Genetik Hastalıklar Tanı Merkezi
Merve BEKTAŞ
merve.bektas@genoks.com.tr www.genoks.com.tr
444 8 732
Türkiye'de Görülen Yaygın Kromozomal Anomalilerin NIFTY Testi (İnvaziv Olmayan Fetal Trizomi Testi) ile Saptanması
SAYLI A1, ARAZ I1, KAHVECI N1, KOKTURK G1, TURE N1, BEKTAS M1, SERIM G1, BILGIN Z1, OZDEMIR D1, AKDENİZ E1
Hızla gelişen ve büyük miktarlarda veri üreten, DNA örneklerinin eş zamanlı analizine olanak tanıyan Yeni Nesil Dizilime (NGS) temelli teknoloji sayesinde, anne kanından fetal DNA (cfDNA) eldesi ile fetal anöploidilerin invaziv olmayan yöntemlerle prenatal teşhisi (NIPT) mümkün olmaktadır.
Noninvazif fetal trizomi testi (NIFTY), MPS teknolojisi ile 2011'den beri klinik olarak uygulanan bir NIPT testidir.
2013-2018 yılları arasında (Nisan ayına kadar), Türkiye'de 17-57 yaşlarında 15.651 gebe kadın örneği üzerinde Nifty Testi çalışılmıştır.
15.279'u negatifti.
372 hastada yüksek risk saptandı.
Yöntem
Kan Örneği Alınması
Plasma Extrasyonu - 2 saat Total DNA Extrasyonu - 3 saat Kütüphane Oluşturma - 1 gün Amplifikasyon & Ölçüm - 1 gün Yeni Nesil Sekanslama - 2 saat Biyoenformatik Analiz - 1 gün Raporlama
Islak lab protokolü (plazma ayırma, DNA izolasyonu, kütüphane hazırlama ve yeni nesil dizileme) Türkiye'de gerçekleştirilirken, dizileme sonuçları BGI (Shenzhen, Çin) tarafından analiz edildi ve raporlandırıldı.
Bulgular
2013-2018 yılları arasında (Nisan'a kadar); toplam 9 duplikasyon mutasyonu (dup (9p24.3-
p11.2,45.76M), dup (8q21.3-q23.3,23M), dup (13q14.11,2.1M), dup (13q33.3-) q34, 1.8) M) -M, dup (13q12.11-q12.12,2.22M) -M, maternal veya fetal dup (21p22.2-p22)
5 delesyon mutasyonu (del (5q14.1-q33.2, 75.35M), del (18q21.31-q23, 22.72M), 1p36 del)
3 diğer kompleks anomaliler (+++), 2 chr2 (+, 19.36) ve 1 Cri Du Chat sendromu bildirilmiştir.
1 del (5q14.1-q33.2, 75.35M)) ve 1 5p Cri Du Chat sendromu dışındaki tüm sendromlar amniyosentez ile doğrulandı.
Sonuç
Bu çalışmanın sonucunda, hasta profiline ve sonuçlara bağlı olarak tıbbi açıdan önemli istatistiksel veriler elde edilirken, NIFTY testinin tercih edilirliğinin yüksek doğruluk, duyarlılık ve özgüllük oranı nedeniyle Türkiye ve yakın ülkelerde diğer biyokimyasal-geleneksel testlere oranla yıl bazında arttığı belirlendi.
NGS teknolojisinin hızlı gelişimi üzerine yapılan daha fazla çalışma ile, bu testler dünya genelinde diğer testler yerine bağımsız birer teşhis testi olarak kullanılabilecektir.
Bu çalışma, Türkiye'de 81 farklı il ve çevre ülkelerden, farklı yaş gruplarındaki gebe kadınlar ile 2013- 2018 yılları arasında (Nisan ayına kadar) gerçekleştirilmiş ve 372 gebede yüksek risk saptanmıştır.
Nifty testi ile fetal anöploidilerin saptanmasına ek olarak, iki hastada maternal kanser saptandı. Bu iki vaka için yapılan çalışmalar ve araştırmalar BGI ve hasta hekimleri ile iletişim halinde devam ediyor.
Analizde Kullanilan Sekans Yöntemi Se50, Her bir çip için yapılan flow-cell miktarı NIFTY test için 1300M reads
BGISEQ500’ün ürettiği data miktarı NIFTY için çip başına 65Gb (ÖRNEK BAŞINA DÜŞEN TEMİZ DATA MİKTARI 677MB) =96 ÖRNEK İÇİN
