t030, Türkiye’deki Hastanelerden İzole Edilen
Metisiline Dirençli Staphylococcus aureus İzolatları
Arasında En Yaygın spa Tipidir*
t030 is the Most Common spa Type Among
Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus Strains
Isolated from Turkish Hospitals
Bülent BOZDOĞAN1,2, Ömer YILDIZ1, Erman ORYAŞIN1, Sevin KIRDAR2, Burçin GÜLCÜ1, Orhan AKTEPE3, Uğur ARSLAN4, Gülçin BAYRAMOĞLU5Ahmet Yılmaz ÇOBAN6, Seher Ayten COŞKUNER7, Hüseyin GÜDÜCÜOĞLU8, Nihal KARABİBER9, Serkan ÖNCÜ10, Müşerref TATMAN OTKUN11, Nuri ÖZKÜTÜK12, Mustafa ÖZYURT13, Aslı Gamze ŞENER14
1Adnan Menderes Üniversitesi BILTEM, Epidemiyoloji Birimi, Aydın. 1Adnan Menderes University BILTEM, Epidemiology Unit, Aydin, Turkey.
2Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Aydın.
2Adnan Menderes University Faculty of Medicine, Department of Medical Microbiology, Aydin, Turkey. 3Afyon Kocatepe Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Afyon.
3Afyon Kocatepe University Faculty of Medicine, Department of Medical Microbiology, Afyon, Turkey. 4Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Konya.
4Selcuk University Faculty of Medicine, Department of Medical Microbiology, Konya, Turkey. 5Karadeniz Teknik Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Trabzon.
5Karadeniz Technical University Faculty of Medicine, Department of Medical Microbiology, Trabzon, Turkey. 6Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Samsun.
6Ondokuz Mayis University Faculty of Medicine, Department of Medical Microbiology, Samsun, Turkey. 7Bozyaka Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Bölümü, İzmir. 7Bozyaka Training and Research Hospital, Infectious Diseases and Clinical Microbiology Department, Izmir, Turkey. 8Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Van.
8Yuzuncu Yil University Faculty of Medicine, Department of Medical Microbiology, Van, Turkey. 9Yüksek İhtisas Hastanesi, Mikrobiyoloji Laboratuvarı, Ankara.
9Yüksek Ihtisas Hospital, Microbiology Laboratory, Ankara, Turkey.
10Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Aydın. 10Adnan Menderes University Faculty of Medicine, Department of Infectious Diseases and Clinical Microbiology, Aydin, Turkey. 11 Onsekiz Mart Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Çanakkale.
11 Onsekiz Mart University Faculty of Medicine, Department of Medical Microbiology, Canakkale, Turkey. 12 Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Manisa.
12 Celal Bayar University Faculty of Medicine, Department of Medical Microbiology, Manisa, Turkey. 13 Gülhane Askeri Tıp Akademisi Haydarpaşa Eğitim Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Servisi, İstanbul.
13 Gulhane Military Academy of Medicine, Haydarpasa Training Hospital, Medical Microbiology Department, Istanbul, Turkey.
14İzmir Katip Çelebi Üniversitesi Atatürk Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Mikrobiyoloji Laboratuvarı, İzmir. 14 Izmir Katip Celebi University Ataturk Education and Research Hospital, Microbiology Laboratory, Izmir, Turkey.
*Bu çalışma sonuçlarının bir bölümü “110thGeneral Meeting (May 23-27, 2010, San Diego, California)”de poster olarak sunulmuştur.
ÖZET
Staphylococcus aureus en sık görülen hastane enfeksiyon etkenleri arasındadır. Farklı koşullara adapte
olabilme yeteneği sayesinde S.aureus, başarılı klonları ile epidemilere, hatta bir kıtadan diğerine yayılarak pandemilere yol açabilmektedir. Bu çalışmanın amacı, Türkiye’de farklı coğrafi bölgelerdeki 12 merkez-den 2006-2008 yılları arasında izole edilen 397 metisiline dirençli S.aureus (MRSA) suşunun spa tiplen-dirmesinin yapılması ve PFGE ve MLST yöntemleri ile klonalitelerinin araştırılmasıdır. Ayrıca 12 merkezin dördünden 2011 yılında izole edilmiş olan 91 MRSA izolatının da spa tipleri belirlenmiştir. PFGE analizle-ri izolatlar arasında yaygın bir pulsotipin olduğunu göstermiştir. İzolatlardan 363 (%91.4)’ü pulsotip A, 18 (%4.5)’i pulsotip B ve 11 (%2.8)’i pulsotip C olarak bulunmuştur. SCCmec tipleme sonuçlarına göre 363 (%91.4) suş SCCmec tip III, 30 (%7.6) suş SCCmec tip IV olarak tanımlanmıştır. Pulsotipleri temsil eden suşların dizi analizi sonuçlarına göre en yaygın MLST tipinin ST239 (%85.1) olduğu, bunu her iki-si de SCCmec tip IV olarak bulunan ST737 (%4) ve ST97 (%2.8)’nin takip ettiği görülmüştür. İki SCCmec tip IV suşunun MLST tipi ise ST80 olarak bulunmuştur. Test edilen 397 suştan 338 (%85.1)’inin spa tipi t030 olarak saptanmış; bunu t005 (%2.5) ve t632 (%2) takip etmiştir. 2011 yılında izole edilen 91 suşun ise 64 (%70.3)’ü t030, 4 (%4.4)’ü t005, 2 (%2.2)’si t015 ve 2 (%2.2)’si t1094 olarak bulunmuştur. Spa tipi t030’un merkezlerde 2006-2008 suşları arasındaki prevalansı %59-100 arasındadır. İzole edilen suş-lar arasında t030’un en yüksek düzeyi Ankara’da (%100) en düşük düzeyi ise Trabzon’da (%59) görül-müştür. İstanbul’da 2006-2008 örnekleri arasında %94.5 olan t030 oranının, 2011 suşları arasında %55’e düştüğü izlenmiştir. Benzer şekilde Konya ve Trabzon örneklerinde de t030 görülme oranının azal-dığı belirlenirken, Aydın ilinde yıllar içinde t030 oranında artış olduğu saptanmıştır. Çalışmamızda, altı yıl-lık süreçte Türkiye’de en sık görülen MRSA klonunun t030 spa tipine sahip olduğu belirlenmiştir. PCR ile test edilen PVL toksin geni ise 5 (%3) suşta pozitif bulunmuş; bunlardan üçünün SCCmecIII-ST239 ve iki-sinin SCCmec tip IV-ST80 olduğu görülmüştür. Bu çalışma şimdiye kadar Türkiye’de yapılmış olan en ge-niş epidemiyolojik çalışma olup, hastane kökenli Türkiye klonu olan TR09 (ST239-SCCmecIII-t030) ve toplum kökenli Türkiye klonu olan TR10’nun (ST737-SCCmecIV-t005) Türkiye’de yaygın olarak bulundu-ğunu göstermiştir.
Anahtar sözcükler: Metisiline dirençli Staphylococcus aureus; MRSA; spa tiplendirme; klon; moleküler epi-demiyoloji, Türkiye.
ABSTRACT
Staphylococcus aureus is one of the most frequent agents causing hospital infections. S.aureus has a
great ability to adapt itself to variety of conditions and successful clones can be epidemic and even pan-demic by its ability spread from one continent to another. The aims of this study were to detect spa types of 397 methicillin-resistant S.aureus (MRSA) strains isolated from 12 centers in different geographical re-gions of Turkey from 2006 to 2008, and to investigate their clonality by PFGE and MLST typing. Additi-onally, 91 MRSA from four of those 12 centers isolated during 2011 were also studied for their spa types. PFGE profiles indicated the presence of a major pulsotype, namely pulsotype A with a rate of 91.4% (363/397), followed by pulsotype B (n= 18, 4.5%) and pulsotype C (n= 11, 2.8%). Among isolates tes-ted 363 (91.4%) were SCCmec type III, 30 (7.6%) were SCCmec type IV. Sequence analysis of
tative isolates revealed that ST239 (85.1%) was the most common MLST type followed by two MLST types ST737 (4%), and ST97 (2.8%), both SCCmec type IV. Two isolates were ST80 with SCCmec type IV. Of 397 isolates, 338 (85.1%) were t030, followed by t005 (2.5%) and t632 (2%). Among MRSA iso-lated during 2011, 64 (70.3%) of 91 were t030, 4 (4.4%) were t005, 2 (2.2%) were t015, and 2 (2.2%) were t1094. Among centers the t030 prevalence of 2006-2008 isolates ranged from 59-100%. The hig-hest t030 prevalence was found in Ankara (100%) and lowest in Trabzon (59%) provinces which are lo-cated at central and northestern Anatolia, respectively. In Istanbul province, the prevalence of t030 was 94.5% among 2006-2008 isolates which decreased to 55.5% among 2011 isolates. Also a decrease in t030 rates was observed among samples from Konya and Trabzon but not from Aydin. Our results sho-wed that the most common MRSA clone in Turkey is ST 239-SCCmec type III, t030 which persisted du-ring the six years of the study period. Presence of PVL toxin gene was tested by PCR and 5 (3%) isola-tes found to be positive, of them two were SCCmec Type IV-ST80 and three were SCCmec Type III-ST239. This study is the largest epidemiological survey ever done in Turkey which showed presence of a hospital Turkish clone TR09 (ST239-SCCmecIII-t030) and a community clone TR10 (ST737-SCCmecIV-t005) largely disseminated in Turkey.
Key words: Methicillin-resistant Staphylococcus aureus; MRSA; spa typing; clone; molecular epidemiology; Turkey.
GİRİŞ
Staphylococcus aureus tüm dünyada nozokomiyal enfeksiyonların en önemli
nedenle-rinden birisidir. Metisiline dirençli S.aureus’un (MRSA) neden olduğu enfeksiyonların te-davisi zordur ve uzun süreli hastanede yatış ve yüksek mortaliteye neden olurlar1. MRSA izolatlarının klonal yayılımı uzun süredir bilinmektedir ve başarılı klonlar kıtalar arasında da yayılabilmektedir2. Ancak bölgesel olan klonlar bir ülkede yaygın olarak görülürken,
diğer yerlerde daha nadir görülürler. MRSA klonlarının genotipik özelliklerinin dizi temel-li yöntemlerle betemel-lirlenmesi ve farklı coğrafi bölgelerdeki suşların genetik akrabalığının ta-ranması, MRSA klonlarının yayılımını kontrol etmede yardımcıdır3. Klonal yayılımın
be-lirlenmesinde, PFGE (Pulsed field gel electrophoresis), stafilokokal kaset kromozom mec (SCCmec) tiplendirmesi, MLST (Multilocus sequence typing) ve spa (stafilokokal protein A) tiplendirmesi gibi yeni moleküler epidemiyolojik yöntemlerin geliştirilmesinin büyük katkısı olmuştur4,5.
Türkiye’nin Asya ve Avrupa kıtaları arasında bulunmasından dolayı, ülkemizdeki MRSA klonlarının belirlenmesi, klonal suşların yayılma yolu konusunda aydınlatıcı olabilir. Bu amaçla çalışmamızda, Türkiye’deki farklı bölgelerdeki hastanelerden toplanmış olan MRSA suşlarının klonalitesinin ve Türkiye’deki hastanelerdeki en yaygın olan MRSA klo-nunun belirlenmesi hedeflenmiştir.
GEREÇ ve YÖNTEM
MRSA İzolatları ve Tanımlama
tanbul (55 suş), Samsun (51 suş), İzmir (39 suş), Manisa (23 suş), Aydın (15 suş)] 2006-2008 yılları arasında MRSA olarak tanımlanmış olan suşlar ileri araştırmalar için gönderil-di. Ayrıca 2011 yılında Konya (35 suş), Aydın (20 suş), İstanbul (18 suş) ve Trabzon’dan (18 suş) toplanan 91 MRSA izolatı da çalışmaya dahil edildi.
S.aureus izolasyonu için triptik soy agar veya kanlı agar kullanıldı. MRSA suşlarının
be-lirlenmesinde, CLSI tarafından önerildiği şekilde, sefoksitin kullanılarak disk difüzyon yöntemi uygulandı6. MRSA suşları polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile mecA geni
varlı-ğı tespitiyle doğrulandı7.
DNA Ekstraksiyonu
DNA ekstraksiyonu için taze kültürden bir bakteri kolonisi alınarak 200 µl InstaGene Matrix (Bio-Rad, ABD)’de süspanse edildi ve ekstraksiyon üretici firma önerileri doğrul-tusunda yapıldı.
SCCmec Tiplendirmesi
Bu amaçla daha önceden tanımlanan multipleks PCR yöntemi uygulandı7. mec tipinin
doğrulanması ve ccr tiplerinin belirlenmesi, önceden tanımlanmış olan primerler kullanı-larak PCR yöntemiyle yapıldı8.
pvl Saptanması
Tüm suşlarda, Panton-Valentin lökosidin (PVL) varlığı önceden tanımlanmış olan yön-tem ve primerler kullanılarak çalışıldı9.
PFGE
PFGE analizi McDougal ve arkadaşlarının10 tanımlandığı yöntemle çalışıldı. SmaI ile
kesilmiş DNA fragmanları CHEF DR III (Bio Rad, ABD) kullanılarak ayrıldı. En yaygın pro-fil pulsotip A olarak belirlendi ve 1-5 arasındaki bant farklılıkları bu klonun varyantı ola-rak değerlendirilerek A1 gibi numaralar verilerek adlandırıldı. Beş banttan fazla farklılık, farklı bir pulsotip olarak değerlendirildi. PFGE profillerine göre ulusal ve bölgesel temsil-ci suşlar seçilerek daha ileri analiz için MLST uygulandı.
MLST Analizi
MLST analizi, bu konuda hazırlanmış web sayfasında
(http://saureus.mlst.net/misc/in-fo.asp) tanımlandığı şekilde, her bir klon için 7 gen bölgesi amplifiye edilerek
gerçekleş-tirildi11. Amplikonlar, DNA dizilerinin belirlenmesi için Macrogen firmasına (Güney Ko-re) gönderildi. Her bir alelin DNA dizisi http://saureus.mlst.net/sql/singlelocus.asp‘deki tek lokus veri analiz programı kullanılarak analiz edildi ve izolat için her bir 7 amplikonun alel numaraları belirlendi. Dizi tipleri http://saureus.mlst.net/sql/allelicprofile_choice.asp’deki alelik belirleme programı kullanılarak tanımlandı. Bir izolatın tüm alel numaraları prog-rama girilerek suşun ST tipi belirlendi.
spa Tiplendirmesi
(www.macrogen.com) tarafından yapıldı. Tekrarların dizileri spa veri bankasından (www.sparidom.de) bulundu. Amplikonların dizileri saptanarak http://spa.ridom.de/repe-ats.shtml sayfasında bulunan tekrarlarla karşılaştırıldı. Karşılaştırma için kısaca şu yöntem
izlendi: Diziler “word” belgesine kaydedilerek her tekrar kopyalanıp “ara” kısmına yapış-tırıldı. Bu yolla bulunan diziler tanımlandı. Her tekrar farklı bir renkle boyandı. Suşun tek-rarlayan sıraları saptandığında bu tektek-rarlayan sıralara uyan spa tipleri izolatın spa numa-rası olarak kabul edildi (http://spa.ridom.de/spatypes.shtml).
BULGULAR
Çalışmamızda, 12 farklı merkezden toplanan 397 izolatın; SCCmec, PFGE, MLST ve
spa tiplendirmeleri yapılarak klonal ilişkileri araştırılmıştır. 2011 yılı içinde 12 merkezin
4’ünden izole edilmiş olan toplam 91 MRSA izolatının da spa tipleri çalışılmıştır.
SCCmec Tiplendirmesi
Toplam 397 MRSA izolatının hepsine SCCmec tiplendirmesi yapılmış ve Türkiye’deki en yaygın SCCmec tipinin %91.4 (363/397) oranı ile SCCmec tip III olduğu görülmüş-tür (Tablo I). Ayrıca izolatların 30 (%7.6)’unda tip IV SCCmec saptanmış; 4 (%1) suşun ise SCCmec tipi kullanılan primerlerle belirlenememiştir. On iki merkezin dördünden gönderilen izolatlarda sadece SCCmec tip III saptanmış olup, bu tipin oranı merkezlerin %75’inde %90’ın üzerinde bulunmuştur (Tablo II). Toplumdan kazanılmış SCC tipi ola-rak bilinen tip IV çok yaygın görülmese de, 12 merkezin sekizinde en az bir izolatta bu-lunduğu belirlenmiştir. Tip IV‘ün Trabzon’dan gönderilen örneklerde nispeten fazla oldu-Tatman Otkun M, Özkütük N, Özyurt M, fiener AG.
Tablo I. Çalışmaya Katılan Merkezlerden 2006-2008 Yılları Arasında İzole Edilen 397 MRSA İzolatının Klonal Dağılımı
Klonlar Suş sayısı Pulsotip SCCmec tipi MLST Spa Tipi PVL (+)
TR09 336 A Tip III ST239 t030 2 TR10 8 B Tip IV ST737 t005 7 A Tip III ST239 t632 1 2 B Tip IV ST80 t044 2 TR19 2 C Tip IV ST97 t030 2 A Tip III ST239 t005 1 A Tip III ST239 t037 1 B Tip IV ST737 t632 3 B Tip IV ST737 t542 17 A Tip III ST239 * 4 B Tip IV ST737 * 9 C Tip IV ST97 * TR66 1 Tek Tip IV ST8 t008 4 Tek - -
ğu ve örneklerin %33’ünün SCCmec tip IV olduğu görülmüştür. SCCmec tipi belirlene-meyen 4 suştan, Oliveira ve Lencastre’nin7tanımladığı primerlerle sadece mecA bantı
el-de edilmiştir.
PFGE Tiplendirmesi
PFGE’de pulsotip A’nın Türkiye’deki MRSA izolatları arasında en yaygın pulsotip oldu-ğu görülmüştür. Çalışmamızda, 363 suşun pulsotip A (%91.4), 18 suşun (%4.5) pulso-tip B ve 11 suşun (%2.8) pulsopulso-tip C olduğu saptanmıştır (Tablo I). Suşların %1.3 (5/397)’ünün eşi olmayan tek profile sahip olduğu ve Türkiye’deki yaygın profillerden birine ait olmadığı izlenmiştir. Pulsotip A suşları içerisinde 14 varyant olduğu belirlenmiş; varyant sayıları pulsotip B için 5 ve pulsotip C için 4 olarak saptanmıştır.
MLST Tiplendirmesi
Temsilci olarak seçilen suşların MLST sonuçlarına göre 363 pulsotip A suşunun ST239 (%91.4) olduğu görülmüştür (Tablo I). On sekiz pulsotip B suşunun 16’sı ST737 (%4) olarak bulunmuş; diğer 2 pulsotip B suşu ST80 (%0.5) olarak, pulsotip C suşlarının 11’i ise ST97 olarak tanımlanmıştır. Tek suşlardan biri ST8 olarak belirlenmiş ve TR66 olarak adlandırılmıştır (Tablo I).
Spa Tiplendirmesi
Bütün suşların spa tiplendirmesi yapılmış ve sonuçlar Türkiye’deki MRSA izolatlarında farklı spa tiplerinin olduğunu göstermiştir (Şekil 1). Tüm spa tipleri içerisinde 338 (%85.1) suş ile en sık görülen spa tipinin t030 olduğu belirlenmiştir. Analiz sonuçları
suş-Tablo II. Türkiye’deki 12 Merkezden Toplanan MRSA İzolatlarının SCCmec Tipleri
SCCmec tipinin izolat sayısı (%)*
Merkezler (İzolat sayısı) III IV Bilinmeyen
Afyon (23) 20 (87) 1 (4) 2 (9) Ankara (31) 31 (100) - -Aydın (15) 15 (100) - -Edirne (36) 33 (92) 3 (8) -İstanbul (55) 53 (96) 2 (4) -İzmir, Bozyaka H. (22) 21 (95) 1 (5) -İzmir, Devlet H. (17) 15 (88) 1 (6) 1 (6) Manisa (23) 23 (100) - -Konya (28) 28 (100) - -Samsun (51) 48 (94) 3 (6) -Trabzon (54) 36 (67) 18 (33) -Van (42) 40 (96) 1 (2) 1 (2) Toplam (397) 363 (91.4) 30 (7.6) 4 (1)
lardan 10 (%2.5)’unun t005, 8 (%2.0)’inin t632, 2 (%0.5)’sinin t044, 3 (%0.8)’ünün t542, 1 (%0.3)’inin t008 ve 1 (%0.3)’inin t037 spa tipinde olduğunu göstermiştir. Otuz dört (%8.5) izolatta spa’ya özgül primerlerle herhangi bir amplikon çoğaltılamamıştır. Merkezlerdeki spa tiplerinin dağılımı Tablo III’te görülmektedir. En fazla spa tipi çeşitlili-ği Trabzon’dan gönderilen MRSA’larda saptanmıştır. Bu bölgedeki izolatların %59’u t030, %11’i t632, %7’si t005 ve %6’sı t542 olarak belirlenmiştir. Kullanılan primerlerle 9 (%17) izolatta amplikon elde edilememiştir. Spa tip t030 %70.3 ile aynı zamanda 2011 yılında izole edilmiş olan suşlarda da en yaygın olan tip olarak belirlenmiştir. Spa t030’un Konya, Aydın, İstanbul ve Trabzon’da 2011 yılında izole edilen suşlardaki oranı sırasıyla %82.8, %85, %55.5 ve %44.4 olarak bulunmuştur. Dört merkezde de t030 en yaygın görülen spa tipi olarak belirlenmiştir. Aydın’da diğer üç merkezdekinden farklı olarak t030 oranı 2006-2008 yılında %80 iken 2011 yılında %85 olarak belirlenmiş ve artış saptanmıştır. (Şekil 1). En yaygın spa tipi olan t030 oranlarında en fazla azalma, 2006-2008 örneklerinde %94.5 iken 2011 örneklerinde %55.5’e düşen İstanbul örnek-lerinde görülmüştür. En yaygın spa tipi olarak kalmasına rağmen 2006-2008 örnekleriy-le 2011 örnekörnekleriy-leri karşılaştırıldığında, t030 oranı Konya’da %93’ten %82.2’ye, Trab-zon’da ise %59’dan %44’e düşmüştür. 2011 örnekleri arasında görülen diğer spa tiple-ri; Konya’da t1094 (2), t386 (1), t8838 (1), ve t015 (1); Aydın’da t223 (1); İstanbul’da t189 (1), t605 (1), t153 (1), t015 (1) ve Trabzon’da t005 (4), t008 (1), t024 (1) olarak belirlenmiştir.
Tatman Otkun M, Özkütük N, Özyurt M, fiener AG.
PVL Pozitifliği
Test edilen izolatlardan 5 tanesi özgül primerler kullanılarak yapılan PCR işleminde PVL için pozitif bulunmuştur. Bu suşlardan 2’si SCCmec tip IV ve ST80, 3’ü ise SCCmec tip III ve ST239 olarak tanımlanmıştır (Tablo I).
TARTIŞMA
Çok merkezli olarak yapılan çalışmamızda Türkiye’deki en yaygın MRSA klonunun ST239-SCCmec tip III, t030 olduğu görülmüştür. Bu Türkiye klonu TR09 olarak adlandı-rılmış olup, farklı merkezlerden izole edilen tüm MRSA suşları arasında, aynı zamanda merkezlerin de her birinde en yaygın klon olarak tespit edilmiştir. Ayrıca çalışmada ST737-SCCmec tip IV, t005 en yaygın olarak görülen toplum kökenli klon olup TR10 ola-rak adlandırılmıştır.
MRSA klonlarının dünyadaki dağılımı incelendiğinde, doğudaki ülkelerde yaygın ola-rak görülen klonların batıdakilerden farklılık gösterdiği belirlenmiştir. Batı ülkelerinden ABD’de ST8 (USA300) ve ST5 en yaygın klonlar iken, Avrupa’da ST22’nin yaygın klon ol-duğu görülmektedir2,10. Ancak doğu ülkelerinde egemen klonlar farklılık gösterebilmek-tedir. Çin’de en yaygın görülen ST ve spa tipi ST239 ve t030 olup, t030’dan üç tekrar farkı olan t037 spa tipi ise ikinci en yaygın olan klondur13. Kore’de14en yaygın klonun
ST239-t037; Pakistan’da15 hastane kaynaklı MRSA izolatlarında en yaygın ST tipinin
ST239 olduğu belirtilmektedir. Tayvan’da16 hastane kaynaklı MRSA izolatlarında en sık görülen tipler ST5-t002 ve ST239-t037 olarak bildirilmiş; ST239’un İran’da17da en yay-gın görülen ST tipi olduğu rapor edilmiştir. Diğer Asya ülkelerinden Tayland, Filipinler,
Tablo III. Türkiye’deki 12 Merkezdeki MRSA spa Tiplerinin Dağılımı
Toplam
izolat spa tiplerinin dağılımı (%) Amplikon Şehir sayısı t030 t005 t632 t542 t044 t008 t037 yok
Kore, Vietnam, Hong Kong, Sri Lanka ve Hindistan’da da en yaygın klonun ST5-MRSA-SCCmec tip II-spa tip t002 ile birlikte ST239- ST5-MRSA-SCCmec tip III-spa tip t037 olduğu bildiril-miştir18.
Türkiye’de daha önce sekiz merkezden toplanan MRSA izolatlarında yapılan bir ça-lışmada, %89’luk oran ile t030 en yaygın görülen spa tipi olmuştur19. Bu sonuç, bizim
çalışmamızda %85.4 olarak belirlenen t030 sonucu ile örtüşmektedir. Ankara’daki has-tanelerden izole edilmiş MRSA suşlarıyla yapılan iki çalışmada ve Ardahan’daki izolatlar-da yapılan bir çalışmaizolatlar-da SCCIII tipi dominant olarak saptanmıştır20-22. İzmir’de, Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesinde de t030 spa tipinin hakimiyeti gösterilmiştir23.
Çalışma-mızdaki MRSA izolatlarında PVL oranı düşük bulunmuştur ki, bu sonuç, Kırdar ve arka-daşlarının24MRSA izolatlarında hiç PVL saptamadıkları çalışmalarının verileriyle benzer-lik göstermektedir. Yumuşak doku enfeksiyonu etkeni olan MRSA suşlarıyla yapılan di-ğer çalışmalarda da PVL saptanmazken, MSSA izolatlarında PVL varlığı rapor edilmiş-tir25,26.
Başarılı MRSA klonları, bir ülkede, bölgede veya kıtada yayılım gösterebilmekte ve aynı coğrafyada olmasına karşın toplum kaynaklı ve hastane kaynaklı kökenler farklı klonlar olabilmektedir27. Avrupa’daki en yaygın spa tipi t032 ve en yaygın MLST tipi ST22’dir2. Almanya, Macaristan, İrlanda, Portekiz, Birleşik Krallık ve Malta’da en yaygın görülen spa tipi t032 iken, Fransa ve Belçika’da t008, İspanya’da da t067 en yaygın gö-rülen spa tipleri olarak bildirilmiştir2. Ancak doğu ve batı Avrupa’da yaygın olarak gö-rülen klonlar arasında farklılıklar bulunmaktadır. Örneğin; Avrupa’da Balkan ülkelerinde saptanan spa tipi Türkiye ile uyumlu olup, Bulgaristan ve Romanya’da görülen spa ve ST tiplerinin Türkiye’dekine benzer şekilde spa tip t030, MLST tip ST239 ve SCCmec tip III olduğu bildirilmektedir2. Bu klon batı Avrupa’da dokuzuncu sırada bulunmaktadır2. Analiz sonuçları, Balkanları da kapsayan bir doğu klonunun bazı varyasyonlarla Çin’e kadar uzandığını; Batı Avrupa, Amerika ve Japonya’da hakim olan klonlarla farklılık gös-terdiğini ortaya koymuştur. Bu çalışma sonuçlarına göre Türkiye’de yaygın klon, doğu tipi klondur.
Çalışmamızda spa tiplerinde 2006-2008 suşları ile 2011 suşları arasında t030 tipinin hakimiyeti konusunda benzerlik olmasına karşın, çalışılan suşlarda t030 oranının 2011 yı-lında azaldığı izlenmiştir. Bu değişimin nedenleri, zaman içerisinde devam edip etmedi-ği ve başta antibiyotik hassasiyeti ve virülans faktörleri olmak üzere suşların özelliklerini ne şekilde değiştirdiği konusunda ileri araştırmalar yapılması gerektiği sonucuna varılmış-tır. Sonuç olarak sunulan bu çalışma, şimdiye kadar Türkiye’de yapılmış olan en geniş epidemiyolojik çalışma olup, hastane kökenli Türkiye klonu olan TR09 (ST239-SCCmecI-II-t030) ve toplum kökenli Türkiye klonu olan TR10’nun (ST737-SCCmecIV-t005) tüm Türkiye’de yaygın olarak bulunduğunu göstermektedir.
KAYNAKLAR
1. Gomes AR, Westh H, Lencastre H. Origins and evolution of methicillin-resistant Staphylococcus aureus clo-nal lineages. Antimicrob Agents Chemother 2006; 50(10): 3237-44.
2. Grundmann H, Aanensen DM, van den Wijngaard CC, Spratt BG, Harmsen D, Friedrich AW. Geographic distribution of Staphylococcus aureus causing invasive infections in Europe: a molecular-epidemiological analysis. PloS Med 2010; 7(1):e1000215.
3. Enright MC, Robinson DA, Randle G, Feil EJ, Grundmann H, Spratt BG. The evolutionary history of methi-cillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA). Proc Natl Acad Sci 2002; 99(11): 7687-92.
4. Stefani S, Chung DR, Lindsay JA, et al. Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA): global epidemi-ology and harmonisation of typing methods. Int J Antimicrob Agents 2012; 39(4): 273-82.
5. Gould IM, David MZ, Esposito S, et al. New insights into methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) pathogenesis, treatment and resistance. Int J Antimicrob Agents 2012; 39(2): 96-104.
6. Clinical and Laboratory Standards Institute. Performance standards for antimicrobial susceptibility testing; sixteenth informational supplement. 2006; M100-S16. Vol. 26, No.3. CLSI, Wayne, PA.
7. Oliveira DC, Lencastre H. Multiplex PCR strategy for rapid identification of structural types and variants of the mec element in methicillin-resistant Staphylococcus aureus. Antimicrob Agents Chemother 2002; 46(7): 2155-61.
8. Zhang K, McClure J, Elsayed S, Louie T, Conly JM. Novel multiplex PCR assay for characterization and con-comitant subtyping of staphylococcal cassette chromosome mec types I to V in methicillin-resistant
Staphy-lococcus aureus. J Clin Microbiol 2005; 43(10): 5026-33.
9. Lina G, Piémont Y, Godail-Gamot F, et al. Involvement of Panton-Valentine leukocidin-producing
Staphylo-coccus aureus in primary skin infections and pneumonia. Clin Infect Dis 1999; 29(5): 1128-32.
10. McDougal LK, Steward CD, Killgore GE, Chaitram JM, McAllister SK, Tenover FC. Pulsed-field gel electrop-horesis typing of oxacillin-resistant Staphylococcus aureus isolates from the United States: establishing a na-tional database. J Clin Microbiol 2003; 41(11): 5113-20.
11. Enright MC, Day NP, Davies CE, Peacock SJ, Spratt BG. Multilocus sequence typing for characterization of methicillin-resistant and methicillin-susceptible clones of Staphylococcus aureus. J Clin Microbiol 2000; 38(3): 1008-15.
12. Ruppitsch W, Indra A, Stöger A, et al. Classifying spa types in complexes improves interpretation of typing results for methicillin-resistant Staphylococcus aureus. J Clin Microbiol 2006; 44(7): 2442-8.
13. Liu Y, Wang H, Du N, et al. Molecular evidence for spread of two major methicillin-resistant Staphylococcus
aureus clones with a unique geographic distribution in Chinese hospitals. Antimicrob Agents Chemother
2009; 53(2): 512-8.
14. Song JH, Hsueh PR, Chung DR, et al. Spread of methicillin-resistant Staphylococcus aureus between the community and the hospitals in Asian countries: an NSORP study. J Antimicrob Chemother 2011; 66(5):1061-9.
15. Zafar A, Stone M, Ibrahim S, et al. Prevalent genotypes of methicillin-resistant Staphylococcus aureus: report from Pakistan. J Med Microbiol 2011; 60(Pt 1): 56-62.
16. Ho CM, Ho MW, Lee CY, Tien N, Lu JJ. Clonal spreading of methicillin-resistant SCCmec Staphylococcus
au-reus with specific spa and dru types in central Taiwan. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2012; 31(4): 499-504.
17. Shahsavan S, Emaneini M, Noorazar Khoshgnab B, et al. A high prevalence of mupirocin and macrolide re-sistance determinant among Staphylococcus aureus strains isolated from burnt patients. Burns 2012; 38(3): 378-82.
18. Verwer PE, Robinson JO, Coombs GW, et al. Prevalence of nasal methicillin-resistant Staphylococcus aureus colonization in healthcare workers in a Western Australian acute care hospital. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2012; 31(6): 1067-72.
20. Kilic A, Guclu AU, Senses Z, Bedir O, Aydogan H, Basustaoglu AC. Staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec) characterization and panton-valentine leukocidin gene occurrence for methicillin-resistant
Staphylococcus aureus in Turkey, from 2003 to 2006. Antonie Van Leeuwenhoek 2008; 94(4): 607-14.
21. Karahan ZC, Tekeli A, Adaleti R, Koyuncu E, Dolapci I, Akan OA. Investigation of Panton-Valentine leukoci-din genes and SCCmec types in clinical Staphylococcus aureus isolates from Turkey. Microb Drug Resist 2008; 14(3): 203-10.
22. Baran CB, Mutlu D, Baysan BO, Günseren F, Ergani A, Oğünç D, et al. Investigation of Panton-Valentine le-ukocidin gene, SCCmec gene cassette types and genotypes of methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains isolated from outpatients. Mikrobiyol Bul 2010; 44(4): 533-45.
23. Ergon MC, Biçmen M, Gülay Z. Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesindeki dominant metisiline dirençli
Staphy-lococcus aureus suşunun moleküler yöntemlerle tiplendirilmesi. ANKEM 2010; 24(2): 65-70.
24. Kirdar S, Arslan U, Tuncer I, Findik D, Bozdoğan B. Investigation of the clonality and Panton-Valentine le-ukocidin toxin among nosocomial methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains. Mikrobiyol Bul 2009; 43(4): 529-33.
25. Demir T, Coplu N, Bayrak H, et al. Panton-Valentine leucocidin gene carriage among Staphylococcus
aure-us strains recovered from skin and soft tissue infections in Turkey. J Antimicrob Chemother 2012; 67(4):
837-40.
26. Gülmez D, Sancak B, Ercis S, Karakaya J, Hasçelik G. Investigation of SCCmec types and Panton-Valentine leukocidin in community-acquired and nosocomial Staphylococcus aureus strains: comparing skin and soft tissue infections to the other infections. Mikrobiyol Bul 2012; 46(3):341-51.
27. Sancak B. MRSA direnç mekanizmaları: Dünyada ve Türkiye’de epidemiyolojisi. ANKEM 2012; 26(Ek 2): 38-47.
