DNA FRAGMENT ANALİZİ
Prof. Dr. Hilâl Özdağ
Hafta XII
PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları
DNA FRAGMENT ANALİZİ
STR/SSR/Microsatellit Analizi
Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP)
Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP)
Loss of Heterozygosity (LOH)
MI (Microsatellite Instability)
SNP Genotipleme
DNA FRAGMENT ANALİZİ
Boy tayini
Agaroz jel elektroforezi
Agaroz
NuSieve
Metaphor
Poliakrilamid jel elektrofezi
Kapiller elektroforez
Genetik analizör (Otomatik DNA Dizi Analiz Sistemi)
Qiagen Egene
Agilent Bioanalyzer
DNA FRAGMENT ANALİZİ
Boy tayini
Agaroz jel elektroforezi
Agaroz
NuSieve
Metaphor
http://www.med.yale.edu/genetics/ward/tavi/p15.html
Johnson N et al, BMC Med Gen., 2004, 5
DNA FRAGMENT ANALİZİ
Boy tayini
Agaroz jel elektroforezi/PAGE
http://www.med.yale.edu/genetics/ward/tavi/p15.html
DNA FRAGMENT ANALİZİ
Boy tayini
PAGE
http://www.med.yale.edu/genetics/ward/tavi/p15.html
ANALYTICAL BIOCHEMISTRY 253, 130–132 (1997)
DNA FRAGMENT ANALİZİ Kapiller Elektroforez
Genetik Analizör
DNA FRAGMENT ANALİZİ Kapiller Elektroforez
Genetik Analizör
STR/Microsatellite Analysis
RFLP/AFLP/TRFLP
DNA FRAGMENT ANALİZİ
10pleks
DNA FRAGMENT ANALİZİ
Fragment boylarının tespiti
DNA FRAGMENT ANALİZİ
Elektroferogramların karşılaştırılması
DNA FRAGMENT ANALİZİ
L O H
Heterozigot
PCRPCR
DNA FRAGMENT ANALİZİ
L O H
DNA FRAGMENT ANALİZİ QIAxcel/EGene
0.5 kb’den küçük fragmentler için 3-5 bç’ine dek ayırım sağlar.
Hazır kapiller kartuşlarının içindeki polimerin içinde çok düşük konsantrasyonda EtBr bulunmaktadır.
Aynı anda 96 örneğe kadar analizi gerçekleştirmek mümkündür.
Sistemde RNA analizi yapmak da mümkündür.
%2 agaroz
DNA FRAGMENT ANALİZİ Agilent/Bioanalyzer
DNA FRAGMENT ANALİZİ Agilent/Bioanalyzer
