Aile işletmelerinin temel sorunlarına bakıldığında, işletmenin kurucuya ya da patrona tabii olması, tek patronlu yönetim, ailevi ilişkilerin işletme üzerinde etkili olması, nepotizm, kuşak çatışmaları, işletmenin belirlenmiş prosedürlere bağlı olmaması, rol çatışmaları, geçmişe olan bağlılıklar, mesleki eğitimlere gereken özenin verilmemesi gibi birçok sorun sıralanabilir.
İşletmenin kuruluş ve gelişiminde büyük rolü olan birinci kuşağın işletmeye olan bağlılığı gelecek kuşaklarda aynı şekilde devam etmeyebilir. Bu noktada aile işletmelerinde kuşak çatışmalarına bağlı olarak birtakım sorunlar yaşanabilir.
Kuşak çatışmalarında görülen sorunların bazılarını aşağıdaki şekilde sıralamamız mümkündür. (Bozkurt, 2017:19)
Eski nesil, eğitimli olan yeni nesilden daha tecrübelidir ve her iki nesil olduğuna inandığı şeyi savunur.
Eski nesil yardım edebileceğini düşünerek çalışanların işine karışabilir. Yeni nesil ise performansa dayalı istihdamı ve performansı arttırıcı tedbirler almayı doğru bulur.
Eski nesil, işletme faaliyetlerinin birbirleri ile bütünleşik olduğunu düşünürken yeni nesil her birimin işini kendi iradesi ile yapması gerektiğini düşünür.
Eski nesil, nitelikli örgüt yapısından çok yapılan işin önemli olduğunu düşünür. Yeni nesil nitelikli örgüt yapısının yapılan işten daha önemli olduğunu düşünür.
Eski nesil yeteneklerin bir sonu olduğunu düşünürken yeni nesil gelişim ve büyüme için işletmenin birçok fırsata sahip olduğunu düşünür.
Eski nesil bireylerin çoğunluğu dikkate alması gerektiğini düşünür, yeni nesil bireylerin gelişimini sürdürmesinin önemli olduğunu düşünür.
Eski nesil yeni neslin tecrübesiz olduğunu düşünürken yeni nesil, eski nesilin kendilerini yetki ve sorumluluk açısından sınırladıklarını düşünür.
Eski nesil problemlerin çözümünü yöneticilere bırakırken yeni nesil problem çözmede kendilerini sorumlu olarak görürler.
Eski nesil yeni nesli sonuca varmada aceleci ve yenilikçi bulurken yeni nesil eski nesilin değişime açık olmadığını düşünür.
Aile işletmelerinde yaşanan en büyük sorunlardan biri ise nepotizm yani aile fertlerinin işe alımı ve terfi konularında kayırılması sorunudur. Aile işletmelerinde kurucu yönetici konumunda ki kişiler, aile üyelerinin bilgi, beceri ve yeteneklerini dikkate almadan, onların işletmeye sağlayacağı yararı düşünmeden istihdam sağlamasıdır. Aile işletmelerinde yönetim kademelerinde profesyonel kişilerden ziyade aile üyelerinin çalıştırılması, aile işletmesinin uzmanlıktan çok güvene önem vermesinden kaynaklanmaktadır (Develi, 2008:24). Nepotizm aile fertlerinin güçlerini kaybetmemek için kullandıkları bir stratejidir ve kurumsallaşma ile demokrasinin önünde bir engel teşkil etmektedir. Nepotizm işletme içerisinde aile kavgalarına, kuşaklar arasında fikir ayrılıklarına, nitelikli yöneticilerin işletmeden uzak durmalarına, işletme içerisinde bağlılığın azalmasına ve buna bağlı olarak beşeri sermayenin yok olmasına sebep olmaktadır (Karacaoğlu, Yörük, 2012:47). Çalışanların işletmeye olan güvenleri, aitlik duygularını etkilemekte, işletme içerisinde adalet sorunu yaşanmasına sebep olabilmektedir. Tüm bunların neticesi olarak, işletmenin iş kalitesini düşürmekte ve çalışan performansını negatif yönde etkilemektedir.
Özellikle büyük aile işletmelerinde bazı çıkar gruplarının gelecek nesil yönetici adaylarının etrafında bulunması söz konusudur. Bu durum aile fertleri arasında ki çatışmalar işletmeye yansıdığı takdirde daha çok gözlemlenebilir. Bu çıkar grupları, yönetici adayı olan kişi ile yakın ilişkiler geliştirerek kendilerine hem maddi hem de manevi çıkar sağlamaya uğraşırlar. İşletmede çalışan profesyonel yöneticiler, ileride daha güçlü olabilmek ve işletmenin bölünmesini sağlamak için bu güç kavgalarına ortam hazırlayabilirler. Bunun dışında aile işletmesinin sahibi ya da yöneticisi konumunda bulunan kişilerin eşler ve çocukları da güç elde edebilmek için bu kavgalara ortam sağladıklarına da rastlanmaktadır (Öner, Turhan, 2010:123). Kişisel hırslar, gücü elde bulundurma ya da daha fazla güç
sahibi olma, güç sahibi olan kişiye yakın olup kendi konumunu sağlama alma gibi menfaatler aile işletmeleri içerisinde güç kavlarına sebep olabilmektedir. Aile işletmelerinde yaşanan güç kavgaları uzun vadede işletmeye zarar vermektedir.
Aile işletmelerinin yaşadığı sorunlardan bir diğeri ise süreklilik ve gelecek planlaması ile ortaya çıkar. Devretme süreci ile başlayan bu süreklilik planı, kuşaklar arası aktarım planı ile devam eder. Aile işletmelerinin birçoğunda bu konuya genelde gereken önem verilmez ya da devretme durumunda konunun kendiliğinden bir sonuca varmasını seçer. Aile işletmesi olarak kalabilmek, gelecek nesillerin işletmenin varlığını devam ettirebilmesi için yeterli bir donanıma sahip olması, bunu istemesi, girişimcinin gücü kaybetme korkusu olmaması, diğer ortakların devir sürecine olan etkileri önemli unsurlardır (Özdil, Kara, 2010:4). İşletmede çalışanların, aile bireylerinin ve kurucu yöneticinin yaklaşımları gelecek planlamasında belirleyicidir. Buna ek olarak, yönetimi devralacak olan kişinin işi yürütebilecek, yönetebilecek kapasiteye sahip olması işletmenin kendi geleceği için büyük önem teşkil eder. Yanlış planlama işletmenin kapanmasına varacak sorunlar doğurabilir.
Nüfus problemleri aile işletmelerinde yaşanan sorunlardan biridir. Aile üyelerinin sayısında ki hızlı artış işletmenin bu artışı aynı hızla eritemeyecek olması sebebi ile işgücü ve verimlilik açısından kayba sebep olur. İşletmeyi oluşturan bireylerin çabası sonucunda ortaya çıkan ekonomik faaliyetlerin getirilerinin adaletli bir biçimde paylaştırılmaması ya da yatırım yapmak için kullanılmaması da işletmede verimliğin düşmesine sebep olur ve değişim için gereken uyum kaybolur. Eğer işletmede verimlilik kayba uğrarsa işletmenin ürettiği mal veya hizmetin kalitesini etkiler ve pazara rekabet edilebilir düzeyde bir fiyatla girmesine engel olur. Bu durum işletme içerisinde zıt kutuplar oluşmasına ve parçalanmalara sebep olur (Özler, Özler, Gümüştekin, 2006:278). Aile büyüdükçe işletme üzerinde hak sahibi olan kişi sayısı artacak, kazancın dağılımında sorunlar yaşanması ihtimali yükselecektir. Bu durum işletmede sorunların yaşanmasına sebebiyet verecektir.
Yeniliklere karşı direnç işletmenin var olan faaliyetlerini etkili ve verimli hale getirebilmesi için gerekli olan yenilikleri, iş modellerini ve en iyi pratikleri reddetmektir. İşletmenin temel amacı kar sağlamak iken, yeniliklere diren
göstermesi kendi başına bir sorundur. Girişimcilik tutulması ya da durulması aile işletmelerinin kurucu aktörleri açısından incelenmelidir. Genel olarak bu durumun nedenlerinden biri, güncel ekonomik, teknolojik ve bilimsel gelişmeler içinde hızla değişen çevre faktörüdür. Özetle işletmenin kurulduğu çevre ile içinde var olduğu ortam arasında büyük farklılıklar olabilir (Özkul,2016:27). Aile işletmelerinde gelenek göreneklere olan bağlılık, kar amacının önüne geçtiği anda rekabet etmekte, çevreye uyum sağlamakta zorluklar yaşanmaya başlar.