SARS CoV-2 Varyant Testleri Deneyimlerimiz Rabia Can Sarınoğlu

SARS CoV-2 Varyant Testleri Deneyimlerimiz

Rabia Can Sarınoğlu

Marmara Üniversitesi Pendik Eğitim ve Araştırma Hastanesi

Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim dalı

Nisan 2021

Sars CoV-2 Varyant testlerine başlayış..

• Şubat 2021

2

12-26 Şubat arasında SARS CoV-2 varyant izlemi

12-26 Şubat

SARS CoV-2 RT-PCR Çalışılan Örnek Sayısı

Sars CoV-2 Varyantları Araştırılan Örnek Sayısı

Toplam Sayı

Pozitif n (%)

Toplam Sayı

VOC-

202012/01 n (%)

501V.Y2 ya da P.1 olasılığı

2884 442

15.3

420 60

14.3

0

4

Sorunlar???

• Cihaz kit uyumsuzlukları,

• Değerlendirme, şüpheli sonuçlar,

• Hangi sıklıkta çalışmalıyız?

• Sonuçların bildirimi nasıl yapılmalı?

• Hangi örnekleri sekans analizi için

saklamalıyız?

Mart ayı, Variant Plus kitine geçiş..

➢ B.1.1.7 (Birleşik Krallık),

➢ B.1.351 (Güney Afrika),

➢ P.1 (Brezilya),

➢ B.1.525 (Birleşik Krallık ve Danimarka),

➢ B.1.526 (ABD)

6

Değerlendirme

FAM ROX CY5

1. (-) (-) (-) SARS-CoV-2 negatif

2. (+) (-) (-) B.1.1.7, B.1.351, P.1, B.1.525, B.1.526 3. (+) (+) (+) N501Y taşıyan B.1.1.7 poz., B.1.351,

P1, B.1.525 ve B.1.526 negatif

4. (+) (+) (-) B.1.1.7 negatif, B.1.351, P.1, B.1.525 ya da B.1.526 %98 ihtimalle pozitif

5. (+) (-) (+) N501Y taşımayan B.1.1.7 pozitif,

B.1.351, P.1, B.1.525 ve B.1.526 negatif

FAM ROX CY5 YORUMLAMA

LBYS (İZLENMESİ

GEREKEN VARYANT ANALİZİ)

LBYS

(İZLENMESİ GEREKEN VARYANT ANALİZİ)

DURUM 1 - - -

1) SARS-CoV-2 negatif Negatif NEGATİF

raporlanır

DURUM 2 + - -

1) SARS-CoV-2 pozitif;

2) B.1.1.7, B.1.351, P.1, B.1.525 ve B.1.526 negatif

SARS-CoV-2 pozitif, diğer varyant

şüpheli

NEGATİF raporlanır (Ayrıca bulunan örneklerden

%5’i NGS için gönderilir. Örnek seçiminde olabildiğince düşük ct

değerindeki örnekler seçilmelidir,25 ve altı)

DURUM 3 + + +

1) SARS-CoV-2 pozitif;

2) B.1.1.7 pozitif,

3) VOC-202012/01 pozitif,

4) B.1.351, P1, B.1.525 ve B.1.526 negatif

İNGİLTERE VARYANTI POZİTİF

Raporlanır

(Ayrıca NGS için gönderilmesine gerek yok)

DURUM 4 + + -

1) SARS-CoV-2 pozitif;

2) B.1.1.7 negatif,

3) B.1.351, P.1, B.1.525 ya da B.1.526 pozitif

G.Afrika/Brezilya/

B.1.525/B.1.526 varyantı şüpheli

POZİTİF Raporlanır (Ayrıca tamamı NGS için

gönderilir)

DURUM 5 + - +

1) SARS-CoV-2 pozitif;

2) B.1.1.7 pozitif ancak VOC- 202012/01 negatif (Nadir ama olası bir vaka),

3) B.1.351, P.1, B.1.525 ve B.1.526 negatif

SARS-CoV-2 pozitif, diğer varyant

şüpheli

NEGATİF raporlanır (Ayrıca NGS için gönderilmesine

gerek yok)

8

10

27 Şubat-28 Mart tarihlerinde SARS CoV-2 varyant izlemi

Çalışma tarihi

SARS CoV-2 RT-PCR Toplam

Örnek

SARS CoV-2 RNA Pozitif

n (%)

Varyant Araştırılan

toplam örnek

İngiltere varyantı n (%)

G.Afrika/Brezilya/

B.1.525/B.1.526 varyantı şüpheli

n (%) 1-7 Mart

(27-28 Şubat)

2262 412

17.2

406 165

40

31 7.6

8-14 Mart 2396 420

17.5

412 258

62.6

41 15.9

15-21 Mart 3199 724

22.6

636 427

67.1

87 13.7

22-28 Mart 4590 1158

25.2

1078 874

81.0

115

10.7

G.Afrika/Brezilya/B.1.525/

B.1.526 varyantı şüpheli örnekler??

40 Örnek

• 11 B.1

• 7 B.1.1

• 4 B.1.351

• 3 B.1.189

• 2 B. 1.160

• 2 B.1.1.282

• 2 B.1.1.29

• 1 B.1.1.7

• 1 B.1.1.105

• 1 B.1.1.127

• 1 B.1.1.148

• 1 B.1.1.189

• 1 B.1.1.31

• 1 B.1.1.64

• 1 B.1.240

• 1 B.1.256

12

Sorunlar??

• Kitlerin temini,

• Bazı kit lotlarında ROX kanalının çalışmaması,

• Bazı RT-PCR

cihazlarında sorun yaşanması,

• Çalışma, değerlendirme, raporlama kriterlerinin değişimi.

• Varyant sonuçlarının tek tek LBYS girişinin çok

zaman alması,

• Halk Sağlığı kurumuna sekans analizi için

gönderilecek örneklerin seçimi,

• Sekans sonuçlarının LBYS sisteminden

takibinin yapılamaması.

Çalışma talimatları yazılı olmalı!!!

29 Mart-14 Nisan arasında SARS CoV- 2 varyant izlemi

• Pozitif örneklerin %5’inde SARS CoV-2 varyantlarının araştırılması kararı alındı

Çalışma tarihi

SARS CoV-2 RT-PCR Toplam Örnek

SARS CoV-2 RNA Pozitif

n (%)

Varyant Araştırılan toplam örnek

İngiltere varyantı

n (%)

G.Afrika/Brezilya/

B.1.525/B.1.526 varyantı şüpheli

n (%)

29 Mart- 6 Nisan

8113 2552

31.5

113 102

90.2

4 3.5

7-14 Nisan 9025 2777 30.8

148 130

87.8

5 3.4

14

Sars CoV-2 ve SARS-CoV-2 VOC- 202012/01 varyantına tek bir kitle

bakabiliyoruz…

•

Sars CoV-2 N+ORF 1ab ve B.1.1.7 soyundaki

SARS-CoV-2 VOC-202012/01 varyantı N geni

16

15-17 Nisan tarihinde SARS CoV-2 varyant izlemi

Çalışma Aralığı

SARS CoV-2 RT-PCR

Toplam Örnek

SARS CoV-2 RNA Pozitif

n (%)

Varyant Araştırılan toplam örnek

İngiltere varyantı

n (%)

Negatif n (%)

15-17 Nisan

3065 1075

35.0

583 555

95.2

28

4.8

18

0 50 100 150 200 250 300

12.02.2021 14.02.2021 16.02.2021 18.02.2021 20.02.2021 22.02.2021 24.02.2021 26.02.2021 28.02.2021 2.03.2021 4.03.2021 6.03.2021 8.03.2021 10.03.2021 12.03.2021 14.03.2021 16.03.2021 18.03.2021 20.03.2021 22.03.2021 24.03.2021 26.03.2021 28.03.2021 30.03.2021 1.04.2021 3.04.2021 5.04.2021 7.04.2021 9.04.2021 11.04.2021 13.04.2021 15.04.2021 17.04.2021

Sars CoV-2 Varyantların izlemi

Sars CoV-2 Varyant araştırılan toplam örnek İngiltere varyantı G.Afrika/Brezilya/

B.1.525/B.1.526 şüpheli

3796 örnekte varyantlar araştırıldı;

SARS-CoV-2 VOC-202012/01 varyantı 2571 (%67.7),

G.Afrika/Brezilya/B.1.525/B.1.526 varyantı şüpheli 262 (%6.9)

Aşı sonrası Enfeksiyonda varyantlar??

• İki doz aşıdan 15 gün sonrası 50 sağlık

personeli Sars CoV-2 PCR pozitif saptandı,

• 9 PCR pozitif sağlık personelinde İngiltere

varyantı saptandı.

Teşekkür ederim…

20