Tarih Vakfı 'na 1996 Habitat Zirvesi kapsamındaki Dünya Kenti İstanbul ile Tarihten Günümüze Anadolu'da Konut ve Yerleşme sergilerinin düzenlenmesi ve ardından İstanbul Müzesi'nin kurulması için verilen 'Tarihi Darphane binaları' nın , 'yıkılmak üzere olduğu ve can güvenliği olmadığı' gerekçesiyle vakfın elinden alınmaya çalışıldığı ileri sürüldü. Tarih Vakfı, konuyla ilgili olarak şu açıklamayı yaptı: "Kültür ve Turizm Bakanlığı'nın kendine bağlı İstanbul Rölöve ve Anıtlar Müdürlüğü uzmanlarına hazırlattığı düzmece bir raporla tarihi Darphane binalarının yıkılmak üzere olduğu (mail-i inhidam) ve can güvenliği bulunmadığı iddia edilerek, söz konusu binaların insandan ve eşyadan arındırılması istenmiş, Tarih Vakfı da yürütmenin durdurulması ve hukuk dışı bu kararın iptali için İdare Mahkemesi'ne dava açmıştı.
Konuyu inceleyen İstanbul 4. İdare Mahkemesi, 22 Ocak 2007 tarihli duruşmasında, bilirkişi incelemesi kararı almış; yerinde keşif ve bilirkişi incelemesi için 27 Şubat 2007 tarihi belirlenmişti. Durum tahliye işlemini gerçekleştirecek olan idareye de bildirildi. Bütün bunlara rağmen, idarenin geri adım atmadığını üzülerek gözlemliyoruz. Korkarız ki idarenin gündeminde, mahkeme kararı beklenmeden, Eminönü zabıta görevlilerinin ve emniyet güçlerinin desteği ile, söz konusu binaları Tarih Vakfı'ndan 'arındırmak' üzere girişimde bulunmak ve Topkapı Sarayı Müzesi'ne teslim etmek var."
Kültür kurumlarını, sivil toplum kuruluşlarını ve kamuoyunu kültüre, tarihe ve İstanbul Müzesi'ne sahip çıkmaya davet ettiklerini dile getiren Tarih Vakfı, "Yıllardır olmadık engellerle kesintiye uğratılan İstanbul Müzesi, sadece Tarih Vakfı'nın değil, başta Kültür ve Turizm Bakanlığı ve Büyükşehir Belediyesi olmak üzere tüm kamunun sahip çıkması ve hemen bugünlerde önünün açılması gereken bir projedir. Tarih Vakfı, kent müzeciliği ve kültürel alan kullanımındaki uzmanlık ve becerisini, Tarihi Darphane binalarını 10 ayda 28 yıllık terk edilmişliğinden yaklaşık 3.5 milyon USD yatırımla çıkararak, 10 yılda 1 milyonun üzerinde ziyaretçi ve 600 kültür sanat etkinliği ile İstanbul'un önemli kültür merkezlerinden biri, sivil toplumun buluşma noktası ve sanat üretim merkezi haline getirerek
kanıtlamıştır. Yapılacak olan, sadece engellerin ortadan kaldırılmasıdır" açıklamasını yapıyor. Cumhuriyet 27.02.2007