MR Görüntülerinin Hacimsel Analizi - MR Görüntülerinin Elde Edilmesi

3. GEREÇ ve YÖNTEM

3.2. MR Görüntülerinin Elde Edilmesi

3.2.2. MR Görüntülerinin Hacimsel Analizi

Sağlık Bilimleri Üniversitesi Ümraniye Eğitim ve Araştırma Hastanesi Radyoloji bölümünde kullanılan ExtremePacs Client programı çalıştırıldı. Tarayıcı bölümünden daha önceden belirlenen hastalara ait MR görüntüleri tarandı. Hastanın T1 görüntüleri seçildi. DICOM formatında export edilerek masa üstünde ayrı bir klasöre kayıt edildi.

3.2.2.1. Mricron

Mricron dosyasının içinden dcm2niigui dosyası açıldı. Dcm uzantılı görüntülerin olduğu klasör dcm2nii uygulamasına sürüklendi. Output format olarak SPM8 (3D NlfTI nii) seçildi. DCM2NII, DICOM görüntülerini, beyin görüntüleme aracı tarafından kullanılan NIfTI formatına dönüştürüldü. Daha sonra NlfTI dosyası winrar dosyasına çevrilerek arşive eklendi.

3.2.2.2. VolBrain

Dünyanın her yerindeki araştırmacıların, MRI verilerinden hacimsel beyin bilgilerini, kendi yerel sitelerinde herhangi bir altyapıya ihtiyaç duymadan otomatik olarak alımının sağlanmasına yardımcı olması amaçlanmıştır.

VolBrain tam otomatik çalışır ve insan etkileşimi olmaksızın beyin yapılarının hacimlerini almayı sağlar. Kullanışlı, kolay ve hızlı bir şekilde volümetrik sonuçlar verir. Sınırlı hesaplama kaynakları tüm kullanıcılar arasında kullanılabilmesi için her kullanıcının günlük olarak gönderebileceği vaka 10 ile sınırlandırılmıştır. Herhangi ticari amaç güdülmemiş olup sistem ücretsizdir.

Uygulama Aşamaları Bilgilendirilmesi

VolBrain, MRI beyin verilerini otomatik olarak analiz etmeyi amaçlayan ve bu analizlerin sonuçlarını edinme yoludur. NIFTI formatında anonimleştirilmiş bir MRI beyin hacmini aldığı ve temel ICC ve dokularının (CSF, GM ve BM) hacimleriyle pdf raporu hazırladığı için kullanıcı açısından kara kutu olarak çalışır. Aynı zamanda beyin yarım küre, beyincik ve beyin sapı gibi bazı makroskopik alanların hacim bilgisini de sağlar. Son olarak, otomatik subkortikal yapı segmentasyonu gerçekleştirilir ve ilgili hacimler ve etiket haritaları sağlanır (Onat 2019).

Manjón ve Coupé‟nin yapmış olduğu çalışmada 50 bireyin globus pallidus, putamen, nucleus caudatus hacimleri manuel olarak ve otomatik ölçüm yapan Freesurfer, FIRST ve VolBrain yöntemleri ile ölçülmüş ve sonuçlar manuel yöntemle karşılaştırılmıştır. VolBrain yönteminin altın standart yöntem kabul edilen manuel yöntem ile en yüksek korelasyon gösterdiği bulunmuştur (Manjon ve Coupe 2016).

Akudjedu ve arkadaşları (2018) 281 kişinin sağ ve sol nucleus caudatus hacimlerini manuel olarak ve otomatik ölçüm yapan Freesurfer, FSL-FIRST ve VolBrain yöntemleri ile ölçmüş ve hacim sonuçlarını manuel yöntemle karşılaştırmıştır. Manuel yöntemle elde edilen hacim sonuçlarının daha büyük olduğunu ve bu farkın her yöntem için istatistiksel olarak anlamlı olduğunu bulmuştur. Ancak çalışmada otomatik yöntemler içerisinde manuel yöntemle en yüksek korelasyon gösteren yöntemin VolBrain yöntemi olduğu sonucuna varmışlardır (Akudjedu ve ark. 2018).

Literatüre bakıldığında altın standart yöntem kabul edilen manuel yöntem ile VolBrain yöntemi bazal ganglionların hacimlerini ölçmede yüksek korelasyon gösterdiği görülmektedir (Karakoyun 2018). volBrain kullanımında izlenen proedür aşağıda özetlenmiştir:

Google aramam motoruna “volbrain” yazılır ve volBrain (Autemated MRI Brain Volumetry System) web sayfasının adresi tıklanır

Resim 3. 1: volBrain (Autemated MRI Brain Volumetry System) web adresi

VolBrain (Autemated MRI Brain Volumetry System) sisteminin kullanılabilmesi için http://volbrain.upv.es adresine gidilip, siteye giriş yapılır. (ErişimTarihi:15.07.2019)

100 Resim 3. 2: volBrain sisteminin “Register” adımı-1

“I agree the terms of use of volBrain.” işaretlendikten sonra “Register” tuşu tıklanarak sisteme üye kaydı e-mail ve şifre kaydı ile hesap aktivasyonu yapılır.

Resim 3. 3: volBrain sisteminin “Register” adımı-2

“Home” sayfasına gidilerek “Login” başlıklı kısımdan e-mail ve şifre kaydı ile sisteme giriş yapılır. “User area” sayfasına giriş yapılır.

101 Resim 3. 4: volBrain sisteminin “User area” adımı

“Submit a job” bölümündeki “1. Select pipeline” kısmından “volBrain 1.0” seçilir. “2. Upload a files” kısmından da dosya olarak winrar dosyası seçilip, isteğe bağlı olarakta yaş ve cinsiyet belirlenerek “Submit” e tıklayarak onaylanır.

Resim 3. 5: volBrain sisteminin “Submit a job” ve “2. Upload a files” adımı

Dosya yüklenmesi tamamlandıktan 5-10 dakika sonra “Status” bölümünden volümetrik sonuçlar alınır. “volBrain Volumetry Report” pdf dosyası açıldığında ölçülen hacimlerin sonuçları cm3_{cinsinden alınır. “MNI space” dosyası tıklandığında}

indirilenler bölümüne doya sıkıştırılmış dosya olarak iner. Dosya açıldığında “report_job” dosyasında ölçülen hacimlerin sonuçları excell dosyası olarak alınır.

102

103

104

Resim 3. 8: Orta evre Alzheimer hastasına ait “volBrain Volumetry Report”

105

106

Resim 3. 10: Kontrol grubu hastasına ait “volBrain Volumetry Report”

Aşağıda “volBrain Volumetry Report” raporundan çalışma kapsamına alınan anatomik veriler listelenmiştir:

• White Matter Volume • Grey Matter Volume • Intracranial Cavity Volume • Cerebro Spinal Fluid Volume • Brain Volume

107 • Cerebrum Total Gray Matter Volume • Cerebrum Total White Matter Volume • Cerebrum Right Volume

• Cerebrum Right Gray Matter Volume • Cerebrum Right White Matter Volume • Cerebrum Left Volume

• Cerebrum Left Gray Matter Volume • Cerebrum Left White Matter Volume • Cerebellum Total Volume

• Cerebellum Right Volume • Cerebellum Left Volume

• Brainstem Volume (Truncus encephali volume) • Lateral Ventricles Total Volume

• Caudate Total Volume • Putamen Total Volume • Thalamus Total Volume • Globus Pallidus Total Volume • Hippocampus Total Volume • Hippocampus Right Volume • Hippocampus Left Volume • Amygdala Total Volume

Belgede Major kognitif bozukluk tanısı alan hastalarda evrelerine göre MR görüntüleri üzerinden hippocampus ve intrakranial oluşumların morfometrik analizi (sayfa 117-127)