Os métodos de controlo biológico incluem a utilização de inimigos naturais da espécie vectora (predadores, competidores, parasitóides ou agentes patogénicos) e de produtos biológicos sintetizados pela própria espécie-alvo mas aplicados de forma a induzir alteração do seu desenvolvimento e/ou comportamento. São exemplos destes últimos a aplicação de hormonas juvenis que alteram todo o processo de metamorfose ou de feromonas que interferem com os processos de acasalamento. Os métodos de controlo biológico são considerados uma boa alternativa aos insecticidas devido à não produção de poluição química no ecossistema. O biocontrolo foi mais usado durante o início do século XX, mas com a disponibilidade de químicos como organoclorados
foi sendo gradualmente substituído. Além disso, este biocontrolo é mais complicado de implementar e de manter. Embora considerado um processo naturalista, apesar de a sua manipulação não ser, pode requerer a introdução no habitat de grande número de agentes predadores, parasitas ou patogénicos da espécie-alvo. Para além disso a especificidade dos agentes utilizados nem sempre se restringe às larvas e pupas dos mosquitos vectores de doenças, podendo afectar outros insectos considerados inofensivos e benéficos. O biocontrolo não conduz a uma rápida diminuição de larvas de mosquitos, pode levar vários dias ou mesmo semanas para se obter uma eficácia visível (Service, 1980; Service, 1986; Service, 2008). Numa fase precoce, a criação de modelos de controlo biológico pode ser valiosa na selecção potenciais agentes biológicos e/ou na recolha de dados importantes na definição da eficácia de um agente de controlo biológico, tais como a quantidade de presas ingeridas, tipo de estratégia reprodutiva e que tipo de influencia podem exercer factores extrínsecos como a temperatura. Embora estes modelos sejam comuns em controlo de pragas agrícolas (Finlayson et al., 2010) existem poucos modelos de estudo para o biocontrolo de mosquitos vectores de doenças (Lord, 2007).
Foram desenvolvidas várias estratégias para o controlo de mosquitos através de predadores. Os predadores mais comuns são os peixes, alguns dos quais conseguem sobreviver em águas salinas, podendo ser introduzidos desta forma em habitats salgados. No entanto, maior parte dos peixes são inadequados para meios aquáticos com tendência a secar rapidamente, como é o caso de criadouros típicos de certas espécies (poças de água ou pequenos charcos). Apesar destes predadores reduzirem, nalguns casos, significativamente, o número de larvas, esta estratégia de controlo é mais eficiente quando a espécie-alvo explora um número reduzido de biótopos larvares compostos por grandes colecções de água como lagos ou campos de arroz. Noutros casos, em que a espécie vectora explora um vasto leque de criadouros, peixes larvívoras demonstraram serem ineficazes na redução das densidades da população-alvo. Outros predadores de larvas e pupas, como girinos de sapos e rãs, são considerados ineficientes como agentes de controlo (Service, 1986).
Os parasitóides distinguem-se dos parasitas essencialmente por matarem o seu hospedeiro antes de este ser capaz de se reproduzir. Estes podem ser bons candidatos para o controlo biológico, visto possuírem características desejáveis como a especificidade para uma praga, o facto de se poderem produzir em cultura e de apresentarem, em regra, um ciclo de vida simples. Além disso, os parasitóides têm sido utilizados como modelo para o estudo de factores ecológicos que possam afectar a dinâmica das populações, como por exemplo, a interacção entre diferentes espécies num dado habitat ou mesmo a alteração de parâmetros climatéricos. Como resultado, existe uma vasta literatura na dinâmica hospedeiro-parasitóide, incluindo estudos teóricos para a sua utilização no controlo biológico (Lord, 2007).
Um diverso número de patogénios, tais como os vírus, bactérias, protozoários e fungos, podem causar mortalidade em estados imaturos de mosquito. Existe também diversos nemátodes parasitas que eliminam larvas de mosquitos. O mais promissor para o efeito de controlo e usado comercialmente em grande massa foi Romanomermis culicivorax Ross e Smith, 1976 para uma diversidade de espécies, especialmente em Anopheles albimanusWiedemann, 1821, em El Salvador (Peterson et al., 1978) e na Colômbia (Rojas et al., 1987). De todos os agentes patogénicos usados no controlo larvar de mosquito o mais usado e cuja eficácia está bem documentada é Bacillus thuringiensis var. israelensis Berliner, 1915, frequentemente designado de Bti. Esta bactéria entomopatogénica ao esporular produz uma proteína criatalina, inofensiva para humanos e vida selvagem, mas que quando ingerida pelas larvas de mosquito é activada no tubo digestivo destas, provocando a sua ruptura. Após a ruptura do tubo digestivo a larva deixa de se alimentar, ficando fragilizada e tornando-se uma presa fácil para os predadores. Com a continuação do desenvolvimento da bactéria esta invade outros órgãos da larva, que acaba por perecer por septicémia generalizada. As formulações comerciais de Bti podem conter a proteína e/ou esporos vivos. Estas formulações podem apresentar-se em líquido, grânulos ou em pó. A aplicação de Bti produz reduções significativas das densidades larvares durante as primeiras 24 horas após aplicação. No entanto, devido não haver multiplicação bacteriana, após uma a duas semanas é
frequente ocorrer uma recuperação do número de larvas, obrigando a que o processo tenha ser repetido em diversas aplicações, tal como os larvicidas químicos. Outro patogénico similar, Bacillus sphaericus Meyer e Neide, 1904 mata larvas de mosquitos da mesma gama, mas é mais eficiente em alguns habitats. Este organismo é mais eficaz em meios com poluição orgânica e especialmente contra as espécies Culex. Ambas as espécies de bacilos actuam mais como um insecticida microbiano do que propriamente como um agente biológico que se recicla e se mantém no meio ambiente (Service 1986; Lord, 2007; Service, 2008).
Em comparação ao que acontece com os insecticidas químicos existem poucos casos relatados de resistência ao Bti e B. sphaericus. Alguns destes referem-se a colónias de laboratório, outros a ocorrências em populações naturais. Uma população Culex quinquefasciatus na Tailândia provou ser resistente a B. sphaericus, a apesar de se manter sensível o Bti e existem relatos de uma população de Culex pipiens Linnaeus, 1758, em Nova Iorque, ser resistente ao Bti. Estes estudos demonstram, ao contrário do que vulgarmente se assume, que os mosquitos podem tornar-se resistentes aos agentes bacterianos usados no controlo vectorial (Service, 2008).