bZIP Genlerinin İfade Analizleri

Karpuz gibi farklı bitki dokularına ait bZIP genlerinin ifade profillerini araştırmak için SRA (Okunmuş Dizi Arşivi) veri setleri ile beraber RNA-Seq tekniği kullanılmıştır. Isı haritaları, floem ve vasküler dokularda bZIP genlerinin ekspresyon modellerini ve karpuzun tozlaşma sonrası meyve gelişiminin farklı aşamalarını belirtmek için yapılandırılmıştır. Isı haritasına göre vasküler dokularda ClabZIP-11 ifadesi görülürken, ClabZIP-15 ve ClabZIP-57 ifadesi yalnız floem dokularda gözlemlenmiştir. Diğer taraftan ClabZIP-50 ve ClabZIP-55 genlerinin ifadesi, hem vasküler hem de floem dokularda görülmüştür. İfade modeli, tozlaşmadan sonraki 18. günden sonra ifadesi artan ClabZIP-11 ve ClabZIP-57 genleriyle benzerlik gösterir. Buna ilave olarak, ClabZIP-11 ve ClabZIP-57 genleri de 34. gün meyve gelişim aşamasında ifade modelinde gözlemlenmiştir. Tozlaşma sonrası ve meyve gelişimi olmak üzere iki aşama göz önüne alındığında, ClabZIP-11 ve ClabZIP-57 genlerinin ifade seviyelerinde 18. günden 50. güne kadar yukarı yönlü bir artış gözlemlenmiştir. Bu verilere göre karpuz bZIP genlerinin, kuraklık stresi koşullarında ifade modellerini incelemek amacıyla, ısı haritalarında yüksek ifade seviyesine sahip ClabZIP-11, ClabZIP-15, ClabZIP-50, ClabZIP-55 ve ClabZIP-57 genleri seçilerek gerçek zamanlı PZR ile ifade analizleri yapılmıştır (Şekil 4.9, 4.10).

Şekil 4.8. ‘in devamı

Strese maruz kalmış karpuz kök ve yapraklarından elde edilen gerçek zamanlı PZR verilerine göre, ClabZIP-55 dışındaki tüm genler, yaprak ve kök dokularında strese karşı oluşturulan yanıt olarak ilk 1. saate kadar artış sergileyen bir ifade profili göstermiştir (Şekil 4.8). Bununla birlikte, ClabZIP-11 ve ClabZIP-55 genlerinin ifade seviyeleri kontrol grubu ile karşılaştırıldığında, strese maruz kalan karpuz bitkisinin oluşturduğu yanıtın 12. saati sonrası ifade seviyesinin azaldığı gözlemlenmiştir. Bitkinin strese maruziyetinin 6. saatinde, kök ve yaprak dokularında diğer zamanlara göre ClabZIP-57 geninin en yüksek ekspresyon seviyesine ulaştığı gözlemlenmiştir. Aynı zamanda çalışılan diğer karpuz bZIP genleri ile de kıyaslama yapıldığında strese maruziyetin 6. saatinde ClabZIP-57 geni için en yüksek ekspresyon seviyesi gözlemlenmiştir. Yapılan çalışmada ClabZIP-50 geni dışındaki genlerin, yaprak dokularında maksimum ekspresyon seviyesine ulaştığı belirlenmiştir. Genel olarak yaprak dokusu üzerine yapılan incelemelerde, strese maruziyetin 1., 3. ve 6. saatinde genlerin ekspresyon seviyelerinde bir artış eğilimi görülmüştür. ClabZIp-15 ve ClabZIP-50 genleri haricindeki diğer karpuz kök dokusundaki bZIP genlerinde, 1., 3. ve 6. saatler sonrası ekspresyon seviyelerinde

tekrar bir artış profili çizdikleri görülmüştür. Stresin 1. saatinde ClabZIP-15 ve ClabZIP-50 genlerinin ekspresyon seviyelerinde de artış gözlemlenmiştir.

a. b.

Şekil 4.9. ClabZIP genlerinin (a) döllenme sonrası ve (b) floem ile vasküler dokularda transkriptom analizlerinin karşılaştırılması

Karpuz bZIP genleri ile diğer bitki türlerindeki ortolog genler arasındaki ilişkilerden yola çıkarak, Colletotrichum graminicola ile enfekte olmuş bitkilerde ClabZIP-11’in

ortoloğu olan mısırda (bZIP-62, GRMZM2G00017) bZIP genlerinden birinin ekspresyon profilinde önemli düzeyde azalma gözlenmiştir. Bunun aksi olarak da Fusarium moniliforme ile enfekte olmuş kuraklığa dirençli mısırın (Bt-1) bZIP-62 geninde yukarı yönlü bir ekspresyon profili gözlemlenmiştir (Wei vd., 2012). Yapılan bu çalışmada, biyotik ve abiyotik stres koşullarında ifadesine atfen ClabZIP- 11 geninin meyve gelişimi ve farklı vasküler dokularda olduğu kadar kuraklık stresine yanıt oluşturulurken de ekspresyon seviyesinde artış gözlemlenmiştir. Tohum gelişimi ile ısı stresine (45°C) yanıt oluşturulurken mikroarray ve real time verileri ile ClabZIP-50 geni ve ortoloğu asma VvbZIP-25 (GSVIVT01033531001) genleri ekspresyonu ise yukarı yönlü olarak artış sergilemiştir. Buradan ClabZIP-50 geninin, normal doku gelişiminde ve ısı ve kuraklık stresine karşı yanıt oluşturulmasında rol oynayabileceği sonucuna varılabilir. Salatalık bitkisinde kuraklık stresi altında gerçek zamanlı PZR çalışmaları sonucunda, strese cevap oluşturmak için CsbZIP-06, CsbZIP-08, CsbZIP-12, CsbZIP-15, CsbZIP-29, CsbZIP-30, CsbZIP-44, CsbZIP-53, CsbZIP55 ve CsbZIP59 bZIP genlerinin kök dokularında biriktiği görülmüştür (Baloglu vd., 2014). Karpuz bitkisinde de stresin 1., 3. ve 6. saatlerinde ekspresyon seviyesinde artış gösteren ClabZIP-11 geninin salatalık bitkisine ait CsbZIP-59 geninin ortoloğu olduğu tespit edilmiştir. Bu genlerin bitkinin kuraklık stresine maruziyetinde köklerde toplanması da salatalık bZIP genleri ile benzerdir ve bu benzerlik salatalık, kavun ve karpuz bitkilerinin aynı kabakgiller ailesi üyesi olmalarıyla açıklanabilir. Bununla birlikte salatalık bitkisine ait 1. saat bZIP ekspresyon verilerine ulaşılamaması, karpuz bitkisine ait yanıt mekanizması ile karşılaştırma yapılmasını imkânsız hale getirmiştir. Yapılan çalışmada, kuraklık stresinde ClabZIP genlerinin bitki üzerindeki tepkileri özellikle takip edilmiştir.

5. SONUÇ VE TARTIŞMA

Tüm dünyayı tehdit eden küresel ısınmanın olumsuz etkileri, gün geçtikçe artarak etkisini göstermektedir. Virüs, bakteri, mantar, yabancı otlar ve zararlılar vb. gibi biyotik stres ile tuzluluk, kuraklık, sıcaklık farklılıkları, besin maddelerindeki eksiklikler, ağır metaller, radyasyon, zehirli atıklar, hava ve su kirliliği vb. gibi abiyotik stres faktörleri nedeni ile tarım ürünleri zarar görmekte, kalite ve ürün veriminde düşüşler yaşanmaktadır.

Her geçen gün daha da kalabalıklaşan dünya nüfusuna karşılık, su rezervlerinin azalması, mevcut sularımızın süratle kirletilmesi, tarımsal faaliyetlerde yapılan yanlışlıklar gibi abiyotik ve diğer biyotik etmenler nedeni ile gelecekte gıda kaynaklarının mevcut nüfusun ihtiyaçlarını karşılayamayacağına dair senaryolar gittikçe artmaktadır. Yapılan istatistiklere göre, günümüzde tarım alanlarının en çok zarar gördüğü abiyotik stres faktörü kuraklıktır. Kuraklığı takiben tuzluluk, sıcaklık gibi abiyotik stres faktörleri bitkinin gelişimini durdurmakta ileri safhalarda ürün kayıplarına neden olmaktadır. Tespit edilen tüm bu olumsuzluklara rağmen gıda güvenliğinin sağlanabilmesi ve öngörülen kötü senaryoların gerçekleşmemesi için bitki moleküler genetiği ile ilgili çalışmalara ağırlık verilmesinin ne kadar elzem olduğu yadsınamaz bir gerçektir. Yapılan moleküler çalışmalarla bitkilerin stres faktörlerine karşı direnç kazanmaları amaçlanmaktadır.

Bitkiler üzerindeki biyolojik stres faktörleri üzerinde birçok çalışma yapılmasına rağmen Citrullus lanatus ve Cucumis melo’da abiyotik stresle alakalı genlerin işlevlerini konu alan pek çalışma yapılmamıştır (Carnicer vd., 2011; Peng vd., 2011; Williams vd., 2013; Vicente - Serrano vd., 2014; Kim vd., 2015). Abiyotik stres faktörlerinin karpuz bitkisi üzerindeki etkisi, diğer türlerden biraz daha farklılık göstermektedir. Karpuz bitkisinin, kuraklık şartlarında, muhteviyatındaki suyu kullanarak yapraklarında solma bile olmadan su stresine karşı geliştirmiş olduğu direnç mekanizması sonucu, etkiyi bertaraf etme özelliği vardır. Cucurbitaceae familyasına ait olan karpuz, susuzluk stresine karşı göstermiş olduğu tepkileri bakımından C3 bitkileri için elverişli bir model olmaktadır (Yokota vd., 2002;

Karipçin, 2009; Örs ve Ekinci, 2015). Karpuz ekonomik değerinin çok olması, dışsal stres faktörlerine karşı yanıt mekanizmaları oluşturmasıyla beraber ufak bir genoma sahip olması nedeni ile çalışılabilir bir sebze haline gelmektedir (Güner ve Wehner, 2004; Kim vd., 2015).

bZIP transkripsiyon faktörü ailesi, bitki gelişimi fizyolojik süreçlerinde ve biyotik/abiyotik strese karşı yanıt oluşturulmasında önemli rol oynar. Karpuz genomunda 59 adet ClabZIP transkripsiyon faktörünü kodlayan 11 kromozom üzerine yerleşmiş halde gen tespit edilmiştir. Cucurbitaceae ailesinde bZIP genleri arasındaki evrimsel ilişkileri araştırmak için karpuz ve salatalık bitkilerine ait bZIP protein dizileri birleştirilerek filogenetik ağaç oluşturulmuştur. Cucurbitaceae ailesine ait toplam 198 adet bZIP proteini 10 kümeye ayrılarak filogenetik ağaçta yerini almıştır. Ortolog gen analiz sonuçlarına bakıldığında, en yüksek ortolog bZIP gen sayısının karpuz-Arabidopsis arasında (120 çift) olduğu görülmektedir. Ayrılma zamanlarına göre salatalık ve karpuz bZIP genlerinin, kavak bZIP genlerine daha yakın olduğu gözlemlenmiştir. Mikro-RNA ve hedef gen analizlerine göre, 22 farklı ClabZIP’in miR166 ve 43 farklı ClabZIP geninin de miR169 aile üyeleri tarafından hedeflendiği tespit edilmiştir. Ayrıca qRT-PZR ve RNA-seq verileri ile kuraklık stresi altındaki karpuz bitkilerine ait kök ve yaprak dokularında yanıt oluşturabileceği öngörülen ClabZIP gen ekspresyon modelleri incelenmiştir. Yapılan bu tip gen tanımlama çalışmaları, bitkilerde bZIP protein ailesine ait üyelerin fonksiyonlarını analiz etmek için yeni bakış açıları oluşturabilecektir.

Karpuz genomunda kapsamlı bZIP genlerinin tanımlaması için, BLAST ve Hidden Markov model aramaları kullanılmıştır. Toplamda karpuzda 59 bZIP üyesi gen tespit edilmiştir. Bulunan genlerin tüm tanımlanmış ve korunmuş bZIP aileleri ile doğrulaması yapılarak, Latince adlarına göre karpuz için ClabZIP şeklinde kısaltılarak isimlendirme yapılmıştır. ClabZIP proteinleri, 85 (ClabZIP-44) ile 767 amino asit (ClabZIP-49) içermekte ve moleküler ağırlıkları ise 10 ile 82,8 kDA arasında değişmektedir. ClabZIP protein dizileri, izoelektrik noktaları, kararsızlık endeksi, filogenetik grupları ve fiziksel konumları EK 1’de belirtilmiştir. Tablo incelendiğinde ClabZIP proteinlerinin izoelektrik noktalarının 4,49 ile 11,20 arasında değiştiği, yaklaşık %54’ününse asidik karakter gösterdiği görülmektedir. Yine aynı

tabloda ClabZIP proteinlerinin yalnızca 2 tanesinin kararlı yapıda olduğu görülmektedir. Çeşitli raporlarda, bZIP gen numaralarının genom büyüklüğü ve kromozom sayılarına göre bitki türleri arasında farklılık gösterdiği görülür. Salatalık genomu üzerinde 64 CsbZIP geninin tanımlandığı çalışmada, tahmin edilen karpuz bZIP gen sayıları tutarlılık göstermiştir (Baloglu vd., 2014). Monokotil bitkilerde dikotil bitki genomlarına oranla bZIP gen sayılarının daha fazla olduğu gözlemlenmiştir. Örneğin 170 tane mısırda “Wei vd., 2012”, 131 tane soya fasulyesinde “Liao vd., 2008”, 141 tane arpa “Pourabed vd., 2015”, 96 tane brachypodium “Liu vd., 2015”, 92 tane sorgum “Wang vd.,2011”, 89 tane çeltik “Nijhawan vd., 2008” genomunda bZIP geni bulunurken; dikotil bitki genomlarında bu sayı 55 ile 75 arası bZIP geni arasındadır (Jakoby vd., 2002; Liu vd., 2014). Bu durum monokotil bitkilerdeki genom büyüklüğü, yüksek kromozom sayısı, poliploidi ve duplikasyonlarla açıklanabilir.

Karpuzda yer alan bazı ClabZIP genlerinin dağılımının salatalık bitkisinde yer alan CsbZIP genlerinin dağılımı ile benzerlik gösterdiği gözlemlenmiştir. Örneğin ClabZIP genleri 2. kromozom üzerinde dağılmış, 8, 10 ve 11. kromozomların ise alt ve üst uçları üzerinde toplandığı görülmektedir. Salatalık genomunda da CsbZIP genlerinin farklı kromozomlar üzerinde (2,3 ve 7. kromozom) bulunmasına rağmen benzer gen dizilimi gösterdikleri tespit edilmiştir (Nijhawan vd., 2008).

Farklı türlere ait bitki genomlarında bZIP genlerinin tayini için önceki çalışmalara bakıldığında 4 çift duplikasyona uğramış tandem ve 12 çift duplikasyona uğramış segmental bZIP geninin salatalık bitkisinde bulunduğu görülmüştür (Baloglu vd., 2014). Ayrıca Arabidopsis, sorgum ve çeltikte ortalama 3 çift duplikasyona uğramış tandem gen görülmüştür, bu sonuç karpuz üzerine yapılmış diğer çalışmaların bulgularıyla örtüşmektedir. Duplikasyona uğramış Arabidopsis’e ait 39 çift, sorgum’a ait 49 çift ve çeltik’e ait 52 çift bZIP geni vardır (Wang vd., 2011; Nijhawan vd., 2008 ). Elde edilen bulgulara dayanarak segmental duplikasyon olayları bZIP gen ailesinin gelişmesine neden olabilir. bZIP genlerinin ayrılma zamanı analizine dayanarak en geç ayrılmanın 10-15 MYA arası ortalama ile salatalık ve kavak bZIP genlerine ait olduğu görülmüştür (Baloglu vd., 2014). Karpuz bZIP genlerinin ise salatalık bZIP genlerinden sonra, kavak bZIP genlerinden

farklılaştığı benzer sonucuna ulaşılmıştır. Bunlara ilave olarak, salatalık genomundaki bZIP genleri, 26-38 MYA ile çeltik bZIP genlerinden ayrılırken “Baloglu vd., 2014”, karpuz genomundaki bZIP genleri ise 150-170 MYA mısır ve 155-165 MYA arasında çeltik genomundan ayrılmıştır.

Domates genomundaki SlbZIP1 geninin tuz ve kuraklık stres toleransında ekspresyon artışı ile görev aldığı gözlenmiştir. Benzer şekilde, daha önce domates SlAREB1'in, transgenik domateste yüksek ekspresyon ve gen baskılanması gösterdiği, tuz ve kuraklık toleransının geliştirilmesinde önemli bir rol oynadığı bildirilmiştir (Orellana, vd.,2010). Ayrıca, SlbZIP1 protein, Arabidopsis bZIP-53, Arabidopsis bZIP-53 heterodimerleri ve düşük enerji stresi altında bZIP1 reprogram amino asit metabolizması ile yakın bir homoloğu paylaşır (Dietrich, vd., 2011).

Yapmış olduğumuz karpuz genom çalışmasında Cucurbitaceae familyasında bulunan kavun, karpuz ve salatalık türlerindeki kromozom-kromozom ilişkileri incelenmiştir. Daha önce yapımış çalışmada tüm karpuz genomunun yaklaşık %60’ını kapsayan 3.543 ortolog ilişki tespit edilmiş ve kromozomlar üzerinde karmaşık ve aynı gen üzerinde olmayan yapıların olduğu öne sürülmüştür. Bunun neticesinde, Cucurbitaceae ailesinin bu üç üyesi arasında genlerin yeniden düzenlenmesi ve kromozomal evrim gözlemlenmiştir (Guo vd., 2013). Karpuz ve salatalık bitki türleri arasındaki yüksek ortolog gen oranı nedeniyle bZIP genleri her kromozomda benzer diziliş modeli gösterir.

Yapılan çalışma ve biyoinformatik analizler neticesinde ulaşılan bilgilerin, kuraklık stresine karşı oluşturulan yanıtta rol oynayan genetik faktörlerin tanımlanmasında etkili olabileceği varsayılmaktadır.

Karpuz bitkisinde yapılan bu çalışmada, bZIP protein ailesi üyelerinin genom üzerindeki yayılışları, farklı bitki türleri arasındaki ortolog ilişkileri, üç boyutlu yapı tahminleri, soy ağacı incelemeleri, korunmuş motifleri ve biyolojik fonksiyonları tanımlanmıştır. Ayrıca veri tabanlarında yer alan gen ekspresyon analizleri incelenmiş, sonrasında Citrullus lanatus’ta kuraklık stresi altında bazı bZIP genlerinin ekspresyon profilleri analiz edilerek, bu genlerin kuraklık stresi ile alaka

düzeyleri incelenmiştir. Yapılan analizler neticesinde, bZIP gen ailesinin karakterizasyonu yapılmış olup elde edilen veriler, kuraklık stresi altındaki bZIP proteinlerinin Citrullus lanatus’taki işlevlerinin açıklanmasına katkı sağlayabilir. Ayrıca moleküler ıslah çalışmaları için, bulunan bZIP genlerinden kuraklık stresine karşı dirençli ve duyarlı uygun gen kombinasyonuna sahip klonların tespitinde yaralanılabilir. Bu çalışmanın, kuraklık stresi altında gen ifadesi artan bZIP genlerinin tespiti ile gelecekte yapılabilecek işlevsel klonlama çalışmalarında yani strese karşı daha dirençli bitkilerin elde edilmesinde de yol gösterici olabileceği düşünülmektedir.

KAYNAKLAR

Ahuja, I., Vos, R.C., Bones, A.M., Hall, R.D. (2010). Plant molecular stress responses face climate change. Trends Plant Science, 15, 664-674.

Akgün, M (2017): http://www.haberturk.com/saglik/haber/1544004-karpuz-kanse ri-onluyor. (Erişim tarihi:16 Şubat 2018).

Ambros, V., Chen, X.M. (2007).The Regulation of Genes And Genomes by Small RNAs. Development, 134, 1635-1641. doi:10.1242/dev.002006

Andersen, M. N., Jensen, C. R., Lösch, R., 1992. The interaction effects of potassium and drought in field-grown barley. 1. Yield, water-use efficiency and growth. Acta Agric. Scand. Sect. B Soil Plant Sci. 42, 34–44.

Anyia, A.O., Herzog, H., (2004). Genotypic variaiton in drought performance and recovery in cowpea under controlled environment. J. Agro.& Crop Sci. 190; 151-159.

Ansorge, W.J. (2009). Next-generation DNA sequencing techniques. New Biotechnology, 25(4), 195-203.

Aras, S., Soydam-Aydın, S., Fazlıoğlu, A., Cansaran-Duman, D., Büyük, İ., Derici., K. (2015). Bitkilerde RNA interferans. Türk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi, 72(3), 255 – 262. DOI ID : 10.5505/TurkHijyen.2015.13285

Baena-Gonzalez, E., Rolland, F., Thevelein, J. M. & Sheen, J. (2007). A central integrator of transcription networks in plant stress and energy signalling.

Nature 448, 938- 42,

doi:http://www.nature.com/nature/journal/v448/n7156/suppinfo/nature06069 _S1.html

Bai Y., Zhu W., Hu X., Sun C., Li Y., Wang D., Wang Q., Pei G., Zhang Y., Guo A., Zhao H., Lu H., Mu X., Hu J., Zhou X., Xie C.G. (2016). Genome-Wide Analysis of the bZIP Gene Family Identifies Two ABI5- Like bZIP Transcription Factors, BrABI5a and BrABI5b, as Positive Modulators of ABA Signalling in Chinese Cabbage. PloS one 11, e0158966, doi:10.1371/journal.pone.0158966

Bailey, T. L., Elkan, C. (1994). Fitting a mixture model by expectation maximization to discover motifs in biopolymers. Proceedings of the Second International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, AAAI Press, Menlo Park, California, 28–36.

Bailey, T. L. , Boden M., Buske F.A., Frith M., Grant C.E., Clementi L., Ren J., Li W.W., Noble W.S. (2009). MEME Suite: tools for motif discovery and

Baloglu, M. C. (2014). Genome-wide in silico identification and comparison of Growth Regulating Factor (GRF) genes in Cucurbitaceae family. Plant Omics 7, 260-270

Baloğlu, M. C., Eldem, V., Hajyzadeh, M., Unver, T. (2014). Genome-wide Analysis of the bZIP Transcription 1 Factors in Cucumber. PLoS ONE, 9(4), e96014 DOI:10.1371/journal.pone.0096014

Bartel, D.P. (2004). MicroRNAs: genomics, biogenesis, mechanism, and function. Cell Press, Cell vol. 116(2), 281 – 297.

Beringer H, Trolldenier G., 1978. Influence of K nutrition on response to environmental stres. Proc.int workshop “Role of K in crop production” Cairo, 20-22 Nov 1979, pp.115-124, Eds. A. Saurat and M. M. El Fouly.

Berman, H.M., Westbrook, J., Feng, Z., Gilliland, G., Bhat, T.N., Weissig, H., Shindyalov I.N., Bourne P.E. (2000). The protein data bank. Nucleic Acids Res., 28, 235-242.

Bhargava, S., Sawant, K. (2013). Drought stress adaptation: metabolic adjustment and regulation of gene expression. Plant Breed., 132, 21-32.

Boyacıgil, Ş. (2012). Miyeloproliferatif Neoplazilerde (Mpn) Jak2 ve Mpl Gen Mutasyonlarının Patoloji Arşiv Materyalleri Kullanılarak Saptanmasında Yeni Nesil Dizileme Teknolojilerinin Yeri Yüksek Lisans Tezi, Ankara Üniversitesi Biyotenoloji Enstitüsü. Ankara.

Boyer, J.S. (1982). Plant productivity and environment. Science, 218, 443-448. Bustin, S. A. (2002). Quantification of mRNA using real-time reverse transcription

PCR (RT-PCR): trends and problems. Journal of Molecular Endocrinology, 29, 23–39.

Bustin, S.A., Mueller, R. (2005). Review: Real-time reverse transcription PCR (qrt- pcr) and its potential use in clinical diagnosis. Clinical Science, 109, 365-379. Büyük, İ., Aydın, S. ve Aras, S. (2012). Bitkilerin Stres Koşullarına Verdiği Moleküler Cevaplar. Türk Hijyen ve Deneysel Biyololoji Dergisi, 69(2), 97- 110.

Byrne, M. E. (2006). Shoot Meristem Function and Leaf Polarity: The Role of Class

III HD– ZIP Genes. PLOS Genetics 2, e89,

doi:10.1371/journal.pgen.0020089

Caraux, G. & Pinloche, S. (2005). PermutMatrix: a graphical environment to arrange gene expression profiles in optimal linear order. Bioinformatics (Oxford, England) 21, 1280-1281, doi:10.1093/bioinformatics/bti141

Carnicer, J., Coll, M., Ninyerola, M., Pons, X., Sánchez, G., Peñuelas, J. (2011). Widespread crown condition decline, food web disruption, and amplified tree mortality with increased climate change-type drought. The Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA, 108, 1474–1478.

Chen, X., Guo, R., Huang, L. and Hong, R., (2002). Evolutionary conservation and DNA binding properties of the Ssh7 proteins from Sulfolobus shibatae, Science China C. Life Sci., 45(6), 583-592.

Chen, Y., Cao, J. (2014). Comparative genomic analysis of the Sm gene family in rice and maize. Gene, 539, 238–249.

Chezen, O., Hartwig, W., Newman, P. M. (1995). The Differ-ent Effects of PEG- 6000 and NaCl on Leaf Development Are Associated with Differential Inhibition of Root Water Transport, Plant Cell, Vol. 18, No. 7, 727-735. doi:10.1111/j.1365-3040.1995.tb00575.x

Chinnusamy, V., Zhu, J.K. (2009). Epigenetic regulation of stress responses in plants. Current Opinion in Plant Biology, 12, 1-7.

Chou, Q., Russell, M., Birch, D.E., Raymond, J., Bloch, W. (1992). Prevention of pre-PCR mis-priming and primer dimerization improves low-copy-number amplifications, Nucleic Acids Research, 7, 1717-1723.

Clavel, D., Drame, N.K., Roy-Macauley, H., Braconnier, S., Laffray, D., (2005). Analysis of Early Responses to Drought Associated with Field Drought Adaptation in four Sahelian Groundnut (Arachis hypoganea L.) Cultivars. Environmental and Experimental Botany. 54: 219-230.

Ciarmiello, L. F., Woodrow, P., Fuggi,A.,Pontecorvo, G., Carillo, P. (2011). Abiotic Stress in Plants- Mechanisms and Adaptations. Prof. Arun Shanker (Eds.), Plant Genes for Abiotic Stress (pp. 283- 308). Croatia: InTech.

Ciceri, P., Locatelli, F., Genga, A., Viotti, A. & Schmidt, R. J. (1999). The Activity of the Maize Opaque2 Transcriptional Activator Is Regulated Diurnally. Plant physiology 121, 1321-1327

Conesa, A. & Götz, S. (2008). Blast2GO: A Comprehensive Suite for Functional Analysis in Plant Genomics. International Journal of Plant Genomics 2008, 12, doi:10.1155/2008/619832

Costa-França, M. G., Pham-Thi, C. A. T., Pimentel, R. O. P., Rossiello, Y., Fodil, Z., Laffray, D., (2000). Differences in growth and water relations among Phaseolus vulgaris cultivars in response to induced drought stress, Environ. Exp. Bot. 43: 227–237.

Cushman, J.C. Bohnert, H.J. (2000). Genomic approaches to plant stress tolerance. Current Opinion in Plant Biology, 3, 117-24.

Çakar, A. (2013). Kefir Florasındaki Mikrobiyal Çeşitliliğin Yeni Nesil Dizileme Yöntemi İle Metagenomik Olarak İncelenmesi Yüksek Lisans Tezi, İstanbul Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü. İstanbul.

Çelik-Altunoğlu, Y., Baloğlu, P., Yer, E.N., Pekol, S., Baloğlu, C.M. (2016). Identification and expression analysis of LEA gene family members in cucumber genome. Journal of Plant Growth Regulation. DOI: 10.1007/s10725-016-0160-4

Çelik-Altunoğlu, Y., Baloğlu, M. C., Baloglu, P., Yer, E. N. & Kara, S. (2017). Genome-wide identification and comparative expression analysis of LEA genes in watermelon and melon genomes. Physiology and Molecular Biology of Plants, doi:10.1007/s12298-016-0405-8

Çırak, C., Esendal E. (2006). Soyada kuraklık stresi. Ondokuz Mayıs Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, 21(2), 231-237.

Çoruh, C., Shahid, S. and Axtell, M.J. (2014). Seeing the forest for the trees: annotating small RNA producing genes in plants. Current opinion in plant biology, 18, 87-95.

Dai, X. & Zhao, P. X. (2011). psRNATarget: a plant small RNA target analysis server. Nucleic Acids Research 39, W155-W159, doi:10.1093/nar/gkr319 Dietrich K, Weltmeier F, Ehlert A, Weiste C, Stahl M, Harter K, Dröge-Laser W.

(2011). Heterodimers of the Arabidopsis transcription factors bZIP1 and bZIP53 reprogram amino acid metabolism during low energy stress. Plant Cell. 2011;23(1):381. doi: 10.1105/tpc.110.075390

Doğancı, E. (2018). Farklı Su Kabağı (Lagenaria Siceraria) Genotiplerinin Azot Etkinlik Bakımından Agronomik, Fizyolojik Ve Morfolojik Karakterizasyonu Ve Karpuza Anaçlık Potansiyellerinin Belirlenmesi (Yüksek Lisans Tezi). Erciyes Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü.158 S. Kayseri

Dolferus, R. (2014). To grow or not to grow: A stressful decision for plants. Plant Science, 2229, 247-261.

Dönmez, D., Şimşek Ö., Aka Kaçar, Y. (2015). Yeni Nesil DNA Dizileme Teknolojileri ve Bitkilerde Kullanımı. Türk Bilimsel Derlemeler Dergisi, 8 (1), 30-37.

Duque, A.S., Almeida, A.M., Silva, A.B., Silva, J.M., Farinha, A.P., Santos, D., Fevereiro P., de Sousa Araújo S. (2013). Abiotic Stress Responses in Plants: Unraveling the Complexity of Genes and Networks to Survive. Kourosh