RNA YAPI VE FONKSİYONU

RNA YAPI VE FONKSİYONU

 Çift iplikli değildir (bazı virüsler hariç),

 deoksiriboz  riboz

 timin  urasil

RNA YAPI VE FONKSİYONU

 mesajcı RNA (mRNA),

 transfer RNA (tRNA)

 ribosomal RNA (rRNA)

 mRNA diğerlerinden daha az stabildir ve hücresel

nükleazlarla parçalanabilir.

RNA Polimeraz

 Genetik bilgiyi DNA’dan mRNA’ya aktarır.

 Ribonükleotidler arasındaki fosfodiester bağlarının oluşumunu katalistler.

 RNA zincirinin uzaması, DNA’da olduğu gibi ribozun 3’ OH ucuna nükleotidlerin ilavesiyle olmaktadır.

 RNA polimeraz, DNA polimeraz gibi 5'  3' yönünde sentez yapar ancak bir primere gerek duymaz.

 DNA polimerazdan farklı olarak sentezlenen mRNA'daki ilk baz genellikle bir purindir.

 RNA polimeraz kalıp olarak çift iplikli DNA’nın tek bir ipliğini kullanır.

 Genler DNA’nın her iki ipliğinde de bulunur.

RNA Polimeraz

 Kompleks enzimlerdir.

 E. coli'de β, β’, α (2 kopya), ω (omega) ve σ (sigma) olmak üzere beş alt ünite içerir.

 Bu alt ünitelerin hepsi birleşerek, holoenzim olarak adlandırılan enzimin aktif formunu oluştururlar.

 Sigma faktörü bu enzimden kolayca ayrılabilir.

 Sigmanın rolü RNA sentezinin başlaması için DNA'daki uygun bölgeyi tanımaktır.

Gen, son ürünü bir polipeptid

veya bir RNA molekülü olabilen bir

DNA bölgesidir.

 Genetik kodda 20 amino asit için kodon bulunur.

 Amino asitler modifiye edilebilir ve postranslasyonal modifikasyon ile protein yapısına katılır.

 21. amino asit Selenosistein, sistein ile aynı yapıdadır,

sadece sülfür atomu yerine selenosisteinde selenyum vardır.

 UGA durdurucu kodonu kodlar.

 Pirolizin de lizinden farklı olarak bir aromatik halka bulunur ve

 UAG durdurucu kodonu tarafından kodlanır.

 Arke ve bakterilerde bulunan kendine özgü tRNA’sı olan bu amino asit, ilk olarak

metanojenik arkelerde belirlenmiştir.

reading frame (RF, okuma kalıbı)

mRNA’da başlatıcı AUG

kodonundan sonra çeşitli amino

asitleri kodlayan kodonlar ve daha sonra da bir durdurucu kodon

bulunur. Böyle bir dizi reading

frame (RF, okuma kalıbı) olarak

adlandırılır.

Open Reading Frame (ORF, açık okuma kalıbı)

 Genom dizi analizlerinde protein şifreleyen genlerin yerlerinin belirlenmesi çok önemlidir.

 Eğer bir RNA transkribe edilebiliyorsa, DNA’nın bu parçası mutlaka ORF içerir.

 Yani bir başlama kodonu, amino asitleri kodlayan kodonlar ve bir durdurucu kodon DNA’da bulunur.

 Bir protein şifrelesin yada şifrelemesin DNA’daki böyle

ORF’lerin belirlenmesi genetik mühendisliği çalışmalarında

son derece önemlidir.

Transfer RNA

 Bakterilerde 60, memelilerde 100-110 farklı tRNA bulunur.

 tRNA kısa (73-93 nükleotidli) ve tek ipliklidir.

 Katlanmalarla tRNA’da çift iplikli bölgeler oluşur.

 tRNA’da, mRNA’daki kodonu tanıyan antikodon olarak adlandırılan üç nükleotid bulunur.

 Tüm tRNA’ların 3’ ucundaki üç nükleotid (Akseptör uç) çift oluşturmaz, CCA dizisi bulunur. En uçta bulunan

adeninin ribozuna taşınacak amino asit ester bağlarıyla

kovalent olarak bağlıdır.

Protein sentezi;

1.başlama, 2.uzama,

3.sonlanma ve

4.polipeptidin katlanması

Protein sentezinin başlaması:

mRNA'nın 5’ ucunda 3-9 nükleotidli,

Shine-Dalgarno dizisi bulunur.

Bir mRNA üzerinde birden fazla

ribozom protein sentezleyebilir. Bu

ribozom grubuna polizom denir.

Sentezin sonlanması

 mRNA da durdurucu kodon yoksa, ribozom mRNA’dan ayrılamaz.

 Ribozom işlevsiz hale gelir (trapped).

 Küçük bir tmRNA molekülü duran ribozomu çalıştırır.

 tmRNA, alanin amino asiti ve durdurucu kodon taşıyan mRNA parçası içerir.

 tmRNA ribozoma bağlanınca durdurucu

kodona bırakma faktörü bağlanır ve

protein sentezi sonlanır.