/ Real Time PCR In Microbiology / Real Time PCR In Microbiology GENEL TANIM / GENERAL DESCRIPTION

(1)

2021 - 2022 / 9101025932010 - Real Time PCR In Microbiology / Real Time PCR In Microbiology

GENEL TANIM / GENERAL DESCRIPTION

Ders Adı / Course Name Real Time PCR In Microbiology / Real Time PCR In Microbiology Ders Kodu / Course Code 9101025932010

Ders Türü / Course Type

Ders Seviyesi / Course Level Second Cycle / Second Cycle

Ders Akts Kredi / ECTS 10.00

Haftalık Ders Saati (Kuramsal) / Course Hours For Week (Theoretical)

3.00

Haftalık Uygulama Saati / Course

Hours For Week (Objected) 2.00 Haftalık Laboratuar Saati / Course

Hours For Week (Laboratory) 0.00 Dersin Verildiği Yıl / Year 1

Öğretim Sistemi / Teaching System Face to Face / Face to Face Eğitim Dili / Education Language Turkish / Turkish

Ön Koşulu Olan Ders(ler) /

Precondition Courses Yok None

Amacı / Purpose Dersler sonunda öğrencilerin Real Time PCR ve onun mikrobiyolojide kullanımı hakkında

bilgi sahibi olmaları amaçlanmaktadır. The aim of the course is to get the students acquainted with real time PCR and its use in microbiology.

İçeriği / Content Real Time PCR tarihçe ve florojenik kimya (SYBR Green ve Prob sistemleri). Standartlar, kontroller ve standart eğri hazırlama. Mikroorganizmaların miktarının belirlenmesi.

Mikrobiyojide multipleks PCR. Rutin mikrobiyolojik tanıda Real Time PCR’ın rolü. Gen ifadesinin ölçümü. Real Time PCR kullanırken karşılaşılabilecek sorunlar ve çözüm yolları.

Real Time PCR, history, Fluorogenic Chemistries (SYBR Green and Prob Systems), Standards, Controls. Standard curve. Quantification of Microorganisms. Multiplex rtPCR in Microbiology. The Role of Real-time PCR in Routine Microbial Diagnostics.

Measurement of gene expression, Basic Real-time PCR troubleshooting.

Önerilen Diğer Hususlar / Recommended Other Considerations

Öğrencilerin temel moleküler biyoloji alt yapısının olması istenir Students are expected to have a basic molecular biology background

Staj Durumu / Internship Status yok No

Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar / Books / Materials / Recommended Reading

Mackay, I. M.., 2007. “Real-Time PCR in Microbiology”. Caister Academic Press, Norfolk, UK. Dorak M.T., 2006 “Real-Time PCR” Taylor ve Francis Group, Newcastle-upon-Tyne, UK

Mackay, I. M.., 2007. “Real-Time PCR in Microbiology”. Caister Academic Press, Norfolk, UK.

Dorak M.T., 2006 “Real-Time PCR” Taylor and Francis Group, Newcastle-upon- Tyne, UK

Öğretim Üyesi (Üyeleri) / Faculty

Member (Members) Prof.Dr. Güven Özdemir

(2)

ÖĞRENME ÇIKTILARI / LEARNING OUTCOMES

0 Dersler sonunda öğrencilerin Real Time PCR hakkında bilgi sahibi olabilmeleri 2 Real Time PCR'ın mikrobiyolojide kullanımı hakkında bilgi sahibi olabilmeleri 3 SYBR Green vb boyaların çalışma prensiplerini öğrenebilme

4 Prob temelli sistemlerin çalışma prensiplerini öğrenebilme

HAFTALIK DERS İÇERİĞİ / DETAILED COURSE OUTLINE

(3)

Hafta / Week

1

Teorik Dersler / Theoretical Öğretim Yöntem ve

Teknikleri/Teaching Methods Techniques

Ön Hazırlık / Preliminary

Uygulama Lab

PCR nedir? PCR çeşitleri PCR

What is PCR? PCR methods PCR

2

Real Time PCR nedir? Avantajları Dezavantajları Real Time PCR cihazı öğrenme

What is Real Time PCR? Advantages and Disadvantages Know how to use Real Time PCR

vehicle

3

Fluorogenic chemistry SYBR Green Denemesi

Fluorogenic chemistry SYBR Green Method

4

Özgül olmayan Belirleme Sistemleri TaqMan Probu Denemesi

Non-specific detection systems

TaqMan Probe Method

5

Özgül Belirleme Sistemleri (Hidroliz Probları) Hibridizasyon Probu Denemesi

Specific detection systems (Hydrolysis probes) Hybridization Probe Method

(4)

6

Özgül Belirleme Sistemleri (Hibridizasyon Probları) Melting analizi

Specific detection systems (Hybridization probes) Melting Curve Analysis

7

Diğer Özgül Belirleme Sistemleri QPCR

Other specific detection systems QPCR

8

Arasınav arasınav

Midterm Midterm

9

Amplifikasyon eğrileri ve Erime Eğrisi Nedir? Standart curve oluşturma

What are amplification curves and melting curves? Obtaining Standard Curve

10

Real Time PCR sonuçları nasıl analiz edilir ve değerlendirilir? Streptococcus mutans Denemesi

Know how to analyse and interpret Real Time PCR results. Obtaining Standard Curve of Streptococcus mutans

(5)

12

QPCR Candida albicans Denemesi

QPCR Obtaining Standard Curve of

Candida albicans

13

HRM analizleri Candida albicans Denemesi

HRM analysis Obtaining Standard Curve of

Candida albicans

14

Multipleks QPCR Sunum

Multiplex QPCR Presentation

15

Delta delta CT yöntemi Sunum

Delta delta CT methods Presentation

16

Final Final

(6)

DEĞERLENDİRME / EVALUATION

Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri / Term (or Year) Learning Activities Sayı /

Number

Katkı Yüzdesi / Percentage of Contribution (%)

100 1

Ara Sınav / Midterm Examination

Toplam / Total: 1 100

Başarı Notuna Katkı Yüzdesi / Contribution to Success Grade(%): 40

Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri / End Of Term (or Year) Learning Activities Sayı /

Number

Katkı Yüzdesi / Percentage of Contribution (%)

100 1

Final Sınavı / Final Examination

Toplam / Total: 1 100

Başarı Notuna Katkı Yüzdesi / Contribution to Success Grade(%): 60

Etkinliklerinin Başarı Notuna Katkı Yüzdesi(%) Toplamı / Total Percentage of Contribution (%) to Success Grade: 100

Değerlendirme Tipi / Evaluation Type:

(7)

İŞ YÜKÜ / WORKLOADS

Ara Sınav / Midterm Examination 1 2.00 2.00

Final Sınavı / Final Examination 1 2.00 2.00

Derse Katılım / Attending Lectures 14 3.00 42.00

Laboratuvar / Laboratory 14 2.00 28.00

Takım/Grup Çalışması / Team/Group Work 4 4.00 16.00

Rapor Hazırlama / Report Preparation 2 10.00 20.00

Rapor Sunma / Report Presentation 1 3.00 3.00

Bireysel Çalışma / Self Study 15 3.00 45.00

Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma / Individual Study for Mid term Examination 2 10.00 20.00

Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma / Individual Study for Final Examination 2 15.00 30.00

Okuma / Reading 10 2.00 20.00

Rapor / Report 2 3.00 6.00

Laboratuvar Ara Sınavı / Laboratory Midterm Examination 1 2.00 2.00

Laboratuvar Sınavı / Laboratory Examination 1 2.00 2.00

Sayı / Number

Süresi (Saat) / Duration

(Hours)

Toplam İş Yükü (Saat) / Total

Work Load (Hour) Etkinlikler / Workloads

Toplam / Total: 70 63.00 238.00

Dersin AKTS Kredisi = Toplam İş Yükü (Saat) / 30.00 (Saat/AKTS) = 238.00/30.00 = 7.93 ~ / Course ECTS Credit = Total Workload (Hour) / 30.00 (Hour / ECTS) = 238.00 / 30.00 = 7.93 ~

(8)

PROGRAM VE ÖĞRENME ÇIKTISI / PROGRAM LEARNING OUTCOMES

Öğrenme Çıktıları / Learning Outcomes Program Çıktıları / Program

1.1.1 1.1.2 1.1.3 1.1.4 1.1.5 1.1.6 1.1.7 0.Dersler sonunda öğrencilerin Real Time PCR hakkında bilgi

sahibi olabilmeleri / 3 4 4 3 4 5 3

2.Real Time PCR'ın mikrobiyolojide kullanımı hakkında bilgi sahibi

olabilmeleri / 3 3 1 4 3 4 3

3.SYBR Green vb boyaların çalışma prensiplerini öğrenebilme / 4 4 3 5 5 5 4 4.Prob temelli sistemlerin çalışma prensiplerini öğrenebilme / 4 4 3 5 5 5 4

Katkı Düzeyi / Contribution Level : 1-Çok Düşük / Very low, 2-Düşük / Low, 3-Orta / Moderate, 4-Yüksek / High, 5-Çok Yüksek / Very high