YBS’NİN SEÇİLME SAYISI DEĞERLERİNE GÖRE TEST EDİLMESİ

Seçilme sayısı, arama uzayında belirlediğimiz başlangıç popülasyonundan, benzerlik değeri en yüksek olan antikorların sayısını belirtilmektedir. Yukarıda yapılan çalışmalar sonucu ADKDS için en uygun döngü sayısı değeri olarak 50 ve en uygun başlangıç popülasyonu sayısı değeri de 50 olarak belirlenmiştir. Optimum seçilme sayısını belirlemek için ise bazı değerler verilerek her döngü için 30 çalıştırma yapılmıştır. Sonuçlar Çizelge 5.3’te gösterildiği gibidir.

Çizelge 5.3. Başlangıç popülasyon boyutu: 50 Seçilme sayısı: 7, 20, 30, 40 Klonlama faktörü: 5 için değerler.

Başlangıç popülasyon boyutu: 50 Klonlama faktörü: 5

Seçilme Sayısı 7 20 30 40

Döngü Sayısı 50 50 50 50

En Uygun Değer 11,605 11,8738 12,5507 13,725 En Uygun Değerlerin Ortalaması 5,2081 6,88823 6,51573 8,61208 En Uygun Değerlerin Ortancası 4,69603 4,95475 7,82741 9,68583 Standart Sapma 1,55231 3,17417 1,66826 2,18792 Tek Döngü Süresi (sn.) 19,7829 26,8267 30,6981 31,0989 Toplam Döngü Süresi (sn.) 989,145 1341,33 1534,90 1554,94

Çizelge 5.3’te gösterildiği gibi yapılan çalışmada, seçilme sayısı 7 ve 20 verilerek uygulama çalıştırıldığında en uygun değerler arasında yaklaşık %2’lik bir fark oluştuğu görülmektedir. Buna rağmen bu iki çalıştırma arasındaki toplam döngü süresi farkı, yaklaşık olarak 352 sn. dir. Seçilme sayısı 20 ve 30 verildiğinde ise en uygun değerler arasındaki far yaklaşık %6 olarak hesaplanmaktadır. Bu iki çalıştırmanın arasında ise toplam döngü süresi farkı 193,57 sn. olduğu Çizelge 5.3’ten anlaşılmaktadır. Seçilme sayısını 40 alınarak seçilme sayı 30 ile karşılaştırma yaptığımızda ise aralarındaki en uygun değer farkı nın yaklaşık %10 olduğu tespit edilmektedir. Ayrıca aralarındaki toplam döngü süresi farkının ise 20,04 sn. olduğu hesaplanmıştır. Bu hesaplama ile birlikte seçilme sayısı 30 ve seçilme sayısı 40 olarak verilen değerler arasında toplam döngü süresi karşılaştırıldığında, aralarındaki farkın çok yüksek olmadığı ve ADKDS’nin

sonuç verme zamanını çok etkilemediği tespit edilmiştir. Her seçilme sayısına göre yakınsama grafikleri Şekil 5.3’te verilmiştir.

a) Seçilme Sayısı: 7 b) Seçilme Sayısı: 20

c) Seçilme Sayısı: 30 d) Seçilme Sayısı: 40

Şekil 5.3. Başlangıç popülasyon boyutu: 50 Klonlama Faktörü: 5 ve çeşitli seçilme sayıları için uygunluk fonksiyonu yakınsama grafikleri.

Şekil 5.3’te seçilme sayılarına göre YBS’nin en uygun değere yakınsama grafikleri verilmiştir. Şekil 5.3 a)’da seçilme sayısı 7 verilen çalışmada, 42’inci döngüden itibaren en uygun değeri yakaladığı incelenmektedir. Şekil 5.3 b)’de ise 22’inci döngüye kadar yakınsama eğrisinin değiştiği görülmektedir. Seçilme sayısı 30 alındığında ise YBS,

0 10 20 30 40 50 100 101 102 Döngü Say ısı U ygunluk D eğeri 0 10 20 30 40 50 100 101 102 Döngü Say ısı U ygunluk D eğeri 0 10 20 30 40 50 100 101 102 Döngü Say ısı U ygunluk D eğeri 0 10 20 30 40 50 100 101 102 Döngü Say ısı U ygu nl uk D eğ er i

35’inci döngüden sonra uygunluk değerinin değişmediği, Şekil 5.3 c)’de gösterilmiştir. Şekil 5.4 d) incelendiğinde yakınsama eğrisinin değişimi 40’ıncı döngü sayısına kadar devam etmektedir. Döngü sayısı 40-50 arasında YBS aramasını tamamlayarak en uygun değerde sabitlendiği anlaşılmaktadır. Çizelge 5.3’teki veriler ve Şekil 5.3’teki görsel analizin sonucunda YBS seçilme sayısı değerinin en uygun 40 olduğu tespit edilmiştir.

5.4. YBS’NİN KLONLAMA FAKTÖRÜ DEĞERLERİNE GÖRE TEST EDİLMESİ

Klonlama faktörü seçilen en iyi antikorların ne kadar klonlanacağını belirlememize yarayacak olan değerdir. Tasarladığımız ADKDS ‘de, manuel gireceğimiz son değer olan klonlama faktörü, en uygun olarak seçilmeye çalışılmıştır. Optimum klonlama için bazı değerler verilerek her döngü için 30 çalıştırma yapılarak sonucu Çizelge 5.4’te gösterilmekte ve optimum klonlama faktörü değeri bulunmaya çalışılmıştır.

Çizelge 5.4. Başlangıç popülasyon boyutu: 50 Seçilme sayısı: 40 Klonlama faktörü: 5, 4, 10, 20 için değerler.

Başlangıç popülasyon sayısı: 50 Seçilme sayısı: 40

Klonlama Faktörü 4 5 10 20

Döngü Sayısı 50 50 50 50

En Uygun Değer 11,8501 13,725 _{13,5076 13,7878} En Uygun Değerlerin Ortalaması 8,31122 8,61208 8,87236 9,01055 En Uygun Değerlerin Ortancası 9,27076 9,68583 9,97491 _10,0098 Standart Sapma 1,94332 2,18792 2,23443 _2,04378 Tek Döngü Süresi (sn.) 22,7126 31,0989 59,5112

106,707 Toplam Döngü Sayısı (sn.) 1135,63 1554,94 2975,56 5335,35

Çizelge 5.4 incelendiğinde daha önceki çalışmalarda bulunan en uygun döngü sayısı değeri 50, başlangıç popülasyon boyutu 50 ve seçilme sayısı 40 olarak sabit tutulduğunda klonlama faktörü için bazı değerler verilerek en uygun değer aranmaktadır. Klonlama faktörü değeri 4 verildiğinde, klonlama faktörü değeri 5’in en uygun değerine göre %15,8

daha az olduğu bulunmuştur. Ayrıca toplam döngü sayıları arasındaki fark yaklaşık 419 sn. dir. Klonlama faktörü 10 alındığında ise en uygun değerde %0,2‘lik bir düşüş olmuştur. Buna rağmen toplam döngü süresi arasında ki farkta 1420 sn. gibi yadsınamaz derecede yüksektir. Klonlama faktörü 20 alındığında ise klonlama faktörü 10’a göre en uygun değerler arasındaki fark %0,4’lük bir artış sergilemiştir. En uygun değerdeki bu artışın, çok yüksek değer farklılıklarına sebep olmadığı yapılan çalıştırılmalarda gözlemlenmiştir. Buna rağmen toplam döngü süreleri arasındaki fark ise 4199 sn. gibi çok yüksek bir zaman farkı hesaplanmıştır. Bunun sonucunda ise ADKDS’nin çalışma süresinin aşırı derce de arttığı görülmüştür. Klonlama faktörü, benzerliği en yüksek olan antikorların ne kadar çoğaltılacağını gösteren değerdir. Seçilen antikor sayısına yaklaştıkça uygunluk değeri artmaktadır. Buna karşın toplam döngü sürelerininde doğru orantılı olarak arttığı ve ADKDS’nin sonuç verme süresini fevkalade uzattığı Çizelge 5.4’te görülmektedir. Yakınsama grafikleri Şekil 5.4’te verilmiştir.

Şekil 5.4’teki grafikler incelendiğinde Şekil 5.4 a)’da yakınsama eğrisinin 42-50 döngü sayılarında en uygun değere ulaştığı görülmektedir. Buna rağmen Çizelge 5.4 incelendiğinde en uygun değer 11,8501 olduğu anlaşılmaktadır. Şekil 5.4 b) grafiğinde ise YBS aramasını 45-50 döngü sayılarında tamamlayarak en uygun değeri yakalamaktadır. Şekil 5.4 c) grafiğin de gösterilen ise YBS en uygun değeri 43-50 döngü sayılarında tamamlamaktadır. Fakat Çizelge 5.4’e göre klonlama faktörü değeri 10 verildiğinde toplam döngü süresin bir önceki klonlama faktörü değerine göre yüksek artış göstermekte olduğu anlaşılmaktadır. Şekil 5.4 d) uygunluk fonksiyon eğrisinin 48- 50 döngü sayıları arasında en uygun değere ulaştığı görülmektedir.

Bununla birlikte Çizelge 5.4’te verilere dayanılarak en uygun klonlama faktörü değeri olarak 5 alınması ADKDS nin çalışmasını en verimli hale getirmiştir.

a) Klonlama faktörü: 4 b) klonlama faktörü: 5

c) Klonlama faktörü: 10 d) klonlama Faktörü: 20

Şekil 5.4. Başlangıç popülasyonu: 50 Seçilme sayısı: 40 ve çeşitli Klonlama faktörü değerleri için uygunluk fonksiyonu yakınsama grafikleri.