Ar-Ge faaliyetlerine, Ar-Ge yoluyla sağlanan birikim teknolojik ge-lişmelerin alt yapısı olduğundan, bu bağlamda teknoloji geliştirme faaliyetlerine sağlanan vergisel teşviklere baktığımızda genel olarak iki düzenlemeyi görmekteyiz:
1- 3229 sayılı Kanunla 1986 yılından beri vergi sistemimize girmiş olan ve 5228 sayılı Kanunla değişiklikler yapılan, Ar-Ge yoluyla vergi indirimi,
2- 06.07.2001 tarih 4691 sayılı Teknoloji Bölgeleri Geliştirme Ka-nunu (TBGK)6ile sağlanan destekler.
06.02.2004 tarihli 5084 sayılı Kanunla, Teknoloji Geliştirme Bölge-lerine (TGB) ciddi rakip olabilecek serbest bölgelerin sahip olduğu vergisel avantajlarda önemli değişiklikler yapılmıştır. Ar-Ge harca-maları ile ilgili olarak vergisel teşviklerin yanında diğer teşviklerde söz konusudur. Bunların içinde TÜBİTAK - TİDEB ve TTGV uygu-lamada öne çıkan önemli kurumlardandır.
Gelir Vergisi Kanunu’nun diğer indirimler başlıklı 89. maddesinin birinci fıkrasının 9 numaralı bendinde, Kurumlar Vergisi Kanu-nu’nun “İndirilecek Giderler” başlıklı 14. maddesinin birinci fık-rasının 6 numaralı bendinde ve yine TBGK’ nın geçici 2. maddesin-de araştırma geliştirme faaliyeti kavramından söz edilmektedir.
Söz konusu düzenlemelerde araştırma ve geliştirmenin tanımı yapıl-mamış olmasına rağmen, işletmelerin bünyesi içinde gerçekleştiril-meleri gerektiği ve yeni teknoloji ve bilgi arayışına yönelik olması gerektiği maddelerde hükme bağlanmıştır.
Genelde, kavram olarak Ar-Ge vergi kanunları hariç, Yatırımlarda Devlet Yardımları ve Yatırımları Teşvik Fonu Esasları Hakkında Ka-rarın Uygulanmasına İlişkin 98/1 no.lu Tebliğ, SPK’nın Seri XI, Sermaye Piyasasında Mali Tablo ve Raporlara İlişkin ilke ve Kural-lar hakkında Tebliğ ve Tekdüzen Hesap Planı, Teknoloji Bölgeleri Geliştirme Kanunu (TBGK) gibi çeşitli yerlerde tanımlanmışken, 15 numaralı Türkiye Muhasebe Standardında araştırma ve geliştir-me ayrı ayrı tanımlanarak konu hakkında ayrıntılı düzenlegeliştir-meler ya-pılmıştır.
6 06.07.2001 tarih ve 24454 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanmıştır.
TGBK’ya göre, Ar-Ge, bilim ve teknolojinin gelişmesini sağlaya-cak yeni bilgileri elde etmek veya mevcut bilgilerle yeni malzeme, ürün ve araçlar üretmek, yazılım üretimi dahil olmak üzere yeni sis-tem, süreç ve hizmetler oluşturmak veya mevcut olanları geliştir-mek amacı ile yapılan düzenli çalışmalardan oluşur.
06.07.2001 tarih ve 4691 sayılı TBGK, gerek yazılım, gerekse diğer Ar-Ge harcamalarını destekleyen önemli düzenlemeler içermek-tedir. Kanun’un gerek amaç maddesi gerekse amaç maddesi gerek-çesi incelendiğinde, kanun koyucunun TBGK ile teknoloji yoğun faaliyetlerde bulunan kamu kesimi (Üniversiteler, TÜBİTAK gibi) ile özel sektörün belli bir sinerji yaratacak şekilde, belirli bölgeler-de toplanmalarını ve bu şekilbölgeler-de özellikle özel sektörün Ar-Ge veya daha genel bir tabirle teknoloji yoğun faaliyetlerini arttırmalarını sağlamak istediği görülmektedir.
Teknoloji Geliştirme Bölgelerinin kuruluş, işleyişi, yönetim ve de-netimi ve bunlarla ilgili kurum ve kuruluşların görev yetki ve so-rumlulukları kanunda düzenlenmiş ve bölgede faaliyet gösteren mü-kellefler ve bölgede çalışan mümü-kelleflerin yararlanabilecekleri des-tek ve muafiyetlere de Kanun’da yer verilmiştir.
Bölgelerde faaliyet gösteren mükellefler, bölgede çalışan ücretliler ve yönetici şirketlerin yararlanabilecekleri teşvikler Kanun’un 8.
maddesinde düzenlenmiş daha sonra 5035 sayılı Kanunla maddenin 3, 4 ve 5. fıkraları kaldırılmış, geçici 2. maddesi ile daha önce 5- 10 yıllık olarak belirlenen istisnaların sureleri 2013 yılı olarak değişti-rilmiş, yönetici şirketlere Kanun kapsamında elde ettiği faaliyetler nedeniyle istisna getirilmiş ve bölgede faaliyette bulunan mükellef-lere yapılan bağışlara sağlanılan kolaylıklar kaldırılmıştır.
Söz konusu düzenlemeler kapsamında, bölgelerde faaliyet gösteren mükellefler, bölgede çalışan ücretliler ve yönetici şirketlerin yarar-lanabilecekleri teşvikler aşağıda belirtilmiştir:
1- Yönetici şirketlerin Kanun’un uygulamasından elde ettikleri ka-zançlar 31.12.2013 tarihine kadar gelir ve kurumlar vergisinden is-tisnadır.
2- Yönetici şirket, bu Kanun’un uygulanması ile ilgili işlemlerde her türlü vergi, resim ve harçtan muaftır. Atık su arıtma tesisi işleten bölgelerden, belediyelerce atık su bedeli alınmaz.
Yönetici şirket Kanun’a uygun ve anonim şirket olarak kurulan, bölgenin yönetim ve işletmesinden sorumlu şirkettir.
3- Bölgede faaliyet gösteren gelir ve kurumlar vergisi mükellefleri-nin bu bölgedeki yazılım ve Ar-Ge faaliyetlerinden elde ettikleri ka-zançları 31.12.2013 tarihine kadar gelir ve kurumlar vergisinden is-tisnadır.
4- Bölgede çalışan araştırmacı, yazılımcı ve Ar-Ge personelinin bu görevleri ile ilgili ücretleri 31.12.2013 tarihine kadar her türlü ver-giden müstesnadır. Yönetici şirket, ücreti gelir vergisi istisnasından yararlanan kişilerin bölgede fiilen çalışıp çalışmadığını denetler.
Bölgede fiilen çalışmayanlara istisna uygulandığının tespit edilmesi halinde, ziyaa uğratılan vergi ve buna ilişkin cezalardan yönetici şir-ket de ayrıca sorumludur.
Bu kapsamda yönetici şirketin kuruluşunun Ticaret Sicil Gazete-si’nde ilanından sonra Maliye Bakanlığı’na başvuruda bulunması, istisnadan yararlanacak mükelleflerin de, yönetici şirketten alınan bölgede yer aldığına ve faaliyet alanlarına ilişkin gösteren belge ek yapılarak Maliye Bakanlığı’na başvurmaları ve girişimcilerin,
istih-dam ettikleri tüm araştırmacı, yazılımcı ve Ar-Ge projelerindeki gö-rev tanımlarını, nitelik ve çalışma sürelerini aylık olarak belirleyip yönetici şirkete onaylatmaları ve aylık olarak Maliye Bakanlığı’na beyanda bulunmaları gerektiği belirtilmiştir (Teknoloji Geliştirme Bölgeleri Uygulama Yönetmeliği md. 37/a-b-c).
Bölgelerin kurulması için gerekli arazi temini, alt yapı ve idare bi-nası inşası ile ilgili giderlerin yönetici şirketlerce karşılanamayan kısmı yardım amacıyla Bakanlık bütçesine konulan ödenekle sınırlı olmak üzere karşılanabilir.
TGBK ilk yayımlandığı dönemde, özellikle serbest bölgelerin sahip oldukları vergisel teşviklerden dolayı, TGB’ nin tercih edilebilir ol-ması veya etkinlik ve yaygınlık kazanabilmesi açısından ciddi rakip olabileceği değerlendirmeleri yapılmıştır. 06.02.2004 tarihli 5084 sayılı Kanunla serbest bölgelerin sahip olduğu avantajlar azaltılmış-tır.
5084 sayılı Kanun’un 8. maddesi ile gerçek ve tüzel kişilerin serbest bölgelerdeki faaliyetlerinden elde ettikleri kazanç ve iratların Türki-ye’nin diğer yerlerine getirildiğinin kambiyo mevzuatı uyarınca tev-sik edilmesi durumunda gelir ve kurumlar vergisinden muaf olaca-ğına, ayrıca bu bölgelerde vergi, resim, harç ve gümrük ve kambiyo mükellefiyetlerine dair mevzuat hükümlerinin uygulanmayacağına ilişkin 3218 sayılı Kanun’un 6. maddesi değiştirilerek, “bu bölge-lerde vergi, resim ver harç mükellefiyetlerine dair mevzuat hü-kümlerinin uygulanmayacağı” yönündeki uygulamaya son veril-miş ve yasaya eklenen geçici maddeyle halen faaliyet ruhsatı olan şirketlerin müktesep hakları korunurken kısmen de daraltılmış ya da kaldırılmıştır.
Söz konusu düzenlemelere göre; 06.02.2004 tarihinden önce fa-aliyet ruhsatı almış olan mükellefler için;
1- Bu bölgelerde gerçekleştirdikleri faaliyetleri dolayısıyla elde et-tikleri kazançları, bu maddenin yürürlüğe girdiği tarih itibarıyla fa-aliyet ruhsatlarında belirtilen süre ile sınırlı olmak üzere gelir veya kurumlar vergisinden müstesnadır. Bu istisnanın 31.12.1960 tarihli ve 193 sayılı Gelir Vergisi Kanunu’nun 94. maddesinin birinci fıkra-sının (6) numaralı bendinin (b) alt bendi kapsamında yapılacak tev-kifata etkisi yoktur.
2- Bu bölgelerde istihdam ettikleri personele ödedikleri ücretler 31.12.2008 tarihine kadar gelir vergisinden müstesnadır. Ancak, bu maddenin yürürlüğe girdiği tarih itibarıyla ruhsatlarında belirtilen süre 31.12.2008 tarihinden daha önceki bir tarihte sona eriyorsa, is-tisna uygulamasında ruhsatta yer alan sürenin bitiş tarihi dikkate alı-nır.
3- Bu bölgelerde gerçekleştirdikleri faaliyetleri ile ilgili olarak yap-tıkları işlemler 31.12.2008 tarihine kadar her türlü vergi, resim ve harçtan müstesnadır.
4- Avrupa Birliği’ne tam üyelik durumunda da yukarıdaki istisnalar sona erecektir.
06.02.2004 tarihinden sonra faaliyet ruhsatı almış olan mükel-leflerin bu bölgelerden elde ettikleri kazançlar ve bu mükelmükel-leflerin yanında çalışanların elde ettiği ücretler vergiye tabi olacaktır. Genel olarak da, mükellefler bu bölgelerdeki faaliyetleri nedeniyle yapılan işlemler ve alınan mal ve hizmetler KDV’ye tabi olmayacak, bu bölgedeki (bölge içi) işlemleri gümrük ve kambiyo mükellefiyetle-rine konu olmayacaktır.