1. BÖLÜM
3.2. Moleküler (ISSR) Verileri
3.2.1. ISSR primerlerinin Değerlendirilmesi
Bu çalışma kapsamında UBC (University of British Colombia)’in geliştirdiği 54 ISSR primeri (Tablo 2.4.) ısmarlanıp, 23 Kastamonu genotipleri ile 9 tescilli çeşitler arasından seçilen 8 farklı buğday genotipinde DNA’lar PZR tekniği kullanarak test edilmiştir.
54 primerin 8 tanesinde amplifikasyon gösterdiği halde polimorfizm vermemiş ve 1 primerde hem amplifikasyon hemde polimorfizm görülmemiş olup 45 tanesinde hem amplifikasyon hemde polimorfizm görülmüştür. Test edilen 54 primer içinden 14 primerin polimorfik olduğu ve diğerlerine göre iyi amplifikasyon oluşturduğu tespit edilmiştir.
Popülasyon ve çeşitlerin tanımlanması için seçilen bu 14 primer ile 32 genotip DNA’sı çoğaltılmış ve bu primerlerin karakterizasyon değerleri üretilmiştir (Tablo 3.5.). 14 ISSR primeri kendi içerisinde değerlendirildiğinde primer başına toplam bant sayısı en fazla UBC–843, UBC–815, UBC–852, UBC-840, UBC–823, UBC–851, UBC–826, UBC–818, UBC–822 primerleri olup bu primerlerin polimorfizm oranı % 100 dür. Ortalama polimorfik bant sayısı 10.21 olup en düşük polimorfizme UBC–824 ISSR primeridir ve ortalama polimorfizm oranı % 95.42 dir. Çalışmada kullanılan primerden elde edilen bant büyüklükleri 980–180 bç arasında değişmiştir. En büyük ve en düşük bant uzunluğunu veren 980 ve 180 bç ile UBC–845 primeri olup bunlar Tablo 3.5’de ayrıntılı gösterilmiştir.
Tablo 3.5. 32 Popülasyon İçin ISSR Primerleri Kullanılarak Elde Edilen Bant Profilleri
Numara Primer Adı
Polimorfik Allel Sayısı (adet) Allel Büyüklükleri (bç) Polimorfizm Oranı (%) 1 UBC–843 11 810–380 100 2 UBC–853 15 950–280 93,7 3 UBC–846 11 950–300 91,6 4 UBC–824 3 920–700 75 5 UBC–815 12 920–180 100 6 UBC–852 18 880–200 100 7 UBC–813 5 900–450 83,3 8 UBC–845 12 980–180 92,3 9 UBC-840 12 920–220 100 10 UBC–823 10 920–490 100 11 UBC–851 8 740–250 100 12 UBC–826 12 850–350 100 13 UBC–818 8 880–230 100 14 UBC–822 6 920–310 100 Toplam 143 Ortalama 10,21 95,42
En fazla amplifikasyon ve polimorfizm veren 14 ISSR primerlerin de Tablo 3.5. de görüldüğü gibi polimorfik allel sayısı, allel büyüklükleri ve polimorfizm oranları hesaplanmıştır.
3.2.2. Kastamonu Köy Çeşitleri İle Tescilli Çeşit Buğdayların Tanımlanması
14 adet ISSR primer (Tablo 3.5.) kullanılarak 9 tescilli çeşit ve 23 Kastamonu köy popülasyonu tanımlanmıştır. PZR tekniği kullanılarak ISSR primerleri ile DNA’lar çoğaltılmış, bantlar % 2’lik agaroz jelde görüntülenmiştir. Polimorfik bantlar skorlanarak excel tablosu oluşturulmuştur. 1 (var), 0 (yok) olarak oluşturulan değerler NTSYS programında analiz edilmiştir. NTSYS programında ISSR DNA işaretli verileri kullanılarak 32 popülasyonun genotipleri arasında Dice [69] yöntemine göre hesaplanan Dice benzerlik katsayı oluşturulmuş ve değerleri Tablo3.6’da verilmiştir.
Ortalama Dice benzerlik katsayısı 0,553 olarak bulunmuştur. Dice benzerlik katsayısına göre genotipler karşılaştırıldığında, genetik bazda 0.981 benzerlik katsayısı ile KST18- KST10-KST7 birbirlerine en yakın benzerlik katsayısına sahip iken, 0.112 benzerlik katsayısı ile KST6-KST13 birbirine en uzak olanlardır. Ayrıca 0,9541 ile KST6-KST10 ve 0,9009 benzerlik katsayısı ile KST6-KST16’nın birbirine yakın benzerlik katsayısına sahip oldukları saptanmıştır. Dice benzerlik katsayıları yorumlandığında oluşturulan dendrogram ile örtüştüğü görülmektedir.
Tablo 3.6. ISSR Verilerine Göre 23 Popülasyon ve 9 Çeşitte DICE Benzerlik Katsayı Değerleri KST10 KST18 KST17 KST9 KST7 KST1 KST19 KST10 ---- KST18 0.9818 ---- KST17 0.1513 0.1818 ---- KST9 0.1260 0.1550 0.8116 ---- KST7 0.9815 0.9818 0.1667 0.1563 ---- KST1 0.8889 0.8909 0.2017 0.1575 0.8909 ---- KST19 0.1951 0.2240 0.8722 0.8085 0.2258 0.1935 ---- KST3 0.7742 0.7778 0.2239 0.2394 0.7742 0.8226 0.2878 KST6 0.9541 0.9550 0.1818 0.1550 0.9550 0.8829 0.2240 KST16 0.8909 0.8929 0.2479 0.1860 0.8727 0.8364 0.2560 KST23 0.1452 0.1746 0.7463 0.8169 0.1760 0.1600 0.7770 KST12 0.8333 0.8364 0.1864 0.1864 0.8148 0.8704 0.1951 KST13 0.1148 0.1290 0.7970 0.8794 0.1301 0.1475 0.8235 KST8 0.1587 0.1875 0.8029 0.8552 0.1890 0.1905 0.8143 KST22 0.2290 0.2556 0.8028 0.7467 0.2576 0.2748 0.8690 KST14 0.8000 0.8036 0.2000 0.1406 0.7818 0.8545 0.1920 KST4 0.8182 0.8036 0.2314 0.1860 0.8000 0.8257 0.2742 KST20 0.1626 0.1920 0.6917 0.7518 0.1935 0.1774 0.7391 KST11 0.7810 0.8037 0.2586 0.2419 0.7810 0.7429 0.2667 KST5 0.1563 0.1846 0.7626 0.8299 0.1860 0.2031 0.8028 KST15 0.1667 0.1967 0.6870 0.7914 0.1983 0.2000 0.7164 KST2 0.1311 0.1613 0.7218 0.7660 0.1626 0.1803 0.7647 KST21 0.1587 0.1875 0.7737 0.8414 0.1890 0.1905 0.7857 MPPLSY 0.7500 0.7368 0.2951 0.3077 0.7321 0.7500 0.3465 C1252 0.7500 0.7719 0.2787 0.2769 0.7500 0.8036 0.2992 DOGNKNT 0.7664 0.7523 0.1880 0.2080 0.7477 0.7290 0.2623 SARICNK 0.7500 0.7368 0.2131 0.2154 0.7500 0.7500 0.2835 KIRAÇ 0.7339 0.7207 0.2500 0.2188 0.7156 0.7156 0.3226 IKIZCE 0.7521 0.7731 0.2969 0.2647 0.7521 0.7521 0.3788 BAYRKTR 0.7544 0.7759 0.2880 0.2556 0.7544 0.7544 0.3721 BEZOSTJ 0.7568 0.7788 0.2459 0.2308 0.7568 0.7387 0.3492 KIZILTAN 91 0.7387 0.7611 0.2810 0.2946 0.7568 0.7928 0.3333
Tablo 3.6’nın Devamı KST3 KST6 KST16 KST23 KST12 KST13 KST8 KST3 ---- KST6 0.7840 ---- KST16 0.7143 0.9009 ---- KST23 0.2429 0.1746 0.1429 ---- KST12 0.8065 0.8257 0.8545 0.0645 ---- KST13 0.2044 0.1129 0.1935 0.8467 0.1157 ---- KST8 0.2270 0.1563 0.2188 0.8227 0.1760 0.9143 ---- KST22 0.3425 0.2707 0.2857 0.8082 0.2308 0.7724 0.8054 KST14 0.8571 0.7928 0.7857 0.1270 0.8909 0.1138 0.1732 KST4 0.8160 0.8108 0.8036 0.1440 0.8440 0.1935 0.1875 KST20 0.2590 0.1600 0.1760 0.8058 0.1138 0.8235 0.8429 KST11 0.7107 0.7736 0.8224 0.1653 0.7619 0.1681 0.1951 KST5 0.2517 0.1846 0.2462 0.8252 0.1732 0.8732 0.8767 KST15 0.2519 0.1803 0.1967 0.7556 0.1681 0.8060 0.8261 KST2 0.2336 0.1452 0.2097 0.7883 0.1653 0.8382 0.8286 KST21 0.2411 0.1719 0.2031 0.8085 0.1600 0.8429 0.8750 MPPLSY 0.7344 0.7434 0.7193 0.2656 0.7143 0.2720 0.2481 C1252 0.7500 0.7434 0.7193 0.2344 0.7679 0.2400 0.2481 DOGNKNT 0.7317 0.7407 0.7156 0.2114 0.6916 0.1833 0.1935 SARICNK 0.7500 0.7434 0.6667 0.2344 0.7500 0.1920 0.2171 KIRAÇ 0.6880 0.7091 0.6667 0.2240 0.6972 0.2114 0.2677 IKIZCE 0.7218 0.7458 0.7059 0.2857 0.7350 0.2595 0.3259 BAYRKTR 0.7077 0.7478 0.7069 0.2615 0.7193 0.2500 0.3030 BEZOSTJ 0.7244 0.7500 0.7257 0.2520 0.7207 0.2400 0.2791 KIZILTAN 91 0.7402 0.7321 0.6726 0.2835 0.7207 0.2742 0.2656
Tablo 3.6’nın Devamı KST22 KST14 KST4 KST20 KST11 KST5 KST15 KST22 --- KST14 0.2727 --- KST4 0.2857 0.8288 --- KST20 0.7448 0.1280 0.1452 --- KST11 0.2656 0.7290 0.7664 0.1667 --- KST5 0.7682 0.1705 0.2154 0.8310 0.1920 --- KST15 0.7133 0.1818 0.2131 0.7612 0.7612 0.8429 --- KST2 0.7586 0.1463 0.1935 0.7647 0.1849 0.8451 0.7761 KST21 0.7651 0.1575 0.1875 0.8429 0.1951 0.9041 0.8116 MPPLSY 0.3582 0.7018 0.7434 0.2362 0.7156 0.2901 0.2439 C1252 0.3134 0.7368 0.7257 0.2205 0.7339 0.2443 0.2602 DOGNKNT 0.2481 0.6972 0.7037 0.2131 0.7115 0.2063 0.1695 SARICNK 0.3284 0.7368 0.7257 0.2205 0.6606 0.1832 0.1789 KIRAÇ 0.3333 0.7027 0.7027 0.2581 0.6604 0.2326 0.2149 IKIZCE 0.4143 0.7395 0.7227 0.2879 0.7018 0.2920 0.2946 BAYRKTR 0.3942 0.7241 0.7414 0.2946 0.7027 0.2836 0.2857 BEZOSTJ 0.3731 0.7257 0.7080 0.2698 0.7037 0.2595 0.2602 KIZILTAN 91 0.3609 0.7080 0.7321 0.2698 0.7222 0.2615 0.2623 Tablo 3.6’nın Devamı
KST2 KST21 MPPLSY C1252 DOGNKNT SARICNK KIRAÇ
KST2 --- KST21 0.8143 --- MPPLSY 0.2560 0.2791 --- C1252 0.1920 0.2016 0.7931 --- DGNKNT 0.1667 0.1935 0.7748 0.7387 --- SARICNK 0.1600 0.1860 0.7586 0.8448 0.7387 --- KIRAÇ 0.2276 0.2362 0.7257 0.6903 0.8333 0.7788 --- IKIZCE 0.2748 0.2815 0.7438 0.7603 0.7759 0.7934 0.8814 BYRKTR 0.2813 0.2727 0.7627 0.7458 0.7458 0.7797 0.9043 BEZOSTJ 0.2560 0.2481 0.7304 0.7478 0.8182 0.7478 0.8750 KIZILTAN 91 0.2419 0.2656 0.8348 0.8696 0.7091 0.8348 0.7321 Tablo 3.6’nın Devamı
IKIZCE BAYRKTR BEZOSTJ KIZILTAN 91
IKIZCE ---
BAYRKTR 0.9593 ---
BEZOSTJ 0.9000 0.8889 ---
Şekil 3.4. ISSR UBC–813 Primeri Jel Görüntüsü
Şekil 3.6. ISSR UBC–818 Primeri Jel Görüntüsü
Şekil 3.8. ISSR UBC–823 Primeri Jel Görüntüsü
Şekil 3.10. ISSR UBC–826 Primeri Jel Görüntüsü
Şekil 3.11. ISSR UBC–843 Primeri Jel Görüntüsü .
Şekil 3.12. ISSR UBC–845 Primeri Jel Görüntüsü
Şekil 3.14. ISSR UBC–851 Primeri Jel Görüntüleri
Şekil 3.16. ISSR UBC–853 Primeri Jel Görüntüleri
3.2.3. ISSR Verileri İle Elde Edilen UPGMA Dendogramının Değerlendirilmesi 32 kavuzlu buğday genotipi DICE benzerlik indeksinden yararlanarak UPGMA metodu ile kümeleme analizi yapılmıştır ve bunların dendrogramı (Şekil 3.18.) elde edilmiştir. Kümeleme sonucu elde edilen dendrogramdan ultrametrik benzerlik matriksi oluşturulmuş ve bu matriks DICE benzerlik matriksi ile Mantel testine tabii tutulmuştur. Yapılan çalışmada bu katsayı0.99olarak tespit edilmiştir [70]. Benzerlik indeksleri ile dendrogram arasındaki kofenetik korelasyon katsayısının 0.9’a eşit veya büyük olmasının dendrogram ile benzerlik indeksleri arasında çok yüksek bir korelasyonun olduğunu ve dendrogramın benzerlik indeksini çok iyi temsil ettiği bilinmektedir [71].
Dendrogramda görüldüğü gibi benzerlik düzeyleri 0.22-0.98 arasında değiştiği ve iki ana gruba (A ve B) ayrıldığı görülmüştür. Birinci ana grubun ayrılma derecesinin 0.73 olduğu ve ikinci ana grubun ise ayrılma derecesinin 0.77 olduğu gözlemlenmektedir. Bu sonuçlardan yola çıkarak her iki grubun ayrılma derecesinin birbirine yakın olduğu görülmektedir. Daha sonra bu iki ana dallar kendi aralarında da iki alt ana dallara ayrılmış ve bu dallarda kendi aralarında çeşitli yeni küme oluşumu görülmektedir. Kastamonu popülasyonları kendi aralarında A ve B dallarına dağılmış ve çeşitlerin de A dalında yer aldıkları gözlemlenmiştir. Dendogram incelendiğinde birbirine en uzak bireylerin KST15 ile KST10, KST18, KST7 arasında olduğu, en yakın bireylerinde KST10 ve KST18 olduğu belirlenmiştir. Bunlara haricen de diğerlerine oranla birbirine yakın benzerlik gösteren bireyler A kümesinde İKİZCE-BAYRAKTAR, C1252- KIZILTAN, KST12-KST14; B kümesinde ise KST13-KST18, KST5-KST21, KST17- KST19 bulunmaktadır.
A
A1 A2 B1 B2B
Şekil 3.18.Farklı32 Buğday Genotipinde DİCE Benzerlik İndeksinden Yararlanılarak Oluşturulan UPGMA Dendogramı
T. dicoccum’lar dan KST1, KST3, KST4, KST6, KST7, KST10, KST14 ve KST16 isimli genotipler A1 kümesinde; KST17 isimli genotip B1 kümesinde yer aldığı görülmüştür.
T. monococcum’lar dan KST2, KST5, KST8, KST9, KST13, KST15, KST20, KST21 ve KST23 isimli genotipler B2 kümesinde; KST11, KST12 ve KST18 isimli genotipler A1 kümesinde; KST19 ve KST22 isimli genotipler B1 kümesi içerisinde yer almıştır.
3.2.4. Moleküler Verilere Dayalı Temel Bileşenler Analizinin Değerlendirilmesi Genotipleri arasındaki genetik farklılığı ortaya çıkarmak için temel bileşen analizi (PCA) yapılmıştır. PCA analizini yaparken kümeleme analizlerinde kullanılan benzerlik matriksinden yararlanılmıştır. İki boyutlu ve üç boyutlu grafik NTSYS programında oluşturulmuştur (Şekil 3.19 ve 3.20).
Genotipler arasında genetik farklılık bakımından 2 ayrı küme(A ve B) tespit edilmiştir. Bu kümeler de kendi aralarında farklı iki kümelere ayrılmıştır (A1, A2) ve (B1, B2). Oluşan ana kümedeki (A ve B) örnekler incelendiğinde bu sonuçların NTSYS programı ile oluşturulan UPGMA dendrogramını destekler nitelikte olduğu gözlenmektedir.
Genotiplerin aynı grup ya da yakın yerlerde olmaları her tür için incelenen popülasyon sayısının az olmasından dolayı aralarındaki genetik benzerliğin fazlalığından kaynaklanabilir. Nitekim temel bileşen analizi sonucu genotiplerin coğrafi orjinlerinin gruplama için herhangi bir etkisinin olmadığını ve çalışmada yer alan genotiplerin dağılımında türlerin etkili olduğunu ortaya koymaktadır.
Şekil 3.19. Farklı 32 Buğday Genotipinde ISSR Verileriyle Yapılan Temel Bileşenler Analizi Sonucu Elde Edilen İki Boyutlu Grafik
Şekil 3.20. Farklı 32 Buğday Genotipinde ISSR Verileriyle Yapılan Temel Bileşenler Analizi Sonucu Elde Edilen Üç Boyutlu Grafik
Temel bileşenler analizinde iki ve üç boyutlu grafikler için kümülatif olarak ilk üç anabileşenin eigen değerleri toplamı, toplam varyasyonun % 83.3’ünü açıklamaktadır.
Tablo 3.7. İlk Üç Anabileşenin Eigen Değerleri
Anabileşenler Eigen Değeri Yüzdeleri Eklemeli Toplamları
1. 17.29 54.05 54.05
2. 8.32 26.02 80.07
4. BÖLÜM
TARTIŞMA, SONUÇ ve ÖNERİLER
4.1. Tartışma, Sonuç ve Öneriler
Bu araştırmada; Kastamonu’dan toplanan 23 adet tetraploid (T. dicoccum) ve diploid (T. monococcum) kavuzlu buğday köy çeşitleri ile 4 makarnalık ve 5 ekmeklik buğday çeşitleri olmak üzere toplam 32 adet buğday genotipinin bazı morfolojik ve tarımsal özellikler bakımından tanımlanmış ve kullanılan bu materyallerin genetik benzerlikleri DNA seviyesinde PZR esaslı ISSR DNA işaretleyicileri yardımıyla belirlenmiştir.
Araştırmadan elde edilen sonuçlar maddeler halinde aşağıda özetlenmiştir:
1. Kastamonu’dan gelen materyallerin tarla gözlemi sonucu 9’unun tetraploid (T. dicoccum), 14’ünün diploid (T. monococcum) olduğu ve bu genotiplerin morfolojik varyasyon gösterdiği ve bu özellikler bakımından Kastamonu popülasyonundan seçilecek genotiplerin buğday ıslahında amaca yönelik kullanılabileceği belirlenmiştir.
2. Kastamonu’dan getirilen 9 tetraploid (T. dicoccum) ve 14 diploid (T. monococcum) popülasyonların ve 9 çeşitin morfolojik varyasyon gösterdiği fakat materyallerin 2012 yılında yazlık olarak yetiştirildiği ve bu yıl çok kurak geçmesinden dolayı ortaya çıkan varyasyonun direk olarak amaca yönelik kullanılamayacağı, fakat seçilen popülasyon veya genotiplerde bu çalışmaların devam etmesinin yararlı olacağı sonucuna varılmıştır.
3. 9 tetraploid (T. dicoccum) ve 14 diploid (T. monococcum) popülasyonların ve 9 çeşitin ISSR DNA işaretleme tekniği kullanılarak moleküler tanımlama yapılmıştır. İlk önce toplam 54 ISSR primeri, rast gele seçilmiş 8 genotip de ön tarama amaçlı kullanılmış ve en polimorfik ve agaroz jelde skorlaması rahat olan 14 ISSR primeri seçilmiş ve yukarı da ifade edilen popülasyonların ve çeşitlerin moleküler karakterizasyonu yapılmıştır. Özellikle kullanılan her ISSR primerlerinin Kastamonu popülasyonların da ve ekmeklik ve makarnalık çeşitlerde rahatlıkla bir DNA bölgesini çoğalttığı belirlenmiştir. Nitekim Pujar ve ark (2002); El Maati ve ark. (2004); Carvalho ve ark. (2005); Motawei ve ark. (2007); ISSR primerlerini kullanarak ekmeklik ve makarnalık buğday çeşitlerinde de başarıyla genotipik tanımlama yapmışlardır [41, 45, 51, 59].
4. 14 ISSR primeri kullanılarak 9 tetraploid (T. dicoccum) ve 14 diploid (T. monococcum) popülasyonların ve 9 çeşitin genotiplerinde yapılan DNA analizi sonuçları kullanılarak hesaplanan DICE benzerlik katsayısı değerleri ortalama 0,553 olarak bulunmuştur. Dice benzerlik katsayısına göre genotipler karşılaştırıldığında, genetik bazda 0.981 benzerlik katsayısı ile KST18-KST10-KST7 birbirlerine en yakın benzerlik katsayısına sahip iken, 0.112 benzerlik katsayısı ile KST6-KST13 birbirine en uzak olanlardır. Ayrıca 0,9541 ile KST6-KST10 ve 0,9009 benzerlik katsayısı ile KST6-KST16’nın birbirine yakın benzerlik katsayısına sahip oldukları saptanmıştır.
5. 14 ISSR primeri ile tarama sonucuna göre polimorfik allel sayısı 3 (4. popülasyon) ile 18 arasında (6.popülasyon) değişirken polimorfizm oranı % 75 ve % 100 arasında bir değişim göstermiştir. Kullanılan 23 popülasyonda toplam polimorfik allel sayısı 143 iken ortalama polimorfik allel sayısı 10.21 ve ortalama polimorfizm oranıda % 95.42 olarak bulunmuştur. Bu polimorfizm sonuçları Gülbitti ark. (2007)‘nın T. monococcum ssp. boeoticum, T. urartu ve T. dicoccoides’te polimorfizm oranlarını sırasıyla; % 42.63, % 32.34 ve % 27.71 olarak belirlediği oranlardan oldukça yüksektir. Kullanılan genetik materyalin yakınlığı göz önüne alındığında; bu farklılıkların büyük olasılıkla ISSR işaretleyici sisteminin kendisinden ileri gelmektedir. Nitekim Motawei ve ark. (2007) ISSR primerlerini kullanarak ekmeklik buğday çeşitlerinde polimorfizm oranını da % 67 oranında belirlemişlerdir [59].
6. Genotipik veriler esas alınarak yapılan kümeleme analizi sonuçlarına göre iki ana küme oluştuğu (A ve B); bir popülasyon dışında tetraploid kavuzlu buğdayların diploidlerden tamamen ayrı bir alt grup oluşturmuştur (A1). Denemede kullanılan çeşitler de A kümesinin altında ikinci bir alt küme (A2) oluşturmuş ve tetraploid grup makarnalık çeşitler A1 alt grubuna daha yakın iken hekzaploidlerle ise daha uzak olarak bulunmuştur. B grubu ise ağırlıklı olarak diploid gruptan oluşmuştur. Bu sonuçlara bakarak, ISSR’ların farklı ploidi düzeyindeki genetik materyali ayırmada etkili olduğu bununla birlikte bazı sapmaların gerçekliğinin ise sitolojik çalışmalarla doğrulanması gerekmektedir. Buna benzer bir sonuç Motawei ve ark. (2007) tarafından ISSR ve RAPD primerlerinin ekmeklik buğday çeşitlerini pedigri bilgilerine göre ayrı ayrı alt kümelere ayrıldığı şeklinde ifade edilmektedir [59]. Yine Carvalho ve ark. (2005) ISSR’ları farklı türlerle yapılan melezlemeden elde eden melezleri ayırmada etkili bir araç olduğunu bildirmektedir [51].
Sonuç olarak kavuzlu buğday türlerinden siyez ve gerniğin kurak koşullar altında tescilli çeşitlerden daha yüksek bitki boyuna, bin dane ağırlığına ve protein seviyesine ulaşabilmesi bu genotiplerin kültür çeşitlerini kurağa dayanımı ve kalitesinin yükseltilmesinde genitör olarak kullanılabileceği; ISSR işaretleyicilerinin kavuzlu buğdaylarda genotipik tanımlamada ve popülasyonlar arası genetik yakınlık ve uzaklığın belirlenmesinde etkili bir moleküler yöntem olduğu; hatta ploidi düzeyinde türleri ayırmada ki etkinliğinin de daha sonraki sitolojik çalışmalarla doğrulanması gerekmektedir.
KAYNAKLAR
1. Feldman, M and A. Horowıtz, and Anıkster, Y., 1988. Utilization of biodiversity from insitu reserves, with special reference to wild wheat and barley. Biodiversity and Wheat Improvement, 21: 311–323.
2. Atlı, A., 1999. Kışlık Tahıl Üretim Bölgelerimizde Yetiştirilen Bazı Ekmeklik ve Makarnalık Buğday Çeşitlerinin Kaliteleri ve Kalitelerinin Stabilitesi Üzerine Araştırmalar. 443-454s. Türkiye Tahıl Simpozyumu 6–9 Ekim 1999, Bursa. 3. Heun, M., Klanan, D., Accerbi, M., and Salamini., 1997. Site of Eirkorn Wheat
Domestication Identified by DNA Fingerpriting. Science 278, 1312–1314. 4. Vallage, V., and Hari, S.,1979. Domestication of plants in the old World –The
origin and spread of cultivated plants in West Asia, Europe, and the Nile Valley. Genetic Resources and Crop Evolution, 123 (2): 256–275.
5. Vallage, V., D’egidio, M.G., Nardi, S., 1991. Grain, flour, and dough characteristics of selected strains of diploid wheat, Triticum monococcum L. Cereal Chemistry, 70: 298–303.
6. Waines, J. G., and Barnhart, D., 1983. Isolation and Characterization of Five Novel High Molecular Weight Subunit of Glutenin Genes From Triticum timopheevi and Aegilops cylindrica. Botanical Journal of the Linnean Society 153 (1), 67–72.
7. Vallage, V., and Antoni, K., 1978. A new interspecific hybrid: Triticum aestivum ssp. vulgare x Aegilops ventricosa. Wheat Info. Serv. 35: 22–24.
8. Powell, W., Morgante, M., Andre, C., Hanafey, M., Vogel, Tingey,S., and Rafalskı, A., 1996. The comparison of RFLP,RAPD AFLP and SSR markers for germplazm analysis. Molekular Breeding, 2: 225–238.
9. Russell, J.D. Fuller, M., and Macaulay, B.G., 1997. Efficiency of different marker systems for genotype fingerprinting and for genetic diversity studies in barley (Hordeum vulgare L.). South African Journal of Botany, 73: 143-48.
10. Pigic, E., Taramino, G., and Motto, M., 1998. Comperative Analysis of Genetic Similarity Among Maize Inbred Lines Derected by RFLPs, RAPDs, AFLPs. Theoretical Appl. Genet. 97: 1248–1255.
11.Zietkiewicz, ZE., Antoni, R., and Labuda, D., 1994. Genome Fingerpriting by Simple Sequence Repeat (SSR) Anchored Polymerase Chain Reaction Amplification. Genome Vol:20, Issue 2,176–183.
12. Nagaoka, T., Ogihara, Y., and Pagnotta, V., 1997. Applicability of inter-simple sequence repeat polymorphisms in wheat for use as DNA markers in comparison to RFLP and RAPD markers. Genomics, 20 (3): 126–133.
13. Sanchez De La Hoz, M.P., Davila, J.A., and Loarce, Y., 1996. Simple Sequence repeat Primers Used in Polymerase Chain Reaction Amplifications to Study Genetic Diversty. Genome 39: 112–117.
14. Fernandez, M.E., Figueiras, A.M., and Benito, A.M., 2002. The Use of ISSR and RAPD Markers for Detecting DNA Polymorphism, Genotype Identification and Genetic Diversity among Barley Cultivars with Known Origin. Theoretical and Applied Genetics, 104: 845–851.
15. Kuian, V., Lafiandra, D., and Ciaffi, M., 2001. Cloning and characterization of the coding sequences of the 1Ay high-molecular-weight glutenin-subunit genes from Triticum urartu. Acta Botanica Sinica 46: 463–471.
16. Kantety, R., Ishikawa, G, and Saio, M., 1995. PCR-based landmark unique gene (PLUG) markers effectively assign homoeologous wheat genes to A, B and D genomes. Euphytica, 135 (2/3): 43–48.
17. Liu, B., and Wendel J.F., 2001. Inter Simple Sequence Repeat (ISSR) Polymorphism as a Genetic Marker System in Cotton. Molecular Ecology Note, 1 (3): 205–208.
18. Wilkinson, M., and Prevost, A.J., 1999. Identification of inter simple sequence repeat (ISSR) markers associated with seed size in wheat. Genome, 102 (5): 726–732.
19. Heun, M., Huerta, A,J., Barnhart, D., and Waines, J,G., 1997. Genetic variation in wild diploid wheats Triticum monococcum var. boeoticum and T. Urartu (Poaceae). Theoretical and Applied Genetics 78: 260–264.
20. Ozkan, H., Brandolini, A., Schafer-Pregl, R., and Salamini, F., 2002. AFLP Analysis of a Collection of Tetraploid Wheats Indicates the Origin of Emmer and Hard Wheat Domestication in Southeast Turkey. Mol Biol Evol, 24: 1224– 1233.
21. Nesbitt, M., and Samuel, D., 1996. From staple crop to extinction? The archaeology and history of the hulled wheats.pp.41–100 In: Padulosi, S., Hammer, Kand Heller, J Eds. Hulled wheats. Proceedings of the 1st International Workshop on Hulled Wheats. Castelvecchio Pascoli, Italy.
22. Nesbit, M. and Samuel, L. 1998. Wheat Domestication, Archeobotanical Evidence. Science, 279: 1433.
23. Heun, M., R. Schafer-Pregl, D. Klawan, R. Castagna, M. Accerbi, B. Borghi and F. Salamini. 1997. Site of Einkorn Wheat Domestication Identified by DNA Fingerprinting. Science, 278: 1321–1314.
24. Diamond, J. 1997. Location, Location, Location: The First Farmers. Science, 278: 1243–1244.
25. Van Slageren, M.W. (1994). Wild Wheats: A Monograph of Aegilops L. and Amblyopyrum (Jaub and Spach) Eig (Poaceae). Agricultural University, Wageningen/ICARDA, Aleppo.
25. Lev-Yadun, A., A. Gopher and S. Abbo. 2000. The Cradle of Agriculture. Science. 288; 1602–1603.
26. Jürgen Seeher, "Hattuşa Kazı Sonuçları" T.C. Kültür Bakanlığı, Anıtlar ve Müzeler Genel Müdürlüğü 22. Kazı Sonuçları Toplantısı (22–26 Mayıs 2000, İzmir) Bildirileri Ankara, 2001. s. 303–314.
27. K. Balkan,"Patnos’ta Keşfedilen Urartu Tapınağı ve Urartu Sarayı", Türk Tarih Kurumu Yıllık Konferansları I, Türk Tarih Kurumu Yayınları XVII Seri No I, Ankara 1964, sayfa 235–243.
28. Ağaoğlu, Y.S., Söylemezoğlu, G., Çalışkan, M., Ergül, A., 1999. Türkiye’de Yetiştirilen Razakı Üzüm Çeşidi Ekotiplerinin Elektroforetik Tanımlamaları Üzerinde Araştırmalar, 389-394. Türkiye III. Ulusal Bahçe Bitk. Kong., Ankara.
29. Gülşen, O., Mutlu, N., 2005. Bitki biliminde kullanılan genetik markırlar ve kullanım alanları. Alatarım, 4: 27–37.
30. Empilli, S., Rossetti, L., and Castagna, R., 1995. Evaluation of the Genetic Variability Present in a Germplasm Collection of Diploid Wheats by Means of Morphological and Physiological Markers. Sementi Ellet, 41 (5): 21–25.
31. Bernard, R.B., Nevo, E., Douglas, A.J., and Beiles, A., 1997. Genetic Diversity in Wild Barley(Hordeum spontaneum C. Koch) in the Near East: a Molecular Analysis Using Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Markers. Genetic Resources and Crop Evolution, 44: 147–157.
32. Cao, W., Hucl, P., Scoles, G., and Chibbar, R.N., 1998. Genetic Diversity within T. spelta and T. macha Based on RAPD Analysis. Euphytica, 104 (3): 181–189. 33. Chabane, K., Barker, J.H.A., Karp, A., and Valkoun, J., 1999. Evaluation of Genetic
Diversity in Diploid Wheat: Triticum urartu using AFLP Markers. Al Awamia, 100: 9–18.
34. Cao, W., Scoles, G., Hucl, P., and Chibbar, R.N., 1999. The Use of RAPD Analysis to Classify Triticum Accessions. Theoretical and Applied Genetics, 98: 602–7. 35. Doğrar, N., Akın-Yalın, A., and Akkaya, M.S., 2000. Discriminating Durum Wheat
Cultivars Using Highly Polymorphic Simple Sequence Repeat DNA markers. Plant Breeding, 119: 360–362.
36. Büyükünal, E.B., 2001. Arpa Mikrosatellitlerinin Ekmeklik Buğdaydaki Genetik Çalışmalar İçin Kullanım Olanaklarının Araştırılması. KSÜ, Fen ve Mühendislik Dergisi, 6 (2): 34–40.
37. Liu, B., and Wendel J.F., 2001. Inter Simple Sequence Repeat (ISSR) Polymorphism as a Genetic Marker System in Cotton. Molecular Ecology Note, 1 (3): 205–208.
38. İncirli, A., and Akkaya, S.M., 2001. Assessment of Genetic Relationship in Durum Wheat Cultivars Using AFLP Markers. Genetic Resources and Crop Evolution, 48: 233–238.
39. Stojalowski, S., and Goral, H., 2002. The Use of RAPD and ISSR Markers for Differentiation of CMS-lines of Winter Triticale with T. timopheevii Cytoplasm. Folia Universitat Agriculturae Stetinensisi, Agricultura, 91: 161–166.
40. Fernandez, M.E., Figueiras, A.M., and Benito, A.M., 2002. The Use of ISSR and RAPD Markers for Detecting DNA Polymorphism, Genotype Identification and Genetic Diversity among Barley Cultivars with Known Origin. Theoretical and Applied Genetics, 104: 845–851.
41. Pujar Setal. (2002) Diversity analysis of Indian tetraploid wheat using intersimple sequence repeat markers reveals their superiority over random amplified polymorphic DNA markers Biochemical Genetics 40: 63–69.
42. Akar, T., 2002. Türkiye’de Yetiştirilen Yerel Makarnalık Buğday Çeşitlerinde Genetik Farklılığın Polimorfik DNA Analizi ile Belirlenmesi. Ankara Üniv. Fen Bilimleri Enstitüsü Tarla Bitkileri Anabilim Dalı. Yayınlanmamış Doktora Tezi. 43. Galvan, M.Z., Bornet, B., Balattı, P.A, and Branchard, M., 2003. Inter Simple
Sequence Repeat (ISSR) Markers as a Tool for the Assessment of both Genetic Diversity and Gene Pool Origin in Common Bean(Phaseolus vulgaris L.). Euphytica, 132 (3): 287-301.
44. Tanyolaç, B., 2003. Inter Simple Sequence Repeat (ISSR) and RAPD Variation among Wild Barley(Hordeum vulgare subsp spontaneum) Populations from West Turkey. Genetic Resources and Crop Evolution, 50: 611–614.
45. El-Maati, F.B., Jlibene, M., and Moummi, M., 2004. Study of the Polymorphism of Common Wheat Using ISSR Markers. Journal of Food, Agriculture & Environment, 2 (3/4): 121–125.
46. Rodriguez-Quijano, M., Vazquez, J.F., and Carrillo, M.J., 2004. Waxy Proteins and Amylose Content in Diploid Triticeae Species with Genomes A, S and D. Plant Breeding, 123 (3): 294-296.
47. Budak, H., Shearman, R.C., Gulsen, O., and I. Dweikat., 2004. Understanding Ploidy Complex and Geographic Origin of Buchloe dactyloides Genome Using Cytoplasmic and Nuclear Marker Systems. Theoretical and Applied Genetics: 111: 1545–1552.
48. Maric, S., Bolaric, S., Martincic, J., Pejic, I., and Kozumplik, V., 2004. Genetic Diversity of Hexaploid Wheat Cultivars Estimated by RAPD Markers,
Morphological Traits and Coeffients of Parentage. Plant Breeding, 123: 366– 369.
49. Roy, J.K., Lakshmikumaran, M.S., Balyan, H.S., and Gupta, P.K., 2004. AFLP- based Genetic Diversity and Its Comparison with Diversity Based on SSR, SAMPL and Phenotypic Traits in Bread Wheat. Biochemical Genetics, 42 (1/2): 194–200.
50. Hang, A., Charlotte S. B., and Bockelman, H., 2005. Characterization of Wild Wheat(Aegilops L.) and Wild Barley(Hordeum L.) Germplasm Using Intersimple Sequence Repeat (ISSR) and General DNA Primers. Plant Genetic Resources Newsletter, 147: 25–28.
51. Carvalho, A., Matos, M., Lima-Brito, J., Guedes-Pinto, H., and Benito, C., 2005. DNA Fingerprint of F1 Interspecific Hybrids from the Triticea Tribe Using ISSRs. Euphytica, 143 (1/2): 93–99.
52. Salimi, A., and Ebrahimzadeh, H., 2005. Description of Iranian Diploid Wheat Resources. Genetic Resources and Crop Evolution, 52 (4): 351–361.
53. Sica, M., Gamba, G., Montieri, S., Gaudio, L., and Aceto, S., 2005. ISSR Markers