Segundo alguns pesquisadores (Wintjens, et al., 2000; Cauët et al., 2005; Hunter e Sanders, 1990), as interações
contribuem para a conformação e estabilidade das proteínas, o que ocorre por meio da relação doação e recepção de cargas eletrostáticas (Kiviniemi, 2001; Hunter, et al., 2001). Com base no resultado do mapeamento vetorial para cada estrutura analisada, quando as interações
são identificadas, é possível elaborar um modelo no qual pode-se visualizar as relações de transferência de cargas eletrostáticas em todos os sistemas
A Figura 3.10 demonstra como a presença de ligantes interfere nos sistemas
, alterando a configuração dos mesmos. As interações entre os ligantes e estruturas de DNA foram suprimidas.Figura 3.10 Diagrama de transferência de cargas eletrostáticas nos sistemas nas estruturas de DNA. a) DNA – SL; b) DNA – LS e c) DNA – LI. Utilizando o software Discovery Studio 3.1TM para visualização.
Os deslocamentos dos centroides apontados nas Tabelas 3.42 e 3.43 indicam as interações
que ocorrem nas estruturas em função da presença dos ligantes e podem permanecer com alteração de posição espacial ou ainda dar origem a novas interações, conforme disposto nas Tabelas 3.2 e 3.4. A visualização dessas variações por tipo de interação, excluídas as dos ligantes, conforme relacionadas nas Tabelas 3.6 a 3.42 são objeto das Figuras 3.11 a 3.20.Para comparação das variações das interações
por tipo, as existentes para os dois tipos de ligantes foram sobrepostas às interações existentes no DNA sem ligante.Figura 3.11 Diagrama de transferência de cargas eletrostáticas nas interações N... nas estruturas de DNA. A presença dos ligantes tem como objetivo ilustrar a referência posicional destes. a) DNA – SL; b) DNA – LS e
c) DNA – LI. Utilizado o software Discovery Studio 3.1TM para visualização.
A Tabela 3.45 apresenta o total de interações N...
presentes nas três estruturas estudadas, não sendo computadas as interações envolvendo os ligantes. Estas interações estão representadas nas Figuras 3.11 e 3.12.Tabela 3.45 Comparativo das interações N... identificadas por estrutura de DNA, não computadas as interações presentes nos ligantes
Tipo de interação DNA 1BNA – SL DNA 1G3X – LI DNA 1VZK – LS
N... 88 75 81
Figura 3.12 Sobreposição das interações N... das estruturas de DNA com ligantes sobrepostas à estrutura DNA – SL. A presença dos ligantes tem como objetivo ilustrar a sua posição. a) DNA – LS. e b) DNA – LI. Utilizado o software Discovery Studio 3.1TM para visualização.
Estão contidas na Tabela 3.46 o total de interações O...
presentes nas três estruturas estudadas. Estas interações estão representadas nas Figuras 3.13 e 3.14.Tabela 3.46 Comparativo das interações O... identificadas por estrutura de DNA, não computadas as interações presentes nos ligantes.
Tipo de interação DNA 1BNA – SL DNA 1G3X – LI DNA 1VZK – LS
O... 25 23 24
Figura 3.13 Diagrama de transferência de cargas eletrostáticas nas interações O... nas estruturas de DNA. A presença dos ligantes tem como objetivo ilustrar a referência posicional destes. a) DNA – SL; b) DNA – LS e
Pode-se visualizar na Figura 3.13 que a distribuição uniforme das interações O...
ao longo da estrutura do DNA sem ligante é alterada nas demais estruturas nas regiões adjacentes aos ligantes.Figura 3.14 Sobreposição das interações O... das estruturas de DNA com ligantes sobrepostas à estrutura DNA – SL. A presença dos ligantes tem como objetivo ilustrar a sua posição. a) DNA – LS. e b) DNA – LI. Utilizado o software Discovery Studio 3.1TM para visualização.
Na Tabela 3.47 estão relacionadas o total de interações
...
presentes nas três estruturas estudadas. Estas interações estão representadas nas Figuras 3.15 e 3.16.Tabela 3.47 Comparativo das interações ... identificadas por estrutura de DNA, não computadas as interações presentes nos ligantes.
Tipo de interação DNA 1BNA – SL DNA 1G3X – LI DNA 1VZK – LS
... 32 25 31
Figura 3.15 Diagrama de transferência de cargas eletrostáticas nas interações ... nas estruturas de DNA. A presença dos ligantes tem como objetivo ilustrar a referência posicional destes. a) DNA – SL; b) DNA – LS e
Embora exista uma ausência de interações
...
na região dos ligantes, a forma geométrica das interações ao longo das três estruturas apresenta linhas comuns (Figura 3.15).Figura 3.16 Sobreposição das interações ... das estruturas de DNA com ligantes sobrepostas à estrutura DNA – SL. A presença dos ligantes tem como objetivo ilustrar a sua posição. a) DNA – LS. e b) DNA – LI. Utilizado o software Discovery Studio 3.1TM para visualização.
Relacionam-se na Tabela 3.48 o total de interações C-H...
presentes nas três estruturas estudadas. Estas interações estão representadas nas Figuras 3.17 e 3.18.Tabela 3.48 Comparativo das interações C-H... identificadas por estrutura de DNA, não computadas as interações presentes nos ligantes.
Tipo de interação DNA 1BNA – SL DNA 1G3X – LI DNA 1VZK – LS
C - H... 5 5 5
Figura 3.17 Diagrama de transferência de cargas eletrostáticas nas interações C-H... nas estruturas de DNA. A presença dos ligantes tem como objetivo ilustrar a referência posicional destes. a) DNA – SL; b) DNA – LS e c) DNA – LI. Utilizado o software Discovery Studio 3.1TM para visualização.
Pode-se constatar na Tabela 3.48 que existe quantitativamente a redução de uma interação C-H...
para o DNA com o ligante no sulco, a disposição dessas interações não apresenta um padrão de localização comum às três estruturas (Figura 3.17).Figura 3.18 Sobreposição das interações C-H... das estruturas de DNA com ligantes sobrepostas à estrutura DNA – SL. A presença dos ligantes tem como objetivo ilustrar a sua posição. a) DNA – LS. e b) DNA – LI. Utilizado o software Discovery Studio 3.1TM para visualização.
Na Tabela 3.49 estão as interações N-H...
presentes nas três estruturas de DNA. Estas interações estão representadas nas Figuras 3.19 e 3.20.Tabela 3.49 Comparativo das interações N-H... identificadas por estrutura de DNA, não computadas as interações presentes nos ligantes.
Tipo de interação DNA 1BNA – SL DNA 1G3X – LI DNA 1VZK – LS
N - H... 14 9 13
Figura 3.19 Diagrama de transferência de cargas eletrostáticas nas interações N-H... nas estruturas de DNA. A presença dos ligantes tem como objetivo ilustrar a referência posicional destes. a) DNA – SL; b) DNA – LS e c) DNA – LI. Utilizado o software Discovery Studio 3.1TM para visualização.
A deformação causada pela presença do ligante intercalado na estrutura do DNA acarreta numa redução quantitativa das interações superior a 30% em relação às
demais estruturas de DNA, enquanto que a sem ligante e a com ligante no sulco apresentam padrões geométricos semelhantes (Figuras 3.19 e 3.20).
Figura 3.20 Sobreposição das interações N-H... das estruturas de DNA com ligantes sobrepostas à estrutura DNA – SL. A presença dos ligantes tem como objetivo ilustrar a sua posição. a) DNA – LS. e b) DNA – LI. Utilizado o software Discovery Studio 3.1TM para visualização.