A Plataforma de Sequenciamento Ilumina (http://www.illumina.com/) reduz a complexidade e os custos do sequenciamento, além de ter aumentada a sensibilidade na busca de transcritos pouco expressos. Uma corrida nesta plataforma gera aproximadamente 10 Gb de sequências gênicas por canal com tamanho médio de 100 pb. A tecnologia é baseada no conceito de sequenciamento através da síntese (SBS). Após o isolamento de RNA mensageiro e a construção de bibliotecas de cDNA, milhões de fragmentos fita-simples são ligados a
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adaptadores universais. Uma plataforma de micro emulsão é utilizada para ligar estes fragmentos à superfície laminar sólida e opticamente transparente que contém oligonucleotídeos complementares aos adaptadores das amostras de DNA. A hibridização dos fragmentos de DNA das amostras com os fixados na superfície sólida ocorre através da variação de temperatura da emulsão, e possibilita a extensão da cadeia original de DNA através de uma polimerase termoestável via um sistema de PCR chamado Bridge-PCR. Isso resulta na formação de milhões de clusters de DNA, onde cada cluster contém mais de 1000 cópias. Os membros de cada cluster são sequênciados através da utilização de uma polimerase e quatro nucleotídeos marcados com diferentes fluoróforos. A inativação química da extremidade 3’ garante que apenas uma base nucleotídica seja acrescentada à cadeia de DNA inicial por ciclo. A incorporação de bases nucleotídicas é acompanhada por um sistema de captação de imagem que possibilita identificar qual fluoróforo foi incorporado em cada cluster. Uma etapa de remoção do fluoróforo e desbloqueamento da extremidade 3’ possibilita uma nova extensão da cadeia no próximo ciclo (Mardis, 2008). O pequeno tamanho médio das sequências geradas por Illumina é compensado pela alta redundância no sequenciamento que produz ampla cobertura. A sobreposição de sequências múltiplas é então utilizada para a confirmação da acuidade da sequência, que é extremamente necessária para detecção de mutantes ou polimorfismos de sequência. Recentemente, um estudo usando o Illumina RNAseq, conduzido em raízes de Aegilops variabilis em resposta à infecção de Heterodera avenae Wollenweber, 1924 possibilitou a descoberta de genes, e o entendimento dos mecanismos moleculares relacionados ao nematoide das galhas (Xu et al., 2012).
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