ANKARA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ
DOKTORA TEZİ
ANKARA İLİ AYAŞ, BEYPAZARI VE NALLIHAN İLÇELERİNDEKİ DOMATES FİDELİKLERİNDE ÇÖKERTEN HASTALIĞINA NEDEN OLAN BAZI FUNGAL
PATOJENLERE KARŞI PATOJEN OLMAYAN PSEUDOMONASLARIN ETKİSİNİN BELİRLENMESİ
AYŞE AŞKIN
BİTKİ KORUMA ANABİLİM DALI
ANKARA 2008
Her hakkı saklıdır
ÖZET Doktora Tezi
ANKARA İLİ AYAŞ, BEYPAZARI VE NALLIHAN İLÇELERİNDEKİ DOMATES FİDELİKLERİNDE ÇÖKERTEN HASTALIĞINA NEDEN OLAN BAZI FUNGAL
PATOJENLERE KARŞI PATOJEN OLMAYAN PSEUDOMONASLARIN ETKİSİNİN BELİRLENMESİ
Ayşe AŞKIN Ankara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Bitki Koruma Anabilim Dalı
Danışman: Prof. Dr. Zekai KATIRCIOĞLU
Ankara ili Ayaş, Beypazarı ve Nallıhan ilçelerindeki domates fideliklerinde çökertene neden olan önemli fungal etmenler belirlenerek, bu patojenlere karşı, patojen olmayan Pseudomonaslar kullanılarak, sera ve tarla koşullarında biyolojik mücadele çalışmaları yapılmıştır.
Bölgede çökerten oluşumunda etkili funguslar olarak Pythium spp., Rhizoctonia solani ve Fusarium spp. tespit edilmiştir. Yetmiş adet patojen olmayan Pseudomonas izolatı saksılarda P. deliense ve R. solani’ ye karşı denenmiştir. Bu bakterilerin fosforu çözme etkileri Ulusal Botanik Araştırma Enstitüsü fosfat gelişme ortamı (NBRIP)’ nda belirlenmiştir. Bu denemeler sonunda seçilen 12 adet bakteri izolatı tarlada uyarılmış dayanıklılık yetenekleri yönünden testlenmiş ve domates verimine etkileri belirlenmiştir. Bunun yanında, farklı bakteri doz ve uygulama şeklinin hastalık çıkışı ve fide boyuna etkisi incelenmiştir.
Farklı mekanizmaları kullanarak etkili olan 10, 11, 23, 32 ve 44 nolu patojen olmayan Pseudomonas izolatları, saksı koşullarında çökertene neden olan P. deliense ve R.
solani’ ye karşı % 50’ nin üzerinde etki göstermişlerdir. Bu bakteri izolatlarından 23 ve 44 nolu izolatlar korumayı, tarla koşullarında ortaya çıkan domateste kök çürüklüğü (Sclerotinia minor) ve yaprak yanıklığı (Alternaria solani) hastalıklarına karşı da devam ettirmişlerdir. Ayrıca 44 nolu izolat domateste verim artışında da etkili olmuştur.
Temmuz 2008, 105 sayfa
Anahtar Kelimeler: Domates, çökerten, Pythium spp., P. deliense, Rhizoctonia solani, Fusarium spp., patojen olmayan Pseudomonas, biyolojik mücadele
ABSTRACT Ph. D. Thesis
THE EFFECTS OF NON-PATHOGENIC PSEUDOMONADS ON DAMPING- OFF OF TOMATO SEEDLINGS CAUSED BY SOME FUNGAL PATHOGENS
IN ANKARA PROVINCE Ayşe AŞKIN Ankara University
Graduate School of Natural and Applied Sciences Department of Plant Protection
Supervisor: Prof. Dr. Zekai KATIRCIOĞLU
In this study, important fungal pathogens which causing damping-off disease on tomato seedlings were determined in Ayaş, Beypazarı and Nallıhan districts of Ankara province. Biological control studies of these pathogens were conducted by using non pathogenic Pseudomonads under greenhouse and field conditions.
Pythium spp., Rhizoctonia solani ve Fusarium spp. caused damping-off on tomato seedlings in these region. Non pathogenic Pseudomonads (70) were tested for their antagonistic activity in pot trials against P. deliense and R. solani. The effect of phosphate solubilizing was screened on National Botanical Research Institute’s phosphate growth medium (NBR1P). At the end of these trials, the most effective twenty isolates selected among the non pathogen pseudomonads were tested for induced systemic resistance mechanism against these pathogens and for yield of tomato under field conditions in two locations. Meanwhile, different bacteria doses and ways of application were tested for disease control and plant growth (cm).
Five Pseudomonad isolates (10, 11, 23, 32 and 44), having different control mechanisms, showed above 50 % efficacies in controlling damping-off in pots. Two of these bacterial isolates also affected root rot (Sclerotinia minor) and downy mildew (Alternaria solani). Addiotinally, isolate 44 increased yield of tomato.
July 2008, 105 pages
Keys Words: Tomato, damping-off, Pythium spp., P. deliense, Rhizoctonia solani, Fusarium spp., non pathogenic Pseudomonads, biological control
TEŞEKKÜR
Ankara İli domates fideliklerinde çökerten hastalığına neden olan önemli fungal patojenlere karşı patojen olmayan Pseudomonasları kullanarak biyolojik mücadele çalışmaları yapmayı amaçlayan bu araştırmam boyunca yakın ilgi ve önerileri ile beni yönlendiren danışman hocam Sayın Prof. Dr. Zekai KATIRCIOĞLU (Ankara Üniversitesi Ziraat Fakültesi) ve tez izleme komitesi üyeleri Sayın Prof Dr. Salih MADEN (Ankara Üniversitesi Ziraat Fakültesi) ve Sayın Prof. Dr. Ruhsar YANMAZ’a (Ankara Üniversitesi Ziraat Fakültesi) teşekkür eder, saygılar sunarım.
Çalışmalarım süresinde her türlü olanağı sağlayan Sayın Dr. Ali TAMER’e, istatistiki sonuçların hesaplanmasında yardımcı olan Dr. Numan BABAROĞLU’ na, Pythium deliense teşhisini yapan Sayın Doç Dr. Gürsel Karaca (Hatat)’ ya (Süleyman Demirel Üniversitesi Ziraat Fakültesi), yardım ve ilgilerini gördüğüm, Sayın Muazzez ÇELİK, Sayın Dr. Aydan ARAZ, Sayın Uzm. Sirel OZAN ve Sayın Dr. Üftade GÜNER’e, Ankara Zirai Mücadele Merkez Araştırma Enstitüsü elemanlarına ve çalışmalarım süresince manevi desteklerini esirgemeyen arkadaşlarıma ve aileme en derin duygularla teşekkür ederim.
Ayşe AŞKIN
Ankara, Temmuz- 2008
İÇİNDEKİLER
ÖZET……… i
ABSTRACT………... ii
TEŞEKKÜR………. iii
SİMGELER VE KISALTMALAR DİZİNİ vi ŞEKİLLER DİZİNİ……… vii
ÇİZELGELER DİZİNİ………... ix
1. GİRİŞ……… 1
2. KAYNAK ÖZETLERİ……… 8
3. MATERYAL YÖNTEM………. 22
3.1 Materyal ……….. 22
3.1.1 Araştırmada kullanılan bakteri ve funguslar………. 23
3.1.2 Araştırmada yararlanılan bitki ve yetiştirme ortamları …..….. 23
3.1.3 Araştırmada kullanılan besiyerleri………... 25
3.2 Yöntem……….. 26
3.2.1 Çalışmada kullanılacak patojen izolatların belirlenmesi…….... 26
3.2.2 Patojen olmayan Pseudomonaslar’ la ilgili çalışmalar……….... 29
3.2.2.1 Bakterilerin izolasyonu………... 29
3.2.2.2 Tütünde aşırı duyarlılık testi………..… 29
3.2.2.3 Patojen olmayan bakterilerin fosforu çözme etkisi……….. 30
3.2.2.4 Patojen olmayan Pseudomonas izolatlarının saksı koşullarında çökerten etmeni patojenlere karşı etkileri……….. 30
3.2.2.5 Tarla denemeleri……….. 31
3.2.3 Hastalık değerlendirmesi……… 32
4. ARAŞTIRMA BULGULARI……….. 34
4.1 Çökerten Etmeni Patojenlerin İzolasyonu………. 34
4.2 İzolatların Patojeniteleri……….. 36
4.2.1 Agar ortamında……… 36
4.2.2 Saksılarda yetiştirilen bitkilerde………. 38
4.3 Patojen Olmayan Pseudomonasların İzolasyonu……….. 42
4.4 Tütünde Aşırı Duyarlılık Testi……… 43
4.5 Patojen Olmayan Bakterilerin Fosforu Çözme Etkisi………….. 44
4.6 Patojen Olmayan Pseudomonas İzolatlarının Çökerten Etmeni Patojenler Karşı Etkileri……… 45
4.6.1 Patojen olmayan Pseudomonas izolatlarının Pythium deliense’ ye karşı etkileri………..… 46
4.6.2 Patojen olmayan Pseudomonas izolatlarının Rhizoctonia solani’ ye karşı etkileri ………... 54
4.6.3 Bakteri izolatlarının P. deliense+ R. solani’ ye karşı etkileri………. 60
4.6.4 P. deliense ve R. solani’ ye karşı etkili bakteri izolatı için en .uygun uygulama dozu ve uygulama şeklinin belirlenmesi…….. 62
4.7 Tarla Denemeleri……….. 67
4.7.1 Bakteri izolatlarının fide boylarına etkisi………..…... 68
4.7.2 Bakteri izolatlarının tarla koşullarında kök çürüklüğü hastalıklarına karşı etkileri………... 69
4.7. 3 Bakteri izolatlarının tarla koşullarında yaprak
hastalıklarına karşı etkileri……….... 72 4.7.4 Bakteri izolatlarının domateste meyve verimine etkileri………. 73
5. TARTIŞMA VE SONUÇ………. 75
KAYNAKLAR………. 84 EKLER………. 92 Ek 1 Ankara İli Ayaş, Beypazarı ve Nallıhan İlçelerindeki Fideliklerden Alınan Domates Çeşitleri, Örnek sayısı, İzole Edilen Funguslar, Gelişme
ve Saklama Ortamları ……… 93
Ek 2 Patojen olmayan Pseudomonas izolatlarının elde edildiği ilçe, yer,
çeşit ve tarih………. 96
Ek 3 Fusarium spp. izolatlarının elde edildikleri çeşitleri hastalandırma
şiddetleri ………... 98
Ek 4 R. solani izolatlarının elde edildikleri çeşitleri hastalandırma
şiddetleri ………... 99
Ek 5 Pythium spp. izolatlarının elde edildikleri çeşitleri hastalandırma
şiddetleri ………... 100
Ek 6 Patojen olmayan pseudomonas izolatlarının fosforu çözebilme etkilerini belirlemek üzere NBR1P ortamı kullanılarak yürütülen petri denemelerinde oluşan hale ölçümleri. ………. 101 ÖZGEÇMİŞ………. 104
SİMGELER ve KISALTMALAR DİZİNİ
cm Santimetre CMA Corn meal agar da Dekar
g Gram
f.sp. Form speciales
ISTA Uluslararası Tohum Test Birliği kg Kilogram
mg Miligram ml Mililitre µg Mikrogram NA Nutrient agar
NBY Nutrient broth yeast extract nm Nanometre
NUV Yakın ultraviyole ışık PDA Patates dextrose agar ppm Parts per million PSA Patates sakkaroz agar rpm Rounds per minute
TWA Chloramphenicol içeren su agarı UV Ultraviyole ışık
WA Su agarı
ŞEKİLLER DİZİNİ
Şekil.3.1 Patojen olmayan Pseudomonasların izole edildiği
fidelik örneği……….. 22
Şekil.3.2 Çökerten belirtisi gösteren domates fidesi……….. 26 Şekil 3.3 Çökerten etmeni fungusların agar ortamı inokulasyon
tekniği sonucu göstermiş oldukları patojenite a) P. deliense, b). R solani ……….
27 Şekil.4.1 Çökerten etmeni fungusların mikroskobik görüntüleri…… 36 Şekil 4.2 Agar ortamı inokulasyon tekniği sonucu F. culmorum’ un
göstermiş olduğu patojenite………. 38 Şekil.4.3 P. deliense izolatının (30d), joker domates çeşidinde
meydana getirdiği çökerten zararı………... 40 Şekil 4.4 R. solani izolatının (2), 73-14 domates çeşidinde meydana
getirdiği çökerten zararı……….. 41 Şekil 4.5 Patojen olmayan bakteri izolatları ile yapılan tütün
(Nicotiana tabacum) testi……….. 43 Şekil.4.6 Patojen olmayan Pseudomonas izolatlarının fosforu
çözebilme etkilerini belirlemek üzere NBRIP ortamı kullanılarak yürütülen petri denemesinde 19 ve 46 nolu
bakteri izolatı tarafından oluşturulan şeffaf zon.…………... 45 Şekil 4.7 Patojen olmayan Pseudomonas izolatlarının tohum
uygulamasından sonra, P. deliense ile inokuleli bitkilerdeki
hastalık durumu……… 47
Şekil 4.8 Patojen olmayan Pseudomonas izolatlarının tohum
uygulamasından sonra, P. deliense ile inokuleli bitkilerdeki
gelişim durumu………. 47
Şekil 4.9 Patojen Olmayan Pseudomonas izolatlarının
tohum uygulamasından sonra, P. deliense ile inokuleli
bitkilerdeki hastalık durumu. …... 50 Şeki 4.10 Patojen olmayan Pseudomonas izolatlarının tohum
uygulamasından sonra, P. deliense ile inokuleli bitkilerdeki
gelişim durumu……….. 50
Şekil4.11 Patojen Olmayan Pseudomonas izolatlarının
tohum uygulamasından sonra, P. deliense ile inokuleli
bitkilerdeki hastalık durumu………... 52 Şekil 4.12 Patojen Olmayan Pseudomonas izolatlarının
tohum uygulamasından sonra, P. deliense ile inokuleli
bitkilerdeki hastalık durumu………... 54 Şekil 4.13 Patojen olmayan Pseudomonas izolatının tohum
uygulamasından sonra, R. solani ile inokuleli bitkilerdeki
hastalık durumu……… 56
Şekil 4.14 Bakteri izolatlarının tohum uygulamasından sonra,
R.solani ile inokuleli bitkilerdeki hastalık durumu…………
58 Şekil 4.15 Bakteri izolatlarının tohum uygulamasından sonra,
R. solani ile inokuleli bitkilerdeki hastalık durumu………... 60
Şekil 4.16 Deneme sonunda 32 nolu Patojen Olmayan Pseudomonas izolatının tohum uygulamasından sonra, P. deliense+
R.solani ile inokule edilen bitkilerdeki hastalık durumu…...
62 Şekil 4.17 Deneme sonunda 44 nolu Patojen Olmayan Pseudomonas
izolatının tohum uygulamasından sonra, P. deliense+
R.solani ile inokule edilen bitkilerdeki hastalık durumu….. 62 Şekil.4.18 Toprağa 108.ve tohuma 109 dozlarında uygulanmış
73-14 çeşidi domates bitkisi……….. 64 Şekil 4.19 Tohum + toprağa 108.ve toprağa 109 dozlarında
uygulanmış joker çeşidi domates bitkisi……….. 66 Şekil 4.20 Üretici koşullarında bakteri uygulaması yapılmış
domates bitkilerinin yer aldığı domates fideliği………. 67 Şekil 4.21 Üretici koşullarında bakteri uygulaması yapılmış
domates bitkilerinin yer aldığı domates tarlaları………….. 68 Şekil.4.22 Tarlaya şaşırtılan domates fideleri ………. 69 Şekil.4.23 Sclerotinia minor’ ün domateste meydana getirdiği belirti… 70 Şekil4. 24 Sclerotinia minor’ ün PDA üzerindeki koloni gelişimi……... 71 Şekil 4.25 Erken yaprak yanıklığı (Alternaria solani)’ nın
yapraklarda oluşturduğu lekeler ………... 72
ÇİZELGELER DİZİNİ
Çizelge 1.1 Ankara İli ilçelerinde domates ekiliş alanı ve üretim
miktarları………. 3
Çizelge 2.1 Domateste çökerten hastalığı ile mücadelede ilaçlama tipi, kullanılan ilaçlara ait etkili maddeler ve uygulama
miktarları……… 9
Çizelge 3.1 Ekim öncesi toprak analiz raporu……… 24 Çizelge 3.2 Denemelerde kullanılan besiyerlerinin bileşimleri………. 25 Çizelge 3.3 R. solani, Fusarium spp. ve Pythium spp. izolatlarının
Seçiminde kullanılan 0-4 hastalık şiddeti skalası………… 28 Çizelge 3.4 Domateste erken yaprak yanıklık hastalığı (Alternaria
solani) için kullanılan hastalık skalası……….. 33 Çizelge 4.1 Çökerten belirtisi gösteren bitkilerin toplandığı ilçe, köy,
fidelik ve örnek sayıları ile bu bitkilerden izole edilen
funguslar………. 34
Çizelge 4.2 Ön eleme testlerinde kullanılan Fusarium spp., R. solani, Pythium spp. ve Alternaria spp.izolat adetleri ve
hastalandırma şiddetleri……… 37 Çizelge 4.3 Fusarium, Rhizoctonia ve Pythium cinslerine ait
fungusların joker domates çeşidinde çıkış ve hastalık
şiddetine etkileri………. 39
Çizelge 4.4 Fusarium, Rhizoctonia ve Pythium cinslerine ait fungusların 73-14 domates çeşidinde çıkış ve hastalık
şiddetine etkileri………. 41
Çizelge 4.5 Patojen olmayan Pseudomonasların elde edildiği İlçe, köyler alınan bitki örneği ve elde edilen izolat sayısı…….. 42 Çizelge 4.6 Patojen olmayan bakteri izolatlarının NBRIP ortamında
gösterdiği hale genişliği değerleri………. 44 Çizelge 4.7 Denemelerde Kullanılan Joker ve 73-14 Domates Çeşidi
Tohumlarının ISTA Kurallarına Göre Çimlenme
Yüzdesi……… 45
Çizelge 4.8 P. deliense ile bulaşık domates fidelerinde patojen olmayan bakteri uygulamaları sonucunda ortaya çıkan hastalık şiddeti ve yüzde etki……… 47 Çizelge 4.9 P. deliense ile bulaşık domates fidelerinde patojen
olmayan bakteri uygulamaları sonucunda ortaya çıkan hastalık şiddeti ve yüzde etki……… 48 Çizelge 4.10 P. deliense ile bulaşık domates fidelerinde patojen
olmayan bakteri uygulamaları sonucunda ortaya çıkan hastalık şiddeti ve yüzde etki……… 51 Çizelge 4.11 P. deliense ile bulaşık domates fidelerinde patojen
olmayan bakteri uygulamaları sonucunda ortaya çıkan
hastalık şiddeti ve yüzde etki……… 53
Çizelge 4.12 R. solani ile bulaşık domates fidelerinde patojen olmayan bakteri uygulamaları sonucunda ortaya çıkan hastalık şiddeti ve yüzde etki………..
55 Çizelge 4.13 R. solani ile bulaşık domates fidelerinde patojen olmayan
bakteri uygulamaları sonucunda ortaya çıkan hastalık şiddeti ve yüzde etki……….. 57 Çizelge 4.14 R. solani ile bulaşık domates fidelerinde patojen olmayan
bakteri Uygulamaları sonucunda ortaya çıkan hastalık şiddeti ve yüzde etki………... 59 Çizelge 4.15 R. solani+ P. deliense inokulasyonundan 30 gün sonra
patojen olmayan bakteri izolatlarının hastalığın
gelişimine etkisi……… 61
Çizelge 4.16 P. deliense + R. solani uygulamasından sonra 10 nolu patojen olmayan antagonist adayı bakterinin farklı uygulama şekli ve dozlarında 73-14 domates çeşidinde ortaya çıkan ortalama hastalık oranı ve etki değerleri…... 63 Çizelge 4.17 P. deliense + R. solani uygulamasından sonra 10 nolu
patojen olmayan antagonist adayı bakterinin farklı uygulama şekli ve dozlarının 73-14 domates çeşidinde fide boyuna (cm) etkileri……… 64 Çizelge 4.18 P. deliense + R. solani uygulamasından sonra 10 nolu
patojen olmayan antagonist adayı bakterinin farklı uygulama şekli ve dozlarında joker domates çeşidinde ortaya çıkan ortalama hastalık oranı ve etki (%)………... 65 Çizelge 4.19 P. deliense + R. solani uygulamasından sonra 10 nolu
patojen olmayan antagonist adayı bakterinin farklı uygulama şekli ve dozlarının joker domates çeşidinde fide boyuna (cm) etkileri……… 66 Çizelge 4.20 Bakteri izolatları ile muamele edilmiş domates
tohumlarının 1 ay sonunda tarlayaşa şırtılmadan önceki
fide boyları……….. 69
Çizelge 4.21 Domates üretimi sırasında tarlada ortaya çıkan kök çürüklüğü (Sclerotinia minor) hastalığına karşı bakteri izolatlarının etkisi……….. 71 Çizelge 4.22 Erken yaprak yanıklığı (Alternaria solani) hastalığına
karşı bakteri uygulamaları sonucu ortaya çıkan hastalık
yüzdesi ve etki (%)………. 73
Çizelge 4.23 Domatesin ilk hasatı sırasında ortalama bitki başına
düşen meyve sayısı………. 74
1. GİRİŞ
Domates (Solanum lycopersicum), Solanaceae (patlıcangiller) familyasından anavatanı Güney ve Orta Amerika olan tek yıllık bir kültür bitkisidir. Ucuz ve bol vitamin kaynağına sahip olması ve lezzetli olmasından dolayı dünyanın birçok ülkesinde en çok üretilen sebzelerden olan bu bitki, örtü altında da yetiştirilebilmesi nedeni ile her mevsimde tüketilebilmektedir. İçinde A, B1, B2, C, K vitaminleri, niacin, protein, yağ, karbonhidrat, potasyum, kalsiyum ve demir bulunur. Taze olarak yenildiği gibi salça, domates suyu, konserve turşu, reçel, ketçap, şeklinde de değerlendirilebilmektedir. İhraç edilen yaş sebzeler içerisinde ilk sırada domates yer almaktadır.
Domates tohumları ile çoğaltılan bir sebzedir ve yetiştiricilikte en yaygın olan üretim fide ile olanıdır. Fide üretiminde, tohumlar çimlenme kasalarına veya yastıklara (3-4 g/m2) ekilir ve ilk gerçek yaprak oluştuğu aşamada genç fidecikler, içine harç doldurulmuş plastik saksı veya tüplere, ya da viyollere şaşırtılır. Bazen de şaşırtma yapmadan fideler tohum yastıklarında yetiştirilir ve çıplak köklü fideler şeklinde tarlaya şaşırtılır. Bu şekilde yetiştirilen fidelerin çok sık olmamasına dikkat edilmesi gereklidir.
Fide yetiştiriciliğinde genel olarak (torf, perlit, vermikulit) veya (torf, perlit, toprak) veya (yanmış hayvan gübresi, kum, toprak) gibi karışımlar kullanılır. Tohumların çimlenmesi için en uygun toprak sıcaklığı 12-15 ºC olmalıdır. Bu sıcaklıklarda tohumlar 5-13 gün içinde çimlenir. Domates fidelerinin en uygun şaşırtılma zamanı kotiledon yapraklarının tam gelişmelerini tamamladıkları ve yere paralel oldukları zamandır.
Sağlıklı ve tam gelişmiş fideler şaşırtılmalıdır (Abak vd. 2000, Kaygısız 2004).
Ülkemiz, domates üretiminde dünya ülkeleri arasında önemli bir yere sahiptir ve 9,440,000 ton üretim miktarı ile kültürü en fazla yapılan sebze durumundadır (Anonim 2004). Tarım İl Müdürlüğü’ nün 2006 yılı verilerine göre Ankara ili domates üretiminde, üretim alanı 35,621 dekar, üretim miktarı ise 160,865 tondur (Anonim 2006). Bu üretimin en önemli bölümü Ayaş ilçesinde olmaktadır. Bu ilçeyi Nallıhan, Güdül ve Beypazarı ilçeleri izlemektedir (Çizelge 1.1). Nallıhan ilçesinde genellikle sırık domates üretimi, Ayaş ve Beypazarı ilçelerinde ise yer domates üretimi yapılmaktadır. Nallıhan ilçesinde üretilen domatesin pazara sürümü Ayaş ve Beypazarı’
ndan önce olmaktadır. Bu dönem Antalya sera domatesinin iç piyasada tükendiği döneme rast gelmekte bu yönüyle de Nallıhan’ da üretilen domates önem kazanmaktadır.
Çizelge 1.1 Ankara ili ilçelerinde domates ekiliş alanı ve üretim miktarları
İlçe Ekiliş alanı (dekar)
Üretim (ton)
İlçe Ekiliş alanı (dekar)
Üretim (ton) Altındağ 1 2 Çubuk 800 1,510 Gölbaşı 50 75 Elmadağ 200 500
Keçiören 200 300 Evren 100 400
Mamak 30 45 Güdül 5,500 22,000
Sincan 1,210 4,235 Haymana 140 210
Yenimahalle 20 30 Kalecik 3,250 13,000
Akyurt 600 1,500 Kazan 1,250 5,000
Ayaş 10,500 47,250 Kızılcahamam 200 300
Bala 170 128 Nallıhan 4,000 40,000
Beypazarı 5,000 15,000 Polatlı 2,330 9,320
Çamlıdere 35 35 Şereflikoçhisar 35 25 TOPLAM 35,621 160,865
Domates yetiştiriciliği sırasında fizyolojik ve parazitik birçok hastalık bitkide zarar oluşturarak ürün kayıplarına yol açmaktadır. Parazitik hastalıklar; viral, bakteriyel veya fungal kaynaklı olmaktadır. Çökerten hastalığı, domates yetiştiriciliğinde erken dönemde sorun olan önemli hastalıklardan birisidir. Domates fidesinin yetiştirildiği her dönemde üreticinin bu hastalıkla ilgili şikayetleri olmaktadır.
Çökerten sebzelerde fide ölümlerine yol açan yaygın bir hastalıktır. Çimlenen tohumlarda ve genç fidelerde ölümlere yol açar. Fidelik koşulları uygun olduğu taktirde hastalık, fidelerin tamamen tahrip olmasına neden olabilmektedir. Hastalık çıkış öncesi ve çıkış sonrası çökerten olarak ortaya çıkar. Çıkış öncesi çökerten tohumun çürümesi, çimlenememesi ya da genç fidenin toprak üstüne çıkmadan ölmesi şeklinde; Çıkış
sonrası çökerten ise toprak yüzeyine çıkan fidenin toprağa yakın gövde kısmında önce sulu görünüm oluşması, bu bölgenin kahverengileşmesi ve ileri aşamada ise bu kısımdan devrilmesi şeklinde oluşur. Belirtiler domates bitkisinin yaşı ve gelişme dönemine göre değişim gösterebilir. Çıkıştan sonra patojen enfeksiyonu daha geç ortaya çıkabilir, bunun sonucunda enfeksiyon öldürücü olmaz, bitki gelişir ve üründe azalma olabilir. Topraktan bitkiye besin alışı gerçekleşemediği için yan köklerdeki çürümeler besin noksanlığı belirtilerine yol açar. Domates tohumları ekildikten sonra ilk üç hafta süresince fideler bu hastalığa karşı oldukça hassastır. Soğuk, bulutlu hava, nemli toprak ve yüksek nem çökerten oluşumu için uygun koşullar oluşturur. Aynı zamanda havalandırması iyi olmayan fidelikler, bulaşık toprak veya ekipman da hastalığın oluşumunda etkili olan koşullardır. Çökertenin oluşmasında değişik toprak fungusları etkili olur. En fazla sorumlu olan fungus Pythium spp. dir. Bu fungus yanında Rhizoctonia solani, Fusarium spp. ve Phytophthora spp. de çökerten oluşumunda etkili olan diğer toprak patojenleridir. Hastalığın zarar derecesi çevre koşullarına ve topraktaki fungus miktarına bağlı olarak değişebilir (Ocamb 2008).
Çökerten oluşumunda etkili olan farklı funguslar ve aynı cinse ait farklı türler hastalık çıkışı için farklı çevresel faktörler isterler. Örneğin Pythium spp. ve Phytophthora spp.
soğuk ve nemli topraklarda çökertene neden olurken, Fusarium spp. ve Rhizoctonia solani daha ılıman ve kurak koşullarda aktiftirler. Pythium türleri içinde P. ultimum daha düşük sıcaklık isterken P. aphanidermatum daha yüksek sıcaklığı tercih eder (Walker 1952, Karahan 1965, Cerkauskas 2005).
Hastalığın oluşumunda etkili olan Pythium spp. bölmesiz misellere ve sporangiumlara sahip, eşeyli devresinde oospore oluşturan bir toprak patojenidir. Fungus, nemli topraklarda canlı kaldığı ve en iyi şekilde geliştiği için su küflerinden biri olarak da anılır. Patojen enfekteli bitki artıkları ile taşınarak ve serbest su bulduğunda zoosporları ile de hareket ederek yayılma gösterir.Fungus, bitkilerin tohumlarını, genç dokularını, toprak seviyesine yakın gövde dokularını, meyve ve kökleri enfekte eder. Hastalık belirtileri ve zararı enfekteli bölgedeki bitkilere bağlıdır. Bitkiler fungal etmene karşı çimlenme ve genç dönemlerinde oldukça hassastır. Başlangıç belirtileri zayıf veya düzensiz çimlenme (çimlenme öncesi çökerten) şeklinde olmaktadır. Çimlenen fidelerde
çimlenme sonrasında da fide hastalığa karşı oldukça duyarlı olabilir. Bulaşık fideler suyla ıslanmış gibi görülür ve bitki çöker. Tüm bitki bu devrede tamamen yok olabilir (Çakır 2008).
Domates fidelerinde çökertene sebep olan diğer bir etmen Rhizoctonia solani Kühn.
(Eşeyli devresi: Thanatephorus cucumeris [FR] Donk), bölmeli düzgün dik dallanan misellere sahip, eşeyli devresinde basidiospor oluşturan, toprakta yaşayan ve tohumla da taşınabilen bir fungustur. Fungal etmenin sinonimleri Pellicularia filamentosa ve Corticium solani' dir. Bitki tohumları bulaşık topraklara dikildiğinde, fungus çimlenen tohumların kotiledon yapraklarına saldırabilir ve nemli koşullarda fideler tamamen çürür ve ölürler, sağ kalan bitkiler ise kök ya da kök boğazı çürümesi hastalığına neden olur. Ayrıca fidelerin yan yatması ile de hastalık etmeni çökerten ve birçok farklı bitkilerde farklı isimler ile anılmaktadır. Fungus hasta bitkilerde misel ya da sklerot (dayanıklı üreme organı) olarak veya bulaşık toprakların transferi ile yeni alanlara taşınır. Fungus toprakta parçalanan bitki dokularında misel olarak canlı kalabilir.
Hastalık etmeninin populasyonu konukçu bitkilerin yokluğunda önemli bir azalma gösterir ve hastalık etmeni toprak tipi, rotasyonlu ürün ve topraktaki organik madde miktarından da önemli ölçüde etkilenir. Hastalık gelişmesi için uygun koşullar serin ve nemli topraklardır. Sıcaklık isteği optimum 18 °C dir. Hastalığın en çarpıcı belirtisi tohumların çimlenmesini takiben toprak üstüne çıkmadan ya da çıktıktan sonra ölmesi ya da fidelerin yan devrilmesidir ki bu hastalık belirtisi çökerten olarak adlandırılır (Clothier 2003, Çakır 2008).
Çökerten oluşumunda değişik Fusarium türleri de etkili olmaktadır. Bu fungus genel olarak konukçuya özelleşmiş bir fungustur ve fideliklerde meydana gelen çökertende sıklıkla primer patojen değillerdir. Bunlar Pythium veya Rhizoctonia’ yı takip ederek bu funguslarla beraber fide zararlanmalarına neden olmaktadırlar.
Domates yetiştiriciliğinde fidelik dönemi dışında da birçok fungal kaynaklı hastalık sorun oluşturmaktadır. Bölgede domates ekilen alanlarda Leveillula taurica’ nın neden olduğu küllemenin en önemli yaprak hastalığı olduğu, bunun yanında domateslerde kök
çürüklüğüne neden olan fungusların da önemli verim kayıplarına sebep olduğu bilinmektedir. Ayrıca Pyrenochaeta lycopersici’ nin neden olduğu kök mantarlaşması, kök boğazı çürüklüğü (Fusarium oxysporum f.sp. radicis-lycopersici), erken yaprak yanıklığı (Alternaria solani) ve Alternaria alternata’ nın neden olduğu yaprak leke hastalıkları domateste sorun oluşturan diğer önemli hastalıklardır (Ozan 2005).
Fungisitler çökerten hastalıklarının mücadelesinde ümit verici olmalarına karşın, fitotoksite, çevre kirliliği ve insan sağlığına zararlı etkileri nedeniyle problem oluşturmaktadırlar (Ramamoorthy et al. 2002). Hastalığa sebep olan etmenlerden Pythium spp.’ nin fungisitlere karşı dayanıklılık geliştirmesi hastalık kontrolünde fungisit kullanımını sınırlamaktadır (Whipps and Lumsden 1991). Bu hastalığa karşı kullanılan fungisitler hastalığı oluşturan etmenlerin hepsine karşı etkili olamayabilmektedirler. Güneş enerjisiyle toprak sterilizasyonu, sıcak iklim koşulları altında başarılı olmasına karşın serin iklim koşulları için pratik olmamaktadır (Katan 1987). Hastalıkla mücadelede hızlı bir tohum çimlenmesi ve fide gelişiminin olması ve bitkide bağışıklığın kazandırılması ile ileri dönem hastalıklarına karşı da koruma sağlanması yönünden önemlidir.
Günümüzde organik tarım uygulamaları önemli bir yere sahiptir. İnsana ve çevreye dost olan bu üretimde, ilaçların çok az ya da hiç kullanılmaması istenmektedir. Bu yönüyle biyolojik mücadele yöntemleri organik tarım uygulamalarında önemli bir yere sahiptir.
Biyolojik mücadelenin en önemli yararı, hastalıkları kontrolaltına alırken çevreye herhangi bir olumsuz etkisinin olmamasıdır. Biyolojik savaş içinde 1980’ lerden sonra bitki gelişimine olumlu etkileri, hızlı gelişmeleri ve güçlü antagonist etkileriyle ön plana çıkan etmen grubu olarak patojen olmayan Pseudomonas’ lar önemli bir yere sahiptir (Bora ve Özaktan 1998). Bu bakteriler bitkilere bağışıklık da kazandırarak ileri dönem hastalıklardan bitkileri koruyabilirler.
Florasan Pseudomonaslar, gram negatif, King B besiyerinde UV ışık altında florasan parlama veren, polar kamçılı bakterilerdir. Pseudomonas aeruginosa, P. putida, P.
fluorescent ve P. syringae gibi florasan Pseudomonaslar toprakta yaygın olarak
bulunurlar ve özellikle bitkinin genç kökleri üzerinde koloni oluştururlar. Bu bakteriler hastalıkların baskılandığı topraklarda toprak kaynaklı hastalıkların azaltılmasında en etkili rizosfer bakterileridir. Bu bölgelerde patojenlerin var olmasına ve çevresel koşulların hastalık çıkışına uygun olmasına rağmen hastalık yoğunluğu düşüktür. Bu bakterilerin toprak kaynaklı patojenleri baskı altına almasının nedeni hedef patojene karşı rekabet edebilme güçlerinin fazla olması, patojene karşı bitkiye sistemik dayanıklılık kazandırmaları, mikolotik enzime sahip olmaları ve antibiyotik veya siderefor gibi metabolitler üretmelerindendir (Aksoy 2006).
Günümüzde patojen olmayan bakteriler, gerek biyolojik mücadele etmeni gerekse bitki gelişimini teşvik edici bakteriler olarak büyük ilgi görmekte ve bu konuda birçok çalışma yapılmaktadır. Bu çalışmalar sonucunda florasan Pseudomonasların çeşitli hastalıklara karşı üretilmiş biopreparatları bulunmaktadır (McSpadden Gardener and Fravel 2002, Maurhofer et al. 1992, Gulati et al. 1999, Landa et al. 2002, Buysens et al.
1996, Bora ve Özaktan 1998).
Çökerten hastalığına genellikle toprak kaynaklı etmenler sebep olduğu için tohum ekilen ve fide yetiştirilen harç ya da toprağın steril olması gerekmektedir. Ankara ili Ayaş ve Beypazarı ilçelerindeki domates fideliklerinde yapılan gözlemlerde üreticilerin harç ve fidelik toprağında kendi hazırladıkları steril olmayan bahçe toprağı, dere kumu ve yanmış ahır gübresi (1:1:1) kullandıkları görülmüştür. Tatlıdil vd. (2002), yürüttükleri bir çalışmada, üreticilerin % 56 ‘sının fidelik toprağına herhangi bir işlem yapmadığını, bu üreticilerin % 72 ‘sinin 100 adet tohumdan 75 veya daha fazla fide elde ettiğini % 28’ inin ise 100 tohumdan sadece 50 ile 75 adet fide elde edebildiğini bildirmişlerdir.
Bu çalışmada Ankara ili Ayaş, Beypazar ve Nallıhan İlçelerindeki domates fideliklerinde çökerten hastalığına neden olan önemli fungal patojenler belirlenmiş ve bu patojenlere karşı patojen olmayan Pseudomonaslar kullanılarak biyolojik mücadele çalışmaları yapılmıştır. Ayrıca yine bu bakterilerin tarla koşullarında ortaya çıkacak
hastalıklara karşı domates bitkisinde dayanıklılığı uyararak koruma sağlama ve verime etkileri saptanmaya çalışılmıştır.
2. KAYNAK ÖZETLERİ
Domates, ülkemizin hemen her bölgesinde yetişen, son yıllarda da üretimi özellikle sera şartlarında kesintisiz yaz-kış devam eden bir sebzedir. Yurtiçinde en çok tüketilen sebzelerin başında gelen domates, ihraç ettiğimiz taze sebzeler arasında da ilk kalemi oluşturmaktadır. Domateste çökerten hastalığı fidelerde önemli zararlanmalara ve ürün kayıplarına yol açmaktadır.
Pythium spp., Phytophthora spp., Rhizoctonia solani, Fusarium spp., Sclerotinia spp. ve Alternaria spp. gibi fungal patojenler domatesi de içeren birçok sebze fidesinde zarar oluşturmaktadır. Fideler çıkış öncesi ve çıkış sonrası dönemde bu patojen saldırılarına karşı oldukça hassastırlar. Fide eğer çıkıştan önce etkilenirse zayıf bir çimlenme görülmekte çıkıştan sonra ise fideler devrilerek ölmekte ve bu durum çökerten olarak adlandırılmaktadır. Çökerten zararı sonucunda fidelikte ocaklar halinde boşluklar meydana gelir. Fidelik koşulları uygun olduğu taktirde hastalık, fidelerin tamamen tahrip olmasına neden olabilir. Domates fidelerinde çökertene neden olan en önemli fungal etmenler Pythium spp. ve Rhizoctonia solani’ dir (Walker 1952, Karahan 1965).
Domateslerde çökerten hastalığı ile mücadelede; kültürel önlemler kapsamında, tohum ekimi sık olmamalı, hastalıklı fideler ayıklanmalı, fideler uygun hava koşullarında sık sık açılıp havalandırılmalıdır. Bunlara ek olarak fazla sulamadan kaçınılmalı, gereksiz yere fazla azotlu gübre verilmemeli, erken ekim yapmaktan kaçınılmalı ve fidelikler bol güneş alan, soğuk rüzgarları tutmayan yerlerde kurulmalıdır. Hastalığın kimyasal mücadelesinde tohum ekiminden önce veya sonra toprak ilaçlaması, tohum ilaçlaması veya fideler toprak üstüne çıktıktan sonra fidelik ilaçlaması yapılır. İlaçlama tipi ve ilaçlara ait etkili madde isimleri Çizelge 2.1’ de verilmiştir (Yücer 2006).
Çizelge 2.1 Domateste çökerten hastalığı ile mücadelede ilaçlama tipi, kullanılan ilaçlara ait etkili maddeler ve uygulama miktarları (Yücer 2006)
İlaçlama Tipi Etkili Madde
Tohum ilaçlaması Maneb % 80 WP 200 g/100 kg tohum Mancozeb % 80 WP 200 g/100 kg tohum Thiram % 80 WP 200 g/100 kg tohum Fidelikte yeşil aksam ilaçlaması Bakır oksiklorid % 50 WP 500 g
Bordo Bulamacı 500+1000g Captan % 50 WP 200 g/100 l su Maneb % 80 WP 250 g/ 100 kg Propineb % 70 WP 250 g Toprak ilaçlaması PCNB % 18 35g/m2
Karahan (1965), Ankara’ da biber ve domates fideliklerinde çökertene neden olan önemli etmenler olarak Pythium spp. ve Rhizoctonia solani’ yi belirlemiştir.
Pythium türleri daha çok çıkış öncesi olmak üzere çıkış sonrası çökerten oluşumunda da etkilidir. Tohumlar sulu görünümde ve sıkıldığında ezilirler. Enfekteli fide kökleri sulu görünümde ve gri renklidir. Fungus, toprakta üreme organları olan oospor, hif ve sporangia olarak kalmakta, nemli topraklarda uzun yıllar canlılıklarını koruyabilmektedir. Oosporları doğrudan çimlenerek enfeksiyon yapabildiği gibi, sporangia ve ondan oluşturduğu zoosporlar ile de bunu gerçekleştirebilir. Tohum veya köke ulaştıktan sonra 1.5-2.5 saat içinde hızla çimlenen Pythium sporangiumlarının enfeksiyona sebep olması patojenin mücadelesini zorlaştırmaktadır (Nelson 1987, Osburn et al. 1989, Whipps and Lumsden 1991).
Çökerten oluşumunda etkili diğer bir fungus, R. solani uzun yıllardır bilinen, 2000 üzerinde bitki türüne saldıran, toprakta aktif miselyum şeklinde bulunan, çok çeşitli ürün türlerine karşı yıkıcı bir patojendir (Parmeter 1970). Bu etmen daha çok çıkış sonrası çökertene neden olur. R. solani fidelerde kolonize olarak 24 gün içinde en üst seviyeye ulaşır ve ürün kayıplarına yol açar (Sneh et al. 1966). R. solani’ nin neden olduğu belirtiler Pythium türlerinin oluşturduğu belirtilerden ayrılır. R. solani enfeksiyonu sonucunda tohum çürümesi ve çökerten oluşur. Kökler Pythiım türlerinin
oluşturduğu belirtiye göre daha renksizdir (Walker 1952). Patojen kökleri çürüterek bitki gelişimini azaltır ve böylece bitkinin besin ve su alım kabiliyetini düşürür (Wallwork 1996).
Barış ve Gürcan (1976), Ankara ve çevresindeki domates, biber ve patlıcan fideliklerinde Rhizoctonia solani ve Pythium spp.’ nin önemi ve patojenite durumu üzerine yaptıkları araştırmada, R. solani ve Pythium spp’ nin fidelerin ilk dönemlerindeki ölümde yüksek düzeyde katkı payına sahip olduklarını tespit etmişlerdir. R. solani ve P. ultimum, fidenin çıkış öncesi devresinde daha fazla olmak üzere, çıkış sonrası devrede de yüksek düzeyde etkili olurken, P. butlery diğer iki funugusa kıyasla daha düşük bir patojenite yeteneğine sahip olmuştur.
Nemli (2001), Aydın- Söke yöresinde pamuk çökerten hastalığının yaygınlığı, etmenleri ve önleme olanakları üzerine yaptığı araştırmasında, hastalığın oluşumunda önemli rol oynayan fungal patojenin R. solani olduğunu tespit etmiştir
Son dönemde çökerten hastalığı ile mücadelede, özellikle organik tarım uygulamalarında kullanılmak üzere biyolojik mücadele çalışmaları önem kazanmıştır.
Biyolojik mücadele çalışmaları sonunda hastalıklara karşı kullanılmak üzere üretilmiş başarılı biyopreparatlar mevcuttur. P. fluorescens EG1053 içeren Dagger-G, ABD’ de sebzelerde ve pamukta Pythium, R. solani ve Fusarium’ a karşı ruhsatlı olan biyolojik preparattır (Bora ve Özaktan 1998). Bradow (1991), pamuklarda Rhizoctonia spp. ve Pythium spp.'ye karşı Dagger-G isimli P. fluorescens' in biyoformulasyonunu kullanmış, biyoformulasyonun iki hastalığı da baskıladığını tespit etmiştir. Ülkemizde ise T-22 Planter (Trichoderma harzianum AGZ 400, 8g/ 1kg tohum) ve Trichodex (T.
harzianum 1x108, 10g/m2 fidesiz toprağa), domateste çökertene karşı kullanılmak üzere ruhsat almış biyolojik fungusitlerdir (Yücer 2006).
Bitki hastalıklarıyla biyolojik mücadelede oldukça ümitvar olan florasan Pseudomonas’
lar ilk kez 1980’ li yıllarda gündeme gelmiştir (Kloepper and Schroth 1981b). Birçok sekonder metabolitlerinin diğer mikroorganizmaların gelişimini engellemesi, birlikte
bulundukları diğer toprak bakterilerinden daha fazla mikroorganizmaları engelleyici etkiye sahip olmaları, tohum uygulaması şeklinde verilseler de rizosfer populasyonunda baskın duruma geçmeleri ve rizosferde kolonize olabilmeleri gibi özelliklere sahip olmaları patojen olmayan Pseudomonasları başarılı bir biyolojik mücadele elemanı yapmaktadır (Rovira et al. 1992, Stephens et al. 1993, Haas and Keel 2003).
Bitki kök yüzeyinde çok fazla sayıda rizobakteriler bulunmaktadır. Rizosferdeki bakterilerin belirli streynleri bitki gelişimini teşvik edici rizobakteriler (PGPR-plant growth promotion rhizobacteria) olarak bilinmektedir. Çünkü bunların stresli koşullar altında uygulanmaları, bitkinin gelişimini artırmaktadır. Bitki üretimindeki artış zararlı mikroorganizmaların ve toprak kaynaklı patojenlerin büyük bir bölümünün PGPR tarafından baskılanması sonucudur. Florasan Pseudomonaslar, hastalıkların baskılandığı topraklarda toprak kaynaklı hastalıkların azaltılmasında en etkili rizosfer bakterileridir. Bu bölgelerde patojenlerin var olmasına ve çevresel koşulların hastalık çıkışına uygun olmasına rağmen hastalık yoğunluğu düşüktür. Bu bakteriler toprak kaynaklı patojenleri çeşitli mekanizmalar kullanarak engellemektedir (Van Loon et al.
1998, Haas and Defago 2005). Bu mekanizmalar besin ve yer için yarışma (Elad and Chet 1987), pyrrolnitrin, pyocyanine, 2,4-diacetyl phloroglucinol gibi antibiyotiklerin üretimi (Howie and Suslow 1991, De la Fuente 2000), demirin sınırılı bulunduğu ortamlarda demir alımı için UV ışık altında florasan parlama yapan, sarı-yeşil pigment üreten pyoverdin veya pseudobactin gibi siderefor üretimidir (Meyer and Abdallah 1978, Kloepper et al. 1980b, Loper 1988). Bunların dışında diğer önemli mekanizmalar ise fungal hücre duvarında bulunan kitin ve glukanı yıkan chitinase ve β-1,3 gluconase gibi litik enzimlerin üretimidir (Frindlender et al. 1993). Bu grup bakteriler bu mekanizmalara ilaveten bitkide sistemik uyarılmış dayanıklılığa da neden olmaktadırlar (Chen et al. 1998, Ramamoorthy et al. 2001b). Biyolojik mücadele etmeni olarak veya bitkide gelişimi teşvik ederek etkili olan florasan Pseudomonasların farklı ürünlerde (domates, pamuk, hıyar, tatlı mısır, bezelye, soya fasulyesi vb.) çökertene neden olan fungal etmenlere karşı etkinlikleri değişik çalışmalarla ortaya konulmuştur (Van Wees et al. 1997, Ramamoorthy et al. 2001a).
Pamuk fidelerinin rizosferinden izole edilen Pseudomonas fluorescens’in Pf5 streyni iki antibiyotik üretmektedir. Bunlardan biri pyrrolnitrin diğeri ise pyoluteorin’ dir.
Pyrrolnitrin değişik bitki fidelerinde çökertene neden olan R. solani’ ye karşı etkili olurken P. ultimum’ a karşı etkili olmamıştır. Bu streyn tarafından üretilen pyrrolnitrin, R.solani enfekte edilmiş toprağa verildiğinde sağlam kalan fideler % 30’dan % 79’a yükselmiştir (Howell and Stiponovic 1979). Aynı streyn tarafından üretilen pyoluteorin ise pamuk fidelerinde çökertene neden olan P. ultimum’ u engellemede etkili olurken, R.
solani’ ye karşı etkisiz olmuştur. Bu sonuç her iki patojene karşı etkili olan streynin etki mekanizmasında farklı antibiyotiklerin rol oynadığını göstermiştir. Her iki antibiyotik aynı kültürde üretilmiş, pyrrolnitrin hücre içinde lizize kadar sabit kalırken, pyoluteorin çevreye doğru hareket etmiştir. Toprağa yapılan penetrasyon denemeleri sonucunda pyoluteorin adsorbe olmuş ve toprak tarafından inaktif edilmiştir. Pyoluteorin tohum kaplaması şeklinde verildiğinde etkili bir tohum koruması sağlamıştır (Howell and Stiponovic 1980).
Florasan Pseudomonaslar tarafından üretilen pyoverdin sidereforlarının mikroorganizmalar üzerine etkisi topraktaki demir elementinin varlığı ile ilişkilidir.
Florasan Pseudomonaslar tarafından üretilen pyoverdin demir elementinin bitki tarafından kullanılabilir hale gelmesine ve toprak kökenli patojenlerde demir eksikliğinin ortaya çıkmasına neden olur. Sonuçta patojenlerde spor gelişimi olmayarak, patojenin gelişimi engellenir (Elad and Baker 1985, Bora ve Özaktan 1998). Demirin yetersiz olduğu tarla toprağına FE EDTA formunda +3 değerlikli Fe eklendiğinde PGPR izolatları demir açlığı yoluyla zararlı organizmaları engellemede başarısız olurken, bitki gelişiminin artırılmasında başarılı olmuştur (Kloepper et al. 1980a, Kloepper and Schroth 1981b).
Bazı Pseudomonas streynleri birden fazla antibiyotik üretme özelliğindedir. Pamukta P.
ultimum’ un neden olduğu çökerteni engellediği bilinen Pseudomonas’ ın HV37a streyni (Howie and Suslow 1987) ile in vitro da, hastalığın engellenmesinde antibiyozis ve oomycin A adında bir antibiyotiğin rol oynadığını gösteren genetik çalışmalar gerçekleştirilmiştir. Araştırma sonunda bu patojenin gelişimini engelleyen phenazine-1-
carboxylic acid (PCA), hydrojen cyanide (HCN) ve 2,4- diacetylphloroglicinol (Phl) gibi 3 çeşit antibiyotik tespit edilmiştir (James and Gutterson 1986).
Laboratuar ve sera testleri bazı rizosfer bakterilerinin tohum, yumru ya da toprağa uygulandığında bitki gelişimini artırdığını göstermiştir. Bu artış zararlı organizmaların engellenmesinden kaynaklandığı için steril ortamda bitki gelişiminde bir fark olmamıştır (Kloepper and Schroth 1981a). Bitki gelişimini teşvik eden Pseudomonas (PGPR)’ ların değişik patojenlere karşı korumada bitki dayanıklılığını uyarma yetenekleri birçok araştırmada ortaya konmuştur (Wei et al. 1991, Van peeer et al.
1991, Alstram 1991). PGPR’ ların farklı etki mekanizmalarına sahip streynleri yanında birden fazla mekanizmaya sahip streynleri de mevcuttur. Bu bakteriler bütün bu mekanizmalar ile Aphanomyces spp., Fusarium oxysporum, Gaeumannomyces graminis, Phytophthora spp., Pythium spp., Rhizoctonia solani, Sclerotiorum rolfsii, Thielaviopsis basicola ve Verticillum spp. gibi toprak patojenlerine karşı etkili olabilmektedirler (Kloepper et al. 1999).
Pamukta çökertene neden olan Pythium’un engellenmesinde P. fluorescens 3551 tarafından üretilen pyoverdin ve yine buğdayda kök çürüklüğüne neden olan Pythium’
un önlenmesinde P. fluorescens’ in değişik streynleri tarafından üretilen pyoverdin üretimi önemli olurken (Becker and Cook 1988, Loper 1988), hıyarda çökertene neden olan Pythium’ un önlenmesinde P. putida N1R ve P. fluorescens Pf5 tarafından üretilen pyoverdin’ in bir rolü olmamıştır (Paulitz and Loper 1991, Kraus and Loper 1992). P.
fluorescens streyn Pf5 tarafında üretilen pyoluteorin ise P. ultimum’ un gelişimini büyük ölçüde engellerken Alternaria sp., Fusarium sp., Rhizoctonia solani, Thielaviopsis basicola ve Verticillium dahlia’ ya karşı etkisiz olmuştur (Kraus and Loper 1992). Yine bir başka P. fluorescens streyni Q2-87 2,4- diacetylphloroglucinol ve HCN üreterek etkili olmuştur (Vincent et al. 1991). 2, 4- diacetylphloroglucinol, Pythium türlerine karşı, özellikle zoosporların membranlarına zarar vererek etkili olmaktadır (Fenton et al. 1992, De Souza et al. 2003).
Homma and Suzui (1989), P. cepacia’ nın turpa tohum kaplaması şeklinde uygulanmasının turpta çökertene neden olan R. solani’ ye karşı koruma sağladığı ve bu etkide pyrrolnitrin antibiyotiğinin önemli rol oynadığını bildirmişlerdir.
Pseudomonas spp’ nin şekerpancarı tohum ve fidelerinde P. ultimum ile yer için yarışmaya girerek etkili olmaları (Osburn et al. 1989) enfeksiyon için yarışma yoluyla biyolojik savaşa bir örnektir. Paulitz and Loper (1991), soya fasulyesi ve bezelye tohumlarını P. putida N1R ile muamele ederek bu tohumları Pythium sp. ile bulaşık toprağa ekmişlerdir. Tohumların hastalıktan etkilenmediğini görmüş, in vitro’ da yaptıkları araştırmada steryn N1R’ nin antibiyotik üretmediğini ve biyokontrol etkisinin siderefordan değil yer rekabetinden kaynaklandığını tespit etmişlerdir.
Paulitz and Loper (1991) ve Zhou et al. (1992), hıyarlarda P. aphanidermatum’ un sebep olduğu çökerteni önlemede florasan Pseudomonaslar’ ın uyarılmış dayanıklılıkla etkili olabileceklerini bildirmişlerdir.
P. fluorescens strain CHAO’ nun hıyar, tatlı mısır gibi bitkilerde P. ultimum’ un neden olduğu çökerten hastalığını pyoluteorin (Plt) ve 2,4- diacetylphloroglucinol (Phl) gibi iki antibiyotik metabolit üreterek engellediği kanıtlanmıştır (Maurhofer et al. 1992).
P. fluorescens BL915 pamukta çökertene karşı antagonist etkiye sahip bir bakteridir. Bu streyn pyrrolnitrin üretmektedir. Hill et al. (1994), P. fluorescens BL915’ den pyrrolnitrin üretiminde rol oynayan gen izole etmişler ve bu bileşiğin pamukta çökertene neden olan R. solani’ nin önlenmesinde etkili olduğunu göstermişlerdir.
P. fluorescens M45 ve MC07’ nın kültür filtratları P. ultimum, R. solani ve Phytophthora capsici’ nin miselyal gelişimlerini önemli derecede engellemişlerdir. M45 ve MC07’ nin rizosferdeki populasyon yoğunluğu 14 ºC’ de 27 ºC’ ye göre daha sabit kalmıştır. İki bakteri izolatı toprağa uygulandığında M45 izolatının populasyon yoğunluğu dokuz güne kadar yükselmiş ve altmış gün süresince bu yoğunluğunu korumuştur (Yoem et al. 1995).
P. putida 40RNF, şekerpancarında çökertene neden olan Pythium ultimum’ a karşı tohum peletlerine 6x107 yoğunluğunda uygulandığında çökerten zararı % 70’ den % 26’
ya düşmüştür. Tohum peletleri üzerindeki bakteri yoğunluğu 2x104 den 6x108’ e kadar değişmiştir. Bakteri, ekimden sonra 3 günde ortalama olarak her pelet üzerinde, inokulum yoğunluğuna bağlı olmadan 1x106 yoğunlukta sabit kalmıştır (Shah-Smith and Burns 1996)
Pseudomonas aeuriginosa strain 7NSK2 bitki gelişimin uyaran bir rizobakteridir ve domateste kök patojeni Pythium splendens’in etkili bir biyolojik savaş elemanıdır. Bu strain demirin kısıtlı olduğu koşullarda pyoverdin, pyocheline ve salisilik asit gibi üç siderefor üretir. Bunlardan pyoverdin ve pyochelin gibi sidereforların Pythium’ un biyolojik savaşımındaki rolünün daha çok demir için yarışmayla ilgili olduğu, salisilik asidin ise bitkide dayanıklılığı uyararak çökerteni engelleyebildiği belirtilmektedir (Buysens et al. 1996).
Forasan Pseudomonaslar P. ultimum’ un kültürdeki gelişimini engellemiş ve tohumlara uygulandığında şekerpancarında bu patojenin neden olduğu hastalıkları baskılamıştır (Williams and Asher, 1996). Aynı konukçuda yapılan bir başka çalışmada 23 florasan Pseudomonas izolatı in-vitro da Rhizoctonia solani’ nin misel gelişimine karşı testlenmiştir. Yalnız 13 izolatın R. solani’ye karşı etkili olduğu tespit edilmiştir. Yapılan in vitro testler sonunda 3 adet bakteri izolatı patojene karşı etkili bulunmuştur. Koruma düzeyi tohumdaki bakteri yoğunluğu ve topraktaki R. solani inokulum miktarına göre değişmiştir. Tohumdaki 1x109 bakteri yoğunluğu diğer bakteri yoğunluklarına göre daha etkili olmuştur. Topraktaki R. solani inokulum miktarı arttıkça bakterinin etkinliği azalmıştır (Mosa et al. 1997).
Biyolojik mücadelede kullanılan rizobakterilerin başarılı olması için bitkinin kök kısmında baskın durumda olması, bitki köklerine iyi bir kolonizasyon sağlaması ve kök içerisine girerek epidermis ve korteks arasındaki hücreler arası boşluklara yerleşmesi istenir. P. fluorescens WCS365 kaplama şeklinde domates tohumlarına uygulandıktan 1-3 gün içinde kök bölgesinde mikrokoloni oluşumu gözlenmiştir. Hücrelerdeki tipik
bakteriyel yoğunluk mikrokoloni oluşturma zamanına bağlı olarak 103- 107 hücre/cm dir. Kolonileşme kökün gövdeye bağlandığı kısımlarda daha fazla olmuştur (Chin et al.
1997).
Pseudomonas fluorescens’ in bir izolatı PDA ve diğer ortamlarda R. solani, P. ultimum, F. oxysporum ve Phytophthora capsici’ nin misel gelişimini engellemiştir (Kim et al.
1998).
Ellis et al. (1999) tarafından bildirildiğine göre Muray (1994) yaptığı araştırmada, şeker pancarı rizosferinden elde ettiği Pseudomonas fluorescens 54/96’ yı P. ultimum’a karşı kimyasal ilaçlar kadar etkili bulmuştur. Sera denemelerinde bu izolat P.
aphanidermatum, R. solani, Fusarium oxysporum, F. nivale (tohum kaynaklı enfeksiyonlar) ve Phytophthora cinnamoni’ ye karşı, oospor çimlenmesi ve hif gelişimine karşı antifungal etki göstererek etkili olmuştur.
P. fluorescens B2915 streyn, Rhizoctonia ve Pythium’ un neden olduğu çökertenin kontrolünde önemli bir biyolojik mücadele elemanıdır. Bu bakterinin değişik bitkilerde tohuma uygulanmaları bu patojenlere karşı bitkileri korumuştur (Ligon et al. 1999).
Demir vd. (1999), çökerten belirtisi göstermeyen pamuk fidelerinin köklerinden ve rizosfer toprağından 128 florasan Pseudomonas izolatı elde etmişler ve bu izolatların in vitro koşullarda R. solani’ ye etkilerini testlemişlerdir. Onyedi izolat, testlenen fungusa karşı kuvvetli antagonizm göstermiş ve tümü değişen oranlarda siderefor üretmiştir. Bu izolatlardan 14 adedi P. fluorescens olarak tanılanmıştır. Bakteri izolatlarının sıvı ve kurutulmuş formulasyonlarının, pamuk fidelerinde çökerten hastalığını önleme yetenekleri 2 farklı sera denemesinde karşılaştırılmıştır. Antagonist Pseudomonaslar, kurutulmuş xanthan sakızı (XG) formulasyonu şeklinde pamuk tohumlarına uygulandığında, sulu süspansiyonlarına göre pamuk fidelerini çökerten hastalığına karşı daha iyi korumuşlardır. Pamuk tohumlarına kurutulmuş XG formulasyonlarının uygulanması tohum çıkışı oranını artırmış ve hastalık oranında düşüşe neden olmuştur.
En etkili izolat P. fluorescens Gh/R1810, kontrole göre tohum çıkışında % 16.36,
sağlıklı fide sayısında ise % 57.94 oranında artışa neden olmuştur. Bulaşık topraktan alınan fidelerden yapılan izolasyonlarda çoğunlukla R. solani gelişmiştir.
Pseudomonas fluorescens streyn B2915’ in, değişik bitkilerde tohuma uygulanması, R. solani ve Pythium’ un sebep olduğu çökertene karşı bitkileri korumaktadır. Bu streynin biyolojik mücadele aktivitesi antifungal metabolitlerin ve proteinlerin üretilmesi, pyrrolnitrin, alkyl resorcinol, kitinaz, HCN (Hidrojen siyanid) ve jelatinleri içermektedir. Bu bileşiklerin sentezlenmesi iki bakteriyel yönetici sistem tarafından idare edilmektedir. Araştırıcılar bu yönetici sistemdeki protein bileşiklerini kodlayan genleri karakterize etmişlerdir. Pseudomonas streynlerindeki genetik değişimlerin artması antifungal metabolitlerin biyosentezinin artması ve biyolojik mücadele aktivitesinin artmasıyla sonuçlanmıştır. Pseudomonas streynlerinin genetik değişimi geliştirilmiştir. Bunlar ana streynden on kat daha fazla pyrrolnitrin içermiş ve bu streynler serada ve tarla testlerinde fideleri çökertenden korumada kimyasal fungusitler kadar etkili olmuşlardır (Ligon et al. 1999).
Yürütülen bir araştırmada Pseudomonas fluorescens 54/96 streyninin bezelyelerde çökertene neden olan Pythium ultimum’ un engellenmesinde uygulama zamanı ve metodunun önemli olduğu tespit edilmiştir (Ellis et al. 1999). Bu çalışmada bezelyede P. ultimum enfeksiyonunun baskılanmasından yoksun mutantlar izole edilmiştir. P.
fluorescens 54/96’ nın bu mutantları sporulasyonu engelleyen, miselyal gelişmeyi azaltan veya bakteriyel metabolik aktivitesini düzenleyenler olarak 3 grupta toplanmıştır. Patojen ve fungus besinden yararlanma profillerinde benzer besin kaynaklarını kullandıkları için bu metabolik kabiliyet yarışma temelli olmuştur.
Hastalığın kontrol mekanizması çok faktörlü olmasına karşın en belirgin faktör bezelye tohumlarında ortaya çıkan patojenin hızlı spor çimlenmesinin engellenmesi olmuştur.
Bitki gelişimini artıran florasan Pseudomonas EM85 streyni pamukta çökertene neden olan R. solani’ nin baskılanmasında etkili olmuştur. Bu streynin HCN, siderefor, florasan pigmentler ve antifungal antibiotikler ürettiği bilinmektedir. Çalışma sonunda
R. solani’ nin engellenmesinde bu streyn tarafından üretilen florasan pigmentler ve antifungal antibiotiklerin etkili olduğu tespit edilmiştir (Pal et al. 2000).
P. fluorescens CFBP 2392 (A6), domates fidelerinde R. solani’ nin neden olduğu çökertene karşı koruma sağlamıştır. Bazı deneme koşullarında doğrudan bitki gelişimini artırmıştır. A6, in vitro da R. solani, P. utimum, P. aphanidermatum, F. oxysporum ve Phytophthora parasitica’ ya karşı antagonist etki göstermiştir. Çalışmada R. solani gelişiminin engellenmesinde siderefor etkinin rol oynamadığı belirlenmiştir.
Antibiyotikler bu bakterilerin biyolojik mücadele aktivitelerinden sorumlu olurken A6’
nın kültür ekstraklarının hiçbirinde bilinen antibiyotiklere rastlanmamıştır. Bunlar dışında farklı bir kimyasal bileşik belirlenmiştir (Bajsa et al. 2000).
Hultberg et al. (2000), Pseudomonas fluorescens 5.014 ve 2,4-diacetylphloroglucinol üreten mutantı 5-2/4’ in domates fideliklerinde çökertene neden olan Pythium deliense’
ye karşı etkisini araştırmışlardır. Domates tohumlarının bu iki streyn ile kaplanması P. deliense gelişimini azaltmıştır. Pythium’ a karşı koruma sağlayan bu iki streyn arasında bitki yaş ağırlığı kıyaslaması bakımından fark olmamıştır. 5-2/4 hastalık indeksi bakımından diğer streyne göre daha yüksek koruma sağlamıştır. Patojenin uygulama zamanı ve fungal inokulum yoğunluğu hastalık gelişiminde önemli olmuştur.
Streyn 5.014, P. ultimum’ u, siderefor üretimini destekleyen mutant 5-2/4’ den daha fazla engellemiştir. HPLC analizlerinde 5-2/4’ ün düşük miktarda siderefor ürettiği tespit edilmiştir. Ayrıca bu mutantın in vitro’ da streyn 5.014 ile kıyaslandığında düşük miktarda hücreler arası proteaz ürettiği belirlenmiştir.
Bir başka çalışmada florasan Pseudomonas P190 ve CFBP2392 ile kaplanan domates tohumları R. solani ile bulaşık toprağa uygulandığında, bakteri uygulanmış tohumlarda, uygulama yapılmamış olanlara göre hastalık yüzdesinde sırasıyla % 6 ve % 10 azalma görülmüştür (Escande et al. 2000).
Clemente et al. (2000a), Arjantin’ de iki farklı bölgeden aldıkları toprak örneklerinin yarısına saksılarda domates tohumu ekilerek rizosferlerinden elde ettikleri Pseudomonaslar ve tohum ekmeden topraktan elde ettikleri Pseudomonasları, ayrıca P190 ve CFB2392 referans izolatlarını kullanarak domateste çökerten etmeni R. solani’
ye karşı testlemişlerdir. Araştırma sonunda rizosfer izolatları, rizosfer kökenli olmayan izolatlara göre daha yüksek koruma sağlamıştır. Rizosfer izolatlarında sağlıklı bitki yüzdesi % 78 iken rizosfer kökenli olmayan izolatlarda bu oran % 71 olmuştur. Yine rizosfer kökenli olan ve olmayan izolatlar bakteri uygulaması yapılmamış uygulamaya göre (% 61) daha yüksek koruma sağlamıştır. Sekiz adet rizosfer izolatı ve 4 adet rizosfer kökenli olmayan izolat referans izolat P190 kadar bitkileri korumuştur.
Pseudomonas aureofaciens (P. chlorophis) strain 63-28’ in kültür filtratlarından izole edilerek saflaştırılan 3-(1-hexenyl)-5-methyl-2-(5H) furanon Pythium ultimum, Fusarium solani, F. oxysporum ve Thielaviopsis basicola’ ya karşı antifungal aktivite göstermiştir (Paulitz et al. 2000).
DAPG üreten Pseudomonas streyni Quancy TAD rizosferde 6.3x107’ den daha fazla populasyon yoğunluğuna sahip olmasına karşın, 1.9x105 populasyon yoğunluğundakiQ2 -87 streyni ile buğdayda zor olum (take-all) hastalığına karşı benzer koruma sağlamıştır (Raaijmakers and Weller 2001).
Şeker pancarı rizosferinden elde edilen florasan Pseudomonas’ ların in vitro ve saksı denemelerinde P. ultimum ve R. solani’ ye karşı antagonist etki gösterdikleri tespit edilmiştir (Nielsen et al. 1998b, Thrane et al. 2001).
Ramamoorthy et al. (2002), 20 adet patojen olmayan Pseudomonas izolatını domates ve biberde zarar yapan çökertenin kontrolü için denemişlerdir. In vitro’da yapılan ön elemelerde etkili olan bakteriler P. fluorescens ve P. putida olarak teşhis edilmiştir. Bu bakteri izolatlarından P. fluorescens pf1, P. aphanidermatum’ un miselyal gelişmini en fazla engellemiş, domateste ve biberde gelişimi teşvik etmiştir. İzolat pf1 sera ve tarla
koşullarında tohum kaplaması şeklinde uygulandığında domates ve acı biberdeki çökertenin azaltılmasında etkili olmuştur.
Hatay ilinin farklı bölgelerinde yetiştirilen biberlerin rizosferlerinden izole edilen 72 adet bakteri izolatının Fusarium oxysporum ve Sclerotinia sclerotiorum gibi toprak kökenli patojenlerin gelişimini engellemeleri üzerine olan etkinlikleri in vitro koşullarda tespit edilmiştir. Elde edilen bakterilerin 32 tanesi iki fungal etmenin gelişimini ikili kültür denemelerinde değişik oranlarda engellemiştir. Bu izolatlardan 6 tanesi güçlü antagonist, 11 tanesi etkili antagonist ve 11 tanesi ise zayıf antagonist olarak saptanmıştır (Soylu vd. 2002).
Siddiqui and Shaukat (2002), PGPR streyni P. aeuriginosa (IE-6S) ve P. fluorescens CHAO’ nun domateste kök çürüklüğü etmeni Rhizoctonia solani’ ye karşı oluşturduğu sistemik dayanıklılığı araştırmak için bölünmüş kök sistemine göre deneme kurmuşlardır. Buna göre ikiye ayrılmış kökün yarısına R. solani diğer yarısına ise rizobakteri uygulaması yapmışlar ve koruma düzeyi bakteri uygulanmış yarıda, uygulanmayana göre daha fazla olmuştur. P. fluorescens rizosferde kolonize olurken, P.
aeuriginosa domatesin kök dokusu içerisinde kolonize olmuştur. IE-65’ in kök dokusu içerisinde kolonize olması onun R. solani’ ye karşı etkisini artırmıştır.
Bir başka çalışmada, domates tohumunun ekimi sırasında toprak PGPR streyni olan P.
fluorescens 89B61 ile bulaştırılmıştır. Bu uygulama sonunda domateste geç yaprak yanıklığı etmeni Phytopthora infestans engellenmiş, fakat domates yapraklarında bakteri kolonizasyonu tespit edilememiştir (Yan et al. 2002). Bütün bu gözlemler patojen olmayan rizobakterilerin seçilen streynlerin hastalıkları bitkide dayanıklılığı uyararak baskıladığını göstermektedir.
Schmidt et al. (2004), P. fluoerscens B5 ve P. corrugata 2140' ın P. ultimum’ a karşı antagonist aktivitesinde bakterilerin şekerpancarı fide kolonizasyonunda inokulum yoğunluğunun etkisi üzerine bir araştırma yapmışlardır. Araştırma sonunda, şekerpancarı kök sisteminde bakteri populasyonu, gelişimden 12 gün sonra 105 den106,
ya kadar ulaşmıştır. Ortalama düşük inokulum yoğunluğu 320 kat artmış, yüksek inokulum yoğunluğu ise düşerek, inokulum yoğunluğunun önemsiz olduğu görülmüştür. P. corrugata 2140’ da ise kök kolonizasyonunda inokulum yoğunluğunun belirgin bir etkisi gözlenmemiştir. Pythium ile enfekteli toprakta şekerpancarı fidelerinde canlı kalış ve kuru ağırlık P. fluorescens B5 inokulum yoğunluğunun artmasıyla artmış, P. corrugata 2140 da ise en fazla canlı kalan bitki 104 den 106 populasyon yoğunluğuna kadar olmuştur. Korumada inokulum yoğunluğunun etkisi bakteri türüne göre değişmiştir.
Gravel et al. (2005), 40 adet patojen olmayan Pseudomonas izolatının domateste çökerten etmeni P. aphenidermatum ve P. ultimum‘ a karşı antagonist etkilerini kaya yünü üzerinde testlemişlerdir. Araştırma sonunda Pseudomonas corrugata’ nın 1 ve 3 nolu streynleri, P. fluorescens alt grup F ve G2’ nin 1, 2, 3, 4 ve 5 nolu streynleri, P.
marginalis, P. putida altgrup B’ nin 1 nolu streyni, P. syringae’ nin 1 nolu streyni ve P.
viridiflava’ nın P. aphanidermatum ve P. ultimum’ un domateste meydana getirdiği çökerten zararını önemli düzeyde azalttığını ve bu antagonistler içinde P. marginalis’ in her iki patojene karşı en yüksek engellemeyi gösterdiğini tespit etmişlerdir.
P. fluorescens NRC1 ve P. fluorescens NRC3 domateslerde kök çürüklüğüne neden olan R. solani ve Phytophthora capsici’yi engellemede ürettiği litik enzimler ile patojenin hücre duvarını yıkıma uğratarak etkili olmaktadır (Moataza 2006).
3. MATERYAL VE YÖNTEM
3.1 Materyal
Bu çalışmada kullanılacak çökerten etmeni patojenleri elde etmek üzere 2003 yılı Nisan-Mayıs aylarında Ankara ili Ayaş, Beypazarı ve Nallıhan ilçelerindeki domates fidelikleri gezilerek çökerten belirtisi gösteren fidelerden örnekler alınmış ve laboratuara getirilmiştir.
Patojen olmayan Pseudomonas izolatlarını elde etmek üzere ise aynı bölgedeki fidelik (Şekil 3.1) ve tarla dönemindeki sağlıklı domates bitkisi köklerinden örnekler alınarak laboratuara getirilmiştir.
Şekil.3.1 Patojen olmayan Pseudomonasların izole edildiği fidelik örneği (Ayaş)
3.1.1 Araştırmada kullanılan bakteri ve funguslar
Arazi çıkışları sonunda toplam 75 bitkiden izole edilen 70 adet patojen olmayan Pseudomonas izolatı ile çalışılmıştır. Çökerten etmeni patojenler olarak Rhizoctonia solani ve Pythium deliense fungusları kullanılmıştır.
3.1.2 Araştırmada yararlanılan bitki ve yetiştirme ortamları
Bu bölgede en fazla ekimi yapılan ve hastalık çıkışı gözlenen 73-14 (sırık domates) ve Joker (yer domatesi) çeşitleri test bitkileri olarak belirlenmiştir. Saksı denemelerinde kullanılan topraklar 1:1:1 oranında bahçe toprağı:dere kumu:yanmış ahır gübresi karışımı şeklinde hazırlanarak toprak sterilizatöründe 121 ºC’ de 75 dak. iki gün ard arda steril hale getirilmiştir.
Patojenite testlerinde fungal inokulum hazırlamak amacıyla mısır unu-kum ortamı kullanılmıştır. Bu amaçla %3 mısır unu– %97 kum karışımına 20 kısım su ilave edilerek hazırlanan ortam cam şişelere doldurmuş ve birbirini takip eden 2 gün ard arda steril hale getirilmiştir.
Tarla denemelerinin yapılacağı tarlaya ait toprak örnekleri üretim sezonu başında alınarak toprakların fiziksel ve kimyasal analizleri Toprak ve Gübre Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü tarafından yapılmıştır (Çizelge3.1). Buna göre I. Tarlaya ait topraklar orta tuzluluk sınıfında (0.531), 7.3 pH’ a sahip ve yüksek seviyede fosfor (P2O5) (55.1 kg/da) içermektedir. Organik madde yüzdesi 1.9, yarayışlı potasyum (K2O) 440 kg/da, demir (Fe), bakır (Cu), çinko (Zn) ve mangan (Mn) oranları ise sırasıyla 2.7 ppm, 0.7 ppm, 2.8 ppm ve 9.9 ppm olmuştur. II. Tarlaya ait topraklar ise orta tuzluluk sınıfında (0,547), 7.4 pH’ a sahip, yüksek seviyede fosfor (P2O5) (60.6 da/kg) içermektedir.
Organik madde yüzdesi 2.0, yarayışlı potasyum (K2O) 440 kg/da, demir (Fe), bakır (Cu), çinko (Zn) ve mangan (Mn) oranları ise sırasıyla 4.2, 1.4, 2.7 ve 9.6 ppm dir.
