4. ARAġTIRMA BULGULARI VE TARTIġMA
4.1. Moleküler genetik çalıĢmaları
4.1.1. Genomik DNA örneklerinin spektrofotometre sonuçları
303 baĢ keçiden alınan kan örneklerinin hazır kitler QuickGene DNA (DB-S) ve klasik
ekstraksiyon (tuzla çöktürme/fenol kloroform) DNA izolasyon metodu ile izole edilen genomik DNA örnekleri ikiĢer kez NanoDrop Spektrofotometre (ND 1000)’de okunmuĢ, genomik DNA’nın miktar ve saflık kontrolleri belirlenmiĢtir. Çizelge 4.1’de kan örneklerinden izole edilen genomik DNA’nın miktar ve saflık değerleri verilmiĢtir.
Çizelge 4.1. Kan örneklerinden izole edilen genomik DNA’nın miktar ve saflık değerleri
S
Değerler N Irk 65.79 ± 43.41 ng/μl 52 Kıl A260 A280 297.6 ± 575.1 816 ± 1040 1.6080 ± 0.3293 260/280 1.1188 ± 0.4770 260/230 30.72 ± 3.47 ng/μl 51Ankara Keçisi A260 A280 257.0 ± 65.6 113.0 ± 34.4 1.6283 ± 0.0618 260/280 0.6125 ± 0.0384 260/230 41.55 ± 6.25 ng/μl 50
Honamlı A260 A280 206.4 ± 73.2 438 ± 123 1.5208 ± 0.0300 260/280 0.8495 ± 0.0395 260/230 32.53 ± 29.92 ng/μl 50 Halep A260 433.4± 679.5 72.7 ± 288.2 A280 1.3189 ± 0.5781 260/280 1.0234 ± 0.5533 260/230 46.94 ± 5.05 ng/μl 50
Saanen A260 A280 256.6 ± 61.4 614 ± 113 1.979 ± 0.374 260/280 1.0454 ±0.0458 260/230 42.70 ± 4.88 ng/μl 50 Kilis A260 534 ± 102 265.0 ± 65.4 A280 1.5240 ± 0.0745 260/280 0.9657 ± 0.0809 260/230 43.48 ± 1.93 ng/μl 303 Toplam 516.5 ± 40.4 A260 202.2 ± 22.8 A280 1.5967 ± 0.0651 260/280 0.9360 ± 0.0226 260/230
ÇalıĢmada 303 baĢ keçiden izole edilen genomik DNA miktarları 30.72 ng/μl ile 65.79 ng/μl değerleri arasında olmak üzere ortalama 43.48±1.93 ng/ul olarak belirlenmiĢtir. Dalga boylarındaki absorbans değerleri bakımından 260 nm’de nükleik asit ve 280 nm’de protein miktarları sırasıyla 516.5±40.4 ve 202.2±22.8 olarak tespit edilmiĢlerdir. Nükleik asitlerin saflığının ölçütleri olan OD260/OD280 ve OD260/OD230 oranları ise sırasıyla 1.5967±0.0651 ve 0.9360±0.0226 olarak elde edilmiĢlerdir. OD260/OD230 oranı istenilen değerin altında tespit edilmesine rağmen 6 ırk keçiden alınan kan örneklerinden izole edilen genomik DNA’nın miktar ve saflık değerleri dikkate alındığında PCR çalıĢmaları için arzu edilen bir DNA izolasyonu olarak bulunmuĢtur. Ankara Keçisi, Kıl, Kilis, Honamlı, Halep ve Sannen keçilerinde toplam 303 baĢ hayvanda Pit-1, IGF-1 ve GH-1 genleri PCR-RFLP yöntemi ile polimorfizmler incelenmiĢ ve elde edilen veriler aĢağıda baĢlıklar halinde sunulmuĢtur.
4.1.2. Pit-1, IGF-1 ve GH-1 genlerindeki restriksiyon enzimlerinin kesim bölgelerine göre allel ve genotip frekansları ile χ² testi sonuçları
4.1.2.1. Pit-1 ekzon 6 bölgesi PstI (450 bç) polimorfizm sonuçları
PCR ile Pit-1 geninin ekzon 6 bölgesinin 450 bç’lik çoğaltılan gen bölgesinin PstI restriksiyon enzim kesimi ile % 2.5’lik agaroz jelde yürütülmesi sonucu, TT genotipli hayvanlar 450 bç’nde olan 1 kesim ürününe, TC genotipliler 450 bç ve 370 bç’nde 2 kesim ürününe bant verirken ve CC genotipliler ise hiçbir bant vermemiĢtir. Gen bölgesi bakımından kesim noktaları temelinde populasyonun genotiplendirilmesi ġekil 4.1’de verilmiĢtir.
ġekil 4.1. Pit-1 ekzon 6 bölgesinin PCR ürünü (sol) ile PstI kesim bölgesi (sağ) jel görüntüsü Homozigot TT genotip (450 bç), ve heterozigot TC geneotip (450-370 bç), M: 100 bç DNA Ladder.
Altı farklı keçi ırkından Pit-1 ekzon 6 PstI kesim enzimi ile tespit edilen genotipik varyasyon bakımından populasyonun dengede olup olmadığının belirlenmesi için χ² testi kullanılmıĢ ve heterozigotluk değeri (Hb) belirlenmiĢtir
Kıl keçi ırkında Pit-1 ekzon 6 PstI kesim bölgesine göre allel ve genotip frekansları, χ² test ve Hb değeri Çizelge 4.2'de verilmiĢtir. Elli iki baĢ Kıl keçiden 42 tanesi TT, 10 tanesi TC ve 00 tanesi de CC genotipli olarak belirlenmiĢtir. T ve C allelinin frekansları sırasıyla 0.9038 ve 0.0962 olarak tespit edilmiĢtir. TT, TC ve CC genotipleri için frekanslar sırası ile 0.808, 0.192 ve 0.000 olarak bulunmuĢtur. Hesaplanan χ² testi sonucundan elde edilen değer (0.589) χ² dağılım tablosundaki 1 serbestlik dereceli 0.05 önem seviyesinden (TD1:0.05=3.841) düĢük olduğundan populasyonun ilgili gen bölgesi bakımından Hardy-Weinberg dengesinde olduğu bulunmuĢtur (P>0.05). Pit-1 geni ekzon 6 bölgesinin PstI kesim enzimi ile muamelesi sonucu populasyonda meydana gelen genotipik farklılık neticesinde hesaplanan heterozigotluk değeri (Hb) ise 0.174 olarak tespit edilmiĢtir.
Çizelge 4.2. Kıl keçisinde Pit-1 ekzon 6 PstI kesim bölgesine göre allel ve genotip frekansları, χ² testi ve Hb değeri Irk Pit-1 ekzon 6 PstI N
Genotipler Genotip Frekansları Allel Frekansları
(χ²)1 TT TC CC TT TC CC T C Kıl Gözlenen 52 42 10 0 0.808 0.192 0.000 0.9038 0.0962 0.589ÖD Beklenen 52 42.481 9.038 0.481 0.82 0.17 0.01 Hb2
1 testi, 2Heterozigotluk, ÖD (Önemli değil, P>0.05),
TD1:0.05 (1 serbestlik dereceli 0.05 önem seviyesindeki tablo değeri)=3.84 0.174
Ankara keçi ırkında Pit-1 ekzon 6 PstI kesim bölgesine göre allel ve genotip frekanslar χ² teste ve Hb değeri Çizelge 4.3'de verilmiĢtir. Elli bir baĢ Ankara keçisinden 41 tanesi TT, 10 tanesi TC ve 0 tanesi de CC genotipli olarak belirlenmiĢtir. T ve C allelinin frekansı sırasıyla 0.902 ve 0.098 olarak tespit edilmiĢtir. TT, TC ve CC genotipleri için frekansları sırası ile 0.804, 0.196 ve 0.000 olarak bulunmuĢtur. χ² testi sonucundan elde edilen değer (0.603) χ² dağılım tablosundaki 1 serbestlik dereceli 0.05 önem seviyesinden (TD1:0.05=3.841) düĢük bulunduğundan söz konusu populasyonunun ilgili gen bölgesi bakımından Hardy-Weinberg dengesinde olduğu sonucuna varıllmıĢtır (P>0.05). Pit-1 ekzon 6 bölgesinin PstI kesim enzimi ile muamelesi sonucu populasyonda meydana gelen genotipik farklılık neticesinde hesaplanan heterozigotluk değeri (Hb) ise 0.177 olarak tespit edilmiĢtir.
Çizelge 4.3. Ankara keçisinde Pit-1 ekzon 6 PstI kesim bölgesine göre allel ve genotip frekansları, χ² testi ve Hb değeri
Irk
Pit-1 ekzon 6
PstI
N
Genotipler Genotip Frekansları Allel Frekansları
( )1 TT TC CC TT TC CC T C Ankara keçisi Gözlenen 51 41 10 0 0.804 0.196 0.000 0.9020 0.0980 0.603ÖD Beklenen 51 41.490 9.020 0.490 0.81 0.18 0.01 Hb2
1 testi, 2Heterozigotluk, ÖD (Önemli değil, P>0.05),
TD1:0.05 (1 serbestlik dereceli 0.05 önem seviyesindeki tablo değeri)=3.84 0.177
Honamlı keçilerden (50 baĢ), 39 tanesi TT, 11 tanesi TC ve 0 tanesi de CC genotipli olarak belirlenmiĢtir (Çizelge 4.4). T ve C allelinin frekansı sırasıyla 0.8900 ve 0.1100 olarak tespit edilmiĢtir. TT, TC ve CC genotipleri için frekansları sırası ile 0.780, 0.220 ve 0.000 olarak bulunmuĢtur. χ² testi sonucundan elde edilen değer (0.764) χ² dağılım tablosundaki 1 serbestlik dereceli 0.05 önem seviyesinden (TD1:0.05=3.841) düĢük olduğundan populasyonun ilgili gen bölgesi bakımından Hardy-Weinberg dengesinde olduğu sonucuna varılmıĢtır (P>0.05). Pit-1 ekzon 6 bölgesinin PstI kesim kesim enzimi ile muamelesi sonucu populasyonda meydana gelen genotipik farklılık neticesinde hesaplanan heterozigotluk değeri (Hb) ise 0.196 olarak tespit edilmiĢtir.
Çizelge 4.4. Honamlı keçisinde Pit-1 ekzon 6 PstI kesim bölgesine göre allel ve genotip frekansları, χ² testi ve Hb değeri
Irk
Pit-1 ekzon 6
PstI
N Genotipler Genotip Frekansları Allel Frekansları
(χ²)1 TT TC CC TT TC CC T C Honamlı Gözlenen 50 39 11 0 0.780 0.220 0.000 0.8900 0.1100 0.764ÖD Beklenen 50 39.605 9.790 0.605 0.79 0.20 0.01 Hb2
1 testi, 2Heterozigotluk, ÖD (Önemli değil, P>0.05),
TD1:0.05 (1 serbestlik dereceli 0.05 önem seviyesindeki tablo değeri)=3.84 0.196
Halep keçiden, 43 tanesi TT, 7 tanesi TC ve 0 tanesi de CC genotipli olarak belirlenmiĢtir (Çizelge 4.5). T ve C allelinin frekansı sırasıyla 0.9300 ve 0.0700 olarak tespit edilmiĢtir. TT, TC ve CC genotipleri için frekansları sırası ile 0.860, 0.140 ve 0.000 olarak bulunmuĢtur. Hesaplanan χ² testi sonucundan elde edilen değer (0.283) χ² dağılım tablosundaki 1 serbestlik dereceli 0.05 önem seviyesinden (TD1:0.05=3.841) düĢük olduğu için Halep keçisi populasyonun ilgili gen bölgesi bakımından Hardy-Weinberg dengesinde olduğu bulunmuĢtur (P>0.05). Pit-1 ekzon 6 bölgesinin PstI kesim kesim enzimi ile muamelesi sonucu populasyonda meydana gelen genotipik farklılık neticesinde hesaplanan heterozigotluk değeri (Hb) ise 0.130 olarak tespit edilmiĢtir.
Çizelge 4.5. Halep keçisinde Pit-1 ekzon 6 PstI kesim bölgesine göre allel ve genotip frekansları, χ² testi ve Hb değeri
Irk
Pit-1 ekzon 6
PstI
N Genotipler Genotip Frekansları Allel Frekansları
(χ²)1 TT TC CC TT TC CC T C Halep Gözlenen 50 43 7 0 0.860 0.140 0.000 0.9300 0.0700 0.283ÖD Beklenen 50 43.245 6.510 0.245 0.86 0.13 0.00 Hb2 1
testi, 2Heterozigotluk, ÖD (Önemli değil, P>0.05),
TD1:0.05 (1 serbestlik dereceli 0.05 önem seviyesindeki tablo değeri)=3.84 0.130
Elli baĢ Saanen keçisinden 33 tanesi TT, 17 tanesi TC ve 0 tanesi de CC genotipli olarak belirlenmiĢtir (Çizelge 4.6). T ve C allelinin frekansı sırasıyla 0.8300 ve 0.1700 olarak tespit edilmiĢtir. TT, TC ve CC genotipleri için frekansları sırası ile 0.660, 0.340 ve 0.000 olarak bulunmuĢtur. Hesaplanan χ² testi sonucundan elde edilen değer (2.098) χ² dağılım tablosundaki 1 serbestlik dereceli 0.05 önem seviyesinden (TD1:0.05=3.841) düĢük olduğundan populasyonun ilgili gen bölgesi bakımından Hardy-Weinberg dengesinde olduğu bulunmuĢtur (P>0.05). Pit-1 ekzon 6 bölgesinin PstI kesim kesim enzimi ile muamelesi sonucu populasyonda meydana gelen genotipik farklılık neticesinde hesaplanan heterozigotluk değeri (Hb) ise 0.282 olarak tespit edilmiĢtir.
Çizelge 4.6. Saanen keçisinde Pit-1 ekzon 6 PstI kesim bölgesine göre allel ve genotip frekansları, χ² testi ve Hb değeri
Irk
Pit-1 ekzon 6
PstI
N Genotipler Genotip Frekansları Allel
Frekansları (χ²)1 TT TC CC TT TC CC T C Saanen Gözlenen 50 33 17 0 0.660 0.340 0.000 0.8300 0.1700 2.098ÖD Beklenen 50 34.445 14.110 1.445 0.69 0.28 0.03 Hb2
1 testi, 2Heterozigotluk, ÖD (Önemli değil, P>0.05),
TD1:0.05 (1 serbestlik dereceli 0.05 önem seviyesindeki tablo değeri)=3.841 0.282
Kilis keçilerinden, 41 tanesi TT, 9 tanesi TC ve 0 tanesi de CC genotipli olarak belirlenmiĢtir (Çizelge 4.7). A ve B allelinin frekansı sırasıyla 0.9100 ve 0.0900 olarak tespit edilmiĢtir. TT, TC ve CC genotipleri için frekansları sırası ile 0.820, 0.180 ve 0.000 olarak bulunmuĢtur. Hesaplanan χ² testi sonucundan elde edilen değer (0.489) χ² dağılım tablosundaki 1 serbestlik dereceli 0.05 önem seviyesinden (TD1:0.05=3.841) düĢük olduğundan populasyonun ilgili gen bölgesi bakımından Hardy-Weinberg dengesinde olduğu bulunmuĢtur (P>0.05). Pit-1 ekzon 6 bölgesinin PstI kesim kesim enzimi ile muamelesi sonucu populasyonda meydana gelen genotipik farklılık neticesinde hesaplanan heterozigotluk değeri (Hb) ise 0.164 olarak tespit edilmiĢtir.
Çizelge 4.7. Kilis keçisinde Pit-1 ekzon 6 PstI kesim bölgesine göre allel ve genotip frekansları, χ² testi ve Hb değeri
Irk
Pit-1 ekzon 6
PstI
N Genotipler Genotip Frekansları Allel Frekansları (χ²)1
TT TC CC TT TC CC T C Kilis Gözlenen 50 41 9 0 0.820 0.180 0.000 0.9100 0.0900 0.489ÖD Beklenen 50 41.405 8.190 0.405 0.83 0.16 0.01 Hb 2 1 testi, 2Heterozigotluk, ÖD (Önemli değil, P>0.05),
TD1:0.05 (1 serbestlik dereceli 0.05 önem seviyesindeki tablo değeri)=3.84 0.164
Bu çalıĢmada Türkiye’de yetiĢtirilen 6 farklı keçi ırkında Pit-1/PstI polimorfizmi bakımından T ve C allel frekansları dikkate alınmıĢ, genel olarak T alleli 0.8944 aralıklarında, C alleli ise 0.1056 aralıklarında tespit edilmiĢ: T allel frekansının yüksek olduğu bulunmuĢtur. Genotip frekansları bakımından ise aynı eğilimin TT genotipleri lehinde olduğu Çizelge 4.8’den de görülmektedir. Bununla birlikte 6 keçi ırkında da CC genotipi hiç tespit edilmemiĢtir. Genel olarak 303 baĢ keçi değerlendirildiğinde Pit-1/PstI polimorfizmi bakımından T ve C allel frekansları sırasıyla 0.8944 ve 0.1056 olarak, TT, TC ve CC genotip frekansları ise sırasıyla 0.789, 0.211 ve 0.000 olarak bulunmuĢtur. Hesaplanan χ² testi sonucundan elde edilen değer (4.225) χ² dağılım tablosundaki 1 serbestlik dereceli 0.05 önem seviyesinden (TD1:0.05=3.841) yüksek olduğundan populasyonun ilgili gen bölgesi bakımından Hardy-Weinberg dengesinde olmadığı sonucuna varılmıĢtır (P<0.05). Pit-1 ekzon 6 bölgesinin PstI kesim enzimi ile muamelesi sonucu populasyonda meydana gelen genotipik farklılık neticesinde hesaplanan heterozigotluk değeri (Hb) ise 0.189 olarak tespit edilmiĢtir.
Çizelge 4.8. Ġncelenen altı keçi ırkında Pit-1 ekzon 6 PstI kesim bölgesine göre allel ve genotip frekansları, χ² testi ve Hb değeri
Irk
Pit-1 ekzon 6
PstI
N Genotipler Genotip Frekansları Allel
Frekansları (χ²)1 TT TC CC TT TC CC T C Genel Gözlenen 303 239 64 0 0.789 0.211 0.000 0.8944 0.1056 4.225 Beklenen 303 242.380 57.241 3.380 0.80 0.19 0.01 Hb2 1 testi, 2Heterozigotluk, *P<0.05,
TD1:0.05 (1 serbestlik dereceli 0.05 önem seviyesindeki tablo değeri)=3.84 0.189
Pit-1/PstI polimorfizmi bakımından keçilerde yapılan çalıĢmalar literatürde oldukça sınırlı olup, Lan ve ark. (2009)'nın Moğolistan'da 847 baĢ Beyaz KeĢmir keçilerinde yaptıkları çalıĢmada, T ve C allel frekanslarını sırası ile 0.959 ve 0.041 olarak bulmuĢlar ve populasyonu Hardy-Weinberg dengesinde olduğunu bildirmiĢlerdir (P<0.05). Ayrıca araĢtırıcılar, Pit-1/PstI polimorfizmi ile keĢmir verimleri arasındaki iliĢkilerin önemli olduğunu bildirmiĢlerdir. Alakilli ve ark. (2012)’nın Mısır ve Suudi Arabistan’da yetiĢtirilen Barki, Zaribi, Ardi ve Masri ırklarında PstI polimorfizmi belirlemek amacıyla yaptıkları
çalıĢmalarında T allel frekanslarının 0.250 ile 0.840 ve C allel frekanslarının ise 0.160 ile 0.650 arasında değiĢtiğini bildirmiĢlerdir. Dagong ve ark. (2016), 72 baĢ Marica, Kacang ve Peranakan Ettawa ırkı keçilerde PCR-RFLP yöntemi ile Pit-1/PstI gen polimorfizmi çalıĢmıĢlardır. ÇalıĢmada T ve C allel frekanslarını sırası ile 0.76 ve 0.24 olarak bildirmiĢlerdir. Sharma ve ark. (2013) 50 baĢ Barbari ırk keçide PCR-RFLP yöntemi ile Pit- 1/PstI gen polimorfizmi çalıĢmalarında TT genotiplerinin frekanslarını 1.0, TC ve CC genotiplerinin frekanslarını 0 bulmuĢlardır. T ve C allel frekanslarını sırası ile 1.0 ve 0 olarak bildirmiĢlerdir. Sonuç olarak, Barbari keçi ırkı numunesini doğada monomorfik olarak ifade etmiĢlerdir. Dagong ve ark. (2016)'nın Marica, Kacang ve Peranakan Ettawa ırkı keçilerde PstI polimorfizmi belirlemek amacıyla yaptıkları çalıĢmalarında T ve C allel frekanslarını sırası ile 0.76 ve 0.24 olarak bildirmiĢlerdir. AraĢtırıcılar, Endonezya yerli keçilerinde Pit-1 polimorfizmlerinin doğal büyüme ve karkas kalitesine olan iliĢkisini bulmak için gelecekteki araĢtırmalarda kullanılabileceğini ifade etmiĢlerdir.
Sonuç olarak bu çalıĢmada Türkiye’de yetiĢtirilen keçi ırklarında Pit-1/PstI polimorfizmi bakımından iki genotipe (TT ve TC) sahip olduğu gözlenmiĢtir. Bu genotiplerin frekansları sırasıyla Kıl keçilerinde 0.808 ve 0.192 (P>0.05); Ankara keçilerinde 0.804 ve 0.196 (P>0.05); Honamlı keçilerinde 0.780 ve 0.220 (P>0.05); Halep keçilerinde 0.860 ve 0.140 (P>0.05); Saanen keçilerinde 0.660 ve 0.340 (P>0.05) ve Kilis keçilerinde 0.820 ve 0.180 (P>0.05) olarak bulunmuĢtur. Genel olarak tüm ırklar dikkate alındığında T ve C allel frekansları 0.8944 ve 0.1056, TT, TC ve CC genotip frekansları ise 0.789, 0.211 ve 0.000 olarak tespit edilmiĢtir (P<0.05). χ² testi keçi ırklarının Pit-1/PstI ekzon 6 için dolaylı olarak seçildiğini gösteren Hardy-Weinberg dengesinde olmadığını ortaya koymuĢtur (P<0.05).
4.1.2.2. IGF-1 ekzon 4 ve intron 4 bölgesi HaeIII (363 bç) polimorfizm sonuçları
PCR ile Ġnsülin Benzeri Büyüme Faktörleri (IGF-1) geninin ekzon 4 bölgesinin 363 bç’lik çoğaltılan gen bölgesinin HaeIII restriksiyon enzim kesimi ile %2’lik agaroz jelde yürütülmesi sonucu, AA genotipli hayvanlar 363 bç’nde olan 1 kesim ürününe, AB genotipliler 363 bç, 264 bç ve 99 bç’nde 3 kesim ürününe ve BB genotipliler ise 264 bç ve 99 bç bant vermiĢtir. Gen bölgesi bakımından kesim noktaları temelinde populasyonun genotiplendirilmesi ġekil 4.2’deki gibi belirlenmiĢtir.
ġekil 4.2. IGF-1 ekzon 4 ve intron 4 bölgesinin PCR ürünü (sol) ile HaeIII kesim bölgesi (sağ) jel görüntüsü. Homozigot AA genotip (363 bç), homozigot BB genotip (264- 99 bç) ve heterozigot AB genotip (363-264-99 bç), M: 100 bç DNA Ladder.
Altı farklı keçi ırkından IGF-1 ekzon 4 ve intron 4, HaeIII enzim kesim noktası ile tespit edilen genotipik varyasyon bakımından populasyonun dengede olup olmadığının belirlenmesi χ² testi ile heterozigotluk değeri belirlenerek sontanmıĢtır.
Kıl keçilerden 13 tanesi AA, 11 tanesi AB ve 28 tanesi de BB genotipli olarak belirlenmiĢtir (Çizelge 4.9). A ve B allelinin frekansı sırasıyla 0.3558 ve 0.6442 olarak tespit edilmiĢtir. AA, AB ve BB genotipleri için frekansları sırası ile 0.250, 0.212 ve 0.538 olarak bulunmuĢtur. Kıl keçi populasyonunun ilgili gen bölgesi bakımından Hardy-Weinberg dengesinde olmadığı bulunmuĢtur (P<0.01). IGF-1 geni ekzon 4 ve Ġntron 4 bölgesinin HaeIII kesim enzimi ile muamelesi sonucu populasyonda meydana gelen genotipik farklılık neticesinde hesaplanan heterozigotluk değeri (Hb) ise 0.458 olarak tespit edilmiĢtir.
Çizelge 4.9. Kıl keçisinde IGF-1 ekzon 4 ve intron 4 HaeIII kesim bölgesine göre allel ve genotip frekansları, χ² testi ve Hb değeri
Irk IGF-1 ekzon 4 ve Ġntron 4 HaeIII N
Genotipler Genotip Frekansları Allel Frekansları
(χ²)1 AA AB BB AA AB BB A B Kıl Gözlenen 52 13 11 28 0.250 0.212 0.538 0.3558 0.6442 15.080** Beklenen 52 6.582 23.837 21.582 0.13 0.46 0.42 Hb2 1 testi, 2Heterozigotluk, **P<0.01,
TD1:0.01 (1 serbestlik dereceli 0.01 önem seviyesindeki tablo değeri)= 6.64 0.458
Ankara keçilerden 23 tanesi AA, 13 tanesi AB ve 15 tanesi de BB genotipli olarak belirlenmiĢtir (Çizelge 4.10). A ve B allelinin frekansı sırasıyla 0.5784 ve 0.4216 olarak tespit edilmiĢtir. AA, AB ve BB genotipleri için frekansları sırası ile 0.451, 0.255 ve 0.294 olarak bulunmuĢtur. Ankara keçisi populasyonu ilgili gen bölgesi bakımından genetik dengede
değildir (P<0.05). IGF-1 geni ekzon 4 ve intron 4 bölgesinin HaeIII kesim enzimi ile muamelesi sonucu populasyonda meydana gelen genotipik farklılık neticesinde hesaplanan heterozigotluk değeri (Hb) ise 0.488 olarak tespit edilmiĢtir.
Çizelge 4.10. Ankara keçisinde IGF-1 ekzon 4 ve intron 4 HaeIII kesim bölgesine göre allel ve genotip frekansları, χ² testi ve Hb değeri
Irk IGF-1 ekzon 4 ve Ġntron 4 HaeIII N
Genotipler Genotip Frekansları Allel Frekansları
(χ²)1 AA AB BB AA AB BB A B Ankara keçisi Gözlenen 51 23 13 15 0.451 0.255 0.294 0.5784 0.4216 11.620** Beklenen 51 17.064 24.873 9.064 0.33 0.49 0.18 Hb2 1 testi, 2Heterozigotluk, **P<0.01,
TD1:0.01 (1 serbestlik dereceli 0.01 önem seviyesindeki tablo değeri)= 6.64 0.488
Honamlı keçilerden, 3 tanesi AA, 15 tanesi AB ve 32 tanesi de BB genotipli olarak belirlenmiĢtir (Çizelge 4.11). A ve B allelinin frekansı sırasıyla 0.2100 ve 0.7900 olarak tespit edilmiĢtir. AA, AB ve BB genotipleri için frekansları sırası ile 0.060, 0.300 ve 0.640 olarak bulunmuĢtur. Honamlı populasyonunun ilgili gen bölgesi bakımından dengede olduğu görülmüĢtür (P>0.05). IGF-1 geni ekzon 4 ve intron 4 bölgesinin HaeIII kesim enzimi ile muamelesi sonucu populasyonda meydana gelen genotipik farklılık neticesinde hesaplanan heterozigotluk değeri (Hb) ise 0.332 olarak tespit edilmiĢtir.
Çizelge 4.11. Honamlı keçisinde IGF-1 ekzon 4 ve intron 4 HaeIII kesim bölgesine göre allel ve genotip frekansları, χ² testi ve Hb değeri
Irk
IGF-1 ekzon 4 ve Ġntron
4 HaeIII
N Genotipler Genotip Frekansları Allel Frekansları
(χ²)1 AA AB BB AA AB BB A B Honamlı Gözlenen 50 3 15 32 0.060 0.300 0.640 0.2100 0.7900 0.459ÖD Beklenen 50 2.205 16.590 31.205 0.04 0.33 0.62 Hb2
1 testi, 2Heterozigotluk, ÖD (Önemli değil, P>0.05),
TD1:0.05 (1 serbestlik dereceli 0.05 önem seviyesindeki tablo değeri)=3.84 0.332
Halep keçilerinden, 30 tanesi AA, 13 tanesi AB ve 7 tanesi de BB genotipli olarak belirlenmiĢtir (Çizelge 4.12). A ve B allelinin frekansı sırasıyla 0.7300 ve 0.2700 olarak tespit edilmiĢtir. AA, AB ve BB genotipleri için frekansları sırası ile 0.600, 0.260 ve 0.140 olarak bulunmuĢtur. Halep keçisi populasyonunun ilgili gen bölgesi bakımından dengede olmadığı sonucuna varılmıĢtır (P<0.05). IGF-1 geni ekzon 4 ve intron 4 bölgesinin HaeIII kesim enzimi ile muamelesi sonucu populasyonda meydana gelen genotipik farklılık neticesinde hesaplanan heterozigotluk değeri (Hb) ise 0.394 olarak tespit edilmiĢtir.
Çizelge 4.12. Halep keçisinde IGF-1 ekzon 4 ve intron 4 HaeIII kesim bölgesine göre allel ve genotip frekansları, χ² testi ve Hb değeri
Irk
IGF-1 ekzon 4 ve Ġntron 4 HaeIII
N Genotipler Genotip Frekansları Allel Frekansları
(χ²)1 AA AB BB AA BB AB A B Halep Gözlenen 50 30 13 7 0.600 0.260 0.140 0.7300 0.2700 5.795 Beklenen 50 26.645 19.710 3.645 0.53 0.39 0.07 Hb2 1 testi, 2Heterozigotluk, *P<0.05,
TD1:0.05 (1 serbestlik dereceli 0.05 önem seviyesindeki tablo değeri)=3.84 0.394
Elli baĢ Saanen keçiden 35 tanesi AA, 8 tanesi AB ve 7 tanesi de BB genotipli olarak belirlenmiĢtir (Çizelge 4.13). A ve B allelinin frekansı sırasıyla 0.7800 ve 0.2200 olarak tespit edilmiĢtir. AA, AB ve BB genotipleri için frekansları sırası ile 0.700, 0.160 ve 0.140 olarak bulmuĢtur. Sannen populasyonunun ilgili gen bölgesi bakımından genetik dengede olmadığı görülmüĢtür (P<0.01). IGF-1 geni ekzon 4 ve intron 4 bölgesinin HaeIII kesim enzimi ile muamelesi sonucu populasyonda meydana gelen genotipik farklılık neticesinde hesaplanan heterozigotluk değeri (Hb) ise 0.343 olarak tespit edilmiĢtir.
Çizelge 4.13. Saanen keçisinde IGF-1 ekzon 4 ve intron 4 HaeIII kesim bölgesine göre allel ve genotip frekansları, χ² testi ve Hb değeri
Irk
IGF-1 ekzon 4 ve
Ġntron 4
HaeIII
N Genotipler Genotip Frekansları Allel Frekansları
(χ²)1 AA AB BB AA AB BB A B Saanen Gözlenen 50 35 8 7 0.700 0.160 0.140 0.7800 0.2200 14.247** Beklenen 50 30.420 17.160 2.420 0.61 0.34 0.05 Hb2 1 testi, 2Heterozigotluk, **P<0.01,
TD1:0.01 (1 serbestlik dereceli 0.01 önem seviyesindeki tablo değeri)= 6.64 0.343
Kilis keçilerden, 10 tanesi AA, 9 tanesi AB ve 31 tanesi de BB genotipli olarak belirlenmiĢtir (Çizelge 4.14). A ve B allelinin frekansı sırasıyla 0.2900 ve 0.7100 olarak tespit edilmiĢtir. AA, AB ve BB genotipleri için frekansları sırası ile 0.200, 0.180 ve 0.620 olarak bulmuĢtur. χ² testi sonucundan elde edilen değer (15.843) χ² dağılım tablosundaki 1 serbestlik dereceli 0.05 önem seviyesinden (TD1:0.05=3.841) yüksek bulunmuĢ, bu da söz konusu gen bakımından genetik dengenin populasyonda mevcut olmadığını göstermiĢtir (P<0.01). IGF-1 geni ekzon 4 ve intron 4 bölgesinin HaeIII kesim enzimi ile muamelesi sonucu populasyonda meydana gelen genotipik farklılık neticesinde hesaplanan heterozigotluk değeri (Hb) ise 0.412 olarak tespit edilmiĢtir.
Çizelge 4.14. Kilis keçisinde IGF-1 ekzon 4 ve intron 4 HaeIII kesim bölgesine göre allel ve genotip frekansları, χ² testi ve Hb değeri
Irk
IGF-1 ekzon 4 ve Ġntron 4 HaeIII
N Genotipler Genotip Frekansları Allel Frekansları
(χ²)1 AA AB BB AA AB BB A B Kilis Gözlenen 50 10 9 31 0.200 0.180 0.620 0.2900 0.7100 15.843** Beklenen 50 4.205 20.590 25.205 0.08 0.41 0.50 Hb2 1 testi, 2Heterozigotluk, **P<0.01,
TD1:0.01 (1 serbestlik dereceli 0.01 önem seviyesindeki tablo değeri)= 6.64 0.412
Genel olarak IGF-1/HaeIII polimorfizmi sonucu 303 baĢ altı ırk keçinin 114 tanesinin AA, 69 tanesinin AB ve 120 tanesinin BB genotipine sahip olduğu belirlenmiĢtir (Çizelge 4.15). Irklar birlikte değerlendirildiğinde istatistiksel analizler sonucu 2 allel (A ve B), 3 genotip (AA, AB ve BB) tespit edilmiĢtir. Tüm populasyonlar genelinde AA genotipinin 0.376, AB genotipinin 0.228 ve BB genotipinin 0.396 frekanslarına sahip olduğu bulunmuĢtur. BB genotipliler ise 0.396 ile en yüksek genotip frekansına sahip olmuĢlardır. AA genotipli hayvanların genotip frekansı ise 0.376 olarak belirlenmiĢtir.
Çizelge 4.15. Ġncelenen altı keçi ırklarında IGF-1 ekzon 4 ve intron 4 HaeIII kesim bölgesine göre allel ve genotip frekansları, χ² testi ve Hb değeri
Irk
IGF-1 ekzon 4 ve Ġntron 4 HaeIII
N Genotipler Genotip Frekansları Allel
Frekansları (χ²)1 AA AB BB AA AB BB A B Genel Gözlenen 303 114 69 120 0.376 0.228 0.396 0.4901 0.5099 89.793** Beklenen 303 72.780 151.441 78.780 0.24 0.50 0.26 Hb 2 1 testi, 2Heterozigotluk, **P<0.01,
TD1:0.01 (1 serbestlik dereceli 0.01 önem seviyesindeki tablo değeri)= 6.64 0.500
Allel frekansları bakımından A allelinin frekansı yaklaĢık 0.4901 olarak belirlenirken, B allelinin frekansı ise 0.5099 olarak belirlenmiĢtir. Populasyonun Hardy-Weinberg dengesinde olup olmadığının belirlenmesinde, χ² testi sonucundan elde edilen değer (89.793) χ² dağılım tablosundaki 1 serbestlik dereceli 0.01 önem seviyesinden (TD1:0.01=6.64) yüksek bulunmuĢ, populasyonun ilgili gen bölgesi bakımından dengede olmadığı sonucu ortaya çıkmıĢtır. Diğer bir ifadeyle populasyonda ilgili gen bakımından gözlenen ve beklenen genotipler arasındaki fark istatistik olarak önemli olduğu bulunmamıĢtır (P<0.01). IGF-1 geni ekzon 4 ve intron 4 bölgesinin HaeIII kesim enzimi ile muamelesi sonucu populasyonda meydana gelen genotipik farklılık neticesinde hesaplanan heterozigotluk değeri (Hb) ise 0.500 olarak tespit edilmiĢtir.
IGF-1 geni HaeIII polimorfizmi açısından Kıl, Ankara keçisi, Honamlı, Halep, Saanen ve Kilis keçisi ırkında AA, AB ve BB genotipleri tespit edilmiĢtir. Gen kaynağı olarak kabul edilen yerli keçi ırklarının bu çalıĢma ile IGF-1 genine iliĢkin allel ve genotip frekansları bildirilmiĢtir. AA genotipi Kıl, Ankara keçi, Honamlı, Halep, Saanen ve Kilis keçi ırklarının en yaygın genotipi olarak tespit edilmiĢtir. Kıl, Ankara keçisi, Honamlı, Halep, Saanen ve Kilis keçisi ırklarında genotip frekansları AA (0,376), AB (0,228) ve BB (0,396) Ģeklinde bulunmuĢtur. Genotip frekansları ile doğru orantılı olarak Halep ve Sannen keçilerinde A allelinin B alleline göre daha yüksek frekansta olduğu belirlenmiĢtir. Wu-Jun ve ark. (2010) tarafından Çin'den iki Xinjiang yerli ırk keçilerinde bildirilen AA genotipleri için frekansları sırası ile 0.487 ve 0.277 olarak bulunmuĢtur. BB genotipleri için ise frekansları sırası ile 0.274 ve 0.486 olarak bulmuĢlardır. AB genotipleri için frekansları sırası ile 0.239 ve 0.236 olarak bulmuĢlardır. Qiong ve ark. (2011) Çin’de yetiĢtirilen üç yerli keçi ırkında (Xijiang, Bogeda KaĢmir ve Nanjiang KaĢmir) AA genotipinin frekansını sırasıyla 0.414, 0.591 ve 0.319; AB genotipinin frekansını sırasıyla 0.000, 0.126 ve 0.029; BB genotipinin frekansını sırasıyla 0.586, 0.241 ve 0.597; AC genotipinin frekansını sırasıyla 0.000, 0.042 ve 0.055 olarak bulmuĢlardır. Alakilli ve ark. (2012).tarafından yapılan çalıĢmada, 4 Mısır ve Suudi, (Barki, Zaribi, Ardi ve Masri) keçi ırklarında, allel frekansları; Barki keçi ırkında A allel frekansı 0.731, B allel frekansı 0.269, Zaribi keçi ırkında A allel frekansı 0.432, B allel frekansı 0.568,