Leptin ekzon 2 bölgesi Kpn2I (94 bç) polimorfizmi

PCR ile leptin geni ekzon 2 bölgesinin 94 bç’lik çoğaltılan gen bölgesinin Kpn2I restriksiyon enzim kesimi ile % 3’lük agaroz jelde yürütülmesi sonucu Şekil 4.1’deki gibi CC genotipli hayvanlar 75 bç ve 19 bç’nde olan 2 kesim ürününe, CT genotipliler 94 bç, 75 bç ve 19 bç’nde 3 kesim ürününe ve TT genotipliler ise hiçbir kesim ürünü olmayarak sadece 94 bç’nde bant vermiştir. Söz konusu gen bölgesi bakımından kesim noktaları temelinde populasyonun genotiplendirilmesi Şekil 4.1’deki gibi gerçekleştirilmiştir.

Şekil 4.1. Leptin ekzon 2 bölgesinin PCR ürünü (sol) ile Kpn2I kesim bölgesi (sağ) jel görüntüsü

Kpn2I enzim kesim noktası ile tespit edilen genotipik varyasyon bakımından populasyonun dengede olup olmadığının belirlenmesinde kullanılan

χ

Çizelge 4.2. Leptin ekzon 2 Kpn2I kesim bölgesine göre allel ve genotip frekansları, χ² testi ve Hb değeri Genotipler Genotip Frekansları Allel Frekansları

Leptin Ekzon 2 Kpn2I N _{CC CT TT CC CT TT C T} (χ²)1 Gözlenen ₃₀₁ 92 149 60 _{0.31 0.49 0.20 0.000003}ÖD Beklenen _{301 91.9767 149.0466 59.9767 0.31 0.49 0.20} 0.553 0.447 _Hb2 1_{χ² testi,} 2

Heterozigotluk, ÖD (Önemli değil, P > 0.05), TD1:0.05 (1 serbestlik dereceli 0.05 önem seviyesindeki tablo değeri) = 3.841

Çizelge 4.2’de görüldüğü üzere 301 baş Esmer sığırlardan 92 tanesi CC, 149 tanesi CT ve 60 tanesi de TT genotipli olarak belirlenmiştir. Populasyonda söz konusu gen bölgesi bakımından genotip frekansları CC, CT ve TT genotipleri için sırasıyla 0.31, 0.49 ve 0.20 olarak bulunmuştur. Allel frekansları bakımından ise C allelinin frekansı 0.553, T allelinin frekansı ise 0.447 olarak belirlenmiştir. Hesaplanan χ² testi sonucundan elde edilen değer (0.000003) χ² dağılım tablosundaki 1 serbestlik dereceli 0.05 önem seviyesinden (TD1:0.05= 3.841) düşük olduğundan populasyon ilgili gen bölgesi bakımından Hardy-Weinberg dengesinde olarak tespit edilmiştir. Leptin geni ekzon 3 bölgesinin Kpn2I kesim enzimi ile muamelesi sonucu populasyonda meydana gelen genotipik farklılık neticesinde hesaplanan heterozigotluk değeri (Hb) ise 0.494 olarak tespit edilmiştir.

Herhangi bir populasyonda herhangi bir gen bölgesinin ilgili varyant frekanslarının karşılaştırılması mümkünse öncelikle aynı türde, aynı tür içindeki aynı ırkta ve hatta o ırkı temsil edebilecek sayıda hayvanlarda çalışma yapan literatür ile yapılmalıdır. Ancak günümüze kadar Kpn2I polimorfizmi ile ilgili literatürde bildirilen çalışmalar dikkate alındığında, Esmer sığırlarda az sayıda çalışmanın yapıldığı (Buchanan ve ark., 2003; Nassiry ve ark., 2008; Kaygısız ve ark., 2011) ve hatta söz konusu araştırmalardaki hayvan sayılarının (sırasıyla 21, 104 ve 16) mevcut çalışmadakinden daha az olduğu görülebilir (Çizelge 2.1a,b,c,d). Dolayısıyla bulunan genotip ve allel frekanları ile heterozigotluk değerlerinin litaratürdeki diğer çalışmalar ile kıyaslanması zorunlu hale gelmektedir. Kpn2I polimorfizmi sonucu Esmer sığırlarda gözlenen allel ve genotip frekansları ile leptin geni ekzon 2 bölgesi Kpn2I polimorfizmlerine ilişkin literatür bildirişleri (Çizelge 2.1a,b,c,d) kıyaslandığında, çalışmada bulunan 0.553 ile C alleli frekansının Buchanan ve ark.’nın (2002) Angus ve Herefordlarda 0.42 ve 0.45, Buchanan ve ark.’nın (2003) Ayrshire ve Jersey sığırlarındaki 0.38 ve 0.47, Choudhary ve ark.’nın (2005) Jersey sığırlarında 0.44, Öztabak ve ark.’nın (2010) Güney Anadolu Kırmızısı ve Doğu Anadolu Kırmızısı sığırlarındaki 0.42 ve 0.49 ile Kaygısız ve ark.’nın (2011) Doğu Anadolu Kırmızısı ve Esmer sığırlarındaki 0.46 ve 0.47 olarak buldukları değerlerden yüksek, Buchanan ve ark.’nın (2002) Şarole ve Simmental sığırlarındaki 0.66 ve 0.68, Buchanan ve ark.’nın (2003) Canadienne ve Guernsey sığırlarındaki 0.89 ve 0.94, Leifers ve ark.’nın (2003b) Siyah Alacalarda 0.67, Choudhary ve ark.’nın (2005) 1/2 Siyah Alaca x 1/2 Hariana ve Siyah Alaca sığırlarındaki 0.82 ve 0.60, Nassiry ve ark.’nın (2007) Golpayani sığırlarındaki 0.71, Komisarek ve Antkowiak’ın (2007) Jerseylerde 0.80, Nassiry ve

ark.’nın (2008) Sarabi, Sistani ve Golpayegani sığırlarındaki 0.68, 0.69 ve 0.71, Brickell ve ark.’nın (2010) Siyah Alacalarda 0.59, Giblin ve ark.’nın (2010) Siyah Alaca boğalarında 0.63 ile Kulig ve ark.’nın (2010) Jerseylerde 0.732 olarak buldukları değerlerden düşük bulunmuştur. Ancak Buchanan ve ark.’nın (2002) Angus, Şarole, Hereford ve Simmental sığırlarının genelinde buldukları 0.54, Buchanan ve ark.’nın (2003) Siyah Alaca ve İsviçre Esmerlerindeki 0.54 ve 0.55, Madeja ve ark. (2004) ile Komisarek ve Dorynek’in (2005) Polonya Siyah Alaca boğalarındaki 0.54, Kong ve ark.’nın (2006) Hanwoo sığırlarında 0.50, Nassiry ve ark.’nın (2007) Taleshi sığırlarında 0.55, Chebel ve ark.’nın (2008) Siyah Alacalarda 0.587, Sadeghi ve ark.’nın (2008) Siyah Alaca boğalarında 0.575, Nassiry ve ark.’nın (2008) Talashi, Siyah Alaca ve Esmer sığırlarındaki 0.55, 0.57 ve 0.55, Öztabak ve ark.’nın (2010) Boz ırk sığırlarda 0.55 ile Kaygısız ve ark.’nın (2011) Yerli Kara sığırlarda 0.52 olarak buldukları değerlere benzer bir sonuç olduğu görülebilir. Söz konusu C allel frekansını Choudhary ve ark.’ları (2005) saf olarak yetiştirilen Hariana, Sahiwal, Gir ve Nimari sığırlarında (Bos indicus) kesim bölgesi olmadığı için 0.00 olarak belirlemişlerdir.

Mevcut çalışmada bulunan genotip frekansları ile litaratürdeki genotip frekansları (Çizelge 2.1a,b,c,d) arasında bir değerlendirme yapılacak olursa, TT genotip frekansının CT genotip frekanslarından daha düşük değerlerde bulundukları, özellikle CT genotip frekansının Leifers ve ark.’nın (2003b) Siyah Alacalarda, Choudhary ve ark.’nın (2005) 1/2 Siyah Alaca x 1/2 Hariana melezleri ile Kulig ve ark.’nın (2010) Jersey sığırlarında yaptıkları çalışmalar hariç diğerlerinde en yüksek frekans değerlerinde bulundukları görülebilir. Bununla birlikte literatürdeki Choudhary ve ark.’nın (2005) Jersey sığırlarında, Öztabak ve ark.’nın (2010) Güney Anadolu Kırmızısı ile Doğu Anadolu Kırmızısı sığırlarda, Kaygısız ve ark.’nın (2011) Doğu Anadolu Kırmızısı ile Esmer sığırlarda yaptıkları çalışmalarının dışında kalan çalışmaların genelinde TT genotip frekansının yine CC genotip frekansından daha düşük bulunduğu görülmektedir. Mevcut çalışmadaki CC (0.31), CT (0.49) ve TT (0.20) allel frekanslarının literatür (Çizelge 2.1a,b,c,d) ile oldukça uyum içerisinde oldukları görülebilir. Ayrıca Esmer sığırlarda yapılan genotiplendirme çalışmaları dikkate alındığında, Buchanan ve ark. (2003) ile Nassiry ve ark.’nın (2008) buldukları C/T allel frekans değerleri (0.55/0.45) ile aynı olduğu, Kaygısız ve ark.’nın (2011) buldukları (0.47/0.53) değerler ile ters bir durumda olduğu görülmektedir.

Esmer sığır populasyonunda Kpn2I (94 bç) polimorfizmi sonucu hesaplanan 0.494 heterozigotluk değeri dikkate alındığında, literatürdeki Canadienne ile Guernsey

sığırlarındaki 0.113 ve 0.196 (Buchanan ve ark., 2003), 1/2 Siyah Alaca x 1/2 Hariana sığırlarındaki 0.295 (Choudhary ve ark., 2005), Golpayani sığırlarında 0.41 (Nassiry ve ark., 2007), Jersey sığırlarındaki 0.320 (Komisarek ve Antkowiak, 2007), Sistani ve Golpayegani sığırlarındaki 0.429 ve 0.414 (Nassiry ve ark., 2008) ile Jersey sığırlarında hesaplanan 0.392 (Kulig ve ark., 2010) değerlerinden yüksek olduğu, Çizelge 2.1a,b,c,d’deki diğer çalışmalarda hesaplanan heterozigotluk değerleri bakımından ise benzer bir sonuç belirlenmiştir.