Peçeli Uğru, devlet erkânına baş kaldırmış bir âsidir. İstanbul Kadısı Zülâli Efendi, sarayda onun hakkında kötü sözler söylemiştir. Zülâli Efendi’nin konağını basan Peçeli Uğru, ona, sözlerinin hesabını sorar ve onu halk içinde gülünç duruma düşürür. Patronalı Mustafa, devletin kötüye gidişinin sorumluları olarak devletin başındakileri görmektedir. Saray askerlerinden halka kötü davrananları yakaladığı yerde buna pişman eder. Bostancıbaşı ve adamları aldıkları emir gereğince Hatice Nine’yi ve torunu Piç Cemal’i evden atmaktadır. Olayı gören Patronalı Mustafa, Bostancıbaşı ve adamlarını bir güzel benzetir ancak arkadaşlarının yardımına yetişen yeni bostancıların hücumu karşısında köşeye sıkışır. O sırada sokakta bulunan binalardan birinin kapısı açılır ve birkaç kadın Patronalı Mustafa’yı içeri alarak kurtarırlar.
Sarayda, başta Padişah III. Ahmet olmak üzere erkân – ı dîvandan bazıları toplanmış, Peçeli Uğru’yu yakalamanın yollarını düşünmektedirler. Onların toplandıkları odayı basan Peçeli Uğru, Padişah’ı ve diğer devlet yöneticilerini yaptıkları fena işlerden vazgeçmeleri, zevk u safâyı bırakıp devleti adam gibi yönetmeleri hususunda uyarır, onlara göz dağı vererek oradan kaçar.
Patronalı Mustafa’yı kurtaran kadınlar onu konağın içine sokarlar. Burada III. Ahmet’in kızı Fatma Sultan’la karşılaşan Patronalı Mustafa; Sultan’ın, kendisinin hizmetine girme teklifini reddeder. Sultan’ın yanından ayrıldıktan sonra, halkı aldattıkları için bostancılarca dövülen Silik Selim’le Piç Cemal’i kurtarır, onları yanına alır. Arnavut Recep’in hanında, boş bulunduğu bir sırada bostancılara yakalanarak saraya getirilir. Padişah’ın huzuruna çıkar, Padişah’ın kendisine teklif ettiği Peçeli Uğru’yu yakalama işini kabul eder. Peçeli Uğru; Patronalı Mustafa, Patronalı Halil ve diğer saray askerleri tarafından korunan Zülâli’nin köşkünden, Zülâli’nin oğlunu kaçırarak kimsenin kendisini yakalayamayacağını gösterir.
Patronalı Mustafa, Arnavut Recep’in hanına gelir. Silik Selim’den, karşı evdeki sevdiği Karakız’ın bostancılarca kaçırıldığını öğrenir, onu bulmak için hemen çıkar. Karakız’ı kaçırtan Fatma Sultan’dır. Fatma Sultan, kendisini reddeden Patronalı
Mustafa’dan intikam almak istemektedir. Sultan, Karakız’ı bir eve hapseder, başına da on onbeş bostancıyla büyücü Hatice Nine’yi koyar. Adamları aracılığıyla Peçeli Uğru’ya bir şekilde bir mektup ulaştırır. Peçeli Uğru’yu kendi yanına çekmek, emri altına almak, eğer o bunu kabul etmezse de öldürmek istemektedir. Mektubu ve içeriğini öğrenen Patronalı Mustafa, Peçeli’nin kılığına girerek Fatma Sultan’ın Peçeli’yi çağırdığı eve gider. Fatma Sultan, Peçeli’yle buluştuğunu sanıp ona kendi hizmetine girmesi teklifini yapar. Peçeli (Patronalı Mustafa) bunu reddeder. Sultan, onu öldürmek ister ama başaramaz. Sultan, adamlarını çağırınca Peçeli kaçar, bir anda ortadan kaybolur. Çünkü yakalanacağını anlayan Patronalı Mustafa, yüzündeki peçeyi ve sırtındaki pelerini çıkarıp atmıştır. Peçeli’nin peşinde iken karşılarında bir anda Patronalı Mustafa’yı bulan bostancılar Fatma Sultan’ın emri üzerine onu yakalar. Fatma Sultan, Patronalı Mustafa’yı zindana attırır. Zindandayken onun yanına gelir, eski teklifini yineler. Patronalı Mustafa, ondan Karakız’ı serbest bırakmasını isteyince anlaşamazlar. Patronalı Mustafa’yı zindandan Fatma Sultan’ın baş adamı Harem Ağası Amber kurtarır; çünkü Patronalı Mustafa onun hadım olmadığı gerçeğini bildiğini söyleyerek onu, kendisi için çalışmaya mecbur bırakmıştır.
İstanbul’da, başını Patronalı Halil, İspirîzâde ve görevinden azledilen Zülâli’nin çektiği bir isyancı grup, her geçen gün daha da güçlenmektedir. İsyancılar, ülkeyi yönetenlerin gaflet içinde olduğunu, İran’ın doğuda Sünnî Türkleri katletmesine seyirci kaldığını, zevk u safâya dalıp ülkeyi, dini, şeriatı hiçe saydığını iddia ederek halkı kendi yanlarına çekmektedirler. Halkın gittikçe artan tepkisini azaltmak isteyen devlet yönetimi, halkı, ordu İran’a sefere çıkıyor diye kandırarak, orduyu Boğaz’dan ihtişamla geçirip Kadıköy’de dağıtır. Padişah, vezirler ve diğerleri Kadıköy’deki köşklerde eğlenceye dalar.
Arnavut Recep, kendisini aldatan Silik Selim’le Piç Cemal’i handan kovar. Selim’le Cemal, karınlarını doyurmak için bir köşkün bahçesine dalar. Burada Hatice Nine’yle karşılaşırlar, ondan Karakız’ın bu köşkte olduğunu öğrenince, hemen Patronalı Mustafa’ya koşarlar. Patronalı Mustafa’nın yanına gelen Patronalı Halil, Mustafa’ya, aralarına katılmasını teklif eder. Mustafa ona, onların asıl amaçlarının şimdiki yöneticilerin yaşadığı bu rahat, eğlence dolu hayata sahip olmak olduğunu bildiğini ve asla aralarına katılmayacağını söyleyerek onu kovar. Patronalı Mustafa, Selim’le Cemal’in yerini bildirdiği köşke gelerek Karakız’ı kurtarır. Arnavut Recep’in hanına
gelen Ömer Reis, Patronalı Mustafa’ya, Mustafa’nın babasının katilinin, Patronalı Halil olduğu gerçeğini açıklar.
Patronalı Halil’in başını çektiği, topu topu on beş Patronalıyla Atmeydanı’nda başlayan ayaklanma, gittikçe büyüyerek isyancıların sayıları, halkın katılımıyla yüz binleri bulur. Kadıköy’deki köşkünden yeni dönen Padişah, isyanı öğrendiğinde çok geç kalınmıştır. Patronalı Halil, daha önceden Patronalı Mustafa’yı yakalatmıştır. Çünkü Mustafa, tüm Patronalıların saydığı, halkın sevdiği güçlü bir kişidir. Onun, işleri bozmasından endişelenen Patronalı Halil, Kahveci Ali ve otuz adamını, onu öldürmeleri için, hapsettiği Galata Kulesi’ne gönderir. İsyancılar, sarayı basar. Padişah’a, ona dokunmayacaklarını, Veziriazam Damat İbrahim Paşa’yı ve onun damatları Kaymakam Mustafa Paşa’yla Kethüdâ’yı istediklerini söyler. Canını ve tahtını tehlikeye atmak istemeyen III. Ahmet, onların dediğini yapar. İsyancılar bu üç kişiyi hunharca katleder. Sonra da oyuna getirip yalnız bıraktıkları Padişah’ı tahttan indirip yerine Şehzade Mahmut’u getirirler. Saraya gelen Peçeli Uğru, tam Patronalı Halil’i öldürecekken arkasından Zülâli’nin saldırısına uğrar. Zülâli’yle boğuşurken bir odanın içine düşerler. Patronalı Halil, Zülâli’ye yardım için odaya koşar ama Zülâli kanlar içinde yerde yatmaktadır. Zülâli son bir hamle ile Peçeli Uğru’nun peçesini almıştır, son nefesini vermeden önce Patronalı Halil’e, Peçeli Uğru’nun Patronalı Mustafa olduğunu söyler.
Kısa zamanda devlet yönetimini ele geçiren Patronalılar, emellerine ulaşmışlardır. Halkı “din elden gidiyor, şeriat isterüz” diye ayaklandırıp Padişah’ı ve devlet erkânını devirmişlerdir ve artık, bir zamanlar onların yaşadığı zevk u safâyı kendileri yaşamaktadırlar. Yeni Padişah Sultan Mahmut, devleti Patronalılardan kurtarmak gerektiğini bilmektedir. Dârüssâde Ağası Beşir Ağa, Padişah’tan bu işi halletmek için onay alır. Patronalı Mustafa’dan yardım ister. Patronalıların toplantı yaptıkları bir sırada baskın yapan Patronalı Mustafa, Patronalı Halil’i, onun peşinden odaya giren bostancılar da diğer Patronalıları öldürür ve Patronalılar devri kapanır.