyleri de orantılı olarak değışmektedir. Bazı durumlarda ise alt populasyonu sim-geleyen grafikte birbirleriyle yakııı ilişkili görülen bi-reylerin genel grafikte tamamen farklı kümelere top-landıkları gözlenmiştir. Bunun nedeninin, üç hoyutlu uzayda hesaplanan uzaklıkl:ırın iki boyutlu düzlemde su-nulmasından kaynaklandığı düşünülmektedir.
Araştırma materyalinin tümünde jenerasyonlara ait kümelerin en belirgin kümeler oldukları gözlenmiştir. Jc-nerasyonlar içinde incelenen ailelere ait örnekler göz önüne alındığında aynı aileden bireylerin bir alt kümede toplanma eğiliminde oldukları saptanmıştır. Kümelerİn olu~masll1da cinsiyeti n etkisi gözlenmemi~lİr.
Jcnerasyon ağacı bir "kümeleme analizi" olmasına kar~lI1. kümeleme analizi sonucunda elde edilen grafik bir "jenerasyon ağacı" olmayabilir. Çünkü, kümeleme
ana-lizinde elde edilen diyagram. analizc ,11111anhayvanlar arasında ele alınan parametre/ler yiinünden uzaklıklara göre düzcy
r
den başlayarak artan se\'iyelerde ,ılı dallar verir. İncelenen bireylerin taınamı aynııenerasyon. hdlt,ı karde~ bile olsalar, bireylerin ikili karşıbşıırm,ı1;ırında de-ğişen seviyelerde alt dallar vereceklerdir ki. hu dunımda ele alınan bireylerden hazılarının diğer hireylerin ala so yunu oluşturan jencrasyondan oldukları s(iyleneme/,Çalışmada kullanılan bireyler arasındaki genetik benzerlik oranının Q,0069-0.2759 arasmd;] hulunmu~ ol ması. bireyler arasındaki genntipik farklılığın yüksek ol-ması anlaıııına gelir (4,22.21.10). Elele edilen bu veriler kullanılan bıldırcınlar arasında tam hır akrabalı ye-tiştirmenin olmadığının bir kanı liolarak düşünülebilir.
Materyal ve Metot'ta açıklandığı şekilde yapılan birleştirmelerde 2. jenerasyondaki bireylerin iiı ve haba bir üvey karde~ olmaları heklenirdi. Aneak. RAPD. PCR parmak izi analizi sonucu UPGMA yiintemiyle elde edi-len diyagramda yukarıda süylenenin tersi giil.lenmişıir. Bir başka deyi~le. jenerasyonlar ilerledik<,:e ayl1l ıe-nerasyondaki bireyler arasındaki genetik ı1işkinin düzeyi paralel olarak artmı~tır.
Aynı jenerdsyondaki tüm bireylere aiı D:\A ör-neklerinin dahil edilmediği bu <':dlışmada incelenıeye alı-nan bireyler arasında gözlenen genetik ilışkı dıj/cyıııe ha. karak iki bireyarasındaki akrabalığın tam k;ırcle~, y,ırım kardeş, kuzen gibi belirlenmesi ınümkün değildir.
Bununla beraber, kısıılı olanaklarla D;\IA i'irnekleri toplanan bireylerden elde edilen RAPD bantları esas alı-narak jenerasyonlar ve jenerasyonlardaki aileler haşarılı hir şekilde belirlenıııiştir. Bunun antım!. örnek sayısının amınlmasıyla, bireyler arasınddki akrahalığın helırlen-mesİ daha sağlıklı bir şekilde yapılabileceğidir
Ayrıca, RAPD-PCR analizinde tek priım:r kul-lanılabilmesi bireyler arasındaki akrabalığın ha~arılı hir şekilde belirlenmesini engellemiştir. Çünkü. RAPO ana. lizinde kullanılan primer ve ele alınan birey ,ayısı ko-nusunda kesin belirlenmiş sınırlar hel1liz yoktur. Ancık. tek bir primer kullal1lldığında hireysel rarklılıklar orıaYd çıkmayabilir. Bu nedenle, bireylerin gennıiplerinin ıa nımlanmasında mümkün olduğu kadar çok primer kul-lanılnıalıdır (29).
Bu çalışmayla. RAPD-PCR parmak izi yiintt:nıinin. populasyonu oluşturan bireylerin geneıik özelliklerint: göre filogenetik sınll1andınlmasının (ırk. hal. ai le vh,) ha-şarılı bir şekilde yapılabileceği gösterilmi~tir Ancak. adı geçen yöntemin iki bireyarasındaki geneıik ilişkinin dü zeyinin belirlenmcsinde kullanılamayacağı anlaşılmıştır.
I~-.i 13llal .\kYlİI - GLiven GLineren - Enıine Özdenıir - Okan Ertuğrul - Serlaç Ozdenıır
-'i.
5.
9. 3.
Geli,' wrihi. 1.10.20011 Killmlıunlıı /: /2.2()(}/ Yazışma adresi:
Aru,'. Giir. Vel.Hek. Bi!ld Ahü7
I:'rciyes Üııiversilesi, Veleriııer FukidleSI Geııeıik Allilhiliııı D"lı
Kocusinaıı, Koneri
e-milil: uk\'L17@ı'eıeriııuIT.uıık"/'{f.edlı.11
ı
6. Khaled AK, ~eilan BA, Henrikssıın A. Con\\'a~ Pt (1997): Ideıııijicuıioıı ({i/(/ p/n'logeııel/c IIl/ıiil'SIS o/ 101.-ıohucil/us ıısiııg mıılıip/e.ı RAI'D-I'CN. FE ',ilS MILTohl,,1 Let!, 153. 191 - 19717. MePherson J\1, Gajadhar AA, Wilson S\J 119<)2)
Rıııı-dol11 umplijied po/I'morl'lıie DNA. Par.l,ıI Tııd;ıy. X. 215. 236. In CAB Ahs!racıs No: 19<)3 IJI7-IJI'7ll:>
IR. Miller SA, Dykes DD, Polesky HI' (i %8) il .ııını,le
ii/i-ıiııg 0111procnllll'e jil/' eılrucl/ııg f)/vA /1,11ןiL /ıııııııııı
111/1-Imıed cP/Is :"iucleıc Acıd" Res. H,. 1215.
19. Parejo Jc, Sansinforiano ME. Hahascıı A. "Iiartinez-Traneon M, Fernandez-Garcia JL, Padilla JA (ı9<)8)
Tlıe usp or ıeclıııiifue iıı popıılul/(/ıı ,ıııdin ollilullUI Cu-ct'r!'ııu /mı'iııe hr!'e£!. Arcl1 Zooıee. 47. 27')-:'~6
20. Rolhuizen J, Van Wolferen :VI 11994): /.'lIlld"l11i1 UI11/'-li/i!'J DNA pO/l'l11orphlsms III Jo;;s ure u'I'mdl./(I"le 1111£1 dısplm' Meııdeliilll I/wI.ll11issirlıl Aıııııı Gı'IIC!. 25. 13-1~. 21. Scott \11', I-Iaymes KM, Williams S"I'I i i <)<)21 l"III'II/(1,~I'
uııu/nis usiııg RAPD I'CI( f\'ucleıc Acıd, Re,. 20. 5.1'), 22. Sharma D, Rao KBCA, Singhs SM, Tııtey Si\J ı i ')<)S)
RUIıJOI11/y ul11/,/i/ied POI\'ll1lJ1,1,lılc ONA (/i'Ai'
n)
101' nO-luuliııg geııelic l'eluıill11ships Wııııııg I'lIl'i.~l/o o/ .~IıIIı,.UjiM/. Gcııeı Anal Bionınl Eng, 14. 125 128
23. Sharma D, Haıı KBCA, Toley SM (2Illll)) Meiislıl't'IIWIII or ","iıhiıı uııd hplweeıı popU/UII!JlI gelldl! l'ill'/i/INlm' III (IU-(ıils. 131'POIIll Sci, 41. 29-32.
24. Siltman K, Ahplananlp H, Fraser RA i11)(,6) lıılneedlJıg
depressiıııı iııJiI/I(//wse ijı{({il Cieııc!. 54. 3~ i 370
25. Tanksley SD, Young ND. Palcrson ALI. Bonİerhalc :'IIW
(1989): RFL!' ııwpplJl,~ III "'1(//11hreedıııg neıı' '''0/.1 jol' ,Ul
ııld .lCıem:e. BioTechnology. 7. 257-2()4 ",'\Iıııını~ıır" Rdgoı M, Hoi"iııgtoıı DA (I 993): !vfnlecUlilr Ilııırkı'n jor 1,10111 IJreedilı}:: l'lIl71/1i1risolıs oL Rf-L/' ({ııd /?AP/) gı'1I0IlPlJI;; cosls. ılıeor Appl (,eııeL 116, 975-98-'1.
26. "'dr, BS (I<)<)IJ): Ce/wıie /)({w Aıııı/l'.II.I Meı/ıods /01' Disereıe Popu!lllioıı Gellelie nil/u. SlndllCJ' ASSOCldlCS 111l' Suııderlaııd. Mas,achmclıS.
27. 'Velsh.l, \-1eCleHand M (19<)IJ) Filı.~eıl"illiilıg .~eııoJlle' usiııg PCR wltlı ill'lNınilT /ll'imen. i\lıl'lc:c Aı'ıds Res. iX. 7213-72IR.
28. Williams JGK, Kuhelik AR, Li"ak KI. Rafaiski JA, Tingey SV (I 99IJ): DNA l,oll'll1orl,/ıisJlls (unl'lı/ied 1)\. 01'-hiırar\' primers ({ri' lise/U/ ({S gellelie Iıwl'kel'.I. Nuclcıc Acids Rc" 18.6531-6535.
29. Williams MN\', Pande J',;, Nair S, Bennci J (1')'.)1) Rn!.
riclliJlI .frilgl71elıl leııgılı pO/I'IIJol'phi.lm 1ı1ı1ı/n!S ol 1)0-limemse c!wiıı reilelioıı /lmduels Iıml'li/ied ImllJ 1710/J/JI'rl /oci olrice 101'.I'1i1 Sil/lI'ii L.} geıınıc
n,..,A
Them :\prl Genel. 82, 489-49R3IJ. Yeğenoğlu ED (19<)<)): Jilpıııı IJddlrellllllJ'l/ldil !Co/umıı (,'o/lmıü jilpoııieil) DNA i7olilS\,OIlU 1'1' /),vA l"iI'lnııkl:lv-riliiıı (:ıkiln/ııw.ı/. Ege eıııver,ııesı Feıı Bılıııılerı Eıı,ııliısıı Yiiksek Li ,ans Tezi.
31. Zhu J, Nestor KE, \1oritsu Y (1<)96): /?"lol1(1Il.I/ılp hel-weeıı hillıJ slwring lel'd, or DNA /ill.ı'vrIJlIII!S oııd Iılh-reedilig cııelliCleıııs ilııd es/imilıioıı ol 'nil' /lıhrel'tliıı.~ III
/lIrker /ıııes I'oıılıry Sci, 75. 25-2X.
Kaynaklar
Aposlol BL. Black Wc, \ii11er BR, Reither 1', Beaty RJ
i1')')3): Fsıim(lıiıııı ııt ıhe IIl1m/)er ıınu// siMiıı}; Iwni/ie.ı (1/ IILi "ı'ıp".ıiliıııı sile lIsilıg RApD-pC/? l1U1rkers: (I/'p/iuı/ions ıo ıhem"stjııi/IJ Aedn (legv/)/i. Thenr Appl Genel. 116, 9<)
ı-1()Ot).
Aposlol BL, Black
Wc.
William LV, Rdter 1', Milleı' H(i')')6): Popu/uıioıı geııeıic.1 ",iıh RAPD-peR tnurkers: ıhe hreedıııg .ıımc/ııre "tAedes (legrpli iıı PlIer/o Rico. Heıecl.
76.325-334.
Baircl E, Cooper-B1and S, Waugh R, De Maine M, 1'0-well \V (I ')<)2): Mo/ecıı/ur c!lIlmc/ert.I(lliolı ııl' i11ler- dllil ııı/l'(ı-speci/ic .ııımuıil' hrhrlil.ı of pııı(lıO lisin}; mııdmnlr uml,lı/ied pOl\'I11orphie DNA (RAI'D) m(ırkers. Mol Gen Genel. 223. 46<)-475.
Ban H, Xu H, Ku H 11')9<)): Sııdi es 011liıı'esı mli.ık deer uııd (Ilpiııe tnusk del'/' USıııg /?(11ldom Amplijied Po/r-Ilıorl'llU: DNA (RApf)j Acıa 'nıeriol Sin, 19,241-246 Bardin \1G, B.ındi C, Comincini S, Damiani G, Rog-non i Ci. (I ')<)2): Use "fRApJ)s murkers lo esıim({le geneıic nl/'/ulion III hoııiııe popıılmiıms. Aninı Genel. 23. Suppl I, 57-61.
Beneeke \1 (1998) R({ndıım Amp/i/ied Polymorphic DNA (RAPD) npiııg of nt'C'I'ol)hugeous inseCl (dipıem, co-iI'''/Jlem) in crimlı/{{l/i,l'('nsıc slUdies: m/iclrııion uııd use ın pmclice hm.:n,ıc Sci ını. 911, 157-168.
Bolslein D, White RI., Skolnick MH, Davis RW (1980):
CoıısınıcliOIl of u gnıerie /iııkuge muı' iıı m(iii IIsilıg resı-nclımı Imgmeııı leııgıh /,o/rJlJoıphlsms. Anı J Ilunı Genel. 32. 3 ı 4-312. "Alınnıı~tır" Willianı, JGK, Kuhelik AR, ı'ıı'ak KJ. Rafal,ki JA, Tiııgey SV (1990): DNA I'0ly-IIJllıphisms (Iınl'li/ied hı, ur/nlmn' primers ure lise/id us };e-ıwlie 1I11lrken "Jucleic Aeids Re" lll. 6531-6535.
Burr B, E"ola SV, Burr FA (1<)83) The App/ieuıion ııl' Noınclııııı Fmgmenı Lelıgıh Pıı/rmor",hism Iıı plwıı Bre-('(ling 45-5':J. In JK Setlow. A Hollaender (Eds). Geııeıic Engıneerıng. Priııciples aııd Meıhods. Vol. 5. I'lenunı I'ı'e,s. :'-Iew York. "Aıınıııı~ıır" Ragot M. Hoisıngtoıı DA ( 1<)93): Molecu/ul' mUl'kers 101' p/W71 hrenliıı}:: COI11-pıll'isııııs olRFLI' uııd NAI'D ;;eııoırpiıı}: eoslS. Theor Appl Genel. 116. 975-9R4.
Chapeo W, Ashlon :\W, Martel RK, Antonishyn J',;, Crosby WL (1992): A Imsihilit\' sıııdy oııhe lise or mıı-dol11 ({mpli/ied Iw/rl11ol'plıic DNA iıı Ilıe popıılmimı ge-IIdics uııd srsleııwl/cs ol gmsslıoppers. Genonıe, 35. 5()9-574
ıIJ Ellsworth D L, Riltenhouse KD, Honeyeutt RI. ( 1<)93):
ilm/({c/ıwI 1'({J'l(IIWII iıı Rwulol11 Ampli/ied POlYl11orphic DNA hlllUliııg 1)(llIenıs. BioTecniques, 14,214-217.
i I. Excoftier i. (199R): lexcollie@sc2a.uııqge.ehl Permission /\ILCi.
ı
giıııeren@veıerimıry.ankara.edu.trj.I::'. Fa1coner DS
(ı
9W)): Iıılmdııeliıııı lo QII(lIlliwlil'I' Gelll'/iL'S.3'" cd. Lungımııı. Scientific and Techııieal. London. 13 Cüneren G (1999) l'olimem7 7iııeil' reuk.m'oıııı ile
ms-gı'lI' (.o,lfu/ıill/u,' IJolilııor/i/" DNA purl11uk izi yliııımıiııiıı (NAI'D-I'CR) Türk/re rerii sı{[ır ırkl({mıdu u\,;;lılwımu o/u-llUkliln Ankara Ünil'ersitesi Sağlık Bilimleri Enstiılisii. Doktora Teıi.
1-'1. Jeanpierre M (19R7): A mı)id mellıodji)r ılıe purijiCllıirm ol DNA Fol11 iJ/ooJ Nueleic Aeids Res, 15, <)61 1. 15. Kemp SJ, Teale AJ (~<)')2) Rulıdol11 ul11J1li/ied DNA
po/y-l11orphisl11s (RApDs) wıd pooled DNA iıı hoıııııe };eIlelic l'II"lil's. Anını (,encl. 23. Suppl 1,62-66.
