V-Net Modelleri İçin Araştırma Bulguları

V-Net, Fusion V-Net, ETV-Net ve Hibrit V-Net modellerini çalıştırdıktan sonra elde edilen sonuçlar aşağıda ayrıntılı olarak tartışılmıştır. Dört modelin tümü aynı hiperparametrelerle çalıştırılmıştır, ancak hepsinin farklı ağ mimarilerine sahip olduğunu da belirtmekte fayda vardır. Gerçek zemin değerleri ve tümör etiketleri dikkate alınarak böbrekler için zar benzerlik katsayı değerlerini hesaplanmıştır.

Bu bölümde gösterilen sonuçlar, eğitim veri setinden elde edilen beş katlı çapraz doğrulama sonuçlarının ortalamasına göre hesaplanmıştır. Şekil 3.4., beş katlı çapraz doğrulama algoritma şemasını göstermektedir. Her bölüm ayrı ayrı çalıştırılmış ve ortalama doğrulama sonuçları hesaplanmıştır. Bu sayede eğitim aşamasında daha yüksek bir doğrulama hassasiyeti elde edilmesi hedeflenmiştir.

Şekil 3.4. 5 kat çapraz doğrulamalı algoritma şeması

Şekil 3.5. eğitim süresi boyunca elde edilen böbrek ve tümör DSC grafiklerini göstermektedir. Segmentasyonun zorluk seviyesinden dolayı, eğitimin erken aşamalarında dalgalı bir eğri gözlemlenmiştir.

İlerleyen adımlarda DSC değerleri kademeli olarak sabitlenmiş ve istenilen seviyeye ulaşılmıştır. Doğrulama Zar Kaybı çizelgelerinde başlangıçta kısmi dalgalanmalar görülmüş, ancak daha sonra düşük ve makul seviyelerde kalmıştır.

Şekil 3.5. Böbrek ve tümör için zar katsayısı ve kayıp değerleri

Çizelge 3.4. doğrulama ve test sonuçlarından elde edilen DSC katsayılarını göstermektedir. Doğrulama ve test sonuçları, tüm V-Net modellerinin belirli bir başarı oranına ulaştığını göstermiştir. Böbrek segmentasyonu için klasik V-Net modeli, 0.940 DSC katsayısı ile en başarılı sonucu vermiştir. Tümör segmentasyonu için Hibrit V-Net modeli, 0.865'te en yüksek DSC katsayısına ulaşmıştır. Diğer modellere göre daha tutarlı ve daha yüksek bir DSC katsayısı elde eden Hibrit V-Net modeli hem böbrek segmentasyonu hem de tümör tespitinde daha başarılı görünmektedir. Bu sonuçlar, KiTS19 eğitim veri setini kullanarak, tasarlanan ağ mimarisinden elde edilmiştir.

Çizelge 3.4. V-Net modelleri için test ve validation zar benzerlik katsayısı

Böbrek Zar Kats. Tümör Zar Kats. Birleşim Model Zar doğr. Zar test Zar doğr. Zar test Test

V-Net 0,940 0,951 0,919 0,823 0,887

Fusion V-Net 0,861 0,937 0,923 0,835 0,886

ETV-Net 0,925 0,886 0,905 0,818 0,852

Hibrit V-Net 0,937 0,977 0,931 0,865 0,921

Çizelge 3.5. literatürdeki diğer böbrek ve böbrek tümör segmentasyon çalışmalarından elde edilen sonuçların önerilen modelden elde edilen sonuçlarla genel bir karşılaştırmasını göstermektedir.

Veri kümeleri farklı olmasına rağmen, Hibrit V-Net modeli böbrek segmentasyonu hesaba katıldığında DSC katsayısını hesaplamada başarılı görünmektedir. Böbrek ve böbrek tümörü segmentasyonu için önerilen Hibrit V-Net modeli, KiTS19 mücadelesinde 1.olan model ile de karşılaştırılmıştır. Eğitim ve test setleri aynı olmasa da önerilen model böbrek tümör zarı katsayısını hesaplamada özellikle başarılı görünmektedir. Ancak KiTS19 mücadelesindeki 90 test setinin, halka erişimin açık olmadığı özellikle hatırlatılmaktadır.

Çizelge 3.5. Böbrek ve tümör segmentssyon sonuçlarının literatür ile karşılaştırılması.

Şekil 3.6. V-Net modellerinde böbrek segmentasyonu için kullanılan orijinal görüntüleri, maskeleri ve segmentasyon sonuçlarını göstermektedir. V-Net modelleri yüksek eğitim ve test başarısı gösterildiğinden dolayı sonuçlar çok benzer çıkmıştır. Ancak daha ayrıntılı incelendiğinde Hibrit Net modelinin küçük detayları tespit etmede mevcut V-Net modellerinden daha başarılı olduğu ve hibrit V-V-Net modelinde yapılan iyileştirmelerin olumlu sonuçlar verdiği görülmektedir.

Referans Methot Vaka Sayısı Böbrek -Tümör DSC

Tuncer ve Alkan Decision support 100 images 0,893

Cuingnet et al. Random forest Train:233, Test:179 0,97

Zheng et al. CNN+MSL Train:370, Test:78 0,905

Milletari et al. VNet 27(8-fold) 0,856

Chenglong et al. FCN based 27(8-fold) 0,95

Guanyu Yang et al 3DFCN-PPM 140 patients 0,931

Price Jackson et al. CNN 89 images 0,91-0,86

Isensee et al. nnU-Net Train:210, Test:90 0,979-0,854

Birlş. (0,916) Hibrit V-Net V-Net Train:190, Test:20 0.977-0.865

Birlş. (0.921)

Şekil 3.6. Orijinal BT görüntüleri girişi ve onların böbrek segmente çıkış resimleri

Şekil 3.7. V-Net modellerinde renal tümör segmentasyonu için kullanılan orijinal görüntüleri, maskeleri ve segmentasyon sonuçlarını göstermektedir. Sonuçlar V-Net modellerinin böbrek tümörleri için kabul edilebilir bir başarı oranına ulaştığını göstermektedir.

Tümör tespiti için manuel segmentasyon sonuçları ile karşılaştıran hibrit V-Net modeli, birçok durumda keskin çizgilerle çizilse bile ayrıntıları başarılı bir şekilde göstermiştir.

Hibrit V-Net modeli, füzyon V-Net modeli ile entegre edildiğinde kodlayıcı kısmında ve ET V-Net modeli ile kombinasyon halinde kod çözücü kısmında daha başarılı çıktılar üretmiştir.

Şekil 3.7. Orijinal BT görüntüleri girişi ve onların böbrek tümör segmente çıkış resimleri

Böbrek ve tümör segmentasyonunun zor olduğu durumlarda yumuşak dokular için geliştirilen hibrit V-Net modelinin diğer modellere göre daha başarılı sonuçlar vermesi hipotezi destekleniştir. Mevcut V-Net modellerini geliştirerek daha iyi sonuçlar veren bir model tasarlanmıştır.

Füzyon mimarisinden esinlenerek, kodlayıcı fazı iki ayrı kodlayıcı fazı olarak kullanılmış ve kod çözücü fazındaki katmanları kenar özelliklerini yakalamak için birleştirilmiştir.

Sonuç olarak daha iyi performans gösteren bir model elde edilmiştir. Hesaplanan DSC katsayısı sonuçlarından, ResNet ++ bloğunun çıktı üzerindeki etkisi ile modelin küçük detayları bile yakalayabildiği görülmektedir. Ancak hibrit V-Net modelindeki gelişmelere rağmen eğitim ortalama beş gün sürmüştür. Bu modeldeki ek işlem hacmi (ResNet ++

gibi) dikkate alındığında, önerilen modelin mevcut modellerden daha hızlı çalıştığı düşünülebilir. Eğitim süresinin kısaltılması için yeni modellerin oluşturulması ilerideki çalışmalarda mümkün olabilecektir. Ayrıca tam otomatik segmentasyon sistemlerinin, işleme süresi ve segmentasyon sürecindeki hataların tespiti gibi manuel segmentasyon zorlukları göz önünde bulundurulduğunda, mevcut veri kümelerinde daha başarılı olabileceğini görülmektedir.