ANKARA ÜNİVERSİTESİ BİYOTEKNOLOJİ ENSTİTÜSÜ MERKEZ LABORATUVARLARININ İYİLEŞTİRİLMESİ Proje Numarası 10 G 414 3001

21  Download (0)

Tam metin

(1)

ANKARA ÜNİVERSİTESİ

BİYOTEKNOLOJİ ENSTİTÜSÜ MERKEZ LABORATUVARLARININ İYİLEŞTİRİLMESİ

Proje Numarası 10 G 414 3001

(2)

ANKARA ÜNİVERSİTESİ BİLİMSEL ARAŞTIRMA PROJESİ

KESİN RAPORU

Ankara Üniversitesi Biyoteknoloji Enstitüsü Merkez Laboratuvarlarının İyileştirilmesi Proje Yürütücüsü

Prof. Dr. Mustafa AKÇELİK Yardımcı Araştırmacı Prof. Dr. Sümer ARAS

Proje Numarası 10 G 414 3001 Başlama Tarihi

12.7.2010 Bitiş Tarihi

12.7.2012 Rapor Tarihi

12.6.2012

Ankara Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Ankara - " 2012 "

(3)

PROJE ADI: Ankara Üniversitesi Biyoteknoloji Enstitüsü Merkez Laboratuvarlarının İyileştirilmesi

ÖZET:

Biyolojik sistemler kullanarak teknoloji, ürün ve hizmet üreten teknoloji olarak tanımlanabilecek biyoteknoloji sahasındaki ilerlemeler biyolojik sistem ve organizmalar hakkında sahip olunan bilgiler arttıkça hızlanmaktadır. Genom projelerinin önünü açtığı ‘’omiks’’ çağının, açığa çıkardığı bilgi birikiminin ışığı altında biyolojik sistem, hücre, doku ve organizmaların bütünüyle anlaşılabilmesinin ancak biyo moleküller, genler, transkriptler, proteinler ve metabolitlerin bütününün ve birbirleri ile olan etkileşimlerinin ortaya çıkarılması ile mümkün olabilecektir. Bu yeni araştırma yaklaşımı "sistem biyolojisi" sahasında somutlaşmaktadır. Bu sahadaki araştırmalar hücre, doku ve organizmaların genom, transkriptom, proteom ve metabolomunu inceleyip aralarındaki etkileşimi araştırmaktadır.

Ankara Üniversitesi Biyoteknoloji Enstitüsü 2002 yılında DPT'den alınan toplam 8 yıllık biyoteknoloji projesi ile Türkiye'nin ilk temel fonksiyonel genombilim araştırma ve hizmet merkezi olarak kurulmuştur. Kurumun merkezi olma kimliği Ankara Üniversitesi ile sınırlı kalmamış, Türkiye sathına yayılmış birçok üniversitenin yanı sıra kamu ve özel kurum ile ortak çalışma ve/veya hizmet sunumu çerçevesinde somutlaşmıştır. Bu proje ile Biyoteknoloji Enstitüsü Merkez Laboratuvarının var olan altyapısının korunması, geliştirilmesi ve genomik, transkriptomik ve proteomik ünitelerinin gereksinimleri doğrultusunda desteklenmesi gerçekleştirilmiştir.

2003 yılından beri lisansüstü eğitim vermekte olan Enstitümüzün Merkez Laboratuvar altyapısının iyileştirilmesi bilgi transferinin vazgeçilmez unsuru olan uzman kadrolarının yetiştirilmesine de daha geniş olanaklar sağlamıştır. Proje ile sistem biyolojisine yönelik yetiştirilen bilimsel kadrolar uluslararası düzeyde rekabet ve işbirliği gücünün arttırılmasına ve ulusal düzeyde de öncülüğe katkılar sağlayacaktır.

(4)

PROJECT TITLE: Improvement of Biotechnology Institute Central Laboratory ABSTRACT:

Biotechnology covers the application of scientific and technical advances in the life sciences in order to form or modify biological products or processes. Progress in biotechnology parallels the achievements in life sciences. “Omics” era, leaded by the genome projects, greatly enhanced the generation and flow of information. A comprehensive understanding of biological systems, cells and organisms is only possible by disclosing the interaction of biomolecules, genes, transcripts, proteins and metabolites.

Systems biology approach is an integrative way of thinking in which genomics, proteomics, transcriptomics and metabolomics are considered associated technology platforms.

Ankara University Biotechnology Institute has been founded in 2002, as an eight year DPT project.

The institute is Turkey's first research and service center for functional genomics. The services and scientific collaborations carried out by Biotechnology Institute, has much exceeded the boundaries of Ankara University, involving numerous universities, public organizations and private corporations.

This project has been accomplished in order to maintain and improve the institutes laboratory infrastructure according to the requirements of genomic, transcriptomics and proteomics units.

Post graduate education has been carried out in Biotechnology Institute since 2003. The maintanence and improvement of central laboratory infrastructure of the institute has favorable consequences on the training of expert staff. This project will have great impact on the education of highly qualified scientists in the area of system biology, which in turn, will increase the cooperative and competitive power of Turkey's scientific community.

(5)

AMAÇ:

Ankara Üniversitesi Biyoteknoloji Enstitüsünün sunduğu Lisansüstü eğitim, hizmet ve araştırma faaliyetlerinin sürekliliği; özellikle garanti süreleri dolmuş laboratuar cihazlarının acil bakım/onarım ve kalibrasyonlarının yaptırılması, teknolojik gereksinimlere bağlı olarak, ürüne yönelik bilimsel çalışmalar için ihtiyaç haline gelen yeni cihazların ve gerekli sarf kalemlerinin alımı ile gerçekleşmektedir. Bu esas doğrultusunda gerçekleştirilen iyileştirme projesi, Ankara Üniversitesi Biyoteknoloji Enstitüsü Merkez Laboratuarlarında yürütülen araştırmaların ve ana görevlerimizden biri olan Lisans üstü eğitim hizmetlerinin ihtiyaç duyulan seviyelerde korunması ve artırılmasına katkılar sağlamak amacı ile hazırlanmıştır.

KAPSAM:

Ankara Üniversitesi Biyoteknoloji Enstitüsü, 2001 yılında DPT tarafından desteklenen bir proje kapsamında 2002 yılında kurulmuştur. Enstitü, ürün sektörünün gelişmesine yönelik misyonu ve sağlık, tarım, temel bilimler ve mühendislik bilimlerindeki çok disiplinli yapısıyla ülkemizin biyoteknoloji alanında uluslararası rekabet gücü en yüksek araştırma kurumlarının başında gelmektedir. Moleküler hücre biyolojisi, genom bilim, proteom bilim alanlarında araştırma geliştirme çalışmalarını sürdürmekte olan Enstitümüz Türkiye'nin Biyoteknoloji sahasında lisansüstü eğitim veren tek enstitüsü olarak sahip olduğu fiziki ve uzman bilgi altyapısı ile Enstitü lisansüstü öğrencilerinin yetiştirilmesinin yanı sıra üniversitemizin diğer enstitülerinin ve Ankara'daki bazı diğer üniversitelerin lisansüstü öğrencilerinin proteomik, genomik, moleküler biyoloji alanlarında eğitim süreçlerine katkıda bulunmaktadır. Ankara Üniversitesi Biyoteknoloji Enstitüsü, bu eğitim misyonu ile eş güdümlü olarak bir araştırma enstitüsü kimliğine sahiptir. Bu çerçevede Enstitü hem Ankara Üniversitesinin hem de ülkemizdeki diğer üniversitelerin tüm birimlerinde görev yapan akademik personelin araştırmalarına verdiği bilimsel ve teknik danışmanlığın yanı sıra yürütülmekte olan araştırma projelerine ortak çalışma veya hizmet alımları yolu ile destek olmaktadır. Enstitü verdiği bu hizmetlerin yanı sıra biyo- endüstrinin ihtiyacı olan hizmetleri üreterek her yıl Üniversite döner sermayesine katkıda bulunmakta ve bu katkı her yıl artarak devam etmektedir.

Enstitü Türkiye’de ilk defa merkezi bir laboratuvarın Türkiye çapında verimli bir şekilde hizmete ve ortak çalışmaya açıldığı bir sistemi kurmuştur. Enstitümüzde bulunan fiziki altyapıya sahip olan ülkemizin sayılı ve önde gelen üniversitelerinin mevcut benzer altyapılarına rağmen, ilgili hizmetleri enstitümüzden sağlamayı tercih etmeleri bunun somut bir göstergesidir. Enstitümüz bünyesinde kurumsallaşmış olan bu organizasyon, doğru ve verimli işletim ile ülkenin sınırlı kaynaklarıyla kurulan altyapıların nasıl işletilmesi gerektiğine dair bir model teşkil etmektedir. Enstitümüzün sahip olduğu altyapı, üniversitemizde Teknoloji Geliştirme Bölgesi kurulmasıyla birlikte daha da önem kazanmıştır.

(6)

Enstitümüz sahip olduğu bu altyapı ile bu bölgede, biyo girişimci (tıp, eczacılık, tarım, gıda, kimya vb) olarak ürün geliştirebilecek olan araştırıcıların ve firmaların ihtiyacı olan temel moleküler biyoloji hizmetlerini gerçekleştirecektir. Yine hızla gelişen genetik hastalık testleri konusunda da gelişmiş donanım ve yetişmiş eleman imkanlarıyla sağlık alanına katkıda bulunmaya devam etmektedir. Ankara Üniversitesi ve Biyoteknoloji Enstitüsü stratejik planları bu birimlerin uluslararası rekabet güçlerini artıracak çabaları öngörmektedir.

Ankara Üniversitesi Biyoteknoloji Enstitüsü merkez laboratuarı çevre, insan sağlığı, ilaç üretimi, beslenme ve gıda kalitesi, bitkisel üretim gibi fen bilimlerine ait pek çok araştırma alanlarında yürütülen araştırma projeleri ve uygulama çalışmalarında ulusal/uluslararası kalite standardı sağlamayı hedeflemiş bir araştırma merkezidir.

Bu proje ile Enstitü laboratuarlarının altyapısının, mekanlarının ve alet-ekipmanlarının güncelleştirilmesi ile sürdürülebilir, kalıcı organizasyonların oluşturulması ve bu organizasyonların içerisinde yer alacak insan kaynaklarının geliştirilmesine önemli katkılar sağlanmıştır.

(7)

MATERYAL VE YÖNTEM - ANALİZ VE BULGULAR

Rapor formatında belirtilen “Kesin raporda proje sonuçlarını içeren, ISI’ nın SCI veya SSCI veya AHCI dizinleri kapsamında ve diğer uluslararası dizinlerce taranan hakemli dergilerde yayınlanmış makaleler, III. Materyal ve Yöntem ve IV. Analiz ve Bulgular bölümleri yerine kabul edilir” ifadesi gereği, bu bölümde proje sırasında yayınlanan “SCI” yayınları verilmiştir.

YAPILAN YAYINLAR(SCI) Proteomik Birimi

Ting Chen, Duygu Ozel, Yuan Qiao, Fred Harbinsk,Limo Chen, Yibo Wang,Severine Denoyelle, Michael Chorev, Jose Halperin, Bertal Aktas, Chemical Genetic Studies Identify Heme Regulated Inhibitor Kinase as a Novel Target for Cancer Therapy, Nature Chem.Bio. in pres, 2011.

Selen Peker, Nejat Akar, Duygu Ozel Demıralp, Proteomic Identification of Erythrocyte Membrane Protein Deficiency in Hereditary Spherocytosis , Molecular Biology Reports, online Jun. 2011.

Demiralp DO, Berberoglu M, Akar N., Melanocortin-4 Receptor Polymorphisms in Turkish Pediatric Obese Patients., Clin. Appl.Thromb and Hemost., DOI: 10.1177/1076029609354330, 2010.

Ozel Demiralp D., Haznedaroğlu IC., Akar N., Functional proteomic analysis of Ankaferd®Blood Stopper, Turkish Journal of Hematology,2010.

Ozel-Demiralp D, Igci N, Ayhan B, Egin Y, Haznedaroglu IC, Akar N. Prohemostatic and Antithrombin Activities of Ankaferd Hemostat Are Linked to Fibrinogen Gamma Chain and Prothrombin by Functional Proteomic Analyses. Clin Appl Thromb Hemost. 2012.

Igci N, Demiralp D. O. A preliminary investigation into the venom proteome of Macrovipera lebetina obtusa (Dwigubsky, 1832) from Southeastern Anatolia by MALDI-TOF mass spectrometry and comparison of venom protein profiles with Macrovipera lebetina lebetina (Linnaeus, 1758) from Cyprus by 2D-PAGE. Arch Toxicol. 2012 Mar;86(3):441-51. Epub 2011 Oct 12.

Bitki Biyoteknolojisi Birimi

Caliskan O., Polat A. A., Celikkol P. Bakir M. Molecular characterization of autochthonous Turkish fig accessions. Spanish Journal of Agricultural Research 2012 10(1): 130-140

(8)

Tillett, R.L., A. Ergül, R.L. Albion, K.A. Schlauch, G.R. Cramer and John C Cushman. 2011.

Identification of tissue-specific, abiotic stress-responsive gene expression patterns in wine grape (Vitis vinifera L.) based on curation and mining of large-scale EST data sets. BMC Plant Biology, 11:86 doi:10.1186/1471-2229-11-86.

Ergül A., G.Perez-Rivera, G. Soylemezoglu, K. Kazan and R. Arroyo-Garcia. 2011. Genetic diversity in Anatolian wild grapes (Vitis vinifera subsp. sylvestris) estimated by SSR markers. Plant Genetic Resources: Characterization and Utilization. 9(3); 375–383 doi:10.1017/S1479262111000013.

Boz, Y., M. Bakır, B. P. Çelikkol, K. Kazan, F. Yılmaz, B. Çakır, Ş. Aslantaş, G. Söylemezoğlu, A. S.

Yaşasın, C. Özer, H. Çelik and A. Ergül. 2011. Genetic characterization of grape (Vitis vinifera L.) germplasm from Southeast Anatolia by SSR Markers. 50(3), 99-106. 2011.

Agar G., Yildirim N., Ercisli S., Ergul A., Yuksel. C. Determination of Genetic Diversity of Vitis Vinifera Cv. Kabarcik Populations From The Coruh Valley Using SSR Markers. Biochem Genet.DOI 10,1007/S10528-011-9492-Y.2011

A.E. Akpınar, H. Koçal, A. Ergül, K. Kazan, M.E. Şelli, M. Bakır, Ş. Aslantaş, S. Kaymak and R. Sarıbaş. SSR-based molecular analysis of economically important Turkish apricot cultivars. Genet Mol Res.9 (1): 324-332.2010

Ergül A, S. Aras and G. Söylemezoğlu. Amplified fragment length polymorphism analysis of grapevine rootstock genotypes in Turkey. Genet Mol Res. 9 (2): 811-819. 2010

Hibridoma Birimi

Torun D, Yilmaz E, Atay A. 2011, Two New Mutations at ERGIC-53 Gene in a Turkish Family.

Clinical And Applied Thrombosis-Hemostasis. 17 (3): 248-250.

Yilmaz E, Berberoglu M, Akar N 2010 Relationship Between Functional Promoter Polymorphism in the XBP1 Gene (-116C/G) and Obesity Clinical And Applied Thrombosis-Hemostasis 16 (1): 99-102 Adiguzel Y, Yilmaz E, Akar N. 2010, Effect of eNOS and ET-1 Polymorphisms in Thromboangiitis Obliterans, Clinical And Applied Thrombosis-Hemostasis 16 (1): 103-106.

Yilmaz E, Akar R, Eker ST. 2010, Relationship between functional promoter polymorphism in the

(9)

XBP1 gene (-116C/G) and atherosclerosis, ischemic stroke and hyperhomocysteinemia, Molecular Biology Reports 37 (1): 269-272.

Erkan Y, Gulec S, Torun D et al. 2011. The effects of Ankaferd (R) Blood Stopper on transcription

factors in HUVEC and the erythrocyte protein profile

TurkishJournal Of Hematology Volume: 28 Issue: 4 Pages: 276- 285 DOI: 10.5152/tjh.2011.39

Karabiyik A, Sukru G, Yılmaz E. et al. Reversible Protease-Activated Receptor 1 Downregulation Mediated by Ankaferd Blood Stopper Inducible With Lipopolysaccharides Inside the Human Umbilical Vein Endothelial Cells. Clinical And Applied Thrombosis-HemostasisVolume: 17(6): E165-170, 2011, DOI: 10.1177/1076029610394437

Salihoglu U, Boynuegri D, Engin D, Duman AN, Gokalp P, Balos K. Bacterial Adhesion and Colonization Differences Between Zirconium Oxide and Titanium Alloys: An In Vivo Human Study.

Implantologie 2011 Jun;19(2):191-199.

Genombilim Birimi

Ilk O, Rajabli F, Dungul DC, Ozdag H, Ilk HG. A novel approach for small sample size family-based association studies: sequential tests. Eur J Hum Genet. 2011 Mar 23. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 21427757.

Mesci L, Ozdag H, Yel L, Ozgur TT, Tan C, Sanal O. H2AX gene does not have a modifier effect on ataxia-telangiectasia phenotype. Int J Immunogenet. 2011 Jun;38(3):209-13. doi: 10.1111/j.1744- 313X.2010.00989.x. Epub 2011 Jan 4. PubMed PMID: 21199394.

Duman D, Sirmaci A, Cengiz FB, Ozdag H, Tekin M. Screening of 38 genes identifies mutations in 62% of families with nonsyndromic deafness in Turkey. Genet Test Mol Biomarkers. 2011 Jan- Feb;15(1-2):29-33. Epub 2010 Nov 30. PubMed PMID: 21117948.

Cengiz FB, Duman D, Sirmaci A, Tokgöz-Yilmaz S, Erbek S, Oztürkmen-Akay H,Incesulu A, Edwards YJ, Ozdag H, Liu XZ, Tekin M. Recurrent and private MYO15A mutations are associated with deafness in the Turkish population. Genet Test Mol Biomarkers. 2010 Aug;14(4):543-50.

PubMed PMID: 20642360.

Uz E, Alanay Y, Aktas D, Vargel I, Gucer S, Tuncbilek G, von Eggeling F, Yilmaz E, Deren O,

(10)

Posorski N, Ozdag H, Liehr T, Balci S, Alikasifoglu M, Wollnik B, Akarsu NA. Disruption of ALX1 causes extreme microphthalmia and severe facial clefting: expanding the spectrum of autosomal- recessive ALX-related frontonasal dysplasia. Am J Hum Genet. 2010 May 14;86(5):789-96. Epub 2010 May 6. PubMed PMID: 20451171; PubMed Central PMCID: PMC2869009.

Sirmaci A, Erbek S, Price J, Huang M, Duman D, Cengiz FB, Bademci G, Tokgöz-Yilmaz S, Hişmi B, Ozdağ H, Oztürk B, Kulaksizoğlu S, Yildirim E, Kokotas H, Grigoriadou M, Petersen MB, Shahin H, Kanaan M, King MC, Chen ZY, Blanton SH, Liu XZ, Zuchner S, Akar N, Tekin M. A truncating mutation in SERPINB6 is associated with autosomal-recessive nonsyndromic sensorineural hearing loss. Am J Hum Genet. 2010 May 14;86(5):797-804. Epub 2010 May 6. PubMed PMID: 20451170;

PubMed Central PMCID: PMC2869020.

Bayele HK, Chiti A, Colina R, Fernandes O, Khan B, Krishnamoorthy R, Ozdağ H, Padua RA.

Isotopic biomarker discovery and application in translational medicine. Drug Discov Today. 2010 Feb;15(3-4):127-36. Epub 2009 Dec 28. Review. PubMed PMID: 20038454.

Belirgen M, Berrak SG, Ozdag H, Bozkurt SU, Eksioglu-Demiralp E, Ozek MM. Biologic tumor behavior in pilocytic astrocytomas. Childs Nerv Syst. 2012 Mar;28(3):375-89. Epub 2012 Jan 14.

Bioinformatik Birimi

Nelisa Lacin, Guldem Utkan, Tulin Kutsal, ErhanPiskin, Bala Gur Dedeoglu, Isık G. Yulug “TIMP-2 gene transfer by positively charged PEG-lated monosized polycationic carrier to smooth muscle cells”

J Nanopart Res (2012) 14: 694

(11)

SONUÇ VE ÖNERİLER

Proje kaynakları ile makine teçhizatın yenilenmesi ile bakım/onarımı ve zorunlu sarf destekleri sağlanırken, bunların sonucu olarak Enstitünün uluslararası eğitim ve bilgi yayma çalışmalarına uygun alt yapı hazırlanmıştır.

1-Makine teçhizatın yenilenmesi ile bakım/onarımı: kapsamında Merkez laboratuarın en temel ihtiyaçlarından birisi olan kesintisiz güç kaynağı sistemi tamamı ile yenilenirken (Şekil 1 ) Enstitü birimlerinin en yoğun hizmet sunduğu sekanslama ünitesinde “Beckman GeXP Genome Lab Genetic Analysis Sistemi ve Donanımları” kullanılma sokulmuştur (Şekil 2).

Şekil 1. Kesintisiz güç kaynağı sistemi

Şekil 2. GeXP Genome Lab Genetic Analysis Sistemi

(12)

Aletlerin kurulum aşamasındaki parça ve onarım eksiklerinden dolayı protein analizlerinde kullanılamayan FTIR spektokopisi ve Edman Potein Sequencer işlevsel hale getirilmiştir (Şekil 3).

Şekil 3. FTIR spektokopisi(sol) ve Edman Potein Sequencer (sağ)

Proteomiks ünitesinin iki önemli ekipmanı olan Waters QTOF + CapLC ve Maldi LR için gerekli tamir, bakım parça değişimleri proje süresinde yapılarak aletlerin kullanılabilirliğinde düzenlilik sağlanmıştır (Şekil 4) ve Genom vb birimler için hizmet alımlarında kullanılan önemli ünitelerin tamir ve bakımları yapılmıştır.

Enstitümüz bünyesinde Mikrobiyal Biyoteknoloji çalışmaları gerek konuda uzman öğretim üyelerinin bulunmaması gerekse laboratuarda bu konuda birimin oluşturulmaması nedeni ile Üniversitemizin diğer birimlerinin desteği ile yürütülmüştür. Proje olanakları ile bu eksik giderilerek Merkez Laboratuarında Mikrobiyal Biyoteknoloji birimi oluşturulmuştur. Bu birim araştırma, hizmet sunma ve eğitim açısından son aylarda faaliyetlerine başlatılmıştır (Şekil 5).

(13)

Şekil 4.Waters QTOF + CapLC ve Maldi LR

Şekil 5. Mikrobiyal Biyoteknoloji birimi ve Mikrobiyoloji ünitelerine ait çalışma alanlarının genel görünüşü

2-Sarf destekleri; hizmet sunma çalışmalarında enstitüde hizmet veren önemli sistemlerin tamir bakım çalışmaları yenilerinin alınması ile alt yapının sürekliliği gerçekleştirilirken, hizmet alımlarının başlatılmasında gerekli olan kimyasallar ve Mikrobiyal Biyoteknoloji için temel kimyasallar proje kapsamındaki sarf destekleri ile gerçekleştirilmiştir. Proje süresince Enstitü birimlerince hizmet sunulan alanlar ile hizmet talep eden kamu ve özel kuruluşlara bakıldığında ise;

(14)

Proje döneminde Enstitümüzde tarafından sunulan hizmetler

Bitki Biyoteknolojisi Birimi(Bitki başta olmak üzere değişik canlılarda)

• Filogenetik tanımlamalar

• Bitki örneklerinde karışıklık tespiti ve hibritlerinin tanımlanması

• Bitki örneklerinde yasal olmayan kullanımın belirlenmesi

• Farklı koşullar altında yetiştirilen bitkilerde gen ifadesi analizleri(Real time ve mikrodizin analizleri)

• Değişik canlılarda (arı, bakteri vb) 16S rDNA dizi analizi, moleküler tanımlamalar Genombilim birimi (İnsan başta olmak üzere değişik canlılarda)

• Mikrodizin analizleri

• Transkriptom analizi

• Real Time PCR analizi

• Real Time PCR uygulamaları

Moleküler Hücre Biyolojisi Birimi(C. elegans başta olmak üzere değişik canlılarda)

• Hücre kültürü çalışmaları

• İleri mikroskobik analiz ve görüntüleme

• Laser Mikrodisseksiyon uygulamaları

Proteomik Birimi(İnsan başta olmak üzere değişik canlılarda)

• Western Blot

• SDS-PAGE

• 2-D jel, MALDI-TOF analizleri

• Ultra santrifüj uygulamaları

Proje döneminde Enstitümüz tarafından hizmet sunulan kamu-özel kurum ve kuruluşları ise şu şekilde sıralanabilir:

Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi Histoloji ve Embriyoloji AD, ODTÜ Çevre Mühendisliği, T.C. Genelkurmay Başkanlığı Gülhane Askeri Tıp Akademisi Komutanlığı, Sakarya Tarımsal

Araştırma Enstitüsü, Türkiye Şeker Fabrikaları, Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Pediatrik AB, Kocaeli Üniversitesi Tıp Fakültesi KHD AB, A.Ü. Mühendislik Fakültesi Kimya Mühendisliği

(15)

Bölümü, Karadeniz Teknik Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü, Hacettepe Üniversitesi Çevre Mühendisliği Bölümü, İntergen, Selçuk Üniversitesi Diş Hekimliği Fakültesi A.Ü. Diş Hekimliği Fakültesi

3-Projenin eğitim ve bilgi yayma çalışmalarına katkısı

Laboratuar olanakları Enstitü öğrencilerinin eğitim-araştırmalarına olanak sağlarken, aynı zamanda Enstitü birimlerince 2 dönem ülkesel çapta eğitim kursları organize edilmiştir (Çizelge 1 ve Çizelge 2).

“Ankara Biyoteknoloji Günleri” kapsamında ise konusunda tanınmış ulusal ve uluslararası araştırıcıların katıldığı 3 toplantı düzenlenmiştir.

Çizelge 1. 2010 yılında BTEML tarafından düzenlenen kurslar

Kursun Adı Öğretim üyesi Tarih

RNA İnterferans Yrd. Doç. Dr. Arzu ATALAY 2-3/ Aralık/ 2010 PCR Temelli Genetik Analizler Doç. Dr. Hilal ÖZDAĞ 4-5/ Aralık/ 2010 Bitkilerde DNA Markörler ve

Mikroarray (DNA Chip) Gen profillemesi

Prof. Dr. Ali ERGÜL 6-8/ Aralık/ 2010

Spektrometrik ve Spektroskopik Temelli Proteomik Analizler

Yrd. Doç. Dr. F. Duygu ÖZEL DEMİRALP

10-12/ Aralık/ 2010

Çizelge 2. 2011 yılında BTEML tarafından düzenlenen kurslar

Kursun Adı Öğretim üyesi Tarih

PCR Temelli Genetik Analizler Doç. Dr. Hilal ÖZDAĞ 2–3/ Haziran/ 2011 RNA İnterferans Yrd. Doç. Dr. Arzu ATALAY 6-7/ Haziran/ 2011 Elektroforetik, Spektrometrik ve

Spektroskopik Temelli Proteomik Analizler

Yrd. Doç. Dr. F. Duygu ÖZEL DEMİRALP

17-19/ Haziran/ 2011

8.-9.-10. Ankara Biyoteknoloji Günleri:

• 8-10 Kasım 2010 tarihleri arasında “Türkiye’de Biyoteknoloji Politikaları ve Biyogüvenlik”

konulu 8.Ankara Biyoteknoloji Günleri düzenlenmiştir. Multidisipliner ve geniş katılımlı bu etkinlikte alanında uzman yerli ve yabancı araştırıcılarla Türkiye’de biyoteknoloji politikaları, yasal düzenlemeler, doğal bilimler ve biyoteknoloji, genetik yapısı değiştirilmiş organizmalar ve biyogüvenlik gibi önemli konular tartışılmıştır (Akçelik ve ark. 2010).

• 17-18 Ekim 2011 tarihleri arasında “Mikrobiyal Biyoteknoloji” konulu 9. Ankara

(16)

Biyoteknoloji Günleri düzenlenmiştir. Gıda Alanında Mikrobiyal Biyoteknoloji, Patojen Konakçı İlişkisi, Endüstiyel Mikrobiyoloji, Mikrobiyal Sistem Biyoteknolojisi, Mikrobiyal Biyoteknolojide Patentleme, Çevre Mikrobiyolojisi ve Alternatif Enerji Kaynakları ve Mikrobiyolojik Etkili İlaç Etken Maddelerinin Rasyonel Tasarım Çalışmalar alanlarında olmak üzere yerli ve yabancı bilim adamlarıca detaylı bilgiler sunulurken Mikrobiyal Biyoteknoloji her yönü ile tartışılmıştır (Akçelik ve ark. 2011).

• 21-22 Mayıs 2012 tarihleri arasında “Biotechnology Regulation Immersion Course” konulu 10.

Ankara Biyoteknoloji Günleri düzenlenmiştir. Uluslararası katılımlı toplantıya Avrupa, Türkiye ve Amerika’ dan konusunda uzman akademisyen ve araştırıcılar katılmıştır. Amerika, Avrupa ve Türkiye’de uygulanan Genetiği Değiştirilmiş Organizmalara (GDO) yönelik Biyoteknoloji Politikaları ve Düzenlemeler arasındaki farklılıklar tartışılmıştır. Toplantı ve tartışmalarda, tarım ve hayvancılıkta verimi artırıcı uygulamaların önemi vurgulanırken, konuda çevre ve insan sağlığını korumaya yönelik risk değerlendirmeleri hakkında bilgiler sunulmuştur.

Sonuç olarak, projede proje teklifinde önerilen programa uygun olarak çalışmalar başarılı bir şekilde gerçekleştirilmiştir. Sağlanan bu destekle, halen kullanımda olan cihazların bakım-onarım ve kalibrasyonları gerçekleştirilerek, ISO 17025 kapsamında laboratuar akreditasyonu için gerekli çalışmalara başlanılmış ve Kalite Yönetim Sisteminin yerleştirilmesi için gerekli alt yapı oluşturulmuştur. Enstitüsü olarak proje desteği ile proje döneminde hedeflenen hizmet, araştırma ve eğitim çalışmaları başarı ile tamamlanmıştır.

Kaynaklar

Akçelik M, Aras S, Ergül A, Yıldırım B, Gökçe A., Yeşil F. 8. Ankara Biyoteknoloji Günleri:

Türkiye’de Biyoteknoloji Politikaları ve Biyogüvenlik , Bildiri Özetleri 48s, 8-10 Kasım 2010.

Akçelik M, Engin D, Ergül A, Aras S, Yıldırım B, Yener B, Altuner M. 9. Ankara

Biyoteknoloji Günleri: Mikrobiyal Biyoteknoloji, Bildiri Özetleri 222 s, 17 - 18 Ekim 2011.

(17)

EKLER

a) Mali Bilanço ve Açıklamaları

Ekonomik sınıflandırmaya göre gider gerekçeleri aşağıdaki tabloda sunulmuştur.

EKONOMİK SINIFLANDIRMA

GELİR GİDER KALAN Gider gerekçesi **

MAKİNA- DONANIM

442.376,10 442.376,10 0,00 Soğutmalı Çalkalamalı tezgah üstü İnkübatör alımı, Kesintisiz güç

kaynağı(UPS) sistemlerinin yenilenmesi, Sekanslama ünitesinin yenilenmesi SARF

MALZEMESİ

804.477,34 739.119,15 65.358,19 DNA dizi analizi, genetik tanımlama, mikrodizin, real time gen analizlerinde (GB), İki boyutlu jel elektroforezi, western blot analizi, MALDI-TOF kütlespektrometresiyle PMF protein kimliklendirilmesinde (PB), Hücre Kültürü servislerinde (MHB), Monoklonal ve polyklonal (Hİ) antikor hizmet alımı çalışmaları ile oluşturulan Mikrobiyal Biyoteknoloji Birimi(MBB) temel kimyasalları için kullanılmıştır.

HİZMET ALIMI

24.203,00 24.190,00 13,00 Hizmet alımı tamir bakım ve alet kullanımı amacı ile yapılmıştır.

YOLLUKLAR YURTİÇİYURTDI ŞI

- - - -

MAKİNA- TEÇHİZAT BAKIM – ONARIMI

134.864,56 134.642,72 221,84 Laboratuarda hizmet alımında ve araştırmalarda kullanılan ve Merkez Laboratuarının alt yapısında önemli bir bölümü oluşturan QTOF+CapLC ve Maldi LR, pipet setleri, thermocycler, iklim odası, otoklav, Dispomix parçalayıcı Laminar flowlar, saf su sistemleri, 100 KW güç kaynağı, FTIR spektokopisi,Edman Potein Sequencer, Soğutucu-Derin dondurucu alet ve ekipmanlarının cihazın tamir ve bakımı yapılmıştır.

PERSONEL GİDERLERİ

144.000,00 0,00 144.000,00 - GENEL TOPLAM 1.549.921,00 1.340.327,97 209.593,03 -

**GB: Genom Birimi, PB: Proteom Birimi, MHB: Moleküler Hücre Biyolojisi Birimi, Hİ: Hibridoma

(18)

b) Makine ve Teçhizatın Konumu ve İlerideki Kullanımına Dair Açıklamalar

Proje kapsamında yenilenen, tamir bakımı ve kalibrasyonu yapılan donanım ve cihazlar Merkez laboratuarında hizmet sunma, araştırma ve eğitim amaçlı olarak aktif bir şekilde kullanılmaktadır. Bu alt yapı kullanılarak Merkez Laboratuvarında hali hazırda çok sayıda proje (Çizelge 3) yürütülmektedir.

Çizelge 3. Enstitü Merkez Laboratuarında Yürütülen Projeler

11G4143001 kodlu BAP projesi – Türkiye kaynaklı peynir örneklerinden izole edilen Enterococcus cinsi üyelerinin biyofilm oluşturma özelliklerinin araştırılması

Bakteriosin üretiminin tespitinde klasik yöntemler ile Maldi-TOF MS yönteminin kullanımının karşılaştırılması

Anne sütünden izole edilen bakteri örneklerinin probiyotik özelliklerinin araştırılması Salmonella enterica Serovar Typhimurium marT mutantlarının biyofilm oluşturma özellikleri açısından doğal tip S. Typhimurium 14028 ile karşılaştırılması

Myelodisplastik sendrom (MDS) ve akut myeloid löseminin (AML) epigenetik profillerinin belirlenmesi suretiyle MDS ve AML prognozunda yeni moleküler belirteçlerin tanımlanması (Avrupa Birliği COST BM 0801 projesi çerçevesinde) TUBITAK 109S299

Sporadik kolorektal kanser vakalarında genom ebadında kopya sayısı değişimlerinin belirlenmesi ile kanser başlangıç ve gelişmesinde etken gen veya gen gruplarının tanımlanması TUBITAK 109S477

Kardiyomyojenik farklılışma potansiyeli olan kök/öncül hücrelerin diferansiyasyon sürecinde gen ekspresyon profilinin transkriptom ve proteom ebadında araştırılması (ex vivo deneysel çalışma) TÜBİTAK 109S454

Kalıcı Atriyal Fibrilasyonlu ve Sinüs Ritimli Hastalarda Apoptozis İlişkili Genlerin

(19)

Karşılaştırmalı Analizleri TUBITAK 108S375

Anadolu menşeili bir bor bakterisi, Bacillus boroniphilus'un tüm gen diziliminin çıkarılması ve hazırlanacak genomik kütüphanesi üzerinden bor ile ilgili genlerin araştırılması BOREN

Applications of FDG-PET and Molecular Gene Profiling for the treatment of Diffuse Large B Cell Non Hodgkin's Lymphoma in different Ethnic Populations IAEA CRP C.Elegans Oosit ve Embriyolarında Global MikroRNAom Profillerinin Analizi(108T918- TÜBİTAK)

Farklı Görüntüleme Yöntemleri Kullanılarak Yapılan Işınlamalar Sonucunda Oluşan Radyasyon Miktarının Osseointegrasyona Etkisinin Değerlendirilmesi(BAP)

Kalıcı Atriyal Fibrilasyonlu ve Sinüs Ritimli Hastalarda Apoptozis İlişkili Genlerin Karşılaştırmalı Analizleri(108S375-TÜBİTAK)

Beta-Katenin, Nükleer Faktör Kappa B Ve Akirin Proteinlerinin Birliktelikleri Ve Kronik Myeloid Lösemide İmatinib Direncindeki Rolleri(111T358-TÜBİTAK)

Saccharomyces cerevisiae'da "quorum sensing" ile mitokondriyal regülasyon

mekanizmalarının araştırılması. BAP 12B4143001.

Development of a handheld device for reliable and fast early detection of Hepatitis C in point-of-care diagnostics "Quick:Hep" (Avrupa Birliği NewIndigo programı kapsamında1. Aşamayı geçti proje değerlendirmede)

Multiple Myeloma(Plazma Hücre Kanseri)’nın Spektrometrik ve Spektroskopik Yöntemler ile Araştırılması(TÜBİTAK-111S337)

Türkiye'de Yayılış Gösteren Bazı Engerek Zehirlerinin Moleküler İçerikleri, Sitotoksisiteleri Ve Koagülasyon Üzerindeki Etkilerinin Araştırılması Ve Biyoteknolojik Kullanım Potansiyellerinin Değerlendirilmesi (TÜBİTAK-111T338).

Asma Anacı Köklerinde Endoplazmik Retikulum (Er) Stresi Transkriptlerinin

(20)

Mikrodizin (Microarray) Analizleri(BAP)

Farklı armut çeşitlerinde kuraklık stresi koşullarında dehidrin geninin ekspresyonuna yönelik Real Time PCR temelli gen ifadesi analizleri(BAP)

Üzümde mildiyö ve küllemeye yönelik ıslah çalışmaları, SCAR marköre dayalı seleksiyonlara ve hastalık dayanıklı genlerin eş zamanlı PCR uygulamaları ile çeşit karşılaştırması(BAP)

Endoplazmik Retikulum (Er) ve Tuzluluk Stresi Transkriptomlarının Asma Anacında Mikrodizin(Microarray) Analizleri (TÜBİTAK-110 O 105)

(21)

c) Teknik ve Bilimsel Ayrıntılar (varsa Kesim III'de yer almayan analiz ayrıntıları)

Enstitümüz, Tarım ve Köy İşleri Bakanlığı Tarımsal Üretim ve Geliştirme Genel Müdürlüğü tarafından 5 yıl süre ile ‘Doku Kültürü Yöntemleri ile üretilen Meyve/Asma Fidanı Üretim Materyali ve Çilek Fidesi Üretimi, Sertifikasyonu ile Pazarlaması Tebliği hükümlerine göre Genetik Analizle Çeşit Tespit Kuruluşu’ olarak yetkilendirilmiştir.

Şekil

Updating...

Referanslar

Benzer konular :